大麦SSR标记遗传多样性及群体遗传结构分析

为了确定大麦亲本材料间的亲缘关系,为后期关联分析奠定基础,本研究利用71个SSR标记对不同来源的99份大麦材料进行了遗传多样性及群体遗传结构分析。结果表明,71个SSR标记共检测到184个等位变异,变幅为2-5个,平均每个标记有2.6个。Shannon指数变幅为0.0565~1.2241,平均值为0.6086。标记多态性信息含量(PIC)的变幅介于0.0200~0.6633之间,平均值为0.3729。聚类结果表明,试验品种的遗传相似系数(GS)的变异范围为0.5109~0.9511,平均值为0.7202。GS值在0.7100水平上分为5大类,分别包括5、4、3、6和79份材料;主坐标分析将材料分为5个亚群,分别包括5、10、12、24和26份材料。群体遗传结构分析将材料分为5个亚群,分别包含24、18、6、22、29份材料。     

山西芝麻种质资源SSR遗传多样性及群体结构分析

为探明山西芝麻种质资源的遗传特性,本研究利用30对简单重复序列标记(SSR)对71份山西芝麻种质资源进行遗传多样性分析及群体结构分析.结果 表明,30对SSR标记共检测到144个等位基因位点,平均每个SSR标记4.800个等位基因;有效等位基因数在1.058 ～5.149之间,平均2.805个;Shannon指数变幅为...     

黑龙江省春小麦品种遗传多样性的SSR分析

本研究利用微卫星标记(SSR)技术对黑龙江省小麦品种的遗传多样性进行了分析。12对具有多态性的SSR引物在114份小麦品种中共检测到46个等位位点,每对引物检测到的等位位点数为3~8个,平均为3.8个,平均遗传距离为0.7331。不同育种单位的小麦平均遗传距离有较大差异,最大差距为1.30倍。在对不同年代小麦品种的遗传距离分析时发现,随年代的增加,遗传距离逐渐减小,且衰减速度呈加快趋势。聚类分析将114个春小麦品种大致分为3个类群,9个亚类群,较好地反映了品种之间的亲缘关系。     

基于SSR标记的梨资源遗传多样性分析

本研究利用SSR标记技术对56份梨资源进行了遗传多样性分析。利用筛选出的6对SSR引物共扩增40条谱带,其中多态性位点38个,多态性位点比例为95%,每对引物产生有效等位基因6.3个。各位点期望杂合度H值在0.0354～0.491,平均为0.1964;有效等位基因Ne值在1.0367～1.9648,平均值为1.2958;香农指数I值平均值为0.3256,说明了供试梨材料的遗传多样性较低。利用SSR标记可将44个栽培品种区分开,但无法区分芽变和原种。根据SSR标记揭示的多态性,采用NTSYS-pc软件,以UPGMA法进行聚类分析,结果显示所检测的56份梨材料在相似系数0.71处可分为4组,其中中国的白梨、秋子梨和砂梨相互交错在一起,没有独自各自成组。     

吉富罗非鱼雌雄群体遗传差异的SSR分析

为探讨吉富罗非鱼（genetic improvement of farmed tilapia,GIFT）雌、雄群体间的遗传差异,本研究对国家级广西南宁罗非鱼良种场雌、雄吉富罗非鱼进行了遗传差异分析。研究结果表明,选取的11对SSR引物中有10对能获得稳定的目的条带;每个SSR基因座的等位基因数在2～4个之间,雌性罗非鱼的平均等位基因（Na）2.9个,稍高于雄性的2.8个;雌、雄吉富罗非鱼平均观察杂合度（HO）分别为0.4183和0.4154,多态信息含量（PIC）分别为0.4048和0.3932,属中度多态;雌雄个体间的遗传距离和相似性指数分别为0.0908和0.9132。此外,SSR基因座PRL-SO2在雄鱼中偏离Hardy Weinberg平衡（P〈0.005）。上述结果表明,吉富罗非鱼雌、雄群体的SSR多态性基本相同,推测这两者基因组间的差异较小。     

大蒜种质遗传多样性的SSR分析

为了探索中国大蒜种质个体的SSR位点的分布情况,为品种鉴定、保存及遗传改良提供分子生物学依据,利用6对SSR引物对40个大蒜(Allium sativumL.)品种进行聚类分析、主成分分析及遗传多样性评价。共检测到21个多态性位点,平均每对引物可扩增出约3.5条多态性片段,多态性百分率为56.76%;SSR引物组合平均有效等位基因数、Nei基因多样度和Shannon信息指数分别为1.5551、0.3414和0.5188。聚类分析显示,6对SSR引物可把40份大蒜种质资源从0.59相似系数水平上3个类群。第一类群包含28份种质,在相似系数为0.73的水平上进一步又被分成了3个亚类;第二亚类仅包含2份种质;第三亚类包含10份种质,在0.68的相似系数水平上分成了2个亚类。主成分分析和UPGMA的结果基本一致。不同地理来源的大蒜种质的Shannon-Weaver多样性指数的变幅为0.0576~0.4179,说明大蒜种质遗传多样性丰富。本研究利用SSR分子标记技术较准确地解析大蒜不同材料间的亲缘关系及遗传多样性,为中国大蒜SSR分子标记提供基础资料。     

华南沿海地区南方夏大豆遗传多样性的SSR分析

利用60个SSR位点对来自华南地区9个省份的191份南方夏大豆（Glycine max）进行分析，结果显示：在191份材料中共检测到663个等位变异，平均每个位点的等位变异数为11．05个；Shannon-Weaver指数平均值为1．67，材料的成对相似系数范围为0．19-0．95，平均相似系数为0．29，说明华南地区南方夏大豆材料间的相似程度高，与表型性状表现相一致；在聚类分析中，以相似系数0．26为划分标准，可将夏大豆分为4个类别，但9个省（市）之间并没有明显的界限，相近纬度和同一流域夏大豆趋向于聚在一起；通过等位变异数及遗传多样性指数分析发现，华南地区南方夏大豆分子遗传多样性中心可分成2个：一个以安徽省为中心的长江流域．另一个以广西壮族自治区为中心的珠江流域。由于多数相同来源的夏大豆分别聚在不同的类别中，为充分利用本地资源拓宽育种遗传基础提供了理论依据。     

利用SSR和RAPD标记分析中国部分地区晚疫病菌群体遗传多样性

利用SSR和RAPD对来自福建、黑龙江、河北和内蒙古4个地理群体的80个马铃薯晚疫病菌（phytophthora infestans）株进行了遗传多样性分析。13对SSR引物共扩增出76条谱带,多态性条带比率78.9%,相似系数变化范围0.00～0.42之间;筛选出的14条RAPD引物共扩增出189条谱带,多态性条带比率95.2%,相似系数变化范围0.04～0.66之间。遗传多样性分析表明,在4个群体中,福建群体的多样性更为丰富。遗传相似性分析显示,黑龙江和内蒙古两个群体间的遗传相似性最高,而福建和河北两个群体间的遗传相似性最低。聚类分析显示,来自南方福建的菌株与来自北方黑龙江、河北和内蒙古的菌株亲缘关系较远,且福建群体分布于更多的聚类组,显示出更高的遗传变异度。     

我国部分地区小麦叶锈菌遗传多样性的SSR分析

小麦叶锈菌(Puccinia triticina)引起的小麦叶锈病是小麦上的重要病害。为了解小麦叶锈菌遗传多样性及其亲缘关系,本研究利用简单重复序列(simple sequence repeat,SSR)标记技术对2009年采自河北、河南、山东、四川4省的小麦叶锈菌株进行SSR分析。小麦叶锈菌的观察等位基因数(Na)为1.75,有效等位基因数(Ne)为1.40,Shannon信息指数(I)为0.35,Nei’s基因多样性指数(H)为0.23,多态性百分率为75.29%,其中河北、河南和山东的叶锈菌群体遗传多样性水平高于四川群体。聚类分析表明,在相似系数0.96处4个群体聚为2组,河南、山东及四川群体聚为一组,河北群体自成一组,其中河南和山东群体亲缘关系最近。小麦叶锈菌具有一定的遗传变异,群体间遗传变异占总变异的8.93%,群体内遗传变异占总变异的91.07%。小麦叶锈菌群体间每代迁移数Nm为6.10。小麦叶锈菌遗传多样性丰富,群体间遗传相似性较高,亲缘关系与地理分布具有一定相关性。群体内遗传变异是群体遗传变异的主要来源。本研究说明群体间存在广泛的菌源交流,为明确小麦叶锈病流行区系和叶锈菌传播路线提供了基础资料。     

利用RAPD和SSR标记分析陆地棉种质资源的遗传多样性*

遗传多样性的量化与分类是收集和利用种质资源的重要前提。利用随机扩增多态性（RAPD）和简单重复序列(SSR)两种分子标记对31份陆地棉(Gossypium hirsutum L.)种质资源进行了遗传多样性分析,其中14份材料最近从美国和伊朗引进。研究的目标是对这些陆地棉种质资源进行遗传聚类分析,为制定引进资源的利用策略提供参考。从有多态性的21个RAPD引物和18对SSR引物中共获得117个多态性位点。利用NTSYS-pc2．10统计分析软件,采用Jaccard′s相似系数UPGMA法进行聚类。结果表明,中国的17份材料部分聚为一类,国外的14份材料大部分聚为另一类,其它材料相间排列。分别对31份材料的相似系数与中国的17份材料的相似系数进行了比较分析,中国材料相对于新引进的国外材料的遗传多样性水平稍高,与国外材料之间的遗传差异较大。这说明扩大不同地区间种质资源的交流和引进种质资源可以丰富本地材料的遗传多样性。     

利用简单重复序列(SSR)标记分析太湖稻区现代粳稻品种的遗传多样性

太湖地区有丰富的粳稻(Oryza satiua ssp.japonica)种植资源,随着品种大面积推广应用,育种材料的遗传基础趋窄,相似性增高,使粳稻育种突破困难。本研究利用分布于水稻(Oryza satiua L.)12条染色体上的24对简单重复序列(simple sequence repeat,SSR)引物对太湖地区的42份粳稻品种进行遗传多样性分析。结果表明,有23对SSR引物在42份粳稻材料间表现出多态性;23对引物共检测到105个等位基因,每对SSR引物检测到等位基因为2~8个,平均为4.57个,有效等位基因共有56.43个,平均每个位点为2.45个。每个多态位点的多态信息含量(polymorphism information content,PIC)变幅为0.083 0~0.8079,平均为0.496 6;每个粳稻材料多态性位点数的变幅为6~19,等位基因总数的变幅为27~55;42份粳稻品种间的遗传相似系数变幅为0.391~0.990,平均为0.610,遗传相似系数在0.50~0.80之间的材料占全部的74.45%,供试材料相似度高;非加权配对算术平均法(unweighed pair group method with arithmetic mean;UPGMA)聚类结果显示,遗传相似系数为0.50,42份粳稻材料可以分为两个类群,一个类群包含19份常规粳稻,另一个类群包括其他23份杂交粳稻。结果显示,太湖地区的粳稻品种总体上遗传背景相似度高,遗传多样性不够丰富,育种工作有待进一步加强新的基因资源引进和利用,创新水稻育种材料。本研究结果为新品种选育提供技术支持和理论根据。     

小麦优异品系遗传构成的简单重复序列(SSR)分析

为了探讨优良品种形成的遗传学基础,本研究利用简单重复序列(SSR)标记分析了近期育成的3个丰产小麦(Triticum aestivum L.)品系(百农金光588、百农AK58-18和百农T5)及其姊妹系(百农0487和百农高光3709)的遗传构成.结果表明,2个杂交组合(周麦18/百农AK58和周麦16/温麦8号//百农160)中亲本对不同姊妹系的遗传贡献率均具有较大差异,其中百农AK58对百农金光588、百农AK58-18和百农0487的遗传贡献率分别为51.2％、57.0％和54.0％,高于亲本周麦18的贡献率;百农160对百农高光3709和百农T5的遗传贡献率分别为41.9％和36.4％,高于另外2个亲本(周麦16和温麦8号)的贡献率.在A、B、D基因组及21对染色体上,衍生后代对不同亲本遗传物质的继承率也表现丰富的多样性.百农金光588、百农AK58-18和百农T5分别具有109、36和55个不同于其他姊妹系的SSR特异位点,分别形成了11、3和3个特异染色体区段.这些基因组区段上存在许多与产量和抗病等重要农艺性状相关的基因和QTL,对提高小麦丰产性可能起了重要作用.     

Genetic Diversity Among Traditional Ethiopian Highland Maize Accessions Assessed by Simple Sequence Repeat (SSR) Markers

Over the past three centuries, maize has become adapted to complex environmental conditions in the highlands of Ethiopia. We analyzed 62 traditional Ethiopian highland maize accessions, using 20 simple sequence repeat (SSR) markers and 15 morphological traits, to assess genetic diversity and relationships among these accessions and to assess the level of correlation between phenotypic and genetic distances. The accessions varied significantly for all of the measured morphological traits. The average number of alleles per locus was 4.9. Pair-wise genetic dissimilarity coefficients ranged from 0.27 to 0.63 with a mean of 0.49. Ward minimum variance cluster analysis showed that accessions collected from the Northern agroecology were distinct from the Western and Southern agroecologies. However, there was no differentiation between the Western and Southern accessions. This suggested gene flow between these regions. The relationship between morphological and SSR-based distances was significant and positive (r = 0.43, p = 0.001). The high genetic diversity observed among these set of accessions, suggests ample opportunity for the development of improved varieties for different agroecologies of Ethiopia. From conservation perspective, sampling many accessions from all agroecologies would be an effective way of capturing genetic variation for future collections and conservation.     

利用SSR标记对中国柚类资源及近缘种遗传多样性研究

利用SSR标记研究了122份我国柚(CitrusgrandisOsbesk)类资源及近缘种遗传多样性。31对SSR引物从供试材料中检测出335个等位基因变异,平均每个位点可检测到9.85个等位基因。位点多态信息量(PIC)变幅为0.1939!0.9073,平均为0.7085。用UPGMA方法将122份材料分成7个组群,110个柚类品种在相似系数0.712,可细分成18个亚组,主要由沙田柚品种群、文旦柚品种群及庞大的杂种柚品种群组成。     

利用SSR标记分析藜麦品种的遗传多样性

为了解藜麦种质资源的多样性,本研究利用SSR引物对所搜集的41个藜麦种质的多态性及其亲缘关系进行了分析。结果表明,从54对SSR引物中筛选出了16对能明显扩增出稳定的多态性条带的引物,共检测出139个等位基因条带,每一对引物的等位基因个数为3~13,平均为8.7;16对引物的多态信息含量(PIC)变幅为0.208~0.432,平均为0.366。UPGMA聚类分析显示,41份材料的遗传相似系数(GS)在0.374~0.906之间,平均相似系数为0.626。在阀值(GS)约为0.665时,41份材料可分为4大类。其中614929与B.B.Quinoa浙Ⅰ间的遗传相似系数最小,为0.374,表明来源于不同地区的遗传距离较远,遗传基础较广泛。藜麦品种资源间的亲缘关系的揭示为藜麦资源保存和新品种选育提供了理论依据。     

大麦SSR标记遗传多样性及连锁不平衡分析

为确定不同青稞亲本材料间的遗传差异及连锁不平衡水平,以56个SSR分子标记对88份大麦进行多态性扫描。结果表明,88份材料中共检测出160个等位变异,平均每个标记2.857个,变幅为2~7。供试材料间的遗传相似系数为0.497~0.970,平均为0.761。基于多态性较好、基因多样性值较高的53个SSR标记分析结果,88份材料被分成2个类别。主坐标分析将青稞材料分成2类,分别包含39和47份材料,2份西藏品种ZDM5200和ZDM5457所属类别不明确。群体遗传结构分析将88份材料也分成2个亚群,分别包含40份和48份材料,与聚类分析和主坐标分析的结果较一致。1 378个SSR位点成对组合中,不论共线性组合还是非共线性组合,都存在一定程度的连锁不平衡(LD)。D'统计概率(P0.01)支持的LD成对位点179个,占全部位点组合的12.99%,D'平均值为0.56,较高水平的LD成对位点(D0.5)主要集中于除1H外的其余6个连锁群上。本研究结果为今后青稞杂交组合配置、有利基因发掘和标记辅助育种提供了理论依据。     

基于SSR标记的鸢尾杂交和诱变育种材料遗传多样性分析

为加快路易斯安那鸢尾育种的进程,以5个路易斯安那鸢尾品种为试验材料,开展杂交和60Co-γ辐射诱变育种.基于短茎鸢尾和暗黄鸢尾的基于表达序列(EST)开发的微卫星标记(SSR)标记,选择其中14对SSR标记用于路易斯安那鸢尾品种、杂交后代和诱变材料共40份材料的遗传多样性分析.结果表明,5个路易斯安那鸢尾品种的杂交后代...     

南瓜栽培品种的SSR分子标记分析及农艺性状多样性研究

为了研究南瓜栽培品种的遗传多样性,本研究利用43个简单序列重复(SSR)分子标记,对35份南瓜育成品种及地方品种进行了分子标记分析,并调查了农艺性状。结果表明,43个SSR标记均能扩增出多态性条带,共检测到155个等位基因,平均每个标记能检测到3.6个等位基因,多态性信息含量(PIC)为0.130 8~0.775 4,平均值为0.487 2。利用非加权组平均法(UPGMA)进行聚类分析,结果表明35份材料可分为三大类,分别与中国南瓜、印度南瓜和美洲南瓜三个种吻合,且印度南瓜与美洲南瓜之间的亲缘关系较近。农艺性状调查结果表明,不同栽培种之间以及同一栽培种内的不同品种之间,都发现有农艺性状差别明显的情况。本研究为南瓜种质资源的保护、品种指纹图谱的建立及分子育种提供了理论依据。