黄芪多糖对犬盲肠菌群的影响

【目的】通过高通量测序的方法探究在犬日粮中添加黄芪多糖对犬盲肠菌群数量、多样性及群落组成结构的影响.【方法】选取18只一岁龄比格犬,体质量10 kg左右,随机分为3组,分别为对照组,低剂量组(基础日粮、以生药计1%的黄芪多糖)和高剂量组(基础日粮、以生药计2%的黄芪多糖).第14天,犬处死后取盲肠内容物进行肠道菌群数量、多样性和群落组成分析.【结果】通过样本内多样性分析和主成分分析可发现,添加黄芪多糖可影响犬盲肠菌群的多样性,增加菌群数量.且黄芪多糖组微生物群落组成发生改变,主要表现为放线菌门(Actinobacteria)和厚壁菌门(Firmicutes)数量增加,梭杆菌门(Fusobacteria)与变形菌门(Proteobacteria)数量减少.放线菌纲(Actinobacteria)与芽孢杆菌纲(Bacilli)数量增加,梭杆菌纲(Fusobacteriia)与β-变形菌纲(Betaproteobacteria)数量减少.双歧杆菌科(Bifidobacteriaceae)、普雷沃氏菌科(Prevotellaceae)与乳杆菌科(Lactobacillaceae)数量增加,梭杆...     

日粮中添加蓝藻粉对崇仁麻鸡肠道菌群结构的影响

选取了34日龄的崇仁麻鸡为研究对象,以蓝藻粉替代基础日粮中不同比例（分别替代0(CB组)、10%(CL组)、20%(CM组)、50%(CH组)）的豆粕饲喂35 d后,无菌操作每组取10只鸡的盲肠内容物,充分混匀后,采用MiSeq测序技术对盲肠内容物中细菌群落结构组成进行了分析。结果显示,崇仁麻鸡肠道中微生物在门水平上主要以拟杆菌门、厚壁菌门和变形菌门为主;在属水平上,拟杆菌属丰度最大,其次是互养菌属、乳杆菌属。CL组中厚壁菌门细菌数量有所增加,拟杆菌门/厚壁菌门细菌比例下降,肠道内乳杆菌等有益微生物数量增加,脱硫弧菌等有害微生物数量降低,而CM组和CH组中脱硫弧菌等有害细菌数量却大幅度增加,且CH组中还出现了其特有的Akkermansia属细菌。结果表明,饲粮中添加蓝藻粉会改变崇仁麻鸡肠道菌群的物种多样性,适量（≤10%）的添加对盲肠菌群结构有所改善,可提高厚壁菌门细菌数量,降低拟杆菌门/厚壁菌门细菌比例,增加肠道内乳杆菌等有益微生物的数量,降低脱硫弧菌等有害微生物的数量;中高剂量的蓝藻粉则导致了某些机会致病菌的出现,增加了肠道菌群相关疾病的诱发机会。     

特异性敲除肠道miR-146a对小鼠肠道菌群的影响

【目的】miR-146a作为抑炎因子,仍然不清楚其是否参与宿主与微生物间的互作,进而影响肠道稳态,因此本文旨在研究miR-146a对小鼠肠道菌群的影响。【方法】以肠道miR-146a特异性敲除小鼠(CKO鼠)及对照小鼠(Flox鼠)为研究对象,利用16S rRNA高通量测序法检测2组空肠段的微生物菌群分布。【结果】测序共获得1 134个用于物种分类的OTUs,包括37门、80纲、161目、198科、261属、117种的细菌;Flox组和CKO组小鼠的空肠微生物中共有46个相同的OTUs;各组肠道微生物中厚壁菌门Firmicutes、拟杆菌门Bacteroidota、疣微菌门Verrucomicrobiota、变形菌门Proteobacteria和脱硫杆菌门Desulfobacterota是优势菌门;2组肠道微生物群落组成整体相似,但CKO组梭状芽孢杆菌纲Clostridia的平均相对丰度高于Flox组(P=0.067),毛螺菌目Lachnospirales平均相对丰度显著高于Flox组(P<0.05),其他层级组成无显著差异。【结论】miR-146a敲除可改变宿主肠道梭状芽孢杆菌...     

加味二术散对断奶仔猪肠道菌群的影响

【目的】研究加味二术散对断奶仔猪回肠、盲肠肠道菌群的影响,为其在生产中的应用提供依据。【方法】选用30日龄断奶仔猪75头,随机分为5个组,即:不做任何处理的空白对照组,饲喂在基础日粮中添加0.2%,0.3%和0.5%加味二术散的3个中药处理组(Ⅰ、Ⅱ、Ⅲ)以及饲喂在基础日粮中添加0.5%硫酸粘杆菌素的阳性对照组,每处理3个重复,每重复5头猪。在饲养第1,2,3周无菌采集空白对照组、中药添加Ⅱ组和阳性对照组仔猪回肠、盲肠内容物,采用PCR-DGGE技术分析肠道细菌菌群的结构变化。对DGGE图谱中的差异性和共性条带进行克隆、测序和序列分析,对其对应的菌种进行鉴定。【结果】中药添加Ⅱ组和阳性对照组仔猪肠道菌群的多样性高于空白对照组;盲肠菌群多样性高于回肠。中药添加Ⅱ组和阳性对照组回肠微生物菌群相似性高,均达到82%以上;中药添加Ⅱ组盲肠微生物菌群相似性高于空白对照组和阳性对照组。DGGE图谱中特异条带和共性条带测序结果表明,断奶仔猪回肠、盲肠的肠道细菌主要归属于厚壁菌门(Firmicutes)、拟杆菌门(Bacteroidetes)、放线菌门(Actinobacteria)和变形菌门(Proteobacteria)。【结论】加味二术散能够增加仔猪肠道微生物菌群多样性,改善肠道微生物菌群结构,促进断奶仔猪肠道微生物区系达到新的平衡,防治仔猪腹泻。     

合生素对肉仔鸡肠道微生物区系的影响

 【目的】研究合生素对肉仔鸡盲肠微生物区系的影响。【方法】选择1日龄肉仔鸡450只,随机分成5个日粮处理,分别为基础日粮、基础日粮+抗生素、基础日粮+益生素、基础日粮+益生元、基础日粮+合生素。每个处理3个重复,每个重复30只。在21和42日龄,每个重复选择4只屠宰,无菌采集盲肠内容物,提取细菌基因组总DNA,PCR扩增16s rDNA,用DGGE方法分析盲肠细菌群落结构的变化,用实时荧光定量PCR检测肠道中总菌、乳酸杆菌、双歧杆菌和大肠杆菌数量。【结果】在21和42日龄,日粮添加合生素比单独应用益生素、益生元或抗生素提高了肉仔鸡的平均日增重和饲料转化率（P＜0.05）,肉仔鸡盲肠DGGE条带数（菌群丰富程度）均高于对照组、抗生素组、益生素组、益生元组;基因测序分析发现肉仔鸡盲肠中特异条带主要是不可培养细菌。合生素能促进盲肠总菌数、双歧杆菌和乳酸杆菌的增殖,抑制大肠杆菌数量。【结论】合生素对肉仔鸡促生长的效用与其对盲肠菌群的调控作用有关,且合生素的效果优于益生素、益生元或抗生素。     

放牧与舍饲条件下夏洛莱牛肠道微生物多样性及差异分析

【目的】采用高通量测序技术研究放牧与舍饲条件下夏洛莱牛肠道微生物多样性及差异。【方法】选取新疆塔城地区健康的舍饲夏洛莱牛(CB组)和放牧夏洛莱牛(CG组)各5头,分别采集CB、CG组每头夏洛莱牛的直肠粪便,提取微生物总DNA,通过Illumina HiSeq 测序技术,分析10个粪便样品的菌落结构及多样性。【结果】所有样本共检测出1 089个OTUs(CB:1 044、CG:1 087),归属于12门24纲33目57科170属的细菌。在门水平,厚壁菌门和拟杆菌门在2组中均为优势菌门,其次为疣微菌门、放线菌、广古菌门和变形菌门,在科水平的优势菌依次为瘤胃球菌科、理研菌科、毛螺菌科、消化链球菌科、普雷沃氏菌科、克里斯滕森菌科、拟杆菌科等;其中CB组中拟杆菌门、拟杆菌纲、拟杆菌目、理研菌科、消化链球菌科丰度显著高于CG组(P<0.05),CG组中厚壁菌门、瘤胃球菌科的丰度显著高于CB组(P<0.05)。【结论】舍饲夏洛莱牛和放牧夏洛莱牛肠道微生物结构与组成存在显著性差异,放牧夏洛莱牛肠道微生物具有更强的纤维消化的能力。     

复方植物精油对黄羽肉鸡生产性能和肠道菌群的影响

【目的】探究肉豆蔻和罗勒复方精油对黄羽肉鸡生产性能和肠道菌群的影响，为该复方精油作为 饲料添加剂在肉鸡生产中应用提供参考。【方法】试验选用 1 日龄雌性江村黄鸡 3 942 只，随机分为 3 个处理组（复 方精油低剂量组、复方精油高剂量组和空白对照组）。试验期为 60 d，在肉鸡 60 日龄时称重，统计存活个体数、 死淘数以及饲料消耗等生产数据，计算肉鸡的合格品出栏率、增重和料肉比；各组随机抽取 5 只鸡，断颈处死， 分别取空肠和盲肠内容物，提取细菌核酸，进行 16S rDNA V3 ~V4 可变区高通量测序，分析肉鸡空肠和盲肠的肠 道菌群。【结果】肉豆蔻和罗勒复方精油高剂量组和低剂量组的料肉比均为 2.40，极显著低于空白对照组的 2.71 （P<0.01），饲料转化率均提高 11.4%。空肠菌群分析结果表明，门水平上的优势菌为厚壁菌门，其次是放线菌 门；属水平上的优势菌为乳酸菌属；复方精油高剂量组与低剂量组空肠的疣微菌门相对丰度均显著低于空白对 照组（P<0.05），复方精油低剂量组空肠假单胞菌属、双歧杆菌属、韦荣氏球菌属的相对丰度均显著高于空白 对照组（P<0.05）。盲肠菌群分析结果表明，门水平上的优势菌为厚壁菌门和拟杆菌门；复方精油高、低剂量 组的 Clostridia_vadinBB60_group 属和另枝菌属相对丰度均显著低于空白对照组（P<0.05），复方精油高剂量组 Clostridia_UCG-014 属的相对丰度显著低于空白对照组（P<0.05）。复方精油高剂量组拟杆菌属相对丰度显著高 于空白对照组和复方精油低剂量组（P<0.05），复方精油低剂量组瘤胃球菌属（Ruminococcus_torques_group） 相对丰度显著高于空白对照组（P<0.05）。【结论】饲喂肉豆蔻和罗勒复方精油能够促进黄羽肉鸡空肠和盲肠 的有益菌生长，抑制有害菌增殖，维持菌群平衡，利于肠道健康，明显提高黄羽肉鸡的生产性能。     

应用Illumina MiSeq高通量测序技术分析饲粮添加乳双歧杆菌对蛋雏鸡盲肠微生物的影响

试验旨在研究饲粮添加乳双歧杆菌对蛋雏鸡盲肠微生物多样性的影响。选取1日龄健康、体质量相近的罗曼褐蛋公雏216只,随机分成2个处理组,每组6个重复,每个重复18只鸡,对照组饲喂基础饲粮(C组),试验组饲喂基础饲粮另添加乳双歧杆菌制剂(T组,添加量:1×10⁷ cfu·g^-1),试验期42 d。试验结束后,每个处理组随机选取6只鸡,再从中选出体质量相近且状态良好的3只,收集盲肠食糜样,并应用Illumina MiSeq高通量测序技术分析盲肠微生物多样性。结果表明:(1)乳双歧杆菌可显著提高雏鸡体质量、平均日增重及平均日采食量(P<0.05)。(2)两组间优势菌门均为拟杆菌门(Bacteroidetes)、厚壁菌门(Firmicutes)和变形菌门(Proteobacteria),试验组Firmicutes和Bacteroidetes数量的比值高于对照组。(3)乳双歧杆菌可显著提高Barnesiella、Romboutsia、Butyricicoccus、Lactobacillus等有益菌含量,而显著降低Clostridium sensu stricto、Escherichia-Shigella的含量(P<0.05)。(4)乳双歧杆菌可提高盲肠菌群丰度,显著提高Shannon和Simpson指数(P<0.05)。综上,饲粮添加乳双歧杆菌后,可能通过改变盲肠微生物的组成结构和含量来发挥益生作用。     

灌喂鼠李糖乳杆菌对妊娠后期小鼠粪便菌群多样性影响

【目的】研究妊娠期小鼠灌喂鼠李糖乳杆菌至分娩前对小鼠粪便中菌群多样性和物种丰度的影响。【方法】选择体重相近(23.33±1.55) g,配种日期相同的昆明妊娠小白鼠30只,将30只妊娠小鼠随机分为2组,每组15只,分别为对照组和试验组。在相同的饲养条件和日粮营养水平下,对照组饲喂基础日粮,试验组饲喂基础日粮的基础上灌喂0.5 mL含有0.125 g鼠李糖乳杆菌的灭菌生理盐水,试验期21 d。【结果】(1)灌喂鼠李糖乳杆菌对小鼠粪便菌群多样性无显著性影响(P>0.05),但降低了试验组Simpson指数。(2)在门水平上,厚壁菌门、拟杆菌门和变形菌门的丰度之和在90%以上,厚壁菌门试验组显著高于对照组(P<0.05),但拟杆菌菌门和变形菌门试验组分别比对照组降低了21.95%(P<0.05)、26.15%(P<0.05)。在科水平上,毛螺菌科、乳酸细菌科和韦荣球菌科试验组显著高于对照组(P<0.05)。在属水平上,乳酸杆菌属、未确定毛螺菌科属与Lachnoclostridium试验组显著高于对照组(P<0.05)。【结论】妊娠期小鼠灌喂鼠李糖乳杆菌,对小鼠粪便菌群多样性无显著性影响,但可以提高小鼠肠道细菌物种丰度,对厚壁菌门、毛螺菌科、乳酸细菌科、韦荣球菌科、乳酸杆菌属、未确定毛螺菌科属和Lachnoclostridium丰度具有显著性影响。     

表皮生长因子对21日龄肉鸡肠道菌群多样性的影响

【目的】研究表皮生长因子（EGF）对肉鸡肠道菌群的影响。【方法】将72只1日龄AA肉鸡随机分成对照组（CK）、K组、E组和EK组,每组3个重复,每个重复6只鸡。CK组肉鸡饲喂基础饲粮,K组肉鸡饲喂添加250 mg/kg盐酸金霉素的饲料,E组肉鸡饲喂添加500 mg/kg EGF的饲料,EK组肉鸡饲喂添加500 mg/kg EGF和250 mg/kg盐酸金霉素的饲料。饲喂期21 d。21日龄时采集肉鸡盲肠内容物样本,采用16S rDNA基因分析方法对肉鸡盲肠中的细菌群落进行评价,利用 QIIME等测序分析软件对肉鸡盲肠中的菌群进行分类。【结果】1）菌种组成结果表明,无论是OTUs总数还是独有的OTUs数量,E组的菌种数量较CK组、K组高,而与EK组的数量接近。2）优势菌群分布结果表明,在门水平上,厚壁菌门在E组中含量最高,而K组与CK组中变形菌门水平相当;在种水平上,与CK组相比,E组肉鸡肠道中乳酸菌数量显著升高。3）Alpha 多样性分析表明,E组中观察到的菌种数、菌种多样性指数和菌种丰富度指数高于CK组和K组,但无显著性差异（P>0.05）。4）功能预测结果表明,CK组肠道微生物在遗传信息处理方面的功能较丰富,EK组在有机体系统、代谢作用和细胞工程方面的功能较丰富,E组各类功能较为均衡,而K组除未分类功能外,主要以环境信息处理功能较为丰富。【结论】喂饲500 mg/kg的EGF有助于提高肉鸡肠道内菌群多样性,并能改善肠道菌群结构,提高以乳酸菌为代表的厚壁菌门菌群丰度,降低以大肠杆菌为代表的变形菌门菌群含量。     

Raising on Water Stocking Density Reduces Geese Reproductive Performances via Water Bacteria and Lipopolysaccharide Contaminations in ＂Geese-Fish＂ Production System

This study was carried out to unravel the mechanism of reductions in production performances in high stocking density geese flocks during summer months in “geese-fish” production system. Experiment 1 observed the water bacterial growth, lipopolysaccharde concentrations in water and geese blood, and geese reproductive performances from summer to winter, in two flocks with varying on water stocking densities. Results showed that counts of total bacteria, Escherichia coli and Salmonella in water, as well as water and geese plasma LPS concentrations, exhibited a tendency decreasing from the highest levels in summer, to intermediate levels in autumn, and to the lowest values in winter. Such seasonal decreases in bacteria and LPS concentrations were associated with similar seasonal decreases in embryo mortality during incubation. In addition, embryos dead or showing development retardation by day 25 of incubation contained copious LPS in allantoic fluid, in contrast to the negligible amount in normal developing embryos. Raising on water stocking density elevated bacteria counts, LPS concentrations in water and geese plasma, and decreased egg fertility but increased embryo mortality during incubation. In experiment 2, exogenous LPS treatment to the geese depressed egg laying, reduced egg hatchability, caused sickness behavior in the goslings hatched. In experiment 3, exogenous LPS directly administered to day 8 and 18 embryos during incubation dose dependently increased mortality and decreased hatchability, and caused sickness behavior in the goslings hatched. It is concluded that the raising on water geese stocking density stimulates pathogenic bacteria growth in water, which via LPS contamination impaires embryo development in incubation and therefore reduces geese reproductive performance and gosling quality during the hot summer months.     

The Midgut Bacterial Flora of Laboratory-Reared Hard Ticks,Haemaphysalis longicornis,Hyalomma asiaticum,and Rhipicephalus haemaphysaloides

Ixodid ticks play an important role in the transmission of a variety of zoonoses of viral, bacterial and protozoan origin, and they also harbor a wealth of microorganisms. To gain more detailed insights into the potential interactions between bacterial flora and tick-borne pathogens, we investigated the midgut bacterial flora of laboratory-reared Haemaphysalis longicornis, Hyalomma asiaticum and Rhipicephalus haemaphysaloides. Based on morphological, biochemical, and 16 S rDNA sequencing results, we identified 15 species belonging to 12 genera in the midgut of the three ticks. The bacterial communities were similar to those found in other studies of hematophagous arthropods. Kocuria sp. was the most frequently isolated species and its 16 S rDNA gene sequence was very similar to Kocuria koreensis P31 T. To our knowledge, this is the first report of the bacterial flora of tick midguts and the results show that there were many different bacterial species in each tick species. Among the most common genera, there may have been a novel species in the genus Kocuria. The results might be the first step for looking for different aspects of the pathogen and tick interaction.     

盐碱地白刺不同部位微生物群落高通量分析

【目的】研究新疆盐碱环境中耐盐植物白刺的根际土壤和叶片内生微生物群落的结构丰富度和多样性。【方法】运用Novaseq测序平台对白刺根际土壤和叶片进行16SrDNA-V4区和ITS1区测序。经FLASH进行拼接,经过Qiim过滤叶绿体和线粒体序列,得到的序列在97%的序列相似性水平上聚类成为操作分类单元(OTUs)。对序列数据进行生物信息学分析,评价物种的Chao1指数、shannon指数以及Alpha多样性。【结果】白刺根际土壤细菌优势菌群为放线菌门(Actinobacteria)、变形菌门(Proteobacteria)、芽单胞菌门(Gemmatimonadetes);真菌优势菌群为子囊菌门(Ascomycota)。叶片内生细菌优势菌群为蓝细菌门(Cyanobacteria)和放线菌门(Actinobacteria);真菌优势菌群为子囊菌门(Ascomycota),白刺不同部位的微生物菌群数量和多样性有显著差异(P<0.05),白刺各样地之间微生物群落构成差异明显。【结论】白刺不同部位微生物群落的丰富度和多样性分布。     

利用Illumina MiSeq测序平台分析肉鸡盲肠微生物多样性

为对肉鸡盲肠微生物的多样性进行探索,选取15只饲养在相同条件下的科宝-500肉鸡,利用Illumina MiSeq测序平台与Qiime等16srRNA序列分析工具在22日龄时采集盲肠内容物进行研究。结果显示:1)测序共获得359 158条有效序列与3 210个OTU,并且由稀释曲线可以证明此次测序结果比较全面的覆盖了肉鸡盲肠微生物群落。2)各样品菌群之间存在差异,得到序列的数量以及菌群多样性差别较大。3)通过核心菌群分析可知,4个共享菌群在门水平上分别为:拟杆菌门Bacteroidetes(70.0%±12.1%)、厚壁菌门Firmicutes(25.4%±11.2%)、变形菌门Proteobacteria(4.3%±3.7%)和蓝菌门Cyanobacteria(0.3%±0.5%)。4)有益菌群如乳酸杆菌属Lactobacillus、双歧杆菌属Bifidobacterium虽然存在于盲肠微生物中,但相对丰度不高。5)PICRUSt分析盲肠菌群对应的基因功能发现:功能转运、嘌呤代谢、DNA修复重组蛋白、氧化磷酸化和甲烷代谢等基因功能丰度最高。由此可见,个体差异虽然对肉鸡盲肠微生物结构影响较大,但是仍然存在不少共性。     

日粮中添加不同比例葡萄籽对多浪羊十二指肠细菌菌群结构的影响

【目的】研究日粮中添加不同比例葡萄籽对多浪羊肠道细菌菌群结构的影响。【方法】选取25只3月龄体重(20±1.5) kg的健康多浪羊为试验动物,随机分为5组,每组5只羊,单栏饲养。葡萄籽添加比例分别为0%(对照组,A组)、4%(B组)、8%(C组)、12%(D组)、16%(E组)。预饲期15 d,正试期90 d。结束后屠宰,采集十二指肠食糜,利用16S rRNA测序技术分析肠道细菌菌群的结构。【结果】(1)样品测序覆盖率98.22%~98.82%,各组Alpha多样性差异不显著(P>0.05);25个样品测样出现了1 038个OTU,统计分析试验组与对照组差异均不显著(P>0.05);(2)门水平优势菌门为厚壁菌门(Firmicutes)与放线菌门(Actinobacteria),A组和B组拟杆菌门(Bacteroidetes)相对丰度与C组、D组、E组相比差异显著(P<0.05)。(3)Aeriscardovia为A、B、C、E四组第一优势菌群,占比最高,而D组第一优势菌群为毛螺菌科NK3A20属(Lachnospiraceae_NK3A20_group)。【结论】日粮中添加不同比例葡萄籽不影响多浪羊肠道细菌多样性,但影响部分菌群丰度。     

冬春季层叠式蛋鸡舍乳头式饮水系统细菌含量检测及其对生产性能的影响

为研究冬季和春季规模化蛋鸡舍饮水系统中细菌微生物污染情况及其对生产性能的影响,利用实时荧光定量PCR法(Quantitative real-time PCR)测定了8层层叠式笼养蛋鸡舍内不同笼层水线水和V型槽水中细菌基因组16S rDNA总拷贝数,并与环境参数、产蛋率和蛋品质性状进行相关性分析.结果 表明:1)各笼层间...     

夏季层叠式蛋鸡舍乳头式饮水工艺细菌含量检测

为了解规模化蛋鸡场舍内乳头式饮水系统细菌微生物污染情况,采用实时荧光定量PCR法(Quantitative Real-time PCR)检测8层层叠式笼养蛋鸡舍内第1、3、5、7层水线水和V型槽水中细菌基因组16SrDNA总拷贝数,并与鸡产蛋性能和蛋品质性状进行相关性分析。结果表明:1)不同时间各笼层之间的水线水和V型槽水细菌总拷贝数均无显著差异(P0.01),所测每层的V型槽水细菌总拷贝数在各阶段均显著高于水线水(P0.01),高达46.77～1 905.46倍;2)第7笼层V型槽水细菌数最低,蛋鸡的产蛋率、蛋白高度和哈氏单位最高;3)水线水和V型槽水细菌总拷贝数在不同笼层均呈正相关(相关系数r=0.078～0.183),V型槽水细菌总拷贝数与产蛋率和鸡蛋质量在第3、5、7层呈弱负相关(r=-0.305～-0.127,-0.164～-0.060),与蛋白高度和哈氏单位在各笼层均呈弱负相关(r=-0.192～-0.037,-0.138～-0.047)。层叠式蛋鸡舍内V型槽水中细菌微生物含量远高于水线水中,污染程度相对较高,对蛋鸡健康、产蛋性能和蛋品质有较大的潜在负面影响。     

猪粪堆肥升温期细菌分子生态学研究

为了探明猪粪堆肥升温期的细菌多样性和堆肥过程中由"梯度效应"导致的细菌空间分布差异,采集了堆体上、中、下3层的堆肥样品,对其进行了16S rDNA序列和PCR-DGGE分析。序列分析结果表明:从3层样品中获得的121条16S rDNA序列,其中的113条与GenBank数据库中已知菌的16S rDNA序列表现出了同源性,且大多数与梭菌属有较近的亲缘关系,7条序列与已知菌的序列无任何相似性。上层样品中Shigellasp.、Acinetobactersp.和Clostridiumsp.占优势;中层样品中Clostridiumsp.占绝对优势;下层样品中Clostridiumsp.和Lactobacillussp.占优势。PCR-DGGE结果显示:3层堆肥样品都具有较丰富的微生物种群多样性,同时存在着明显的优势种群结构变化,中层多样性最为丰富。     

锦鲤肠道不同部位菌群组成结构及多样性分析

【目的】研究锦鲤（Cyprinus carpio var.koi）肠道的菌群组成结构及多样性,为深入研究锦鲤肠道菌群的功能及肠道不同部位的生理功能的分化提供参考。【方法】收集锦鲤前肠、中肠和后肠的肠道细菌,通过传统培养技术,采用细菌微量生化鉴定管对肠道细菌进行各项生理生化指标的测定;分别提取3个肠段的肠道菌群基因组DNA,进一步采用16S rDNA高通量测序技术,分析3个肠段的菌群组成和生物多样性。【结果】前肠、中肠和后肠样本测序后分别得到48659、47013和47819条有效序列,按97%相似性水平划分OTU后,分别得到1555、1294和1423个OUTs。α多样性分析结果显示,后肠菌群样本的Shannon指数、Chao1指数最高。在门水平上,前肠、中肠和后肠丰度最高的5个菌门均是变形菌门（Proteobacteria）、梭杆菌门（Fusobacteria）、拟杆菌门（Bacteroidetes）、厚壁菌门（Firmicutes）和黏胶球形菌门（Lentisphaerae）,推测这些菌门是锦鲤肠道的核心细菌类群,但各菌门在不同部位的相对丰度有差异。构建的物种丰度热图显示相对丰度最高的前10类菌属相同,但某些菌属在肠道不同部位的相对丰度有较大差异,如代尔夫特菌属（Delft）、弓形菌属（Toxoplasma）。UniFrac分析显示中肠和后肠的肠道菌群聚为一支,表明这2个部位菌群组成结构相似度较高。【结论】锦鲤肠道不同部位具有独特的菌群结构,可能会影响肠道不同部位功能的分化。