泽泻蕨的系统位置——来自rbcL序列的分析

泽泻蕨的系统位置一直存有争议。该文根据叶绿体基因rbcL序列,用最大似然法构建它的系统发育关系。结果表明:①4种美洲典型的泽泻蕨属成员聚为一个很强支持的支,并与泽泻蕨形成姊妹群的关系,说明将泽泻蕨从泽泻蕨属中独立出来,放入拟泽泻蕨属更为合适。②泽泻蕨被聚在碎米蕨群分支,得到强烈支持。它与银粉背蕨和黑心蕨的关系比与拟金毛裸蕨属的关系更为近缘,不支持秦仁昌将泽泻蕨置于裸子蕨科的分类处理。③同意Panigrahi的观点,泽泻蕨的正确名称应为Parahemionitis cordata (Hooker&Greville) Fraser-Jenkins。     

金粉蕨属系统位置--来自rbcL序列的证据

金粉蕨属的系统位置长期以来一直存有争议。对金粉蕨属、珠蕨属、粉背蕨属、薄鳞蕨属、碎米蕨属和黑心蕨属10种植物的叶绿体基因rbcL序列进行测定,以鳞始蕨科的2个成员为外类群构建它们的系统关系。简约性分析结果表明:①碎米蕨类植物是一个单系类群,并得到bootstrap100%的支持。该类群不仅包括中国蕨科的大部分属,还包括裸子蕨科中的部分成员;②珠蕨属、Llavea和凤丫蕨属形成一个分支,并得到很高的boot strap支持;③金粉蕨属严格位于凤尾蕨群这一分支,该属与凤尾蕨属的关系近缘。从分子系统学的角度来看,金粉蕨属既不属于中国蕨科,也不属于珠蕨科,而应归入凤尾蕨科。     

槭叶铁线莲的系统位置初探——来自ITS和叶绿体DNA序列片段的分析

槭叶铁线莲是分布于北京附近低山峭壁之上的特有濒危植物,其分布区域狭窄。在传统分类处理中将槭叶铁线莲置于绣球藤组中,但是其形态特征、地理分布及生长环境与组中其他种类有较大差异。本文根据核核糖体DNA中的ITS序列片段和3个叶绿体DNA序列片段（atpB-rbcL间隔区、psbA-trnQ间隔区和rpoB-trnC间隔区）...     

蕨麻猪白细胞抗原Ⅰ类分子3基因的克隆和序列分析

参照GenBank上登录的猪SLA-3基因序列(GenBank登录号:AF464010)设计1对引物,从经ConA刺激的蕨麻猪外周血液淋巴细胞中提取RNA,进行克隆、测序以及同源性分析和蛋白结构预测分析.结果表明:克隆的蕨麻猪SLA-3基因大小为1 086 bp,含一个完整的开放阅读框,编码361个氨基酸,还含有一段21个氨基酸的信号肽序列;核苷酸序列与GenBank上登录的SLA-3参考序列的同源性为93.1%;与牛、绵羊、山羊的同源性较高,而与鸡的同源性最低.蛋白分子结构预测表明,猪SLA-3基因编码的蛋白分子是由胞外区(303个氨基酸)、跨膜区(23个氨基酸)和胞内区(35个氨基酸)组成的一种跨膜蛋白.     

利用ITS序列探讨锦鸡儿属(Caragana Fabr.)植物系统关系(英文)

[目的]利用ITS序列探讨锦鸡儿属(Caragana Fabr.)植物系统关系。[方法]以锦鸡儿属11个系29种为代表材料,选择性扩增nrITS序列并双向测序,结合黄耆亚族Astralinae(Adens)Benth其他6属7个代表种的nrITS序列进行最大简约性(MP)和最小进化(ME)的系统发育分析。[结果]锦鸡儿植物ITS序列长度在611-614bp之间,与外类群排序后长度为655bp,共有170个可变位点,其中107个简约信息位点,简约信息位点在总排序序列中达16.3%,可以为属内及属间系统关系提供有力的分子证据;锦鸡儿属在系统发育上不是一个单系类群,与丽豆属(Calophaca Fish.exDC.)植物具有极为相近的亲缘关系;Sect.tragacanthoides的种在MP和ME进化树中位置分散,其组的分类有待进一步研究。卷叶锦鸡儿(C.ordosica,新种)虽然形态上与垫状锦鸡儿(C.tibetica)相似,但它与荒漠锦鸡儿(C.roborovskyi)遗传学关系紧密;C.davazamcii是一个独立的种。[结论]ITS序列在锦鸡儿属内及属间的系统学研究中具有重要的参考价值。     

青藏高原仲彬草属植物叶绿体rbcL序列的谱系分析

对9个青藏高原植被区的仲彬草属(StYP基因组组成)植物及2个拟鹅观草属(St基因组)物种和2个冰草属(P基因组)植物共13个类群的叶绿体rbcL序列进行遗传和基因谱系分析,探讨青藏高原仲彬草属植物的系统关系及其物种形成的母本供体来源。结果表明:①Kengyilia stenachyra、Kengyilia kokonorica、Kengyilia hirsuta、Kengyilia rigidula和Kengyilia grandiglumis的种间关系较近;②Kengyilia stenachyra和Kengyilia geminata在rbcL序列上发生了一定程度的分化;③拟鹅观草属和冰草属植物均可能作为母本供体参与青藏高原植被区不同仲彬草属植物的物种形成。     

基于rpl16 序列的中国野牡丹属植物分子系统关系初探

针对目前中国原产野牡丹属植物系统关系存在的争议,采用叶绿体基因上的rpl16 序列,以野牡丹 科野牡丹属之外的3 个属4 种植物为外类群,对中国野牡丹属植物进行了分子系统关系研究。结果表明,rpl16 序列在野牡丹属植物中没有足够的变异位点,最大简约法（Maximum parsimony,MP）构建的分子系统树中,地菍 （Melastoma dodecandrum）形成单独的一支,贝叶斯分析（Bayesian Inference,BI）构建的分子系统树中,整个野 牡丹属植物形成一支;两种方法构建的分子系统树中,野牡丹科同一个属的植物都可以形成单独的分支。因此, rpl16 序列并不适合野牡丹属植物的分子系统关系研究,可能比较适合野牡丹科植物属间的分子系统关系研究。     

基于ITS序列探讨蓝靛果忍冬(Lonicera caerulea var. edulis)的系统位置

以七子花(Heptacodium miconioides)为外类群,使用MEGA3.1软件对忍冬属的20种植物的ITS序列进行分析,用邻接法获得系统树。结果表明:蓝靛果忍冬(Lonicera caerulea var. edulis)与蓝果亚组(Subsect. Caerulea Rehd.)的其他种聚为一支,自展支持率高达99%,与传统分类相符,故不支持将蓝靛果另立新属。     

毒麦属6个种的rDNA ITS序列测定及分析

提取毒麦属6个种的样品DNA,分别采用PCR产物直接测序和克隆测序2种方法,对毒麦属6个种rDNA的ITS区(包括ITS-1,5.8 S rDNA和ITS-2)进行序列测定.结果表明,毒麦属植物ITS序列总长度约为647 bp,其中ITS-1,5.8 S rDNA和ITS-2分别有16、7和7个变异位点.采用NJ法建立的系统发育树与形态学分类基本相符.     

茄子SmWOX13基因的克隆、亚细胞定位及序列分析

WUSCHEL-related homeobox基因编码保守的转录因子家族在植物发育中起着非常重要的作用。本文从茄子中克隆了SmWOX13基因,该基因cDNA序列全长1 233 bp,包含834 bp编码序列。推导氨基酸序列用于分析该基因的保守性及生成3D结构。扩增获得的基因组序列被用于该基因结构的分析。SmWOX13与GFP融合蛋白的亚细胞定位结果表明该蛋白被定位于细胞核。系统发生树显示茄子SmWOX13基因与番茄WOX8和拟南芥WOX13属于同一个分支。综上结果可表明茄子SmWOX13基因可能与之前报道的番茄和拟南芥WOX基因类似,参与了果实形状的控制。     

基于matK序列的婆婆纳属部分植物亲缘关系分析

本研究利用叶绿体基因matK分析了婆婆纳属16种植物的系统发育关系。直接测序或下载共获得16个种的共36条序列,通过BioEdit和Mega6. 0等软件分析后共获得长度为733bp的序列矩阵,种间距离的范围为0. 002-0. 101之间,系统发育树聚类结果表明睫毛婆婆纳为在这16个物种中最原始,其余物种形成两个独立的并系。本研究表明matK序列可用于分析婆婆纳属植物的系统发育关系。     

蝉拟青霉几丁质酶基因片段的克隆及其序列分析

通过对蝉拟青霉进行诱导产几丁质酶,采用3,5-二硝基水杨酸比色法测定其酶活性,发现：有2株不同采集地点的菌株酶活力较强。根据Genebank中多种真菌几丁质酶氨基酸序列的保守区设计引物,以蝉拟青霉基因组DNA为模版,通过PCR扩增获得2个菌株的特异性DNA片段：其中,GZAAS10．0604为563bp,含有3个内含子;GZAAS10．0601为398bp,无内含子。其对应的氨基酸序列均具有几丁质酶18家族的2个高度保守的活性区域：几丁质结合区域SXGG和酶作用活性位点DXXDXDXE。     

葛拟锈病菌rDNA-ITS的序列分析

分别从罹拟锈病的野葛Pueraria lobata(Willd.)Ohwi、粉葛P.thomsonii Benth.和山葛P.montana(Lour.)Merr.获得病原物拟锈病菌(集壶菌)Synchytrium sp.的孢子囊堆,用其作材料进行了不同DNA提取方法的效果比较,同时对来自以上3种不同植物菌株的核糖体DNA(rDNA)-ITS进行了克隆和序列分析.结果表明:改良的氯化苄法提取基因组DNA的效率最高,但单孢子囊直接进行PCR扩增也可以满足ITS的克隆和分析;来源于野葛和粉葛菌株的ITS1-5.8S-ITS2分别为856 bp和907 bp,两者同源性为92%;而山葛菌株的ITS1-5.8S-ITS2为1 148 bp,与野葛和粉葛菌株的同源性分别为54%和55%.由此推断,粉葛与野葛上的菌株可能为相同种的不同变种,而山葛上的菌株为另一个种;或者3种植物上的菌株分别为3个不同的集壶菌种.     

蜡梅科的花粉形态及其系统位置的探讨

在光学显微镜下和扫描电子显微镜下对蜡梅科Calycanthaceae7种花粉形态进行观察,结果表明本科花粉至少有下列3种不同类型:(1)花粉具穴状纹饰,亦道面观呈长方形,中央部位不扩大,如美国蜡梅,或中央部位扩大,如夏蜡梅和西南蜡梅;(2)花粉具蠕虫状纹饰,赤道面观呈长方形或近圆形,如蜡梅、柳叶蜡梅和突托蜡梅;(3)花粉具瘤状纹饰,赤道面观呈长圆形,如浙江蜡梅。并与蔷薇目Rosales、樟目Laurales和毛茛目尽anunculales内各科花粉进行了对比分析,结果认为本科花粉为独特类型,仅相似于Atherospermataceae,在被子植物花粉中罕见。Idiospermum应隶属于蜡梅科。仅从花粉形态提不出夏蜡梅成立新属Sinocalycanthus的依据。     

棉花黄萎病菌ITS序列的获得及系统进化分析

为探明从河南安阳棉区分离的棉花黄萎病菌的系统进化关系,利用真菌内转录间隔区通用引物ITS1和ITS4对来自安阳地区的棉花黄萎病菌内转录间隔区(ITS)进行PCR扩增,得到542bp大小的片段,经过克隆、测序和在GenBank中进行BLASTN分析,证明了该片段来自大丽轮枝菌的ITS区,也进一步证明该棉花黄萎病菌是大丽轮枝菌。同时,对该序列在NCBI的GenBank进行了登记,登记号为EU835817。利用该ITS序列与GenBank中搜索到的黄萎病菌ITS序列一起构建了相应黄萎病菌的系统进化树,在进化树上所搜索到的13个大丽轮枝菌都聚类到一个进化枝上,而且中国报道的植物黄萎病菌,包括安阳地区黄萎病菌在内的3个大丽轮枝菌在进化树上处于相邻的位置,表明:这3个菌可能具有相同的起源。这些结果有助于理解棉花黄萎病安阳菌株的进化地位,该ITS序列还可以应用于棉花黄萎病安阳菌株的特异分子鉴定。     

石斛属植物rDNA ITS序列的克隆与分析

对24种石斛属植物的rDNA ITS序列进行克隆分析,以期为石斛属植物的分子鉴定和遗传多样性研究提供依据。以叶片基因组为模板,利用通用引物分别扩增24种石斛属植物的ITS序列,结果表明,ITS全长为634～646 bp,其中,58S序列的长度十分保守,均为164 bp;而ITS1和ITS2序列长度变异较大,分别为226～235 bp和241～247 bp。ITS1和ITS2序列具有丰富的变异位点,分别为176和166个;其中,信息位点分别为114和104个,发现了大量的转换、颠换和插入/缺失现象。而58S序列相对保守,有36个变异位点,其中信息位点16个。本研究表明,利用ITS序列可将本研究中的24种石斛属植物完全区分,这24种石斛属植物的遗传距离为0007～0302,其中鼓槌石斛和粟斑鼓槌石斛的遗传距离最小,亲缘关系最为接近;而金耳石斛与短棒石斛的遗传距离最大,亲缘关系最远。     

刚竹属3种重要散生竹光系统Ⅰ基因（Lhca1）的克隆、序列分析和蛋白结构预测

光系统Ⅰ(PSⅠ)在植物光合系统中具有重要功能,Lhca1是编码PSⅠ复合物中最主要的捕光色素蛋白LHCⅠ的基因。该研究采用RT-PCR法,从毛竹中克隆了捕光叶绿素a/b结合蛋白基因Lhca-Pe01(GenBank EU035496)的全长,从红壳竹和角竹中克隆了长度分别为616、613 bp的捕光叶绿素a/b结合蛋白基因片段LhcaH01(GenBank EU513200、 LhcaJ01(GenBank EU513201)。运用生物信息学方法对其核苷酸序列、编码的氨基酸序列以及蛋白结构进行预测。结果表明,LhcaPe01基因序列从第39 bp开始到第779 bp含有1个开放阅读框和一个中止密码子,该基因全长1 051 bp,在5′端有38 bp的非编码区,在3′端含有242 bp的非编码区和Poly(A) 30 bp。对这3个基因的保守片段的序列分析表明,刚竹属3种竹种毛竹、红壳竹和角竹保守区内核酸序列同源性非常高,在禾本科内不同属之间毛竹与大麦序列同源性最高,玉米次之。编码的氨基酸序列同源性与核酸序列同源性一致,最高是毛竹与大麦,水稻次之。经推测LhcaPe01编码的蛋白质等电点和分子量分别为5.400 0和22 107.34 D。蛋白质结构预测表明,毛竹、大麦、水稻、玉米的LHCⅠ蛋白结构非常相似。      

由8个DNA片段推断云南金钱槭的系统位置

云南金钱槭是金钱槭属中的濒危物种,其系统地位迄今存在一定争议。本研究利用6个叶绿体基因片段(psbM-trnD、rbcL、trnD-trnT、rpl16、trnL-trnF与psbA-trnH)和2个核基因片段(ITS与CHS)数据,采用最大简约法(MP)及贝叶斯法(BI)对该种及若干近缘类群进行了系统发育分析,从而探讨云南金钱槭的系统位置。结果显示:1)基于6个叶绿体基因联合数据分析,云南金钱槭所在的金钱槭属形成单系群并与槭属彼此独立,互为姐妹属。2)基于CHS数据分析,金钱槭属物种自身形成单系群,但与槭属物种混在一起。3)基于ITS数据分析,金钱槭属为并系群,其中云南金钱槭内嵌于系统发育树的末端与梣叶槭聚在同一进化分枝。本研究中,不同数据集的结果出现冲突,可能是由于不同基因片段进化速率存在差异的影响。此外,核CHS基因在槭树科植物中的有效变异信息位点较少以及核ITS基因存在多拷贝的现象,均可能造成与6个叶绿体基因组合的分析结果出现差异。综合研究结果并参考形态学证据,倾向于云南金钱槭的系统位置继续归属于金钱槭属。进一步增加基因片段可能有助于云南金钱槭系统位置的明确。      

早园竹叶绿体atpA基因序列及系统进化分析

在构建叶绿体DNA基因组文库的基础上,克隆了早园竹叶绿体atpA基因,与禾本科水稻、玉米等11种植物atpA基因的SNP对比分析发现,早园竹与供试禾本科植物叶绿体atpA基因序列间共有110个SNP位点,其中与水稻Indica,Japonica和野生稻之间仅有1个SNP位点 与玉米、高粱、甘蔗及杂交甘蔗之间有2个SNP位点 而与小麦、大麦、匍茎剪股颖和黑麦草之间的SNP位点较多。基于atpA基因序列和编码氨基酸序列构建的Neighbor-joining系统进化树显示,供试的禾本科植物在系统进化上可划为2个进化类群和4个进化亚群,水稻与早园竹处于同一亚群。表明早园竹在进化关系上与水稻最近,其次与甘蔗、玉米和高粱进化关系较近,而与麦类及其近缘植物的进化关系较远。     

天台山4种鹅耳枥属植物ITS序列的克隆与分析

通过克隆和分析雷公鹅耳枥(Carpinus viminea)、短尾鹅耳枥(C. londoniana)、多脉鹅耳枥(C. polyneura)和天台鹅耳枥(C. tientaiensis)的ITS序列,为鹅耳枥属植物的分子鉴定和遗传多样性研究提供依据。利用PCR法从4种鹅耳枥叶片DNA中克隆到各自的ITS,以ClustalX,EXCEL和MEGA等软件分析和比较序列特征,并从NCBI数据库下载另外7种鹅耳枥的ITS序列用于进化分析。序列已上传至NCBI,登录号为JF796531JF796534。结果表明,4种鹅耳枥属植物ITS的全长为600～602 bp,具26个变异位点,部分位点有明显的物种特征,可用作DNA指纹特异性识别。进化分析的结果表明,11种植物的遗传距离为0.0048～0.0681,表现为种间关系。4种采自天台山的鹅耳枥分属3个不同进化枝,多脉鹅耳枥与阿里山鹅耳枥和云南鹅耳枥处于同一分枝,天台鹅耳枥与欧洲鹅耳枥和湖北鹅耳枥归为一类;而短尾鹅耳枥、雷公鹅耳枥则与美洲鹅耳枥聚为一组。