水稻高抗性淀粉含量基因sbe3-rs的KASP分子标记开发与利用

含有sbe3-rs基因型的高抗性淀粉含量水稻品种(系)具有调节餐后血糖、改善血脂和增强饱腹感等功效。以‘降糖稻1号’为sbe3-rs基因供体亲本通过杂交育种和回交转育方法培育优质高产高抗性淀粉水稻新品种具有重要意义。sbe3-rs基因第16个外显子的第105位处有T→C的碱基突变,基于该突变位点开发高通量KASP分子标记,利用该分子标记对杂交F₁后代50个单株和回交BC₁F₁后代44个单株共94份材料进行基因分型检测,结果显示50份F₁样品中有47个单株基因型为C/T杂合基因型,44份BC₁F₁群体材料中共有28个单株基因型为C/T杂合基因型。利用已开发的成熟的sbe3-rs的CAPS分子标记检测验证结果完全一致。同时利用开发的KASP分子标记对杂交F₂分离群体进行基因分型鉴定,对应高抗性淀粉基因型单株成熟期收获进行抗性淀粉含量测定,结果完全符合。结果表明针对sbe3-rs的突变位点开发KASP分子标记应用杂交回交群体,克服了前期开发...     

马铃薯淀粉含量相关SSR分子标记的开发及候选基因的初步确定

淀粉含量是衡量马铃薯品质的重要性状之一,本试验以高淀粉四倍体马铃薯野生种‘YSP-4’与低淀粉四倍体马铃薯品系‘MIN-021’杂交获得的F2代分离群体为材料,基于BSA分析技术,开发了2个与马铃薯淀粉含量紧密连锁的SSR分子标记SSR-152和SSR-174,并对其进行单标记分析验证。本研究对这2个标记片段进行了回收、纯化、测序及blastn序列比对发现,与基因XM＿006348370.1的同源性分别为96.63%和98.04%,该基因可能与马铃薯淀粉合成相关基因Patatin和耐旱基因有关,通过调控糖的合成与代谢,进而影响淀粉含量的积累,初步确定为候选基因。这2个标记为马铃薯淀粉相关候选基因的筛选、克隆以及开展分子标记辅助育种等研究奠定了基础。     

利用SSR标记和标记辅助选择来确定小麦赤霉病抗性的主要QTL

本研究的目的是评价潜在亲本中与3BS QTL连锁的简单序列重复(SSR)标记的多态，证实小麦育种群体的不同遗传背景中和不同世代中主要赤霉病抗性QTL的效应和与染色体3BS上QTL连锁的SSR标记的预期价值；同时育成3BSQTL的近等基因系。     

水稻InDel和SSR标记多态性的比较分析

为评价插入缺失（InDel）标记在水稻分子育种中的应用价值,本研究用日本晴和9311序列筛选得到遍布每条染色体的20对InDel标记和53对SSR标记,分析46份粳稻和47份籼稻的遗传多样性。研究表明这些InDel标记在籼粳亚种间具有很高的多态性,亚种内多态性较低,平均多态性水平显著小于SSR标记,InDel标记具有数量多,扩增产物稳定和易于检测等优点,将InDel标记应用到遗传图谱构建、基因定位分析和标记辅助选择中可以加速研究进程。     

水稻显性早熟基因Ehd的SSR标记定位

以籼稻品种广陆矮4和粳稻品种台中65为亲本构建高世代回交分离群体,选用分布于水稻全基因组的145个SSR标记对亲本及抽穗期早熟基因进行分析.结果表明,114个标记在亲本间具有多态性,多态率78.6%;在BC3F1群体中,检测到10个标记的基因型来源于供体亲本广陆矮4号;在BC3F2定位群体中,早熟植株数与晚熟植株数的分离比例为3:1,早熟植株平均比晚熟植株提早抽穗21 d;通过SSR标记与抽穗期共分离分析将显性早熟基因Ehd界定在分子标记RM271和RM258之间;Ehd与标记RM184和RM271紧密连锁,遗传距离分别为2.6 cM和2.1 cM,此结果为该基因分子标记辅助选择奠定了基础.     

富含抗性淀粉稻米淀粉特性研究

为了比较高低抗性淀粉含量水稻种质间淀粉主要特性差异,利用江苏省农科院水稻品种资源项目组筛选出的抗性淀粉含量有极显著差异的水稻种质,比较分析了RVA特征值和淀粉晶体热力学差异.结果表明,抗性淀粉含量较高的3个水稻材料崩解值较低,而消减值较高;抗性淀粉含量较小的3个水稻材料崩解值较高,而消减值较低.高低抗性淀粉含量水稻种质间RVA特征值和淀粉晶体热力学有较大的差异,可为高抗性淀粉含量功能性水稻品种育种提供新的选育指标.     

SSR标记在杂交水稻亲本技术鉴定中的应用

本研究利用SSR引物对4份水稻亲本进行了遗传多样性分析,24对引物共检出等位基因70个,有效等位基因数58.4,占所有等位基因的83%。每对引物检刚到等位基因2~5个,平均为2.%个,平均有效等位基因数为2.47个。Shannon信息指数变化范围0.56~1.49,平均值为0.94;期望杂合度变化范围0.38~0.75,平均值0.57;多态性信息含量指数变化范围0.59~0.91,平均值0.81。根据电泳谱带构建了4份材料的分子指纹图谱,并对引物的多态性和鉴别能力进行了分析和探讨。     

水稻SSR标记在RI群体的偏分离分析

以完成了部分测序的培矮64s和全基因组测序已经完成了的粳稻日本晴（Nipponbare）为亲本杂交得到的F6群体作为构图群体,共330个单株,构建了一张含92个微卫星标记的水稻分子遗传图谱。结果发现该F6群体有较高的偏分离现象,有63个分子标记表现偏分离（P〈0．05）,占总标记数的68．47％,在这些偏分离标记中,有60个标记偏向母本培矮64s,我们对这种偏分离现象和原因进行了分析讨论。     

利用水稻基因组序列数据开发SSR标记的方法

水稻基因组序列中存在着丰富的简单重复序列(SSR)，而已经开发利用的仅仅是一小部分。本文提出了通过搜索水稻基因组序列中的简单重复序列开发SSR标记的思路和方法，并介绍了应用本方法成功地在500kb范围内，获得22个SSR标记，其中10个在定位群体中扩增出多态带的SSR标记并将其定位，本实例验证了利用水稻基因组序列数据开发SSR标记是十分有效的。     

高空气球搭载空间诱变品系稻瘟病抗性变异基因遗传分析及分子标记研究

在前期对空间诱变品系进行稻瘟病表型鉴定的基础上,选取部分空间诱变粤香占和青华占抗性变异高代品系（6代以上）进行稻瘟病抗性变异基因的遗传分析及分子标记研究。经遗传分析,发现突变品系YX03和QH06对菌株01—18a的抗病性分别受一对显性主效基因控制,而突变品系YX04和QH05分别受两对显性主效基因控制;并将QH06的抗病突变基因定位于第8染色体,与微卫星标记RM547连锁,遗传距离为8．5cM。研究结果表明空间诱变可以产生稻瘟病抗性基因的变异。     

SSR对黑龙江省主栽水稻品种抗瘟基因Pi-1的检测分析

应用水稻稻瘟病抗性基因Pi-1紧密连锁的3个微卫星标记RM144、RM224和MRG4766对黑龙江省49主栽水稻品种(系)进行抗瘟基因Pi-1检测分析。结果表明,用3个与抗瘟基因Pi-1紧密连锁的SSR标记同时对抗瘟基因Pi-1有检测是非常有效的途径,检测到富士光等14个水稻品种(系)含有Pi-1抗瘟基因,明确了该基因在黑龙江省水稻品种(系)中的分布情况,为分子育种、合理搭配种植品种等提供了理论依据。     

中国稻与美国稻的SSR标记多态性分析

从88对平均分布于水稻12条染色体的SSR引物中筛选出24对用于33份美国稻和13份中国稻的多态性分析,24对引物在46份材料中共检测到189条带,其中多态性带177条,多态率高达93．65％。UPGMA聚类分析把46份材料分为两大类,28份美国稻组成Ⅰ类,另5份美国稻与13份中国稻组成Ⅱ类;在Ⅱ类中,美国稻与中国稻分别聚为Ⅱ-Ⅰ和Ⅱ一22个亚类。结果表明：美国稻与中国稻之间的遗传差异大于美国稻之间的遗传差异大于中国稻之间的遗传差异。美国稻与中国稻之间、部分美国稻之间遗传背景差异显著。     

抗稻瘟病基因Pi-2(t)紧密连锁的SSR标记的筛选与应用

根据已报道的双侧连锁标记并利用已公布的水稻基因组序列信息,在广谱抗稻瘟病基因Pi-2（t)的附近找到了一个新的SSR标记,记为SRM24,估计它与Pi-2（t)间的距离大约只有0．5cM或43kb。利用该标记,成功地将Pi-2（t)从供体材料5173导入到迄今广泛使用的雄性不育保持系珍汕97B中,获得了一批携有Pi-2（t)的珍汕97B近等基因系。     

滇-型杂交水稻质核雄性不育恢复基因的SSR分子标记

用混合品集分析方法(BLA),在保持系和恢复系中的DNA各取20个样混合,对PMRF、OSR-33、RM294、RG304、RG257和RM228六对引物进行筛选,结果发现PMRF、OSR-33和RM228三对SSR引物在保持系和恢复系的混合之间有遗传差异.用这三对引物分别对不同的40个保持系和60个恢复系DNA样品进行扩增.另外,用滇-型杂交粳稻的保持系40份和恢复系60份与不育系进行测交,杂种F1花粉的育性经1%的I-KI染色,其花粉的可育率有高有低.用扩增出的带型与F1花粉的育性进行相关分析,结果表明扩增出带型与花粉的育性呈显著正相关,两种带型对应的花粉可育率均值经t测验差异极显著,表明PMRF、OSR-33和RM228标记与滇-型细胞质雄性不育育性恢复基因连锁,并且PMRF、OSR-33sSR和RM228引物是设计在第10染色体长臂的中部,所以,滇-型细胞质雄性不育育性恢复的一个基因可初步定位于第10染色体长臂的中部.     

基于SSR标记的重庆市水稻区试新组合的遗传多样性研究

利用SSR标记对22份水稻组合（其中包括21份参加重庆区域试验的新组合和一份对照材料）进行了遗传多样性研究。结果表明,19对SSR引物共检测出44个等位变异,平均每个位点有2.3个等位变异;供试材料间最大遗传距离为0.47,最小为0.09;聚类分析显示,在遗传距离为0.34处,供试材料可分为3个组,其中第I组有18个组合,第Ⅱ组有3个组合,第Ⅲ组只有1个组合。遗传多样性分析表明,虽然大多数新组合与对照品种有较大差异,水稻遗传改良也取得了一定进展,但总体上遗传背景相似性较高、多样性不够丰富,有待加强新的基因资源鉴定利用及育种材料创制。     

利用与抗稻瘟病基因Pi1连锁的MRG4766标记鉴定173份云南地方稻种

稻瘟病是世界上危害最严重的水稻病害之一,鉴定与发掘抗稻瘟病种质资源是抗稻瘟病育种的重要基础工作。本研究利用与抗稻瘟病基因Pi1连锁的SSR引物MRG4766对173份云南地方稻种抗性基因Pi1进行了检测,并选择其中30个材料进行了人工接种验证。结果表明,人工接种验证与分子鉴定结果完全相符,说明SSR引物MRG4766用于鉴定抗稻瘟病基因Pi1是可行的。分子标记检测表明,供试的173份材料中有64份含有抗稻瘟病基因Pi1,占36.99%;其中102份籼稻中有33份含有该基因,占32.35%,而71份粳稻中有31份含有该基因,占43.66%,粳稻含有抗稻瘟病基因Pi1的比例比籼稻要高。检测到含有Pi1基因的种质材料分布在云南省11个州市29个县(市),分布范围较为广泛。南部边缘水陆稻区分布频率为41.03%,滇南单双季籼稻区分布频率为32.69%,滇中一季粳稻籼稻区分布频率为35.29%、滇东北高原粳稻区为35.29%、滇西北高原粳稻区33.33%。     

水稻褐飞虱抗性基因的初步定位

本文应用229对水稻SSR引物对来自野生稻的褐飞虱抗性基因进行定位,结果表明引物RM589和RM311在作图群体BC2F2中存在多态性.通过作图软件进行基因和分子标记位点的遗传连锁分析,褐飞虱抗性基因与引物RM589和RM311的遗传距离分别是9.8cM和11.9cM,并将其定位在第6染色体和第10染色体上.     

水稻抗稻瘟病资源与野败型骨干恢复系间的遗传差异

对17份水稻抗稻瘟病资源的苗期进行叶瘟病菌接种、抽穗期进行颈瘟病菌接种,并测定它们的抗病性.选取分布于水稻12条染色体上的64对SSR引物,对抗病资源与21份不同时期育成的骨干恢复系问的遗传差异进行了分析.结果表明,17份遗传资源的抗病性较好,多数达到抗和高抗水平,尤以IR99-92、548、R41三份材料抗病频率为85%以上、抗颈瘟性好,颈瘟均为1级.SSR分析表明,64对引物在38份供试材料中一共检测到219条带,其中多态性带为210条,多态率高达95.89%.用Nei和Li法计算遗传距离,UPGMA聚类分析把38份材料聚为6类,优秀抗病资源IR99-92、548、R41与21份恢复系中大部分材料之间具有较大的遗传差异,因此,这3份抗病材料可被用来与其遗传差异较大的恢复系杂交,进行抗病新品种选育.     

棉花SSR分子标记在香蕉中通用性的研究

香蕉栽培品种是由尖叶蕉(Musa acuminata Colla,记为A基因组)和长梗蕉(Musa bilbisiana Colla,记为B基因组)这两个原始野生蕉种内或种间杂交后代进化而成的.目前,香蕉SSR分子标记开发的数量和应用研究非常有限,需要开展其它物种SSR分子标记在香蕉中的通用性研究.棉花(Gossypium spp.)是重要的经济作物,已经从基因组和EST开发了大量SSR分子标记.本研究应用1595对棉花SSR引物首先对A基因组的代表品种贡蕉和B基因组的代表品种野蕉进行转移扩增,得到183对有效扩增的引物.然后以20个香蕉栽培品种和4个野蕉品种对183对有效扩增的引物进行多态性筛选,最后得到111对多态性引物,共扩增到797个等位基因,平均每对引物的等位基因数为7.2.引物多态信息含量(PIC)在0.61～0.91之间.应用非加权类平均聚类方法,在相似系数0.61处将24个品种分为两大类群,类群Ⅰ是以A基因组为主的品种群,类群Ⅱ是以B基因组和A基因组与B基因组杂交的品种群.