鱼菜共生模式中不同鱼类肠道微生物群落结构的比较

为研究鱼菜共生模式下不同鱼类肠道微生物的菌落结构,采用宏基因组学测序技术和生物信息学分析手段,构建了草鱼(Ctenopharyngodon idellus)、鲫(Carassius auratus)、鲢(Hypophthalmichthys molitrix)和鳙(Aristichthys nobilis)4种鲤科鱼类的肠道内含物等12个样品的16S rDNA测序克隆文库,分析了这4种鲤科鱼类肠道微生物的菌落组成和多样性。结果表明,鱼菜共生模式下不同鲤科鱼类肠道内含物微生物优势菌落的组成十分相似(P0.05,Kruskal-Wallis),优势微生物菌群均是鲸杆菌属(Cetobacterium)和梭状芽孢杆菌属(Clostridium)、拟杆菌属(Bacteroides)和芽孢杆菌属(Bacillus)等, 其中鲸杆菌属和梭状芽孢杆菌属含量最丰富,且主要在非优势菌属之间具有显著差异(P0.05,Kruskal-Wallis),研究结果还表明食性不是造成不同食性鲤科鱼类肠道微生物菌落差异的唯一决定性因素。     

四种不同食性鱼类的消化酶活性及肠道组织形态学比较研究

为了探讨食性与鱼类消化酶分泌及肠道组织形态学的关系,通过比较分析滇池高背鲫(Carassius auratus)、草鱼(Ctenopharyngodon idellus)、鳜(Siniperca chuatsi)和昆明裂腹鱼(Shizothorax grahami)4种不同食性鱼类鱼体近似成分、血液生化指标、消化酶活性及肠道组织形态的差异。结果表明,鳜的全鱼水分显著低于其他鱼类,粗蛋白含量显著高于其他鱼类;谷草转氨酶GOT、白蛋白AIB、甘油三酯TG、总胆固醇TCH等部分血液生化指标受食性影响显著;鳜肠道蛋白酶显著高于草鱼,淀粉酶活性显著低于草鱼;鱼类肠道形态(绒毛高度、绒毛宽度和肌层厚度)与食性相关,如鳜肠道微绒毛分支较多,结构复杂。肠道结构的复杂性加大了食糜在肠道中的保留时间,促进了鱼类对营养物质的充分吸收。综上所述,食性与鱼类消化酶活性及肠道组织形态相适应,通过分析消化酶活性和肠道组织形态,有助于界定鱼类食性,改进饲料配方和饲养方法。     

5种海水养殖石首鱼类肠道菌群多样性的比较

为探究海水养殖石首鱼类肠道菌群的结构特征及宿主遗传因素对肠道菌群的影响,实验采用基于Illumina Hiseq2500测序平台的高通量测序技术,对福建宁德三都澳养殖的5种石首鱼类(大黄鱼、黄姑鱼、状黄姑鱼、和眼斑拟石首鱼)的肠道菌群进行16S rDNA V3～V4区测序分析。各样本得到unique tags的数目为20 351～43 347个,上述5种鱼类分别得到479、626、603、518和556个操作分类单元(OTUs),分类注释结果显示,这些OTUs可划归33门273属。5种石首鱼类肠道内容物和肠道壁样品均以变形菌门、拟杆菌门和厚壁菌门细菌为主要优势菌群,约占总菌量的70%,在大黄鱼肠道菌群中,螺旋菌门细菌占比达26.19%,也是其主要优势菌群。在属分类水平上,芽孢杆菌属、发光杆菌属、弧菌属、金黄杆菌属、鞘氨醇单胞菌属及假单胞菌属等属细菌是5种养殖石首鱼类的主要类别。肠道菌群多样性的分析表明,Shannon多样性指数：黄姑鱼>状黄姑鱼>眼斑拟石首鱼>>大黄鱼,这些养殖石首鱼类的肠道内容物菌群的多样性均高于肠道壁。对上述鱼类种间的肠道菌群差异性分...     

基于16S rRNA高通量测序的长江口日本鳗鲡幼体肠道微生物群落研究

为了解长江口日本鳗鲡(Anguilla japonica)幼体肠道微生物的结构特点和多样性组成,探索其潜在功能,采用MiSeq 16S rRNA高通量测序技术对2022年1―4月每月VA期和VB期2个发育时期的肠道样本进行微生物测序,分析了肠道微生物的OTU数量、菌群组成、丰度及Alpha多样性,并预测其功能。8个样本共测得1467个OTU,每个样本平均396个。共鉴定出51门、140纲、286目、414科、643属、959种,每个样本平均包含26门和229属,并表现出随月份递增而门数和属数明显减少的现象。在门水平上,以变形菌门(Proteobacteria)(81.33%)和拟杆菌门(Bacteroidota)(10.61%)为优势菌群。在属水平上,主要由嗜冷杆菌属(Psychrobacter)(35.10%)、假单胞菌属(Pseudomonas)(16.75%)、黄杆菌属(Flavobacterium)(7.99%)、无色杆菌属(Achromobacter)(4.82%)、希瓦氏菌属(Shewanella)(4.21%)等组成,显示了一组与其他鱼类不同的肠道微生物群落。1月组的肠道...     

鱼类肠道微生物研究进展

肠道微生物种类和含量丰富,对机体生长发育具有重要影响。鱼类作为脊椎动物的重要组成部分,其生活在水体环境中,肠道微生物容易受到食物、压力、宿主生长发育、环境等影响,同时对机体的营养、生长、和免疫等都有重要作用。本文综述近年来国内外对鱼类肠道微生物的研究进展,阐述鱼类肠道菌群的影响因素、肠道微生物对机体营养代谢、免疫调节等的影响,以期为鱼类等水生动物的生态健康养殖提供理论支撑,推动水产养殖业的可持续发展。     

千峡湖三种肉食性鱼类肠道微生物群落结构分析

为揭示分类地位相近、发育阶段和生活环境相同的肉食性鱼类肠道微生物群落结构的异同,采用高通量测序技术分析了丽水市千峡湖翘嘴鲌（Culter alburnus）、达氏鲌（C. dabryi）和红鳍原鲌（Cultrichthys erythropterus）（平均体质量分别为57.6 g、53.4 g和63.5 g）三种肉食性鱼类的肠道微生物群落结构。结果共获得有效序列943 949条,单个样品平均有效序列78 662条,归属1 094个feature特征序列,其中翘嘴鲌、达氏鲌和红鳍原鲌分别为407个、666个和392个;三种鱼类的共有feature特征序列为73个,占feature特征序列总数的6.67%。物种注释分析显示,门水平上翘嘴鲌以变形菌门（Proteobacteria）、梭杆菌门（Fusobacteria）和厚壁菌门（Firmicutes）为优势菌门,达氏鲌肠道优势菌门为变形菌门和梭杆菌门,红鳍原鲌以变形菌门、梭杆菌门和螺旋菌门（Spirochaetes）为优势菌门;属水平上鲸杆菌属（Cetobacterium）、邻单胞菌属（Plesiomonas）和气单胞菌属（Aeromon...     

养殖花鲈(Lateolabrax maculatus)肠道菌群的多样性分析

为探究养殖花鲈(Lateolabrax maculatus)肠道菌群的结构特征,采用Illumina Hiseq2500高通量测序技术,对福建宁德三都澳网箱养殖花鲈的肠道内容物及肠壁菌群16S rDNA V3-V4区进行测序.肠道内容物和肠壁样品分别获得456和293个OTUs(operational taxonomi...     

牙鲆(Paralichthys olivaceus)仔稚幼鱼肠道菌群结构比较分析

采用MiSeq 16S rRNA高通量测序技术和生物信息学分析方法,构建了牙鲆(Paralichthys olivaceus)工厂化人工育苗模式下仔稚幼鱼阶段6个不同发育时期18个样品的16SrRNA基因测序文库,共获得7462个OTU (Operational Taxonomic Unit),分类为42个菌门972个菌属.对肠道菌群的形成过程及结构多样性变化分析显示,牙鲆初孵仔鱼的菌群组成多样性丰富,体内的优势菌为变形菌门(Proteobacteria)、厚壁菌门(Firmicutes)和拟杆菌门(Bacteroidetes);在9日龄和21日龄摄食轮虫(Rotifer)和卤虫(Artemia sp.)幼体样品中,肠道的优势菌群结构较单一,变形菌门成为此时期肠道的优势菌群;45日龄摄食配合饲料后,肠道中变形菌门的相对丰度显著降低,厚壁菌门和拟杆菌门的相对丰度明显增大,成为肠道菌群的优势菌群.在属水平的菌群结构中发现,牙鲆仔稚幼鱼肠道优势菌群的种类和数量都发生了较大变化,在9日龄和21日龄时期肠道中弧菌属(Vibrio)相对丰度最高,到45日龄后相对丰度锐减到最低水平;拟杆菌属(Bacteroides)和普氏菌属(Prevotella)在80日龄后达到较高水平,成为肠道优势菌属;厚壁菌门的8个菌属在80-115日龄时期均发展成为优势菌属,定植于牙鲆的肠道.本研究揭示了工厂化人工育苗模式下牙鲆仔稚幼鱼肠道菌群结构及演替规律.     

池塘和工厂化养殖牙鲆肠道菌群结构的比较分析

为研究池塘和工厂化养殖条件下牙鲆肠道菌群结构差异及其与饵料、水环境、底质等的关系,采用MiSeq高通量测序技术和生物信息学分析手段,构建了牙鲆(Paralichthys olivaceus)肠道、养殖水体、饵料和池塘底泥等7个样品的16s rRNA基因测序文库,分析了不同样品中菌群组成和生物多样性。结果表明：池塘养殖牙鲆肠道（B1）中以厚壁菌门（30.49%）、变形菌门（19.16%）和梭杆菌门（11.11%）为主,其中芽孢杆菌属（27.66%）占绝对优势,弧菌属（0.16%）丰度最小;工厂化养殖牙鲆肠道（B5）中以变形菌门（44.31%）、厚壁菌门（11.57%）和放线菌门（4.79%）为主,其中不动杆菌属（10.37%）丰度最大,弧菌属（4.05%）相对B1中丰度较高。牙鲆肠道优势菌群主要与营养代谢调节相关,同时有益微生物和有害微生物也是肠道菌群的重要组成部分。差异性和系统进化分析表明两种养殖条件下牙鲆肠道菌群结构与饵料中菌群关系密切,此外受养殖水环境中菌群影响较大。研究结果将为今后牙鲆养殖专用高效微生态制剂的研制和养殖环境微生态调控技术构建提供理论依据。     

嘉陵江合川段秋季微生物多样性研究

为了解嘉陵江合川段秋季微生物多样性,通过16S rRNA基因扩增和测序分析了2017年9月嘉陵江合川段利泽、渠江口、涪江口、草街4个监测点水样和底泥微生物的多样性和种类结构。结果显示:河流上下游水体中微生物物种组成相似、有延续性,利泽和涪江口,渠江口和草街水体中微生物组成均呈现相似;底泥中微生物组成与小区域水文环境相关,涪江口和渠江口水文环境相似,底泥中微生物群落结构也呈现相似;缓流环境更适应微生物生存繁殖,处于监测尾端的草街水体和底泥中微生物数量最多;环境影响因子中总磷、总氮和pH对水体中微生物群落结构组成表现出较大影响;水体中变形菌门、放线菌门、拟杆菌门和蓝细菌门较为丰富,显示该水域有富营养化的趋势。     

Ion levels in the gastrointestinal tract content and plasma of four teleosts with different feeding habits

The levels of various ions (Na⁺, Cl⁻, Ca²⁺, Mg²⁺, K⁺) in the fluid phase of the gastrointestinal contents and of the plasma were determined in four teleosts with different feeding habits: traira (Hoplias malabaricus), hassar (Hoplosternum littorale), silver catfish (Rhamdia quelen), and grass carp (Ctenopharyngodon idella). The results showed that most ionic levels in the fluid phase of the gastrointestinal tract seem to be affected by feeding habit and that these levels can be different from those found in the plasma. In practical terms, these results suggest that ionic levels of the gastrointestinal contents should be considered when preparing solutions for studies of intestinal absorption in fishes.     

青石斑鱼肠道菌群研究

以中国沿海重要经济鱼类青石斑为研究对象,分别以营养琼脂和脑心浸液琼脂培养基检测其肠道中总的好气和兼性厌氧菌及专性厌氧菌的数量,以TCBS(Thiosulfate Citrate Bile Salts Su-crose)、麦康凯、NAC(Nalidixic acid-cetri mide)、锰营养盐、TPY(Tryptone-phytone-yeast extract)和SL(Rogosa SL.)琼脂等6种选择性培养基对青石斑肠道菌群进行计数和选择性分离,并对分离的优势菌株进行16S rRNA基因同源性分析。结果表明,青石斑鱼肠道内好气及兼性厌氧菌的总量可达5.3×105CFU/g。在6种选择性培养基中TCBS培养基上生长的菌落数量最多,约占总好气菌及兼性厌氧菌的36%,优势菌与牙鲆弧菌(Vibrio olivaceussp.nov.)同源性最高;麦康凯琼脂平板中生长的菌落数量次之,约占总好气菌及兼性厌氧菌的24%,优势菌与阿氏肠杆菌(E.asburiae)同源性最高;而NAC和锰营养盐琼脂平板中生长的菌落数量较少,优势菌分别与假单胞菌属(Pseudomonassp.)和枯草芽孢杆菌(Bacillus subtilis)的同源性最高。厌氧菌的数量很少,约为总好气和兼性厌氧菌数量的1%,其中TPY培养基中生长的菌落数量约占总厌氧菌数量的53%,优势菌与拟杆菌(Bacteroidessp.)同源性最高;SL培养基中没有检测到细菌。     

饲料糖水平对不同食性鱼类生长及葡萄糖耐受能力的影响

为研究饲料糖水平对不同食性鱼类生长、血浆生化指标、肝/肌糖原的影响及葡萄糖耐受能力的影响,本实验以不同食性的吉富罗非鱼、卵形鲳鲹和军曹鱼为研究对象,糊精为糖源,三种鱼各设置低、中、高（CL、CM、CH;吉富罗非鱼：20%、30%、40%;卵形鲳鲹：13%、26%、39%;军曹鱼：12%、24%、36%）3个不同饲料糖添加水平,依次为进行8周的饲养实验并进行葡萄糖注射实验。结果显示：饲料中不同糖水平对吉富罗非鱼成活率没有显著影响（P>0.05）;饲料系数随饲料糖水平的升高呈现先下降后升高趋势,以CL组最高（P<0.05）;增重率与特定生长率最高值均出现在CH组中,显著高于CL组（P<0.05）。卵形鲳鲹和军曹鱼CH组存活率均显著低于其他各组（P<0.05）;而增重率与特定生长率则均为CM组显著最高（P<0.05）;三种鱼饲料系数随着饲料糖水平的升高呈现先下降后升高趋势,均以CM组最低,分别为1.47（吉富罗非）、1.61（卵形鲳鲹）和1.49（军曹鱼）。饲料中不同糖水平对不同食性鱼类糖代谢相关生化指标有不同程度的影响。随着饲料中糖水平的上升,罗非鱼CH组糖代谢指标均显著高于其他各组（P<0.05）。卵形鲳鲹和军曹鱼CH组血糖、胰岛素、肝/肌糖原、甘油三酯均为最高;军曹鱼CM组肝/肌糖原和甘油三酯均显著高于其他各组（P<0.05）。葡萄糖耐受实验结果显示注射葡萄糖后：（1）卵形鲳鲹组和罗非鱼组在1 h血糖水平达峰值（P<0.05）,并且均在12 h恢复到注射前水平;而军曹鱼组在3 h达血糖峰值后直至24 h才回到注射前水平。（2）军曹鱼组与罗非鱼组血浆胰岛素水平缓慢上升,至3 h达最高水平（P<0.05）,而卵形鲳鲹组在1 h内显著下降（P<0.05）。（3）卵形鲳鲹组与罗非鱼组肝糖原水平缓慢上升,分别在3 h、6 h达峰值（P<0.05）,而军曹鱼组在1 h内呈下降趋势。（4）罗非鱼组与卵形鲳鲹组甘油三酯水平分别在3 h、6 h达峰值（P<0.05）,而军曹鱼组在1 h内显著下降（P<0.05）。本研究表明,饲料糖水平对对三种食性鱼类生长、糖代谢生化指标、葡萄糖利用和耐受能力具有不同程度的影响,杂食性罗非鱼可比肉食性鱼类更好地利用膳食糖物质。葡萄糖耐受能力则以杂食性吉富罗非鱼为最强,卵形鲳鲹次之,军曹鱼葡萄糖耐受能力最低。     

陆水水库鳜属鱼类食性及消化器官的比较研究

通过对陆水水库三种鳜属鱼类的食性及消化器官比较，结果表明，三种鳜都以摄食鱼虾为主，在鳜和大眼鳜的食物组成中，虾的出现率分别为８２．３５％和８１．０３％，鱼的出现率分别为４７．０６％和３１．２３％，斑鳜中鱼和虾和出现率分别为６３．０７％和５０．０７％，鱼虾出现率在不同月份变化圈套。鳜摄食强度最大，大眼鳜次之，斑鳜最小。但它们摄食鱼的饱满分指数均大于虾。在消化器官中，鳜、斑鳜、大眼鳜的幽门盲囊的平均数     

Comparison of conventional and molecular techniques to investigate the intestinal microflora of rainbow trout (Oncorhynchus mykiss)

The concept of the use of probiotic organisms or prebiotic compounds to modify the fish gut microflora is becoming a popular topic for investigation. A major flaw in many such studies is a failure to consider fully the nature of the established microflora, which is to be modified pre-, or probiotically. Since it is widely accepted that a large proportion of bacteria are non-culturable, the use of conventional bacteriological (culture) techniques alone to investigate fish intestinal microflora may be expected to bias results. We report a study designed to investigate the normal intestinal microflora of rainbow trout (Oncorhynchus mykiss) using both conventional bacteriological and molecular methods.Over an 18 month period, the intestinal microflora of a single population of laboratory-raised rainbow trout was investigated. Bacteria isolated using bacteriological techniques were identified using the BiOLOG system and 16S rRNA gene sequencing. Dominant bacteria consistently were Aeromonas sp. and Carnobacterium piscicola, demonstrating that the microflora is stable in fish kept in defined conditions. Restriction Fragment Length Polymorphism (RFLP) and 16S rRNA gene sequence analysis was used to investigate anaerobic and non-culturable bacteria. An obligate anaerobe, Clostridium gasigenes, was shown to be among the dominating intestinal microflora.     

中国南海斑节对虾5个地理群体线粒体18S rRNA基因序列比较分析

摘要：本文对中国南海海域5个斑节对虾野生群体（三亚群体（SY）、深圳群体（SZ）、阳江群体（YJ）、湛江群体（ZJ）、北海群体（BH））100个样品的 16SrRNA 序列进行PCR扩增,并对扩增产物进行了测序。用Clustal_X排序软件对测序所得的100个16S rRNA序列进行比对。通过ARLEQUIN软件对所得100个mtDNA16S rRNA序列进行比较分析,共检测出28个变异位点,19种单倍型。三亚、深圳、阳江、湛江以及北海等5个野生群体的核苷酸多样性（π）依次分别为0.00435,0.00586,0.01050,0.01081,0.01168。三亚、深圳、阳江、湛江以及北海等5个野生群体的单倍型多样性（H）依次分别为0.6895, 0.5211, 0.5737, 0.6000, 0.7211。对5个野生群体的16S rRNA序列进行FST分析,结果表明湛江、北海群体分别与三亚、深圳两个群体有显著的遗传差异,其余群体之间的遗传差异不显著。对5个群体进行AMOVA分析,结果表明5个群体间存在显著性遗传差异。对5个群体构建分子系统树,结果表明：三亚和深圳群体之间的亲缘关系最近;北海、湛江群体与三亚、深圳群体的亲缘关系很远。以上结果表明,中国南海海域5个斑节对虾野生群体可以为斑节对虾的选择育种提供两个基础群体：一个是三亚、深圳野生原种基础群体;另一个是湛江和北海野生原种基础群体。     

Assessment of microbial diversity in the river trout Salmo trutta fario L. intestinal tract identified by partial 16S rRNA gene sequence analysis

ABSTRACT:   The microbial diversity of the intestinal tract content of the river trout from two Lithuanian rivers has been investigated by molecular methods: polymerase chain reaction amplification and sequencing of partial 16S rRNA genes. Predominant bacterial populations detected in the river trout intestinal tract from the Skroblus River were Rahnella (21%), from the Žeimena River, Aeromonas (41.7%) and Plesiomonas (22.9%). Buttiauxella agrestis, Budvicia aquatica, Erwinia persicinus , Yersinia mollaretii , Y. kristensenii , Y. rohdei , Moellerella wisconsensis , Obesumbacterium proteus , Pantoea cedenensis , Rahnella aquatilis , and Rahnella sp. from the Enterobacteriaceae family have been detected in the intestinal tract of freshwater salmonid fish for the first time.     

Genetic diversity in the Indian population of Penaeus monodon (Fabricius, 1798) as revealed by mtDNA sequence analysis

Genetic diversity in the Indian population of the tiger shrimp Penaeus monodon was determined by using partial sequence data of the mitochondrial DNA (mtDNA) control region (D‐loop) and the 16S rRNA gene. Eight populations from different geographical locations (Mumbai, Kochi, Mangalore, Kakinada, Gopalpur, Chilika, Paradeep and Andaman) were collected and analysed. The amplified polymerase chain reaction products of size 577 bp for the control region and 472 bp for 16S rRNA were sequenced in both directions and data were analysed through clustal , arlequin , mega and phylip . A significant genetic structure was found among the Indian populations. The mtDNA control region proved to be a powerful marker in comparison with 16S rRNA for population studies of this species. The east coast population was more genetically diverse than the west coast. The Andaman population was found to be the most diverse among all the populations. The populations on the west coast were found to be genetically more structured and differentiated than the populations on the east coast. The results revealed a high level of genetic diversity and also distinct population structuring of P. monodon, suggesting great possibilities of genetic improvement for growth and other economic traits.