H3N2亚型犬流感病毒反向遗传操作系统的建立

H3N2亚型犬流感病毒(Canine influenza virus,CIV)可以在犬中迅速的传播,甚至引起犬的死亡,也可感染其他哺乳动物。目前该病毒致病的分子机制尚不清楚。为此,本研究采用RT-PCR技术扩增犬流感病毒A/Canine/Zhejiang/01/2010(H3N2)(简称ZJ2010)的PB2、PB1、PA、HA、NP、NA、M和NS 8个基因片段,并分别克隆至双向表达载体p BD上。采用8质粒系统共转染293T细胞,转染48 h后加入TPCK胰酶作用2 h,将上清和细胞一同接种9~11日龄SPF鸡胚,并检测血凝效价。结果显示,本研究成功拯救获得了病毒株r ZJ2010。r ZJ2010株的8个基因片段的序列均与亲本ZJ2010株的序列相同。r ZJ2010株与ZJ2010株在鼠的肺和鼻中复制水平接近。这些结果证实,本研究已成功建立H3N2亚型犬流感病毒反向株遗传操作系统,为该病毒的致病机理、传播机制以及跨宿主传播机制研究等奠定了技术平台。     

2019—2021年华东地区6株禽源H3亚型流感病毒的遗传进化分析

H3亚型流感病毒在自然界广泛存在,可感染人、猪、马、犬、禽等众多宿主并能发生跨种间传播,危害不容忽视。本研究于2019—2021年在华东地区活禽市场采集表观健康的家禽喉头与泄殖腔棉拭,通过血清学试验鉴定、筛选出6株代表性水禽源H3亚型流感病毒,并经RT-PCR试验确定5株为H3N2亚型、1株为H3N1亚型。进一步对6株分离株进行全基因组测序、同源性比对和遗传进化分析,结果显示：HA蛋白裂解位点处均为PEKQTR/GLF,不存在连续碱性氨基酸,符合低致病性禽流感病毒的分子特征;受体结合位点处均为禽源特征性的226Q和228S,提示其跨种传播至哺乳动物的潜能较低;内部基因片段来源多样化,与H3N8、H4N6、H5N8、H6N1、H7N7、H0N3等众多亚型禽流感病毒的亲缘关系密切;除JS1018/19和JS1094/19的NS基因属于北美谱系以外,其余均属于欧亚谱系的禽源分支,与犬、马、猪、人等哺乳动物源毒株的亲缘关系较远,提示虽然可能存在不同进化谱系间的基因重组但并未发生从禽到哺乳动物宿主的基因交换。该研究结果丰富了H3亚型禽流感病毒的流行病学数据,为进一步了解我国低致病性禽流感病毒的分...     

3株H3N2亚型禽流感病毒的基因组特征与演化分析

旨在了解浙江地区家禽H3N2亚型禽流感病毒（AIV）的流行变异情况,采用RT-PCR技术对2021年浙江923份样品进行检测,对AIV分离株进行分子特征及遗传演化分析。结果表明,AIV样品阳性率为7.69%（71/923）;共分离到2株鸡源和1株鸭源H3N2亚型AIVs,其HA和NA基因相似性分别为93.4%～100%和94.0%～99.9%,分离株内部基因片段来源复杂,与H1N2、H1N4、H10N7等亚型亲缘关系密切;遗传进化分析显示,H3N2亚型AIV主要流行于华东地区,鸭是其主要宿主,3株H3N2亚型分离株 HA和NA基因均属于禽源进化分支;分离株HA蛋白裂解位点均为PEKQTR↓GLF,符合低致病性禽流感病毒特征,HA蛋白与受体结合相关位点为226Q和228G,PB2蛋白与哺乳动物适应性相关的氨基酸位点为627E,均不同于人流感病毒对应蛋白的相关位点（226L、228S和627K）,推测其跨种传播至人的潜力较低;分离株PB1蛋白的66位氨基酸突变为S,提示其对哺乳动物的致病性可能增强。综上所述,本研究分离的H3N2亚型AIV符合低致病性禽流感病毒特征,基因片段来源复杂,跨种传播至人的潜力较低,但是否影响对宿主的致病性仍需进一步探究。     

H9N2亚型禽流感病毒反向遗传操作平台的建立

H9N2亚型禽流感病毒(AIV)在自然界中广泛存在和传播,给养禽业造成了巨大损失。为了进一步揭示该病毒的致病机制,本研究采用RT-PCR技术扩增禽流感病毒A/Chicken/Shanghai/1/2006(简称SH1)的PB2、PB1、PA、HA、NP、NA、M、NS 8个基因片段,并分别克隆至PLLB双向表达载体上。采用8质粒系统共转染293T细胞,转染48 h后加入TPCK胰酶作用2 h,将上清液和细胞一同接种9~11日龄SPF鸡胚,并检测其血凝效价。经序列比对,拯救获得的病毒rSH1的8个基因片段序列均与亲本病毒SH1的序列相同。实验结果表明,本研究成功建立了H9N2亚型禽流感病毒反向遗传操作系统,为该病毒的致病机理和传播机制研究等奠定了技术平台。     

禽源H9N2亚型猪流感病毒反向遗传操作技术平台的建立

利用RT-PCR技术扩增了禽源H9N2亚型猪流感病毒A/Swine/Guangxi/7/2007(H9N2)的8个目的基因片段,分别克隆至pBD双向转录表达载体。将8个重组质粒纯化后共转染293T细胞,54 h后收集上清,接种MDCK细胞。当拯救的病毒在MDCK细胞上增殖至第3代时,收集的细胞上清经检测具有血凝效价。经过测序分析,确定获救病毒的8个基因片段序列与野生株完全一致,表明病毒拯救成功。禽源H9N2亚型猪流感病毒反向遗传操作技术平台的成功建立为探索猪流感病毒致病机理、传播机制与基因功能研究奠定了基础。     

H7N3亚型禽流感病毒反向遗传操作系统的建立

为建立H7N3亚型禽流感病毒(Avian influenza virus,AIV)A/Duck/Zhejiang/690/2009(H7N3)(ZJ690)、A/Duck/Zhejiang/766/2009(H7N3)(ZJ766)反向遗传操作系统,本研究采用8质粒系统共转染293T细胞,成功拯救出了R-ZJ690和R-ZJ766 2株病毒。对获救病毒株进行全基因序列的测定,证实获救病毒的序列与亲本毒的序列完全一致。将H7N3亚型AIV亲本毒ZJ690株、ZJ766株和拯救病毒R-ZJ690株、R-ZJ766株均以106EID50剂量经鼻腔感染6周龄BALB/c小鼠,病毒均引起小鼠的体重下降但不造成死亡,感染后d4,仅在小鼠的鼻和肺中可以分离到病毒。由此可见,R-ZJ690、R-ZJ766与其亲本毒ZJ690株、ZJ766株保持了一致的生物学特性。本研究成功建立了H7N3 AIV ZJ690、ZJ766株的反向遗传操作系统,为H7亚型AIV的致病机理和跨宿主传播机制研究等奠定了基础。     

吉林省长春市城乡活禽市场H9N2亚型禽流感病毒的检测与分子遗传进化分析

H9N2亚型禽流感病毒(Avian influenza virus, AIV)通过为其他流感病毒提供内部基因或直接跨越种间屏障感染人，而活禽市场是H9N2亚型AIV传播的主要传播途径之一。为了解吉林省长春地区城乡活禽市场H9N2亚型AIV流行特点和趋势，对2021年9月至2023年4月在4个城乡活禽市场分离到3株代表性H9N2亚型AIV进行了分子遗传进化分析。结果显示3株毒株HA蛋白裂解位点均为PSKSSR↓GLF,其受体结合位点的第226位氨基酸由Q突变为L,可与α,2-6唾液酸受体结合，具有感染人的特性。分子遗传进化分析显示3株毒株的HA基因归属于BJ-94谱系中h9.4.2.5亚分支；NA基因归属Y280谱系；PB2、M基因均属于G1谱系；剩余内部基因均属于F-98谱系。研究结论丰富当前国内H9N2亚型AIV的流行病学研究，提示需加强病毒变异监控和新疫苗研发。     

表达Strep-tag的重组H5N6亚型禽流感病毒反向遗传操作系统的建立

为构建携带Strep标签的禽流感病毒(Avian infl uenza virus,AIV)A/Goose/Hunan/109/2014(H5N6,HN109)反向遗传操作系统,RT-PCR扩增AIV HN109株8个基因片段,分别连接至p BD双向转录表达载体。通过点突变技术将NS1基因的77~84位的氨基酸替换成Strep-tag。将8个重组质粒共转染293T细胞,48 h后收取细胞上清接种至9~11日龄SPF鸡胚,并检测血凝效价。结果显示,本研究成功拯救病毒株r HN109-NS1-Strep。r HN109-NS1-Strep的8个基因片段序列与亲本毒素HN109株一致;r HN109-NS1-Strep与亲本毒HN109株在MDCK细胞上复制水平相似,在小鼠体内病毒复制能力相似。结果表明,本研究已成功构建携带Strep-tag的H5N6亚型禽流感病毒反向遗传操作系统,为研究该病毒的分子致病机理、传播机制及新型疫苗的研制奠定了基础。     

H7N9亚型禽流感病毒反向遗传操作系统的建立及其疫苗候选株的构建

为建立H7N9亚型禽流感病毒(AIV)反向遗传操作系统,本研究以H7N9亚型(AIV)A/CK/Shanghai/S1053/2013(CK/53)株为亲本病毒,构建了该病毒株的8质粒反向遗传操作系统,并拯救出救获株rCK/53。全基因组序列测定结果表明,rCK/53与亲本病毒的核苷酸序列完全一致。同时以A/PueaoRico/8/34(PR8)的内部基因为骨架,以CK/53的HA和NA的表面基因为供体,构建H7N9亚型AIV疫苗候选株CK53/PR8,疫苗株的8个基因来源与预期完全一致。对rCK/53以及疫苗候选株CK53/PR8在MDCK和A549两种细胞中进行生物学特性的比较,在A549中复制差异不显著,而在MDCK中48 h和72 h两者复制具有明显差异。rCK/53反向遗传操作系统的建立和疫苗候选株CK53/PR8的构建为进一步开展H7N9亚型AIV跨宿主传播机制、致病机理及进一步的免疫保护实验奠定了基础。     

高通量测序一株天鹅源H5N8亚型流感病毒遗传演化分析

为研究一株天鹅源H5N8亚型禽流感病毒(AIV)的遗传演化规律,本研究对2016年从山西省疾控中心送检天鹅样品中分离到的一株H5N8亚型流感病毒(A/swan/Shanxi/6/2016)的全基因组序列进行高通量测序及遗传演化分析。结果显示,分离的病毒为Clade 2.3.4.4分支高致病禽流感病毒(HPAIV);BLAST分析显示该分离株的NP基因与H3N8亚型AIV的NP基因具有较高同源性,而其它基因节段则分别与来自其它国家的H5N8亚型AIV的相应基因节段同源性较高,进一步选取与各基因节段核苷酸同源性较高的病毒株作参考序列构建其系统进化树,推测该分离株为一株重组病毒株。特殊氨基酸位点分析显示,其具有典型的禽型受体结合位点和典型的人型受体结合位点。并且M1蛋白、NS1蛋白和PB2蛋白具有H5N1亚型AIV对鼠致病性增强的分子标志,提示该株野鸟源流感病毒可能具备感染哺乳动物的能力。本研究对H5N8亚型AIV的综合防控具有一定的指导意义。     

三株H9N2亚型禽流感病毒全基因组序列分析

采用RT-PCR对3株H9N2亚型禽流感病毒基因组进行扩增,测序后再利用DNAStar和MEGA 4对所得到的序列和部分具有代表性的参考序列进行遗传演化及分子特点分析,旨在从分子水平探讨华南地区H9N2亚型禽流感病毒的流行特点,为该病的综合防控提供依据。结果表明,3个分离株CK/GD/162/03、Francolin/GD/298/05与CK/GD/A8/10分别属于B34、B47和B54基因型;3个分离株HA基因未发生明显的变异,符合我国大陆H9N2亚型AIV HA基因的遗传进化特点,但内部基因出现不同程度重组且部分基因与人源高致病性H5N1亚型AIV同源性很高;CK/GD/162/03、Francolin/GD/298/05两株分离株具有宿主多样性。因此,对华南地区H9N2亚型AIV进行监控及分子流行病学调查具有重要意义。     

2011年中国北方H9N2亚型禽流感病毒分离株HA基因进化分析及受体结合性检测

为了解近期中国北方禽源H9N2亚型禽流感病毒(AIV)流行规律及分子遗传进化特征,本实验对2011年在中国北方家禽中分离到的11株H9N2亚型AIV通过RT-PCR扩增病毒的HA基因片段,进行测序及遗传进化分析,并对这些病毒的受体结合性进行了检测.结果表明:11株H9N2亚型AIV分离株的HA基因在HA1和HA2的氨基酸裂解位点均为PSRSSR/GLF基序,符合低致病性病毒株氨基酸序列特征.多数病毒HA潜在糖基化位点为8个,所有分离株病毒的受体结合位点226位均为L,经红细胞受体结合性试验验证表明这些病毒均同时具有α-2,3和α-2,6受体结合特性,表明目前北方地区流行的H9N2亚型AIV具有感染哺乳动物的潜在威胁.本研究结果对加强H9N2病毒的分子流行病学监测具有重要意义.     

11株H3N2亚型禽流感病毒广西分离株全基因序列测定与分析

2013—2014年从广西活禽市场采集的棉拭子样品中分离鉴定出11株H3N2亚型禽流感病毒(AIV)。为了解该亚型AIV的分子特征及其遗传进化关系,本研究对分离株进行全基因序列测定并采用生物学信息软件对其进行分析。结果显示,11株H3N2亚型AIV HA基因裂解位点均只有1个碱性氨基酸,符合低致病性禽流感的分子特征;HA基因受体结合位点为242Q~244G,不同于人流感226L~228S,优先与禽源受体进行结合;全基因遗传进化分析表明11株H3N2亚型AIV分离株的8个基因片段均属于欧亚谱系的禽源进化分支,与猪源和人源分离株的亲缘关系较远;分离株内部基因来源较复杂,推测这11株毒株是由不同亚型毒株经过长时间进化而发生自然重排形成的重组病毒。     

采用反向遗传学技术构建clade7..2 H5N2亚型禽流感病毒高产疫苗株

为构建H5N2亚型禽流感病毒(AIV)高产疫苗株,研究采用反向遗传操作技术删除Clade 7.2 H5N2亚型AIV A/chicken/Shanxi/Q6/2013(wt-Q6株)血凝素(HA)基因多碱性氨基酸序列,以wt-Q6株HA和神经氨酸酶基因为供体,结合A/Puerto Rico/8/34(H1N1)(PR8)AIV的6个内部片段骨架,构建针对此种变异的H5亚型AIV疫苗株,成功拯救出一株重组病毒r Q6/PR8。该病毒在鸡胚和MDCK细胞上均具有较好的繁殖滴度,对SPF鸡胚和鸡无致病性,具有低毒高产的特性,符合疫苗候选株的标准。     

一株鸭源H1N6亚型禽流感病毒的分离鉴定及HA和NA基因序列分析

为了解禽流感病毒（AIV）在广西中越边境地区的流行情况，本研究在该地区活禽市场开展禽流感病原监测。监测过程中分离鉴定出1株H1N6亚型禽流感病毒，命名为A/Duck/Guangxi/F01/2016（H1N6），对其HA和NA基因进行序列测定，并与GenBank中下载的相关参考序列进行比对和遗传进化分析。结果显示，分离株HA基因与A/sparrow/Guangxi/GXs-1/2012（H1N2）的核苷酸同源性最高（96.9%），NA基因与A/Pavo cristatus/Jiangxi/JA1/2016（H5N6）的核苷酸同源性最高（98.2%）。HA基因裂解位点氨基酸序列为PSIQSR↓GLF，符合低致病性禽流感病毒分子特征；与部分N6亚型禽流感病毒一样，分离株NA基因有11个氨基酸缺失。此外，本研究还对分离毒株的受体亲和性进行了测定，结果显示该病毒优先结合唾液酸α-2，3-Gal受体。本研究结果表明A/Duck/Guangxi/F01/2016（H1N6）是一株重组低致病性禽流感病毒。     

一株H10N1亚型禽流感病毒的遗传演化及其对小鼠的感染性研究

为了解从湖南省某活禽市场分离的一株鸭源H10N1亚型禽流感病毒(AIV) A/duck/Hunan/S10078/2015(H10N1)(简称Hu N/78/15)的生物学特性,本研究对其进行全基因组序列的测定及遗传演化分析,并对其进行BALB/c小鼠的感染试验。序列分析结果显示,该病毒HA基因的裂解位点只含有一个碱性氨基酸,为低致病性AIV (LPAIV)的分子特征。遗传演化分析结果表明该病毒的HA基因与NA基因分别来源于H10N7与H5N1亚型AIV,内部基因来源于H7N9、H4N6、H3N2、H11N7亚型AIV,呈现明显的遗传多样性。小鼠感染试验结果显示,Hu N/78/15能够在小鼠的鼻甲和肺脏中有效复制,但仅引起小鼠轻微的体重变化,表明其对小鼠呈低致病性。本研究结果为H10亚型AIV的持续监测和生物学特性研究提供相应的参考依据。     

禽流感病毒M2蛋白跨膜区基因的缺失

根据禽流感病毒 (AIV ) A/ Chicken/ Korea/ MS96 / 96 (H9N2 )株的核苷酸序列 ,设计并合成引物 ,通过 RT- PCR,从AIV H9N1株感染的 MDCK细胞总 RNA中扩增出 2 94 bp的 AIV全长的 M2基因。通过软件分析其序列中的跨膜区后 ,将其与p GEM- T easy载体连接产物 p GEM- T/ M2为模板 ,通过 PCR扩增出约 90 bp左右 M2的膜外区编码序列和约 16 0 bp左右 M2的胞内区编码序列。将两个扩增产物同时作为模板 ,以 OE- PCR(overlap extension- PCR)扩增出约 2 5 0 bp的缺失跨膜区的 M2基因M2 d。测序结果表明 ,M2 d的序列除在跨膜区以 4个甘氨酸序列替代外 ,其余部分与 M2完全一致 ,由此说明 OE- PCR扩增法成功地将禽流感病毒 M2基因跨膜区缺失     

14株H3亚型禽流感病毒全基因组序列分析

为了解2016年至2017年在我国部分省市活禽市场的家禽体内分离得到的14株H3亚型禽流感病毒的流行情况和遗传特点。采用RT-PCR技术对这14株H3亚型禽流感毒株的全基因进行扩增,并对所得序列进行遗传演化分析。14株分离株中有5株H3N8,7株H3N2,2株H3N3。结果表明,14株毒株中AIV的HA蛋白的裂解位点氨基酸序列均为PE-KQTR↓GLF,只有1个碱性氨基酸,符合低致病性禽流感的分子特征。HA基因的受体结合位点为226(Q)、228(G)具有典型的禽源特征。遗传进化分析表明,除了毒株A/Duck/Fujian/F1142/2016(H3N8)的NS基因属于北美分支外,其余毒株全部基因均属于欧亚分支。通过对H3亚型AIV的遗传进化关系和流行情况进行分析,以期对H3亚型AIV的进化研究提供一些参考依据。     

6株H9N2亚型禽流感病毒厦门分离株全基因序列测定与分析

为了解分离自厦门市养殖场、活禽交易市场和活禽屠宰场的H9N2亚型禽流感病毒(Avian influenza viruse,AIV)的遗传变异特征,本研究对分离到的6株H9N2亚型AIV进行全基因组序列测定、遗传进化分析和特殊位点的氨基酸分析。结果显示:6株分离株的HA裂解位点均符合低致病性禽流感病毒特征,HA受体结合位点尤其是234位氨基酸突变为L,表现出人流感病毒受体结合特性;NA存在颈部9个核苷酸缺失的高致病性分子特征;内部基因NS1基因发生P42S突变,M1基因发生N30D、T215A突变,M2基因发生S31N的突变,PB1-F2基因发生N66S突变,提示当前分离株已出现耐药性、致病性增强的变化。8个基因片段均属于欧亚谱系,内部基因与H7N9、H10N8、H10N6、H5N6亚型亲缘关系密切。本研究结果为本地区禽流感生物学特性研究和防控提供科学依据。     

重组rSD01H9N2禽流感病毒感染A549细胞及其诱导的免疫反应

为了解禽流感病毒(AIV)与其他病毒重组带来的风险,本试验利用反向遗传技术,以H9N2A/Chicken/Shandong/01/2008(SD01)株为骨架,将其PA基因替换为H1N1A/swine/Shandong/07/2011(SD07)株的PA基因,构建了1株重组病毒rSD01-PA。以A549细胞为模型,感染H9N2AIV SD01及其重组株rSD01-PA。通过间接免疫荧光(IFA)和荧光定量PCR(qRT-PCR)的方法,检测H9N2AIV及其重组株在A549细胞上的复制情况,以及4种模式识别受体(TLR-3、TLR-7、RIG-I和MDA-5)和4种细胞因子(IFN-β、IL-6、MX和OAS)。结果显示:SD01和重组株rSD01-PA在A549细胞上均能有效复制,且重组株rSD01-PA复制能力较强。同时2株毒均能引起4种模式识别受体和4种细胞因子显著上调。在病毒感染的过程中,rSD01-PA感染A549细胞引起的炎性细胞因子IFN-β、IL-6和MX的表达水平较SD01更高。本试验结果将有助于进一步认识H9N2亚型AIV与其他病毒重组带来的风险以及病毒感染后宿主的防御机制及感染反应。