微生物进化树构建的研究

进化树的构建是当代生命科学技术中最为重要的技术之一,可以分析未知微生物和已知微生物的亲疏关系,从而进一步获取微生物进化关系的重要证据。本文对微生物进化树的构建进行了研究,首先阐述了进化树的原理,对相关的理论进行了梳理。同时全面地介绍了最常用的构建进化树的软件功能,对微生物进化树的构建方法进行了详细的介绍,使后续的研究开展更为便捷。     

基于DNA序列的系统进化树构建

【目的】利用生物DNA序列构建系统进化树,以分析生物的进化过程。【方法】利用最大似然估计原理,给出了构建系统发生树的模型和算法。分别建立了确定父节点的ML模型、确定进化时间的ML模型以及保守概率与相似度关系模型;并通过递推,逐步恢复生物进化的原过程。【结果】给定一系列生物的DNA序列,通过本算法可以建立这些生物的系统进化树,以及生物各自父辈的DNA序列和进化时间。【结论】由本研究构建算法得到的生物进化关系合理、算法复杂度低,可以用于大规模生物群体的系统进化树构建。     

基于PGIP基因的蔷薇科植物分子进化树构建与分析

从NCBI网站筛选到97条蔷薇科植物PGIP基因序列,用邻位相接法构建系统进化树,分析他们之间的亲缘关系。结果表明,蔷薇科植物PGIP基因可聚为17个类群,这与传统的分类结果基本一致,初步探讨了吐根树、耆叶梅、Cercocarpus ledifolius、Purshia tridentate、Horkelia cuueata和卡塔林硬木的亲缘关系,对进一步研究蔷薇科植物之间进化与亲缘关系提供参考。     

大豆连作根际土壤微生物群落构建特征

研究连作对大豆根际土壤中细菌、真菌群落组成、构建的影响,为大豆连作障碍的生物防治和农田土壤修复提供理论支持。试验于2021-2022年在沈阳农业大学铁西区定位试验站进行,试验站土壤类型为棕壤土。以玉米-大豆轮作(对照)和大豆连作根际土壤为研究对象,利用16SrDNA、ITS高通量测序技术,结合土壤化学性质和土壤酶活性测定,分析连作对大豆土壤化学性质、酶活性以及根际微生物多样性、群落构建特征的影响。结果表明:连作下,土壤全氮、全磷、全钾等土壤化学性质指标含量下降,速效钾、pH值升高;连作显著提高土壤蔗糖酶和过氧化氢酶活性,显著降低土壤脲酶、亮氨酸氨肽酶活性和N-乙酰氨基葡萄糖苷酶活性。土壤细菌多样性指数连作处理(4.63)低于轮作处理(5.34),细菌属水平下,连作增加鞘氨醇杆菌属(Sphingobacterium)和卡氏伯克霍尔德菌属(Burkholderia,LRR:1.4%;LCR:2.4%)相对丰度;土壤真菌多样性指数连作处理低于轮作处理,真菌属水平下,连作增加病原真菌镰刀菌属(Fusarium,LCR:20.5%;LRR:13.2%)相对丰度。在群落组装过程中,大豆连作根际土壤...     

凹线仙女蚬Cytb基因片段序列分析及系统进化树初步构建

初步探究凹线仙女蚬的系统发育地位,为凹线仙女蚬的分子遗传学研究提供前期数据。采用PCR方法扩增得到凹线仙女蚬Cyrenobatissa subsulcata线粒体细胞色素b (Cytb)基因片段序列,序列长为624bp,并在NCBI上使用NT数据库进行Blast比对分析,进而构建系统进化树,探讨凹线仙女蚬的分类地位。结果显示NT数据库中未见凹线仙女蚬的Cytb基因信息。研究扩增获得的序列与蚬属其他种的Cytb基因片段有88%的相似性,与其他帘蛤目贝类的相似度77.02%～78.53%,表明扩增出的片段是凹线仙女蚬所特有的Cytb基因片段。基于Kimura′s 2-Parameter模型计算得出,3个样本个体的遗传距离仅为0～0.001 6,远小于蚬属内种间遗传距离(0.002～0.114),与蚬属的遗传距离为0.127～0.144、与帘蛤目帘蛤科种类遗传距离为0.282～0.335。进化树显示,凹线仙女蚬样品独立聚为一支,与蚬属聚为一大支,支持度为99,表明仙女蚬属与蚬属的亲缘关系较近,与帘蛤科的遗传距离较远。     

牛冠状病毒HE基因的克隆及进化树分析

为研究牛冠状病毒(Bovine Coronavirus,BCV)HE基因进化关系,试验利用提取牛冠状病毒核酸,将RNA反转录成cDNA,并以此为模板扩增出全长为1 300 bp HE基因片段,将其与pMD-18T载体连接,产物克隆入DH5α感受态细胞,测序,结果与Gen Bank中已发表的14株BCV的HE基因序列进行系统进化树分析。扩增出的牛冠状病毒HE基因序列(HLJ-14),符合HE基因型参照序列特点,与Gen Bank中已发表的另外14株BCV HE基因型全序列同源性为97.3%~98.8%。     

叶围微生物宏基因组文库的构建和分析

宏基因组文库技术是开发利用未培养微生物基因资源的有效途径。采用CTAB-SDS法直接从植物叶面沉积样品中提取基因组DNA,构建了以puc19为载体的基因组文库,共获得8126个阳性克隆,文库DNA总容量约30.1MB,平均插入片段长度为3.8kb。叶围微生物基因组文库的成功构建,对于以后研究植物和叶围微生物的关系有重要意义。     

微生物群落构建对杉木凋落叶分解及其酶活性的影响

为了分析不同微生物群落构建对于凋落物分解及其相应酶活性的影响,选取从杉木叶分离获得的内生真菌与腐生真菌共同构建五种不同的群落（室内实验）。结果表明：在凋落物分解3个月后,5组群落中,Ao+A群落引起的失重率最为显著,在其分解过程中Af+A群落对于C1酶活影响最为突出;在凋落物分解6个月后,Af+A群落对于凋落物失重率的影响最显著,在凋落物分解过程中Mr+A群落与Lp+A群落分别对过氧化物酶及漆酶酶活性影响最明显。总得来说,微生物群落构建对凋落物分解过程产生了重要影响。     

鲤CYR61基因的克隆、表达及系统进化树的构建

通过鲤(Cyprinus carpio)基因组序列与斑马鱼(Danio rerio)CYR61基因编码区全序列的比对得到了CYR61 A、CYR61 B和CYR61 C共3条序列。分别克隆、测序得到其开放阅读框(Open Reading Frame,ORF)分别是1 158 bp、1 053 bp、1 107 bp,CYR61 A和CYR61 C得到完整编码区,都是由5个外显子和4个内含子构成,分别编码385、368个氨基酸,其理论等电点值分别是7.83、8.54,分子量(Mw值)分别为42.55 ku、40.83 ku。鲤3个CYR61基因具有高度同源性,并且均含IB、vWC、TSP1、CT 4个模块。分子系统学分析表明鲤CYR61基因与其他物种CYR61基因具有高度同源性,且CYR61 C与其他高等物种的CYR61同源性更高,利用MEGA 5.0计算出CYR61 A、CYR61 B和CYR61 C的分化时间早于鲤和斑马鱼的物种分化。CYR61 C在13个组织中均有表达,在卵巢中表达最高,肠、脑、鳃次之,在其他组织中表达较低且在心脏中表达最低。CYR61 A在精巢、肠、鳃中表达较高。CYR61 B在精巢和脑中表达最高,肠、肌肉、卵巢次之。实时荧光定量PCR分析CYR61 3个复制在鲤胚胎发育时期的表达,都是在0 h相对表达量最高,显著降低至18 h或24 h,随后逐渐升高并在6 d时下降。     

基于TRIZ进化树的柚子加工产品发展趋势研究

我国是全球柚子鲜果最大的生产国和消费国,但是柚子加工产业水平还有待提高,对于柚子加工工艺,我国学者有较为深入的研究,但是尚未有过柚子加工产品发展的预测与规划的研究。文章通过构建柚子加工产品进化树来全面分析柚子加工产品主要的发展方向,预测其未来的发展趋势。     

果树连作对土壤微生物多样性的影响

植物-土壤-微生物共同构成根际微生态,其对植物健康和生长产生巨大影响.果树连作后根际微生态发生变化,影响果树栽培和果实品质.从果树连作障碍的成因出发,通过分析果树连作对微生物多样性的影响、土壤微生物多样性对果树连作的响应,总结出果树连作的解决措施,旨在为果树连作障碍修复提供帮助.     

行道树银杏立地土壤微生物数量及作用强度

以北京市不同健康程度的行道树银杏作为试验对象,研究了行道树土壤微生物的数量及作用强度。结果表明：健康银杏树与衰弱银杏树立地（根际和非根际）土壤中微生物数量、土壤养分含量、土壤微生物作用强度三者的变化趋势一致,且表现出明显的根际效应。健康银杏树立地土壤中的微生物数量、土壤养分含量、土壤微生物作用强度均高于衰弱树。     

基于进化策略的虚拟植物自动构建策略

本文将进化策略与双尺度自动机结合,设计合理的编码方式和有效度量树形相似度的适应度函数,根据给定的树形搜寻到最优(较优)的解(表示双尺度自动机的参数组合序列),实现了虚拟植物的自动构建.实验验证了该方法的可行性和有效性.     

园林绿化施工中树林移植与养护问题的研究

移植是园林绿化种植施工中难度较大的栽植工程,费工费时,因此确保树木移植成活率就显得十分重要。而确保移植树木成活率重要的方法即树木移植后的养护工作,如何做好后期的养护工作是主要研究探讨的内容。     

壳斗科树种母树林营建技术研究

对遂昌县牛头山林场马头山林区以壳斗科树种为主的天然次生林进行改造,对母树林营建技术进行研究。采取了间伐、杂灌清理、垦复、施肥等技术措施,使种子产量显著提高。研究结果表明,以林分郁闭度控制在0.7左右,每年施复合肥2次,每次施用量为0.5 kg/株,可提高种子产量15%以上。     

果树在城市园林景观营造中的应用

从果树在园林中应用的历史与现状出发,针对果树景观花、果、叶、树形、文化景观等构成要素,提出了果树在城市园林景观营造中的应用原则,包括适地适树,充分发挥果树的生态效益,提高造景搭配的韵律感和艺术性,使用特色性果树品种。探讨了果树在道路绿地、居住区绿地、公园绿地、观光果园等不同园林绿地中的应用,举例说明不同类型树种的适用范围。最后列举出果树在园林中应用所需注意的问题,为进一步在城市园林景观中应用果树提供借鉴。     

陕北地区阔叶树种枯落叶对针叶纯林土壤微生物的影响

通过室内培养的方法代替实地混交造林和枯落叶客置实验,研究了陕北黄土高原不同阔叶树种枯落叶对针叶纯林土壤微生物数量的影响。结果表明:在陕北半干旱风沙区(靖边),油松林引入白榆,樟子松林引入旱柳或客置其枯落叶,有利于改善土壤微生物性质;在陕北半湿润黄土丘陵区(黄陵),侧柏林引入桦树,落叶松林引入刺槐、小叶杨、桦树和辽东栎,油松林引入桦树、小叶杨和刺槐或客置其枯落叶,有利于改善土壤微生物性质。     

天津市果树生产与生态建设及可持续发展

本文通过对天津市果树生产现状、存在的问题和果树生产与生态建设可持续发展进行了分析。认为我市果品产量已由于平稳增长转为高速增长；果品生产已从过去的“数量效益”时代进入“质量效益”时代。提出：果树生产要以持续发展为后人留下永续利用的资源环境作为中心工作，把质量管理工作贯穿果品生产的全过程。坚持“主攻果品质量，实施优质工程，以市场为导向，以经济效益为中心，以质量为目标，以科技为依托，以产业为纽带，突出抓好品种改良、结构调整，实现果品的标准化、基地化管理，全面推进果品生产由数量型向质量效益型转变，把我市的果品生产推向一个新阶段”的思路。同时提出，今后我市在加强生态持续发展的同时，开展果树生产的具体对策与措施。     

上海地区古树周边建设施工措施对古树生长状况影响探析

通过对近年来经历建设期的古树生长状况进行调查,对涉及古树的建设施工措施所导致的影响因素进行分析和评估,归纳了影响建设期古树保护的技术因素,以期为今后建设期的古树保护提供借鉴。