中国乌骨鸡微卫星位点LEI0258多态性研究

应用微卫星位点LEI0258研究我国乌骨鸡的遗传多态性与分子进化。以8种乌骨鸡和4种黑羽鸡为研究材料,通过基因分型与测序,构建中介网络图,分析乌骨鸡的遗传多样性并探讨其起源。240份样品共检测到67个等位基因,片段长度为181～507 bp。乌骨鸡保持着与黑羽鸡相当的遗传变异水平,观察杂合度、期望杂合度和多态信息含量分别为0.813、0.962、0.957。经测序鉴定出38个等位基因,部分等位基因为个别乌骨鸡品种所特有。10个等位基因与25种已知MHC血清型相匹配。基于侧翼区变异信息的中介网络图将38个等位基因分为6条进化枝,未发现乌骨鸡特有的进化枝。研究结果为乌骨鸡的保种选育与开发利用及起源进化研究提供了理论基础。     

鸡MHC-B区域内复合微卫星LEI0258位点等位基因的序列变异

在对15个样品鸡MHC-B区域内复合微卫星位点LEI0258的等位基因进行基因型分析的基础上,进一步开展了等位基因PCR产物的直接测序或克隆测序,并将获得的序列与GenBank中的18条同源序列作了比较.结果表明:LEI0258位点等位基因片段大小分别为247bp、249bp、307bp、357bp、369bp、381bp、393bp或443bp的等位基因具有不同的DNA序列或结构;上、下游共有3个in/dels和7个SNPs;由12bp和13bp组成的重复单元中也存在一定的变异,其中,HRJ23中一个13bp的重复单元由标准的"CTATGTCTTCTTT"变为"CTATATCTTCTTT",HRJ5和JT01中各有一个12bp的重复单元由标准的"CTTTCCTTCTTT"变为"CTTC-CCTTCTTT",而HRJ5、HRJ15和P22中也各有一个12bp的重复单元由标准的"CTTTCCTTCTTT"变为"CTTTTCTTCTTT".     

五华三黄鸡MHC-B 区域复合微卫星位点 LEI0258 遗传多样性与进化研究

应用MHC-B区域复合微卫星位点LEI0258研究五华三黄鸡的遗传多样性与进化地位。147份样品共检测到48个等位基因,长度范围为181~495 bp。等位基因251(0.0952)、275(0.0850)和310(0.0816)频率最高。DNA测序鉴定出44个等位基因,其中42个为首次发现。观察杂合度、期望杂合度和多态信息含量分别为0.830、0.927和0.952。9个等位基因与15种已知MHC血清型相匹配。基于侧翼区变异信息的中介网络图将44个等位基因分为7个进化枝,其中3个进化枝存在于红原鸡中,提示五华三黄鸡起源于红原鸡。研究结果表明,微卫星LEI0258适用于鸡群体遗传多样性、血清型鉴定和进化研究。     

惠阳胡须鸡微卫星多态性研究

为进一步保护和利用惠阳胡须鸡遗传资源,监测保种场保种效果,随机采集96只惠阳胡须公鸡血样,提取总DNA,选用18对微卫星标记进行PCR扩增,并对其基因片段进行扫描,利用Pop Gen 32软件分析扫描结果,结果表明,18个微卫星标记在惠阳胡须鸡群中均表现出较高的多态性,平均等位基因数为10.61个,平均杂合度H为0.5963,平均多态信息含量PIC为0.74。说明惠阳胡须鸡保种群体具有丰富的遗传多样性,具有较大的选育潜力。     

基于微卫星位点研究7个广西地方猪种的遗传关系

为了解广西7个地方猪种的遗传多样性、遗传关系和群体的遗传结构,利用4对微卫星引物(SW2415、SW2623、SW742、SW1118)对7个广西地方猪种群体的等位基因频率、群体多态信息含量、有效等位基因数、杂合度和遗传距离进行了检测研究。4个微卫星位点在广西7个地方猪群中共检测出49个等位基因,每个位点平均等位基因数12.25个,观测杂合度范围为0.5473~0.7039,预期杂合度范围为0.6294~0.7754,群体内近交系数Fis0,这表明种群处于杂合度缺失状态。F统计量的3个固定指数Fis为0.1142,Fit为0.2042,Fst为0.1016,总群体属中度分化,总群体近交系数平均值为20.42%,10.16%的遗传变异是由群体间的遗传变异引起,而89.84%的遗传变异是由于种群内个体间的差异引起。基于Nei氏标准遗传距离构建了UPGMA和NJ系统发生树,将7个广西地方猪种群体分为两大类,第Ⅰ大类是陆川猪、隆林猪和东山猪聚为一小类,再与桂中花猪和徳保猪聚成一个大类,第Ⅱ类是环江香猪和巴马香猪聚为一大类。Structure分析进一步验证了系统发生树的构建结果。     

奶牛weaver基因连锁微卫星位点多态性分析

根据小鼠与牛的遗传比较图谱选择了牛第1号染色体上与weaver基因连锁的7个微卫星位点，并在新疆褐牛和荷斯坦牛群体中对这些微卫星位点进行了群体遗传学特性分析。结果表明：7个微卫星位点中，BM6438、BMS2321和BMS711属于高度多态位点，TGLAll6为中度多态位点。INRAll7、BMS4020和CA095属于低度多态位点。BM6438、BMS2321、BMS711和TGLAll6可作为奶牛产奶性能分析的微卫星标记位点。     

鸡部分血液蛋白质位点多态性研究

采用改进的聚丙烯酰胺凝胶浓度梯度电泳法对5个鸡种的385只个体的血清样品进行了电泳分离,结果表明:前白蛋白,白蛋白,运铁蛋白具多态性。照相记录了典型的蛋白质电泳区带,并根据其表型计算了各群体的基因型频率与基因频率。运用改进的浓度梯度电泳法标识出一个新的后运铁蛋白多态位点,证明此法具有快速、简便、灵敏度高等优点。     

南江黄羊4个微卫星位点遗传多态性研究

南江黄羊是我国育成的第一个肉用山羊品种,肉用性能好且具有较高的繁殖力,平均产羔率为205%。利用与绵羊高繁殖性状主效基因FecB连锁的4个微卫星标记穴OarAE101熏BM1329、BMS143、和OarHH35雪对100只南江黄羊母羊进行了遗传研究,计算了4个微卫星位点的等位基因频率、多态信息含量、有效等位基因数和杂合度。检测到OarAE101和BM1329有7个等位基因,BMS143有6个等位基因,OarHH35有4个等位基因。4个位点上的平均杂合度为0.9775,平均多态信息含量为0.9436,平均有效等位基因数为4.7955,这些数据可为南江黄羊的种质资源评定和新品系培育提供依据。     

大菱鲆微卫星标记的分离及其多态性位点检测

以生物素标记的(CA)12为探针进行杂交,借助磁珠筛选出含微卫星的Mbo I酶切片段,构建了大菱鲆Scophthalmus maximus微卫星富集文库,用同位素γ-32P标记的探针(CA)12进行二次筛选,获得1600个阳性克隆,占59.3%。测序347个序列,得到335个(96.54%)含有微卫星序列的克隆,其中含有微卫星座位378个。完美型的微卫星序列有236个(62.4%),非完美型的有121个(32.0%),复合型的有21个(5.6%),从所得序列中分离和鉴定了32对微卫星标记。利用31尾大菱鲆养殖个体评价微卫星位点,分析表明,10个位点具有多态性。不同位点等位基因数目为3¹1不等,期望杂合度(He)和多态信息含量(PIC)变动范围分别为0.506111不等,期望杂合度(He)和多态信息含量(PIC)变动范围分别为0.5061⁰.8995和0.41330.8995和0.4133⁰.8742。本研究中开发的微卫星多态性较高,将为大菱鲆养殖品系的优化、遗传多样性的检测及遗传图谱的构建等打下基础。     

大菱鲆微卫星标记的分离及其多态性位点检测

以生物素标记的（CA）12为探针进行杂交,借助磁珠筛选出含微卫星的Mbo I酶切片段,构建了大菱鲆Scophthalmus maximus微卫星富集文库,用同位素γ-^23P标记的探针（CA）12进行二次筛选,获得1600个阳性克隆,占59．3％。测序347个序列,得到335个（96．54％）含有微卫星序列的克隆,其中含有微卫星座位378个。完美型的微卫星序列有236个（62．4％）,非完美型的有121个（32．0％）,复合型的有21个（5．6％）,从所得序列中分离和鉴定了32对微卫星标记。利用31尾大菱鲆养殖个体评价微卫星位点,分析表明,10个位点具有多态性。不同位点等位基因数目为3～11不等,期望杂合度（He）和多态信息含量（PIC）变动范围分别为0．5061—0．8995和0．4133～0．8742。本研究中开发的微卫星多态性较高,将为大菱鲆养殖品系的优化、遗传多样性的检测及遗传图谱的构建等打下基础。     

地方鸡品种遗传多样性的微卫星标记研究

采用微卫星标记技术检测了山东省3种地方鸡种：汶上芦花鸡、济宁百日鸡和日照鸡的遗传多样性,在40种微卫星引物中筛选出多态性丰富且扩增条带清晰稳定的6个引物。统计分析了各群体的等位基因数（NA）、多态信息含量（PIC）、平均杂合度（H）、群体间的遗传距离（DS）和相似系数（I）。采用UPGMA法构建系统发生树。结果表明：3个地方鸡种在6个微卫星位点上共发现了15个等位基因,每个位点的等位基因数为2—3个;每个群体的平均等位基因数分别为2．5、2．2和2;大小在110～300bp之间,期望杂合度与观测杂合度比较接近。芦花鸡（W）多态信息含量最大,为0．3075;日照鸡（R）中最小,为0．2915。以Nei氏遗传距离进行UPGMA聚类分析,结果表明：百日鸡（J）与日照鸡（R）间的遗传相似系数最大,为0．9832;遗传距离最小,为0．0170。3个品种鸡可聚为2类,百日鸡（J）与日照鸡（R）聚为一类,芦花鸡（W）独立聚为一类。     

白壳蛋鸡在4个微卫星位点上的遗传多样性研究

本研究利用 4个微卫星标记 ,通过计算平均遗传杂合度、有效等位基因数以及利用 SPSS软件进行聚类 ,对引进国外的白壳蛋鸡配套系的遗传多样性进行分析 ,结果表明 :母鸡的平均杂合度明显高于公鸡 ;父系公母鸡的有效等位基因数目高于母系公母鸡的有效等位基因数目 ;由聚类结果可将 4个系分为两类 ,A、B、D系为一类 ,C系为一类。     

SPF莱航鸡种群的微卫星多态性分析

【研究目的】利用5个微卫星位点对两个SPF莱航鸡封闭群进行了遗传检测,探讨群体内的遗传多态性,以期为实验用鸡遗传质量监测提供理论依据。【方法】PCR扩增后用ABI-3100Avant全自动基因分析仪进行电泳检测,用Genemapper3.1软件进行片段大小分析,收集电泳结果并进行基因分型。【结果】5个微卫星标记在A、B两个鸡群中共检测到20个等位基因,平均为4个;两个鸡群的平均杂合度为0.6211,平均多态信息含量为0.6663,表明所选标记在SPF莱航鸡群中有较高的多态性;adl176位点的180峰仅出现在A群中,188、191两峰在两个群体中的频率相差极大,可作为品系鉴定的理想引物。【结论】大部分微卫星具有多态性,若进行大范围筛查,必能找到一些特异位点为遗传监测所用。     

麦洼牦牛群体4个新微卫星位点遗传多态性分析

【目的】利用4个新分离的牦牛基因组多态微卫星位点,分析麦洼牦牛的遗传多态性及群体的遗传分化特征。【方法】以130个麦洼牦牛个体基因组DNA为模板,PCR扩增Bogr203、Bogr204、Bogr205和Bogr215 4个微卫星位点序列,通过测序进行基因分型,根据基因型计算各个位点的多态性,并推断麦洼牦牛群体的遗传分化特征。【结果】麦洼牦牛群体在4个微卫星位点具有较高的遗传多态性,平均观察杂合度(Ho)、平均期望杂合度(He)和平均多态信息含量(PIC)分别达到0.626,0.800和0.751;通过Structure软件能够较明确地将麦洼牦牛群体区分为2个亚群,这与麦洼牦牛分布地域广泛有较大关系,但各个亚群的牦牛个体及其分布区域还需要进一步研究。【结论】麦洼牦牛品种具有较高的遗传多态性,并可能分化为至少2个亚群。     

鲁西牛4个Y-STR微卫星位点的遗传多态性分析

提取鲁西牛血液DNA样品,PCR扩增后用基因自动测序仪进行基因扫描分型,研究Y-STR微卫星位点UMN0929,UMN0108,UMN0920和INRA124在鲁西牛群体中的遗传多态性。结果发现,156头无亲缘关系的鲁西牛公牛在4个Y-STR微卫星位点均有遗传多态性;UMN0929检测到4种等位基因,UMN0108检测到5种等位基因,UMN0920和INRA124均检测到2种等位基因。UMN0929、UMN0108、UMN0920和INRA124位点各等位基因的频率分别为0.25,0.41,0.17,0.17;0.14,0.28,0.28,0.14,0.16;0.38,0.62和0.73,0.27;基因多样性(GD)分别为0.71,0.78,0.47,0.39。共发现了58种单倍型(Haplotype),单倍型多样性(Haplotype diversity,HD)为0.94。表明UMN0929、UMN0108、UMN0920和INR124 4个微卫星位点在鲁西牛群体中有遗传多态性,在鲁西牛的起源、个体识别和亲子鉴定的研究中有较高的应用价值。     

洪山鸡20个微卫星座位的DNA多态性分析

[目的]对洪山鸡进行20个微卫星座位的多态性分析,为对其有效保护和开发利用提供科学依据。[方法]利用聚丙烯酰胺凝胶垂直电泳技术,对随机抽取的50只洪山鸡进行20个微卫星标记的多态性检测。[结果]在20个微卫星座位中共检出176个等位基因,平均每对引物可检出8.8个等位基因,基因频率在0.011 1～0.555 6间分布,平均有效等位基因数为5.755 5,平均杂合度为0.791 3,平均多态信息含量为0.781 9。[结论]该研究表明被检测的洪山鸡群遗传变异大,具有丰富的遗传多样性。     

西双版纳野猪微卫星多态性研究

采用联合国粮农组织(FAO)和国际动物遗传学会(ISAG)联合推荐的27对微卫星DNA引物,对云南西双版纳野猪78个个体的遗传多样性进行了分析和研究,旨在为野猪遗传资源的合理利用及保护提供科学依据.结果表明:(1)78个个体在27个微卫星座位上共检出213个等位基因,各座位上等位基因数的范围在4～13之间,平均每个位点检测到7.89个等位基因,表明在3个野猪群体中多态性较丰富.(2)计算了等位基因频率,并以其为基础获得了野猪群体的平均杂合度、多态信息含量和有效等位基因数,分别为H均值0.81,PIC均值0.79;有效等位基因数共155.77个,有效等位基因数在2.65～10.10之间,平均数为5.77个,等位基因频率在0.0128～0.4808之间,其中位点SW72的102/等位基因频率最高,表明群体内的遗传变异较丰富.(3)计算了Nei氏标准遗传距离,结果表明景洪野猪与勐海野猪遗传距离最近,和勐腊野猪的遗传距离较远,种间内的遗传变异丰富,表明西双版纳野猪群体在核基因水平具有丰富的遗传多样性.     

福建地方鸡种和江西泰和乌鸡微卫星遗传多样性分析

利用筛选出的6个微卫星标记对福建德化黑鸡、白绒乌鸡、金湖乌鸡、河田鸡以及江西泰和乌鸡等优良地方鸡种进行遗传多样性分析.结果表明,所选的6个微卫星标记均呈高度多态(平均多态信息含量即PIC均大于0.5).5个地方鸡种的平均杂合度为0.716-0.729,均具有较高的杂合度,表现出丰富的遗传多样性.采用邻结法(NJ)对Ne i氏遗传距离(DA)进行聚类分析,结果表明,5个鸡种被聚为2类,泰和乌鸡与河田鸡先聚为一小类(DA=0.0957),然后再与金湖乌鸡聚为一类(DA=0.1553);德化黑鸡与白绒乌鸡则聚为另一类(DA=0.1980).聚类结果基本反映了各鸡群的地理分布和选育现状.     

近交系小鼠5个品系10个微卫星基因位点多态性分析

利用PCR扩增对近交系小鼠5个品系的10个微卫星基因位点进行多态性分析.结果表明,在DDK与B6品系之间有多态性的引物2个,实验室品系和野生小鼠品系之间的差异较大.利用这10个微卫星基因位点可以将5个小鼠品系区分开采,尤其是D14Mit6在5种小鼠品系中表现出更明显特异性.