五华三黄鸡MHC-B 区域复合微卫星位点 LEI0258 遗传多样性与进化研究

应用MHC-B区域复合微卫星位点LEI0258研究五华三黄鸡的遗传多样性与进化地位。147份样品共检测到48个等位基因,长度范围为181~495 bp。等位基因251(0.0952)、275(0.0850)和310(0.0816)频率最高。DNA测序鉴定出44个等位基因,其中42个为首次发现。观察杂合度、期望杂合度和多态信息含量分别为0.830、0.927和0.952。9个等位基因与15种已知MHC血清型相匹配。基于侧翼区变异信息的中介网络图将44个等位基因分为7个进化枝,其中3个进化枝存在于红原鸡中,提示五华三黄鸡起源于红原鸡。研究结果表明,微卫星LEI0258适用于鸡群体遗传多样性、血清型鉴定和进化研究。     

中国乌骨鸡微卫星位点LEI0258多态性研究

应用微卫星位点LEI0258研究我国乌骨鸡的遗传多态性与分子进化。以8种乌骨鸡和4种黑羽鸡为研究材料,通过基因分型与测序,构建中介网络图,分析乌骨鸡的遗传多样性并探讨其起源。240份样品共检测到67个等位基因,片段长度为181～507 bp。乌骨鸡保持着与黑羽鸡相当的遗传变异水平,观察杂合度、期望杂合度和多态信息含量分别为0.813、0.962、0.957。经测序鉴定出38个等位基因,部分等位基因为个别乌骨鸡品种所特有。10个等位基因与25种已知MHC血清型相匹配。基于侧翼区变异信息的中介网络图将38个等位基因分为6条进化枝,未发现乌骨鸡特有的进化枝。研究结果为乌骨鸡的保种选育与开发利用及起源进化研究提供了理论基础。     

江西省3个地方鸡种遗传多样性分析

为探究江西省3个地方鸡种的遗传多样性,为江西省家禽群体遗传资源的合理利用和种质资源保护提供依据,利用飞行质谱分型技术对宁都黄鸡、白耳黄鸡、安义瓦灰鸡3个群体(463只个体) 1号染色体上的25个单核苷酸多态性(SNP)位点进行基因型分型,计算每个SNP位点的等位基因频率、表观杂合度、期望杂合度、多态信息含量及群体间Nei氏标准遗传距离。结果显示,所有位点在3个群体中的平均有效等位基因数、期望杂合度和多态信息含量分别为1.636、0.367和0.291,其中白耳黄鸡的平均有效等位基因数、期望杂合度和多态信息含量最高(1.684、0.387和0.303),安义瓦灰鸡最低(1.562、0.328和0.262)。遗传距离和系统聚类结果显示,3个群体的遗传相似性都比较高,安义瓦灰鸡和白耳黄鸡2个群体聚为一类,宁都黄鸡单独聚为一类。     

应用微卫星标记分析云南、西藏4个地方特色鸡种的遗传多样性

利用18对微卫星引物测定云南省、西藏自治区4个地方特色鸡种(‘藏鸡’、‘勐腊茶花鸡'、‘贡山土鸡'、‘武定鸡’)的遗传多样性,对等位基因频率、等位基因数、有效等位基因数、群体杂合度和多态信息含量等遗传多样性参数进行了统计分析,并依据Nei氏DA遗传距离,采用NJ法和UPGMA法构建了系统聚类树.结果表明:18个微卫星座...     

安徽两个地方鸡品种遗传多样性的微卫星DNA分析

利用29个微卫星DNA标记对两个安徽地方鸡品种进行遗传多样性分析,评估品种内的遗传变异和品种间的遗传分化.在29个微卫星位点共检测到210个等位基因,每个位点的等位基因数从2到21不等,所有位点平均的期望杂合度和PIC值分别为0.6214和0.59.淮南麻黄鸡和皖南三黄鸡29个微卫星位点平均有效等位基因数分别为5.55和6.38,平均基因杂合度为0.6194和0.6442,群体分化系数为4.8%,两个鸡品种间的Reynolds遗传距离和Nm分别为0.0513和4.7500.两个安徽地方鸡品种均表现出较高的群体杂合度和丰富的遗传多样性.     

运用微卫星技术分析中国地方鸡品种的亲缘关系

利用7个微卫星标记对12个地方鸡品种的等位基因频率、平均基因杂合度、平均多态信息含量以及群体间的亲缘关系进行分析。结果表明：鹿苑鸡平均基因杂合度最高，为0．5929，遗传多样性最丰富；茶花鸡平均基因杂合度最低，为0．3514。各地方鸡品种模糊聚类结果显示：乌骨鸡与斗鸡先聚在一起，然后依次与狼山鸡、大骨鸡、萧山鸡、油鸡、鹿苑鸡5个兼用型地方鸡品种聚为一类；茶花鸡与藏鸡先聚在一起，然后与仙居鸡、白耳鸡2个蛋用型鸡品种聚为另一类；固始鸡自成一类。     

两个罗氏沼虾种群的遗传多样性研究

为了解罗氏沼虾广东种群和广西种群的遗传多样性,指导罗氏沼虾的遗传育种工作,利用12个微卫星标记对罗氏沼虾广西和广东2个种群的遗传多样性进行了分析。结果表明,12个微卫星位点在2个罗氏沼虾种群中的扩增产物均具有多态性,共获得71个等位基因,每个位点平均等位基因数为5.92个。广西种群的平均有效等位基因数、观测杂合度、期望杂合度、平均多态信息含量分别为3.9183、0.9505、0.7376、0.6558,广东种群的平均有效等位基因数、观测杂合度、期望杂合度、平均多态信息含量分别为4.4374、0.9413、0.7609、0.6834,高于广西种群。结果表明,两个罗氏沼虾种群均具有较高的遗传多样性,具有较大的育种潜力。     

DNA条形码技术鉴定中国地方鸡品种的重新评估

【目的】探讨COI基因作为标准DNA条形码技术鉴定外形差异较小的地方鸡品种的可行性。【方法】以华南地区9种优质地方鸡（怀乡鸡、清远麻鸡、惠阳胡须鸡、中山沙栏鸡、阳山鸡、杏花鸡、五华三黄鸡、文昌鸡和广西三黄鸡）和国外引进品种隐性白羽鸡为试验材料,测定标准的DNA条形码技术的线粒体细胞色素C 氧化酶亚基I （cytochrome C oxidase subunit I,COI）,同时下载已发表的31条家鸡和原鸡及绿头鸭的COI基因序列,分析品种遗传多样性与遗传距离,构建单倍型中介网络图和系统发生邻接树,界定区分品种特异的单倍型。【结果】除去PCR引物序列,获得了695 bp COI基因片段。根据标准的DNA条形码序列,截取648 bp 线粒体COI基因序列进行分析。10个鸡品种203个个体共检测到110个变异位点,占分析位点的16.98%,其中90个单一位点突变,20个简约信息位点。平均核苷酸多样性为0.00394（0.00349-0.00560）,平均单倍型多样性为0.832（0.763-0.905）,其中五华三黄鸡最高,中山沙栏鸡次之,文昌鸡最低。定义了84种单倍型,单倍型1为9个地方鸡种所共享,出现频率为64次;单倍型9和5为家鸡和隐性白羽鸡共享,出现频率分别为29次和19次;每个鸡品种均有品种特异的单倍型。广西三黄鸡、五华三黄鸡与中山沙栏鸡的单倍型数最多,为13个,隐性白羽鸡与清远麻鸡的最少,为8个。不同品种的单倍型分布差异较大,如杏花鸡的单倍型主要分布在1,清远麻鸡主要分布在1和9,惠阳胡须鸡主要分布在1、5和9,隐性白羽鸡主要分布在9和79。10个鸡种品种间遗传距离范围为0.003-0.006,净遗传距离为0-0.003;鸡品种间的遗传距离一般大于鸡品种内的遗传距离;绿头鸭与鸡品种间的遗传距离大于0.2。中介网络图将84个单倍型分为3条进化枝,呈现出一定的品种特异性,如以单倍型9为起点的进化枝没有广西三黄鸡和文昌鸡分布,但另外两枝未表现出此特征;1为祖先单倍型,由此逐渐衍生出其他单倍型。邻接树显示中国家鸡与红原鸡聚为一簇,与黑尾原鸡、灰原鸡和绿原鸡分开;中国地方鸡聚为同一簇,且存在明显的交叉现象,无显著的品种特异性。【结论】COI基因可作为研究鸡品种遗传多样性的候选分子标记。仅依靠标准的DNA条形码技术无法有效区分差异外形较小的地方鸡种,需要联合多种分子标记如COI基因、细胞色素b、 AFLP指纹技术、微卫星位点LEI0258、基因组SNP和品种特异的外貌特征。     

用微卫星标记分析四品系(群)矮脚鸡的遗传多样性

采用10个微卫星座位对100日龄兴义矮脚黄羽、麻羽、黑羽和矮脚黄鸡四品系矮脚鸡(各50只)遗传多样性进行研究,结果表明:四品系(群)矮脚鸡在10个微卫星座位上共检测到71个等位基因,各座位上等位基因数为5～10个,平均为7.100个.兴义矮脚鸡各群体杂合度较大(在5.2～5.4),矮脚黄鸡群体杂合度较小(为0.3612).10对引物在四品系矮脚鸡中的平均多态信息含量在0.52765～0.82428,说明四品系(群)矮脚鸡均有丰富的遗传多样性.兴义矮脚鸡各群体与矮脚黄鸡群体间的遗传距离都较远,表明它们品系遗传特征相差均较大,有各自不同的遗传背景.     

利用微卫星标记分析4个番鸭品系的遗传多样性

为研究番鸭的遗传多样性以及品系间的遗传关系,选用3对微卫星引物对4个番鸭品系(Ⅰ,Ⅱ,Ⅲ,Ⅳ)的等位基因数、等位基因频率、群体多态信息含量、基因杂合度和遗传距离进行了分析。结果表明,3个微卫星基因座共检测到8个等位基因,基因频率分布在0.033 4~0.766 6;平均杂合度为0.485 2~0.559 6,品系Ⅰ平均基因杂合度最高,为0.559 6,品系Ⅲ平均基因杂合度最低,为0.485 2;平均多态信息含量为0.295 4~0.338 8,4个品系均属于中度多态。聚类分析表明,品系Ⅲ和Ⅳ的遗传距离最远,为0.419 5,表明两者的亲缘关系较远;品系Ⅰ和Ⅱ的遗传距离为0.307 1,两者的亲缘关系较近。     

滩羊八个微卫星位点的遗传多样性分析

选取了8个微卫星位点对甘肃滩羊群体遗传多样性进行检测,计算了等位基因频率、有效等位基因数、群体杂合度和多态信息含量.结果表明:位点OarFCB128的有效等位基因数、群体杂合度和多态信息含量最高(Ne=10.26,H=0.902,PIC=0.885);位点MCM38的有效等位基因数、群体杂合度和多态信息含量最低(Ne=6.18,H=0.838,PIC=0.809);8个微卫星位点在滩羊群体中多态性丰富.表明滩羊群体的遗传杂合度较高,遗传多样性丰富,所选微卫星位点可用于滩羊遗传多样性评估.     

14个微卫星标记分析巢湖麻鸭群体的遗传多样性

利用14个微卫星标记分析安徽省地方品种巢湖麻鸭群体的遗传多样性.结果表明,14个微卫星标记在巢湖麻鸭群体中共检测出48个等位基因,每个基因座平均等位基因数为3.43个,各个基因的基因频率分布在0.0265-0.9735之间,14个微卫星座位的多态信息含量在0.1866-0.9471之间,有效等位基因数为2-6个,基因遗传杂合度变化范围为0.0516-0.8054.群体遗传结构显示巢湖麻鸭核心群存在一定的遗传多样性,可用于巢湖麻鸭的定向选育.     

基于微卫星位点研究7个广西地方猪种的遗传关系

为了解广西7个地方猪种的遗传多样性、遗传关系和群体的遗传结构,利用4对微卫星引物(SW2415、SW2623、SW742、SW1118)对7个广西地方猪种群体的等位基因频率、群体多态信息含量、有效等位基因数、杂合度和遗传距离进行了检测研究。4个微卫星位点在广西7个地方猪群中共检测出49个等位基因,每个位点平均等位基因数12.25个,观测杂合度范围为0.5473~0.7039,预期杂合度范围为0.6294~0.7754,群体内近交系数Fis0,这表明种群处于杂合度缺失状态。F统计量的3个固定指数Fis为0.1142,Fit为0.2042,Fst为0.1016,总群体属中度分化,总群体近交系数平均值为20.42%,10.16%的遗传变异是由群体间的遗传变异引起,而89.84%的遗传变异是由于种群内个体间的差异引起。基于Nei氏标准遗传距离构建了UPGMA和NJ系统发生树,将7个广西地方猪种群体分为两大类,第Ⅰ大类是陆川猪、隆林猪和东山猪聚为一小类,再与桂中花猪和徳保猪聚成一个大类,第Ⅱ类是环江香猪和巴马香猪聚为一大类。Structure分析进一步验证了系统发生树的构建结果。     

基于微卫星标记的养殖施氏鲟亲鱼群体遗传多样性

为了解施氏鲟养殖场后备亲本的遗传背景,抑制种质资源退化,防止近交衰退,采用30对鲟属微卫星分子标记,分析施氏鲟后备亲鱼的遗传多样性,筛选出多态性微卫星标记引物。将筛选的引物进行荧光标记,对32尾后备亲鱼进行基因组DNA扩增,采用毛细管电泳进行基因分型,统计分析等位基因数、多态信息含量(PIC)等遗传多样性指标。结果表明:筛选出多态性微卫星标记13对基因,13个位点共扩增等位基因166个,平均等位基因数为12.77,平均有效等位基因数为8.03,等位基因频率为0.006 7~0.4314,平均期望杂合度为0.860 7,平均多态信息含量为0.844 9。初步表明,该亲鱼群体具有较高的遗传多样性。     

地方鸡种微卫星DNA指纹图谱建立与遗传多样性研究*

 利用20个微卫星标记对我国19个地方鸡种保种群进行了遗传检测，构建了各个品种的微卫星DNA指纹图谱，通过计算各群体的等位基因频率、平均基因杂合度、平均多态信息含量及各群体间的遗传距离，并用类平均法进行聚类分析，分析了所研究鸡种的遗传关系。研究结果表明：20个微卫星标记在19个地方鸡种保种群共检测到184个等位基因，平均为9.2个,基因频率分布在0.013～0.838之间。19个地方鸡种平均杂合度在0.5824～0.7432之间。其中藏鸡最高，白耳鸡最低。20个微卫星座位的平均多态信息含量在0.5238～0.7023之间，均大于0.5，表现为高度多态性；19个鸡种聚为6类。各鸡种的遗传距离及聚类结果与所保存的地方鸡种的地理分布、现实状况是相吻合的，从而表明用该方法分析品种间的亲缘关系是可行的。     

13个地方鸡品种6个微卫星座位遗传多样性分析

选择多态性较好的6个微卫星标记,检测徐海鸡、东乡绿壳鸡、文昌鸡、茶花鸡、寿光鸡、藏鸡、鹿苑鸡、北京油鸡、淮南麻黄鸡、怀乡鸡、边鸡、尤溪麻鸡和固始鸡13个地方鸡品种的遗传多样性。根据检测结果计算各等位基因频率、群体平均杂合度(h)、多态信息含量(PIC)、群体间Nei氏标准遗传距离(DS)和遗传距离(DA)。结果表明:6个微卫星位点共有83个等位基因,且多态信息含量均为高度多态,可作为有效的遗传标记用于鸡品种的遗传多样性和系统发生关系分析;13个地方鸡品种杂合度均较高,大小为0.746 4~0.870 0;13个地方鸡品种的DA与DS遗传距离一致,但DA比DS距离大,利用UPGMA法对DA和DS的聚类结果相同,13个地方鸡品种被聚为2类,东乡绿壳鸡、茶花鸡、寿光鸡、怀乡鸡、淮南麻黄鸡、边鸡、文昌鸡、鹿苑鸡、北京油鸡和固始鸡聚为一类,徐海鸡、藏鸡和尤溪麻鸡聚为一类。这与鸡品种的分化与选育历史相一致,UPGMA聚类图能较正确地反映13个地方鸡品种之间的亲缘关系。     

基于RAD-seq简化基因组测序的金湖乌凤鸡遗传进化研究

利用RAD-seq简化基因组测序鉴定金湖乌凤鸡与其它18个地方鸡种、2个引入肉鸡品种的SNP标记,计算遗传统计量,分析金湖乌凤鸡的遗传多样性和遗传结构,鉴定受选择基因.结果表明,在金湖乌凤鸡中鉴定出SNP标记325 531个,SNP标记在染色体上均匀分布.金湖乌凤鸡的观察杂合度H_o为0.213 6、核苷酸多样度P_i为0.240 4,近交系数F_(is)为0.111 6,与其它18个地方鸡种相比遗传多样性较为丰富;金湖乌凤鸡的平均遗传分化系数F_(st)为0.155 6,平均基因流N_m为1.398 2,在系统发育树中形成一个相对独立的分支.通过F_(st)和θ_π检验,在金湖乌凤鸡中发现23个受选择区域,包含104个受选择基因,功能分析表明这些受选择基因主要富集在代谢过程、发育过程、细胞信号转导等生物学通路.     

文昌鸡群体遗传多样性的微卫星分析

利用10对来自鸡不同染色体的微卫星引物序列,对文昌鸡46个样本（雌雄各半）进行了遗传多样性检测。结果表明：该群体平均多态信息含量为0．808,平均观察杂合度为0．351,平均期望杂合度为0．841,平均等位基因14．6个,表明海南文昌鸡群体遗传变异较大,遗传多样性较为丰富。研究结果为文昌鸡品种资源合理保护与开发利用提供了科学依据。     

济宁青山羊微卫星标记多态性分析

选择位于不同染色体上、具有较高多态性的12个微卫星标记,对济宁青山羊群体的遗传多样性进行研究。结果表明,CSRD247等12个微卫星标记共检测到97个等位基因,每个标记都检测到5个以上的等位基因,平均为8.08个,有效等位基因数为3.1957~6.2113个,基因频率最高的是CSRD247标记的235 bp片段(0.4583);12个微卫星标记多态信息含量(PIC)都在0.630以上,均为高度多态标记,遗传多样性丰富,其中SRCRSP5标记的多态信息含量(PIC)最高,为0.828,各标记的观测杂合度在0.4286~0.9048之间,期望杂合度在0.5981~0.8397之间,平均期望杂合度为0.7574,属于高度杂合标记和高度杂合品种,遗传变异大。本研究可为济宁青山羊品种的选种、选育及保种工作奠定基础。     

利用微卫星标记分析安徽地方种猪的遗传多样性

【目的】通过微卫星标记评估8个安徽地方猪品种的遗传多样性。【方法】采用PCR和聚丙烯酰胺凝胶电泳对FAO-ISAG联合推荐的15个微卫星标记进行分型,并计算有效等位基因数(Ne)、期望杂合度(He)、多态信息含量(PIC)、F统计量和遗传距离等参数,探讨品种间的遗传多样性和遗传关系。【结果】15个微卫星标记共检测到272个等位基因,平均有效等位基因数9.561 2个。8个品种的有效等位基因数在2.445 1～3.786 6之间,期望杂合度在0.532 0～0.714 8之间,多态信息含量在0.369 8～0.890 6之间。F统计量和基因流(Nm)分析表明:安徽地方猪品种间存在一定程度的近交和基因流动。基于Nei氏遗传距离(Ds)构建系统发生树显示:8个地方猪种可分为两类:一类为皖南花猪;另一类又聚为两小支,一小支为安庆六白猪、圩猪和霍寿黑猪,另一小支为皖北猪、皖南黑猪、枞阳黑猪和定远猪。【结论】8个安徽地方猪种遗传多样性丰富,群体内存在一定程度的近交和基因流动。结果为安徽地方猪种的保护和利用提供了理论依据。