The Genetic Polymorphism Analysis in Tree Shrew(T.belangeri chinensis) based on Fluorescent Microsatellite

A total of 10 fluorescent labeling microsatellite markers detected by capillary electrophoresis were selected to analyze the genetic diversity of tree shrew(T.belangeri chinensis).Microsatellite Toolkit and PopGene softwares were used to calculate the genetic correlation indexes to assess the genetic diversity of the population.64 alleles with 6.4 alleles per locus were identified among 10 microsatellite loci.The average effective number of alleles, observed heterozygosity, expected heterozygosity and polymorphic information content were 3.7892, 0.6156, 0.6963, and 0.6367, respectively.Seven of all loci were high polymorphic, and three were moderate polymorphic.Five loci extremely significantly deviated from Hardy-Weinberg equilibrium(P<0.01).These novel polymorphic microsatellite markers indicated high genetic diversity, which will be used to evaluate genetic diversity in tree shrew.     

利用混合模板筛选多态性微卫星的北极狐群体遗传学分析

在群体遗传学研究中,微卫星是重要的分子标记之一,由于其在近缘物种间具有一定的通用性,因此常被跨物种使用,但测试其多态性的过程非常繁琐。本研究采用混合模板扩增的方法,快速简便地评估微卫星位点的多态性,为开展群体遗传学分析获得有用的微卫星标记,以10只北极狐(Alopex lagopus)的DNA为材料,分别随机抽取2,3,5,8个和全部10个样品进行等量混合作为模板,用10个微卫星位点的引物进行扩增,以全自动测序仪进行电泳分型。结果表明:所有等位基因的电泳信号峰都清晰可辨。与单一模板扩增相比,混合模板扩增时,所有位点的复等位基因都能稳定地显示出来,不同批次试验之间的重现性达到100%。信号峰面积与等位基因频率呈线性正相关,可用以推断待测位点的基因频率分布情况。最高信号峰与最低信号峰的面积之比与混合样品数呈正相关,与多态信息含量呈负相关,提示混合样品的数量存在一定限度,到一定限度时低频等位基因无法检出。同时,通过这一关系,也可以推测位点的多态信息含量。本研究从10个位点中获得5个具有多态性的位点,3个可用于北极狐遗传分析。     

广西巴马小型猪21个微卫星座位的DNA多态性分析

利用21个微卫星座位统计了广西巴马小型猪品系内的等位基因组成，计算了各位点的基因纯合率和多态性信息含量（PIC）及平均杂合度。结果，21个位点的平均基因纯合率为55．5％，平均PIC为0．3501，平均杂合度为0．3881。结果提示，广西巴马小型猪具有一定的遗传稳定性，已成为一个稳定的遗传群体，符合封闭群动物的遗传特征。     

3个鹌鹑群体的微卫星标记多态性分析

为了从分子水平上揭示朝鲜鹌鹑、中国黄羽鹌鹑、中国黑羽鹌鹑3个鹌鹑群体的遗传结构和亲缘关系,为鹌鹑的遗传资源研究提供科学依据,本研究采用PCR扩增、聚丙烯酰胺凝胶电泳、聚类分析等方法对3个鹌鹑群体进行了微卫星标记的多态性分析。结果表明,12个微卫星标记在3个鹌鹑群体中检测到的观测等位基因数在4~7个之间,中国黄羽鹌鹑、中国黑羽鹌鹑、朝鲜鹌鹑的平均多态信息含量分别为0.6853、0.6401和0.6565;平均期望杂合度分别为0.7333、0.6957和0.7111,以中国黄羽鹌鹑群体遗传多态样性最为丰富。聚类分析结果表明,中国黑羽鹌鹑和朝鲜鹌鹑的遗传距离最小为0.0628,因此中国黑羽鹌鹑和朝鲜鹌鹑先聚为一类,而后与中国黄羽鹌鹑聚合在一起。这也更进一步证明了中国黑羽鹌鹑和朝鲜鹌鹑有更近的亲缘关系,而中国黑羽鹌鹑,朝鲜鹌鹑与中国黄羽鹌鹑的亲缘关系要远一些。     

草原红牛群体中微卫星DNA多态性的研究

选用草原红牛42头作为试验牛群体,经过牛血液基因组DNA的提取、8对微卫星引物的PCR扩增、扩增产物的聚丙烯酰胺电泳分型、UVIBAND计算机凝胶成像分析系统分析各位点等位基因及全部个体的标记基因型、PPAP3.0软件计算基因频率、多态信息含量(PIC)和杂合度等步骤,从分子水平上分析了草原红牛在8个位点的遗传多态性。结果表明,ETH225、IDVGA2、IDVGA46和IDVGA44等位基因数分别为5、4、3和4,多态信息含量分别为0.542 0,0.673 6,0.521 8和0.575 0,这4个位点为高度多态位点。而另4个位点BM2113、BM1824、IDVGA55和TGLA44等位基因数分别2、2、2和5,多态信息含量分别为0.369 8,0.360 4,0.353 8和0.470 8,属于中度多态性位点。8个位点作为遗传标记应用于草原红牛遗传育种研究之中是可行的。     

微卫星标记分析5种鹿类动物群体遗传多样性

利用15个微卫星标记对麋鹿、黇鹿、梅花鹿、黄麂、马鹿5种鹿类动物群体DNA多态性进行测定,共检测到95个等位基因,平均等位基因数和群体有效等位基因数分别为6..3333±2.7946个和4.7089±1.8355个,平均期望杂合度为0.5790±0.1025,平均多态信息含量为0.4483±0.1050。群体间的平均遗传分化为29.4%（P〈0.001）,构建5种鹿类动物群体的系统聚类图,结果基本一致,黄麂、马鹿和梅花鹿聚为一大类,黇鹿和麋鹿为一类或各自成为一类。     

微卫星DNA标记在三个山羊品种中的遗传多态性研究

利用四个微卫星标记对波尔山羊、太行山羊和河北奶山羊的等位基因频率、群体多态信息含量、有效等位基因数和杂合度进行了遗传检测。结果表明：四个微卫星位点在波尔山羊、太行山羊和河北奶山羊三个品种中存在多态性。可以用于山羊遗传多样性的评估；位点OarFCB11变异最大，位点MCM38变异最小，从不同品种来看，太行山羊的遗传变异程度最大，而波尔山羊的遗传变异程度相对较小。     

草原红牛及其杂交群体中微卫星DNA多态性研究

选用草原红牛及其与利木赞牛的杂交后代66头作为试验牛群体,提取血液及肝脏基因组DNA,设计8对微卫星引物进行PCR扩增,从分子水平上对草原红牛及其杂交群体8个位点的遗传多态性进行微卫星分析。结果表明,在草原红牛中,ETH225、IDVGA2、IDVGA46和IDVGA44等位基因数分别为5、4、3和4,多态信息含量(PIC)分别为0．5420、0．6736、0．5218和0．5750,这4个位点均为高度多态。而另4个位点BM2113、BM1824、IDVGA55和TGLA44等位基因数分别,2、2、2和5,多态信息含量分别为0．3698、0．3604、0．3538和0．4708,属于中度多态性位点。在杂交牛群体中,BM2113、ETH225、IDVGA2、IDVGA46、ID- VGA44、BM1824、IDVGA55和TGLA44这8个位点的等位基因数分别为4、5、4、4、5、4、4和6,多态信息含量(PIC)分别为0．6432、0．5943、0．6593、0．5794、0．7259、0．6121、0．6120和0．6204,杂合度为0．7034,均属于高度多态性位点。这些微卫星位点作为遗传标记应用于草原红牛遗传育种研究之中是可行的。     

湘东黑山羊BM1329微卫星标记的遗传多态性研究

利用经筛选的绵羊微卫星引物BM1329,采用聚丙烯酰胺凝胶垂直板电泳,对湘东黑山羊的BM1329微卫星基因座进行了多态性检测.结果表明:该基因座有8个等位基因,其片段大小在175bp～215bp之间,计算了该基因座各等位基因频率、基因型频率及其平均基因杂合度(0.8305)、多态信息含量(0.8090)和有效等位基因数(5.9001).说明在湘东黑山羊中微卫星标记BM1329基因座具有丰富的遗传多态性.     

Relationships between body weight,fasting blood glucose concentration,sex and age in tree shrews (Tupaia belangeri chinensis)

The tree shrew (Tupaia belangeri chinensis) is a squirrel‐like lower primate or a close relative of primates, commonly used as an animal model in biomedical research. Despite more than three decades of usage in research, the clear relationships between body weight, fasting blood glucose concentration, sex and age among tree shrews remain unclear. Based on an investigation of 992 tree shrews (454 males and 538 females) aged between 4 months and 4 years old, we found that male tree shrews have significantly higher body weight and fasting blood glucose concentration than female tree shrews (p < 0.001). The concentration of fasting blood glucose slightly increased with body weight in males (r = 0.152, p < 0.001). Meanwhile, in females, the body weight, concentration of fasting blood glucose and waist circumference positively increased with age (p < 0.001). Additionally, 17 tree shrews with Lee index [body weight (g)*0.33*1000/body length (cm)] above 290 had significantly higher body weight, waist circumference and glycated haemoglobin A1c (HbA1c) than non‐obese tree shrews with a Lee index score below 290 (p < 0.001). Interestingly, 6 of 992 tree shrews (three males and three females, 2–4 years old) displayed impaired plasma triglycerides, HbA1c, low‐density lipoprotein and oral glucose tolerance test, suggestive of the early symptoms of metabolic syndrome. This study provides the first clear relationships between body weight, fasting blood glucose concentration, sex and age in tree shrews, further improving our understanding of this relationship in metabolic syndrome (MetS). Given the similarity of tree shrews to humans and non‐human primates, this finding supports their potential use as an animal model in the research of MetS.     

岷县黑裘皮羊微卫星遗传多样性分析

试验旨在分析岷县黑裘皮羊群体内遗传多样性,筛选出理想的遗传标记,为岷县黑裘皮羊的选育保种提供理论依据。选取144只岷县黑裘皮羊,颈静脉采血并提取DNA,对24对微卫星引物进行PCR扩增,用毛细管电泳技术进行基因分型,计算其等位基因数、等位基因大小及频率、有效等位基因数、杂合度和多态信息含量。结果显示,24个位点共检测到210个等位基因,平均等位基因数为8.75;群体等位基因频率为0.0104~0.7396,等位基因片段大小为97~285 bp;有效等位基因数为1.7581~8.2433个;群体平均观测杂合度为0.4839;平均期望杂合度为0.6959;平均多态信息含量为0.6527。其中MAF70位点等位基因数、有效等位基因数、期望杂合度和多态信息含量最高;OarFCB128位点观测杂合度最高;OarAE129位点等位基因数最少,SRCRSP9位点期望杂合度、多态信息含量最低;OarFCB304位点观测杂合度最低。Hardy-Weinberg平衡分析结果表明,所选位点中有19个处于非平衡状态。结果表明,岷县黑裘皮羊的遗传背景复杂,群体内遗传多样性丰富,可为其遗传资源的评估和选育保种工作提供理论依据。     

利用微卫星标记分析三个绵羊品种及杂交后代遗传多样性

利用微卫星标记技术,分析了无角陶赛特羊、滩羊、小尾寒羊及其杂交后代滩寒F1、陶滩寒F15个绵羊群体的遗传多样性,结果表明:7个微卫星位点均为高度多态位点,平均多态信息含量(PIC)达0.7077~0.8396;5个群体平均位点杂合度达0.7454~0.8665。以Nei氏遗传距离的UPGMA和NJ聚类结果表明,滩羊与滩寒F1具有较近的亲缘关系,小尾寒羊与陶滩寒F1具有较近的亲缘关系,可聚为一类;滩羊、小尾寒羊与陶赛特羊具有较远的亲缘关系。     

波尔山羊和山西省地方山羊品种微卫星DNA多态性分析及群体间杂种优势预测

（方法）利用5个微卫星标记对山西省5个山羊品种遗传多态性进行分析,（目的）以预测波尔山羊与地方山羊品种的杂种优势,为山西省肉用山羊新品种培育及波尔山羊在山西省合理杂交利用提供理论依据。（结果）5个山羊品种共检测到70．0个等位基因,各位点的等位基因数在9．0～21．0之间;经群体遗传统计分析,5个山羊品种平均有效等位基因数4．94～6．05个,平均多态信息含量0．7053～0．7982,平均基因杂合度0．7592～0．8316。5个山羊品种间遗传分化系数0．0607;波尔山羊与吕梁黑山羊的标准遗传距离最大（0．5083）,其余依次为阳城白山羊（0．4474）、洪洞奶山羊（0．4332）、黎城大青羊（0．3301）。（结论）5个微卫星位点均为高度多态位点,可用于5个山羊品种遗传多样性评估;5个山羊品种在5个微卫星位点多态性丰富,遗传变异大,品种间遗传分化小。据品种间遗传距离推测,波尔山羊与吕梁黑山羊的杂种优势最大,与阳城白山羊和洪洞奶山羊的杂种优势次之,与黎城大青羊的杂种优势最小。     

5个黑山羊品种(群体)微卫星标记的遗传多样性研究

利用14个微卫星标记分析了攀枝花地方黑山羊、建昌黑山羊、云岭黑山羊、金堂黑山羊、乐至黑山羊5个品种(群体)的遗传多样性及亲缘关系。结果显示,14个微卫星座位多态信息含量(PIC)在0.5129~0.7646之间,均为高度多态位点;5个黑山羊品种(群体)的平均多态信息含量(PIC)为0.6405~0.6856,平均杂合度(H)在0.6985~0.7371之间,说明遗传多样性丰富;群体间平均遗传分化系数(Fst)为0.0296,说明群体间的变异仅为2.96%,群体间存在基因交流;攀枝花黑山羊和金堂黑山羊2个群体之间的Nei氏遗传距离最大(D=0.1286),金堂黑山羊和乐至黑山羊之间的遗传距离最小(D=0.0365);NJ聚类图中,攀枝花黑山羊、建昌黑山羊和云岭黑山羊聚为一类,金堂黑山羊和乐至黑山羊聚为一类,聚类结果与群体的地理分布较为一致。     

8个微卫星位点在甘肃高山细毛羊肉毛兼用品系中的遗传多样性研究

利用8个微卫星位点对甘肃高山细毛羊肉毛兼用品系进行遗传检测,计算了等位基因频率、有效等位基因数、群体杂合度和多态信息含量。结果表明,位点BM3501的有效等位基因数、群体杂合度和多态信息含量都最高（Ne=7.30,H=0.866,PIC=0.848）;位点BM3413的有效等位基因数、群体杂合度和多态信息含量都最低（Ne=2.33,H=0.573,PIC=0.478）;8个微卫星位点在甘肃高山细毛羊肉毛兼用品系中多态性丰富,除位点BM3413表现为中度多态外,其余位点均表现为高度多态。因此,甘肃高山细毛羊肉毛兼用品系遗传杂合度较高,遗传多样性丰富,选择余地较大;8个微卫星位点可用于甘肃高山细毛羊肉毛兼用品系遗传多样性评估,并可用于对其羊毛性状和肉用性状的进一步研究。     

川渝部分山羊品种(类群)遗传多样性微卫星标记研究

为分析川渝山羊品种(类群)的遗传多样性和系统发生关系,利用30个微卫星标记,对6个山羊品种(类群)进行分析。结果表明:金堂黑山羊遗传多样性最丰富,群体多态信息含量、平均杂合度和有效等位基因数分别为0.777、0.819和6.54;大足黑山羊各项指标最低,分别为0.736、0.787和5.57。对6个品种(类群)聚类分析表明,金堂黑山羊与南江黄羊的首先聚类在一起,然后依次与板角山羊、川东白山羊、大足黑山羊和波尔山羊聚类。各山羊品种(类群)的聚类关系与其来源、育成史及地理分布基本一致。     

甘肃高山细毛羊优质毛品系15个微卫星位点的遗传多样性分析

研究对甘肃高山细毛羊优质毛品系的15个微卫星位点进行了遗传多样性检测.计算了各位点的等位基因频率(P)、杂合度(H)、多态信息含量(PIC)和有效等位基因数(Ne).结果表明:15个微卫星位点中有1个未检测到多态,其余14个均表现出高度多态性.多态性标记在该群体中的平均等位基因数为10个,平均多态信息含量PIC=0.83,平均杂舍度H=0.85,平均有效等位基因数Ne=7.1.说明甘肃高山细毛羊优质毛品系的遗传多样性丰富,遗传变异程度较高,基因一致度较差,变异性较大,具有较大的选择潜力.这14个位点可以作为有效的遗传标记,用于甘肃高山细毛羊优质毛品系遗传多样性分析及其与各生产性状的相关性研究.     

西北肉用绵羊新品群陶滩寒组合的微卫星标记研究

利用微卫星标记技术,分析了无角陶赛特羊、滩羊、小尾寒羊及其杂交后代滩寒F1、陶滩寒F1 5个绵羊群体的遗传多样性,结果表明,7个微卫星位点均为高度多态位点,平均多态信息含量（PIC）达0.7077～0.8395;5个群体平均位点杂合度达0.7454～0.8665。以Nei氏遗传距离的UPGMA和NJ聚类结果表明,滩羊与滩寒F1具有较近的亲缘关系,小尾寒羊与陶滩寒F1具有较近的亲缘关系,可聚为一类;滩羊、小尾寒羊与陶赛特羊具有较远的亲缘关系。