鲤鱼外周血白细胞蛋白酶体激活因子PA28全长cDNA的克隆与差异表达分析

对DD-RTPCR获得的差异显示片段C15进行地高辛标记后作为探针,对有丝分裂原刺激的鲤鱼外周血白细胞cDNA文库进行核酸杂交筛选,从0.8×104个重组噬菌体中,经过2轮筛选获得阳性克隆DM7。测序分析表明,该阳性克隆长1 097 bp,具有完整的开放阅读框架,为编码鲤鱼蛋白酶体激活因子PA28的全长cDNA,编码249个氨基酸,含有PA28的α和β亚单位功能结构域,与已报道的斑马鱼的蛋白酶体激活因子PA28的同源性达93%。分离鲤鱼外周血白细胞,经有丝分裂原在不同条件下刺激后,利用Trizol提取总RNA,根据得到的PA28全长cDNA序列和鲤鱼β-actin的序列,设计引物,采用半定量反转录聚合酶链反应(RT-PCR)方法测定白细胞中PA28基因mRNA表达量的变化。结果表明,白细胞经LPS、ConA刺激后,PA28基因的mRNA表达量有所增加,但并不随时间的延长而持续增加。     

鲤鱼白细胞介素-8全长cDNA的克隆、鉴定及其差异表达分析

用DD-RTPCR的方法获得差异显示片段A26,经地高辛标记作为探针对有丝分裂原刺激的鲤鱼外周血白细胞cDNA文库核酸杂交筛选,从0.8×104个重组噬菌体中,经过2轮筛选获得阳性克隆。序列分析表明该克隆含有1个大小为294bp编码98个氨基酸的完整开放阅读框,氨基酸序列含有Chemokine-CXC功能结构域,前体中含有22个氨基酸组成的引导肽,氨基酸序列比对显示成熟白细胞介素-8(IL-8)多肽中第12、13和14构成CXC基序,但之前无ELR基序。系统发生分析其与荷兰鲤鱼亲缘关系最近,氨基酸序列的同源性达89%。分离培养鲤鱼外周血白细胞,在不同条件下经LPS、PHA和ConA刺激后,提取总RNA,根据鲤鱼IL-8全长cDNA序列和β-ac-tin序列设计引物,利用半定量反转录聚合酶链式反应(RT-PCR)方法对鲤鱼外周血白细胞IL-8进行差异表达分析,结果显示,经有丝分裂原刺激后前期(4h)白细胞中IL-8的表达量明显增大,但随着时间推移(12、24h)并不一直比同期正常白细胞表达量大,表达量趋势成峰形图。     

Cloning of Carp Inducible Nitric Oxide Synthase Full-length cDNA and its Differential Expression Analysis in Peripheral Blood Leukocytes

The study was aimed to obtain carp iNOS cDNA full-length sequence, and investigate the changes in peripheral blood leukocyte expression of iNOS in the stimulation of different mitogens.Based on EST sequences of iNOS that obtained from carp normal peripheral blood leukocytes cDNA library, full-length cDNA sequence of carp iNOS was successfully amplified by using gene library screening and rapid-amplification of cDNA 5'ends (5'-RACE) method.Carp peripheral blood leukocytes were divided into control and experimental groups and cultured.The experimental groups were stimulated by LPS (1.0 μg/mL) and ConA (1.0 μg/mL) for 4 and 12 h, respectively.And control groups were in the same cultured conditon time without mitogen stimulated.Real-time PCR was used to detect the expression of iNOS in peripheral blood leukocytes of each group.The results showed that the cDNA fragment was total 3 704 bp containing 74 bp 5'untranslated region (UTR), 246 bp 3'UTR and a 3 384 bp ORF encoding 1 127 amino acids.Sequence homology analysis showed that the amino acid sequence of carp iNOS shared 100% identity with Carassius auratus.After LPS and ConA stimulation, the iNOS expression of peripheral blood leukocytes in the experimental groups were increased, and the expression in the short time stimulation condition (4 h) was higher than the long time (LPS 12 h; ConA 24 h).In conclusion, iNOS expression of peripheral blood leukocytes was raised after LPS and ConA stimulation, suggesting that there were dynamic changes in the inflammation.     

有丝分裂原刺激的鲤鱼外周血白细胞cDNA文库的构建

利用 Stratagene公司 Hybri ZAP- 2 .1建库试剂盒构建了经有丝分裂原刺激的鲤鱼外周血白细胞 c DNA文库。采取健康鲤鱼外周血 ,分离白细胞 ,经 L PS、PHA和 Con A分组作用不同时间后 ,分别提取总 RNA,将各组样品混合后 ,以 Oligo(d T)纤维素柱分离纯化 m RNA,经逆转录合成 c DNA的第 1链和第 2链 ,与 Eco R 接头连接 ,酶切后 ,用CHROMA SPIN- 4 0 0柱离心层析纯化 ,与 Hybri ZAP- 2 .1载体连接 ,体外包装后转染 E.coli XL I- Blue宿主菌 ,进行滴度测试和文库扩增。结果构建的经有丝分裂原刺激的鲤鱼外周血白细胞 c DNA文库原始库容量为 1.6 7× 10 6 pfu,插入片段长度在 0 .4× 10 3～ 3.0× 10 3bp,重组率为 98.9% ,扩增后的文库滴度为 6 .16× 10 9pfu/m L ,该文库符合 c DNA文库构建的标准 ,为克隆和研究鱼类免疫应答相关基因提供了有效的工具     

鲤鱼白细胞介素10基因组DNA克隆及序列分析

为获得鲤鱼白细胞介素10(interleukin 10,IL-10)全长基因组序列,本研究利用鲤鱼IL-10全长cDNA序列(GenBank登录号:JX524550),通过在两端非编码区设计引物,以提取的鲤鱼脾脏基因组为模板,使用PCR方法成功获得鲤鱼IL-10全长基因组序列。鲤鱼IL-10基因组全长2176 bp,GenBank登录号为JX524551。将所获得的序列与其他物种IL-10基因组序列相比,结果发现都含有5个外显子,4个内含子,外显子在进化上相对保守,剪切位点都符合"gt......ag"规则;序列包含540 bp的开放阅读框,编码179个氨基酸,有2段典型的IL-10氨基酸信号基序。     

鲤鱼外周血白细胞TLR5M全长cDNA克隆及序列分析

本试验以鲤鱼TLR5M的EST序列为基础进行5'-RACE试验,获得了其cDNA的全长序列。结果表明,该序列共3182 bp,包含38 bp的5'端非编码区,486 bp的3'端非编码区,1个2658 bp的开放阅读框(ORF),共编码885个氨基酸。序列同源性比对结果表明,该序列与麦瑞加拉鲮鱼TLR5基因同源性高达84.46%。     

水牛TLR4 cDNA全长的克隆及其生物信息学分析

本研究利用RT-PCR方法分段克隆水牛TLR4 cDNA后拼接成全长,并克隆于pMD20-T载体中,同时运用生物信息学软件对其核苷酸序列及编码蛋白质的结构进行分析和预测。结果表明,克隆的TLR4 cDNA ORF全长2526 bp,共编码841个氨基酸,N端具有由25个氨基酸组成的信号肽,该蛋白预测的分子质量为95.98 ku,等电点为6.37;水牛TLR4与GenBank中登录的水牛TLR4(DQ857349)核苷酸序列同源性达99.01%,与黄牛、绵羊、野猪、马、人和黑猩猩的同源性超过80%,与小鼠和狗的同源性次之,分别为72.17%和61.30%,与鸡的最低,仅为53.94%;该蛋白是由胞外区(1-634位氨基酸)、跨膜区(635-657位氨基酸)和胞内区(658-841位氨基酸)3部分构成的跨膜蛋白,胞外区含有12个LRR串联重复结构域、胞内区具有TIR结构域。本试验成功克隆了水牛TLR4 cDNA全长,并获得了核苷酸及其蛋白质的生物信息学分析数据,为进一步研究其功能奠定了基础。     

克隆全长cDNA的方法及其在兽药研究中的应用

综述了获取基因全长cDNA序列的方法,即全长cDNA文库的构建、cDNA末端快速扩增和电子克隆;重点介绍了Oligo-capping、CAPture、Cap-trapper及SMART构建全长cDNA文库的方法,并阐述了其在兽药研究中的应用.     

军曹鱼Hepcidin基因全长cDNA克隆及其组织表达分析

本试验采用同源克隆和末端快速扩增(RACE)的方法,得到714 bp的军曹鱼(Rachycentron canadum) Hepcidin基因全长cDNA序列。该序列包括213 bp的5'末端非编码区(UTR)、228 bp的3'UTR及273 bp的开放阅读框(ORF),编码90个氨基酸,预测其蛋白分子质量约为10.03 ku,等电点为7.54,预测的蛋白包括信号肽、前肽和成熟肽。通过构建Hepcidin氨基酸序列的系统进化树并进行氨基酸同源性比对,结果显示军曹鱼与已知鱼类及哺乳动物Hepcidin氨基酸的同源性在24.4%~85.6%之间。实时荧光定量PCR(quantitative Real-time PCR,qRT-PCR)检测结果显示Hepcidin基因在正常军曹鱼组织中均表达,但表达量在各个组织中有所不同,其中以肝脏表达量最高。经脂多糖(LPS)和甲醛灭活的鲨鱼弧菌(Vibrio carchariae)刺激后,肝脏、头肾、脾脏中Hepcidin基因表达均上调。     

鲤鱼肿瘤坏死因子受体相关因子6全长cDNA克隆及序列分析

本试验以鲤鱼外周血白细胞肿瘤坏死因子受体相关因子6(tumor necrosis factor receptor-associated factor 6,TRAF6)EST序列为基础,经地高辛标记后作为探针,对有丝分裂原刺激的鲤鱼外周血白细胞cDNA文库进行核酸杂交筛选,从重组噬菌体中经过两轮筛选获得阳性克隆。序列分析结果显示,该序列包含有5'-非编码区(5'-UTR) 25 bp;3'-非编码区(3'-UTR) 535 bp,存在2个mRNA不稳定基序ATTTA;开放阅读框ORF长1632 bp,编码543个氨基酸。预测蛋白质等电点为5.88,分子质量大小为61.773 ku。序列同源性比对结果表明,所获得的序列与GenBank上登录的鲤鱼TRAF6a基因同源性达99%。蛋白质序列分析结果发现,其具有TRAF家族的典型序列特征。     

鲤鱼外周血白细胞的分离和体外培养

通过调整淋巴细胞分离液中泛影葡胺 (Urografin)的用量 ,发现采用比重为 1.0 85的分离液可将鲤鱼外周血中的白细胞有效地分离出来 ,每毫升外周血可分离到的白细胞的数量平均为 1.71× 10 6 个。经优化培养条件 ,分离得到的鲤外周血白细胞体外分别培养 4、12和 2 4 h,成活率分别为 92 .6 %、90 .2 %和 87.6 % ,加入终质量浓度 5 0 m g/ L的刀豆球蛋白 (Con A)同外周血白细胞共同孵育 4 h和 2 4 h,结果白细胞的成活率为 99.1%和 89.6 % ;将 5 0 mg/ L 脂多糖 (L PS)和 5 0 mg/ L 植物血凝素 (PHA)与白细胞共同孵育 4 h和 12 h,白细胞成活率为 98.1%和 97.7%。本试验成功地建立了鲤外周血白细胞的分离技术和鲤白细胞体外短期培养体系     

猪ADAR2基因全长cDNA克隆、序列特征及表达模式分析

旨在克隆猪作用于RNA的腺苷脱氨酶2基因(ADAR2)全长cDNA序列,同时对该基因在猪不同组织中的表达规律进行探索.利用RACE(rapid-amplification of cDNA ends)对大白猪ADAR2基因mRNA全长序列进行克隆,并进行生物信息学分析;用荧光定量PCR方法检测35日龄大白猪心、肝、肺、肾...     

家蚕SoxE基因的全长cDNA克隆和表达谱分析

Sox基因家族是在动物中发现的一类重要的转录调控因子。基于生物信息学和RACE策略,从家蚕胚胎中克隆了一个与果蝇E族Sox基因成员同源的基因的全长cDNA,命名为BmSoxE(GenBank登录号:HQ728280)。BmSoxE的cDNA序列全长为1 398 bp,编码222个氨基酸。生物信息学分析显示,BmSoxE蛋白序列含有典型的HMG-box结构域和数个磷酸化位点。组织表达谱分析发现,BmSoxE基因在家蚕生殖腺中高量表达;时期表达谱分析表明,从家蚕的幼虫期一直到成虫期,Bm-SoxE基因的表达维持在较高水平,暗示BmSoxE基因在家蚕性别决定和分化中可能发挥了调控作用。     

人溶菌酶cDNA的克隆及其在小鼠体内的表达

根据已发表的人溶菌酶 (human lysozyme,h L YZ) m RNA序列设计引物 ,以人乳腺第 1链 c DNA为模板 ,用 PCR扩增出 1.5 kb h L YZ双链 c DNA,其推导的氨基酸序列与国外发表的从胎盘、巨噬细胞和结肠中克隆的 h L YZ氨基酸序列同源性为 10 0 % ,与从人组织细胞中克隆的 h L YZ仅有 1个氨基酸差异 ,但与从中国人胎盘中克隆的 h L YZ具有6个氨基酸差异。将此 c DNA克隆入乳腺特异表达载体 ,用所获得的基因构件注射哺乳期小鼠 ,经 RT- PCR和微球菌溶解试验证明 ,上述基因构件能有效地驱动目的基因在小鼠乳腺中表达 ,表达量为 6 9.3mg/ L,表达具有较好的组织特异性。这些试验结果表明 ,本研究构建的表达 h L YZ c DNA的基因构件可以用于乳腺生物反应器的研制。     

广灵驴HSL基因克隆、序列分析与差异表达

试验旨在对广灵驴的激素敏感脂酶（hormone sensitive lipase,HSL）基因进行克隆和序列分析,并对HSL基因在广灵驴不同组织中的差异表达水平进行分析。使用RT-PCR法扩增并克隆广灵驴HSL基因CDS区部分序列,将序列拼接后得到HSL基因完整的CDS区全长序列,并对序列进行一系列生物信息学分析,通过实时荧光定量PCR检测HSL基因mRNA在广灵驴的心脏、肝脏、脾脏、肺脏、肾脏、背最长肌和皮下脂肪7个组织中的表达情况。结果显示,广灵驴HSL基因完整的CDS区全长为2 286 bp,共编码761个氨基酸,序列已提交到NCBI,登录号：MN231003。广灵驴HSL基因的核苷酸序列与马、羊驼、骆驼、猪、牛、山羊、小鼠、绵羊相应序列的同源性分别为99.6%、88.9%、88.6%、88.1%、86.9%、85.6%、80.8%、79.1%。系统进化树预测表明,广灵驴HSL基因与马的亲缘关系最近,与小鼠的亲缘关系最远。生物信息学分析发现,HSL蛋白的理论等电点为6.51,不稳定指数为56.83,亲水性的总平均值为-0.048,说明HSL是酸性不稳定的水溶性蛋白。蛋白保守域中存在N-末端结构域、α/β水解酶折叠结构域以及调节结构域。蛋白序列中共存在88个磷酸化修饰位点、25个糖基化修饰位点。蛋白中存在较强的疏水性区域,没有信号肽及跨膜区域。二级结构显示此蛋白是由α-螺旋、延伸链、β-转角和无规则卷曲构成的,分别占45.33%、11.70%、5.65%、37.32%。实时荧光定量PCR检测结果显示,HSL基因mRNA在广灵驴的7种组织中均有表达但存在差异,在皮下脂肪中表达量最高,在心脏中表达量最低,说明广灵驴HSL基因可能在体内脂肪沉积中发挥着非常重要的作用。该试验为进一步研究HSL蛋白功能及其在广灵驴脂肪沉积中代谢调控机制提供了理论基础。     

Study on the Effect of Ricin on Human Peripheral Blood B Lymphocyte and the Expression of Related Genes

This study was amied to learn the toxic effects of ricin on human peripheral blood B lymphocytes（IM-9）and the expression of related genes.The extracted ricin of different concentrations were added to culture cells for 6 and 12 h to make sure the median inhibitory concentration,then culture cells at the median inhibitory concentration for 2,6,10 and 12 h,at each time point detect the expression of immune related genes CD40,IL-1β,TNF-α and apoptosis related genes Bcl-2,Bax,Caspase-3.The results showed that the inhibitory effect of ricin on IM-9 cells was increased with the increase of concentration and time.The expression of TNF-α and CD40 genes increased significantly in experimental group than control group at 6 h（P<0.05).10 and 12 h reached extremely significant level（P<0.01);There was no significance of IL-1β gene expression between experimental and control groups（P>0.05).About apoptosis gene,the Bax gene expression decreased extremely significantly in experimental group at 10 h（P<0.05）and decreased significantly at 12 h（P<0.05);Bcl-2 gene had reached significant levels of four time periods（P<0.05), and 2,12 h were extremely significant（P<0.01);The expression of Caspase-3 reduced at 6 h,the other time points increased significantly（P<0.05),at 2 h reached extremely significant level（P<0.01).It showed that the gene expression of IM-9 cells could be significantly affected by ricin,TNF-α and CD40 genes were two potential genes to evaluate the toxicity by IM-9 cells.     

蓖麻蛋白对人外周血B淋巴细胞的作用及相关基因表达的研究

试验旨在研究蓖麻蛋白对人外周血B淋巴细胞（IM-9）毒性作用及对相关基因表达的影响。将提取的蓖麻蛋白按不同浓度添加到培养基培养6、12 h,研究剂量－时间效应,确定半数抑制浓度,然后以半数抑制浓度培养细胞2、6、10、12 h,在每个时间段检测免疫相关基因CD40、IL-1β、TNF-α和凋亡相关基因Bcl-2、Bax、Caspase-3的表达情况。结果表明,蓖麻蛋白对IM-9细胞的毒性作用随浓度和时间的增加而增强。取接近半数抑制浓度20 ng/mL作用IM-9细胞2、6、10、12 h,免疫相关基因中,TNF-α和CD40基因在6 h试验组表达量与对照组相比显著升高（P<0.05）,10、12 h达到极显著水平（P<0.01）;IL-1β基因表达量试验组、对照组间差异不显著（P>0.05）。凋亡基因中,与对照比相比,试验组Bax基因表达量10 h极显著降低（P<0.01）,12 h显著降低（P<0.05）;Bcl-2基因表达量4个时间段均达到显著水平（P<0.05）,2、12 h达到极显著水平（P<0.01）;Caspase-3基因除6 h表达量降低外,其他时间段表达量均显著升高（P<0.05）,2 h为极显著水平（P<0.01）。表明蓖麻蛋白能显著影响IM-9细胞的基因表达,TNF-α和CD40基因是两个潜在用IM-9细胞评价蛋白毒性的检测基因。