QTL定位方法及其在番茄品质性状研究中的应用

主要介绍了QTL定位的主要方法,及其在番茄品质性状研究中的应用,并对QTL定位方法的研究进行了展望。     

QTL定位方法及其在番茄品质性状研究中的应用

主要介绍了QTL定位的主要方法,及其在番茄品质性状研究中的应用,并对QTL定位方法的研究进行了展望.     

番茄渐渗系群体及其利用研究进展

对目前已构建的番茄渐渗系（Introgression Line,IL）群体及相关研究进行了概述,包括利用IL群体对抗生物或非生物胁迫、果实品质、产量等基因或QTL的定位,利用IL群体进行QTL遗传效应及互作分析,基因或QTL精细定位、克隆、聚合、代谢组学分析等。对利用IL群体有关研究及存在的问题进行了展望。     

利用高代回交群体定位野生醋栗番茄发芽期耐盐QTL

以野生醋栗番茄（Solanumpim pinellffolium）LA722和栽培番茄（Solanum lycopersicum）9706为材料,结合发芽期大规模盐胁迫筛选方法和AB—QTL技术进行耐盐QTL定位和转育研究,建立了包括280个BC3s。     

芥蓝×甘蓝的F2群体抽薹期性状QTLs的RAPD标记

 利用芥蓝C1 12×甘蓝秋缸Ⅵ杂交组合的F2作图群体的RAPD标记连锁图进行了19个农艺学性状的QTL定位研究，在9个连锁群上共定位了28个QTL位点。其中控制抽薹期、开花期、株高(4月27日调查)的QTL各3个；控制伸展度、株高(4月20日调查)、叶柄长QTL各2个；控制茎高、叶数、叶宽(4月27日调查)的QTL各1个；控制叶宽(5月11日调查)的QTL有5个。     

利用高代回交群体定位野生醋栗番茄发芽期耐盐QTL

以野生醋栗番茄( Solanum pimpinellifolium ) LA722和栽培番茄( Solanum lycopersicum ) 9706为材料, 结合发芽期大规模盐胁迫筛选方法和AB-QTL 技术进行耐盐QTL 定位和转育研究, 建立了包括280个BC3 S1单株的高代回交群体, 利用26个CAPS、66个SSR和39个SRAP多态性标记构建了分子遗传图谱并进行了耐盐性QTL定位。利用发芽20、24、28 d的发芽指数分别检测耐盐相关的QTL, 确定发芽24 d时的指数为检测QTL的最优指标, 共检测出11个与耐盐相关的QTL, 8个来自于野生醋栗番茄LA722。研究获得了58个极耐盐株系, 对部分耐盐株系进行QTL qST-8-1 和qST-9-2 的基因型分析, 其中230-1和230-3株系含QTL qST-8-1, 228-4株系含主效QTL qST-9-2, 231-6, 210-7, 226-1, 226-6, 226-7和204-7株系同时含有2个主效QTL, 这些株系的农艺性状接近栽培番茄9706, 可作为耐盐育种种质。     

猕猴桃分子标记、遗传图谱及QTL定位应用研究进展

猕猴桃属植物共有54个种和21个变种,我国是原产地,种质资源极为丰富。由于猕猴桃属植物具有雌雄异株、丰富的倍性变异及实生苗童期较长等特征,使得传统育种工作周期长、效率低。随着现代生物技术发展,开发了较多分子标记应用于猕猴桃研究领域,利用分子标记也构建了一些猕猴桃遗传图谱并进行了部分重要性状的QTL定位,为后续猕猴桃分子辅助育种奠定了基础。综述了猕猴桃遗传连锁图谱构建的基础,归纳了已发表的猕猴桃遗传连锁图谱和定位到的数量性状遗传位点,梳理出当前QTL定位技术在猕猴桃育种中的研究进展,最后提出了猕猴桃分子标记、遗传图谱构建及QTL定位技术在研究和育种应用中存在的问题和展望,以期为猕猴桃分子辅助育种更好的服务于实践奠定基础。     

大白菜叶色相关性状的QTL定位与分析

 应用已构建了AFLP遗传图谱的大白菜DH群体, 采用多模型QTL作图的方法, 通过色差计法、叶色素测定法和人为目测法3种方法7个指标对叶色相关性状进行QTL定位和分析。结果表明, 在7个连锁群上共检测到18个QTL, 其中色差计法检测到9个QTL, 叶色素测定法检测到8个QTL, 人为目测法仅检测到1个QTL。另外, 估算了单个QTL的贡献率和加性效应, 发现各QTL的加性效应各不相等, 各位点的贡献率在5.5%～15.6%之间。     

基于电商背景的食用菌产业品牌定位分析

食用菌具有较高的营养价值和药用价值,在各种加工产业链下,食用菌的产业格局逐渐完善。同时,市场的不断升级发展,创设了全新的产业背景。新时期下的电商环境对食用菌产业的发展提出了更高要求,从产业定位到品牌营销,都需要着力进行改善。通过分析食用菌产业的品牌定位,从电商背景出发,探讨基于电商背景的食用菌产业品牌定位现状、定位活动开展的关键前提以及具体的定位策略。     

西瓜种子大小形状相关QTL分析

以黏籽西瓜（Citrullus lanatus ssp. mucosospermus）‘PI186490’和普通栽培种西瓜（Citrullus lanatus ssp. vulgaris）‘LSW-177’为亲本,利用F2群体对种子大小和形状的QTL进行分析,构建了1张包含195个CAPS标记,并与染色体一一对应的11个连锁群的西瓜种子相关性状遗传连锁图谱。该图谱覆盖基因组长度2 029.8 cM,标记间平均距离10.46 cM。共检测到与种子相关性状QTL 23个,分布在连锁群LG1、LG2、LG3、LG5、LG6、LG8和LG11上,LOD值介于2.5208 ~ 36.0847之间,可解释2.2014% ~ 28.8950%的表型变异率。贡献率 > 17%的QTL位点4个,其中种子长度、种子宽度、种子厚度及种子百粒质量各1个。连锁群LG6定位到10个QTL,包含3个种子长度QTL、4个种子宽度QTL、1个种子厚度QTL及2个种子百粒质量QTL,4个贡献率 > 17%的QTL位点全部定位在连锁群LG6上,其中种子宽度和种子百粒质量主效QTL共同定位在标记WⅢ6-503和WⅢ6-502之间。     

菊花开花持续期的QTL定位

 以菊花‘雨花落英’ב奥运含笑’F1群体为材料，调查了2008—2009两个年度开花持续期的分离表现，并基于菊花SRAP遗传图对其进行QTL定位分析。基于单年数据，运用Win QTL Cartographer v2.5软件及复合区间作图法在2008年共检测到3个控制开花持续期的加性QTL，主要分布在秋菊‘雨花落英’遗传图的Y20和Y42连锁群以及夏菊‘奥运含笑’遗传图的A14连锁群上，LOD值介于2.65 ~ 3.44之间，单个QTL对开花持续期表型变异的贡献率为6.54% ~ 11.58%，而在2009年未检测到QTL的存在。运用QTLNetwork v2.2软件对2008和2009两年的表型数据进行联合分析，共检测到两对上位性QTL，在贡献率和效应值上与加性QTL相当，同时上位性QTL与环境之间具有互作效应。     

甜瓜侧枝相关性状的QTL定位

以甜瓜长侧枝自交系‘TopMark’和短侧枝自交系‘PI353814’为亲本,构建了F_2群体和F_2:3家系。利用92个F_2单株构建了一张包含12个连锁群,353个SSR标记的遗传连锁图谱,覆盖基因组长度为1 565.88 cM,连锁群长度在86.98～186.68 cM,标记间的平均距离为4.44 cM。利用该连锁图谱结合F_2:3家系表型鉴定数据,对甜瓜侧枝相关性状进行定位,共检测到6个QTL,分布在连锁群LGⅠ、LGⅢ和LGⅦ上,LOD值介于2.5067～12.5524之间,可解释9.9242%～48.2348%的表型变异率。其中侧枝总长主效QTLlbtl7.1和侧枝均长主效QTLlbal7.1均位于连锁群LGVⅡ的SSR标记CmSSR17145和CmSSR17293之间,贡献率分别为38.5923%和48.2348%。进一步利用186个F_2:3家系和新开发标记对主效QTL进行了验证,发现侧枝总长主效QTL lbtl7.1定位在SSR标记CmSSR17251和CmSSR17253之间,与两标记的遗传距离分别为2.5和0.5 cM,可解释41.2742%的表型变异,侧枝均长主效QTL lbal7.1被定位在SSR标记CmSSR17238和CmSSR17251之间,距离两标记分别为1.5和0.5cM,可解释55.1739%的表型变异。     

切花菊瓶插寿命的关联分析与QTL定位

为揭示切花菊瓶插寿命的数量遗传变异机制及其相关的分子标记，以80个切花菊品种和100个‘南农雪峰’ב蒙白’F1代杂交株系为材料，系统调查瓶插寿命的表型变异，并通过关联分析和连锁作图解析瓶插寿命的遗传机制。结果表明，切花菊品种的瓶插寿命为20 ~ 58 d，变异系数为17.96%；F1群体瓶插寿命在24 ~ 56 d之间，基本符合正态分布，且普遍存在超亲个体。基于混合线性模型（MLM）的关联分析检测到6个与瓶插寿命性状显著相关的标记，单个标记的表型贡献率为8.67% ~ 11.26%，其中，标记SSR131-3、SSR149-4和SSR150-5的贡献率较高，分别为10.20%、11.26%和11.14%，应为主效位点；QTL定位分析在‘南农雪峰’连锁图的X2连锁群检测到2个控制瓶插寿命性状的加性QTL（qVLX2-1、qVLX2-2），其加性效应分别为11.60和10.86 d，贡献率分别为6.34% 和3.15%。     

野生番茄单片段渐渗系的创建及应用

 野生种质的自然变异是植物育种和品种改良的重要遗传资源, 标记辅助单片段渐渗系的构建为野生资源优良等位基因的有效利用提供了新的工具。本文综述了野生番茄单片段渐渗系的创建及其在基因精细定位、QTL遗传效应分析以及图位克隆中的应用。     

大白菜耐热性QTL定位与分析

 应用352个标记位点的大白菜AFLP和RAPD图谱，采用复合区间作图的方法对控制大白菜耐热性的数量性状基因位点(QTL)进行定位和遗传效应研究。用苗期热害指数进行耐热性表型鉴定，共检测到5个耐热性Q几位点，分布于3个连锁群上。ht-1、ht-3和ht-5表现为增效加性效应，ht-2和舡4表现为减效加性效应。ht一2对大白菜耐热性的遗传贡献率最大，其次是ht-5。发现了与5个 I8紧密连锁的侧连分子标记，它们与Q几间的距离为0．1 2．4 cM。这为大白菜耐热性分子标记辅助选择提供了理论基础。关键词：中图分类号：     

Quantitative trait loci for photosynthetic pigment concentration in a doubled-haploid population of Pak Choi (Brassica rapa ssp. chinensis var. communis Tsen et Lee)

Summary

Quantitative trait loci (QTL) mapping and marker development are essential steps in any molecular breeding programme. In this study, QTL for photosynthetic pigment concentration were identified using a doubled-haploid (DH) population of 112 lines derived from an F₁ hybrid of Pak Choi, ‘Shulv’, obtained from a cross between Brassica rapa lines SW-13 and SU-124 through microspore culture. QTL mapping was carried out using a modification to the map of ‘Shulv’. Alignment of the linkage groups was carried out with those of reference B. rapa maps, allowing the assignment of these groups as A01 – A10. In total, 11 QTL were associated with photosynthetic pigment concentration and identified on linkage groups A05, A08, and A10. The maximum phenotypic variance for a single QTL was 38.0%. Markers closely linked to these QTL could assist in the development of Pak Choi cultivars with increased yield, due to having improved photosynthetic capabilities.     

A preliminary genetic linkage map of chrysanthemum (Chrysanthemum morifolium) cultivars using RAPD,ISSR and AFLP markers

A genetic linkage map of chrysanthemum (Chrysanthemum morifolium) was constructed by genotyping 142 F₁ progeny of the bi-parental cross ‘Yuhualuoying’ × ‘Aoyunhanxiao’ with a combination of RAPD, ISSR and AFLP markers in a double pseudo-testcross mapping strategy. A total of 567 polymorphic markers, including 153 RAPDs, 61 ISSRs and 353 AFLPs, were used in linkage mapping. 336 of 567 (60%) markers were grouped on the two parental maps, leaving 231 (40%) markers unlinked. In the ‘Yuhualuoying’ linkage map, 210 markers including 116 testcross and 94 intercross markers were placed in 12 major and 32 minor (8 triplets and 24 doublets) linkage groups, covering 1034 cM with an average map distance of 6.2 cM between adjacent markers. In ‘Aoyunhanxiao’ linkage map, 190 markers consisting of 113 testcross and 77 intercross markers were resolved into 9 major and 24 minor linkage groups, with genome coverage of 1095 cM and a mean inter-marker separation of 6.9 cM between adjacent markers. Six pairs of homologous linkage groups were established on the basis of 64 intercross markers shared by the two parental maps. The maps lay a foundation for further quantitative traits loci (QTL) mapping and marker-assisted breeding of chrysanthemum.     

马铃薯SSR遗传连锁图谱的构建及3个重要农艺性状的QTLs定位

利用二倍体马铃薯杂交群体P1的167个基因型为作图群体，应用SSR标记构建了一张总长度为645 cM的遗传连锁图谱，该图谱包含86个SSR标记，标记间平均距离为7.5 cM。应用该图谱，利用复合区间作图法，对与马铃薯块茎相关的3个重要农艺性状进行QTL定位和遗传效应分析，结果在第5条染色体上检测到控制以上3个性状的QTL各1个，其中控制单株产量的QTL遗传贡献率为12.3 %，控制单薯质量的QTL遗传贡献率为16.1 %，控制块茎比重的QTL遗传贡献率为11.2 %。     

菊花F1代舌状花耐寒性遗传变异与QTL定位

以菊花‘南农雪峰’ב蒙白’的F1代为材料,利用电导率结合Logistic方程计算盛花期舌状花的低温半致死温度（LT50）,分析其耐寒性的遗传变异,在此基础上开展QTL定位研究。结果表明,该F1群体舌状花的LT50在﹣8.92 ~ 1.31 ℃之间,变异系数为43.60%,近似正态分布,为多基因控制的数量性状,且存在一定程度的偏母性遗传和超亲分离现象。主基因 + 多基因混合遗传模型分析表明,该F1群体舌状花耐寒性无主基因控制。复合区间作图法共检测到6个QTL与菊花舌状花的耐寒性显著相关,分布在‘南农雪峰’遗传图的X2、X4连锁群和‘蒙白’遗传图的M2、M11、M33连锁群上,LOD值介于2.61 ~ 3.29之间,加性效应为﹣1.67 ~ 1.78 ℃,单个QTL可以解释耐寒性变异的贡献率为6.01% ~ 9.94%,均为微效QTL。