野生金针菇的分子鉴定及遗传多样性分析

针对采自全国7个自然保护区共计11个野生金针菇和2个常见栽培金针菇菌株,进行ITS-PCR和产物测序,经过与Gen Bank上已知序列的比对,结合传统形态特征鉴定,确定各菌株的拉丁名,并用MEGA6.0进行ITS序列的遗传距离分析和系统发育树构建。结果表明,金针菇的ITS1比ITS2进化速率快,变异位点和简约信息位点差异较大;13株金针菇种内遗传距离为0~0.014,种间遗传距离为0.029~0.045;ITS系统发育树也支持将13个菌株分为3个类群,即3个种,这与分子鉴定和传统形态鉴定结果相吻合,且同一菌种地域分布越近的菌株越容易聚为一支。研究表明,ITS序列分析可用于野生金针菇的分子鉴定和种间遗传多样性分析。     

不同地区松茸ITS序列分析及系统发育研究

对吉林省延吉市和云南省昆明市松茸子实体的ITS序列进行遗传多样性研究。提取两个地区松茸子实体的基因组DNA,应用特异引物对其ITS序列进行PCR扩增及测序,并对云南省昆明市松茸样品进行克隆及测序。之后从GenBank上获取5个地区7条松茸ITS序列,并利用MEGA、BLAST、DNAMAN和ClustalX软件进行对比分析和构建系统发育树。对云南松茸样品克隆发现,ITS序列中有A与G、T与c的颠换,并插入1个碱基T。序列对比发现,松茸ITS序列长度在600bp～604bp范围内,G＋C含量在43．0％～44．2％之间,共有41个变异位点,ITS2变异位点数要多于ITSl的变异位点数。同时,多个位点存在着转换、颠换、插入和缺失,表明不同产地松茸ITS序列在进化过程中存在差异,为真菌分类、鉴定等研究提供了重要的资料和依据。     

龙眼属rDNA的ITS序列分析

为了讨论龙眼属(Dimocarpus Lour.)的遗传多样性及鉴别技术,运用克隆测序法测定了主产区龙眼(Dimo-carpus longan Lour)品种及其近缘种龙荔[Dimocarpus confinis(Howet Ho)H.S.Lo.]的核糖体DNA中的内转录间隔区(ITS)序列(包括ITS1,5.8S和ITS2)。结果表明,龙眼及其近缘种龙荔的ITS区序列的长度范围为618～646 bp,长度变异为28 bp;其中,ITS1和ITS2的长度范围分别为227～235 bp和227～247 bp。龙眼品种间ITS序列变异位点比较丰富,通过单个或组合变异位点可以作为特异位点用于品种之间的鉴别。龙荔的ITS序列变异较大,在609处插入一个19个碱基的片段;系统发育树也表明龙荔自为一单树系,为其是龙眼近缘种提供了新的分子证据。结果还表明龙眼果实香味、流汁程度和质地与基于ITS序列的系统发育树结果表现较多品种的吻合性。     

不同丹参种质的rDNA ITS序列分析

为测定丹参核糖体DNA的ITS序列,研究比较了28份不同来源丹参(Salviamiltiorrhiza Bge)种质的ITS序列。结果表明:丹参rDNA的ITS1、ITS2及5.8SrDNA的完全序列(长度范围在600～619bp之间),ITS1为227～228bp,5.8S为166bp,ITS2为206～224bp;ITS区的变异主要发生在内转录间隔区ITS1和ITS2区,其中ITS1、ITS2区的变异位点为31和25,分别占各自区位点的13.5%和11.2%;ITS序列在丹参种内比较保守,有些丹参种质之间有较小的差异,ITS序列可以作为丹参种质分子鉴定的依据。     

ITS序列在橄榄地方品种资源鉴定中的应用

利用测序方法测定了橄榄品种(系)的核糖体DNA中的内转录间隔区(ITS)序列(包括ITS1、5.8S和ITS2)。结果表明,橄榄ITS区序列总长度629~634bp,长度变异仅为5bp。其中ITS1区为232~237bp,ITS2区为234~239bp,5.8SDNA均为165bp,且高度保守无变异位点。橄榄品种(系)间ITS序列变异位点较少,仅有17个变异位点,占总碱基数的5.93%,简约信息位点7个,占总碱基数1.51%,单一信息位点10个,占总碱基数的2.16%,并且ITS1序列较ITS2序列变异丰富。因此,利用ITS序列中变异位点可以作为特异DNA指纹鉴定位点,为部分品种(系)的鉴定依据,但是仅仅利用ITS序列还难以鉴定区别所有橄榄品种资源。     

基于NCBI数据对五味子种质遗传多样性的分析

以NCBI核酸数据库中五味子DNA序列为研究对象,采用MEGA 6.0和DnaSP6软件分析法,研究了ITS2、PEPC、trnH-psbA和matK 4个目标片段的序列特征,以期获得五味子的遗传多样性和种质资源的来源。结果表明:ITS2序列的变异位点最多为15个;PEPC序列的单倍型最多为11个;最大遗传距离在ITS2序列之间为0.046;PEPC序列具有最高单倍型多样性为0.985,ITS2序列具有最高核苷酸多态性为0.004 93,所有序列的转换/颠换值均小于2;且4种序列构建的邻接法系统树结果均可以分为3个主要分支。     

西番莲DNA条形码遗传多样性分析

对4个国家(地区)的13份西番莲种质用ITS、trnL-F、trnH-psbA等3种DNA条形码进行遗传多样性分析。结果表明,trnH-psbA条形码扩增出来的DNA序列的GC含量最低(27%),ITS条形码的DNA序列GC含量最高(63%);而trnL-F条形码扩增的DNA序列GC含量在不同种质间差异最大,在52.6%~62.3%之间。将3种DNA条形码序列在GeneBank中进行Blast比对,ITS和trnL-F序列基本与已登录种序列一致,达到77%以上,而trnH-psbA条形码序列与已登录种不一致。ITS条形码在序列间基因进化多样性分析显示,两两序列之间都具有差异;trnLF条形码序列的两两比较发现T1,T10,T11,T12,T13条形码序列之间无差异;trnH-psbA条形码序列的两两比较分析的差异最小,而H4与其他的序列差异较大,在13.3以上。从系统进化树来看,trnH-psbA条形码序列除了H4之外,其他样品聚为一类;trnL-F条形码序列中有5个不存在遗传差异;ITS条形码序列聚类的结果显示,每种西番莲均存在一定的遗传距离,这与基因多样化分析的结果一致。表明ITS在不同种质之间具有较高的多样性,可考虑应用于种质鉴定。     

松乳菇ITS序列比较及其在乳菇属中的系统发育分析

提取江苏、云南、江西、湖南、广西、安徽、湖北地区的松乳菇(Lactarius deliciosus)、红汁乳菇(L.hatsudake)、橙色乳菇(L.akahatsu)和鲑色乳菇(L.salmonicolor)共25个子实体样本的基因组DNA,扩增ITS序列,对GenBank下载和本次及以前测序的松乳菇ITS序列的碱基组成、变异位点及碱基替换类型进行分析,从GenBank下载乳菇属其它8个种,构建乳菇系统发育树。结果显示:松乳菇ITS序列共有20 bp长度的变化,碱基C、T含量大于G、A含量。变异位点ITS共有99个(ITS1 58个、5.8S 4个、ITS2 37个),其中主要是T与C的转换,转换与颠换位点数分别为8和5。ITS1、5.8S、ITS2中转换与颠换的比值R分别为2.34、1.95、1.12。基于ITS序列计算不同地区松乳菇间的遗传距离,江西与意大利、西班牙,法国与西班牙序列间的遗传距离最大为0.012,云南和法国序列间遗传距离为0,是同源序列。系统发育树显示:松乳菇和红汁乳菇、橙色乳菇亲缘关系较近。     

线粒体DNA序列多位点分析揭示全球松茸复合种种内有限基因变异和种间稳定区别（英文）

松茸是外生菌根真菌,分布在北半球,在温带生态系统的物质循环和改善植物健康中发挥着重要作用。这类食用菌也具有很高的经济价值,尤其在日本。根据形态特征和基于细胞核核糖体RNA基因簇转录间隔区(ITS)序列的DNA条形码,已经把松茸按不同地理区域来源归为几个物种:Tricholoma matsutake(欧亚大陆),T.anatolicum(地中海区域),T.magnivelare(北美东部),T.murrillianum(北美西部)和T.mesoamericanum(墨西哥)。这些物种共同构成全球松茸复合种。本研究通过多位点序列分析进一步调查松茸系统地理学,更深入的理解这种生物的全球分布和进化历史。来自北美、北欧和东亚的42个松茸样品的ITS序列和4个线粒体位点被检测。总体上线粒体DNA多位点系统分析呈现出和ITS系统发育分析一致的模式和拓扑结构,即各个地理区域的样品分别聚在一起。然而,在我们的4个被检测物种的样品间,几乎没有或没有发现所选线粒体位点的基因变异。我们的研究结果表明松茸物种复合体中的线粒体基因组的进化速度较慢,或各个物种的广泛分布源于近期的扩散。深入理解松茸复合种的遗传多样性和演化关系,对制定保护政策有重要意义。     

云南地区商品松茸ITS序列遗传多样性研究

松茸是珍稀濒危的食(药)用菌.云南是我国松茸主产区之一,但由于不合理采收,致使松茸产量逐年下降.本论文使用ITS分子标记研究松茸的遗传多样性.由聚类图分析,这16个样品分为2个大的分支,其中海拔较高的中甸与丽江基本聚为一支,海拔较低的禄劝与武定又聚为另一支.每个大支上的不同样品的序列又有微小的差异,这可能是由ITS序列在进化过程中发生了少量位点的变异,如碱基之间的转换、颠换和缺失等造成的.     

金针菇多糖改善小鼠学习记忆功能

研究金针菇多糖对正常小鼠学习记忆的影响。利用三等分辐射式迷宫箱训练小鼠,检测每实验日正确反应率、达标小鼠的比率及达标所需训练次数,训练结束后取脑,用紫外分光光度计检测各项指标的OD值,测得超氧化物歧化酶（SOD）和丙二醛（MDA）含量。结果显示低剂量金针菇多糖可显著提高小鼠的达标率,显著降低小鼠达标的训练次数,金针菇多糖对SOD含量水平均有显著的提高作用（p〈0.05）,低剂量的金针菇多糖明显提高大脑海马组织中蛋白质的含量（p〈0.05）并能显著降低MDA含量（p〈0.05）。这表明金针菇多糖对小鼠的学习记忆有一定的促进作用,并能显著提高大脑海马组织中的蛋白质含量,提高SOD活力,降低MDA含量,表现出明显的抗氧化作用。     

铁、锌、钙离子在三种食用菌菌丝体中的富集及对其生长的影响

采用PDA平板和PDB液体摇瓶培养方法,比较了铁、锌和钙离子在香菇(Lentinula edodes)、金针菇(Flammulina velutipes)和刺芹侧耳(Pleurotus eryngii)菌丝体中的富集及对其生长的影响。结果表明:铁、锌和钙离子可以在香菇、金针菇和刺芹侧耳菌丝中富集。实验范围内,铁离子促进香菇和金针菇生长的浓度均为5.6~28.0 mg/kg,当浓度超过279.3、279.3、28.0 mg/kg时抑制香菇、金针菇和刺芹侧耳菌丝生长。锌离子促进香菇生长的浓度为3.3~6.0mg/kg,当浓度超过653.8、327.0、327.0mg/kg时抑制香菇、金针菇和刺芹侧耳菌丝生长。钙离子浓度超过1721.7、8608.5、8608.5mg/L时抑制香菇、金针菇和刺芹侧耳生长。     

双孢蘑菇褐腐病病原菌的分离及分子鉴定

对引起双孢蘑菇(Agaricus bisporus)褐腐病的病原菌进行分离和分子鉴定.分离培养褐腐病病原菌,采用CTAB法抽提其基因组总DNA,利用真菌通用引物ITS1和ITS4扩增菌株rDNA ITS区序列,扩增产物纯化后克隆转化至大肠杆菌,挑选克隆成功的菌株进行测序.测序结果在GenBank中进行同源性搜索,并下载部分具有代表性种的ITS序列,利用软件MEGA4 构建分子系统发育树,通过序列分析,鉴定出引起双孢蘑菇褐腐病的病原菌为Mycogone perniciosa.     

2015年~2018年我国食用菌产量和品种概况分析

总结分析了2015年~2018年我国食用菌生产区域产量和品种概况。我国食用菌产量连续4年保持100万吨以上的省份有11个,包括河南省、山东省、福建省、黑龙江省、河北省、吉林省、江苏省、四川省、湖北省、江西省以及辽宁省。这些省份4年共生产食用菌总量11451.17万吨,约占我国食用菌4年生产总量(14573.84万吨)的78.57%。我国年产量排前6位的食用菌品种有香菇、平菇、黑木耳、金针菇、双孢蘑菇以及毛木耳,6个品种4年总产量共计11770.65万吨,占全国4年食用菌总产量(14573.84万吨)的80.77%。此外,还对食用菌行业发展作了简要展望。     

基于ITS序列的中国樱桃、欧洲甜樱桃和毛樱桃种内遗传多样性及种间关系分析

对中国樱桃[Cerasus pseudocerasus(Lindl.)G.Don](地方种质35份,野生资源35份),欧洲甜樱桃[C.avium(L.)Moench](18份)和毛樱桃[C.tomentosa(Thunb.)Wall.](7份)共95份材料的核糖体内转录间隔区(ITS,internal transcribed spacer)序列进行了测定和分析,以期从ITS的DNA序列变异角度揭示种内遗传多样性及种间遗传关系。结果表明:(1)96条ITS序列比对后长度为712 bp,G+C含量为58.1%,检测到71个变异位点(9.97%),共定义了37个单倍型;中国樱桃、欧洲甜樱桃和毛樱桃的单倍型多样性和核酸多样性分别为0.840和0.00466、0.928和0.00396、0.905和0.00564,中国樱桃中栽培种质遗传多样性明显低于其野生资源;(2)种间遗传关系显示,中国樱桃与欧洲甜樱桃之间的遗传距离较近(0.019),而与毛樱桃遗传距离较远(0.048);(3)邻接聚类和单倍型网络分析显示3个种分别聚为3个分支,种间具有较大的遗传分化。同时,选择3个种的代表单倍型进行其ITS序列的二级结构预测分析,3个种之间ITS1区、ITS2区的二级结构差异较大,最小自由能差异显著,进一步揭示了3个种间的遗传关系较远。综合分析认为,3个樱桃种内均具有较高的遗传多样性,种间具有较大的遗传分化,遗传关系较远,其中毛樱桃与中国樱桃和欧洲甜樱桃的遗传关系均较远。     

Genetic relationships among loquat cultivars and some wild species of the genus Eriobotrya based on the internal transcribed spacer (ITS) sequences

The phylogenetic relationships among seven wild species and 25 loquat cultivars of genus Eriobotrya were studied by comparing sequences of the internal transcribed spacer (ITS) region. The length of ITS1 region of Eriobotrya was 223 bp and the lengths of ITS2 were ranged from 201 bp to 203 bp. The G + C contents varied from 64.1% to 65.5% in ITS1 and from 68.5% to 72.1% in ITS2. The aligned sequences were analyzed by neighbor-joining (NJ) and maximum parsimony (MP) methods. The ITS1 spacer region comprised 223 characters, of which 44 were variable sites and 34 were parsimony informative sites. The NJ tree had very similar topology to the MP tree. E. malipoensis and E. seguinii had only one different character in ITS2 region and both of them could be the most primitive species of Eriobotrya genus. ITS2 evolved much faster and had more parsimony informative sites than ITS1. ITS2 presented much more precise information about the phylogenetic relationships. Based on ITS2 regions, the evolution order of the studied taxa in this paper could be concluded, which was E. bengalensis f. angustifolia, E. prinoides var. dadunensis, E. prinoides (E. bengalensis), E. dayaoshanensis and E. japonica Lindl.     

基于细胞核ITS序列的变叶海棠起源新证据

在利用ITS序列初步证明苹果属植物变叶海棠(Malus toringoides Hughes.)杂种起源的基础上,对其3个自然居群(马尔康雅尔珠林场、柯河和下阿坝)47个样品(其中18个新样品)的核糖体DNA的ITS区进行了进一步测序分析。以窄叶海棠(M.angustifolia Michx.)、草原海棠(M.ioensis Britt.)和台湾林檎(M.doumeri Chev.)作为外类群,结合已报道的变叶海棠的ITS序列,对变叶海棠及其假定亲本的种间特异位点和系统进化关系进行了分析,并用软件RDP3beta27对变叶海棠的ITS序列进行了重组检测。结果表明,变叶海棠居群有3种ITS拷贝变异类型:1)与陇东海棠(M.kansuensis Schneid.)相似的ITS拷贝;2)与花叶海棠(M.transitoria Schneid.)相似的ITS拷贝;3)杂合的ITS拷贝。在ITS基因树上3类ITS拷贝分别与2个推测亲本单独聚在一支(自展值分别为100%和92%);杂合的ITS拷贝虽与花叶海棠聚在同一大支(B),但杂合的ITS拷贝在B支内形成具有94%自展值支持的次级分支。重组检测支持杂合ITS拷贝是假定亲本ITS重组进化的产物。上述结果为变叶海棠的杂种起源提供了进一步的分子证据。     

2个不同来源真姬菇子实体同源性的分子鉴定

为了研究2个真姬菇子实体的同源性,应用ERIC—PCR图谱分析和ITS序列分析对其进行了详细的研究。ERIC—PCR结果显示2个真姬菇存在条带多样性差异,应为不同品种或不同菌株（品系）;ITS序列测定结果显示2个真姬菇样品仅存在3个碱基差异,属于同一品种。2种分子方法结合分析表明,这两个真姬菇子实体来自同一个品种的不同亚种或不同菌株（品系）,拥有独立知识产权。     

基于TrnL-F序列的葡萄科各属分子特征及系统发育学研究

【目的】探讨葡萄科内各属间系统发育关系,为该科植物的研究提供分子系统学方面的资料。【方法】以葡萄科14个属共计103个样品基于trnL-F的序列为材料,用Clustalx1.83软件分析各属的分子特征;并以五桠果属(Dillenia L.)为外类群,分别使用Mega,Paup,Phylip常用的系统分析软件进行葡萄科各属间的分子系统学研究。【结果】结果表明,在GC含量方面,火筒树属含量最高,为35.12%~35.44%,葡萄属含量最低,为32.98%~33.63%;葡萄科各属的trnL-F序列间存在着不同的序列差异,部分属具有显著的分子特征,可用于属间鉴定。【结论】应用Mega、Phylip和Paup系统分析软件的聚类结果表明,3种软件分析均支持将葡萄科分为5个分支,而其中Paup和Phylip软件构建的系统发育树较符合葡萄科基于形态学的系统学关系。