辣椒疫霉EST-SSRs标记的发掘

通过对GenBank上发布的55 848条辣椒疫霉EST的鉴定,在328条EST中发现331个SSR.在筛选的EST序列中SSR平均密度为每23.7 kb含有1个SSR.在鉴定的SSR中,三核苷酸重复基元的SSR类型最多,占鉴定总数的59.5%;其次为二核苷酸乖复基元的SSR类型,为39.3%;四核苷酸重复基元的SSR类型最少,为1.2%.设计40对SSR引物对5个辣椒疫霉菌株基因组DNA进行PCR扩增,有27对引物扩增出SSR特征条带,其中有18对引物在5个辣椒疫霉菌株间扩增出多态性条带25条.基于SSR标记进行聚类分析,可将5个检测大豆疫霉菌菌株划分为3类.该研究是辣椒疫霉的SSR标记开发的首次报道,为辣椒疫霉的遗传变异和分子作图等分析提供了一种有效的分子标记系统.     

适用于大豆疫霉菌遗传分析的新EST-SSR标记

【目的】开发大豆疫霉菌SSR标记,为深入了解大豆疫霉菌遗传变异提供理想分析工具。【方法】用SSRIT软件对28 197条大豆疫霉菌EST进行SSR搜索,选择含有SSR的合适EST设计、合成引物和PCR扩增。【结果】发现1 454条EST含有SSR,其中3个碱基重复基元类型最多,有855个,占鉴定总数的54.3%。设计合成140对引物,用10个大豆疫霉菌菌株基因组DNA进行PCR检测,有111对引物（79.3%）扩增出SSR特征条带。通用性检测表明有33对引物在检测的1个或多个其它疫霉菌或腐霉菌中产生扩增产物。【结论】大豆疫霉菌EST含有丰富的SSR位点,本研究从EST中开发了111个新大豆疫霉菌SSR标记,可有效地用于大豆疫霉菌及其相关种的遗传变异研究。     

蓝莓基因组SSR分子标记开发

基于蓝莓(Vaccinium spp.)基因组DNA开发简单重复序列(simple sequence repeats, SSR)分子标记25对,并采用17份蓝莓试材评价其多态性,结果表明,上述SSR位点的等位基因数量介于3～9个,平均等位基因数约为4.96个,信息指数平均值为1.055 2。此外,遗传多样性分析结果表明,17份蓝莓试材被分为4个组;其中,A组包含12份蓝莓试材,为最大分支;而C组和D组分别仅包含1份蓝莓试材,其遗传亲缘关系与其他试材相距较远。本研究开发的SSR引物能为蓝莓遗传多样性研究、新品种鉴定提供借鉴。     

用SSR标记和巢式PCR快速检测大豆疫霉菌

 【目的】建立快速、准确的大豆疫霉菌检测和病害早期诊断分子技术。【方法】基于大豆疫霉菌SSR标记Psc239设计两对引物Psc239EF/Psc239ER和Psc239F/Psc239R,建立特异性检测大豆疫霉菌的巢式PCR方法。【结果】用36个大豆疫霉菌分离物和25个其他卵菌和真菌分离物基因组DNA评价引物及巢式PCR的专化性,引物对Psc239EF/Psc239ER、Psc239F/Psc239R和巢式PCR反应只在大豆疫霉菌中分别扩增出519、242和242 bp的特异片段,在其它卵菌和病原真菌中不扩增片段;用两对引物进行常规PCR扩增,检测大豆疫霉菌DNA的灵敏度均为50 pg?μl-1,而巢式PCR的灵敏度为50 fg?μl-1;巢式PCR检测土壤中卵孢子的灵敏度为每克土壤0.4个卵孢子;巢式PCR能够特异地从大豆病株和土壤中检测到大豆疫霉菌。【结论】基于SSR标记建立的巢式PCR方法能够用于大豆疫霉菌的快速检测和病害诊断。     

大豆疫霉根腐病研究进展

综合评述了大豆疫霉根腐病的发展历史、生理小种分化情况、寄主抗病机制以及抗源的筛选 ,重点评述了抗病机制和抗源的筛选研究进展情况。     

榧树基因组SSR分子标记开发

基于榧树(Torreya grandis)基因组DNA测序数据开发SSR分子标记,利用MISA和Primer 3.0脚本设计SSR引物,从中选择合成20对SSR引物并在10个榧树品种中进行多态性扩增,其中6对引物成功扩增并鉴定到多态性,各个位点的等位基因数量介于4~9个之间,平均等位基因数约为6个,多态信息含量PIC平均值为1.779 2。本研究开发的SSR引物能为榧树遗传多样性研究、品种指纹图谱构建提供依据。     

新疆大豆疫霉的来源分析

应用SSR标记对新疆地区大豆疫霉菌（Phytophthora sojae Kaufmann ＆ Gerdemann）的遗传多样性和与美国、黑龙江、福建等3个不同地理来源大豆疫霉菌的遗传关系进行研究。结果表明,新疆地区大豆疫霉菌遗传多样性相对较低,遗传背景单一,推断为外来生物。与大豆疫霉菌美国分离物和福建分离物相比,新疆分离物与黑龙江分离物的遗传关系最近,表明新疆大豆疫霉菌可能从黑龙江传人。     

大豆疫霉ISSR-PCR反应体系的建立

以大豆疫霉F8-6菌株为实验材料,分析了反应体系中的模板DNA、Tag DNA聚合酶、dNTP、M g2+的浓度对ISSR-PCR扩增结果的影响。确定了25滋L大豆疫霉ISSR反应中模板DNA的用量应在20～30ng,M g2+浓度为2m m ol·L-1,dNTP浓度为0.1m m ol·L-1,TagDNA聚合酶用量为1.5U时ISSR-PCR扩增效果最佳。     

苦荞全基因组SSR位点鉴定及分子标记开发

【目的】系统鉴定苦荞基因组中的SSR位点并开发SSR分子标记,为SSR分子标记在苦荞中的应用奠定基础。【方法】利用MISA1.0软件对苦荞“品苦1号”全基因组序列中的SSR位点进行搜索,同时利用Primer 3.0批量设计引物,并随机选择50对引物进行多态性验证。【结果】共鉴定到148 830个SSR位点,他们分布在苦荞所有8条染色体上,平均每隔3.04 kb就有1个SSR位点。SSR有6种类型,即单核苷酸重复至六核苷酸重复,其中单核苷酸重复(82 047个)、二核苷酸重复(52 039个)和三核苷酸重复(11 699个)最多,占SSR总数的97.95%。全基因组共鉴定出171种碱基重复类型,其中A/T(53.143%)和AT/AT(30.038%)是最丰富的重复类型。共设计出128 706对SSR引物,随机选择合成50对引物对10份苦荞种质进行多态性检测,共有15对引物在苦荞种质中产生了较好的多态性,并可将10份苦荞种质分为4个类群。【结论】苦荞基因组含有丰富的SSR位点,其中单核苷酸重复和二核苷酸重复类型最为丰富,SSR位点平均距离为3.04 kb;开发的SSR分子标记具有良好的多...     

影响大豆疫霉根腐病菌卵孢子生活力的因素

在某些大豆生产区,由大豆疫霉(Phytophthorasojae)引起的大豆根茎腐烂病是一种普遍流行的、极具破坏性的病害,病原真菌以卵孢子在土壤中越冬,在条件适宜时导致下一年大豆发生根茎腐烂。病原菌卵孢子也可以存在于患病种皮内,但其在病害循环中的作用还不清楚。卵孢子通常休眠一段时间后才萌发,这阻碍了大豆疫霉有性生殖后代毒性的遗传和变异研究。而研究的目的是寻找一种能够促进卵孢子在短时间内大量萌发的方法。在研究过程中采用MTT染色法检测处理后的卵孢子的生活力。结果表明,卵孢子龄期、预处理温度、化学物质在某种程度上均影响大豆疫霉卵孢子的生活力。用0.4%的KMnO4处理45d龄期的卵孢子,或35℃下处理5d有利于卵孢子的萌动,H2O2、大豆根汁液和大豆根际土壤浸出液对卵孢子生活力没有影响。     

大豆疫霉(Phytophthora sojae)单卵孢株毒性纯系的建立

将培养30d的大豆疫霉1号生理小种卵孢子在适宜条件下诱导萌发,随机挑取30个单卵孢株进行纯培养和毒力测定,在测定结果与亲代一致(1号生理小种)的菌株中随机选取1个单卵孢株重复上述试验。试验经过连续两代单卵孢株分离培养,获得了毒力稳定表达的大豆疫霉1号生理小种单卵孢株毒力纯系,为开展大豆疫霉毒性遗传和变异的分子生物学研究提供了研究材料。     

大豆疫霉根腐病菌多聚半乳糖醛酸酶活性对其致病力的影响

就大豆疫霉根腐病菌（Phytophthora sojae）多聚半乳糖醛酸酶（Polygalacturonase,PG）活性对其致病力的影响进行了研究。结果表明,受试致病性菌株在接种复壮后PG活性明显高于复壮前的PG活性;致病性菌株的PG活性显著高于非致病性菌株PG活性;受试菌株的PG活性均在培养后第7天达到峰值。综上所述,PG活性的高低与大豆疫霉根腐病菌的致病力强弱有一定的关系,是该病菌的一种起致病作用的细胞壁降解酶。     

大豆疫霉根腐病菌毒性与DNA多态性之间的关系

采用下胚轴伤口菌丝接种法在携带抗病单基因的8个大豆品种(系)上,对采自黑龙江省和吉林省的20个大豆疫霉根腐病菌株进行毒性检测,根据抗感反应将其分为6个毒性组。运用22个随机引物扩增供试菌株,共得到151个RAPD标记,其中多态性标记101个,占66.90%。通过聚类分析计算了各菌株之间的遗传距离,并产生树状图,发现菌株间存在遗传异质性,病原菌毒性和DNA多态性之间存在一定相关性。     

中国大豆疫霉菌分布及毒力多样性研究

 通过大豆疫霉根腐病发生的田间调查、从病株和土壤中分离大豆疫霉菌 ,对大豆疫霉菌在我国的分布进行了研究 ,结果表明 ,除东北地区外 ,我国黄淮流域和长江流域也存在大豆疫霉菌。应用 13个鉴别寄主 ,对来自不同地区的 83个大豆疫霉菌分离物进行毒力鉴定 ,证明我国大豆疫霉菌存在丰富的毒力多样性。与植株分离物相比 ,土壤分离物的毒力多样性程度更高。对不同地区来源分离物的毒力组成比较表明 ,长江流域分离物的毒力多样性最丰富 ,其次是黄淮流域 ,而东北地区分离物的毒力组成相对简单。     

Distribution and Virulence Diversity of Phytophthora sojae in China

By investigating occurrence of Phytophthora root rot in fields and isolating P. sojae from diseased plants and soils, the distribution of P. sojae in China was surveyed. In addition to northeast region, P. sojae existed in Huanghe-Huaihe basin and Yangtze basin too. Eighty- three isolates of P. sojae isolated from different areas were identified on virulence using 13differential soybean cultivars, abundant virulence diversity was found in P. sojae. The greater diversity in virulence of P. sojae was in isolates from soil than from plants. And the greatest virulence diversity of P.sojae was found in Yangtze basin.     

大豆对大豆疫霉菌株Pm14抗性的遗传分析及基因定位

 【目的】研究大豆对大豆疫霉菌株Pm14的遗传模式,并对其抗性基因进行定位。【方法】采用下胚轴创伤接种方法进行抗性鉴定,利用苏88-M21与新沂小黑豆构建的重组自交系群体进行遗传分析,并通过SSR技术结合BSA方法对苏88-M21的抗性基因进行定位。【结果】苏88-M21对大豆疫霉菌株Pm14的抗性由1对主效基因控制,抗病对感病表现为显性。通过分子作图,将抗性基因RpsSu定位于大豆分子遗传图谱O连锁群微卫星标记Satt358和Sat_242之间,与这2个标记的遗传距离分别为3.5 cM和7.4 cM。【结论】苏88-M21对大豆疫霉菌株Pm14的抗性是由1对单显性基因控制的,并将在苏88-M21发现的抗性基因RpsSu定位于O连锁群。     

大豆疫霉的ITS分子检测

根据大豆疫霉及其近缘卵菌ITS序列差异设计了一对寡聚核苷酸引物，用于对包括大豆疫霉在内的20种真菌的PCR检测。结果表明：在优化的反应体系及扩增条件下，该对引物只在大豆疫霉为模板的扩增体系中具有一330bp的扩增产物，表现出强特异性。利用该特异引物可稳定地从含有大豆疫霉游动孢子或卵孢子的土壤及其发病组织中检测出病原菌。该检测方法对大豆疫霉游动孢子和卵孢子的检测理论精度可达0．5个孢子。