表达序列标签研究进展及其在甲壳动物中的应用概况

随着生物信息学的发展,表达序列标签(EST)在分子标记开发、新基因分离鉴定、基因表达谱分析、基因组功能注释、基因电子克隆等方面具有重要作用。简要介绍了EST分析的原理及其在基因识别、基因预测、物理图谱的构建、DNA芯片制备等方面的应用概况。综述了甲壳动物EST的研究现状,并对EST的应用前景进行了展望。     

表达序列标签(EST)分析及藻类EST文库的研究进展

随着生物信息学的发展,表达序列标签（EST）在基因组作图、克隆基因、新基因的识别、蛋白质组研究等方面具有重要作用。笔者简要介绍了EST技术的原理及其在构建遗传图谱、分离与鉴定新基因等方面的应用。综述了藻类EST文库的研究现状,并对EST的应用前景进行了展望。     

EST技术及其应用综述

 EST (Expressed Sequence Tag，EST)指的是一组cDNA的部分序列，一般长度为150~500bp，是由大规模随机挑取的cDNA克隆测序得到的组织或细胞基因组的表达序列标签。一个EST代表生物某一时期的某种组织或细胞的一个表达基因。主要综述了EST技术的原理方法以及EST技术在构建遗传学图谱、分离与鉴定新基因、基因表达谱的研究、比较基因组学的研究和制备DNA芯片等方面的应用。     

电子克隆技术及其在植物基因工程中的应用

电子克隆是随着基因组计划和EST计划的实施而发展起来的,是利用生物信息学手段进行基因克隆的新方法。它具有投入低、速度快、技术要求低和针对性强等优点。因此,电子克隆技术必将成为植物基因工程中获得新基因的重要手段。阐述了电子克隆应用所依据的数据库与生物信息资源,介绍了利用电子克隆获得功能基因的方法,及其在植物基因工程中的应用现状与前景。     

灰葡萄孢基因中微卫星序列分析

微卫星(SSR)一般是指由单、双、三、四、五和六核苷酸重复单元串联排列的简单重复序列,它广泛分布于生物基因组内,在不同生物中,微卫星DNA的数目、类型及其分布情况存在很大的差异.本研究主要统计了已公布的灰葡萄孢基因序列中的SSR数量及类型,在灰葡萄孢的564个预测基因区域中发现669个微卫星序列,其中大多数基因(477个基因)只含有1个碱基SSR,占含SSR基因总数的71.3％;72个基因含有2个碱基SSR,13个基因含有3个碱基SSR,含4个和5个碱基SSR的基因则各只有1个.所有SSR序列中,出现数量最多的为3个碱基和6个碱基的SSR序列,分别达到了135次和330次,1个碱基、2个碱基、4个碱基和5个碱基的SSR则分别出现了7、41、64和92次.SSR碱基数越多,重复的次数越少,重复次数最少的SSR是6个碱基的AGAGGG重复.重复次数最高的SSR为122次,是3个碱基的AAT重复,这表明,在选择压力下,SSR趋向于密码子的整数倍,这与其他物种的分析结果一致.发现大多数含有SSR的基因并没有明确的功能描述,这可能是由于这些基因受到SSR的影响而在进化上变化较快所致.     

正常猪外周血淋巴细胞cDNA文库部分EST序列的电子克隆及验证

【目的】探讨从EST序列电子克隆全长基因序列的有效性,为今后快速克隆和研究免疫相关基因提供新方法。【方法】以正常猪外周血淋巴细胞cDNA文库测序所得的EST序列作为起始材料,应用生物信息库对文库中的部分EST序列进行电子克隆,并用RT-PCR验证其准确性。【结果】电子克隆正常猪外周血淋巴细胞cDNA文库序列,共获得20条片段重叠群（Contigs）,经基因注释,证实其均得到了有效延伸,具有完整开放阅读框（ORF）,其中已知的猪基因序列14条,猪新基因序列6条;从已知猪基因序列和未知猪新基因序列中各抽取1条感兴趣序列（ESTcontig110和ESTcontig133）进行全长cDNA预测,发现电子克隆所得序列ESTcontig110和ESTcontig133的预期扩增片段（ORF）与实际扩增片段（ORF）基本一致,核苷酸相似性在98.0%以上,氨基酸相似性在93.0%以上。而对ESTcontig133的ORF序列（猪的60S核糖体蛋白L18a亚基）进行基本特性及结构预测,发现ORF133蛋白为非分泌型蛋白,由6个折叠和6个螺旋结构组成,含有8个不同的磷酸化位点。【结论】从EST序列电子克隆全长基因是可行的,为今后快速克隆和研究免疫相关基因提供了参考。     

黄瓜幼果cDNA文库构建与EST测序分析

将黄瓜授粉前后多个发育阶段的幼果组织等量混合后提取总RNA和mRNA,以λTriplEx2为栽体、XL1-Blue为宿主茵,构建了1个黄瓜幼果cDNA文库;其滴度为1.165×106pfu/mL,重组率在94.4％左右.测序获得116条EST,92.2％的长度在400 bp以上,19％为重叠序列.在GenBank中进行BLAST分析后确认与已知功能基因相似的EST序列有71条,有相似序列而功能未知的基因和没有相似序列的EST序列各占19.83％和18.97％.从对文库的检验结果看,构建的cDNA文库重组率较高,库容达到预期要求.     

正常猪外周血淋巴细胞cDNA文库部分EST序列的电子克隆及验证

【目的】探讨从EST序列电子克隆全长基因序列的有效性,为今后快速克隆和研究免疫相关基因提供新方法。【方法】以正常猪外周血淋巴细胞cDNA文库测序所得的EST序列作为起始材料,应用生物信息库对文库中的部分EST序列进行电子克隆,并用RT-PCR验证其准确性。【结果】电子克隆正常猪外周血淋巴细胞cDNA文库序列,共获得20条片段重叠群（Contigs）,经基因注释,证实其均得到了有效延伸,具有完整开放阅读框（ORF）,其中已知的猪基因序列14条,猪新基因序列6条;从已知猪基因序列和未知猪新基因序列中各抽取1条感兴趣序列（EST contig110和EST contig133）进行全长cDNA预测,发现电子克隆所得序列EST contig110和EST contig133的预期扩增片段（ORF）与实际扩增片段（ORF）基本一致,核苷酸相似性在98.0%以上,氨基酸相似性在93.0%以上。而对EST contig133的ORF序列（猪的60S核糖体蛋白L18a亚基）进行基本特性及结构预测,发现ORF133蛋白为非分泌型蛋白,由6个折叠和6个螺旋结构组成,含有8个不同的磷酸化位点。【结论】从EST序列电子克隆全长基因是可行的,为今后快速克隆和研究免疫相关基因提供了参考。     

三角鲂肝脏EST序列微卫星信息分析

利用RNA-Seq技术对三角鲂的肝脏进行了转录组测序,获得了大量EST序列后,利用MISA软件进行微卫星信息分析。结果表明,通过转录组测序获得三角鲂EST序列62780条,长度31.9 Mb,发现8853个SSR,出现频率为14.1%。在三角鲂EST-SSR中,重复单元以1²碱基重复为最多,并以长度小于16 bp的短重复序列为主,间隔SSR和复合SSR的EST序列RPKM均值低于单纯型SSR的EST序列RPKM均值,且在单纯型SSR中SSR长度越长,其RPKM均值则越低。因此,对富含SSR位点的EST序列的挖掘将为开发SSR特异性标记,并应用于三角鲂生物多样性和选育提供了参考。     

葡萄EST-SNP位点的信息与特征

为了从不同基因型葡萄组织的表达序列标签(EST)中得到候选单核苷酸多态性(SNP)位点,从NCBI的dbEST数据库中下载来源于9个不同葡萄基因型的不同组织EST序列42 493条,利用CAP3软件拼接得到6 126个重叠群(contig),将拼接结果导入QualitySNP进行SNP筛选;同时,为提高候选SNP位点的可靠度,降低小规格contig开发SNP的假阳性率和大规格contig开发SNP的假阴性率,设置候选SNP位点的次要等位基因频率至少为30%,SNP侧翼序列保守度至少为5bp。结果表明:仅在1 195个contig中存在候选SNP位点,共5 032个,其中包括1 800个颠换类型,2 896个转换类型,336个单碱基的插入与缺失(indel),SNP的平均出现频率为4.2SNP.contig-1。利用CAPS(酶切扩增多态序列)分子标记和重测序方法对其中几个候选SNP位点进行验证表明,符合人工筛选原则且来自于小规格contig的候选SNP位点检测结果较好,可靠度最高。     

欧亚种葡萄避雨栽培主要生物学特性研究

通过对意大利、黑玫瑰等13个欧亚种葡萄(Vitis vinifera L．)品种在避雨栽培下的生长结果习性、物候期、果实经济性状及抗病性等方面的田问鉴定，结果表明：早中熟品种的京秀、森田尼无核、矢富罗莎及晚熟品种意大利、秋黑等5个品种综合性状表现良好。而美人指等品种存在着成花难、裂果等一些问题，推广应慎重。并对欧亚种葡萄在南方避雨下栽培出现的一些问题进行了讨论。     

福建野生葡萄松散型愈伤组织的诱导及其继代保持

以福建野生葡萄(Vitis amurensis Rupr.)带节茎段为外植体,建立无菌株系,并以此无菌株系小苗的茎段或叶片为外植体,进行愈伤组织诱导、继代增殖和长期保持等方面的研究.结果表明,光照条件下,愈伤组织诱导以MS+BA 2.0 mg·L-1 +NAA 0.2 mg·L-1+蔗糖30 g·L-1培养基最佳,诱导率可达100％;愈伤组织的继代增殖以MS+2,4-D 1.0 mg·L-1+蔗糖30g· L-1培养基最佳,可以获得生长状态良好的松散型愈伤组织;采用MS+2,4-D 1.0 mg· L-1+蔗糖30 g· L-1培养基继代培养几代后转到MS+2,4-D 1.0 mg· L-1+KT 0.5 mg· L-1+AgNO35.0 mg· L-1+蔗糖30 g·L-1培养基上培养1代,如此交替进行,同时在光照条件下,可长期继代保持野生葡萄愈伤组织,并可保持其旺盛的生长能力.     

采收后喷施KH2PO4对四倍体"玫瑰香"葡萄枝条成熟的影响

以四倍体"玫瑰香"葡萄(Vitis vinifera L.cv.Muscat Hamburg)为试材,研究采收后对四倍体"玫瑰香"葡萄叶面喷施不同浓度的KH2PO4对其枝条成熟的影响.结果表明:采收后每半月在叶面喷施1次03% KH2PO4,可有效促进枝条成熟,提高糖分积累,增加抗寒性,有利于植株安全越冬,并为第2年的...     

促干剂对GA3处理和未处理无核白葡萄产量及品质的影响

[目的]研究促干剂对赤霉素(GA_3)处理和未处理无核白葡萄产量及品质的影响。[方法]以吐鲁番无核白葡萄为试验材料,开花结实期GA_3处理和未处理的无核白葡萄进行促干剂预处理,探讨其对产量和品质以及相关生理生化指标的影响。在GA_3处理和未处理的无核白葡萄开花结实前,均用促干剂处理,测定并计算出在制干过程中的脱水率、出干率、呼吸速率以及有机酸含量等指标参数。对消费者身体可能造成的健康隐患进行讨论。[结果]促干剂处理极显著地加速葡萄失水,并使失水速率随促干剂浓度而上升,而GA_3处理与未处理葡萄失水速率没有明显差异;促干剂提高制干过程前期葡萄的呼吸速率,而在中、后期的呼吸速率则降低,但GA_3处理与未处理的葡萄呼吸速率并没有明显的差异;GA_3对葡萄粒体积和葡萄鲜重有显著增效作用,但鲜葡萄出干率下降10%左右;用促干剂进行处理的无核白出干率有上升的趋势,但不具有实际统计学价值;促干剂与GA_3进行处理的无核白的有机酸含量均明显高于对照处理,并且存在显著交互作用。[结论]促干剂与赤霉素用于葡萄干生产会在一定程度上提高经济效益,但给消费者带来健康隐患,因此使用者需慎重考虑。     

欧亚种葡萄(Vitis vinifera L.)的驯化及分类研究进展

欧亚种葡萄是世界上广泛栽培的具有重要经济价值的果树。一般认为欧亚种葡萄栽培亚种是由其野生亚种驯化而来,这个驯化过程包括对色泽引人的大果穗、含糖量高、两性花类型的选择和无性繁殖技术的发现,欧亚种葡萄的驯化问题主要涉及驯化事件发生的时间、地点和数量。本文综述了欧亚种葡萄的驯化和生态地理起源与分布分类研究进展。     

干旱区赤霞珠葡萄着色期含糖量变化及其数学模型研究

[目的]研究干旱区赤霞珠葡萄(Vitis vinifera L.cv.‘Cabernet Sauvignon’)着色期含糖量的变化规律,并拟合其数学模型。[方法]对干旱区栽培的赤霞珠葡萄,在着色期进行定期多点测定含糖量。[结果]赤霞珠葡萄可溶性固形物含量的增加有2个明显不同的阶段,其中以第1阶段增长最快,可溶性固形物增量占采收时总含糖量的27.1%,日均增糖量为0.32%,为葡萄果实快速增糖期。而且U型架比篱架含糖量增加0.20～1.50个百分点。数学模型验证表明,赤霞珠葡萄含糖量增加的规律符合直线回归方程。[结论]该研究可为确定葡萄适宜的采收期,为酿酒葡萄的优质高效丰产提供理论依据。     

欧亚种葡萄(Vitis vinifera L.)的驯化及分类研究进展#br#

欧亚种葡萄是世界上广泛栽培的具有重要经济价值的果树。一般认为欧亚种葡萄栽培亚种是由其野生亚种驯化而来,这个驯化过程包括对色泽引人的大果穗、含糖量高、两性花类型的选择和无性繁殖技术的发现,欧亚种葡萄的驯化问题主要涉及驯化事件发生的时间、地点和数量。本文综述了欧亚种葡萄的驯化和生态地理起源与分布分类研究进展。