福美双诱发肉鸡胫骨软骨发育不良早期生长板消减cDNA文库的构建

 【目的】为应用cDNA芯片技术筛选肉鸡胫骨软骨发育不良(TD)时序性差异表达基因,本研究构建了早期生长板消减 cDNA文库。【方法】将7日龄AV肉鸡随机分为两组,对照组(control,C)饲以基础日粮,试验组(thiram diet-fed,T)饲以基础日粮添加福美双100 mg?kg-1,2 d后继续饲以基础日粮,诱发肉鸡TD。应用抑制消减杂交技术(SSH)构建正反向消减cDNA文库,用PCR验证两个文库中克隆的插入片段,随机抽取100个阳性克隆测序,对所测序列同源性分析和功能预测。【结果】从两个文库共获得2 227个有效阳性克隆,插入片段大小主要分布在200—1 000bp之间;所测序列中有97条ESTs与GenBank中的鸡基因序列同源性达到99%,且非冗余度达到68.7%;此外,有3条ESTs未找到同源序列。这些基因具有构成细胞外基质,参与软骨内骨化和骨的重构,调节骨发育,行使信号转导、血管发生,参与电子传递及能量代谢等功能。【结论】成功构建了消减 cDNA文库,将为进一步点制cDNA芯片,筛选不同阶段的差异表达基因奠定了基础,也为肉鸡TD机理研究提供新线索。     

C57BL/6小鼠感染猪链球菌2型后脾脏消减cDNA文库的构建及差异基因分析

探讨C57BL/6品系小鼠体内猪链球菌2型感染后的差异表达基因,以期为进一步研究猪链球菌的致病机制和抗病性研究提供重要的参考依据.利用抑制性消减杂交技术构建了8周龄C57BL/6小鼠感染猪链球菌2型后的脾脏消减cDNA文库.对获得的237个阳性克隆进行测序,利用GenBank BLAST分析核酸和蛋白质同源性,共获得159条差异表达序列标签(ESTs).试验结果证实,正向文库有34个、反向文库有30个不同的基因与ESTs具有高度的同源性,它们分别是免疫性能、细胞组分、细胞信号分子、转录因子等的重要功能基因产物.经抑制消减杂交筛选出的差异表达基因主要有免疫球蛋白IgM重链-6、胸腺素4- beta、磷酸酶张力结合蛋白、转磷酸胆碱酶、肽酰-脯氨酰-顺反式异构酶、磷脂酰丝氨酸脱羧酶、胰岛素样生长因子结合蛋白-3等基因.筛选到较多EST与抗病性相关的重要基因具有很高的同源性,且这些基因在猪链球菌2型感染后的表达具有显著差异,提示这些基因在猪链球菌2型感染过程中发挥着重要功能.     

A/J小鼠感染猪链球菌2型后脾脏消减cDNA文库的构建及相关差异基因表达分析

为了分离与猪链球菌2型感染密切相关的基因,利用抑制性消减杂交(SSH)技术构建了8周龄A/J小鼠感染猪链球菌2型后的脾脏消减cDNA文库,并对其中169个阳性克隆进行测序,去除冗余的cDNA序列载体并聚类拼接后共获得110条差异表达序列标签(EST)。利用GenBank的BLAST软件分析比较核酸和蛋白质同源性,发现共有36个基因与这些EST具有高度的同源性,它们分别参与细胞成分、免疫、信号转导、凋亡、转录等重要功能。这些差异表达基因主要有ATP/GTP结合蛋白1(Agtpbp1)、天冬氨酸-谷氨酸-丙氨酸-天冬氨酸盒多肽5、核蛋白p68、ATP-依赖RNA解旋酶、真核生物转录因子2亚基(Eif2s2)、Na+/K+-ATP酶转运β3多肽、溶菌酶1、溶菌酶2等基因。结论:这些差异表达基因在猪链球菌2型感染过程中可能发挥重要功能。     

C57BL/6和A/J两品系小鼠脾脏消减cDNA文库的构建及差异基因分析

【目的】检测健康C57BL/6和A/J小鼠常规免疫指标,构建脾脏消减cDNA文库并筛选差异表达基因,以探讨两品系小鼠对猪链球菌抗病性差异的分子机制。【方法】利用ELISA法检测血清常规免疫指标,抑制性消减杂交（suppression subtraction hybridization,SSH）技术构建8周龄小鼠脾脏差异表达基因的cDNA文库。【结果】试验结果表明,A/J品系小鼠血清中IgA水平明显高于C57BL/6品系小鼠（P＜0.05）,而血清IgG和IFN水平在两品系小鼠间均无显著差异。对筛选的149个阳性克隆进行测序,去除冗余的cDNA序列载体并聚类拼接后获得56条差异表达序列标签（ESTs）。利用Genebank的BLAST分析核酸和蛋白质同源性比较,26个不同的基因或ESTs具有高度的同源性,2条ESTs未找到同源序列。【结论】筛选到很多EST与信号转导、细胞凋亡及免疫等重要功能基因高度同源,为研究猪链球菌的致病机理和防治提供了实验依据。     

小金海棠抑制性消减cDNA文库的构建及文库质量分析

构建小金海棠抑制性消减文库,为进一步大量筛选、克隆苹果铁高效基因、果树转基因工程奠定基础.试验是在提取水培条件下小金海棠缺铁(ETA-Fe2 ,4μmol/L)和正常供铁(EDTA-Fe2 ,40μmol/L)的根的总RNA,经过LD-pCR扩增双链cDNA后,利用抑制性消减杂交(SSH)方法,通过两轮杂交和两次抑制性PCR,构建了小金海棠缺铁条件下包含1200个独立克隆的消减cDNA文库.用菌落PCR检测,结果显示插入片段大小范围在300～800bp之间,提取质粒进行PCR和质粒RsaⅠ酶切同样也得到一致性的结果.     

陆地棉黄萎病菌诱导抑制消减杂交cDNA文库的构建与分析

为探明棉花黄萎病抗性的相关基因,对本实验室的一个高抗黄萎病陆地棉材料进行抑制消减杂交(SSH),以黄萎病菌诱导后48 h和未诱导的植株分别作为Tester和D river,提取总RNA并分离mRNA,通过合成cDNA双链及两次PCR扩增,富集诱导后植株中差异表达的片段。对两次PCR后的产物纯化,连接并转化到大肠杆菌中完成文库构建,共获得了434个阳性克隆。对插入片段进行PCR扩增后发现大小从0.45 kb到0.70 kb不等。指纹图谱分析将所有克隆分为20类,于每一类中取1个克隆进行测序分析。BLAST分析表明大部分克隆片段与其他病原菌诱导缩减库中的EST相似。缩减片段编码的蛋白与拟南芥的P450单加氧酶、病程相关蛋白、类甜蛋白以及几丁质酶等相似。此cDNA文库的建立为进一步分析基因的差异表达及分离抗黄萎病基因奠定了基础。     

秀珍菇子实体发育相关消减杂交cDNA文库的构建与分析

秀珍菇(Pleurotus pulmonarius)经冷刺激后可以诱发子实体的形成。为了更好地了解秀珍菇在冷刺激后子实体发育的机理,本文利用抑制性消减杂交技术构建了cDNA文库。基于该文库,共检测到185条高质量的EST差异序列。根据序列比对分析,136条序列与已知基因同源,49条序列属功能未知。生物信息学分析显示136条序列按功能分属于23个大类。这些研究为秀珍菇变温结实的分子机理探究提供理论基础。     

海蓬子盐胁迫初期抑制消减杂交cDNA文库的构建

为提高缩叶肉质盐生植物海蓬子总RNA和mRNA的质量,将改良CTAB法与Tripure试剂盒方法相结合,从300 mg海蓬子发芽后20 d的幼苗中成功分离和纯化了高纯度的总RNA和mRNA。并以无NaC l处理为D river,以200 mmol/L NaC l处理24 h、48 h、72 h的幼苗为Tester,通过cDNA双链的合成及两次PCR扩增,富集到两组处理中差异表达的大小在200~1 300 bp的cDNA序列,pGEM-T的连接和蓝白斑筛选表明杂交文库滴度和重组率分别达到2.6×107和96%,共收集阳性克隆12 000个,形成了抑制消减杂交的质粒cDNA文库。随机挑取酶切质粒的电泳分析表明,载体中均有插入片段。两种RNA提取方法的结合有效提高了多汁多色素海蓬子RNA的质量,高效抑制消减杂交文库的建立为进一步分析基因的差异表达及分离抗盐基因奠定了基础。     

鸡卵巢组织SSH cDNA文库构建及差异表达基因筛选与初步鉴定

为分离与鸡产蛋性能密切相关的重要基因或调控因子，利用抑制性消减杂交技术，以高产蛋鸡品种海兰褐商品代蛋鸡和产蛋量相对较低的地方鸡品种大骨鸡20周龄时的卵巢组织为试验材料，构建消减cDNA文库。文库的插入片段集中在500bp左右，挑取720个克隆进行PCR筛选，获得657个阳性克隆，经过点杂交筛选后选择了536个阳性克隆，...     

茶苗嫩根cDNA文库的构建和EST分析

以茶苗嫩根为材料,采用SMART技术构建了cDNA文库并对其质量进行了鉴定.结果显示,该文库的重组率为92%,库容量为5×105,平均插人片段长度超过1 kb,是一个较高质最的文库.从文库中随机挑取克隆并从5'端单向测定2 651个克隆,获得2 600个有效的EST(expressed sequence tag) ,序列的平均长度为703 bp,用Phrap软件进行拼接,结果获得404个contigs、610个singlets.通过与NCBI的非冗余核酸数据库进行Blastx比对,初步确定已知功能基因734个,推定功能基因102个,未知功能基因178个.该结果既为进一步分离克降茶树根部功能基因奠定了基础,又为以后的差异杂交获取茶树根部特定代谢途径的酶基因及相关的调控基因提供了平台.     

花生种仁特异表达基因的初步筛选

应用抑制消减杂交技术,以花生种仁cDNA作为消减杂交的试验方(tester),以花生果皮cDNA作为驱动方(driver)进行消减杂交。经过两轮抑制PCR后,将第2次PCR产物与pGEM-TEasy载体相连,电击转化大肠杆菌,成功构建种仁特异表达cDNA文库。所长出菌落中91.2%为白色克隆,采用PCR法对阳性克隆进行鉴定,发现其中单一扩增条带的克隆约占86.5%,片段大小集中分布于200～800 bp之间。用花生种仁cDNA探针和果皮cDNA探针分别对文库高密度杂交点阵膜进行反向Northern杂交检测。根据杂交结果,初步从文库中挑取出254个差异点。花生种仁特异表达基因的初步筛选,为了解花生产量、品质形成相关的重要功能基因,也为将来应用植物基因工程手段改良花生产量和品质奠定基础。     

抑制消减杂交技术筛选鹅产蛋期差异表达基因

[目的]鉴定筛选鹅产蛋与就巢差异表达基因。[方法]应用抑制消减杂交技术构建鹅产蛋与就巢鹅卵巢组织双向cDNA文库,获得差异表达基因。[结果]从双向文库随机挑选单菌落进行PCR验证,结果表明文库质量良好。选取654个阳性克隆进行测序分析,获得641条表达序列标签（ESTs）。对ESTs进行去除载体序列、质量检测、聚类及拼接,经Blast比对,有166条ESTs找到与之匹配的同源序列,其中92个是功能基因。[结论]比较就巢与产蛋SSH文库,发现产蛋特异性基因文库中参与物质能量代谢、细胞防御的基因较多,而在就巢SSH库中参与细胞凋亡、信号转导及细胞结构的基因出现频率较高。该结果对进一步研究鹅卵泡发育及繁殖力分子标记筛选打下了基础。     

应用抑制差减杂交技术分离水稻早衰差异表达基因的初步研究

通过Co60辐射诱变获得了水稻早衰突变体材料H04002-9,以突变体为测试方,野生型为驱动方在早衰性状出现时构建了水稻早衰差异表达基因文库,差异片段克隆、测序后通过GeneBank数据库分析表明,突变体编码腺苷甲硫氨酸脱羧酶的Os02g0611200基因中有4个碱基发生了变异,引起了翻译出的蛋白质序列中3个氨基酸发生改变,使腺苷甲硫氨酸脱羧酶的活性发生了变化,因此初步推测Os02g0611200基因的表达量与水稻早衰具有相关性。     

灰树花菌丝体与原基转录组差异表达分析

为了解灰树花原基形成及子实体分化机制,采用Illumina测序技术对灰树花菌丝体和原基进行了全转录组测序和数据分析,对菌丝体和原基中的差异表达基因进行了研究。结果表明,在菌丝体和原基中分别得到35788532个和32755254个高质量测序标签。差异表达基因分析表明,两个文库中共有显著性差异表达的基因4094个,其中在原基中上调、下调的基因数分别为1886和2208个,只在原基中表达的基因284个。经Blastnr比对,在菌丝体与原基阶段差异表达的基因主要与酸性蛋白酶类、凝集素、细胞色素、NADPH-P450还原酶、酯酶、胺氧化酶、克拉维胺合成酶、糖苷水解酶家族相关。在原基中特异表达的基因主要与糖代谢、脂类代谢、核酸代谢及细胞膜、叶绿体膜有关。GO功能富集分析结果表明,线粒体膜相关基因、谷氨酰胺代谢、脂肪酸生物合成相关基因均上调表达;Pathway功能富集分析结果表明,合成核糖体蛋白的基因均上调表达,表明原基形成时细胞代谢增强,蛋白质合成量增加。     

Generation and Analysis of Expressed Sequence Tags （ESTs） from Muscle Full-Length cDNA Library of Wujin Pig

Porcine skeletal muscle genes play a major role in determining muscle growth and meat quality. Construction of a full-length cDNA library is an effective way to understand the expression of functional genes in muscle tissues. In addition, novel genes for further research could be identified in the library. In this study, we constructed a full-length cDNA library from porcine muscle tissue. The estimated average size of the cDNA inserts was 1 076 bp, and the cDNA fullness ratio was 86.2%. A total of 1 058 unique sequences with 342 contigs （32.3%） and 716 singleton （67.7%） expressed sequence tags （EST） were obtained by clustering and assembling. Meanwhile, 826 （78.1%） ESTs were categorized as known genes, and 232 （21.9%） ESTs were categorized as unknown genes. 65 novel porcine genes that exhibit no identity in the TIGR gene index of Sus scrofa and 124 full-length sequences with unknown functions were deposited in the dbEST division of GenBank （accession numbers： EU650784-EU650788, GE843306, GH228978-GH229100）. The abundantly expressed genes in porcine muscle tissue were related to muscle fiber development, energy metabolism and protein synthesis. Gene ontology analysis showed that sequences expressed in porcine muscle tissue contained a high percentage of binding activity, catalytic activity, structural molecule activity and motor activity, which involved mainly in metabolic, cellular and developmental process, distributed mainly in intracellular region. The sequence data generated in this study would provide valuable information for identifying porcine genes expressed in muscle tissue and help to advance the study on the structure and function of genes in pigs.