绵羊基因表达定量分析内参基因的筛选

内参基因在基因表达定量分析中常用于修正基因的表达量,但不同条件下内参基因的表达并不稳定.本实验旨在选出在绵羊不同组织稳定表达的内参基因.选取6月龄广灵大尾羊的皮肤、肾周脂肪、肝脏、背部最长肌组织为实验样本,用实时荧光定量PCR方法分别测定内参基因GAPDH、18S rRNA、B2M、ACTβ、RPLPO、YWHAZ在绵...     

小鼠卵巢组织定量PCR分析中内参基因的筛选

旨在选择小鼠卵巢组织中合适的内参基因,为研究卵巢发育过程中基因表达提供可靠数据。以不同年龄(0日龄、3周龄、5周龄、8周龄)小鼠卵巢组织为试验材料,Trizol法提取样本总RNA,并合成cDNA,根据已报道的小鼠(Mus musculus)各组织中相对稳定表达的8个常见内参基因(Gapdh、β-actin、β-tubulin、18S rRNA、16S rRNA、H2afz、Ubc、Rpl13a)的GenBank登录序列设计引物,采用实时荧光定量PCR(qRT-PCR)方法构建卵巢cDNA等梯度(1∶10)稀释后的标准曲线;利用geNorm分析候选内参基因的表达稳定性(M);NormFinder筛选表达最稳定的内参基因;BestKeeper计算qRT-PCR结果的标准差(SD)和变异系数(CV),从而预测候选内参基因的稳定性。结果表明,8个内参基因的引物特异性较强,具有良好的线性关系;候选内参基因的表达稳定度排序:Gapdh=β-actin>18S rRNA>Ubc>16S rRNA> H2afz>Rpl13a>β-tubulin;其中Gapdh表达稳定性最好,且标准差及方差系数最小(SD:0.32,CV:1.95),H2afz标准差及方差系数最大(SD>1.0,CV:5.76)。综上表明,本研究成功获得出生后小鼠卵巢发育过程中稳定表达的内参基因(Gapdh和β-actin),可作为其基因表达研究中的最佳候选内参。     

草地早熟禾荧光定量PCR分析中内参基因的筛选

为筛选出草地早熟禾实时荧光定量中的最适内参基因,利用实时荧光定量PCR技术,分析检测6个传统内参基因ACT、GAPDH、UBQ、EF-1α、18s rRNA和β-tublin在草地早熟禾不同组织器官、叶片不同发育期、非生物胁迫和不同激素诱导下mRNA的表达差异情况。利用geNorm、NormFinder和BestKeeper软件综合评价6个候选内参基因的表达稳定性。结果表明,在不同组织、叶片不同发育期、激素诱导和非生物胁迫下,候选内参基因的表达稳定性存在差异。GAPDH在草地早熟禾不同组织器官中表达最为稳定;EF-1α在非生物胁迫下表达最为稳定;不同激素下首选β-tublin;在叶片不同发育期ACT表达最为稳定。综上所述,通过筛选出不同条件下适宜的内参基因不仅有助于提高草地早熟禾基因表达分析的准确性,也为早熟禾属植物其他内参基因的开发提供了理论参考。     

干旱胁迫下蒙农杂种冰草RT-qPCR内参基因的筛选

为了筛选出蒙农杂种冰草基因表达分析研究的最适内参基因,基于前期蒙农杂种冰草转录组数据(NCBI临时登录号：PRJNA777813),以不同干旱胁迫下蒙农杂种冰草茎和叶2个器官为材料,用RT-qPCR技术分析6个候选内参基因(CYP、GAPDH、G6PD、UBQ11、ACT11和TUB4)的表达情况,并利用Ct值和3个软件分析候选内参基因的表达稳定性。Ct值分析结果表明,6个候选内参基因在干旱胁迫下蒙农杂种冰草茎和叶中的Ct值为24～35,表达丰度适中,适合进行下一步筛选。geNorm、NormFinder及ReFinder综合分析后结果表明,GAPDH是干旱胁迫下蒙农杂种冰草不同器官基因表达分析的最佳内参基因,TUB4次之,CYP最差。为了提高准确性,干旱胁迫下蒙农杂种冰草也可同时使用两个内参基因组合,GAPDH和G6PD是最稳定的内参基因组合。     

榴莲蜜实时荧光定量PCR内参基因的克隆与筛选

为筛选榴莲蜜实时荧光定量PCR的稳定内参基因,进一步提高榴莲蜜基因表达的稳定性和准确性。根据课题组测序获得的榴莲蜜转录组数据,筛选出10个候选内参基因;以“多异1号”榴莲蜜花序、茎、叶片以及不同发育时期的果苞为实验材料,通过基因克隆、实时荧光定量PCR分析,并结合4种统计分析软件评价内参基因稳定性。结果表明,克隆获得了5个榴莲蜜内参基因,分别为：Actin1、α-TUB1、β-TUB1、β-TUB2和GAPDH1;这5个内参基因的转录水平在榴莲蜜的不同组织类型及果苞发育过程中存在差异;稳定性综合排名结果表明,在榴莲蜜花序、茎和叶片中表达稳定性最好的是β-TUB2和α-TUB1,在榴莲蜜果苞发育阶段中表达水平最稳定的是β-TUB1和α-TUB1;通过2个成花相关基因和4个蔗糖合成酶基因的表达模式验证了α-TUB1、α-TUB1+β-TUB1及α-TUB1+β-TUB2作为内参基因的可靠性。本研究结果为榴莲蜜的功能基因表达分析提供了理论基础。     

H5N1禽流感病毒感染小鼠后内参基因的筛选

本研究旨在评定H5N1禽流感病毒(H5N1 avian influenza virus,H5N1 AIV)感染小鼠后,脾脏组织中6个候选内参基因酪氨酸3/色氨酸5-单加氧酶激活蛋白(tyrosine 3-monooxygenase/tryptophan 5-monooxygenase activation protein,Ywhaz)、次黄嘌呤磷酸核糖转移酶1(hypoxanthine-guanine phosphoribosyltransferase 1,Hprt1)、琥珀酸脱氢酶A亚基(succinate dehydrogenase flavoprotein subunit,Sdha)、β-肌动蛋白(β-actin,Actb)、肽基脯氨酰异构酶A(peptidyl prolyl isomerase A,Ppia)和18S核糖体RNA(18S ribosomal RNA,18S rRNA)的稳定性。通过H5N1 AIV强毒株A/DK/GD/378/08感染小鼠,采用Real-time PCR方法分别于12、24、48、72、96、120和144 h检测感染组与对照组中6个候选内参基因的表达水平,然后用Genorm软件对内参的稳定性进行评价。结果表明,正常小鼠脾脏组织中6个内参基因稳定度由高到低分别为Ywhaz/Hprt、Sdha、Actb、Ppia、18S rRNA;H5N1 AIV感染的小鼠脾脏组织中6个内参基因稳定度由高到低分别为Ppia/Sdha、18S rRNA、Hprt、Ywhaz、Actb;综合评价正常和H5N1 AIV感染后小鼠脾脏组织中6个内参基因的表达稳定度由高到低分别为Sdha/Hprt1、Ywhaz、Ppia、Actb、18S rRNA。因此,小鼠脾脏组织中Ppia和Sdha是研究H5N1 AIV在机体中复制时最理想的2个内参基因;Sdha和Hprt1则是在研究H5N1 AIV与机体相互作用时最理想的2个内参基因。     

民猪外周血单核细胞实时荧光定量PCR内参基因的筛选

民猪是能够适应东北地区寒冷环境的地方猪种,但目前对其环境适应性相关基因的研究较少,也没有确定适合此研究所需的实时荧光定量PCR的内参基因。因此,本试验通过研究常用的12个内参基因（B2M、ACTB、RPL11、RPL4、YWHAZ、GAPDH、HPRT1、SDHA、HMBS、IDH3B、TUBB2B和TBP1）在不同环境温度下民猪外周血单核细胞中的表达稳定性,旨在确定合适的内参基因进行相关研究。分别在-25、5、10和30℃采集3头民猪耳静脉血分离出单核细胞,利用geNorm、NormFinder、BestKeeper 3种软件分析12个候选内参基因的Ct值,筛选出表达稳定的基因作为内参基因。经geNorm和NormFinder计算获得各候选基因的M值发现,12个候选基因的表达均相对稳定,而BestKeeper的分析则显示ACTB、GAPDH、SDHA、HPRT1、TBP1、YWHAZ基因的SD值均<1,可用作本研究条件下的内参基因,而另外6个基因SD值则>1,不符合作为内参基因的标准。综合3种分析的结果,在本研究条件下,TBP1基因的稳定性最高,ACTB、GAPDH、SDHA、HPRT1和YWHAZ基因也符合作为内参基因的标准,都可研究在不同环境温度下民猪外周血单核细胞中基因表达时作为内参基因。     

模拟增温下短花针茅实时荧光定量内参基因的筛选及验证

本研究以荒漠草原植物短花针茅(Stipa breviflora)为材料,在模拟增温处理下,通过q RT-PCR试验分析9个候选内参基因的表达稳定性,运用Delta-CT法,ge Norm,norm Finder,Bestkeeper软件及Ref Finder在线工具进行候选内参基因的稳定性分析。经普通PCR剔除3个内参基因后,6个候选内参基因表达稳定性由高到低排序为:TLF,18 s r RNA,APRT,TUBα,EF-1α,Actin2。以TLF作为内参基因,在模拟增温下短花针茅转录组数据库中随机选择5个基因进行验证。q RT-PCR结果表明,5个验证基因在增温与对照之间的相对表达量存在倍率变化,且与转录组测序中的变化趋势一致,从而确定TLF为短花针茅增温处理下的最佳内参基因。     

窄竹叶柴胡内参基因筛选及皂苷合成关键酶基因表达分析

窄竹叶柴胡(Bupleurum marginatum var.stenophyllum)为柴胡属多年生高大型草本植物,以根入药称为藏柴胡,具有较高的药用价值。本试验采用实时荧光定量PCR技术,利用geNorm、NormFinder及BestKeeper3种不同数据分析软件,从5个常用的候选基因(Actin,α-tubulin,β-tubulin,Cyclophilin,EF-1α)筛选出可在窄竹叶柴胡不同器官稳定表达的基因作为内参基因,并利用筛选得到的内参基因分析皂苷合成关键酶基因(HMGR,IPPI,FPS,SS,β-AS)在窄竹叶柴胡不同器官的相对表达量。结果表明β-tubulin基因可作为窄竹叶柴胡不同器官稳定表达的内参基因;皂苷合成关键酶基因在窄竹叶柴胡的不同器官中表达量有显著差异,IPPI基因在种子中表达量最高,其他基因在根中的表达量均高于在其他器官中的表达量,其中HMGR,FPS,SS在侧根的表达量高于主根。因此,窄竹叶柴胡各器官皂苷合成关键酶基因的表达量不同,最适内参基因为β-tubulin基因,本研究为窄竹叶柴胡分子生物学研究提供一定依据,促进其合理开发和利用。     

鸭茅根组织实时定量PCR分析中候选内参基因的筛选

实时荧光定量PCR（qRT-PCR）技术已成为研究基因表达的重要技术之一。以鸭茅（Dactylis glomerata）根组织为材料,利用qRT-PCR技术检测ACTIN（肌动蛋白酶）、TCTP（翻译控制肿瘤蛋白酶）、UBC（泛素结合酶）、ZTL（ZTL蛋白酶）、GAPDH（甘油醛-3-磷酸-脱氢酶）和SAMDC（腺苷甲硫氨酸脱羧酶）6个候选内参基因在不同非生物胁迫环境下的表达情况,并运用Genorm3.5,Delta-Ctmethod,NormFinder0.953,Bestkeeper1.0和RefFinder软件分析各候选内参基因在鸭茅根组织中的表达稳定性。结果表明：6个候选内参基因综合表达稳定性从高到低排序为ACTIN,TCTP,GAPDH,UBC,ZTL,SAMDC;在干旱胁迫、盐胁迫、涝胁迫、热胁迫与ABA处理条件下,表达稳定性最高的基因是ACTIN;在涝胁迫条件下,表达稳定性最高的基因是TCTP;在不同的胁迫条件下,表达稳定性最低的基因是SAMDC。综合分析可知,基因ACTIN和TCTP最适合作为鸭茅非生物胁迫研究的候选内参基因,这可为鸭茅非生物胁迫下各种基因表达研究奠定基础。     

鹿茸组织中内参基因的筛选和验证

为筛选在不同生长时期鹿茸组织中稳定表达的内参基因,试验以不同生长时期(分别为脱盘后10、20、40和60 d)的鹿茸组织为材料,采用实时荧光定量PCR(qRT-PCR)方法分析甘油醛-3-磷酸脱氢酶(GAPDH)、β2-微球蛋白(B2M)、还原型辅酶Ⅰ(NADH)、60S 核糖体蛋白L40(RPL40)、谷胱甘肽还原酶7(GPx)和β肌动蛋白(ACTB)6个看家基因的表达情况,并运用 geNorm和NormFinder 两个程序综合分析6个看家基因的表达稳定性.结果显示,GAPDH、ACTB、RPL40表达稳定性较好,可用作鹿茸基因表达研究的内参基因,而NADH和GPx的稳定性最差,不适合作内参基因.通过对鹿茸生长相关基因(ANXA5、HSP27、PRD2、CRABP1、LGALS1)表达分析,进一步验证了上述结果,并且发现这5种基因均在脱盘后10 d的鹿茸组织中高表达.该研究结果为鹿茸快速生长及骨化相关基因的研究奠定了一定基础.     

脂多糖对奶山羊肝脏脂代谢关键基因表达的影响

12只初产萨能奶山羊被随机分为对照组和脂多糖(LPS)组,每组6只.试验结束后,采集肝脏组织,利用荧光定量PCR的方法检测肝脏TLR4信号通路关键分子、脂肪合成和转运关键基因的表达.结果显示,LPS能上调TLR4、MyD88、IRAK4和NF-κB基因的表达,下调LXRα、CD36、VLDLR、APOB、ACC和SCD的表达,对LXRβ和PPAR的表达影响不大.结果表明,LPS诱导肝损伤的同时能下调肝脏脂代谢基因的表达,进而降低肝脏合成与转运脂肪的能力.     

干扰MSTN的牛骨骼肌卫星细胞实时荧光定量PCR内参基因的筛选

为了筛选在牛骨骼肌卫星细胞（MSCs）分化前后稳定表达以及不受MSTN基因表达影响的内参基因,试验以野生组（WT）、转染干扰MSTN组（si-MSTN）和对照组（NC-MSTN）的牛MSCs作为样品,选取HMBS、B2M、GAPDH、TUBB、SDHA、18S rRNA、ACTB、RPL4、PPIA、HPRT1和YWHAZ作为候选内参基因,采用实时荧光定量PCR技术Ct值分析法对各候选内参基因的相对表达进行测定,首先利用3个独立评价软件geNorm、NormFinder和BestKeeper分别对各候选内参基因在野生组牛MSCs增殖期（GM）和分化第3天（DM3）细胞中的表达稳定性进行评价,筛选出前5个表达相对稳定的候选内参基因;然后以此为基础,利用相同的方法分析MSTN干扰组和对照组增殖期和分化第3天的细胞中上述5个内参基因的表达水平和稳定性。geNorm、NormFinder分析结果均显示,HMBS、B2M、TUBB、GAPDH和ACTB在牛MSCs分化前后表达较稳定,BestKeeper分析显示ACTB和TUBB相关系数（r）排序靠前,GAPDH、HMBS和B2M排序不是很高,但是GAPDH的SD值最小,因此选择这5个候选内参基因做后续试验;在牛MSCs MSTN干扰组和对照组增殖期和分化第3天,geNorm、NormFinder软件分析结果显示,上述5个候选内参基因中GAPDH、TUBB和B2M表达最稳定,BestKeeper分析显示TUBB相关系数排名不是最高,但其SD值最小,综合以上分析,选择TUBB作为牛MSCs干扰组和对照组增殖期和分化第3天最适内参基因。研究结果可为以后进行牛MSCs在不同生长时期以及MSTN表达被调控后基因的表达分析提供参考。     

实时荧光定量PCR研究蛋鸡组织基因表达的内参基因筛选

为筛选出蛋鸡不同组织中稳定表达的内参基因,试验以120日龄的海兰灰蛋鸡（Gallus domesticus）为试验动物,选取常见内参基因RPS2、β-actin、GAPDH和HMBS作为候选基因,利用实时荧光定量PCR技术Ct值分析法对4个候选内参基因的相对表达进行测定,利用独立评价软件geNorm和NormFinder对蛋鸡的4个候选内参基因在不同组织（心脏、肝脏、肺脏、肾脏、肠、胫骨、胰脏和子宫）中的表达稳定性进行评价。结果显示,Ct值分析和geNorm程序分析均得出相似的结果,即RPS2基因始终占主导地位,稳定性最强,β-actin基因次之;NormFinder软件分析显示,HMBS基因稳定性最好,最佳组合为HMBS和RPS2基因;当分析不同组织中表达恒定的内参基因时,发现不同组织最稳定的内参基因也不完全相同。由此说明,不同的组织器官和不同的分析方法得出的结论虽然不完全一致,但它们却有着一定的潜在共性,发展趋势有一定相似性,即RPS2和β-actin基因相对稳定性更强。     

Screening of Reference Genes for Gene Expression in Layer Hens Tissues Using Real-time Quantitative PCR

To screen the reference genes of stable expression in different tissues of Hy-line layer (Gallus domesticus), RPS2, β-actin, GAPDH and HMBS genes were chosen as candidate gene, the software of geNorm, NormFinder and the Ct value were employed to analyze their stability in eight tissues (heart, liver, lung, kidney, duodenum, tibia, pancreas and uterus) of 120 days of age layers using Real-time quantitative PCR technology. The results showed that RPS2 gene was always dominant stability by the analysis of Ct value and geNorm software, the β-actin gene was followed; The NormFinder software showed that the HMBS gene was relative stability, and HMBS and RPS2 genes were the optimal combination; When analyzed the expression of constant reference gene in different tissues, it found that the most stable reference gene in different tissues was not the same. Therefore, it concluded that different tissues had different optimal gene, but they had the common potential, RPS2 and β-actin genes had the relative expression stability comparing the other gene.     

检测猪传染性胃肠炎病毒Taq Man荧光定量RT-PCR方法的建立与初步应用

据GenBank登录的猪传染性胃肠炎病毒(TGEV)N基因的保守区序列设计合成了引物和探针,对荧光定量RT-PCR的反应条件进行了优化,建立了一种特异、灵敏、快速的TaqMan荧光定量RT-PCR方法来检测TGEV。与国外进口的An imal Genetics公司生产TGEV抗原快速检测试剂盒进行比较,符合率达到100%;与常规RT-PCR检测方法相比,灵敏度高100倍。用该方法对辽宁、山东、福建等地的送检疑似病料进行了检测,结果阳性率为24%。试验证明,所建立方法适用于猪传染性胃肠炎病毒的分子诊断、流行病学调查等相关研究。     

多孢木霉HZ-31菌株胁迫下野燕麦内参基因的选择

为构建多孢木霉（Trichoderma polysporum） HZ-31菌株胁迫下野燕麦（Avena fatua L.）基因表达的RT-qPCR技术体系,筛选稳定内参基因,本研究利用GeNorm,NormFinder,BestKeeper和RefFinder 4个程序,对接种多孢木霉HZ-31菌株的野燕麦样本中8种候选内参基因（18S,28S,TUA,UBC,ACT,GAPDH,TBP和EF-1α）进行基于SYBR Green的RT-qPCR分析。结果表明TBP,18S和UBC是木霉侵染时野燕麦中表达最稳定的内参基因,TBP和TUA,TBP和GAPDH,18S和TBP,UBC和18S为最适宜两内参基因组合,可作为多孢木霉HZ-31菌株与野燕麦互作过程中功能基因表达分析的内参基因。     

脂多糖对小鼠乳腺组织中Toll-like Receptor4表达的影响

将40只雌性ICR小鼠,受孕后随机分为试验组和对照组。雌鼠产后10-11d,试验组经第4对乳头灌注LPS,对照组灌注生理盐水,分别于灌注后不同时间采集样本,组织学分析乳腺病理变化;分析对各组乳腺组织中TLR4和TNF-α mRNA表达变化。组织学结果显示,灌注1．5h后乳腺组织中炎性细胞增多,6、12h乳腺腺泡内有大量的炎性细胞浸润,腺泡结构崩解;6h TLR4 mRNA表达极显著高于对照组（P〈0．01）;4个试验组中TNF-αmRNA表达极显著高于对照组（P〈0．01）。试验结果表明LPS能够增强TLR4和TNF-α mRNA表达。