基于SSR标记的海南54份榴莲种质资源遗传多样性和群体结构分析

对海南省引种种植的54份榴莲种质资源采用荧光SSR分子标记技术,进行SSR多态性分析、聚类分析、群体结构分析、遗传多样性分析。结果表明,筛选获得19对多态性较高的SSR引物,通过DNA扩增共检测出117个多态性等位基因,平均多态性等位基因数为6.158个,平均有效等位基因数为3.398个,香农指数平均值为1.372,观察杂合度和期望杂合度的平均值均为0.689,多态信息指数平均值为0.643,表明具有一定的遗传多样性。基于UPGMA方法进行聚类分析,在遗传距离0.6处54份榴莲种质资源可以分成3个类群,第一类群共45份种质资源,包括引种于不同国家的不同榴莲品种;第二类群共8份种质资源,均为引种于不同国家的猫山王榴莲;第三类群共1份种质资源,是引种于泰国的红榴莲。以遗传距离0.3为阈值,第一类群又可以分为9个亚群。基于Structure可以将54份榴莲种质资源划分为5个亚群。综合聚类和群体结构分析,明确了部分未知种质资源的品种所属,对不同亚群的遗传变异、遗传距离和遗传分化分析发现,个体的变异是总变异的主要来源,亚群5与其他亚群的遗传距离和遗传分化程度最大,不同亚群整体基因流较大,遗传分化...     

20份葡萄种质亲缘关系的SSR分析

利用SSR标记对20份葡萄材料进行了基因组多态性分析,从245对引物中筛选出19对用于葡萄的SSR扩增。共扩增出144条带,均为多态性条带,多态性百分率为100%。根据SSR扩增结果,利用NTSYSpc2.10e软件进行Jaccard相似性系数分析,20份葡萄材料的遗传相似系数为0.630～0.900,平均遗传相似系数...     

基于SSR标记的黄桃种质资源亲缘关系分析

利用SSR标记技术对12个黄桃品种（系）进行遗传多样性检测.结果发现,SSR标记能够揭示材料间的遗传多样性,从蔷薇科苹果属35对SSR引物中筛选出8对扩增稳定的特异性引物,构建其指纹图谱.8对SSR引物共扩增出78条DNA片段,其中44条具有多态性,多态性比率为54.6％,材料间的遗传相似系数在0.64 ～0.88之间,平均为0.759.通过聚类,从分子水平对黄桃品种（系）的遗传关系进行分析,并对12份黄桃种质材料进行了SSR标记分类,为黄桃种质资源的研究利用提供参考.     

寒地苹果资源遗传多样性及群体结构的SSR标记分析

对49份寒地苹果资源采用荧光SSR分子标记技术,并利用GenAlEx 6.501软件进行遗传多样性分析,利用NTSYS 1.2软件进行聚类分析,利用STRUCTURE 2.3.4软件进行群体结构分析。结果表明：20对SSR引物通过DNA扩增共检测出278个多态性等位基因,平均多态性等位基因数为13.850,平均有效等位基因数为6.649,香农多样性指数为2.065,观察杂合度和期望杂合度的平均值分别为0.569和0.799,具有较高的遗传多样性。楸子群体与中国苹果群体间遗传距离最小,为0.261,楸子群体与西洋苹果群体间遗传距离最大,为0.411,属于中度分化。基于UPGMA遗传距离的聚类分析,在遗传距离0.80处49份材料可以分成2个类群,第Ⅰ类包括18份资源,全部是中国苹果群体;第Ⅱ类包括31份资源,其中楸子群体10份,中国苹果群体16份,西洋苹果群体5份。在遗传距离0.81处,第Ⅰ类进一步分为Ⅰa和Ⅰb两个亚类,分别包含5份和13份资源。群体结构分组与聚类分析有相似的结果,发现遗传距离和类群归属与地理位置并不完全相关,各群体间存在基因渗透。     

利用SSR标记鉴定新疆地方葡萄品种资源亲缘关系

<正>新疆是我国重要的葡萄种植区,葡萄面积和产量均居全国首位,同时拥有丰富的葡萄种质资源。在葡萄生产中,主要通过枝蔓扦插、绿枝嫁接等无性繁殖方式繁育苗木,一些小型育苗企业或果农根据自己的意愿随意命名,导致“多品同名”或“同物异名”现象严重,给苗木市场经营和果农生产造成了很大影响,甚至产生了一定的经济损失。新疆葡萄瓜果研究所几十年来不断在全疆开展葡萄种质资源普查、收集与保存工作,目前已收集疆内大多数地方品种资源,现选择6组地方品种资源利用SSR标记对其亲缘关系进行鉴定,     

草莓属种质资源亲缘关系的SSR 标记分析

 用20对SSR引物对草莓属83份资源包括14个种和自然五倍体以及未鉴定的材料进行PCR扩增。在20个SSR位点共获得363个等位基因。每个位点扩增等位基因8 ~ 34个,平均18.2个,各位点多态性信息含量（PIC）在0.6691 ~ 0.9431,平均为0.8598。聚类分析表明,同属一个种的草莓资源被紧密地聚在一起。以种为单位,3个八倍体种智利草莓、弗州草莓和栽培种凤梨草莓亲缘关系很近,而八倍体种与其他低倍性野生种亲缘关系较远;在低倍性草莓种中,伞房草莓、五叶草莓、日本草莓、蝦夷草莓、高原草莓、黄毛草莓和绿色草莓聚在一组,具有较近的亲缘关系,而森林草莓、东北草莓、东方草莓、麝香草莓和自然五倍体草莓聚在一组,具有较近的亲缘关系。自然五倍体草莓可能起源于森林草莓或东北草莓与东方草莓或麝香草莓的自然杂交。     

基于SSR标记的核桃种质资源遗传多样性与遗传结构分析

以58份核桃品种(优株)为试材,利用荧光SSR分子标记方法评价了58份种质资源的群体遗传多样性,分析其遗传结构特征,构建NJ聚类图,以期准确了解58份核桃种质的遗传背景和亲缘关系,为核桃属种质资源的合理利用、遗传资源的保存以及开发合理的育种方案和策略提供参考依据。结果表明：1)试验筛选出的15对SSR引物具有较高的多态性,共扩增出109个多态性等位基因(Na),平均每对引物的观测等位基因数(Na)为7.267,平均有效等位基因(Ne)3.069,平均观测杂合度(Ho) 0.519,平均期望杂合度(He)0.653,平均多态性信息量(PIC)0.603 5,平均香农指数(I)1.327。2)58份核桃品种(优株)间遗传距离范围为0.181～0.742,变幅为0.561,品种间遗传距离≥0.5的比例为44.19%,≥0.6的比例为13.5%,遗传基础较宽广,遗传信息丰富,遗传多样性水平较高。3)基于Nei遗传距离聚类分析,58份核桃品种(优株)可聚成3个类群,聚类结果与表型性状、亲缘来源有关,与地理位置相关度不大。4)群体遗传结构分析中,Q>0.6占比81.03%,基因混合来源比例较...     

基于果皮SSR分子标记的二十九个红色酿酒葡萄资源的亲缘关系分析

为了有效区分和合理利用酿酒葡萄种质资源,减少酿酒葡萄育种工作中亲本选配的盲目性,利用SSR分子标记技术对29份酿酒葡萄资源进行了遗传多样性分析。结果表明:10对SSR引物共扩增出90个位点,观测杂合度为0.482 8~0.965 5,期望杂合度为0.592 3~0.893 5,Shannon多样性指数为1.185 7~2.227 9,多态性位点100%。UPGMA聚类分析结果表明,在遗传相似系数0.16处,29份材料分成两大组,其中含有28个品种的组Ⅰ中,2个欧亚种‘红汁加美’和‘晚红蜜’为亚组Ⅱ;亚组Ⅰ中6个欧亚种(‘美乐181’‘品丽珠327’‘赤霞珠169’‘蛇龙珠’‘马瑟兰c980’和‘宝石解百纳’)之间具有亲子关系,为一类(季组Ⅱ);季组Ⅰ分A、B组,其中A组包含14个欧亚种,1个毛欧杂种、1个种间杂种、1个山欧杂种,B组包括1个种间杂种和3个欧山杂种。聚类分析结果与系谱图一致。该研究结果为酿酒葡萄种质资源保护提供了有效信息,并且为酿酒葡萄育种的亲本选择提供了理论指导。     

基于SSR分子标记的葡萄品种遗传多样性分析

以15份葡萄品种为试材,采用SSR分子标记技术,研究了15份葡萄品种资源的遗传多样性。结果表明:从245对引物中筛选出49对清晰、稳定性好的多态性引物。49对引物在15份材料中共扩增出235条带,均为多态性条带,多态性百分率为100%。每对引物扩增的等位位点数为2~9个,相似性系数分析结果表明,供试的15份葡萄材料的遗传相似系数为0.660~0.860,其平均遗传相似系数为0.760。聚类分析表明,在遗传相似系数0.672处,15份葡萄材料可分为三大类群。第一大类包括2份欧美杂种(V.vinifera L.×V.labrusca L.)和1份美洲种(V.labrusca L.)品种;第二大类为8份欧亚种(V.vinifera L.)葡萄品种;第三大类包括2份山欧杂种(V.amurensis Rupr.×V.viniferaL.)和2份山葡萄(V.amurensis Rupr.)品种。可见,欧亚种和美洲种葡萄亲缘关系相对较近,而山葡萄与二者亲缘关系相对较远。这些引物中,VMCNG4B9、VMC3G9能将15个葡萄品种区分开,为今后开展葡萄品种指纹图谱构建奠定基础。     

基于SSR标记的杜鹃品种亲缘关系分析

杜鹃野生种花色多样、种类丰富,在杜鹃杂交育种中具有良好的应用前景,有必要对杜鹃种质资源的亲缘关系进行研究。现以19份野生杜鹃品种为试材,采用SSR分子标记技术,研究了19份野生杜鹃品种间的亲缘关系,以期为合理挖掘和利用杜鹃种质资源提供理论基础,为杂交育种亲本选择提供科学依据。结果表明:10对SSR引物共扩增出138条谱带,其中多态性谱带134条,多态性比率为97.06%。遗传相似系数(GS)在0.502 7~0.918 0,平均值为0.678 9,表明19份杜鹃品种的亲缘关系较远、具有较广泛的遗传基础。当相似系数为0.70时,19份参试材料划分为五大类群,与经典分类学一致。     

基于SSR标记的观赏桃亲缘关系分析

观赏桃种质资源丰富,遗传背景复杂,使用SSR标记进行鉴定评价,以期为观赏桃亲缘关系研究提供借鉴。以34份观赏桃品种、7份桃的近缘种和1份毛桃共42份种质为试材,利用16对位于李属植物参考图谱上的SSR标记进行观赏桃亲缘关系研究。结果表明,筛选出的16对SSR引物共扩增出124个清晰条带,多态性条带百分率为87.99%;...     

山葡萄种质资源SSR遗传多样性分析

对360份山葡萄种质资源进行了遗传多样性分析研究。从245对引物中筛选出18对用于供试材料的SSR扩增;单条引物扩增条带为4~13条,平均9.44条;扩增产物长度介于150~1 000 bp,以200~750 bp的扩增片段居多;18对引物共扩增出170条带,其中多态性条带167条,多态性百分率为98.2%;Shannon’s多样性指数(I)为1.778051。某些品种(系)产生了特有SSR标记带,共5条,占2.95%。     

基于SSR 标记的四川野生中国樱桃遗传多样性和居群遗传结构分析

 采用SSR 分子标记技术对四川野生中国樱桃5 个居群共133 株的遗传多样性水平及居群的 遗传结构进行了研究。结果显示：10 对SSR 引物共检测到78 个等位基因,平均每位点等位基因7.8 个。 Nei’s 基因多样性指数（H）为0.6112 ~ 0.6689,Shannon’s 信息指数（I）为1.1984 ~ 1.3786。基于分子方 差分析（AMOVA）,92.53%的变异来自居群内,7.47%的遗传变异来自于居群间。居群间遗传距离（GD < 0.2416）、遗传一致度（GI > 0.7854）、遗传分化指数（Fst = 0.0844）以及较强的基因流（Nm = 2.7125）均 表明居群间的遗传分化水平较低,居群内存在显著近交现象（Fis = 0.3986）,且居群在大多数位点上偏离 Hardy-Weinberg 平衡。基于上述结果,分析讨论了居群较高遗传多样性和居群间较低遗传分化形成的可能 原因,并提出野生中国樱桃的保护利用策略。     

基于SSR标记的六种野生猕猴桃亲缘关系分析

以贵州6种野生猕猴桃36个居群为试材,采用生物信息学方法,对“红阳”猕猴桃应答橘小实蝇侵害的转录组数据进行SSR位点搜索,开发EST-SSR引物后,研究了36个野生猕猴桃居群180份种质的遗传多样性与亲缘关系,以期为合理保护及开发利用野生猕猴桃资源提供参考依据。结果表明：“红阳”猕猴桃果实EST-SSR的分布频率为43.07%,6种重复类型的重复次数分布在5～24次,优势重复类型为二核苷酸,占总SSR位点的69.19%。参试的40对EST-SSR引物中有28对引物均可在6种野生猕猴桃中扩增出目的条带,在180个猕猴桃种质中共检测出了348个等位基因位点。多态性信息含量(PIC)在0.376 6(引物：P3-22)～0.930 4(引物：P4-37),平均为0.783 6,其中只有1对引物为中等多态性引物,其它均为高多态性引物。聚类分析显示,6种野生猕猴桃在遗传距离0.72处可分成2个类群,黄毛猕猴桃、毛花猕猴桃、阔叶猕猴桃被归为一类,京梨猕猴桃、异色猕猴桃、硬毛猕猴桃为一类。     

基于ITS和ISSR标记的灵芝遗传多样性和群体结构分析

以来自不同地理区域的48个灵芝种质资源为试材,采用ITS和ISSR分子标记的方法,研究了灵芝遗传多样性,以期利用遗传信息数据较理想地显示出不同灵芝菌株的遗传多样性。结果表明：通过进行ITS序列扩增测序,将48个灵芝菌株分为赤芝(35个)、无柄灵芝(11个)、四川灵芝(1个)、古巴栓孔菌(1个)。5条ISSR引物共扩增得到53条条带,多态性条带比率为96.23%,Nei′s基因多样性为0.27,Shannon′s信息指数为0.43。ISSR标记遗传相似系数约为0.70,将48个灵芝菌株分为3组,其中第1组为11个无柄灵芝,第2组为菌株29“盆景1”,其他菌株为第3组,说明2种标记结合分析能够更加准确分析不同菌株间的亲缘关系。菌株16和17同为赤芝,且ISSR分子标记遗传相似系数达0.98,推测可能为同一品种,为生产中出现的同物异名现象。该研究选取的用于PCR扩增的ISSR引物,多态性较好、稳定性较高,能有效鉴别出无柄灵芝与其他灵芝,并揭示种质的遗传多样性和群体遗传结构,可为灵芝种质资源保护及优质种质材料选育提供参考依据,以期更好地推动灵芝产业健康发展。     

新疆栽培杏群体遗传结构的SSR分析

 利用11对SSR引物对喀什、和田和库车3个新疆栽培杏( Prunus armeniaca L. ) 品种亚群进行了分子系统学研究。结果表明: 各位点平均期望杂合度(He = 0.2364) 显示新疆栽培杏群体具有较高的遗传多样性水平。根据基因分化系数(Gst = 0.1508) 值, 新疆杏各品种亚群的遗传分化主要存在于亚群(84.9%) 内。基于Gst测得的基因流Nm 为2.3666, 人为通过种子引种可能是其基因交流的主要方式。根据果实形态和地理起源对新疆杏进行传统分类并不能完全反映出新疆杏品种间的亲缘关系。     

甘肃省梨地方品种资源遗传多样性及亲缘关系SSR分析

为了解甘肃省不同生态区地方梨(Pyrus L.)品种资源的遗传多样性及亲缘关系,采用28对SSR引物对119份甘肃省梨地方品种或类型进行鉴定分析。供试28对SSR引物中有7对引物具有较好的多态性,7对引物共扩增出49条带,其中多态性条带28条,平均多态性位点百分率为63.27%;观察杂合度(H0)介于0.068~0.809,平均为0.591;平均多态性信息含量(PIC)(变异范围)介于0.365~0.680,平均为0.545;香农指数(I)介于0.713~1.482,平均为1.094;引物NH005b、NH007b及NH008b多态性较好,品种鉴定效率较高。所有材料遗传相似系数分布在0.074~1.000,平均为0.597;聚类分析显示,7对SSR引物可将119份供试梨品种资源在遗传相似性系数1.076处分为7组,主成分分析和UPGMA结果基本一致;群组内各品种资源由于其遗传相似性,更多地被聚在一起,但主成分分析并没有很明显地被分为多个类群或者分成几个主成分。研究结果揭示了甘肃省梨地方种质资源具有丰富的遗传多样性和广泛的遗传变异,还对根据形态特征无法确定归属的梨品种据其相互间的亲缘关系进行了适当归类,为进一步分类和利用甘肃省梨地方资源提供了理论依据。     

油梨转录组SSR分子标记开发与种质资源亲缘关系分析

选取海南大学油梨种质资源圃的‘Fuerte’油梨花朵和小果进行转录组测序,获得18 010条序列,总长度为29 422 056 bp。利用MISA软件检索转录组测序数据,获得分布于4 687个序列中的6 312个SSR位点。经统计发现,SSR在所检测的序列中出现的频率为35.05%。分析SSR位点特征显示,所有类型的SSR平均长度为18.90 bp,SSR之间的平均距离为4.66 kb。‘Fuerte’油梨转录组中SSR序列以二核苷酸、三核苷酸重复类型为主,两者占SSR总数的87.15%。二、三、四核苷酸重复类型中优势基元分别为AG/CT、AAG/CTT、AAAT/ATTT。利用Primer 3.0对SSR序列设计引物13 398对。以32份油梨种质资源为研究对象,对随机挑选的100对SSR引物进行有效性验证,并用于对这些油梨种质进行亲缘关系分析。发现其中40对引物具良好多态性,共扩增出219条谱带,其中171条为多态性谱带。经计算,平均每对引物产生4.275个多态性片段。He和PIC均值分别为0.529和0.456。UPGMA聚类和PCA分析结果较一致,在系数设定为0.74时可将32...     

番茄种质资源亲缘关系的SSR分析

采用25对SSR特异引物对20份番茄材料进行分析,其中21对引物扩增出条带,18对引物具有多态性,扩增出的66条谱带中有52条具有多态性,多态率为78.8%。遗传距离分析结果表明：20份番茄材料两两间的遗传距离（GD）在1.489 2～9.180 6之间,遗传距离大于7的育种材料共有18份,其中No.1与No.15之间的遗传距离最大,为9.180 6。以遗传相似系数0.67为标准可将20份番茄育种材料划分为4大类。     

SSR标记在南瓜亲缘关系分析中的应用

以20份分属10个品种群的中国南瓜、印度南瓜和美洲南瓜材料及1份印度南瓜和中国南瓜的种间杂交种为试材,采用390对SSR引物对21份材料进行了多态性及亲缘关系分析.结果表明:供试材料之间具有丰富的遗传多样性,美洲南瓜与中国南瓜亲缘关系较近,二者与印度南瓜的亲缘关系较远;同一亚种内及同一品种群内材料之间具有更近的亲缘关系;利用SSR分子标记做出的聚类结果基本可以将供试材料按照不同品种群分开.