AQP7基因第4内含子多态性与猪脂肪沉积性状相关性研究

水通道蛋白7(Aquaporin 7,AQP7)是新发现的甘油水孔蛋白,其主要功能是运转甘油.本研究首次获得了大白、长白和梅山猪 AQP7 基因第4内含子序列,序列比对发现该序列存在 G/A 突变.采用 PCR-PstI-RFLP 方法在3个不同猪种之间进行了遗传变异分析,结果表明:大白和长白猪种以 G 等位基因为主,而梅山猪群以A等位基因为主,对234头大白×梅山F2代资源家系进行性状关联分析,结果表明该位点与猪板油重、内脂率、背膘厚、肥肉率和瘦肥比率等脂肪沉积性状显著相关(P<0.05),且 GG 基因型个体脂肪沉积性状值显著低于 AA 基因型个体,提高 G 等位基因频率可显著减少脂肪沉积.     

猪Calsarcin-2基因第1内含子遗传多态性分析

以大约克猪、长白猪、杜洛克猪和贵州白香猪杂交及回交的后代为研究对象,根据NCBI公布的序列设计了4对引物,采用测序、PCR-SSCP技术对Calsarcin-2基因第1内含子进行了单核苷酸多态性检测和基因型分析,探讨Calsarcin-2基因第1内含子多态性与肉质性状的关系。结果发现2个SNPs(T613C、C936G),群体遗传学分析表明,在所检测的各多态位点上,不同群体间不同基因型的分布都存在着极显著差异(P＜0.01),结合品种特性分析表明,613及936位点所检测的不同基因型和肉质可能具有一定的相关性。     

猪PLSCR4基因外显子区PCR-RFLP遗传多态性分析

本研究利用PCR-RFLP技术对我国6个地方猪种、中国野猪以及杜洛克、约克夏和长白3个国外猪品种,共307头猪的磷脂爬行酶基因(PLSCRs)外显子区的遗传变异进行了研究。结果表明:PLSCR4第7外显子处存在T68C的同义突变,第8外显子处存在G4A的错义突变;在T68C突变位点处,杜洛克、约克夏、长白猪、二花脸、五指山和民猪6个猪群优势等位基因为T,荣昌和野猪群体中优势等位基因为C;在G4A突变位点处,杜洛克、约克夏、长白猪、二花脸、五指山和民猪群体中优势等位基因为G,藏猪、荣昌、金华及野猪群体中优势等位基因A。     

4猪种Nramp1基因第6内含子多态性研究

天然抗性巨噬蛋白(Nramp)基因是与人、鼠的一些病原微生物的易感性和抗性有关的重要候选基因。为了研究猪Nramp1基因的多态性,利用PCR-RFLP技术检测了杜洛克、大白猪、长白猪和合作猪共270头个体Nramp1基因第6内含子NdeⅠ酶切位点多态性。结果表明,4个猪种群共检测到3种基因型(AA、AB和BB),其中AB基因型为杜洛克、大白猪和长白猪的优势基因型;AA基因型为合作猪的优势基因型。经卡方适合性检测,杜洛克、合作猪和长白猪处于Hardy-Weinberg平衡状态(P>0.05),大白猪处于Hardy-Weinberg不平衡状态。多态信息含量分析显示,Nramp1基因的第6内含子NdeⅠ酶切位点在各猪种表现出中度多态性。     

5个猪种CAST基因第二内含子微卫星标记的遗传多态性分析

猪CAST基因第2内含子中存在以GT为核心序列的微卫星座位。分析了长白猪、大白猪、杜洛克猪、马身猪和山西黑猪等5个猪种227个个体在该座位的遗传变异,检测到4个等位基因,分别是A(171bp)、B(179bp)、C(185bp)和D(191bp)。在山西黑猪和杜洛克猪中,等位基因D的频率较高,分别为0.6389和0.5143;在马身猪群体中,等位基因B的频率较高,为0.6310;在大白猪和长白猪群体中,4种等位基因的频率相近,分别介于0.1389～0.3889之间和0.1417～0.3500之间。在所检测的群体中,共有10种基因型,在长白猪和大白猪群体中,纯合子所占比例较高,其遗传纯合度分别为0.6667和0.7037,而在山西黑猪和马身猪中,杂合子比例较高,其遗传杂合度分别为0.6111和0.5476。由于CAST基因是影响猪肉质品质的候选基因之一,推测该微卫星座位可能对肉质品质有一定影响。     

金华猪促黑激素皮质素受体4基因多态性分析

应用PCR—RFLP方法对金华猪Ⅰ系(154头)、金华猪Ⅱ系(41头)和金华猪Ⅲ系(53头)的MC4R基因的1269∽1494bp区段进行扩增，并用TaqⅠ酶进行酶切，比较了MC4R酶切后基因型频率分布情况。结果表明，AA基因型频率在金华猪上较高达到0．9194，在Ⅱ系中最高达到0．9512，Ⅲ系次之达到0．9434，Ⅰ系最低达到0．9026，而金华猪的AB基因型和BB基因型频率都较低分别为0．0565和0．0242。     

不同猪种ESR基因多态性的PCR-RFLP分析

运用PCR-RFLP方法,检测了杜洛克、约克夏、长白猪、皮特兰、梅山猪、二花脸猪、枫泾猪、荣昌猪、苏太猪等9个国内外猪种的ESR基因PvuⅡ位点多态性。结果表明,在约克夏猪、二花脸猪、枫泾猪和苏太猪中检测到了AA、AB、BB 3种基因型,在杜洛克猪、皮特兰猪中检测到AB、BB 2种基因型,在长白猪、梅山猪、荣昌猪中只检测到了AB基因型。在本研究中不同品种的A、B基因频率差异显著,总体上在国外猪群体中A等位基因为优势等位基因,而地方猪种中B等位基因为优势等位基因。     

淮南猪酸肉基因的多态性分析

为了研究淮南猪的种质特性,为淮南猪保种、可持续利用及种质创新提供依据,试验采用PCR-RFLP法,对96头淮南猪的RN基因进行了检测。结果表明,RN基因在淮南猪群体中存在隐性纯合子rn^+/rn^+和杂合子RN^-/rn^+,未发现显性纯合子RN^-/RN^-。其中,基因型rn^+/rn^+和RN^-/rn^+的频率分别为0.739 6和0.260 4;等位基因rn^+和RN^-的频率分别为0.869 8和0.130 2。卡方检验表明,rn^+和RN^-基因频率处于Hardy-Weinberg平衡状态,表明群体中RN基因没有受到选择的压力。     

猪蛋白酪氨酸磷酸酶-1B基因第7内含子多态性与猪脂肪沉积性状的关联性

本研究旨在分析蛋白酪氨酸磷酸酶-1B(PTP-1B)基因部分SNP与猪脂肪沉积性状的关联性。选取国外瘦肉型猪种大约克夏16头、长白猪21头和中国脂肪型地方猪种梅山猪22头以及"大白×梅山"F2代资源家系213头为研究材料,利用PCR-Eco88I-RFLP方法检测PTP-1B基因第7内含子序列存在G/A突变的多态性,并进行方差分析。结果表明,大白和长白猪种为单一的A等位基因,而梅山猪种以杂合子GA基因型为主,对213头"大白×梅山"F2代资源家系进行性状关联分析,该位点与猪板油质量、内脂率、胸腰椎间背膘厚等脂肪沉积性状显著相关(P<0.05),且杂合子GA基因型个体的板油质量和内酯率都最低(GA基因型个体相似文献   

贵州地方猪NRAMP1基因多态性研究

NRAMP1（天然抗性相关的巨噬蛋白）基因是与人、鼠的一些病原寄生物,如分枝杆菌中的结核杆菌、沙门氏伤寒菌等的易感性和抗性有关的重要候选基因。可抵抗多种胞内病原微生物。本研究利用PCR—RFLP技术,分析了160头猪NRAMP1基因第6内含子的NdeⅠ酶切位点的多态性,结果发现宗地花猪、糯谷猪、贵州剑白香猪3个品种中基因频率和基因型频率分布趋于一致。其等位基因B明显高于等位基因A的频率。     

AQP7基因内含子4多态性与郏县红牛生长性状的关联分析

本试验旨在研究郏县红牛AQP7基因内含子4的遗传变异,分析其遗传多态性对生长性状的影响。采用PCR-SSCP、DNA序列分析及生物信息学技术探讨郏县红牛AQP7基因内含子4的多态性及其与生长性状的关联情况。结果发现,郏县红牛AQP7基因内含子4存在A、B、C 3个等位基因,其基因频率依次为0.838、0.076、0.086;郏县红牛AQP7基因4种不同基因型与其体重和胸围有显著相关(P< 0.05),与其他指标不存在相关性(P> 0.05),且BC基因型个体的体重和胸围均显著大于其他3种基因型(P< 0.05)。暗示BC基因型是提高郏县红牛生长性状的有利基因型,AQP7基因内含子4的遗传多态性与郏县红牛的生长性状存在相关,因此可作为该品种生长性状分子标记辅助选择的候选基因。     

Association Analysis on Polymorphisms of AQP7 Gene Intron 4 with Growth Traits in Jiaxian Cattle

The objectives were to research the genetic variations in intron 4 of AQP7 gene in Jiaxian cattle, and analyze the influence of genetic polymorphisms on growth traits.PCR-SSCP technique, DNA sequence analysis and bioinformatics were used to analyze the association between the polymorphisms of the intron 4 of AQP7 gene and growth traits in Jiaxian cattle.The results showed that there were three alleles A, B, C in this locus with the corresponding frequencies of 0.838, 0.076 and 0.086;The polymorphisms of the intron 4 of AQP7 gene had significant association with body weight and chest circumference (P< 0.05), while had no significant association with other growth traits (P> 0.05).The individuals with BC genotype was significantly higher than those of individuals with other genotypes in body weight and chest circumference (P< 0.05).It suggested that BC genotype had positive effect on growth traits, and the correlation was detected between the polymorphisms of the intron 4 of AQP7 gene and growth traits in Jiaxian cattle.So AQP7 gene could be used as a candidate gene for molecular marker assisted selection of growth traits in Jiaxian cattle.     

MyoD基因在不同猪种中的PCR-RFLP遗传多态性及其遗传效应研究

采用PCR—RFLP的方法分析了MyoD基因在10个中外猪种及部分杂交群体中的分布情况，并分析了MyoD基因对肌纤维、胴体品质、胴体等级性状和肉质性状的遗传效应。结果表明：MyoD基因内含子1内的DdeI酶切位点多态性较丰富。在多数地方猪种群体中，C基因的分布具有绝对优势，且主要以杂合子AC形式存在。突变型A基因对胴体性状和胴体等级性状的影响较大，可极显著地增加胴体瘦肉率和眼肌面积，降低皮脂含量，提高腿臀比例，增加胴体长度（P〈0．01），同时会降低猪肉品质。具体讲，A基因对增加肌纤维面积的加性效应值和显性效应值分别为457．915μm^2和431．055μm^2；对增加嗣体瘦肉率的加性效应值和显性效应值分别为3．594％和-0．153％；对增加眼肌面积的加性效应值和显性效应值分别为3．084cm^2和-0．46cm。；对皮脂率的加性效应值和显性效应值分别为～3．916％和0．666％；对提高腿臀比的加性效应值为0．771％，显性效应值为0．068％。A基因对屠宰后45min和冷藏24h后的肉色评分的加性效应值分别为-0．145和-0．160，显性效应值分别为-0．052和-0.213．     

猪Pit-1基因的多态性研究

选取7个中国地方猪种和3个国外引入猪种共473头，应用PCR-SSCP技术在7个中国地方猪种中检测到1个Pit-1基因第4外显子上的突变；应用PCR-RFLP技术在3个国外引入猪种中，扩增长度为1747bp的片段中检测到1个RsaⅠ限制性内切酶的多态酶切位点。遗传多态性分析结果表明：外显子4上的突变，在7个中国地方猪种中是A型等位基因和AA基因型频率占优势。其中沂蒙黑猪和巴马小型猪处于Hardy-Weinberg平衡；北京黑猪、沂蒙黑猪、巴马小型猪、滇南小耳猪和香猪处于中度多态。RsaⅠ酶切多态位点的突变在3个国外引入猪种中也是A型等位基因和AA基因型频率占优势。其中大白猪和杜洛克猪处于Hardy-Weinberg平衡；3个国外引入猪种的多态信息含量均为中度多态。     

MyoD基因在不同猪种中的分布及群体遗传结构分析

利用RFLP法检测了MyoD基因在10个中外猪种及部分杂交群体中的分布情况,分析了各群体内MyoD基因的遗传分布、遗传变异、群体杂合性等群体遗传信息,并进一步以各群体基因频率为基础,计算出群体间遗传距离和进化距离,根据进化距离对群体进行聚类,重建了系统发生树。结果表明:MyoD基因内含子1的DdeI酶切位点上不同基因型的分布在多数群体中都服从Hardy-Weinberg平衡,但在杜洛克和DLY群体中发生偏离。总体上讲,各试验群体的遗传多样性较丰富,群体遗传变异性较高,进化过程中受到自然选择压的作用,选择潜力较大。在系统发生树上,10个群体被分为4个分枝。分别是长白猪血缘、原始地方品种、杜洛克血缘和高原藏猪分枝。这一结果与各猪种的育种过程有较高的吻合性。说明部分功能基因的RFLP数据可用于近缘物种间的遗传分化研究。     

11个猪品种生长激素(pGH)基因多态性及其遗传分化研究

利用PCR和测序技术,检测了11个猪品种共65个个体的生长激素(pGH)基因全序列多态性,发现43个SNPs和1个位于内含子3的7 bp缺失片段。分析结果表明,pGH基因DNA序列不同功能区变异程度各不相同,外显子区、内含子区、5′和3′端非编码区SNPs位点各占SNPs位点总数的18.60%、74.42%、6.98%;外显子区8个SNPs位点导致4个氨基酸位点变异,外显子2是编码区的高变域;各SNPs的变异属典型的中性突变;不同品种有其独特的单倍型。分子方差分析(AMOVA)结果表明,pGH基因DNA序列品种内的变异(方差比率73.45%)大于品种间的变异(方差比率26.55%),品种间差异极显著(P<0.01),存在较明显的遗传分化;pGH基因自身进化及品种进化主要体现在内含子区,品种间的遗传分化与地理分布和基因交流有关。     

9个猪种H-FABP基因5''-上游区和第二内含子的遗传变异

以 8个中国地方猪种和引进品种大白猪共 40 9头猪为实验动物 ,利用PCR RFLP技术研究了H FABP基因的 5’ 上游区和第二内含子内的遗传变异。结果在 9个品种的 5’ 上游区中都验证了一个HinfⅠ RFLP ,变异的酶切位点在 132 2位 ,等位基因H ,在皖南花猪 ,二花脸猪 ,金华猪 ,小梅山猪 ,滇南小耳猪 ,香猪 ,荣昌猪 ,北京黑猪和大白猪中的频率分别为 0 36 ,0 34 ,0 6 0 ,0 6 6 ,0 80 ,0 73,0 76 ,0 70和 0 90。大白猪和滇南小耳猪的HinfⅠ RFLP的基因型分布相似 ,二者分别与其它 7个猪种之间存在着极显著的差异 ;皖南花猪和二花脸猪相近 ,二者与另外 7个品种之间的差异也达到极显著水平。在第二内含子中 ,验证了一个HaeⅢ RFLP ,该多态性只出现在皖南花猪和大白猪中 ,等位基因D的频率分别为 0 99和 0 6 1。另外 ,发现一个新的多态HinfⅠ 酶切位点 ,测序结果表明 ,该多态位点的产生是由于 1970位碱基C突变为T造成的。该多态位点只在皖南花猪和大白猪中出现 ,等位基因B的频率在两品种中分别为 0 86和 0 5 8。在所有测定的猪种中 ,都没有发现MspⅠ RFLP。     

PCR-RFLP技术检测新嘉兴黑猪氟烷基因

本试验随机抽取嘉兴地区部分猪场新嘉兴黑猪血样,通过PCR-RFLP技术进行氟烷基因检测,结果表明,37头新嘉兴黑猪基因型均为NN,未出现Nn和nn基因型。检测结果为新嘉兴黑猪品种资源保护及合理开发利用提供理论依据。     

H-FABP基因型对二花脸猪相关性状影响的初步分析

利用21窝不同日龄的二花脸猪共97头,根据日龄分布,分成1组(日龄阶段)—49天,2组—58～60天,3组—61～70天,4组—71～80天,5组—81～90天,6组—228天六个日龄组;采用索氏脂肪抽提法和石蜡组织切片图像分析法对其背最长肌及半腱肌的肌肉组织学特性进行了测定。根据心脏脂肪酸结合蛋白(HeartFatty Acid Binding Protein,H FABP)基因的PCR RFLP多态性,对其与二花脸猪相关性状初生重、20日龄体重、断奶重及肌肉组织学特性的关系进行了分析。所有二花脸猪均表现为AADD型。邓肯氏(Dancans)差异显著性检验结果表明:(1)二花脸猪H FABP基因HH与Hh、hh基因型间20日龄体重差异显著(P<0 05),但对初生重及断奶重无显著影响;三性状值均表现为HH>Hh>hh。(2)在不同的基因型间,没有一个日龄组内的肌肉组织学性状值表现为差异显著,从侯选基因角度分析H FABP基因对肌肉粗脂肪含量的影响,发现趋向于HH>Hh>hh。