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1.
2.
实验旨在探究OC-116(Ovocleidin-116)基因在山麻鸭蛋壳形成过程中的作用,应用SMART-RACE技术克隆获得了长度为2129 bp的山麻鸭OC-116基因cDNA全长序列,运用生物信息学软件对该基因和蛋白的特征进行分析,结果显示:该基因编码蛋白的分子式为C2710H4331N865O927S12,属于...  相似文献   

3.
为了探究Struthiocalcin-2(SCA-2)基因在山麻鸭蛋壳形成过程中的作用,试验选择9只产蛋高峰期(30周龄)的健康山麻鸭,采用SMART-RACE方法对山麻鸭SCA-2基因cDNA序列进行克隆,运用生物信息学软件对SCA-2基因编码蛋白质的理化性质、二级和三级结构进行预测及分析,构建SCA-2基因系统进化树;采集试验山麻鸭心脏、肝脏、脾脏、肺脏、肾脏、胸肌、肌胃、下丘脑、垂体、卵巢,以及输卵管的漏斗部、膨大部、峡部和子宫部共14个组织,每3只做一次混样处理,每个组织共3个重复,提取组织RNA,通过实时荧光定量PCR分析SCA-2基因mRNA在上述组织中的相对表达量。结果表明:SCA-2基因的cDNA全长为726 bp,该基因编码蛋白的分子式为C836H1247N229O247S8,属于不稳定蛋白,其中丝氨酸(12.6%)、亮氨酸(12.0%)、丙氨酸(10.2%)含量较高;蛋白质的二级结构中,α螺旋占23.35%、β折叠占13.77%、无规卷曲占62.87%,且包...  相似文献   

4.
为探究细胞侵袭抑制因子(suppressor of cancer cell invasion, SCAI)基因编码蛋白的生物学特性及基因mRNA在马鹿(Cervus canadensis)鹿茸组织中的表达水平,试验采用PCR方法克隆马鹿SCAI基因编码序列区(CDS区)全长序列,测序后进行核苷酸序列同源性比对并构建系统进化树;通过生物信息学方法分析SCAI蛋白的组成、结构和理化性质等;利用实时荧光定量PCR方法检测SCAI基因mRNA在鹿茸组织中的表达水平。结果表明:马鹿SCAI基因CDS全长1 821 bp,与白尾鹿亲缘关系较近;与鸡亲缘关系较远。SCAI基因编码606个氨基酸,相对分子质量为70 337.48。理论等电点为8.85,平均亲水性为-0.433,为亲水性蛋白。SCAI蛋白中存在57个潜在磷酸化位点,不存在信号肽,亚细胞主要定位于细胞核中,不属于分泌蛋白。SCAI蛋白的二级结构中α-螺旋和无规则卷曲占比最大,为不稳定蛋白。马鹿SCAI基因在茸皮层中的相对表达量最高,其次为软骨层,在间充质和前软骨层中相对表达量最低。说明SCAI基因参与了马鹿鹿茸的生长发育。  相似文献   

5.
为分析羊种布鲁氏菌Rev.I株的基因结构、功能及作为诊断抗原的可能性,从Rev.I株基因组中扩增eryA基因片段,构建重组质粒pET-30a-eryA并进行原核表达、Western-blot检测,同时对该基因进行生物信息学分析。结果显示:本试验成功克隆并表达了eryA基因;经Western-blot检测发现,该基因编码蛋白可与阳性血清发生特异性反应,具有良好的免疫原性;生物信息学分析显示,该蛋白没有跨膜区结构,无信号肽,二级结构中α-螺旋比重最大;抗原表位分析显示:该蛋白含有较多的抗原决定簇。因此,推测eryA蛋白有望作为布鲁氏菌的免疫诊断抗原,这为进一步探索布鲁氏菌基因工程疫苗的研制及iELISA诊断试剂盒的建立奠定了基础。  相似文献   

6.
试验旨在对羊种布鲁氏菌dhbC基因进行克隆及原核表达,并对其表达蛋白进行生物信息学分析。参照GenBank中布鲁氏菌M5-90株dhbC基因序列信息设计1对引物,通过PCR反应扩增获得dhbC基因片段。将得到的dhbC基因连接到pMD20-T载体,构建pMD20-T-dhbC重组质粒并转化大肠杆菌(E.coli) DH5α感受态细胞,提取质粒进行酶切鉴定。鉴定正确后构建pET28a-dhbC重组质粒,转化E.coli BL21(DE3)感受态细胞。经IPTG诱导表达,表达产物用SDS-PAGE和Western blotting进行分析。运用生物信息学软件DNAMAN及相关在线网站ProtParam、SOPMA及Protscale对dhbC基因编码的氨基酸序列进行生物信息学分析。结果表明,试验成功克隆了大小约为1 093 bp的dhbC基因并进行了蛋白表达,表达的融合蛋白大小约为47 ku,且主要以包涵体形式存在。dhbC蛋白的分子式为C1866H2968N544O562S15,分子质量为42 496.3 u,理论等电点(pI)为5.81,消光系数为33 835,不稳定系数为36.76,疏水指数为86.19,总平均疏水性(GRAVY)为-0.215。预测在哺乳动物网织红细胞的半衰期为30 h,其二级结构以α-螺旋(41.94%)和无规则卷曲(31.46%)为主。  相似文献   

7.
本试验对水牛SERPINE2基因进行生物信息学分析,探索其在水牛不同组织器官中的表达规律,旨在为研究SERPINE2在水牛生殖过程中的具体调控机制提供理论支持。利用PCR技术克隆水牛SERPINE2基因CDS区的全长序列,在线生物信息学分析程序对SERPINE2进行分析,实时荧光定量PCR技术检测SERPINE2 mRNA在水牛不同组织的表达水平。结果表明:SERPINE2基因CDS区长度为1 191 bp,编码397个氨基酸,通过分析相似性结果,发现水牛和牛、绵羊、山羊的相似性为99.6%;系统进化树结果显示,遗传距离最近的是水牛和牛,绵羊次之。在组成SERPINE2蛋白的氨基酸中,缬氨酸含量较高,占氨基酸总数的9.6%。SERPINE2蛋白是一种不稳定的亲水蛋白,SERPINE2有一个信号肽,没有跨膜结构域。SERPINE2蛋白的二级结构中,α-螺旋结构的占比最高,为41.56%。多个器官检测出SERPINE2 mRNA的表达,其中在卵巢的表达量显著高于其他器官,说明SERPINE2基因可能与卵巢生长发育有重大联系。  相似文献   

8.
本研究旨在克隆山羊DLK1基因,预测编码蛋白的结构与功能,同时研究该基因在山羊组织器官中的表达规律及其与肌内脂肪含量的相关性。以简州大耳羊为试验动物,采用RT-PCR克隆DLK1基因序列,结合生物信息学方法分析其生物学特性,荧光定量检测DLK1mRNA表达情况,并将表达量与肌内脂肪含量进行相关性分析。结果显示,克隆得到山羊DLK1长度为1 137bp,开放阅读框(ORF)长度为927bp(GenBank登录号:KP686197),编码308个氨基酸,山羊核苷酸序列和氨基酸序列与牛的相似性最高(97%),系统进化树分析表明山羊与牛亲缘关系最近;生物信息学预测显示,该蛋白属于不稳定酸性疏水蛋白;有8个磷酸化位点和1个N-糖基化位点;亚细胞定位于内质网(44.4%)、高尔基体(33.3%)和质膜(22.2%),属于分泌跨膜蛋白;具有5个表皮生长因子结构域和2个表皮生长因子家族特有的保守结构域EGF-CA;预测二级结构由12.99%β-折叠和87.01%无规则卷曲组成的非常规蛋白。荧光定量PCR结果显示,DLK1基因在山羊不同组织中都存在表达,其在肾中表达水平最高,在脂肪组织中表达水平最低;DLK1基因在羔羊背最长肌组织中表达水平最高,高于育成羊和成年羊,但差异不显著(P0.05);相关分析显示,山羊背最长肌、腿肌、臂三头肌中DLK1mRNA表达与肌内脂肪含量分别呈显著负相关(R=-0.6,P0.05)、无显著正相关(R=0.2,P0.05)和无显著负相关(R=-0.2,P0.05)。研究结果显示,DLK1可能对山羊肌内脂肪沉积起着重要作用。本结果为进一步研究DLK1在肌内脂肪沉积过程中的作用提供了参考。  相似文献   

9.
试验旨在研究藏绵羊溶菌酶(lysozyme,LZM)1基因在瘤胃、瓣胃、皱胃、气管、肝脏和肾脏各组织中的表达情况、进化关系及抑菌活性.采用RT-PCR技术克隆藏绵羊LZM1基因,定量PCR检测LZM1基因在瘤胃、瓣胃、皱胃、气管、肝脏和肾脏中的表达情况,并将该基因的氨基酸序列与普通牛胃LZM等氨基酸序列进行比对,根据邻位连接法构建系统进化树;将该基因插入pET-32a质粒后构建得到pET-32a-LZM1重组质粒,转化大肠杆菌BL21(DE3)感受态细胞并诱导表达,SDS-PAGE法鉴定表达产物;采用比浊法测定LZM1蛋白的活性;采用琼脂糖平板扩散法研究异源表达蛋白的抑菌活性.结果表明,从藏绵羊瘤胃、瓣胃、皱胃、气管、肝脏和肾脏各组织中成功克隆藏绵羊LZM1基因,其在瘤胃、瓣胃、皱胃、气管、肝脏和肾脏中均有表达,在皱胃中表达量最高;其氨基酸序列与普通牛胃LZM(GenBank登录号:NM_001080339.1)序列的同源性最高(96%);重组蛋白LZM1分子质量约为35 ku;其比活力约为400 U/mL;该重组LZM1对金黄色葡萄球具有良好的抑菌活性.  相似文献   

10.
为探索组蛋白去乙酰化酶9(Histone Deacetylase 9,HDAC9)基因的功能,明确其在芦花鸡不同组织中的表达差异,实验采集芦花鸡各组织,克隆获得HDAC9基因完整CDS区,进行生物信息学分析及组织表达分析。结果显示,芦花鸡HDAC9基因CDS区长度为3 210 bp,编码1 069个氨基酸;芦花鸡HDAC9基因氨基酸序列与號鹦鹉、绿头鸭及雉鸡位于一个分支,同源性较高,亲缘关系较近。HDAC9蛋白分子质量约为118.0 ku,分子式为C5145H8261N1499O1613S33,理论等电点为6.33,半衰期为30 h,HDAC9蛋白为水溶性蛋白;HDAC9蛋白存在信号肽,为分泌蛋白;共存在67个潜在的磷酸化位点;存在3个N-糖基化潜在位点。HDAC9蛋白二级结构由α-螺旋、β-折叠、β-转角和无规则卷曲组成,三级结构预测结果与其一致。实时荧光定量PCR结果显示,HDAC9基因在芦花鸡不同组织中表达水平存在显著差异,其中在胸肌中表达量最高,其次为睾丸。本实验结果为...  相似文献   

11.
在对家蚕功能基因筛选中获得一条长844 bp的基因序列,其编码蛋白与一种富含甘氨酸和精氨酸的核仁小分子RNA结合蛋白(glycine and arginine-rich nucleolar protein,Gar1p)的同源性达63%。利用生物信息学方法分析了该基因上游的启动子序列,发现该基因不含内含子,由1个699 bp的单一外显子编码232个残基的蛋白,预测分子量为22.4 kD,等电点11.43。该Gar1p蛋白的疏水性最大值为1.167,最小值为-2.011,其序列的两端各有1个强亲水性的GAR区域,而中间含有5个潜在的磷酸化位点。Gar1p基因已从家蚕基因组中扩增得到,并克隆进表达载体pET-28a中,在大肠杆菌中得以表达,为研究其功能提供了条件。  相似文献   

12.
《畜牧与兽医》2020,(2):73-79
UDP-N-乙酰葡萄胺酰基转移酶(LpxA)是类脂A生物合成必需的早期酰基转移酶。为了克隆和原核表达羊源布氏杆菌的LpxA基因, PCR扩增LpxA基因并构建pET-28a(+)-LpxA重组质粒,将鉴定正确的重组质粒转化进大肠杆菌BL21(DE3)感受态细胞,经IPTG诱导表达,SDS-PAGE和Western blot鉴定表达产物,对LpxA基因的核苷酸序列及预测的氨基酸序列进行生物信息学分析。结果显示:成功克隆了837 bp的LpxA基因,诱导表达的融合蛋白大小约为35 ku,蛋白的分子式为C_(1286)H_(2028)N_(388)O_(381)S_(16),分子质量为29 533.58 u,理论等电点为7.32,属弱碱性蛋白;不稳定系数为34.54,属于稳定类蛋白质;疏水指数为83.85,总平均亲水性为-0.067,属于疏水类蛋白;三级结构预测该蛋白为三聚体,属于非分泌蛋白。本研究为进一步阐明羊源布氏杆菌感染宿主过程中自身的免疫逃避的机制及其抑制剂研发提供新的理论依据。  相似文献   

13.
本研究旨在对鸡FK506结合蛋白5(FK506 binding protein 5,FKBP5)基因进行克隆和生物信息学分析,并检测其在鸡不同组织中的表达量。以鸡脾脏cDNA为模板,通过PCR方法扩增和克隆鸡FKBP5基因完整CDS区序列,并进行同源性比对及系统进化树构建;使用在线软件分析FKBP5蛋白的理化性质、疏水性、跨膜结构、信号肽、二级结构和三级结构;利用实时荧光定量PCR检测其在肢体内外翻畸形(valgus-varus deformity,VVD)组肉鸡和正常组肉鸡组织中的表达量,并绘制组织表达谱。结果显示,鸡FKBP5基因CDS区序列全长1 350 bp,编码449个氨基酸;同源性比对和进化树分析表明,鸡FKBP5基因氨基酸序列与鹌鹑、鸭、壁虎、中华鳖、小鼠、人、猪、斑马鱼的同源性分别为98.4%、96.2%、85.8%、87.4%、81.1%、85.2%、86.1%和61.2%,与鹌鹑、鸭的亲缘关系最近,爬行类和哺乳类动物次之,与斑马鱼(鱼类)亲缘关系最远。鸡FKBP5蛋白分子质量为50.43 ku,理论等电点(pI)为5.94,半衰期为30 h,肽链N端为蛋氨酸(Met),不稳定系数为23.80,属于稳定蛋白;跨膜区和信号肽预测结果显示,FKBP5蛋白不属于跨膜蛋白和分泌型蛋白。结构域分析结果表明,该蛋白包括2个FKBP型肽基脯氨酰异构酶(FKBP-type peptidylprolyl isomerases)、3个四肽重复(TPR)序列,主要包含α-螺旋(46.77%)、延伸链(12.47%)和无规则卷曲(40.76%),且该蛋白与HSPA2、PPID、STIP1、HSP90AA1和HSP90AB1等互作蛋白具有很强的相关性。实时荧光定量PCR结果显示,FKBP5基因在鸡各组织中广泛表达,其中在软骨和法氏囊中表达量较高,在发病组肉鸡组织中的表达量均高于正常组肉鸡,且在心脏、腿肌、法氏囊、胸腺、软骨中表达量差异显著(P<0.05),在脾脏中表达量差异极显著(P<0.01)。本试验结果可为肉鸡骨骼疾病及腿部健康选育提供参考。  相似文献   

14.
旨在分析细粒棘球绦虫TSP33基因的结构及其在细粒棘球绦虫不同发育阶段的表达情况,预测其作为细粒棘球绦虫诊断抗原的潜在价值。从GenBank中获得Eg-TSP33的cDNA序列并设计特异性引物,提取原头蚴总RNA,反转录cDNA,以cDNA为模板进行PCR扩增,将PCR产物克隆到大肠埃希菌中,测序并进行生物信息学分析。TSP33cDNA全长864bp,编码277个氨基酸,Eg-TSP33的预测分子质量为32.11ku,预测等电点为8.62。RT-PCR结果显示,Eg-TSP33在细粒棘球绦虫成虫、包囊壁及原头蚴中均有表达,且在包囊壁中表达量较多。结果说明,Eg-TSP33可能在细粒棘球绦虫发育过程中可能具有重要作用,为Eg-TSP33分子的诊断价值研究奠定了基础。  相似文献   

15.
本研究旨在对鸡FK506结合蛋白5(FK506 binding protein 5,FKBP5)基因进行克隆和生物信息学分析,并检测其在鸡不同组织中的表达量。以鸡脾脏cDNA为模板,通过PCR方法扩增和克隆鸡FKBP5基因完整CDS区序列,并进行同源性比对及系统进化树构建;使用在线软件分析FKBP5蛋白的理化性质、疏水性、跨膜结构、信号肽、二级结构和三级结构;利用实时荧光定量PCR检测其在肢体内外翻畸形(valgus-varus deformity,VVD)组肉鸡和正常组肉鸡组织中的表达量,并绘制组织表达谱。结果显示,鸡FKBP5基因CDS区序列全长1350 bp,编码449个氨基酸;同源性比对和进化树分析表明,鸡FKBP5基因氨基酸序列与鹌鹑、鸭、壁虎、中华鳖、小鼠、人、猪、斑马鱼的同源性分别为98.4%、96.2%、85.8%、87.4%、81.1%、85.2%、86.1%和61.2%,与鹌鹑、鸭的亲缘关系最近,爬行类和哺乳类动物次之,与斑马鱼(鱼类)亲缘关系最远。鸡FKBP5蛋白分子质量为50.43 ku,理论等电点(pI)为5.94,半衰期为30 h,肽链N端为蛋氨酸(Met),不稳定系数为23.80,属于稳定蛋白;跨膜区和信号肽预测结果显示,FKBP5蛋白不属于跨膜蛋白和分泌型蛋白。结构域分析结果表明,该蛋白包括2个FKBP型肽基脯氨酰异构酶(FKBP-type peptidylprolyl isomerases)、3个四肽重复(TPR)序列,主要包含α-螺旋(46.77%)、延伸链(12.47%)和无规则卷曲(40.76%),且该蛋白与HSPA2、PPID、STIP1、HSP90AA1和HSP90AB1等互作蛋白具有很强的相关性。实时荧光定量PCR结果显示,FKBP5基因在鸡各组织中广泛表达,其中在软骨和法氏囊中表达量较高,在发病组肉鸡组织中的表达量均高于正常组肉鸡,且在心脏、腿肌、法氏囊、胸腺、软骨中表达量差异显著(P<0.05),在脾脏中表达量差异极显著(P<0.01)。本试验结果可为肉鸡骨骼疾病及腿部健康选育提供参考。  相似文献   

16.
为研究影响太行鸡不同羽色性状的重要候选基因MC1R的表达及生物信息学特性,试验以太行鸡麻、白两种羽色为研究对象,采用PCR克隆、实时荧光定量PCR技术和生物信息学分析进行探讨.测序结果显示:太行鸡MC1R基因CDS序列为945 bp,编码蛋白为314个氨基酸;蛋白理化性质分析发现,MC1R蛋白存在7个跨膜区,为跨膜受体...  相似文献   

17.
为探究黔北麻羊基质金属蛋白酶抑制剂1(TIMP1)基因的表达水平和蛋白结构功能。本研究选取3岁两胎次的单、多羔健康黔北麻羊母羊各3只,采集子宫、输卵管、垂体、下丘脑、卵巢5个组织并提取组织中的总RNA反转录为第一链cDNA,克隆了黔北麻羊TIMP1基因CDS区全长序列,对TIMP1蛋白的理化性质、蛋白质结构等进行预测分析,并进行同源性分析和系统进化树构建;同时采用qRT-PCR检测TIMP1基因mRNA在不同产羔性状的黔北麻羊性腺轴组织中的表达水平。结果发现:T-克隆的黔北麻羊TIMP1基因CDS区为624 bp,编码207个氨基酸,与NCBI上山羊mRNA序列相同;蛋白预测分析结果显示:黔北麻羊TIMP1蛋白的分子式为C_(1020)H_(1581)N_(283)O_(291)S_(19),相对分子质量为23.073 64 ku,等电点为8.62,不稳定系数为64.5;遗传进化树分析得出,与其他9个物种相比较,黔北麻羊TIMP1基因与绵羊和牛的遗传距离最近;qRT-PCR结果显示,垂体、卵巢和输卵管在多羔组中的表达高于单羔组(P0.01)。本研究揭示了TIMP1基因在单、多羔黔北麻羊5个组织中的表达差异性,对TIMP1基因的T-克隆和蛋白的结构功能预测也丰富了相关研究数据,为进一步探索黔北麻羊产羔性状的分子机制提供参考。  相似文献   

18.
试验旨在克隆鸭疫里默氏杆菌协同溶血素蛋白(cooperative hemolysin protein,CAMP)基因,并对其进行原核表达和生物信息学分析。以RA贵州血清2型分离株RA-SS-8基因组为模板扩增并克隆鸭疫里默氏杆菌CAMP基因,构建pET-28a-CAMP重组原核表达质粒,转化大肠杆菌Rosetta(DE3)感受态细胞,重组菌用IPTG进行诱导表达及纯化,利用SDS-PAGE和Western blotting分析表达蛋白的特征,并运用相关生物信息学分析软件对CAMP基因进行分析。结果显示,鸭疫里默氏杆菌CAMP基因大小为1 026 bp,该基因序列与GenBank中公布的10株RA参考菌株(如RA-LZ01(CP045564.1))CAMP基因的相似性达99.7%。经BamH Ⅰ和Xho Ⅰ双酶切鉴定后,获得大小约5 369和1 026 bp的基因片段,表明pET-28a-CAMP重组表达质粒构建成功。SDS-PAGE和Western blotting分析显示,表达的重组蛋白大小约为37 ku,以可溶形式进行表达,且能与His-tag单克隆抗体在37 ku处产生特异性反应,与预期结果相符。生物信息学分析表明,CAMP蛋白分子式为C1670H2659N437O500S12,含341个氨基酸,理论等电点(pI)为5.62,不稳定系数为40.71,表明其为不稳定的弱酸性蛋白。疏水性预测结果显示,该蛋白属于亲水性蛋白。CAMP蛋白无跨膜结构域,无信号肽,有3个O-糖基化位点,无N-糖基化位点,存在34个磷酸化位点,共有17个抗原表位。二级结构和三级结构预测结果显示,CAMP蛋白以α-螺旋和无规则卷曲为主。本试验结果为进一步研究鸭疫里默氏杆菌CAMP蛋白的功能及鸭疫里默氏杆菌病疫苗的研发提供了参考。  相似文献   

19.
为了克隆马身猪CD 63基因的CDS区,检测其在不同组织中的表达规律,预测编码蛋白的结构与功能,该研究对山西省地方品种马身猪CD 63基因CDS区进行扩增和克隆,采用qRT-PCR技术检测CD 63基因在心脏、肝脏、脾脏、肾脏、腰大肌、背部皮下脂肪等组织中的表达规律,采用生物信息学方法分析CD63蛋白的生物学特性.结果...  相似文献   

20.
为建立新的禽白血病诊断方法,以临床分离得到的JL-2株禽白血病前病毒cDNA为模板,用PCR技术扩增gp37基因,测序后进行序列分析,并构建原核表达质粒pET-gp37,在大肠杆菌BL21(DE3)中经IPTG诱导表达,SDS-PAGE及Western blot鉴定并纯化。结果显示:gp37基因全长591 bp,编码197个氨基酸,分子量22 kDa,无信号肽,为疏水性蛋白;PCR及双酶切鉴定表明,重组原核表达质粒pET-gp37构建成功;经SDS-PAGE及Western blot鉴定,表达蛋白分子质量与理论值一致,均为22 kDa,并以可溶形式表达,纯化后纯度达98%以上。结论:成功表达和纯化了gp37蛋白,为预防禽白血病病毒的感染及建立新的禽白血病诊断方法提供了参考。  相似文献   

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