基于16S rDNA测序分析柔嫩艾美耳球虫感染对鸡盲肠菌群的影响

为探究柔嫩艾美耳球虫感染对鸡盲肠菌群的影响,采集对照组和球虫感染组雏鸡盲肠内容物,提取DNA,16S rDNA测序分析鸡盲肠菌群丰度、多样性的变化,采用粪菌移植验证正常鸡肠道菌群对柔嫩艾美耳球虫感染的保护作用。16S rDNA测序结果显示,柔嫩艾美耳球虫感染后盲肠内菌群丰度、多样性显著降低。在门水平上,感染前,两组雏鸡盲肠的优势菌门均为厚壁菌、变形菌、放线菌;感染后厚壁菌门丰度下降,变形菌门、放线菌门的丰度上升,差异显著(P<0.05),感染组出现了拟杆菌门。在属水平上,与对照组相比,感染组鸡盲肠微生物菌群中乳杆菌属、埃希菌-志贺菌属、拟杆菌属、罗姆布茨菌属、棒状杆菌属、肠球菌属、变形杆菌属丰度增加但差异不显著(P>0.05),毛螺菌科未定属、瘤胃球菌属、梭菌UCG-014、瘤胃球菌科未定属丰度显著下降(P<0.05),GCA-900066575丰度降低但差异不显著(P>0.05)。粪菌移植结果显示,与生理盐水移植组相比,盲肠内容物移植组和粪便菌移植组能显著减轻柔嫩艾美耳球虫感染后鸡增重降低的影响,减轻盲肠损伤,卵囊产量显著下降(P<0.05)。盲肠内容物...     

饲粮精粗比对牦牛瘤胃菌群结构的影响

为了探讨饲粮精粗比对牦牛瘤胃菌群结构的影响。试验选取36头体重相近、健康的雄性牦牛,随机分为3组,每组12头。各试验组分别饲喂精粗比为50:50 (A组)、65:35 (B组)和80:20 (C组)的饲粮,预试期为15 d,正试期为90 d。在正试期第90天,晨饲前经口腔采集瘤胃液,利用16S rDNA高通量测序技术分析瘤胃液的菌群结构。结果表明：1) 3组共产生3 354个操作分类单元(OTU),其中共有OTU为1 851个,占总OTU数目的 55.19%;瘤胃液细菌的物种数、Chao1指数、Shannon指数及谱系多样性随饲粮精粗比的提高呈显著线性降低(P <0.05)。2)在门水平上,厚壁菌门(Firmicutes)和放线菌门(Actinobacteria)的相对丰度与饲粮精粗比呈显著线性正相关关系(P <0.05),而拟杆菌门(Bacteroidetes)的相对丰度呈显著负相关关系(P <0.05);试验B组的疣微菌门(Verrucomicrobia)的相对丰度显著高于其他两组(P <0.05)。3)在属水平上,随着饲粮精粗比的提高,普雷沃菌属＿1 (P...     

肠炎沙门氏菌攻毒对SPF雏鸡粪便微生物区系的影响

试验旨在探究肠炎沙门氏菌攻毒对SPF雏鸡粪便微生物区系的影响。选择1日龄SPF雏鸡24只,随机分为2组,每组12只。在4日龄处理组口服107CFU肠炎沙门氏菌(ATCC13076)攻毒,对照组口服等量PBS溶液。试验期22 d。结果显示:(1)处理组SPF鸡的存活率为75%,对照组全部存活,期间两组鸡的体重无显著性差异;(2)OTU水平上,相同日龄两组鸡粪便菌群的丰富度相近,中期处理组粪便菌群多样性更高(P0.05),后期对照组菌群稳定性更高,而且攻毒对SPF鸡粪便菌群的影响随日龄增加而减弱;(3)在属水平上,与对照组相比,处理组Bacteroides(拟杆菌门)、Enterococcus (肠球菌属)和Aeriscardovia (卡多维亚氏菌属)的相对丰度明显升高(P0.05);Lactobacillus(乳杆菌属)、Alistipes(另枝菌属)、Faecalibacterium(粪杆菌属)、Romboutsia(罗姆布茨菌属)和Ruminococcaceae_UCG_005(瘤胃球菌UCG_005)的相对丰度明显降低(P0.05);(4)KEGG分析显示攻毒影响了菌群参与的多个代谢通路。综上,肠炎沙门氏菌感染影响了SPF雏鸡粪便菌群的结构组成、稳定性及菌群参与的代谢通路。Bacteroides(拟杆菌门)、Lactobacillus(乳杆菌属)等差异菌属可能对SPF雏鸡抵抗沙门氏菌入侵起到积极作用。     

柠条发酵饲料对宁夏滩羊生长性能及瘤胃微生物区系的影响

本试验旨在研究柠条发酵饲料对宁夏滩羊生长性能及瘤胃微生物区系的影响，探讨柠条发酵饲料在滩羊饲粮中适宜添加比例。选择健康、体重[(24.42±1.53) kg]相近的断奶滩羊公羔羊60只，按体重随机分为4个组，每组15只羊。对照组饲喂100%柠条饲料，试验1组饲喂75%柠条饲料+25%柠条发酵饲料，试验2组饲喂50%柠条饲料+50%柠条发酵饲料，试验3组饲喂25%柠条饲料+75%柠条发酵饲料。结果表明：1)试验2组的终末体重、平均日增重最高，显著高于对照组(P<0.05)。2)试验组的操作分类单元(OTU)数目均低于对照组，OTU数目顺序为对照组>试验3组>试验2组>试验1组。3)各组间ACE、Chao1、Shannon和Simpson指数差异不显著(P>0.05),其中试验2组的ACE和Chao1指数略高于对照组。4)门水平上，与对照组相比，试验1组滩羊瘤胃液中变形菌门的相对丰度显著提高(P<0.05),厚壁菌门和Patescibacteria的相对丰度显著降低(P<0.05);试验2组滩羊瘤胃液中厚壁菌门的相对丰度显著提高(P<0.05...     

类志贺邻单胞菌感染对鲟鱼肠道菌群多样性的影响

采用人工肌肉注射类志贺邻单胞菌(Pseudomonas shigella)后,以针对细菌16S rRNA基因高通量测序技术进行感染鲟鱼肠道菌群组成和多样性分析,结果显示:感染组鲟鱼肠道菌群多样性指数(Chaol、ACE、observed_species、 Shannon和Simpson)均显著低于对照组(P<0.05);感染组和对照组鲟鱼肠道优势菌群均为梭杆菌门(Fusobacteria)、变形菌门(Proteobacteria)、拟杆菌门(Bacteriodia)和厚壁菌门(Firmicute),但感染组鲟鱼肠道拟杆菌门细菌丰度显著小于对照组(P<0.05),而变形菌门(特别是邻单胞菌属)细菌丰度显著大于对照组(P<0.05)。结果表明,类志贺邻单胞菌感染能导致鲟鱼肠道菌群物种多样性和丰度显著变化,为鲟鱼细菌性疾病防控提供了科学依据。     

单宁和裂壶藻粉对滩羊生长性能及瘤胃菌群多样性的影响北大核心CSCD

本试验旨在探究饲粮中添加单宁和裂壶藻粉对滩羊生长性能及瘤胃菌群多样性的影响。选取体重[(25.53±3.18)kg]相近的5月龄健康滩羊公羔48只,随机均分为4组,每组12个重复,对照组饲喂基础饲粮,试验Ⅰ组饲喂基础饲粮+0.4%单宁,试验Ⅱ组饲喂基础饲粮+2.0%裂壶藻粉,试验Ⅲ组饲喂基础饲粮+0.4%单宁+2.0%裂壶藻粉。试验期共105 d,其中预试期15 d,正试期90 d。结果表明:1)与对照组相比,试验Ⅰ组羊只的总增重显著增加(P<0.05)。2)各试验组的操作分类单元数目均低于对照组,表现为对照组>试验Ⅰ组>试验Ⅱ组>试验Ⅲ组。3)与对照组相比,试验Ⅲ组Sobs指数、Ace指数和Chao1指数均出现显著下降(P<0.05),与试验Ⅰ组相比,试验Ⅲ组Ace指数和Chao1指数也出现了显著下降(P<0.05)。4)在门水平上,对照组、试验Ⅰ组和试验Ⅱ组的优势菌门均为拟杆菌门和厚壁菌门,试验Ⅲ组的优势菌门为拟杆菌门、厚壁菌门和变形菌门。与对照组相比,各试验组脱硫菌门、Patescibacteria的相对丰度出现显著变化(P<0.05),浮霉菌门的相对丰度出现极显著变化(P<0.01)。5)在属水平上,普雷沃氏菌属和理研菌科_RC9_肠道群为优势菌属。与对照组相比,各试验组未排位拟杆菌目_BS11_肠道群、理研菌科_RC9_肠道群、未排位拟杆菌目_RF16_群、norank_Muribaculaceae和韦荣氏球菌科_UCG-001的相对丰度出现显著变化(P<0.05),脱硫弧菌属的相对丰度出现极显著变化(P<0.01)。6)与试验Ⅰ组相比,试验Ⅱ组的滩羊瘤胃菌群的氨基酸代谢功能通路相对丰度显著降低(P<0.05)。综上所述,饲粮中添加单宁和裂壶藻粉均会影响滩羊生长性能及瘤胃微生物菌群结构,促进部分有益菌的增殖,并改善代谢功能;并且,以单独添加0.4%单宁的效果最好,同时添加0.4%单宁和2.0%裂壶藻粉效果次之,单独添加2.0%裂壶藻粉效果不明显。     

不同日粮模式对赤大袋鼠粪样微生物菌群的影响

通过饲喂赤大袋鼠不同模式日粮,运用Mi Seq高通量测序技术研究赤大袋鼠粪样菌群组成及多样性的变化。选取圈养条件下的12只年龄相近、健康状态、营养状况良好的成年赤大袋鼠,随机分成3个处理组,分别饲喂低多汁料低精料(A组)、中等多汁料精料(B组)和高多汁料高精料(C组),各处理组分别收集粪便用于Mi Seq高通量测序。结果显示:各处理组粪样细菌OTU数量相近;各组粪样中所含细菌的种类未出现明显变化(P0.05);在门水平上,各组粪样菌群中优势菌群厚壁菌门(Firmicutes)和拟杆菌门(Bacteroidetes)的相对丰度变化不大,所呈现的变化趋势不显著(P0.05)。在属水平上,未分类瘤胃球菌科(uncultured Ruminococcaceae)和未分类普雷沃氏菌科(uncultured Prevotellaceae),分别为第一和第二位优势菌属,其中处理组二的uncultured Ruminococcaceae显著高于其他2组(P0.05),而uncultured Prevotellaceae显著低于其他2组(P0.05)。结果表明,不同日粮模式对赤大袋鼠粪样菌群不会产生明显影响。与其他哺乳类的食草动物一样,赤大袋鼠粪样中有非常丰富的微生物,厚壁菌门和拟杆菌门为优势菌门。     

日粮精粗比对湖羊瘤胃发酵和菌群结构的影响

为了研究日粮精粗比对湖羊瘤胃发酵和菌群结构的影响,试验选择40只体重相近、体况良好且健康的湖羊羔羊,随机分为4组,每组10只(公母各半),各试验组羊分别饲喂精粗比70∶30(A)、60∶40(B)、50∶50(C)和40∶60(D)的全混合日粮,试验期为70 d。结果表明:1)试验B组的氨态氮、丙酸、丁酸和戊酸含量均显著高于试验D组(P0.05)。2)4组共产生875个OTU,其中共有OTU为725个,占总OTU数量的82.86%,试验A和D组分别含特有OTU为6和1个。试验A组的细菌门数量和香浓指数显著高于试验C和D组(P0.05),而辛普森指数则显著低于试验B和C组(P0.05)。试验C组细菌多样性与试验A和B组差异显著(P0.05)。3)在门水平上,试验A组的放线菌门(Actinobacteria)和螺旋菌门(Spirochaetae)相对丰度显著高于试验C和D组(P0.05)。在属水平上,试验A组毛螺菌科_ND3007(Lachnospiraceae_ND3007)、密螺旋体属_2(Treponema_2)、魏斯氏菌属(Weissella)、厌氧支原体属(Anaeroplasma)、短杆菌属(Brevibacterium)、假丁酸弧菌属(Pseudobutyrivibrio)、未培养瘤胃杆菌属(Uncultured_rumen_bacterium)和罗斯氏菌属(Roseburia)的相对丰度显著高于试验D组(P0.05),而毛螺菌科_XPB1014(Lachnospiraceae_XPB1014)和未培养拟杆菌目_BS11(Uncultured_Bacteroidales_BS11)的相对丰度则分别显著低于试验C和D组(P0.05)。综上所述,高精粗比日粮能够提高湖羊瘤胃细菌丰富度和多样性,促进瘤胃的发酵。     

基于高通量测序研究罗布麻对滩羊肠道菌群的影响

试验旨在探究罗布麻饲料对滩羊肠道菌群的影响。将12只滩羊随机分为4组(A、B、C、D),每组3只,分别饲喂不同比例的罗布麻饲料,60天后取新鲜粪便样本,通过Illumina高通量测序技术测定肠道菌群结构及组成。结果表明:共检测到12个菌门,50个菌科,150个菌属。厚壁菌门(Firmicutes),拟杆菌门(Bacteroidetes),疣微菌门(Verrucomicrobia)为优势菌;C组OTU最多;且肠道菌群丰富度和多样性均高于其他组;罗布麻饲料促进肠道菌群在多种能量代谢途径中发挥更大的功能。10%的罗布麻饲料提高了滩羊肠道菌群的相对丰度,促进有益菌增殖,为滩羊养殖及饲料开发提供了参考。     

基于宏基因组学的成年和老年袋鼠肠道菌群多样性和差异性研究

为了了解袋鼠粪便中菌群的多样性,分析成年和老年袋鼠粪便中菌群的差异性。应用高通量测序技术测定成年和老年袋鼠粪便细菌16S rDNA的V3-V4变异区序列,应用Prinseq和Mothur等软件整理和统计样品序列数目和操作分类单元(OTUs)数量,分析菌群物种丰度、分布和Alpha多样性。获得成年袋鼠粪便(AK)的OTU数为7 210,老年袋鼠粪便(OK)的OTU数为6 120。AK和OK的丰富度指数分别为4 377.028/7301.574和1 430.718/1858.623,香农指数分别为6.275和4.273。AK和OK肠道优势菌群均隶属厚壁菌门,分别占65%(AK)和78%(OK),除此之外,共有优势菌门还有变形菌门、拟杆菌门和螺旋菌门,但AK有四种独有菌门。获得了成年和老年袋鼠粪便中细菌的丰富度、菌群结构及差异性。     

不同养殖方式下饲粮中添加丁酸梭菌对广西黄鸡生长性能、肠道形态与盲肠微生物区系的影响

本试验旨在研究不同养殖方式下饲粮中添加丁酸梭菌对广西黄鸡生长性能、肠道形态与盲肠微生物区系的影响。试验选取35日龄健康状态良好的广西黄鸡3 300羽,随机分为2个组,每组5个重复,每个重复330羽。2个组分别为对照组(基础饲粮)和试验组(基础饲粮+500 g/t丁酸梭菌,制粒后活菌数≥2.88×105CFU/g),分2个阶段进行饲养试验:第1阶段35～49日龄,笼养方式;第2阶段50～80日龄,转换为地面散养方式。结果表明:1)35～49日龄笼养阶段,饲粮中添加丁酸梭菌对广西黄鸡的生长性能影响不大,但具有提高广西黄鸡平均日增重以及降低料重比的趋势(P0.05)。2)35～49日龄笼养阶段和50～80日龄散养阶段,饲粮中添加丁酸梭菌显著提高十二指肠、空肠、回肠的绒毛高度(P0.05),显著降低隐窝深度(P0.05),显著提高绒毛高度/隐窝深度(P0.05)。3)在不同的养殖模式下,饲粮中添加丁酸梭菌可显著提高厚壁菌门相对丰度(P0.05),有提升梭菌属和瘤胃球菌属相对丰度的趋势(P0.05);且笼养转散养后,拟杆菌门的相对丰度显著提高(P0.05),盲肠菌群的相对丰度增加(P0.05)。综上所述,在不同养殖方式下,饲粮中添加丁酸梭菌对不同日龄广西黄鸡的生长性能未产生显著影响,但有提高平均日增重以及降低料重比的趋势,可以促进广西黄鸡肠道形态的发育,提高盲肠菌群的相对丰度,且笼养转散养后,盲肠菌群的相对丰度可以得到进一步的提升。     

基于内转录间隔区测序分析不同饲养方式对滩羊羔羊瘤胃真菌组成及多样性的影响

为了研究放牧和舍饲2种不同的饲养方式对滩羊羔羊瘤胃真菌菌群的影响,本试验采用随机区组设计,选择体重接近、健康的刚出生放牧滩羊与舍饲滩羊羔羊各12只,放牧组羔羊随放牧哺乳母羊饲养,舍饲组随舍饲哺乳母羊饲养,2月龄时屠宰取瘤胃液,通过内转录间隔区(ITS)rDNA测序技术分析其真菌多样性及结构变化。结果表明:放牧组滩羊瘤胃中真菌多样性极显著高于舍饲组(P<0.01)。舍饲组与放牧组滩羊瘤胃真菌菌群共鉴定出6个门,其中舍饲组6个门,放牧组5个门。放牧组滩羊瘤胃中的新丽鞭毛菌门(Neocallimastigomycota)的相对丰度极显著高于舍饲组(P<0.01);舍饲组的子囊菌门(Ascomycota)的相对丰度极显著高于放牧组(P<0.01)。放牧组滩羊瘤胃液中优势菌门为子囊菌门和新丽鞭毛菌门,舍饲组优势菌门为子囊菌门。舍饲组与放牧组滩羊瘤胃真菌菌群共鉴定出69个属,其中放牧组55个属,舍饲组56个属。舍饲组的Kazachstania、赤霉菌属(Gibberella)、酵母属(Saccharomyces)的相对丰度均极显著高于放牧组(P<0.01),香蘑属(Lepista)的相对丰度显著高于放牧组(P<0.05)。而放牧组梨囊鞭菌属(Piromyces)、盲肠鞭菌属(Caecomyces)、新丽鞭菌属(Neocallimastix)、未分类新丽鞭菌科(Neocallimastigaceae_NA)、Chalastospora等的相对丰度均极显著高于舍饲组(P<0.01);放牧组未分类毕赤酵母科(Pichiaceae_NA)的相对丰度显著高于舍饲组(P<0.05)。放牧组优势菌属为Kazachstania和梨囊鞭菌属,舍饲组优势菌属为Kazachstania。综上所述,饲养方式对2月龄滩羊瘤胃真菌菌群结构的构建有显著影响。     

日粮精粗比对湖羊瘤胃发酵和菌群结构的影响

为了研究日粮精粗比对湖羊瘤胃发酵和菌群结构的影响,试验选择40只体重相近、体况良好且健康的湖羊羔羊,随机分为4组,每组10只(公母各半),各试验组羊分别饲喂精粗比70:30(A)、60:40(B)、50:50(C)和40:60(D)的全混合日粮,试验期为70 d。结果表明:1)试验B组的氨态氮、丙酸、丁酸和戊酸含量均显著高于试验D组(P<0.05)。2)4组共产生875个OTU,其中共有OTU为725个,占总OTU数量的82.86%,试验A和D组分别含特有OTU为6和1个。试验A组的细菌门数量和香浓指数显著高于试验C和D组(P<0.05),而辛普森指数则显著低于试验B和C组(P<0.05)。试验C组细菌多样性与试验A和B组差异显著(P<0.05)。3)在门水平上,试验A组的放线菌门(Actinobacteria)和螺旋菌门(Spirochaetae)相对丰度显著高于试验C和D组(P<0.05)。在属水平上,试验A组毛螺菌科_ND3007(Lachnospiraceae_ND3007)、密螺旋体属_2(Treponema_2)、魏斯氏菌属(Weissella)、厌氧支原体属(Anaeroplasma)、短杆菌属(Brevibacterium)、假丁酸弧菌属(Pseudobutyrivibrio)、未培养瘤胃杆菌属(Uncultured_rumen_ bacterium)和罗斯氏菌属(Roseburia)的相对丰度显著高于试验D组(P<0.05),而毛螺菌科_XPB1014(Lachnospiraceae_XPB1014)和未培养拟杆菌目_BS11(Uncultured _Bacteroidales_BS11)的相对丰度则分别显著低于试验C和D组(P<0.05)。综上所述,高精粗比日粮能够提高湖羊瘤胃细菌丰富度和多样性,促进瘤胃的发酵。     

哺乳中后期纯血马驹粪便细菌组成、丰度及多样性变化分析

【目的】旨在探究哺乳中后期纯血马驹粪便细菌组成、丰度及多样性的变化,为优化马驹哺乳期护理及高效、健康养殖提供参考依据。【方法】选取出生日期相近、体重(144.33±16.10)kg的哺乳中后期纯血马公驹5匹,进行60 d的饲养试验。于马驹断奶前(3、4和5月龄)使用无DNA酶管采集粪便样品,利用Illumina MiSeq高通量测序平台检测粪便样品中微生物多样性。【结果】(1)3、4和5月龄马驹粪便菌群中共有OTU为627个,特有的OTU数量分别为202、177和194个;3个阶段马驹粪便Chao1、ACE、Shannon和Simpson指数均无显著差异(P>0.05)。主成分分析结果显示,马驹粪便中的菌群群落差异较小,较为稳定。(2)3、4和5月龄马驹粪便的优势菌门均为厚壁菌门(Firmicutes)、拟杆菌门(Bacteroidota)、放线菌门(Actinobacteriota)、疣微菌门(Verrucomicrobiota)和Patescibacteria等;优势菌科为毛螺旋菌科(Lachnospiraceae)、动球菌科(Planococcaceae)、微球菌科(Mic...     

发酵饵料对中华圆田螺生长性能和肠道菌群的影响

试验旨在探讨发酵饵料对中华圆田螺生长性能和肠道菌群的影响。选择平均体重25 g的中华圆田螺60只,随机分成2组,每组3个重复,每个重复10只螺。A组、B组田螺分别饲喂基础饵料和发酵基础饵料。试验期20 d。试验结束,取田螺肠道内容物,利用16S rDNA高通量测序技术检测肠道菌群多样性。结果显示,A组、B组田螺的成活率均为100%。与A组相比,B组田螺的增重率（WGR）、特定生长率（SGR）、蛋白质效率（PER）均有所提高,饵料系数降低（P>0.05）。高通量测序得到有效序列共375 141条,序列长度为416～455 bp。将有效序列进行聚类并划分,对OTU进行统计,发现每组样品的OTU覆盖率均在99.9%以上。A组、B组田螺肠道丰富度最高的前6个细菌门类依次为变形菌门、拟杆菌门、浮霉菌门、酸杆菌门、放线菌门和绿弯菌门。A组、B组田螺肠道排名前5的菌属为变形菌属、拟杆菌属、厚壁菌属、软壁菌属和衣原体,与A组相比,B组田螺丰度前5菌属的相对丰度均有提高,其中厚壁菌属和衣原体显著提高（P<0.05）。B组OTU数量、Chao1指数、Simpson指数均高于A组（P>0....     

酶解青蒿联合地衣芽孢杆菌对肉仔鸡生长性能和盲肠菌群的影响

本试验旨在研究酶解青蒿联合地衣芽孢杆菌饲喂肉仔鸡对其生长性能和盲肠菌群的影响。选取1日龄科宝(Cobb)肉仔鸡480只,随机分为4组(每组6个重复,每个重复20只):对照组饲喂基础饲粮,抗生素组、试验Ⅰ组和试验Ⅱ组分别在基础饲粮中添加20 mg/kg抗生素(主要成分为维吉尼霉素)、1 g/kg酶解青蒿以及1 g/kg酶解青蒿+200 mg/kg地衣芽孢杆菌。试验期42 d。结果表明:1)与对照组相比,试验Ⅱ组肉仔鸡平均日增重显著提高(P0.05),抗生素组和试验Ⅰ组平均日增重分别提高5.18%和7.49%(P0.05);试验Ⅱ组肉仔鸡终末体重显著提高(P0.05),抗生素组和试验Ⅰ组分别提高6.94%和6.94%(P0.05)。各组肉仔鸡平均日采食量和料重比差异不显著(P0.05)。2)对肉仔鸡盲肠菌群进行alpha多样性分析发现,抗生素组和各试验组盲肠菌群多样性均有所提高(P0.05)。对4组肉仔鸡盲肠菌群组成进行分析显示,在门水平上,优势菌门主要为厚壁菌门(Firmicutes)、拟杆菌门(Bacteroidetes)和软壁菌门(Tenericutes)。与对照组相比,抗生素组和各试验组厚壁菌门相对丰度显著提高(P0.05),试验Ⅰ组和试验Ⅱ组拟杆菌门相对丰度显著降低(P0.05)。在属水平上,与对照组相比,抗生素组和各试验组拟杆菌属相对丰度显著降低(P0.05),试验Ⅰ组和试验Ⅱ组粪杆菌属相对丰度显著提高(P0.05),试验Ⅱ组瘤胃球菌科UCG-014菌属相对丰度显著提高(P0.05)。由此得出,酶解青蒿用于肉仔鸡饲粮具有替代抗生素的潜质。饲粮单独添加酶解青蒿具有改善肉仔鸡生长性能的趋势,酶解青蒿和地衣芽孢杆菌联用可通过改善盲肠菌群结构,提高肠道菌群多样性,以及提高厚壁菌门与拟杆菌门相对丰度的比例来提高肉鸡生长性能。     

不同精粗比对牦牛粪便菌群结构的影响

本试验旨在研究不同精粗比对牦牛粪便菌群结构的影响。选取24头体重相近、健康的3岁公牦牛，随机分成2组，分别饲喂低精粗比饲粮(35∶65,C₃₅组)和高精粗比饲粮(65∶35,C₆₅组)。预试期为15 d，试验期为90 d。运用16S rDNA高通量测序技术对粪便菌群结构变化进行分析。结果表明：1)2组共检测出1702个操作分类单元(OTU)，其中两组共有的OTU数目为1273个，占总OTU数目的74.79%;C₃₅组的物种数、Chao1指数与Shannon指数显著高于C₆₅组(P<0.05)。2)在门水平下，C₃₅组牦牛粪便中髌细菌门和蓝藻菌门极显著高于C₆₅组(P<0.01)，放线菌门显著高于C₆₅组(P<0.05);C₆₅组牦牛粪便中拟杆菌门、螺旋体门显著高于C₃₅组(P<0.05)。3) C₃₅组牦牛粪便中瘤胃球菌属极显著高于C_6...     

德州驴盲肠菌群测序分析

旨在研究健康德州驴盲肠菌群分布及代谢功能。以健康德州驴盲肠内容物为检测样品,提取细菌总DNA,通过Illumina MiSeq高通量测序分析德州驴盲肠中菌群分布特点,结合PICRUSt基因预测方法分析菌群代谢功能。测序分析结果表明,在3份检测样品中共得到176 869条有效序列和39 566个OTU。Alpha多样性指数分析结果表明,3份样品的Shannon指数均大于7,样品中菌群多样性水平较高。菌群分类学组成分析结果表明,在门分类水平上相对丰度排名前10的细菌门为厚壁菌门、拟杆菌门、疣微菌门、螺旋体门、纤维杆菌门、变形菌门(Proteobacteria)、放线菌门、TM7菌门、柔膜菌门、蓝藻菌门。此外,在相对丰度排名前20的菌属中与纤维分解与代谢相关的菌属所占比例达到了35%。菌群代谢功能分析结果表明,盲肠菌群参与机体多种代谢活动,其中参与碳水化合物代谢、氨基酸代谢、能量代谢的菌群丰度相对较高。研究结果为探索德州驴肠道菌群分布与消化特点之间关系提供了理论依据。     

应用高通量测序技术分析青海牦牛引进山东后瘤胃菌群的变化

试验旨在探讨不同的饲养环境及日粮结构对牦牛瘤胃菌群结构的影响,应用高通量测序技术分析了青海牦牛引进山东后的瘤胃菌群变化情况。结果表明,青海牦牛瘤胃液可见物种(Observed species)及Chao1指数(Chao1 index)与引进牦牛瘤胃液相比差异极显著(P0.01),ACE指数差异显著(P0.05);青海牦牛菌群丰度显著高于引进牦牛,说明青海牦牛引进山东后瘤胃菌群丰度发生了显著变化,而引进前后牦牛瘤胃液香浓指数(Shannon index)以及辛普森指数(Simpson index)差异不显著(P0.05),说明青海牦牛引进山东后瘤胃菌群多样性未显著改变。测序数据表明,牦牛瘤胃液中丰度较高的菌群依次是拟杆菌门、厚壁菌门、变形菌门、疣微菌门、互养菌门、软壁菌门、纤维杆菌门;青海牦牛引进山东后菌群结构比例变化显著的门是浮霉菌门和装甲菌门(P0.05),变化显著的属是颤杆菌克属和帕匹杆菌属(P0.05)。数据分析得出,拟杆菌和理研菌科在青海牦牛瘤胃液中起重要作用,而普雷沃氏菌科、琥珀酸弧菌科和产气单胞菌在引进山东牦牛瘤胃液中起主要的作用,推测饲养环境及日粮结构的改变导致了瘤胃菌群及其相关功能的改变。本研究为地域和日粮结构的变化对牦牛瘤胃菌群结构的影响提供了理论依据。     

单宁与饲用纤维素酶对湖羊瘤胃微生物菌群的影响

试验旨在利用高通量测序技术研究添加单宁与饲用纤维素酶对湖羊生长育肥期瘤胃微生物菌群结构的影响,为单宁和饲用纤维素酶在反刍动物生产中更好地利用提供理论依据。选用3月龄生长发育良好、平均体重(19.85±1.45)kg的肉用湖羊36只,随机分成对照组和3个处理组,对照组饲喂基础日粮,处理组分别在基础日粮中加入0.1%单宁(单宁组)、0.1%饲用纤维素酶(纤维素酶组)和0.1%单宁+0.1%饲用纤维素酶(混合组),每组3个重复,每个重复3只湖羊。试验期70d,其中过渡期7d,预试期7d,正饲期56d。试验结束后,采集湖羊瘤胃液,提取细菌总DNA,进行PCR扩增后用Illumina Hi Seq 2500测序平台进行高通量测序。结果表明:(1)12个湖羊瘤胃微生物样品测序共获得957 440对序列,平均每个样品产生55 997条clean tags,过滤嵌合体后共产生502 965条effective tags;各组湖羊瘤胃微生物样品的AvgLen均在419～420之间;(2)各组间湖羊瘤胃微生物的Ace指数和Chao1指数差异均不显著(P0.05);与对照组相比,单宁组、纤维素酶组和混合组湖羊瘤胃微生物的香农指数显著提高(P0.05);纤维素酶组湖羊瘤胃微生物的辛普森指数较对照组显著降低(P0.05);(3)在门水平上,单宁组湖羊瘤胃内拟杆菌门(Bacteroidetes)丰度比对照组显著降低(P0.05);单宁组、纤维素酶组和混合组湖羊瘤胃内厚壁菌门(Firmicutes)丰度较对照组均呈下降趋势,但差异不显著(P0.05);(4)在属水平上,单宁组湖羊瘤胃内普雷沃菌属-1(Prevotella_1)丰度降低,与对照组、纤维素酶组差异均显著(P0.05),但与混合组差异不显著(P0.05);单宁组和纤维素酶组湖羊瘤胃内瘤胃菌属(Rumen_bacterium)丰度较对照组和混合组提高,且与混合组的差异显著(P0.05)。综合试验结果,在湖羊日粮中同时加入单宁和饲用纤维素酶可以提高湖羊瘤胃内菌群的多样性和丰度,影响瘤胃菌群结构,缓解单宁对拟杆菌门(Bacteroidetes)和厚壁菌门(Firmicutes)菌落的抑制;同时混合添加可以缓解单独添加单宁对纤维素分解的抑制作用;在门水平上各组湖羊瘤胃内优势菌群均为拟杆菌门和厚壁菌门;在属水平上各组湖羊瘤胃内优势菌群均为理研菌科-RC9(Rikenellaceae_RC9_gut_group)、细菌(Bacterium)、普雷沃菌属-1和瘤胃菌属。