柔嫩艾美耳球虫MIF基因克隆及生物信息学分析

【目的】克隆柔嫩艾美耳球虫巨噬细胞迁移抑制因子(macrophage migration inhibitory factor, MIF)基因CDS区,探究其生物信息学特征,为后续抗原表位筛选提供理论依据。【方法】采集晋中地区疑似柔嫩艾美耳球虫感染的阳性样本进行PCR鉴定,根据GenBank中公布的柔嫩艾美耳球虫MIF基因序列,利用RT-PCR技术扩增MIF基因CDS区,构建pET28a-EtMIF重组质粒,经PCR和双酶切鉴定后测序并进行序列分析;利用生物信息学软件对其编码蛋白的理化性质、结构和功能等进行预测。【结果】成功克隆了柔嫩艾美耳球虫MIF基因CDS区序列,全长348 bp,共编码115个氨基酸,相对分子质量为1.203×10⁴。系统进化树结果表明,柔嫩艾美耳球虫MIF基因氨基酸序列与毒害艾美耳球虫的亲缘关系最近,相似性为98.3%。MIF蛋白为非跨膜、可溶性、非分泌型蛋白,亚细胞定位主要在细胞质中,共有10个磷酸化位点;含有1个保守结构域,二级结构由无规则卷曲(35.65%)、延伸链(30.43%)、α-螺旋(27.83%)和β-转角(6.09%)组成,...     

柔嫩艾美耳球虫serpin基因克隆与生物信息学分析

根据GenBank发表的Eimeria tenella serpin(Etserpin)基因设计1对引物,从孢子化卵囊总RNA中用RT-PCR方法扩增Etserpin基因,克隆后测序,应用生物信息学分析预测其核苷酸及其编码蛋白的结构与功能.结果表明,Etserpin开放阅读框为1 248 bp,编码一分泌蛋白,N端具有1个28 aa的信号肽,有1个跨膜区域,有2个糖基化位点和21个磷酸化位点,88,89,98～101,208～212,283～287,302～304区段是其可能的B细胞表位;同源性比对与进化树的分析表明其为抑制性serpin蛋白,结构保守,与F.acervulina、T.gondii和N.caninumm亲缘关系较近.二级结构以α螺旋和随机卷曲为主,具有类似于serpin家族蛋白的三级结构.     

柔嫩艾美耳球虫毒害艾美耳球虫变位艾美耳球虫交叉免疫试验

柔嫩艾美耳球虫毒害艾美耳球虫变位艾美耳球虫交叉免疫试验黄兵，赵其平，何林华，吴薛忠，陈兆国，史天卫（中国农科院上海家畜寄生虫病研究所，２００２３２）鸡感染球虫后会产生一种抵抗再次感染的免疫反应，这种免疫反应具有种的特异性，即感染某种球虫不能保护抵抗另...     

柔嫩艾美耳球虫BJ株EtlA基因的克隆及序列分析

本文参照已发表的柔嫩艾美耳球虫(E．tenella)折光体蛋白基因序列，根据其阅读框及载体序列特点，两端分别加上EcoR Ⅰ和Hind Ⅲ酶切位点设计引物，以E．tenella BJ株的总RNA为模板，进行RT—PCR扩增，成功扩增出EtlA基因。将PCR产物与pGEM—T载体连接后，转化JM109感受态细胞，蓝白斑法筛选阳性克隆并测序。测序表明，该基因全长1978bp，其阅读框大小为1944bp；与Gen Bank登记的EtlA基因相比较，有6个部位、共7个碱基发生了突变，其中5个有意义突变，2个无意义突变，同源性达99．5％。与堆型艾美耳球虫(E．acervulina)的EalA基因的同源性为79．3％，而与牛艾美耳球虫(E．bovis)的同源性只有19．5％。表达产物具有核苷酸转氢酶的功能，推测可为子孢子侵入宿主细胞提供能量。     

鸡柔嫩艾美耳球虫生殖细胞特异性蛋白的免疫保护效果评价

为探讨鸡柔嫩艾美耳球虫(Eimeria tenella)生殖细胞特异性蛋白(HAP2)对球虫感染的免疫保护作用,将HAP2重组蛋白(rEtHAP2)加弗氏完全佐剂或弗氏不完全佐剂免疫雏鸡后,用E.tenella孢子化卵囊感染雏鸡,以雏鸡增重效果、卵囊排出量、肠道病变记分、血清抗体水平、淋巴细胞转化水平,评估rEtHAP...     

柔嫩艾美耳球虫表面抗原SAG2基因的克隆与表达

根据生物信息学预测的基因序列设计引物,应用RT-PCR方法从柔嫩艾美耳球虫第二代裂殖子总RNA扩增获得了鸡柔嫩艾美耳球虫表面抗原2(surface antigen 2,SAG2)基因序列,将其与pGEM-T easy载体连接后转化E.coliDH5α,筛选阳性克隆,以带有限制酶切位点的特异性引物用PCR方法扩增不含SAG2 N端信号肽序列的ORF序列后克隆至表达载体pET-32 a(+),构建了重组表达质粒pET-32 a(+)-SAG2,并将其转化至E.coliBL21(DE3)。经IPTG诱导,获得了SAG2重组抗原在大肠杆菌的高效表达,重组蛋白的表达量约占菌体总蛋白的35%,融合蛋白的分子量约为47 ku。菌体经超声处理后进行SDS-PAGE分析表明,表达蛋白以包涵体的形式存在。     

鸡柔嫩艾美耳球虫和巨型艾美耳球虫双重PCR检测方法的建立

为了建立一种能够快速实现对鸡柔嫩艾美耳球虫(Eimeria tenella)和巨型艾美耳球虫(E.maxima)同时进行检测的双重PCR方法,基于2种艾美耳球虫各自的ITS-1基因筛选2对特异性引物,对制备的阳性DNA样品进行PCR扩增,凝胶电泳检测结果显示,分别在约450bp和150bp处出现目的条带。对PCR反应中的退火温度、MgCl2浓度、DNA模板量等进行优化。结果表明,当退火温度为59℃、MgCl2浓度为2.5mmol/L、DNA模板量为2μL时,双重PCR扩增结果最佳。特异性检测结果显示,所建立的双重PCR对环形泰勒虫、羊巴贝斯虫、隐孢子虫和蓝氏贾第虫的扩增结果均呈阴性,表明建立的方法具有较高的特异性。成功建立了柔嫩艾美耳球虫和巨型艾美耳球虫双重PCR检测方法,为临床中鸡球虫病的快速诊断提供了一种可靠的检测方法。     

柔嫩艾美耳球虫rhomboid抗原基因在卡介苗中的克隆与表达

以含柔嫩艾美耳球虫rhomboid基因的重组质粒为模板,应用PCR方法扩增该基因完整开放阅读框,克隆至pMD18-T载体中.分别用限制性内切酶Pst I/Cla I和Pvu II/Cla I进行双酶切,将rhomboid目的基因克隆到大肠杆菌-分支杆菌穿梭表达载体pMV261和整合表达载体pMV361中,获得重组质粒pRho-261和pRho-361.将重组质粒电穿孔转化卡介苗,经热诱导后对其表达产物进行SDS-PAGE和western blot分析.结果表明成功构建了两个重组质粒,其表达产物与柔嫩艾美耳球虫阳性血清具有免疫反应性,为重组卡介苗在鸡球虫病防治方面的研究奠定了基础.     

鸡堆型艾美耳球虫新基因的克隆与生物信息学分析

试验旨在对堆型艾美耳球虫（Eimeria acervulina）孢子化卵囊新基因EST序列进行克隆与生物信息学分析。通过RACE技术扩增从E. acervulina cDNA表达文库中筛选获得的EST序列,得到EST全长cDNA序列,利用多种生物信息学分析软件对其编码蛋白进行分析和预测。结果表明,该EST序列为E.acervulina孢子化卵囊阶段新基因,GenBank登录号为EU590120;该基因含1个492 bp的开放阅读框,编码163个氨基酸,理论分子质量为17.049 ku,等电点为6.69,酸性氨基酸8个,碱性氨基酸8个,分子式为C₇₆₁H₁₂₂₃N₁₉₉O₂₁₉S₁₂;总平均亲水性（GRAVY）为0.731;该蛋白有信号肽,为分泌性蛋白;具有4个跨膜结构,在105～115、28～32和132～138位之间有很强的疏水性;具有1个蛋白激酶C磷酸化位点、1个N-糖基化位点、2个酪蛋白激酶Ⅱ磷酸化位点、4个N端豆蔻酰基化位点。因此根据生物信息学全面预测和分析,发现该基因所编码的蛋白具有较多的生物学功能位点和潜在的抗原表位区域。     

柔嫩艾美耳球虫BJ株Et1A基因的克隆及序列分析

本文参照已发表的柔嫩艾美耳球虫(E.tenella)折光体蛋白基因序列,根据其阅读框及载体序列特点,两端分别加上EcoRⅠ和HindⅢ酶切位点设计引物,以E.tenellaBJ株的总RNA为模板,进行RT-PCR扩增,成功扩增出Et1A基因。将PCR产物与pGEM-T载体连接后,转化JM109感受态细胞,蓝白斑法筛选阳性克隆并测序。测序表明,该基因全长1978bp,其阅读框大小为1944bp;与GenBank登记的Et1A基因相比较,有6个部位、共7个碱基发生了突变,其中5个有意义突变,2个无意义突变,同源性达99 5%。与堆型艾美耳球虫(E.acervulina)的Ea1A基因的同源性为79 3%,而与牛艾美耳球虫(E.bovis)的同源性只有19 5%。表达产物具有核苷酸转氢酶的功能,推测可为子孢子侵入宿主细胞提供能量。     

柔嫩艾美耳球虫SAG2基因的克隆及其在卡介苗中表达

为获得柔嫩艾美耳球虫SAG2的克隆株并在卡介苗中表达该蛋白,根据柔嫩艾美耳球虫SAG2基因序列和表达载体图谱设计特异性引物,引入HindⅢ和EcoRⅠ酶切位点,RT-PCR扩增SAG2基因,连接到pMD18-T载体。双酶切后,将SAG2基因插入到大肠埃希菌-分支杆菌整合表达载体pMV361中,获得重组质粒pMV361-SAG2,经电穿孔转染到卡介苗中,表达产物经SDS-PAGE和Western blot分析。结果成功构建了重组质粒pMD18-T-SAG2和pMV361-SAG2,SAG2在卡介苗中高效表达,表达产物能够被柔嫩艾美耳球虫阳性血清识别,表明具有良好的免疫原性,为下一步重组卡介苗对鸡球虫病的免疫保护研究奠定了基础。     

柔嫩艾美耳球虫Sir2基因的注释、克隆与原核表达

沉默信息调节因子2(Sir2)在染色质沉默、基因调控、代谢调节和调节细胞寿命等一系列细胞生物活动过程中起重要作用,近年来被作为抗病原微生物药物靶标成为了研究的热点.本研究应用生物信息学和比较基因组学技术注释获得了柔嫩艾美耳球虫(E.tenella)Sir2的基因序列,以注释的基因序列设计引物,以E.tenella第2代裂殖子cDNA文库为模板,利用PCR扩增获得了EtSir2ORF基因序列;并构建pET43a-EtSir2重组表达载体,进行原核表达.结果显示,EtSir2ORF全长为909 bp,编码一段全长为302个氨基酸的多肽片段,该融合蛋白分子质量约为99 ku,与预期分子质量一致.     

水牛FADS2基因的电子克隆及序列分析

试验旨在利用电子克隆法对水牛Δ6脂肪酸脱氢酶（Δ6-fatty acid desaturases,FADS2）基因进行克隆和生物信息学分析,为探究FADS2基因对水牛泌乳性能的作用机制奠定基础。以奶牛FADS2基因序列（GenBank登录号：NM_001083444.1）为探针设计引物,利用电子克隆法克隆水牛FADS2基因,并通过RT-PCR验证,对FADS2基因的序列特征进行生物信息学分析。测序结果表明,水牛FADS2基因序列全长为36 600 bp,由12个外显子和11个内含子组成,包含一个长1 335 bp的开放阅读框,可编码444个氨基酸。序列同源性分析显示,水牛FADS2基因编码序列与牦牛、黄牛、人、猪、家兔、虎鲸和褐家鼠序列的同源性分别为98.88%、98.88%、89.66%、90.79%、90.85%、92.35%和87.11%。蛋白质预测分析表明,水牛FADS2蛋白分子质量为52.51 ku,理论等电点（pI）为8.75,呈弱碱性,属于亲水性蛋白,无信号肽。系统进化树分析结果表明,FADS2基因在不同物种及进化的过程中具有高度保守性,其中水牛与牦牛、黄牛亲缘关系较近,与褐家鼠亲缘关系较远。水牛FADS2基因的成功克隆为今后阐明水牛泌乳性能的作用机制奠定了基础。     

Cloning and Bioinformatics Analysis of FADS2 Gene in Buffalo

This study was aimed to clone the buffalo Δ6-fatty acid desaturases (FADS2) gene using in-Silico cloning and analyze its genetic struction with bioinformatics, which provide a foundation for investigating the milk performance in buffaloes. Primers were designed according the sequence of FADS2 gene in dairy cow (GenBank accession No.:NM_001083444.1). The FADS2 gene was amplified by RT-PCR, and its sequence was analyzed by bioinformatics. Sequence analysis revealed that the buffalo FADS2 gene had 36 600 bp in length and consisted of 12 exons and 11 introns, containing an open reading frame (ORF) of 1 335 bp which encoding 444 amino acids. Sequence homology analysis indicated that the buffalo FADS2 protein gene showed 98.88%, 98.88%, 89.66%, 90.79%, 90.85%, 92.35% and 87.11% identity with that of Bos mutus, Bos taurus, Homo sapiens, Sus scrofa, Oryctolagus cuniculus, Orcinus orca and Rattus norvegicus, respectively. Protein prediction analysis showed that the molecular weight and isoelectric point (pI) of buffalo FADS2 were 52.51 ku and 8.75, respectively, and the FADS2 protein was weak alkali and the hydrophobicity protein without signal peptide. Phylogenetic tree analysis showed that FADS2 gene was highly conserved in different species and evolutionary processes,buffalo was close to Bos mutus and Bos taurus, and was far from Rattus norvegicus. This study suggested that FADS2 gene was successfully cloned in buffalo, which laid a foundation for clarifying the mechanism of milk performance in buffalo.     

副猪嗜血杆菌OmpP2基因的克隆及生物学信息分析

为了研究副猪嗜血杆菌外膜蛋白OmpP2基因的结构特征及编码蛋白的功能,根据GenBank中HPS OmpP2基因的DNA序列设计引物,以HPS血清13型江西分离株的基因组为DNA模板,利用PCR扩增OmpP2基因,并将其克隆到pMD18-T载体,进行测序及生物信息学分析。结果表明,此序列编码364个氨基酸,与GenBank上登录的OmpP2序列核苷酸同源性为98.7%~100%,其中与湖北F641株的同源性最高,达到100%;蛋白质的分子理论值为39.14ku,理论等电点为9.14;第1位~第20位氨基酸残基组成信号肽,属于分泌型蛋白;所编码的蛋白属于亲水性蛋白,二级结构以无规则卷曲为主。研究获得了HPS OmpP2基因,为今后研究此基因的生物学功能奠定了基础。     

金川牦牛BCL2A1基因克隆及生物信息学分析

为探讨金川牦牛抗凋亡因子--B淋巴细胞瘤2相关蛋白A1（B cell lymphoma 2 related A1,BCL2A1）基因特点,本试验采用PCR方法以金川牦牛血液DNA为模板扩增BCL2A1基因,用DNAStar、ExPASy、ABCpred等生物信息学软件分析基因序列和蛋白质结构。结果显示,克隆获得的片段长622 bp,GenBank登录号：MG459158,开放阅读框为516 bp,共编码171个氨基酸,其中缬氨酸（V）、赖氨酸（K）的含量较多,分别为9.4%和8.8%。BCL2A1分子质量为19.46 ku,理论等电点为4.99,不稳定系数为17.44,具有跨膜螺旋结构域（Scores>500）。二级结构主要为α-螺旋,占60.82%,有一个BCL2结构域,三级结构模型与人BCL2A1同源性最高（72.79%）,BCL2A1存在潜在的B细胞抗原表位。与野牦牛氨基酸序列进行比对显示,金川耗牛BCL2A1存在5个氨基酸差异位点。NJ法系统进化分析显示,金川牦牛与野牦牛同源性为98.5%,亲缘关系最近。本试验成功克隆了金川牦牛BCL2A1基因,其在哺乳动物中具有较高的保守性,为深入研究牦牛BCL2A1基因功能提供理论依据。