复方植物精油对黄羽肉鸡生产性能和肠道菌群的影响

【目的】探究肉豆蔻和罗勒复方精油对黄羽肉鸡生产性能和肠道菌群的影响，为该复方精油作为 饲料添加剂在肉鸡生产中应用提供参考。【方法】试验选用 1 日龄雌性江村黄鸡 3 942 只，随机分为 3 个处理组（复 方精油低剂量组、复方精油高剂量组和空白对照组）。试验期为 60 d，在肉鸡 60 日龄时称重，统计存活个体数、 死淘数以及饲料消耗等生产数据，计算肉鸡的合格品出栏率、增重和料肉比；各组随机抽取 5 只鸡，断颈处死， 分别取空肠和盲肠内容物，提取细菌核酸，进行 16S rDNA V3 ~V4 可变区高通量测序，分析肉鸡空肠和盲肠的肠 道菌群。【结果】肉豆蔻和罗勒复方精油高剂量组和低剂量组的料肉比均为 2.40，极显著低于空白对照组的 2.71 （P<0.01），饲料转化率均提高 11.4%。空肠菌群分析结果表明，门水平上的优势菌为厚壁菌门，其次是放线菌 门；属水平上的优势菌为乳酸菌属；复方精油高剂量组与低剂量组空肠的疣微菌门相对丰度均显著低于空白对 照组（P<0.05），复方精油低剂量组空肠假单胞菌属、双歧杆菌属、韦荣氏球菌属的相对丰度均显著高于空白 对照组（P<0.05）。盲肠菌群分析结果表明，门水平上的优势菌为厚壁菌门和拟杆菌门；复方精油高、低剂量 组的 Clostridia_vadinBB60_group 属和另枝菌属相对丰度均显著低于空白对照组（P<0.05），复方精油高剂量组 Clostridia_UCG-014 属的相对丰度显著低于空白对照组（P<0.05）。复方精油高剂量组拟杆菌属相对丰度显著高 于空白对照组和复方精油低剂量组（P<0.05），复方精油低剂量组瘤胃球菌属（Ruminococcus_torques_group） 相对丰度显著高于空白对照组（P<0.05）。【结论】饲喂肉豆蔻和罗勒复方精油能够促进黄羽肉鸡空肠和盲肠 的有益菌生长，抑制有害菌增殖，维持菌群平衡，利于肠道健康，明显提高黄羽肉鸡的生产性能。     

不同日龄湖羊羔羊瘤胃上皮细菌的差异

【目的】比较不同日龄湖羊Ovis aries羔羊瘤胃上皮细菌多样性及菌群组成差异,为幼龄反刍动物早期断奶提供理论依据。【方法】选用10只出生体质量相近的初生湖羊羔羊,分别于日龄30 d (D30)和45 d (D45)各屠宰5只以获得瘤胃上皮组织,对其进行测序及微生物多样性分析。【结果】D45组羔羊瘤胃上皮细菌的操作分类单元(OTU)个数显著多于D30组羔羊(P<0.05),Chao1指数D45组有增加的趋势(P=0.07)。与D45组相比,D30组羔羊瘤胃细菌弯曲杆菌属Campylobacter和肠单胞菌Intestinimonas的相对丰度显著降低(P<0.05),拟杆菌属Bacteroides和小杆菌属Dialister的相对丰度有降低的趋势(P=0.083);而萨顿氏菌属Suttonella、脱硫弧菌属Desulfobulbus和单胞菌属Brachymonas的相对丰度显著增加(P<0.05),琥珀酸菌属Succiniclasticum有增加的趋势(P=0.083)。相关性分析发现：萨顿氏菌属与瘤胃挥发性脂肪酸含量呈正相关(P<0.05),拟杆菌属、琥珀...     

黄芪多糖对犬盲肠菌群的影响

【目的】通过高通量测序的方法探究在犬日粮中添加黄芪多糖对犬盲肠菌群数量、多样性及群落组成结构的影响.【方法】选取18只一岁龄比格犬,体质量10 kg左右,随机分为3组,分别为对照组,低剂量组(基础日粮、以生药计1%的黄芪多糖)和高剂量组(基础日粮、以生药计2%的黄芪多糖).第14天,犬处死后取盲肠内容物进行肠道菌群数量、多样性和群落组成分析.【结果】通过样本内多样性分析和主成分分析可发现,添加黄芪多糖可影响犬盲肠菌群的多样性,增加菌群数量.且黄芪多糖组微生物群落组成发生改变,主要表现为放线菌门(Actinobacteria)和厚壁菌门(Firmicutes)数量增加,梭杆菌门(Fusobacteria)与变形菌门(Proteobacteria)数量减少.放线菌纲(Actinobacteria)与芽孢杆菌纲(Bacilli)数量增加,梭杆菌纲(Fusobacteriia)与β-变形菌纲(Betaproteobacteria)数量减少.双歧杆菌科(Bifidobacteriaceae)、普雷沃氏菌科(Prevotellaceae)与乳杆菌科(Lactobacillaceae)数量增加,梭杆菌科(Fusobacteriaceae)数量减少.普氏菌属(Prevotella)与乳酸杆菌属(Lactobacillus)数量增加,梭杆菌属(Fusobacterium)数量减少.【结论】在日粮中添加黄芪多糖可使犬盲肠菌群数量增加,多样性上升,增加有益菌群所占比例,降低条件致病菌比例.     

特异性敲除肠道miR-146a对小鼠肠道菌群的影响

【目的】miR-146a作为抑炎因子,仍然不清楚其是否参与宿主与微生物间的互作,进而影响肠道稳态,因此本文旨在研究miR-146a对小鼠肠道菌群的影响。【方法】以肠道miR-146a特异性敲除小鼠(CKO鼠)及对照小鼠(Flox鼠)为研究对象,利用16S rRNA高通量测序法检测2组空肠段的微生物菌群分布。【结果】测序共获得1 134个用于物种分类的OTUs,包括37门、80纲、161目、198科、261属、117种的细菌;Flox组和CKO组小鼠的空肠微生物中共有46个相同的OTUs;各组肠道微生物中厚壁菌门Firmicutes、拟杆菌门Bacteroidota、疣微菌门Verrucomicrobiota、变形菌门Proteobacteria和脱硫杆菌门Desulfobacterota是优势菌门;2组肠道微生物群落组成整体相似,但CKO组梭状芽孢杆菌纲Clostridia的平均相对丰度高于Flox组(P=0.067),毛螺菌目Lachnospirales平均相对丰度显著高于Flox组(P<0.05),其他层级组成无显著差异。【结论】miR-146a敲除可改变宿主肠道梭状芽孢杆菌...     

白斑综合征病毒感染对克氏原螯虾肠道菌群的影响

为揭示白斑综合征病毒(white spot syndrome virus,WSSV)感染克氏原螯虾(Procambarus clarkii)后对其肠道菌群的影响,运用16SrDNA基因的高通量测序技术分析健康与人工感染WSSV的克氏原螯虾的肠道菌群的组成及多样性。结果显示,感染组与对照组在肠道丰度及多样性无显著差异,但其优势菌群组成发生变化。对照组优势菌门为变形菌门(Proteobacteria)和软壁菌门(Tenericute),分别占75.42%和19.17%;感染组肠道优势菌门为变形菌门和拟杆菌门(Bacteroidetes),分别占78.14%和17.38%。利用LEfSe分析差异菌属发现,感染组与对照组相比,Candidatus bacilloplasma丰度显著减少(P0.05),拟杆菌科(Bacteroidaceae)和黄杆菌科(Flavobacteria)的丰度显著上升(P0.05)。此外,部分潜在病原菌如黄杆菌属(Flavobacterium)、气单胞菌属(Aeromonas)的丰度在感染后显著升高(P0.05)。以上结果说明WSSV感染导致克氏原螯虾肠道菌群发生变化,提示WSSV或可通过干扰肠道稳态致病。     

ITS rDNA高通量测序研究不同饲养方式对滩羊瘤胃真菌菌群的影响

【目的】利用ITS rDNA高通量测序,研究不同饲养方式对滩羊瘤胃真菌菌群的影响.【方法】试验采用随机区组设计,将体况相近的24只4月龄滩羊随机分为两组,每组12只,分别采用放牧和舍饲的饲养方式.于9月龄屠宰取样,运用ITS rDNA技术研究瘤胃真菌菌群的变化.【结果】放牧组滩羊瘤胃真菌物种多样性高于舍饲组,舍饲组滩羊瘤胃真菌物种丰度的均匀度高于放牧组.在门水平上,壹菌门为舍饲组特异性菌门.与放牧组相比,舍饲组新丽鞭毛菌门的丰度显著降低(P0.05),未注释菌门和担子菌门的丰度有提高的趋势(P0.075),子囊菌门的丰度提高75.10%,但差异不显著.在属水平上,与放牧组相比,舍饲组未注释属丰度极显著提高(P0.01),梨霉属的丰度显著降低(P0.05),节担菌属和新丽鞭毛菌属的丰度显著提高(P0.05),广义酿酒酵母菌属丰度提高47.20%,但差异不显著.【结论】舍饲降低了滩羊瘤胃真菌的多样性,提高了真菌物种丰度的均匀度;优势菌比例发生变化,对纤维素、半纤维素降解菌和葡萄糖降解菌的影响明显.     

白粉病对大叶黄杨叶片内生细菌群落的影响

【目的】研究白粉病对大叶黄杨（Euonymus japonicus）叶片内生细菌群落结构特征、互作关系及群落关键种的影响,为大叶黄杨白粉病的生物防治提供参考。【方法】以北京市大叶黄杨绿化带的健康叶片（HL）及感染白粉病叶片（DL）为材料,测定其硝酸盐、可溶性糖、可溶性蛋白及叶绿素含量。采用Illumina MiSeq测序技术测定叶片内生细菌群落特征,用ADONIS、MRPP和PERMANOVA方法分析细菌群落不相似性,采用典范对应分析（CCA）和Mantel分析研究细菌群落结构与叶片理化指标的相关性,通过细菌群落的分子生态网络分析（MENA）确定群落互作关系及关键种。【结果】大叶黄杨DL的叶绿素含量显著低于HL,而可溶性蛋白质含量显著高于HL。大叶黄杨HL和DL叶内生细菌群落的多样性及群落结构无显著差异。HL优势菌门为变形菌门、放线菌门、厚壁菌门、蓝细菌门、拟杆菌门,DL优势菌门为变形菌门、放线菌门、厚壁菌门、蓝细菌门。HL优势属相对丰度从高到低依次为罗尔斯通氏菌属、无色杆菌属、贪铜菌属、类芽孢杆菌属、盐孢菌属、芽孢杆菌属、伯克霍尔德菌属、土单胞菌属、节杆菌属;DL优势属为罗尔斯通氏菌属、盐孢菌属、伯克霍尔德菌属、芽孢杆菌属、罗河杆菌属。大叶黄杨叶片的叶绿素含量显著影响细菌群落结构,主要影响HL的变形菌门和放线菌门相对丰度。MENA结果显示,DL内生细菌群落的互作关系比HL更复杂,竞争关系更强。HL内生细菌群落中未发现关键种,而DL中发现了5个细菌群落关键种,分别为放线菌门的诺卡氏菌科红球菌属、类诺卡氏菌科和鱼孢菌科及变形菌门的生丝微菌科丝微菌属和华杆菌科。【结论】白粉病感染对大叶黄杨叶片内生细菌群落结构及多样性无显著影响,但改变了细菌群落的互作关系,说明大叶黄杨叶片内生细菌对白粉病的感染具有响应效应。     

卷心菜浆液对肉鸡肠道发育和盲肠菌群的影响

【目的】研究卷心菜浆液对肉鸡肠道菌群的影响,为卷心菜浆液作为天然绿色饲料添加剂的安全性评估提供参考。【方法】选取健康、体质量相近的1日龄肉仔鸡150只,随机分为3组,每组5个重复,每个重复10只鸡。对照组鸡饲喂基础日粮,试验Ⅰ、Ⅱ组鸡分别饲喂添加15和20 g/kg卷心菜浆液的基础日粮,试验期42 d。于试验42 d屠宰,采集各组鸡肠道和盲肠内容物,分析卷心菜浆液对肉仔鸡生产性能、肠道发育和肠道菌群的影响。【结果】①与对照组相比,试验Ⅱ组肉仔鸡的平均日采食量、结束体质量和平均日增重均显著增加(P0.05)。②与对照组相比,试验Ⅰ、Ⅱ组肉仔鸡的十二指肠绒毛长度和回肠平滑肌厚度显著提高(P0.05)。③与对照组相比,试验Ⅰ组肉仔鸡肠道菌群α多样性指数升高,试验Ⅱ组肉仔鸡α多样性指数降低,但差异均不显著(P0.05)。④门水平上,与对照组相比,试验Ⅱ组变形菌门菌群的相对丰度显著升高(P0.05),试验Ⅰ、Ⅱ组放线菌门和软壁菌门的相对丰度显著降低(P0.05)。属水平上,与对照组相比,试验Ⅰ组粪球菌属的相对丰度显著升高(P0.05),柔嫩梭菌属、Ruminococcaceae_UCG-014和双歧杆菌属的相对丰度显著降低(P0.05);试验Ⅱ组的拟杆菌属、Ruminococcaceae_UCG-005和Anaerofilum的相对丰度显著升高(P0.05),柔嫩梭菌属、Ruminococcaceae_UCG-014和Ruminiclostridium_9的相对丰度显著降低(P0.05)。⑤多样品比较分析表明,对照组、试验Ⅰ组和试验Ⅱ组的菌群结构存在差异。【结论】饲粮中添加20 g/kg卷心菜浆液能够显著提高肉仔鸡生产性能,促进其肠道的发育,改变盲肠的菌群结构。     

藏猪与DLY猪结肠消化酶活性、菌群结构及短链脂肪酸含量差异研究

【目的】探究藏猪和DLY猪结肠的消化酶活性、菌群结构和短链脂肪酸含量的差异,为2种猪的生产和理论研究提供参考。【方法】分别选取5头同一天分娩的藏仔猪和杜洛克×长白×约克三元杂交猪（DLY猪）,饲养至210日龄,称量藏猪和DLY猪的体质量,并计算2种猪的平均日增质量。将藏猪和DLY猪屠宰后采集结肠粪便样品,分别利用Elisa试剂盒、高通量测序技术和气相色谱法测定藏猪和DLY猪结肠消化酶（纤维素酶和半纤维素酶）活性、菌群结构和短链脂肪酸（乙酸、丙酸、异丁酸、丁酸、异戊酸和戊酸）含量,分析2种猪结肠中以上差异指标之间的相关性。【结果】DLY猪的平均日增质量显著高于藏猪（P＜0.05）。藏猪与DLY猪结肠中纤维素酶和半纤维酶的活性均无显著差异（P＞0.05）;藏猪结肠的6种Alpha多样性指数均显著高于DLY猪（P＜0.05）。在门分类水平上,相较于DLY猪,藏猪结肠中拟杆菌门、疣微菌门和蓝细菌门的相对丰度显著升高,而厚壁菌门、梭杆菌门和浮霉菌门的相对丰度显著降低（P＜0.05）;在科分类水平上,藏猪的普雷沃氏菌科、月形单胞菌科、红螺菌科、弯曲菌科、阿克曼氏菌科和紫单胞菌科相对丰度显著高于DLY猪,而瘤胃球菌科、梭菌科、消化链球菌科、肠杆菌科和浮霉状菌科相对丰度显著低于DLY猪（P＜0.05）。在属和种分类水平上,共有8个菌属和4个菌种在藏猪和DLY猪中存在显著差异,其中藏猪的月形单胞菌属、阿克曼氏菌属、弯曲杆菌属、马赛菌属、布劳特氏菌属以及纤维杆菌、普拉梭菌和罗伊氏乳杆菌相对丰度显著高于DLY猪,而梭菌属、艰难梭菌属、埃希氏菌属和大肠埃希氏菌相对丰度显著低于DLY猪（P＜0.05）。藏猪结肠中乙酸、丙酸和丁酸含量显著低于DLY猪（P＜0.05）。在藏猪和DLY猪结肠中,拟杆菌门与厚壁菌门相对丰度和丁酸含量存在极显著负相关性,而厚壁菌门相对丰度与丁酸含量存在极显著正相关性（P＜0.01）;厚壁菌门和梭菌属相对丰度与乙酸含量具有显著正相关性,而月形单胞菌属相对丰度与丙酸含量具有显著负相关性（P＜0.05）。【结论】在本试验条件下,藏猪和DLY猪结肠菌群结构及短链脂肪酸含量均存在差异,表明藏猪和DLY猪结肠微生物对营养物质消化影响可能不同。     

香蕉枯萎病和健康植株根际土壤细菌群落结构差异对比分析

【目的】研究云南香蕉枯萎病和健康植株根际土壤细菌群落结构组成差异,探索香蕉枯萎病发生的微生态机制,优化根际土壤微生物群落结构为其后续生态防控提供新策略。【方法】在云南香蕉枯萎病发生的蕉园,分别采集发病和健康植株的根际土壤,利用高通量测序技术研究细菌群落多样性、结构和组成的差异。【结果】香蕉植株根际土壤细菌多样性存在显著性差异,香蕉枯萎病植株的土壤细菌群落多样性高于健康植株。变形菌门(Proteobacteria)、厚壁菌门(Firmicutes)、放线菌门(Actinobacteria)和酸杆菌门(Acidobacteria)等4个菌门是香蕉植株根际土壤中的优势门菌群。2种类型香蕉植株根际土壤中有厚壁菌门(Firmicutes)、棒状杆菌门(Rokubacteria)和硝化螺旋菌门(Nitrospirae)等5个门菌群差异显著。其中,厚壁菌门(Firmicutes)丰度健康植株较发病植株高,棒状杆菌门(Rokubacteria)和硝化螺旋菌门(Nitrospirae)丰度发病植株较健康植株高。属水平上,健康植株的优势属依次为芽胞杆菌属(Bacillus)、朱氏杆菌属(Chujaibacter)、芽单胞菌属(Gemmatimonadaceae)和鞘脂单胞菌属(Sphingomonas);发病植株的优势属依次为:芽胞杆菌属(Bacillus)、芽单胞菌属(Gemmatimonadaceae)、鞘脂单胞菌属(Sphingomonas)和朱氏杆菌(Chujaibacter);芽胞杆菌属(Bacillus)、朱氏杆菌属(Chujaibacter)和土壤链霉菌属(Streptomyces)等5个菌属在2种类型香蕉植株根际土壤中差异显著,其中,芽胞杆菌属、朱氏杆菌属和土壤链霉菌属的丰度健康植株明显高于枯萎病植株。【结论】香蕉枯萎病和健康植株根际土壤细菌群落结构在一定程度上具有同源性,但部分菌群在2种类型植株根际土壤中的组成丰度有显著差异;差异菌群的功能多样性及与香蕉枯萎病病原菌的互作关系尚待明确。     

盐酸多西环素和恩诺沙星对织锦巴非蛤肠道微生物的影响

【目的】明确抗菌药物盐酸多西环素和恩诺沙星对织锦巴非蛤肠道菌群的影响,为织锦巴非蛤健康养殖提供参考依据。【方法】分别以10.0 mg/L盐酸多西环素和10.0 mg/L恩诺沙星浸泡织锦巴非蛤1 d后,采用PacBio高通量全长16S rRNA基因测序技术对其肠道微生物的多样性和组成进行比较分析。【结果】抗菌药物处理组织锦巴非蛤肠道菌群的Alpha多样性指数与对照组（CK）无显著差异（P>0.05）;在门分类水平,织锦巴非蛤肠道微生物的优势菌群为变形菌门（Proteobacteria）和拟杆菌门（Bacteroidetes）,同时弯曲杆菌门（Campylobacter）在2种抗菌药物处理组均显著降低（P<0.05,下同）;在属分类水平,CK的主要优势菌属为Malaciobacter、粉色海生菌属（Roseimarinus）、Poseidonibacter和克雷伯菌属（Klebsiella）,盐酸多西环素处理组的主要优势菌属为交替单胞菌属（Alteromonas）、Rubritalea和科尔韦尔氏菌属（Colwellia）,恩诺沙星处理组的主要优势菌属为极地杆菌属（Polari...     

复合益生菌对超早期断奶杜藏乳仔猪肠道微生物群落结构的影响

【目的】探究复合益生菌对超早期断奶（7 d）杜藏乳仔猪肠道微生物多样性及物种丰度的影响,以减轻乳仔猪断奶应激,为微生物饲料添加剂的研发提供科学依据。【方法】选取7日龄杜藏乳仔猪30头,随机分为3组,每组10头。对照组（ZM组）随母猪哺乳,试验I组（ZD组）哺喂代乳粉,试验II组（ZY组）哺喂代乳粉+复合益生菌,试验周期21 d。试验结束当天（28日龄）收集乳仔猪粪便,采用Illumina高通量测序分析粪便样品的菌群结构组成。【结果】Illumina高通量测序获得ZM组、ZY组和ZD组杜藏乳仔猪粪便样品共有OTU为327个,ZM组的特有OTU为247个,ZD组的特有OTU为84个,ZY组的特有OTU为96个。在门分类水平上,ZM组杜藏乳仔猪粪便样品中相对丰度最高的菌门为厚壁菌门,ZY组和ZD组为拟杆菌门;ZY组和ZD组的厚壁菌门/拟杆菌门比值分别为0.77和0.92,较ZM组（1.76）分别下降56.25%和47.73%。在属分类水平上,ZD组和ZY组杜藏乳仔猪粪便样品中的优势菌属为普氏菌属_9,ZM组则为乳杆菌属;ZD组杜藏乳仔猪粪便中布劳特氏菌属、肠球菌属和吉氏副拟杆菌属的相对丰度较其他2个处理组显著上升（P<0.05,下同）;而ZY组杜藏乳仔猪粪便中普雷沃氏菌科_NK3B31群、普雷沃氏菌科_UCG-003、厌氧弧菌属、罕见小球菌属、瘤胃菌科_NK4A214群、瘤胃菌科_UCG-005、未明确普雷沃氏菌科及Family_XIII_AD3011_group的相对丰度显著高于ZD组。【结论】在杜藏超早期断奶仔猪代乳粉中添加复合益生菌能有效提高其肠道菌群结构多样性,同时提高与碳水化合物代谢和产短链脂肪酸相关菌群的相对丰度,即复合益生菌具有潜在促进营养物质代谢和抗炎症的功能,可缩短消化道微生物区系由哺乳型向饲料型的转变历程。     

枯草芽孢杆菌对湖羊瘤胃菌群和血清代谢物的影响

【目的】利用16S rDNA高通量测序技术和LC-MS/MS非靶向代谢组学技术,研究短期和长期饲喂添加枯草芽孢杆菌日粮对育肥湖羊瘤胃内容物菌群和血清代谢物的影响。【方法】选择日龄((60±10) d)相近、体质量((19.51±2.07) kg/头)接近的湖羊断奶公羔36只,随机分为3组,分别为对照组(CON)、枯草芽孢杆菌Ⅰ组(BSN)和枯草芽孢杆菌Ⅱ组(BSH),每组12只羊。CON组饲喂基础饲粮,BSN组饲喂基础饲粮+100 mg/kg枯草芽孢杆菌,BSH组饲喂基础饲粮+200 mg/kg枯草芽孢杆菌。预试期10 d,正试期60 d,分别在正试期的第30天（短期）和第60天（长期）每组随机选择6只羊取瘤胃内容物和血清进行分析。【结果】① 短期和长期饲喂添加枯草芽孢杆菌饲粮对湖羊瘤胃微生物丰富度指数Chao 1指数和多样性指数Shannon指数、Simpson指数均无显著影响(P＞0.05)。湖羊瘤胃菌群在门水平上,短期饲喂BSN组的螺旋体菌门、迷踪菌门相对丰度较CON组显著降低(P＜0.05),长期饲喂BSH组的变形菌门相对丰度显著升高(P＜0.05);在属水平上,短期饲喂BSN组普雷沃氏菌属UCG-003相对丰度显著降低(P＜0.05),而瘤胃球菌属1相对丰度显著升高(P＜0.05)。长期饲喂BSN和BSH组湖羊普雷沃氏菌属UCG-003相对丰度显著降低(P＜0.05)。② 短期饲喂BSN和BSH组湖羊血清代谢物中L-苹果酸、D-2,3-二羟基丙酸、5-氨基水杨酸、2-氮杂环丁烷羧酸、棕榈酰溶血磷脂酸、1-磷酸果糖、核黄素均较CON组显著降低(P＜0.05);BSN组5 磷酸脱氧核糖、丙烯酸、甘氨酰异亮氨酸、2-酮丁酸、1,2,4-偏苯三酚、β-D-半乳糖、丁酸乙酯均较CON组显著降低(P＜0.05),而3′-磷酸腺苷较CON组显著升高(P＜0.05),差异代谢物相关通路为辅因子的生物合成、核黄素代谢、磷酸转移酶系统等。长期饲喂BSH组10E,12Z 共轭亚油酸、N4-乙酰胞嘧啶、吡咯烷酮羧酸、9,10-环氧十八烷酸、肌酸酐均较CON和BSN组显著升高(P＜0.05),差异代谢物相关性最高的关键通路为程序性坏死、鞘脂信号通路和鞘脂代谢。③ 属水平上差异微生物和差异代谢物相关性分析发现,普雷沃氏菌属UCG-003与大豆苷显著负相关(P＜0.05),螺旋菌属2与3′-磷酸腺苷显著负相关(P＜0.05),而瘤胃球菌属UCG-011与对苯二甲酸、喹啉酸、5,7-二羟基-2-(4-羟基-3,5-二甲氧基苯基)-4H-色胺-4-酮显著正相关(P<0.05)。【结论】枯草芽孢杆菌短期饲喂可调节湖羊瘤胃微生态平衡,使纤维降解有关的细菌相对丰度增加,但长期饲喂不仅调节能力降低,且长期大剂量（200 mg/kg饲粮）饲喂还会引起瘤胃微生物菌群失调;同时,枯草芽孢杆菌可影响湖羊代谢过程,短期饲喂可能调控辅因子的生物合成、核黄素代谢、磷酸转移酶系统等代谢过程,长期饲喂可能调控程序性坏死、鞘脂信号通路和鞘脂代谢。     

脾虚泄泻大鼠肠道菌群的组成和多样性

为考察脾虚泄泻大鼠肠道菌群的结构特征和多样性,将24只健康大鼠随机分为对照组和模型组,模型组采用饮食失节加苦寒泻下法进行人工复制脾虚泄泻模型,对照组正常饲喂;试验结束时,采集大鼠肠道内容物,提取微生物总DNA,采用通用引物对细菌16S rDNA基因的高可变V3–V4区进行PCR扩增,运用Hiseq2500平台进行高通量测序,并对测序序列进行生物信息学分析。结果表明：α多样性指数表明脾虚泄泻大鼠与正常大鼠之间肠道微生物的多样性存在差异,但差异均无统计学意义;在门水平上,2组的优势菌门均为厚壁菌门、拟杆菌门、放线菌门和变形菌门,模型组较对照组厚壁菌门、放线菌门、变形菌门及螺旋体门的平均相对丰度均增加,而拟杆菌门的平均相对丰度显著降低(P＜0.05);在属水平上,2组的核心菌群均为产粪甾醇真细菌属,模型组较对照组产粪甾醇真细菌属、Jeotgalicoccus的平均相对丰度升高,其中Jeotgalicoccus的显著升高(P<0.05),而罗姆布茨菌属、拟杆菌属、Odoribacter的平均相对丰度降低,其中Odoribacter的显著降低(P<0.05);PICRUSt基因功能预测表明,大鼠肠道微生物以代谢功能为主,主要包括糖代谢、氨基酸代谢、能量代谢及辅酶和维生素代谢等,2组间各类代谢功能存在差异,但差异均无统计学意义。可见,脾虚泻泄能引起大鼠肠道内菌群的多样性变化,并显著降低肠道内拟杆菌门的平均相对丰度。     

高通量测序研究德昂酸茶对高脂饮食小鼠肠道微生物的影响

为探究德昂酸茶对高脂饮食小鼠的抗肥胖作用,按体重分别以德昂酸茶1.0 (低)、2.0 (中)、3.0 (高) g·kg~(-1)剂量对高脂饮食小鼠干预12周后,采集粪便,利用16S rDNA测序对肠道微生物菌群多样性进行分析。结果表明:德昂酸茶干预后,可显著提高高脂饮食小鼠肠道菌群的物种丰度和多样性;高脂饮食小鼠肠道优势菌群厚壁菌门丰度下降,拟杆菌门丰度提高;双歧杆菌属在各组中比例增加,空白对照组和酸茶低剂量组比例相近;另枝菌属在高脂对照组中含量较高(2.24%),但在酸茶组中,随着灌胃剂量的升高呈递减趋势。高脂对照组与其余各组肠道菌群的主成分区分明显,酸茶组菌群组成结构发生偏移。这一研究提示德昂酸茶可维持高脂饮食小鼠肠道微生态的平衡,降低厚壁菌门与拟杆菌门的比值,对减肥具有积极的意义。     

凝结芽孢杆菌对肉鸡免疫功能的影响

[目的]探讨凝结芽孢杆菌(Bacillus coagulans)对肉鸡免疫功能的影响.[方法]取健康3日龄肉鸡随机分空白对照组(基础日粮),抗生素组(基础日粮加杆菌肽),BC低剂量组(基础日粮加凝结芽孢杆菌活菌数为2×107 CFU/mL)、BC中剂量组(基础日粮加凝结芽孢杆菌活菌数为2×108 CFU/mL)、BC高剂量组(基础日粮加凝结芽孢杆菌活菌数为2×109 CFU/mL).试验期35 d,试验结束肉鸡称量体质量、采血、剖检,分析免疫器官指数、血液T淋巴细胞转化、血液生化指标、测定IL-10和IgG含量.[结果]试验期第14天之后抗生素组与BC低剂量组、BC中剂量组、BC高剂量组肉鸡平均日增体质量显著提高,且随着试验期延长BC中剂量组肉鸡日增体质量最明显;试验期BC低剂量组、BC中剂量组、BC高剂量组肉鸡法氏囊指数均高于抗生素组,试验期14～28 d时BC中剂量组肉鸡脾脏指数均显著高于空白对照组,试验期7～28 d时BC中剂量组胸腺指数显著高于空白对照组;试验期14～35 d时BC低剂量组、BC中剂量组、BC高剂量组肉鸡血液T淋巴细胞转化率显著提高,明显高于空白对照组和抗生素组,2×108 CFU/mL凝结芽孢杆菌促进T淋巴细胞转化显著;试验期第14天时BC低剂量组、BC中剂量组、BC高剂量组肉鸡血清IL-10和IgG含量较高;试验期间BC低剂量组、BC中剂量组、BC高剂量组肉鸡生理生化指标与对照组差异不显著.[结论]凝结芽孢杆菌能增强T淋巴细胞转化,促进细胞因子分泌及免疫抗体产生,提高免疫器官指数,其中以凝结芽孢杆菌为2×108 CFU/mL时提高机体免疫功能效果最显著且优于杆菌肽.     

高钙高蛋白日粮对肉仔鸡生长性能、血清生理生化指标和盲肠菌群的影响

【目的】旨在研究饲喂高钙、高蛋白日粮对肉仔鸡生长性能、血清生化指标、抗氧化指标及盲肠菌群的影响。【方法】选取160只体质量相近的健康1日龄肉仔鸡,随机分为4组,每组5个重复,每个重复8只,分别为对照组(CP含量21%,Ca含量1%)、高蛋白组(CP含量31%,Ca含量1%)、高钙组(CP含量21%,Ca含量5%)和高钙高蛋白组(CP含量31%,Ca含量5%)。【结果】结果表明:(1)仔鸡21日龄时,对照组鸡的平均体质量、日增质量、日采食量均极显著高于其他3组(P0.01),料重比极显著小于高钙高蛋白组(P0.01);高蛋白组鸡的平均体质量、日采食量显著高于高钙组和高钙高蛋白组(P0.05);高钙组鸡的平均体质量、日增质量显著高于高钙高蛋白组(P0.05)而料重比显著小于高钙高蛋白组(P0.05)。(2)高钙、高蛋白日粮可导致仔鸡血清中AST、ALT、UA、CREA-S、UREA、GSH-Px、SOD、MDA、T-AOC、XOD活性或含量异常。(3)IlluminaMiseq高通量测序结果表明,仔鸡盲肠中的厚壁菌门Firmicutes、变形菌门Proteobacteria、厌氧杆菌属Barnesiella、另枝菌属Alistipes、粪便杆菌属Faecalibacterium、理研菌属Rikenella、卟啉单胞菌属Porphyromonas、梭状芽孢杆菌属第十八类群Clostridium_XVIII、嗜碱菌Alkaliphilus、颤杆菌克属Oscillibacter、梭状芽孢杆菌Clostridium的物种丰富度发生显著变化(P0.01或P0.05);PICRUSt功能预测结果显示,葡萄糖和一些氨基酸和核苷酸的合成代谢出现紊乱。(4)对照组鸡肝肾组织正常,结构清晰;其他三组鸡肝肾组织发生不同程度的病变。【结论】高钙高蛋白日粮导致仔鸡生长性能、抗氧化能力降低,肝肾功能受损,引起仔鸡高尿酸血症及盲肠菌群结构异常。     

海水和淡水养殖凡纳滨对虾肠道和鳃的菌群结构分析

运用Miseq高通量测序技术,分析凡纳滨对虾虾苗及其在海水和淡水2种养殖条件下生长到体长9~10 cm时的肠道和鳃的菌群结构。结果显示:虾苗、肠道和鳃样品在门水平上菌群均以厚壁菌门和变形菌门为主,但丰度差异较大;在属水平上,虾苗菌群以乳球菌属(36.1%)、未成功分属的γ–变形菌纲的菌株(25.5%)、芽孢杆菌属(13.5%)、Solibacillus(7.9%)、假单胞菌属(5.0%)和节杆菌属(2.5%)为主,鳃的菌群以乳球菌属、芽孢杆菌属、Solibacillus、假单胞菌属和节杆菌属为主,肠道菌群在海水养殖中的以发光杆菌属(22.9%)、弧菌属(18.2%)、乳球菌属(13.3%)、纤维弧菌属(8.0%)、希瓦氏菌属(5.5%)和芽孢杆菌属(5.4%)为主,而在淡水养殖中的以希瓦氏菌属(57.4%)、乳球菌属(18.8%)和芽孢杆菌属(6.3%)为主,弧菌丰度小于0.1%。养殖条件对凡纳滨对虾鳃中菌群结构影响较小,但对肠道菌群结构影响较大。     

辣木根际土壤溶磷菌的筛选与鉴定

【目的】磷是限制辣木生产力的重要因素之一。在酸性土壤严重缺磷的华南地区,施用溶磷菌 能提高土壤中难溶态磷的有效性,促进植物生长发育,减少环境污染。【方法】以辣木根际土壤为研究对象, 分离溶磷细菌并通过透明圈法筛选和钼锑抗比色法测定,初步筛选有解磷能力的菌株。结合菌落形态特征和 16SrDNA高通量测序进一步鉴定优势溶磷菌。【结果】初步筛选到 19株具有解有机磷和 10株解无机磷能力的菌株, 对卵磷脂和磷酸钙的最大溶磷量分别为 26.95、13.48 mg/L, 溶磷量与 pH 呈负相关,但相关性不显著。进一步筛 选了优势有机和无机溶磷菌菌株各 2 株,分别鉴定为巨大芽孢杆菌和蜡样芽孢杆菌、枯草芽孢杆菌和假单胞菌。 此外,16S rDNA 高通量测序结果表明,分离的辣木根际土壤微生物溶磷菌主要为类芽孢杆菌属、贪铜菌属、杆 菌属、细杆菌属、根瘤菌属、根瘤菌等,其中芽孢杆菌属的丰度最高。【结论】分离筛选的优势溶磷菌可用于 溶磷菌肥的开发和应用,为改善辣木根系环境和提高生产力提供菌株资源。     

合作猪夏冬季的肠道菌群结构

【目的】探究合作猪夏季和冬季肠道微生物菌群多样性和组成特征.【方法】采用16S rRNA基因测序技术分析夏季和冬季半放牧饲养的6月龄健康合作猪的粪便菌群结构特征.【结果】合作猪冬季与夏季肠道菌群α多样性指数差异不显著(P0.05),但β多样性冬季显著高于夏季(P0.05);厚壁菌门(Firmicutes)、拟杆菌门(Bacteroidetes)和螺旋体门(Spirochaetes)为夏季合作猪和冬季合作猪粪便菌群优势菌门,unidentified_Clostridiales细菌属和Terrisporobacter为夏季合作猪和冬季合作猪粪便菌群的优势菌属.菌群组成差异分析显示,在科水平,夏季合作猪粪便菌群中链球菌科(Streptococcaceae)、普雷沃氏菌科(Prevotellaceae)、丹毒丝菌科(Erysipelotrichaceae)、乳杆菌科(Lactobacillaceae)和消化球菌科(Peptococcaceae)的相对丰度显著高于冬季合作猪(P0.05),而冬季合作猪粪便菌群中甲烷杆菌科(Methanobacteriaceae)的相对丰度显著高于夏季合作猪(P0.05);在种水平,拟普雷沃菌309(Alloprevotella_sp_feline_oral_taxon_309)、梭菌属细菌ID5(Clostridium_sp_ID5)、柏林密螺旋体菌(Treponema_berlinense)和溶纸梭菌(Clostridium papyrosolvens)在夏季合作猪粪便菌群中的相对丰度均显著高于冬季合作猪(P0.05);反刍甲烷杆菌(Methanobrevibacter_ruminantium)、瘤胃菌属细菌YS3(Rumen_bacterium_YS3)以及毛螺旋菌科细菌YE64 (Bacterium YE64)在冬季合作猪粪便菌群中的相对丰度均显著高于夏季合作猪(P0.05).【结论】合作猪肠道菌群多样性和组成与其适应不同季节气候和饲草种类的变化有关.