南瓜SCoT-PCR反应体系的优化与引物筛选

为了构建适合南瓜SCoT-PCR反应的最佳体系,笔者对需要控制的5个变量使用L_(25)(5~6)正交试验设计。结果表明,最佳优化体系为:2.5 mmol·L~(-1)Mg~(2+)、0.40 mmol·L~(-1)dNTPs、0.5 U Taq酶、1.00μmol·L~(-1)引物、30 ng模板DNA,共20μL。然后从51个SCoT引物中筛选出多态性明显的引物20个,并优化最适退火温度。最后,对所得优化体系进行可行性验证。该体系有利于SCoT标记在南瓜材料上的应用,构建的优化体系及筛选出的引物可为南瓜分子遗传育种奠定基础。     

杨桃SCoT标记PCR反应体系建立与验证

用单因素设计法对影响杨桃SCoT-PCR反应体系的主要因素Mg2+、dNTPs、引物、Taq DNA聚合酶及DNA模板浓度进行优化。结果表明,20μL反应体系中,含Mg2+2.5 mmol/L,dNTPs 0.3mmol/L,模板DNA 30mg/L,引物1.00μmol/L和Taq DNA聚合酶0.4U为最佳反应体系。用不同引物及杨桃DNA对该体系进行验证,扩增条带清晰,结果稳定可靠,证明该反应体系适用于杨桃SCoT-PCR扩增。     

大葱ISSR反应体系的建立及优化

以大葱嫩叶为试材,采用单因素试验和正交实验探讨了Mg~(2+)浓度、dNTPs浓度、引物浓度、TaqDNA聚合酶用量、模板DNA以及Buffer用量对大葱ISSR-PCR扩增的影响,建立了大葱ISSR反应体系。结果表明:优化后的最佳反应体系为10μL反应体系中,10×Buffer缓冲液1.0μL,Mg~(2+)浓度为2.0mmol·L~(-1),dNTPs浓度为0.3mmol·L~(-1),引物浓度为0.65μmol·L~(-1),Taq酶1.0U,模板DNA为60ng,用灭菌的超纯水补齐体积至10μL。对大葱71份样品材料进行ISSR-PCR扩增体系的检测结果显示,该优化体系扩增的产物条带清晰,稳定性高,为大葱种质ISSR分子标记遗传结构分析提供参考依据。     

两种独行菜种子cDNA-SRAP反应体系的建立及优化

以2种独行菜种子为试材,采用cDNA-SRAP技术,研究了dNTPs、Mg~(2+)、上下游引物、cDNA模板、Taq DNA聚合酶浓度等5个因素对独行菜cDNA-SRAP反应体系扩增结果的影响,以期得到适合2种独行菜种子的cDNA-SRAP反应体系,并且对cDNA-SRAP扩增条件进行了优化。结果表明:优化的最佳cDNA-SRAP反应体系(20μL)为10×PCR buffer,cDNA模板用量100ng,Mg~(2+)浓度1.75mmol·L~(-1),dNTPs浓度0.275mmol·L~(-1),引物浓度1.0μmol·L~(-1),Taq DNA聚合酶用量0.5U;利用优化的cDNA-SRAP反应体系能够扩增获得清晰、数目多的条带,可用于后续深入研究2种独行菜不同处理下差异表达基因。     

白芨SCoT分子标记技术体系的建立及其在快繁苗遗传稳定分析中的应用

以4个不同继代的白芨快繁苗为试材,采用L_(16)(4~5)正交实验设计,建立了白芨SCoT-PCR的反应体系,并利用该体系分析不同继代的白芨快繁苗遗传稳定性。结果表明:白芨的SCoT-PCR最佳反应体系(20μL)中包含2.500 mmol·L~(-1) Mg~(2+),0.25mmol·L~(-1) dNTPs,1.50 U Taq DNA聚合酶,1.000μmol·L~(-1)引物,10ng模板DNA。遗传稳定性分析发现,SCoT引物均能在4个不同继代的白芨快繁苗中扩增出清晰、丰富而稳定的条带,但每个引物的条带均无多态性。说明白芨快繁苗并未发生变异,其遗传稳定性较好。     

蛋黄果SCoT-PCR反应体系的建立与优化

为建立和优化蛋黄果SCoT-PCR反应体系,以“仙桃1号”蛋黄果为试材,SCoT1为引物,采用L₁₆(4⁵)正交试验,对影响SCoT-PCR反应的DNA、Mg²⁺、dNTPs、引物及Taq聚合酶等因素进行优化;并选用3份地理位置相距较远的蛋黄果种质为模板,对优化反应体系进行验证。结果表明,不同因素对蛋黄果SCoT-PCR反应体系的影响存在差异,但不显著,其中最大的影响因素是Taq聚合酶含量,其次是dNTPs浓度、模板DNA含量、引物浓度和Mg²⁺浓度。蛋黄果SCoT-PCR最佳反应体系(20μL)为模板DNA 80 ng、3 mmol/L Mg²⁺、0.25 mmol/L dNTPs、0.4μmol/L引物、Taq 2 U。在该体系下,3份蛋黄果种质均能稳定扩增出清晰明亮、数目丰富且稳定性高的条带,说明优化的SCoT-PCR反应体系适用于蛋黄果SCoT分子标记。     

全缘叶绿绒蒿ISSR体系的建立与优化

以全缘叶绿绒蒿的DNA为模板,利用正交实验设计,研究了Mg~(2+)、dNTPs、引物、Taq DNA聚合酶、DNA这5种PCR反应成分对反应体系的影响,以期建立并优化一个适合全缘叶绿绒蒿的ISSR反应体系,并用优化的体系对UBC公布的100条ISSR引物进行筛选。结果表明:在50μL优化后的反应体系中,含3 mmol·L~(-1) Mg~(2+)、2mmol·L~(-1)dNTPs、0.4mmol·L~(-1)引物、1.25UTaq DNA聚合酶、60ng DNA。通过梯度PCR仪检验,确定了适宜的退火温度、延伸时间和循环次数。利用该体系共筛选出16条ISSR引物,并对全缘叶绿绒蒿共10株个体材料进行扩增检验,获得了较好的扩增效果。利用该体系,可为今后ISSR标记在绿绒蒿属植物的种质鉴定和遗传多样性分析等方面的应用提供一定的试验基础。     

正交设计直观分析法优化苦瓜SSR-PCR反应体系

以苦瓜‘MC9’为试材,采用L16(45)正交实验,对苦瓜SSR-PCR反应体系的Mg2+浓度、dNTPs浓度、模板DNA量、Taq聚合酶量、引物浓度等5个因素的4个水平进行优化试验,并通过正交设计直观分析法对Mg2+浓度、dNTPs浓度、Taq聚合酶量进行了单因素确定。结果表明:最佳反应体系为1μL 10×PCR buffer,Mg2+浓度为1.75mmol·L~(-1),dNTPs浓度为0.25mmol·L~(-1),Taq DNA聚合酶1U,DNA 100ng,引物0.20mmol·L~(-1),ddH2O补足至10μL。     

玫瑰SCoT-PCR反应体系优化及引物筛选

以玫瑰为试材,采用L16(45)正交设计和单因素试验2种方法,研究模板DNA、Mg2+、dNTPs、引物和Taq酶5个因素对玫瑰SCoT-PCR反应体系的影响,建立最优化的反应体系并筛选合适引物。结果表明:模板DNA浓度为1.50ng/μL,Mg2+浓度为2.00mmol/L,dNTPs浓度为0.35mmol/L,引物浓度为0.70μmol/L,Taq酶用量为0.50U时,可建立玫瑰SCoT-PCR最佳反应体系,并筛选出20条扩增条带清晰、多态性丰富的SCoT引物。反应体系的优化及引物的筛选,为日后利用SCoT分子标记技术对玫瑰进行相关研究提供理论依据和技术支持。     

基于PAGE检测技术的平菇ISSR-PCR体系的建立和优化

以平菇"唐平26"基因组DNA为模板,以U836为引物,比较了琼脂糖凝胶电泳和不同浓度聚丙烯酰氨凝胶(PAGE)电泳对ISSR-PCR产物的分离效果,并且采用PAGE电泳技术对影响ISSR反应体系的主要因素进行优化。结果表明:以PAGE电泳技术检测平菇ISSR-PCR产物的效果最好,最佳ISSR-PCR反应体系为,在20μL反应体系中,模板20ng,Mg2+浓度为1.5mmol·L~(-1),引物0.8μmol·L~(-1),dNTPs 200μmol·L~(-1),Taq酶1.0U,30个扩增循环。