西双版纳黄瓜群体遗传多样性的SSR分析

 西双版纳黄瓜(Cucumis sativus L.var.xishuangbannanesis Qi et Yuan) 是我国特有的黄瓜变种。以20世纪70年代末收集的30份西双版纳黄瓜种质273个样本为研究对象, 利用SSR技术从群体水平分析其遗传多样性。273个样本的多态位点百分率、Nei's基因多样性指数(H) 和Shannon信息指数(I)分别为92.86%、0.1818和0.2972。比较30份种质的遗传多样性指标, 显示种质间遗传变异54.06% , 种质内遗传变异45.94%。17号种质的遗传多样性最高(H = 0.1376, I = 0.2032, 多态位点百分率37.21% ) 。聚类分析结果显示, 大多数种质的分组与瓜皮色和瓜肉色基本一致。按不同来源地将种质分为5个群体,其中景洪群体的遗传多样性最高, 其多态位点百分率、H值和I值分别为76.19%、0.1562和0.2516。群体间遗传一致度在0.9071～0.9889之间。聚类分析结果显示不同来源地的西双版纳黄瓜在遗传组成上存在差异。群体遗传分化系数和基因流分别为0.2201和1.7718, 表明西双版纳黄瓜群体间基因分化不明显, 基因交流基本顺畅。     

栽培黄瓜种质遗传多样性的SSR鉴定

利用62对多态性SSR引物对59份黄瓜材料进行了遗传多样性分析。聚类分析结果将供试材料分为 7 大类群,第 1 类包含6个欧洲温室型材料,全为无刺瘤类型;第 2 类是4个美国类型种质,属于小果型材料;版纳黄瓜D59单独聚为第3类,且与其他材料的遗传距离均大于0.33;疑为华南型种质的D38,单独聚为第4类,其果实为乳白色;第5类包括D13及其父本D39,两者含有欧洲和华北血缘;第6类为叶色突变材料D28,是欧洲型和华北型黄瓜的后代;第7类包括33个华北型材料、7个华南型材料、4个日本型材料。主成分分析与系统聚类分析结果基本一致。两种分析方法的分类结果与形态学分类相吻合。     

普通杏品种SSR遗传多样性分析

利用来自杏、桃和扁桃的25对SSR多态性引物对66个普通杏品种进行了PCR扩增及变性聚丙烯酰胺凝胶电泳,共检测出284个等位位点,每对引物的等位位点数在3～17之间,平均为11.36。通过NTSYS软件计算得到的Dice相似性系数为0.083～0.987,平均值为0.370,表明中国普通杏种质资源的遗传多样性丰富。UPGMA法聚类将66份材料分为5个组。SSR标记反映出的品种间亲缘关系与根据地理生态类型对杏种质的分类结果基本一致。来自四川和贵州的多数品种独立聚成一组,表现出与其它品种较远的亲缘关系,该地区可能存在特异性较高的种质资源。证实了扁桃基因组SSR引物可用在杏SSR标记的研究中。     

厚皮甜瓜遗传多样性的SSR分析

采用61对SSR特异引物对46份厚皮甜瓜材料进行分析,其中52对扩增出条带,47对引物具有多样性,扩增带分子量在150～1500bp,187条谱带中154条谱带具有多态性,多态率占82.35%,平均每个引物可扩增出3.60条带。同时,对材料网纹、果形、单果质量、有无条带、果皮颜色、果肉颜色、肉质、种子、有无麝香味、裂叶、是否自落和花性型等12个性状进行了田间调查,经过phylip软件和NTSYS软件分析后,计算出材料间遗传距离,并做出SSR分子标记和性状2个聚类图。结果显示,46份材料的遗传距离在0.0188～1.2119,而单一性状气味、果皮颜色、果肉颜色和表面网纹的遗传距离都小于0.1,十分接近;2种聚类分析结果存在较大差异,这与供试材料的亲缘关系十分复杂,大部分材料来源相近,具有相同的亲本,和回交亲本存在一定关系。     

甜瓜种质资源遗传多样性的SSR 分析

利用SSR 分子标记技术对72 份甜瓜种质资源及育种材料进行DNA 指纹分类及亲缘关系研
究,20 对SSR 引物共扩增产生76 个多态性位点,平均每对引物产生3.8 个多态性位点。聚类结果将72 份
甜瓜种质资源分为7 个类群,其中类群I 包括新疆本地资源及几乎全部自育甜瓜种质资源64 份材料,这
说明本试验所选用的新疆厚皮甜瓜种质资源遗传背景比较狭窄。     

山葡萄种质资源SSR遗传多样性分析

对360份山葡萄种质资源进行了遗传多样性分析研究。从245对引物中筛选出18对用于供试材料的SSR扩增;单条引物扩增条带为4~13条,平均9.44条;扩增产物长度介于150~1 000 bp,以200~750 bp的扩增片段居多;18对引物共扩增出170条带,其中多态性条带167条,多态性百分率为98.2%;Shannon’s多样性指数(I)为1.778051。某些品种(系)产生了特有SSR标记带,共5条,占2.95%。     

温湿度对黄瓜霜霉病菌孢子囊存活的影响

以“鲁黄瓜3号”黄瓜为试材,研究了温湿度对其霜霉病菌孢子囊存活的影响.结果表明:温湿度对孢子囊的存活有显著的影响,随温度的升高孢子囊的存活率降低,恒温条件下10、15、20和25℃存活期为3～6 d;30℃为3 d;35℃时新鲜孢子囊存活期为1d.饱和相对湿度条件下的孢子囊存活率最高,并且与相对湿度75％和45％时孢子囊存活率存在明显差异.     

光照对黄瓜霜霉病菌孢子囊存活率的影响

研究人工控制光照对黄瓜霜霉病菌孢子囊存活率的影响。结果表明:在人工控制条件下,新鲜黄瓜双霉菌孢子囊经紫外光照4h便可失去萌发能力。阳光直接照射2h后,萌发率明显下降;照射4h后,50%的孢子囊失去活力;照射36h后,绝大部分孢子囊失去萌发能力。黑暗条件下,新鲜孢子囊在自然环境中放置5h萌发率开始下降,72h后绝大部分孢子囊完全失去萌发能力;漫射光有利于孢子囊的存活,经漫射光处理的孢子囊存活期长于黑暗条件下存活期。还表明1～2h的短时间光照能促进孢子囊成熟与萌发,从而提高孢子囊的萌发率。     

蟠桃种质SSR标记的遗传多样性分析

以38个蟠桃品种和9个其他类型桃品种为试材,利用24对位于桃参考图谱上8个连锁群的SSR引物进行了蟠桃种质资源遗传多样性研究。24对SSR引物共获得179个扩增位点,其中多态性位点171个,多态率达95.53%。蟠桃资源平均Nei’s基因多样性指数(He)为0.242 5,平均Shannon信息指数(I)为0.379 8;南方蟠桃品种群多态性位点百分率为74.30%,Nei’s遗传多样性指数为0.203 8,Shannon信息指数为0.316 3;北方蟠桃品种群的遗传多样性相对较高,多态性位点百分率为91.06%,Nei’s遗传多样性为0.244 9,Shannon信息指数为0.382 4。群体间存在较小的基因分化系数(Gst=0.065 9),遗传变异有很大一部分是来自群体内,可能与其较大的基因流Nm=7.086 1有关。UPGMA聚类分析结果表明,相似系数为0.66～0.95,在相似系数为0.67时,所有南方品种聚于同一类群,北方品种除新疆蟠桃、黄肉蟠桃及香金蟠外也聚于同一类群,聚类结果支持蟠桃多起源假说。     

寒地李和杏遗传多样性SSR分析

以27份适宜北方生长的李、杏品种为试材,采用SSR分子标记技术对其进行遗传多样性分析,并运用UPGMA聚类分析法,分析了27份试材的亲缘关系,为寒地李、杏种质资源保存和品种选育提供分子生物学依据。结果表明:筛选的25对SSR多态性引物共扩增等位位点245个,其中多态性位点240个,多态性比率为97.96%。每对引物的等位基因数量为4~13,平均值为9.8。有效等位基因数平均值为2.740 5,Shannon′s信息指数平均值为1.052 0,多态性信息含量平均值为0.595 5,表明试材具有较高的遗传多样性。聚类分析结果表明,在遗传相似系数0.612处,27份试材可以分为李和杏两大类群。     

梨栽培品种SSR鉴定及遗传多样性

应用SSR技术对梨41个栽培品种进行遗传多样性分析, 12对SSR引物扩增出114个等位基因, 平均每个位点915个。位点杂合度在0.1517～0.7079之间, 遗传多样性指数为0.4630。用两对引物(BGT23b和CHO2D11) 即可区分除芽变品种之外的全部供试品种。系统聚类分析将41个梨品种分为2大类, 即西洋梨和东方梨。原产中国的秋子梨、白梨和部分砂梨品种归类相互交错; 库尔勒香梨和其他新疆梨聚在一起; 我国砂梨品种宝珠梨、德胜香, 日本砂梨品种新世纪、丰水以及韩国砂梨品种黄金梨聚在一起。秋白与蜜梨, 南果梨与满园香、秋子、八里香相似系数高, 分别属于同一品种群。金花梨与金川雪、苍溪雪起源演化相关。     

适于甜菜遗传多样性分析的SSR引物筛选

采用CTAB法提取甜菜基因组DNA,对不同作物（甜菜、苜蓿、玉米）的SSR引物进行了筛选。每对引物都有其最适宜的退火温度（TM）,Tm的高低对扩增结果有较大影响。该实验主要通过改变PCK扩增的退火温度（当退火温度比较低时,SSR-PCR扩增的效果条带较多,特异性不好;当退火温度比较高时扩增的条带较少,而且条带也较弱,扩增效率不高）选择合适的引物。从不同作物查阅的91对SSR引物中共筛选出带纹清晰的引物7对,作为甜菜遗传多样性的SSR分析引物,为进一步进行甜菜的分子育种提供理论依据。     

黄瓜霜霉菌对氟吗啉的抗药性风险研究

丙烯酰胺类杀菌剂氟吗啉具有高效环保、对作物及人畜安全、农用成本低等优点,在生产中广泛使用。为明确黄瓜霜霉菌对氟吗啉的抗药性,采用离体叶盘漂浮法测定了我国广东省、湖北省、江苏省、山东省、北京、辽宁省、吉林省和黑龙江省8个省份13个黄瓜主产区69个黄瓜霜霉病菌株对氟吗啉的敏感性及抗性水平。结果表明:黄瓜霜霉菌对氟吗啉的EC_(50)为0.217 2~2.464 3μg·mL~(-1),EC_(50)平均值为0.728 2μg·mL~(-1)。供试的69个菌株中有2个敏感菌株、60个低抗菌株和7个中抗菌株,无高抗菌株。除山东省的供试菌株对氟吗啉的抗性风险较高以外,其余省份对氟吗啉抗性风险相对较低。总体来说,黄瓜霜霉菌对氟吗啉尚处于低抗阶段。     

不同抗性的黄瓜幼苗对接种霜霉病菌的生理响应

以黄瓜抗病品种"津春4号"和感病品种"长春密刺"为试材,在接种黄瓜霜霉病菌后0.5、1、2、4、7d对叶片的丙二醛(MDA)、可溶性糖、可溶性蛋白含量和乙烯释放量进行了检测,并分析了这些生理变化与黄瓜霜霉病抗性之间的关系。结果表明:抗病品种黄瓜叶片中MDA含量、乙烯释放量低于感病品种,而可溶性糖、可溶性蛋白含量则高于感病品种。表明抗病品种比感病品种具有更强的防御能力和抗膜脂过氧化能力。     

樱桃主栽品种的遗传多样性分析

利用24对SSR引物对30个樱桃主栽品种进行遗传多样性分析, 以了解樱桃产区的资源多样性状况, 为种质资源的开发和利用提供帮助。结果表明: 樱桃产区具有丰富的遗传变异。SSR的遗传多样性指数的分布范围为1.3647～2.9964, Simp son指数分布范围为0.6111～0.9326。30个品种的分子数据聚类结果均呈现一定的地理分布规律。根据系统聚类分析将30个樱桃品种分为两大类: 欧洲甜樱桃和中国樱桃, 与传统分类学的结果相符。同时在两大类内又将品种进行细分, 第Ⅰ类分为3组, 第Ⅱ类分为2组,其结果与地理分布有一定的相关性, 能够反映樱桃的遗传特点及区域特性。     

基于SSR分子标记的葡萄品种遗传多样性分析

以15份葡萄品种为试材,采用SSR分子标记技术,研究了15份葡萄品种资源的遗传多样性。结果表明:从245对引物中筛选出49对清晰、稳定性好的多态性引物。49对引物在15份材料中共扩增出235条带,均为多态性条带,多态性百分率为100%。每对引物扩增的等位位点数为2~9个,相似性系数分析结果表明,供试的15份葡萄材料的遗传相似系数为0.660~0.860,其平均遗传相似系数为0.760。聚类分析表明,在遗传相似系数0.672处,15份葡萄材料可分为三大类群。第一大类包括2份欧美杂种(V.vinifera L.×V.labrusca L.)和1份美洲种(V.labrusca L.)品种;第二大类为8份欧亚种(V.vinifera L.)葡萄品种;第三大类包括2份山欧杂种(V.amurensis Rupr.×V.viniferaL.)和2份山葡萄(V.amurensis Rupr.)品种。可见,欧亚种和美洲种葡萄亲缘关系相对较近,而山葡萄与二者亲缘关系相对较远。这些引物中,VMCNG4B9、VMC3G9能将15个葡萄品种区分开,为今后开展葡萄品种指纹图谱构建奠定基础。     

运用SSR分子标记分析蛹虫草遗传多样性

以蛹虫草全基因组为模板查找Simple Sequence Repeats(SSR)位点并设计筛选引物进行聚类分析。从100对SSR引物中选出30对多态性高、重复性好的SSR引物,共获得215条多态性条带。根据遗传相似系数(GS)采用不加权成对群算术平均法(UPGMA)进行遗传相似性聚类:材料间GS值的变化范围为0.527~0.995,以GS值为0.761水平可将46株蛹虫草分为6类;菌株亲缘关系与地域来源有一定相关性,且栽培菌株多为同一品种。     

二倍体马铃薯栽培品种遗传多样性的SSR标记分析

二倍体马铃薯基因组相对简单,借助二倍体进行育种可以加速马铃薯的育种进程,因此评价二倍体马铃薯种质的遗传多样性,挖掘和有效利用优良性状显得非常必要。为了筛选多态性的SSR标记,用55对SSR引物扩增39个遗传关系相对较远的二倍体马铃薯材料。选取分布在12条染色体上的12个具有高多态性的SSR标记评价192份二倍体马铃薯栽培品种的遗传多样性,共检测到98个等位位点,其中97个为多态性位点;每对SSR引物扩增出的等位位点为6~18个,平均8.2个。用非加权配对算术平均法(UPGMA)进行聚类,显示出所有供试材料的遗传关系:12对SSR引物可以将192份材料中的186份区分开;这192份材料被划分为11个组群,其中第一个组群包含了83.3%的材料。     

基于SSR标记的暗褐网柄牛肝菌遗传多样性分析

以33份暗褐网柄牛肝菌样品为试材,采用SSR标记技术,对其遗传多样性进行研究,以期为暗褐网柄牛肝菌商业菌株鉴定奠定基础。结果表明:15个SSR标记中有5个标记在供试样品中表现出多态性,每个标记检测到2~6个等位基因,平均3.20个,Shannon′s信息指数平均值0.76,多态性信息含量平均值0.43。聚类分析结果显示,在相似系数为0.99时,供试材料可被分为11个类群,对应11种多位点分子表型,与样品的来源有较好的对应关系。根据多位点分子表型构建了供试材料的SSR指纹图谱。