我国近海中国对虾种群遗传差异的RAPD分析

应用随机扩增多态DNA（RAPD）技术对取自我国近海烟台、长岛、青岛、宁波等4个地方的20只中国对虾进行了种群内和种群间遗传差异分析。在使用的50个随机引物中，有9引物扩增出条带清晰的多态性片段。烟台、长岛、青岛、宁波等4个地理种群内的遗传距离分别为0．0154、0．0370、0．0462、0．0550，种群之间的遗传距离分别为0．0793、0．1139、0．0988、0．1485、0．0880、0．1260。UPGMA和NJ法构建的种群间分子系统树基本一致，结果表明不同地理种群这间存在一定程度的遗传差异。     

平胸龟2个地理种群遗传差异的比较

利用25个随机引物对平胸龟2个种群共49个个体分别进行PCR扩增,结果显示:平均每个个体扩增出209条DNA带,平均每个引物可产生8条带,扩增谱带分子质量大小在100～2000 bp之间,多态性比例为72.13%.其中12条引物扩增出16个特异于不同种群的DNA片段,可作为鉴别广东或福建种群的分子标记.用RAPD1.04和Genepop3.2软件分析所得谱带,得出广东、福建2个地理种群的平胸龟具有较高的遗传多样性,且广东种群的遗传多样性高于福建种群.2个种群间的平均遗传距离为0.278 6±0.025 9,遗传分化指数Gst为0.285 7.NJTREE聚类分析显示广东和福建2个地区的平胸龟各自聚成2个类群,有较明显的种群分化.     

上海宝山香柚种群遗传多样性的RAPD分析

采用随机引物扩增多态性DNA(RAPD)技术,对上海市宝山区长兴岛、横沙岛、宝山区生物技术中心以及复旦大学校内的香柚共计60个样本亲缘关系进行鉴定和遗传多样性分析,运用NTSYS-pc软件计算各品种间的Jaccad遗传相似系数,按非加权配对算术平均法(UPGMA)建立各品种间的聚类图,13个经过筛选的随机引物,获得多态性为52%的扩增条带,所有样本间的遗传距离在0.07-0.95之间,聚类图表明样本间的遗传多样性很复杂,其中只有长兴岛样品遗传距离在0.25以内,其他3地无论种群间还是种群内遗传距离都比较大,多数具有其自身的独特性,为香柚种质资源的保护提供了重要参考.     

青岛百合复合种群遗传多样性的RAPD分析

对青岛百合(Lilium tsingtauense Gilg)复合种群6个局部种群的遗传多样性进行了RAPD分析。通过11个引物扩增到117个显性位点,其中多态性位点平均为62.86%,各百合群体多态性位点多少顺序为Y5、Y1、Y4、Y6、Y2、Y3。把RAPD多样性指标与样地的基本状况进行相关分析,发现海拔高度、样地坡度和植被类型与各个多样性指标呈正相关,样地坡向与各个多样性指标呈负相关。Nei’s基因多样度指数(h)和Shannon信息指数(I)的统计结果表明,种群内h和I的平均值分别为0.203 4和0.309 0,这两个指数均为Y5最高,其次为Y1,Y3最低。不同位点在种群间的分化程度差别很大,基因分化度的波动范围为0.016 5~0.942 7,平均为0.378 3。种群间平均基因流为0.821 6,说明有遗传漂变的存在。6个百合种群间遗传一致度与遗传距离的无偏估计表明,最小的遗传距离在Y4和Y6之间,最大的遗传距离在Y3和Y5之间,遗传一致度则相反。种群聚类分析表明,Y1和Y2比较近;Y4和Y6比较近又和Y5联系在一起。Y3比较特殊,单独为一类。     

中国水稻二化螟5个地理种群遗传差异的RAPD分析

以中国水稻二化螟5个地理种群的基因组DNA为材料,对其进行随机扩增多态性DNA(RAPD)分析.从50个引物中筛选出29个稳定性好、多态性高的引物,单个引物扩增出的DNA条带数从2～15条不等,其片段大小为200～3 000 bp,5个地理种群共扩增出条带220条,其中为多态片段的97条,平均每条引物扩增出条带7.59条.通过公式计算多态性位点、遗传相似性指数和遗传距离,结果表明:(1)5个地理种群遗传变异较高,其中以广西省全州市多态位点百分率最高(52.73%),吉林省柳河县多态位点百分率最低(34.55%);(2)5个二化螟地理种群间的遗传相似性指数的变异范围为0.551 88～0.849 00,遗传距离指数为0.121 42～0.448 12,平均遗传距离指数为0.312 28;安徽省庐江县与湖北省武汉市地理种群间的遗传距离最小,而吉林省柳河县与广西省全州市地理种群间的遗传距离最大.     

RAPD分析中遗传距离计算方法的比较

为了更有效地应用ＲＡＰＤ分析这一手段研究种群遗传变异，以广州市力康鸡场７个蛋鸡品系为材料，根据ＲＡＰＤ测定的结果，采用Ｎｅｉ、Ｒｏｇｅｒｓｔ和Ｈｅｄｒｉｃｋ的遗传距离公式计算上述７个品系彼此间的亲缘关系，同时提出新的遗传距离计算公式。结论认为Ｒｏｇｅｒｓ的公式较适用于ＲＡＰＤ数据的分析，文中提出的公式跟其他距离公式存在显著相关，但有待进一步验证。     

锥栗不同品种遗传距离的RAPD分析

运用RAPD法对不同锥栗品种间基于DNA基础上的遗传距离进行了研究，建立了锥栗PCR反应的标准程序，得到的扩增片段大小在500－2000bp之间，确定了10个品种基于DNA分子水平上的相似系数。当相似系数等于0．74时，可把这10个品种分为4类，即“油栗仔，蔓榛，中尖嘴，猴嘴榛”“红紫榛，大尖嘴”“仁嘴栗，乌棒”和“嫁接毛榛”。图2表2参6     

安化云台山茶树品种种群内遗传多样性的RAPD分析

利用RAPD分子标记技术对安化云台山种茶树原产地的27个有性单株以及槠叶齐、湘波绿、湘安28等3个无性系品种进行了随机扩增多态性DNA（RAPD）分析。采用120个10碱基随机引物，共筛选出能产生多态性标记的RAPD引物21个，扩增出150个位点，其中多态性位点119个，占79．33％，单个引物获得的RAPD片段数在3－10个之间，平均为7．14个。基于遗传距离分析，30个样本的遗传距离从0．1252（YTS9和YTS12）到0．4616（湘波绿与YTS14），根据UPGMA聚类分析，安化云台山种27个单株包括2个核心群体和3个特异单株（YTS30，YTS31，YTS37），另一方面从聚类树状图可以看出：湘安28与单株YTS31先聚类，再与槠叶齐聚类，然后与湘波绿聚类，最后与YTS30聚类，这一方面从DNA分子水平上验证槠叶齐、湘波绿、湘安28均系从安化云台山种的后代中选育而来，同时也揭示一个规律，即作为有性群体的个体，当其基因组与核心群体的基因组差异大时，将有望成为一个优良单株。     

蝴蝶兰不同花色品种遗传多样性的RAPD分析

利用筛选到的25个特异引物对蝴蝶兰不同花色品种作RAPD分析，确定了12个品种间的遗传距离；并根据Neighbor—joining遗传距离矩阵构建系统聚类文件，将该12个品种分为两个家族：第一家族中包含基色为白色的花色品种，花蕊颜色略有不同；第二家族为具有条纹的花色品种。品种间遗传距离最大为0．7832，最小为0．1034。     

大白菜地方种质遗传关系的RAPD分析

对11个大白菜地方种质材料，用改进的CTAB法提取总DNA后进行RAPD(Random Amplified Polymorphic DNA)分析。聚类结果表明，当遗传距离为0．18时，11份材料可分为二个生态类群，第一类群属于直简类型(交叉性气候生态型)，另一类群在0．15时，又分为二个类群，矮桩类型(海洋性气候生态型)和直简与矮桩的过渡类型。同时表明，应用RAPD选择特定引物在同一亚种内不同品种间进行遗传多样性、亲缘关系及品种鉴定等研究是可行的。     

野生银杏资源群体遗传多样性的RAPD分析

用随机扩增多态DNA（RAPD）技术对浙江西天目山、贵州务川、湖北大洪山区、重庆金佛山区和福建武夷山区等5个群体150个银杏Ginkgo biloba个体进行了遗传多样性分析。12个寡核苷酸引物共检测到194个位点,多态位点130个,多态位点百分率66．67％。用PopGen 32软件对数据进行了分析,结果显示：Nei’s基因多样性指数（h）的群体水平是0．4317,Shannon信息指数（I）的群体水平是0．6211,基因分化系数（Gst）是0．2882。Shannon信息指数（I）分析揭示的银杏群体遗传分化水平[（Isp-Ipop）／Isp]=0．1903,AMOVA分析结果得出银杏群体间的分化占36．7％。RAPD数据显示．5个银杏群体遗传多样性较高,其中浙江西天目山、贵州务川和湖北大洪山区有可能是野生银杏冰川期避难所。图4表5参22     

波尔山羊随机扩增多态DNA标记与公羊繁殖力的关系

用 10个随机引物对 11个波尔山羊精液样本DNA进行随机扩增 ,得到 113个标记 ,其中多态标记 31个。分析DNA多态标记与公羊总采精量、平均每次射精量、冻前活力、冻后活力、稀释倍数等的关系 ,发现OPK0 9 4标记阳性组山羊总采精量和平均每次射精量显著高于阴性组山羊 (P <0 0 5 ) ,而OPH14 3标记阳性组山羊平均每次射精量和OPH14 5标记阳性组山羊冻后活力均显著低于阴性组山羊 (P <0 0 5 )。     

三叶青种质资源遗传多样性的随机扩增多态性DNA分析

利用RAPD技术对64个三叶青种质资源样本进行遗传多样性分析,从40对引物中筛选出10对引物进行批量PCR实验。结果表明:64个三叶青样本的观测等位基因数(Na)为1.666 7~2.000 0,有效等位基因数(Ne)为1.247 9~1.701 3,Nei's基因多样性指数为0.167 0~0.398 4,Shannon多样性指数(I)为0.262 8~0.583 0,平均多态位点为7.5,平均多态百分数为93.145%;在遗传相似系数0.720 56处,可以将64个三叶青样本分成11大类;在遗传相似系数0.697 04处,则可将64个三叶青样本分成4大类;聚类分析的结果与种源的地理距离存在不一致性,这可能与种质资源库的地形、气候等自然因素有关。表明所测三叶青种质资源遗传多样性丰富,具有一定的开发利用价值,可为合理保护三叶青的基因资源及其遗传改良提供科学依据。     

珍稀濒危植物香果树RAPD反应条件的优化

以采自湖北省神农架地区的14株香果树Emmenopterys henryi为材料,提取其叶片基因组DNA,并以其基因组DNA为模板进行随机扩增多态性DNA(RAPD)反应条件的优化。RAPD反应条件中的各个因子,包括模板DNA质量浓度、引物浓度、dNTP浓度、DNA聚合酶浓度和Mg2 浓度。结果表明,香果树基因组DNA在以下条件有较好的扩增效果:25μL体系中,Taq酶1.33×10-3kat.L-1;随机引物0.5μmol.L-1;Mg2 2.6 mmol.L-1;dNTP 220μmol.L-1;DNA模板4.40 mg.L-1。聚合酶链式反应(PCR)程序为:94℃预变性5 min,94℃变性1 min,43℃退火1 min,72℃延伸2 min,经过40个循环,最后72℃延伸8 min。此体系和反应程序可获得比较稳定的扩增结果。图6表1参8     

随机扩增多态DNA(RAPD)技术及其在农业上的应用(综述)

随机扩增多态DNA技术是近年发展起来的一种DNA多态性检测技术。它以一系列不同的随机排列碱基顺序的寡核苷酸单链(通常是十聚体)为引物,对所研究的基因组DNA进行单引物扩增。扩增DNA片段的多态性反映了基因组相应区域的DNA多态性。RAPD技术可以在对物种没有任何分子生物学研究的情况下,对其进行DNA多态性分析,同RFLP及DNA指纹图谱法等其他DNA多态性检测技术相比,RAPD具有检测效率高、样品用量少、灵敏度高和检测容易的优点。RAPD技术已广泛的应用于农作物和畜禽品种及品系的遗传纯度的测定、品种和品系的鉴定、品种和品系遗传关系的确定、基因的定位和分离以及构建基因图谱等方面的研究。     

一种适于杉科植物遗传多样性分析的RAPD体系的建立初探

以墨西哥落羽杉、中国柳杉及日本柳杉为代表样品，摸索出一套适于杉科植物遗传分析的RAPD方法，通过大量的引物筛选和扩大所用引物数量，将能从理论上筛选出特定的引物对，用于杉科植物的真假杂种鉴定、亲本确认以及分类学的研究。     

WHBE兔遗传特异性的RAPD分析

应用随机扩增多态DNA技术(RAPD)对WHBE兔、日本大耳白兔和新西兰兔进行了遗传分析.用10个随机引物对其基因组DNA进行PCR扩增.根据电泳结果选用其中8个引物扩增的条带进行遗传分析,共检测到107条扩增片段,其中多态性片段32条,占29.91%,反映了家兔品系间的遗传变异.多态性统计分析表明,WHBE免和日本大耳白兔的遗传相似度最高,为0.7948.其中4个引物既可扩增出3个品系共同的DNA条带,也可扩增出不同品系的特征条带,表明WHBE兔与日本大耳白兔和新西兰兔之间有遗传的相似性,也存在遗传差异.这些结果表明应用RAPD技术可以很好地检测家兔不同品系间以及同一品系不同个体间的亲缘关系.     

中国鹅5个品种遗传多样性的随机扩增多态DNA分析

用４０个１０－寡核苷酸随机引物对中国鹅的５个品种－狮头鹅,皖西白鹅,太湖鹅,浙东白鹅和四川白鹅进行了随机扩增多态ＤＮＡ（ＲＡＰＤ）分析。结果表明,用筛选出的１４个引物共扩增出１７４个ＤＮＡ片段,其中的４８个（占２８．２％）在５个品种间表现为多态性。根据扩增ＤＮＡ片段的异同,计算了各品种和个体间的遗传多样性指数和遗传距离指数。同时,用分子进化遗传分析软件（ＭＥＧＡ）以ＵＰＧＭＡ法和ＮＪ法对遗传距离指