不同性别湖羊早期定植肠道菌群分析

【目的】分析不同性别湖羊早期定植肠道菌群情况,为深入研究其与机体健康状况之间的关系提供数据支持。【方法】采集48份(母羊31份和公羊17份)45日龄湖羊的粪便,提取基因组DNA,进行高通量测序,筛选有效序列和分类操作单元(operational taxonomic units,OTUs),分析不同性别湖羊肠道微生物多样性,并通过多级物种差异判别分析(linear discriminant analysis effect size,LEfSe)、非度量多维尺度分析(non-metric multidimensional scaling analysis,NMDS)、短期注意/记忆优先(short-term attention/memory priority,STAMP)模型确定菌群在门水平和属水平上的具体差异。【结果】经高通量测序,母羊获得2 014个OTUs,公羊获得1 747个OTUs,二者共有1 637个OTUs。不同性别湖羊早期定植肠道菌群共注释到15个门、25个纲,62个目、118个科和317个属。不同性别湖羊早期定植肠道菌群在门水平和属水平均存在显著差异;在门水平上,厚壁菌门...     

PCR-DGGE技术分析不同地区野生锯缘青蟹肠道菌群多样性

采用PCR-DGGE技术对7个地区的锯缘青蟹肠道菌群进行了群落结构分析和比较。结果显示7个地区的锯缘青蟹肠道菌群的结构多样性存在较大差异,相似性指数在30%～70%之间,且同一地区雌雄样本的肠道菌群相似性也存在差异。对DGGE图谱中的12条主条带进行回收、测序,结果经Blast比对,发现12个条带代表的细菌分别属于3个细菌类群：变形细菌(Proteobacterium)、厚壁菌(Firmicutes)和棍状厌氧菌(Anaerorhabdus),其中有7个条带代表的细菌为不可培养的种类。     

锦鲤肠道不同部位菌群组成结构及多样性分析

【目的】研究锦鲤（Cyprinus carpio var.koi）肠道的菌群组成结构及多样性,为深入研究锦鲤肠道菌群的功能及肠道不同部位的生理功能的分化提供参考。【方法】收集锦鲤前肠、中肠和后肠的肠道细菌,通过传统培养技术,采用细菌微量生化鉴定管对肠道细菌进行各项生理生化指标的测定;分别提取3个肠段的肠道菌群基因组DNA,进一步采用16S rDNA高通量测序技术,分析3个肠段的菌群组成和生物多样性。【结果】前肠、中肠和后肠样本测序后分别得到48659、47013和47819条有效序列,按97%相似性水平划分OTU后,分别得到1555、1294和1423个OUTs。α多样性分析结果显示,后肠菌群样本的Shannon指数、Chao1指数最高。在门水平上,前肠、中肠和后肠丰度最高的5个菌门均是变形菌门（Proteobacteria）、梭杆菌门（Fusobacteria）、拟杆菌门（Bacteroidetes）、厚壁菌门（Firmicutes）和黏胶球形菌门（Lentisphaerae）,推测这些菌门是锦鲤肠道的核心细菌类群,但各菌门在不同部位的相对丰度有差异。构建的物种丰度热图显示相对丰度最高的前10类菌属相同,但某些菌属在肠道不同部位的相对丰度有较大差异,如代尔夫特菌属（Delft）、弓形菌属（Toxoplasma）。UniFrac分析显示中肠和后肠的肠道菌群聚为一支,表明这2个部位菌群组成结构相似度较高。【结论】锦鲤肠道不同部位具有独特的菌群结构,可能会影响肠道不同部位功能的分化。     

轮状病毒患犬与健康犬肠黏膜通透性及肠道菌群的差异性分析

为研究轮状病毒感染对犬肠黏膜通透性及肠道菌群的影响,选取2018年10月1日至2018年12月30日期间,在江苏农牧科技职业学院教学宠物医院就诊的轮状病毒感染患犬17例,记为A组,并设10例健康体检犬为对照,记为B组。用ELISA试剂盒检测血清中二胺氧化酶(DAO)、D-乳酸及内毒素(ET)的表达,每组随机选取9例,分别采集粪便,通过Illumina Miseq PE300平台进行细菌16S rDNA测序。结果表明:①与B组相比, A组DAO、D-乳酸和ET水平分别升高28.11%、12.37%和17.71%(P0.01)。②A、B2组样品中共有OTU数226个, A组OTU数比B组低12.39%,主成分分析(PCA)显示A、B2组样本显著分开,肠道菌群相似度差异较大, A组肠道菌群ACE指数、Chao 1指数显著低于B组(P0.05)。③在门水平上, 2组样本中拟杆菌门、厚壁菌门、变形菌门和梭杆菌门为优势菌群,与B组相比,拟杆菌门和变形菌门比例升高,厚壁菌门比例减少(P0.05);在属水平上, A组拟杆菌属、肠杆菌属、埃希氏菌属、克雷伯氏菌属等菌属数量增加,而双歧杆菌属、瘤胃球菌属、梭菌属等菌属数量与B组相比显著减少(P0.05)。这一研究提示轮状病毒感染后可引起犬肠黏膜通透性升高,改变肠道菌群结构,加剧病情发展。     

454焦磷酸测序技术对不同猪种肠道菌群差异的分析（英文）

454焦磷酸测序用于分析比较巴马香猪(BAMA)、黑香猪(BLACK)与外三元猪(CROSS)的肠道菌群差异。结果表明:三个猪种的肠道细菌多样性与丰度各有不同,差异较大。威克氏菌属、丛毛单胞菌属与光岗菌属等病原菌在BAMA肠道内检测到,而在BLACK与CROSS肠道内未检测到。BAMA肠道中丝状杆菌属与瘤胃球菌属等纤维素分解菌的多样性与丰度远大于在BLACK与CROSS肠道中的分布量。BAMA肠道内高含量的潜在病原菌与纤维分解菌表明BAMA对恶劣环境的适应性与抗病力较强,以及耐粗饲性强,容易饲养管理。     

脾虚泄泻大鼠肠道菌群的组成和多样性

为考察脾虚泄泻大鼠肠道菌群的结构特征和多样性,将24只健康大鼠随机分为对照组和模型组,模型组采用饮食失节加苦寒泻下法进行人工复制脾虚泄泻模型,对照组正常饲喂;试验结束时,采集大鼠肠道内容物,提取微生物总DNA,采用通用引物对细菌16S rDNA基因的高可变V3–V4区进行PCR扩增,运用Hiseq2500平台进行高通量测序,并对测序序列进行生物信息学分析。结果表明：α多样性指数表明脾虚泄泻大鼠与正常大鼠之间肠道微生物的多样性存在差异,但差异均无统计学意义;在门水平上,2组的优势菌门均为厚壁菌门、拟杆菌门、放线菌门和变形菌门,模型组较对照组厚壁菌门、放线菌门、变形菌门及螺旋体门的平均相对丰度均增加,而拟杆菌门的平均相对丰度显著降低(P＜0.05);在属水平上,2组的核心菌群均为产粪甾醇真细菌属,模型组较对照组产粪甾醇真细菌属、Jeotgalicoccus的平均相对丰度升高,其中Jeotgalicoccus的显著升高(P<0.05),而罗姆布茨菌属、拟杆菌属、Odoribacter的平均相对丰度降低,其中Odoribacter的显著降低(P<0.05);PICRUSt基因功能预测表明,大鼠肠道微生物以代谢功能为主,主要包括糖代谢、氨基酸代谢、能量代谢及辅酶和维生素代谢等,2组间各类代谢功能存在差异,但差异均无统计学意义。可见,脾虚泻泄能引起大鼠肠道内菌群的多样性变化,并显著降低肠道内拟杆菌门的平均相对丰度。     

饲料添加杜仲皮水提物对虹鳟生长、肠道组织学及菌群多样性的影响

为研究不同浓度杜仲皮水提物对虹鳟Oncorhynchus mykiss生长、肌肉营养成分、肠道组织学及菌群多样性的影响,以体质量为(145.56±4.12)g的虹鳟幼鱼为研究对象,试验设5组,每组3个重复,每个重复30尾,在虹鳟基础饲料中分别添加浓度为0(对照组)、0.5%、1%、2%、4%的杜仲皮水提物,养殖周期为10周。结果表明:各试验组终末体质量、特定生长率均无显著性差异(P>0.05);各添加组肌肉粗脂肪含量显著高于对照组(P<0.05),其中, 4%添加组粗脂肪含量最高且显著高于其他组(P<0.05),各试验组肌肉粗蛋白质含量无显著差异(P>0.05);各试验组肠道皱襞、固有膜及肌层结构完整,其中,0.5%、1%和2%添加组杯状细胞数量增多,但对照组、4%组杯状细胞数量未见变化; 2%、4%添加组Simpson指数显著高于0.5%、1%添加组(P<0.05),但与对照组无显著性差异(P>0.05),1%添加组Shannon指数显著高于2%、4%添加组(P<0.05),但与对照组、0.5%组无显著性差异(P>0.05);在门水平上,肠道优势菌群为软壁菌门Tenericutes、厚壁菌门Firmicutes、梭杆菌门Fusobacteria、变形杆菌门Proteobacteria;与对照组相比,有害菌群中2%添加组肠道物种丰度下降最为明显,4%组除布鲁氏菌科Brucellaceae、鞘脂单胞菌科Sphingomonadaceae、苍白杆菌属Ochrobactrum物种丰度显著升高外,其余均显著降低(P<0.05),有益菌群中4%添加组肠道慢生根瘤菌科Bradyrhizobiaceae、丛毛单胞菌科Comamonadaceae物种丰度显著升高(P<0.05)。研究表明,在虹鳟饲料中添加4%杜仲皮水提物能较好地改善肠道菌群结构。     

基于16SrDNA测序的皮脂溢出患者肠道菌群分析

目的 探讨皮脂溢出患者肠道菌群变化.方法 收集10例皮脂溢出患者(研究组)及10例健康对照者(对照组)粪便样本,提取菌群DNA,对V3-V4可变区进行扩增及文库构建,采用Illumina Miseq测序平台进行测序,对样本物种丰度和样本间门、科、属、种等水平上的差异进行统计分析,并用PICUSt软件预测差异功能通路.结...     

氨氮与亚硝酸盐对吉富罗非鱼肠道菌群的影响

氨氮和亚硝酸盐是蛋白质的代谢副产物,水体中高浓度的氨氮和亚硝酸盐会显著抑制罗非鱼的免疫力。肠道微生物与鱼类的免疫息息相关,然而氨氮和亚硝酸盐是否影响罗非鱼的肠道微生物仍不清楚。本研究采用基于16S rDNA基因序列的高通量测序,研究了氨氮和亚硝酸盐对吉富罗非鱼肠道菌群的影响。结果表明,罗非鱼肠道微生物群落主要以变形菌门和放线菌门为主。氨氮和亚硝酸盐不改变罗非鱼肠道菌群的alpha多样性,但显著改变物种组成,其中Aurantimicrobium菌属在两种处理下比例显著降低。原核类群功能注释(FAPROTAX)分析表明,氨氮和亚硝酸盐胁迫导致的差异ASVs主要涉及化能异养、好氧化能异养、硝酸盐还原、脂肪族非甲烷烃降解、芳香烃降解和芳香族化合物降解。本研究通过了解氨氮和亚硝酸盐对罗非鱼肠道微生物的影响,为研究肠道微生物对罗非鱼免疫的影响奠定基础。     

大林姬鼠和黑线姬鼠肠道菌群的比较与分析

为了探究大林姬鼠和黑线姬鼠肠道微生物的组成及是否有显著差异,采用高通量测序技术对10只大林姬鼠和10只黑线姬鼠的肠道菌群的组成进行了初步分析,并比较两组之间肠道菌群的差异。结果表明,两种鼠的肠道菌群在门水平上以厚壁菌门、拟杆菌门、变形菌门为主。在属水平上,大林姬鼠的优势菌属为unidentified-Muribaculace、unidentified-Lachnospiraceae、螺杆菌属,黑线姬鼠的优势菌属为unidentified-Lachnospiraceae、unidentified-Muribaculace、乳杆菌属。Anosim分析结果表明,大林姬鼠与黑线姬鼠肠道菌群的组间差异大于组内差异,且两组间肠道菌群差异极显著（P<0.01）。本研究结果为防治农林有害微生物和有效评估鼠类疾病传播风险提供基础微生物数据。     

发酵中药对禽大肠杆菌病肉鸡肠道菌群的影响

为研究发酵中药对感染禽大肠杆菌病肉仔鸡肠道微生物区系的影响,选择270只1日龄爱拔益加（AA）白羽肉鸡,随机分成3组,每组3个重复,每个重复30只。对照组（D组）常规饲养,发酵中药组（PEG组）和抗生素组（K组）分别用致病性大肠杆菌O78造模并治疗。采用16S rRNA测序技术对微生物菌群特征进行分析。结果显示,由穿心莲、白头翁、败酱草、黄连等中药制备的发酵中药,治愈禽大肠杆菌病后的肠道微生物区系在菌群丰富度和多样性上与对照组无显著差异,且能够显著提高Akkermansia在肠道菌群中的比例。综上,发酵中药可调节肉鸡肠道微生物群落结构,提高有益菌群丰度,降低有害菌群丰度,调节物质运输和代谢,进而改善肠道菌群结构。     

单核细胞增生性李斯特氏菌tatD基因缺失对小鼠毒力和肠道菌群的影响

【目的】探究单核细胞增生性李斯特氏菌Listeria monocytogenes tatD基因缺失对小鼠Mus musculus毒力和肠道菌群的影响,为tatD在单核细胞增生性李斯特氏菌与宿主互作中的作用及减毒疫苗研究提供参考。【方法】采用Bliss法将亲本菌株(LM10403s)、缺失菌株(LM10403sΔtatD)和互补菌株(LM10403sCΔtatD)口服感染小鼠,确定菌株对小鼠的半数致死量(LD50)。LM10403sΔtatD以1.00×105 CFU口服免疫小鼠观察其免疫保护效果。将40只6周龄雌鼠随机平均分为对照即磷酸缓冲盐溶液组(PBS)、LM10403s组、LM10403sΔtatD组和LM10403sCΔtatD组,PBS组小鼠灌胃200μL无菌PBS,实验组分别灌胃200μL含1.00×106 CFU的菌液。灌胃24 h后剖杀各组小鼠,收集肠道内容物,采用Illumina Hiseq测序技术测定各处理小鼠盲肠样品微生物16S rRNA V3～V4区序列,并比较分析其微生物群落结构、多样性和信号通路富集。【结果】LM10403sΔtatD的LD50为8.11×1...     

摄食不同饵料对草鱼肠道菌群影响的研究

对草鱼摄食人工配合饲料和紫背浮萍后其肠道内好氧和兼性厌氧细菌的数量和组成进行了研究。将摄食后的草鱼分别于３、６、１２、２４、４８和７２ｈ取样,对其前、中、后肠内的细菌数量和组成进行了分析。结果发现：摄食前,草鱼肠道中的细菌数量为１０＾５ｃｆｕ／ｇ￣１０＾６ｃｆｕ／ｇ,摄食人工配合饲料和紫背浮萍后,细菌数量呈现先增加后减少的趋势。人工配合饲料和紫背浮萍中的细菌数量分别为１０＾４ｃｆｕ／ｇ和１０＾６ｃ     

不同益生元对肠道菌群的影响

研究了不同益生元对肠道菌群生长的影响。结果表明,水苏糖、低聚麦芽糖和低聚半乳糖均能显著的促进双歧杆菌和乳酸菌的生长,说明这3种糖都可以被有益菌分解利用,均可作为有益菌的生长促进剂,且低聚半乳糖对病原菌有显著的抑制作用。     

褐菖鲉肠道菌群初步分析

采用稀释定量方法,分别用TCBS、EMB、卵黄甘露醇高盐琼脂、肠道菌计数培养基、BBL、亚硫酸盐—多粘菌素—磺胺嘧啶、乳杆菌选择性培养基、厌氧琼脂8种培养基,分离并计数褐菖鲉(Sebastiscus marmoratus)肠道菌群的数量,挑选优势菌株进行细菌生化鉴定,初步分析褐菖鲉肠道正常菌群的分布情况。结果显示,褐菖鲉肠道厌氧菌的数量远远大于好氧菌,并以兼性厌氧菌为主。好氧菌中大肠菌群居多,弧菌不多见;厌氧菌中多见双歧杆菌。葡萄球菌数量稀少,未检测到产气荚膜梭菌。     

虾夷马粪海胆不同肠道中菌群组成及其PCR-DGGE图谱分析

利用细菌16S rDNA PCR-DGGE指纹图谱技术,对虾夷马粪海胆不同肠道的微生物菌群组成进行分析,结果表明:海胆小肠与大肠样品分别得到14条与13条条带,其中,共有条带为10条,优势条带分别为7条与5条,特异性条带分别为4条与3条;经后续条带比较分析和DGGE图谱割胶测序后发现,小肠与大肠样品中微生物主要来源于外界海水环境,其菌群构成存在差异与虾夷马粪海胆消化巨藻存在不同有关。     

树鼩肠道菌群多样性与功能预测研究

[目的]鉴定树鼩的肠道菌群,分析树鼩肠道菌群多样性和丰度,并进行菌群功能预测。[方法]随机采集3份雄性树鼩粪便样品,提取树鼩粪便中细菌基因组DNA,通过PCR扩增获得16S rRNA V3～V4片段,采用高通量Illumina PE300平台进行测序,利用BIPES以及QIIME分析并比较菌群结构及多样性。最后,通过PICRUS t软件对肠道菌群的功能进行预测。[结果]树鼩肠道粪便细菌有9门20纲33目53属122种208个OTU。门水平上,优势菌群为厚壁菌门(Firmicutes)和变形菌门(Proteobacteria);属水平上,埃希氏杆菌属(Escherichia)、乳酸菌属(Lactobacillus)和肠球菌属(Enterocossus)为优势菌群。PICRUS t功能预测结果表明,肠道细菌编码的大多数基因与代谢相关,其次是基因信息加工、环境信息加工。COG功能分类分析表明肠道微生物基因在"氨基酸的运输和代谢"和"碳水化合物运输与代谢"功能类群的相对丰度较高。[结论]PICRUS t功能预测到树鼩肠道菌群主要与代谢相关,树鼩肠道菌群是研究肠道菌群与代谢类疾病的一种良好试验材料。     

不同生长速度的大黄鱼肠道菌群结构的差异

为分析肠道菌群结构变化对大黄鱼Pseudosciaena crocea生长速度的影响,采用高通量测序的方法,对生长条件相同、生长速度不同的两组大黄鱼肠道菌群结构进行了研究。结果表明:生长缓慢组鱼肠道内菌群OTUs和菌群多样性指数Chao1显著高于生长正常组(P<0.05),但两组间Shannon指数差异不显著(P>0.05);变形菌门Proteobacteria、厚壁菌门Firmicutes、梭杆菌门Fusobacteria和拟杆菌门Bacteroidetes为大黄鱼肠道内的优势菌群,其中变形菌门在两组鱼肠道内的相对丰度超过50%;两组大黄鱼肠道菌群结构变化主要集中在变形菌门、放线菌门Actinobacteria和蓝细菌门Cyanobacteria;科水平上的细菌相对丰度比较结果显示,变形菌门内的鞘脂单胞菌科Sphingomonadaceae、柄杆菌科Caulobacteraceae、丛毛单胞菌科Comamonadaceae、假单胞菌科Pseudomonadaceae和莫拉氏菌科Moraxellaceae在两组鱼肠道内的相对丰度差异显著(P<0.05),其中莫拉氏菌科在生长缓慢组鱼肠道内的含量显著高于生长正常组(P<0.05)。研究表明,不同生长速度的大黄鱼肠道菌群结构存在差异,生长缓慢组鱼肠道内菌群种类多于生长正常组;变形菌门内菌群变化与大黄鱼生长密切相关,莫拉氏菌科在鱼肠道内含量的变化可能是引起大黄鱼生长变慢的主要原因。     

健康与腹泻幼犬肠道菌群的比较研究

通过对健康幼犬和腹泻幼犬的肠道菌群进行研究,对两者之间的差异进行探讨,以指导临床对腹泻的治疗。无菌采取健康幼犬和腹泻幼犬的粪便,通过选用不同选择性培养基,对其粪便微生物进行分离培养。比较两者菌群的差异,并筛选优势菌株,研究其生长特性以及通过生化试验进行确认。健康幼犬与腹泻幼犬粪便中常见细菌有肠杆菌、肠球菌、乳杆菌、双歧杆菌等,其数量的变化比较,腹泻幼犬粪便中肠球菌和乳酸杆菌的数量降低明显,双歧杆菌数量略有下降,肠杆菌的数量有不显著增加的趋势。肠道菌群失调易引起腹泻,临床上应正确治疗腹泻,避免滥用抗生素。     

不同生长速度的大黄鱼肠道菌群结构的差异

为分析肠道菌群结构变化对大黄鱼Pseudosciaena crocea生长速度的影响,采用高通量测序的方法,对生长条件相同、生长速度不同的两组大黄鱼肠道菌群结构进行了研究。结果表明:生长缓慢组鱼肠道内菌群OTUs和菌群多样性指数Chao1显著高于生长正常组(P0.05),但两组间Shannon指数差异不显著(P0.05);变形菌门Proteobacteria、厚壁菌门Firmicutes、梭杆菌门Fusobacteria和拟杆菌门Bacteroidetes为大黄鱼肠道内的优势菌群,其中变形菌门在两组鱼肠道内的相对丰度超过50%;两组大黄鱼肠道菌群结构变化主要集中在变形菌门、放线菌门Actinobacteria和蓝细菌门Cyanobacteria;科水平上的细菌相对丰度比较结果显示,变形菌门内的鞘脂单胞菌科Sphingomonadaceae、柄杆菌科Caulobacteraceae、丛毛单胞菌科Comamonadaceae、假单胞菌科Pseudomonadaceae和莫拉氏菌科Moraxellaceae在两组鱼肠道内的相对丰度差异显著(P0.05),其中莫拉氏菌科在生长缓慢组鱼肠道内的含量显著高于生长正常组(P0.05)。研究表明,不同生长速度的大黄鱼肠道菌群结构存在差异,生长缓慢组鱼肠道内菌群种类多于生长正常组;变形菌门内菌群变化与大黄鱼生长密切相关,莫拉氏菌科在鱼肠道内含量的变化可能是引起大黄鱼生长变慢的主要原因。