牛分枝杆菌三重PCR检测方法的建立

为建立快速检测牛分枝杆菌(M.bovis)的三重PCR方法,本研究以M bovis ValleeⅢ株染色体DNA 为模板,分别以其recA、IS6110、IS1081基因特异性引物进行PCR扩增,建立检测M.bovis的recA-IS6110-IS1081三重PCR反应.通过PCR扩增获得大小约为860 bp、520bp和340 bp的DNA片段.BLAST序列分析表明,这3个基因片段与GenBank中登录的相关基因的核苷酸序列同源性均达到99%.同时,recA、IS6110和IS1081PCR扩增的敏感性分别达到585fg、19.5fg和19.5fg.特异性较强,只有M.bovis和人结核临床分离株扩增反应为阳性,为进一步研究recA、IS6110和IS1081基因以及其在牛结核病诊断中的应用奠定了基础.     

牛分枝杆菌特异性多重PCR反应在临床样本检测中的应用

本试验应用建立的三重PCR反应检测256份血液样本,结果其中的2份样本呈阳性.应用在线blast进行同源性比较,结果发现,牛分枝杆菌特异性基因IS6110,IS1081和recA与牛分枝杆菌AF2122/97株的同源性均达到99％以上.     

犬猫感染分枝杆菌的分子流行病学调查

从上海市不同区县采集352份犬猫鼻液、痰液、尿液及宠物饲料样品进行检测,以16s rRNA、IS6110、Rv3878、IS1081、ESAT-6和CFP-10等为目的基因设计引物,结果显示:非健康犬猫样品DNA中,ESAT-6和CFP-10基因检出率分别为43%和38.6%,而致病性分枝杆菌特异的引物Rv3878、IS6110和IS1081基因不能被检出;而在健康犬猫样品DNA中,所有基因的检出率均很低。本研究提示:犬猫可能携带有非结核分枝杆菌,并且患病的犬猫被非结核分枝杆菌污染的几率较健康犬猫更大。     

多重PCR对禽分枝杆菌亚种鉴定的初步应用

为了建立禽分枝杆菌多重PCR方法，给禽分枝杆菌亚种鉴定及禽结核病的诊断提供参考。本实验根据国外报道的诊断方法设计4对特异性引物，选用我国禽结核参考菌株（CVCC 68201）基因组DNA为模板，优化了退火温度，测定了DNA最小检测量，并进行了特异性检验。采用优化好的多重PCR体系，对国家兽医微生物菌种保藏中心保存的禽分枝杆菌标准菌株进行检测和分类。实验结果表明，禽结核参考菌株（CVCC 68201）能很好的扩增出577 bp（IS901基因片段）、385 bp（IS1245基因片段）和140 bp（dnaJ基因片段）三条目的条带，基因组DNA的最小检测量为0.38 ng/μL，目的条带在退火温度50 ℃～62 ℃之间均能得到有效扩增。对23株禽分枝杆菌菌株检测，并设立牛分枝杆菌作为阴性对照，最终将禽分枝杆菌菌株分为三大类：禽亚种/森林土壤亚种、副结核亚种、人猪亚种，与国家兽医微生物菌种保藏中心的分类结果相比不仅一致且更加详尽而有临床意义。因此，基于分子生物学方法建立的多重PCR方法可以对禽分枝杆菌亚型进行快速鉴定并对禽结核病的诊断提供参考。     

牛分枝杆菌特异性PCR检测方法的建立及初步应用

根据已发表的牛分枝杆菌的pncA的基因序列，设计和合成了一对可扩增294bp目的片段的引物，建立了特异性检测牛分枝杆菌的PCR方法。对牛分枝杆菌国际参考株和国内分离株成功扩增出294bp的特异性基因片段；对人结核分枝杆菌、副结核分枝杆菌、鸟胞内分枝杆菌和草分枝杆菌DNA的PCR扩增结果均为阴性。本PCR方法检测的敏感度可达到50pg。对10份牛分枝杆菌培养阳性和10份阴性样品的DNA分别进行了PCR检测，结果10份阳性样品中有9份样品为PCR扩增阳性，阳性符合率为90％（9／10）；而10份阴性样品则PCR扩增全部为阴性，阴性符合率为100％（10／10）。本方法可做为牛分枝杆菌的快速检测和流行病学调查的工具。     

牛结核病PCR诊断试剂盒质量标准的研究

根据GenBank中的牛结核分枝杆菌IS6110的基因片段,设计了1对引物,通过对PCR反应条件进行优化,研制了用于检测牛结核病的PCR试剂盒．该试剂盒的质量标准是：敏感性为3．04pg／μL、条带为478bp、特异性为100％,-20℃至少可保存12个月,重复性良好。     

布鲁氏菌病、结核病多重PCR方法的建立

根据GenBank上已发表的布鲁氏杆菌BM21基因序列和结核分枝杆菌插入片段IS6110,设计合成两对特异性引物,初步建立了布鲁氏菌病(Brucellosis)和牛结核病(Bovine Tuberculosis)诊断方法,并以棋盘法锁定了两条引物的最适反应条件,同时扩增出布病255bp和牛结核129bp特异性片段。并通过对多重反应体系的特异性和敏感性实验,最终确定了布鲁氏菌病和牛结核病的复合PCR诊断方法。     

多重PCR-变性高效液相色谱法快速检测结核致病菌群并同步鉴别致病菌种

本研究旨在运用多重PCR联合变性高效液相色谱(DHPLC)技术原理,建立快速检测人兽结核致病菌群并鉴别主要致病菌种的新方法。建立了四重PCR-DHPLC方法,可同时检测结核分枝杆菌复合群(MTC)特异的IS6110和IS1081插入序列、结核分枝杆菌特异结构基因和牛分枝杆菌特异结构基因共4个目标基因。采用13种分枝杆菌标准菌株和分离株以及23种常见微生物样品进行特异性试验,采用纯化标准菌株DNA以及克隆了扩增序列的重组质粒DNA进行检测灵敏度试验,采用从临床疑似发病牛群采集的牛组织样品进行临床检测试验,并与细菌分离培养方法进行比对。结果表明:所建立的多重PCR-DHPLC方法能特异检测MTC并准确鉴别结核分枝杆菌和牛分枝杆菌,而对其它11种分枝杆菌以及23种常见微生物样品均呈典型阴性检测结果;检测灵敏度达到每个反应102～103基因拷贝或3.6～6.8fg DNA模板浓度。采用该法从39份临床疑似样品中检出33份MTC阳性并检出其中28份为牛分枝杆菌阳性,而培养法检出21份阳性样品。采用该法临床检测全程可缩短至1d之内,其中对纯化DNA样品的检测分析可在2h内完成。本研究为人兽结核致病菌(群)的快速检测鉴别提供了新型分子生物学方法,所建立的四重PCR-DHPLC方法能实现快速检测结核分枝杆菌复合群并鉴别结核分枝杆菌和牛分枝杆菌     

牛结核病PCR检测试剂盒的研制

根据GenBank中的牛结核分枝杆菌IS6110的基因片段,设计了1对引物,通过对PCR反应条件进行优化,研制了用于检测牛结核病的PCR试剂盒,该试剂盒扩增的阳性条带为317 bp;敏感性结果显示,该PCR检测试剂盒的最低核酸检测量为1.025 pg/μL;特异性试验表明,仅结核分枝杆菌扩增结果为阳性,副结核分枝杆菌、胸膜肺炎放线杆菌、大肠杆菌、巴氏杆菌、沙门氏菌、金葡萄球菌、链球菌的扩增结果均为阴性。-20 ℃至少可保存12个月,且重复性良好。应用该PCR试剂盒对24份临床样本进行了检测,其PCR检测结果与结核菌素试验检测结果相一致。结果表明,牛结核病PCR检测试剂盒能够对牛结核临床样本进行快捷、灵敏、准确的检测。     

用多重PCR方法检测奶牛场麻雀中分枝杆菌感染情况

目的：利用可以鉴别分支杆菌属中结核分枝杆菌、牛分支杆菌、非结核分枝杆菌多重PCR方法,检测奶牛场麻雀组织中分支杆菌感染情况。方法根据结核分枝杆菌种特异基因目的片段MTP40、分枝杆菌属特异基因32kD、结核分枝杆菌复合群特异基因IS6110插入序列,设计合成三对特异性引物,扩增对32kD的506bp、MTP40的396bp和IS6110的984bp片段,以此方法检测奶牛场麻雀肺组织中分支杆菌感染情况,并对阳性结果的目的片段进行克隆测序。结果在分析的21份麻雀肺组织中,检测出2例非结核分枝杆菌阳性病料,阳性率9.52%。2例阳性样本PCR扩增得到的片段与GenBank收录的32kD基因同源性分别为95.8%和97.2%。结论麻雀肺组织中存在分支杆菌感染阳性病例提示该牛场中生物体内存在分支杆菌潜伏感染,并可能导致奶牛的潜伏感染以及干扰结核检疫。     

牛结核分枝杆菌PCR检测方法的建立

随着牛结核病疫情日趋严重,快速、高效的分子生物学检测方法建立显得十分必要.试验设计合成了牛结核分枝杆菌特异性引物,优化反应条件,建立了牛分枝杆菌PCR检测方法.结果显示,所建立的牛结核分枝杆菌PCR检测方法可有效检测牛结核分枝杆菌,在模板浓度、引物浓度和退火温度分别为1.32 μg/mL、0.5 μm/L、54℃时最佳;性能评估显示,该方法具有较好的特异性、敏感性和临床应用性,为我省牛结核病的综合防控提供关键技术.     

鉴别牛羊布鲁菌实时荧光定量PCR方法的建立

[目的]建立准确、快速检测布鲁菌、羊种布鲁菌、牛种布鲁菌的方法。[方法]以BCSP31作为布鲁菌菌属特异性基因,以IS711插入元件作为布鲁菌菌种特异性标志,设计引物和Taqman探针;分别构建标准阳性质粒模板,将其10倍倍比稀释作多重实时荧光定量PCR标准曲线,评价多重实时荧光定量PCR反应体系的敏感性、特异性、重复性。[结果]建立了鉴别牛种、羊种布鲁菌的实时荧光定量PCR方法,并用该方法对临床样品进行检测。[结论]所建立的多重实时荧光定量PCR诊断方法能够快速、准确地鉴别牛种和羊种布鲁菌。     

结核分枝杆菌疫源追踪的基因检测分析

目的探讨牛源性人结核疫源追踪的基因分析方法。方法采用复方PCR结核杆菌快速鉴定技术,针对特征性分枝杆菌标志基因(MTP40基因、α抗原基因和IS6110),对结核病人和患牛的标本,进行检测。结果患者标本结核分枝杆菌阳性;患牛标本牛分枝杆菌和结核分枝杆菌分别阳性。结论结核病奶牛不仅是人类牛型结核的可能来源,也可能成为人类人型结核的潜在来源。     

牛分枝杆菌广西分离株MPB70基因的克隆及序列分析

利用牛分枝杆菌MPB70基因特异性引物,以2株牛分枝杆菌广西分离株的染色体DNA为模板,扩增MPB70基因,产物经纯化后与载体PMD18-T连接,然后转化至大肠杆菌DH5α。提取转染后大肠杆菌的质粒进行双酶切和PCR鉴定,鉴定为阳性的质粒进行序列测定。测序后通过序列分析软件DNAstar MegAlign对MPB70基因核苷酸序列及推导的氨基酸序列进行分析,并与GenBank上已发表的8株牛分枝杆菌的MPB70基因参考序列进行比较。结果显示广西分离株mt359、mt370与已发表的7株参考株序列比较,其核苷酸序列和氨基酸同源性在77.4%~95.9%之间。这一结果表明广西奶水牛分枝杆菌分离株与参考的其他牛分枝杆菌毒株的MPB70基因没有太大的差异,说明牛分枝杆菌分泌蛋白MPB70基因十分保守,从而为检测跟踪毒株的变异,研制牛分枝杆菌亚单位疫苗提供基础。     

炭疽与结核病多重PCR方法的建立

根据GenBank上已发表的炭疽杆菌PX01和结核分枝杆菌插入片段IS6110,设计合成两对特异性引物,分别建立了炭疽病(Anthrax)和牛结核病(Bovine Tuberculosis)单项PCR诊断方法。通过对扩增条件的筛选,并以棋盘法锁定了两条引物的最适反应条件,同时扩增出炭疽329bp和牛结核129bp特异性片段,并通过对多重反应体系的特异性、敏感性实验和重复性试验,最终确定了布病和炭疽病的多重PCR诊断方法。     

分枝杆菌分型三重PCR检测方法的建立及应用

本研究旨在建立一种快速鉴定分枝杆菌的三重PCR方法,并比较分析其在临床检测中的可靠性。根据已发表的结核分枝杆菌、牛分枝杆菌和非洲分枝杆菌rv 3036c基因,结核分枝杆菌rv 1970f基因(RD7)和牛分枝杆菌pncA基因的序列,改造并设计合成了3对特异性扩增引物,建立了一种能对分枝杆菌样品进行初步鉴定的三重PCR方法。结果显示该方法可针对rv 3036c、rv 1970f和pncA基因分别扩增出大小为500、125和249 bp的目的片段,能特异性检测出结核分枝杆菌(500和125 bp两条带)和牛分枝杆菌(500和249 bp两条带),并可将结核分枝杆菌、牛分枝杆菌与其他分枝杆菌加以区分。本方法的检测灵敏度为50 pg/μL模板基因组DNA。对86株抗酸染色阳性菌进行三重PCR鉴定,鉴定结果与细菌16S rDNA和ITS序列测定结果一致,检测准确度为100%,优于生长特征和生化试验鉴定。     

基于gB基因的IBRV微滴式数字PCR检测方法的建立及初步应用

为实现牛传染性鼻气管炎病毒(infectious bovine rhinotracheitis virus, IBRV)精准的定量检测，以IBRV gB基因为靶基因，建立IBRV微滴式数字PCR(droplet digital PCR,ddPCR)定量检测方法，进行了ddPCR退火温度、引物和探针浓度的优化、特异性和灵敏性试验。结果显示，建立的ddPCR方法最佳退火温度为56.5℃;反应体系中最佳引物、探针浓度分别为900和250 nmol/L;能够实现IBRV的特异性检测，与其他常见的牛呼吸系统疫病病原无交叉反应；以重组质粒pMD19-T-gB为模板，ddPCR方法的检出限为1.8 copies/μL,是实时荧光PCR方法敏感性的10倍。对119份具有呼吸道症状的牛鼻拭子样本分别进行ddPCR方法和实时荧光PCR方法进行检测，结果显示，ddPCR方法和实时荧光PCR方法的检出率分别为(15.13%,18/119)和(12.60%,15/119)。本研究建立的ddPCR方法特异性强、灵敏度高，可作为牛呼吸道临床样品中IBRV精准定量检测的有效手段。     

牛副流感病毒3型RT—PCR检测方法的建立

参照GenBank中公布的牛副流感病毒3型（Bovineparainfluenzavirus3,BPIV-3）全基因序列,针对BPIV-3特异性NP蛋白保守基因设计一对引物,建立了BPIV-3的RT—PCR诊断方法。其最佳扩增退火温度为58．1℃,引物浓度为1．0μmol／L。采用该方法扩增BPIV-3参考病毒．能扩增出425bp预期大小的特异性片段,而扩增牛病毒性腹泻／黏膜病病毒、牛传染性鼻气管炎病毒、牛合胞体病毒、猪瘟病毒以及牛支原体、大肠埃希氏菌、牛巴氏杆菌和沙门氏菌等常见病毒和细菌均呈阴性结果。对参考病毒进行梯度稀释检测,结果证明该法检测BPIV-3的灵敏度可达10^-3FCID50／0．1mL。     

采用限制性酶切片段长度多态性和PCR指印技术对牛结核分枝杆菌分型研究

5株牛结核分枝杆菌DNA经PvuⅡ消化后，用来自IS1081中的248bp荧光探针杂后后进行限制性酶切片长度多态性（RFLP）分型，5株牛分离株中4株具有相同杂交带型，剩余的1株在3．6kb处多了1条带。将248bp探针对北京牛结核分枝杆菌分离株的RFLP分型法结果与直接反向PCR分型法对上述分离株分型结果比较发现：5株牛结核分枝杆菌分离株中有2株具有相同的PCR指印带型，剩余3株牛结核分枝相杆菌分离株则PCR指印带各不相同，上述结果显示出，直接反向PCR分型法较标准的RFLP分型法分型能力强。直接PCR法对新疆牛结核分枝杆菌分离株的分型结果显示出，PCR指印带型中带数较少，且与北京牛结核分枝杆菌分离株的PCR指印带型截然不同。     

基于牛结节性皮肤病病毒ORF61基因荧光定量检测方法的建立

基于国内流行的牛结节性皮肤病病毒(lumpy skin disease virus, LSDV)的基因组序列,建立了靶向ORF61基因的MGB探针荧光定量PCR检测方法。本研究基于LSDV基因序列设计出带有MGB探针的特异性荧光定量PCR引物,并进行特异性和灵敏性筛选验证。最终,筛选得到靶向于LSDV ORF61基因的一对qPCR引物;利用pCAGGS-ORF61真核表达质粒,获得标准曲线y=-3.287 5x+47.87,线性相关系数R²=0.998 6,扩增效率达101%;荧光定量PCR特异性、重复性和灵敏性试验结果表明,该引物的特异性高、重复性良好和灵敏度高等优点;该引物的最低检测限为6.71拷贝·μL^-1,各批次内与批次间重复性结果的变异系数均小于2%。以上结果表明,作者建立特异性LSDV的荧光定量PCR检测方法,为LSD预防和控制提供有效的检测手段。