叶斑病对黄精叶片内生真菌群落结构的影响

为了探究健康和叶斑病害黄精叶片内生真菌群落的结构差异,采用Illumina NovaSeq技术对健康（JK）和染病（RB）黄精叶片内真菌的ITS rDNA进行测序,分析两组样品物种多样性和群落结构。结果显示,RB组叶片内物种多样性较JK组无显著变化,但物种丰度较JK组显著降低。RB组中的优势菌群为担孢酵母属、刺盘孢属、链格孢属和宙斯沸耳属,而JK组中的附球霉属、毛壳菌属和枝孢属的比例显著高于RB组。本研究证明了叶斑病害会导致染病黄精叶片内生真菌群落的丰度下降,使某些有害物种优势生长,该研究为黄精叶斑病病害的防治提供了理论依据。     

巨杉健康和感病叶片表面微生物组成和多样性比较

为分析巨杉(Sequoiadendron giganteum)健康叶片和感病叶片表面微生物的组成和多样性异同,以我国引种的巨杉叶片表面微生物类群为研究对象,采用高通量测序对细菌16S rRNA和真菌ITS片段测序,通过OTU数量、多样性指数、鉴定类群等方法,分析叶片表面细菌和真菌组成和多样性的异同.结果表明,健康叶片表面的细菌多样性比感病叶片高,但肠杆菌属(Enterobacter)、金黄杆菌属(Chryseobacterium)和短小杆菌属(Curtobacterium)菌群的含量在感病叶片中占所有细菌群落的比例比健康叶片高;真菌类群在健康叶片表面的多样性比感病叶片丰富,其中葡萄孢属(Botrytis)的卡罗来纳葡萄孢(B.caroliniana)占感病叶片表面真菌总数量的49.60%,远远多于健康叶片所占比例16.10%.健康叶片比感病叶片表面维持了较高的细菌和真菌类群多样性,卡罗来纳葡萄孢真菌在感病叶片表面所占比例远远大于健康叶片,可能与植株感病有关,此结果可为巨杉致病菌的防治提供依据.     

阿特拉津胁迫对谷子种植区土壤真菌群落的影响

本试验以山西阳曲县谷子种植区土壤为研究对象,运用Illumina MiSeq高通量测序技术,分析真菌多样性及群落组成变化情况。由α多样性指数可知,阿特拉津喷洒浓度越高,土壤真菌丰度和多样性越低;在黄土高原谷子种植区,土壤真菌主要门类为子囊菌门(Ascomycota)、接合菌门(Zygomycota)、担子菌门(Basidiomycota)、壶菌门(Chytridiomycota)和球囊菌门(Glomeromycota);在优势菌群中,子囊菌门相对丰度可高达61.9%;从门、纲、属不同水平上进行分析,除未分类真菌外,高浓度和低浓度阿特拉津污染土壤样品中的优势真菌种类基本相同。综上,在一定范围内,阿特拉津可导致土壤中真菌的丰富度和群落多样性降低,但不会改变土壤中优势真菌种类。     

高通量测序技术分析进境高粱种子的真菌多样性

[目的]利用高通量测序技术对进口美国和澳大利亚的高粱种子真菌多样性进行分析,以期为筛查进口高粱携带真菌种类及检疫风险的评估提供科学依据。[方法]收集美国和澳大利亚的高粱种子24份,提取DNA,对ITS1区进行Illumina Hiseq高通量测序,通过真菌通用数据库(UNITE database)及自行构建的高粱病原真菌核心数据库,应用USEARCH 10.0软件对高通量测序数据进行生物信息学分析。[结果]质量控制后得到1 794 895条优化序列,聚类得到901个OTU(operational taxonomic units),测序已覆盖样品中绝大部分的真菌类群。多样性分析表明:2个国家的高粱种子携带的真菌数量相对稳定,但2个国家的高粱种子真菌群落结构差异显著,美国高粱主要真菌群落分布比澳大利亚均匀。2个国家进口高粱种子携带的真菌种类(属水平上)有:链格孢属、曲霉属、隐球菌属、附球菌属、镰刀菌属、戴维氏属、汉纳酵母属、球梗孢属、茎点霉属、耐干霉菌属、尾孢菌属、枝孢属、麦角菌属、旋孢腔菌属、刺盘孢属、弯孢霉属等。采用通用数据库有29个OTU比对到种水平;而采用高粱病原真菌核心数据库有47个OTU比对到种水平。[结论]通过高通量测序技术全面筛查进境高粱携带的病原真菌种类,一次性检出了多种重要的高粱病原真菌;并且构建高粱核心病原真菌数据库,可以显著提高鉴定到种的准确率,为快速筛查高粱病原真菌提供科学依据,为口岸科学评估进口高粱检疫风险提供技术支持。     

卵孢长根菇不同生长期覆土层微生物群落结构多样性分析

【目的】探究卵孢长根菇不同生长期覆土层微生物群落结构多样性及木霉病害对微生物群落的影响,为长根菇的高产稳产提供理论依据。【方法】采用Illumina高通量测序技术,研究长根菇不同生长阶段(覆土时、现蕾期、采收期、发病期、转潮期)覆土层微生物群落结构组成及其多样性,并利用冗余分析技术分析研究微生物菌群与土壤理化因子的相关性。【结果】从覆土样品中共获得操作分类单元(OTUs)4581个,细菌和真菌OTUs分别为3650个和931个。不同生长阶段土壤的细菌优势菌群存在较大差异,覆土时和采收期的最优势属为广义伯克霍尔德氏菌属(Burkholderia),现蕾期、发病期、转潮期的最优势属的分别为罗尔斯通氏菌属(Ralstonia)、西地西菌属(Cedecea)和噬几丁质菌属(Chitinophaga)。覆工至采收的前3个生长期的最优势真菌属为镰刀菌属(Fusarium),其余生长期则为木霉属(Trichoderma)。木霉病害发病期土壤层微生物菌群结构发生较大变化,微生物数量和丰度均低于其他期;采收期土壤的细菌多样性最高,转潮期真菌多样性最高。冗余分析结果表明,覆土层中速效氮和速效钾与细菌在属水平上有显著正相关(P<0.05,下同);有效磷与真菌属水平菌群显著正相关。土壤有机质与覆土时土壤微生物群落呈正相关;速效氮、有效磷、速效钾和pH则与转潮期土壤微生物群落呈正相关。【结论】不同生长阶段覆土层土壤真菌物种数量在采收期达最大值,细菌物种数量则随着长根菇的生长而不断下降。木霉病害的发生对土壤微生物种类和丰度均有显著抑制作用,同时大量消耗土壤的营养元素,降低pH。     

西瓜枯萎病不同发病阶段根际微生物群落结构分析

通过高通量测序分析西瓜枯萎病不同发病阶段根际土壤微生物群落结构,以探明根际微生物优势菌群在西瓜枯萎病发生过程中的差异。以种植前土壤(CK1),发病高峰期土壤(CK2),发病稳定期土壤(CK3)样品,利用Illumina-Hiseq高通量测序平台对根际土壤进行16S和ITS rDNA测序分析。结果显示:根际土壤细菌多样性表现为CK1CK3CK2,其中CK1与CK3之间无显著性差异,与CK2之间差异性显著,在属水平上,发病高峰期主要富集优势细菌群有Mizugakiibacter(21.9299%)、罗河杆菌属(Rhodanobacter,5.0933%)、乳杆菌属(Lactobacillus,3.1921%)。根际土壤真菌多样性表现为CK1CK3CK2,三者呈显著差异性,在属水平上,发病高峰期主要富集优势真菌群有散尾鬼笔属(Lysurus,54.4601%)、团丝核菌属(Papulaspora,12.4252%)、端梗孢属(Acrophialophora,3.1729%)。试验结果表明,在西瓜枯萎病发病高峰期根际土壤中细菌、真菌的多样性及丰富度均有所下降,随着发病逐渐稳定,根际土壤中细菌、真菌多样性和丰富度得到一定程度的恢复。     

黄河三角洲盐碱地土壤真菌多样性及其与土壤理化性质的关系

采用454高通量测序(454 high throughput sequencing)分析方法,研究不同覆被(光板地和柽柳群落以及白茅群落)类型下土壤真菌组成、多样性及与理化性质的关系。该研究共获得5门174属真菌,不同土样中真菌种类和多样性有所不同,其中,白茅群落真菌的种类较多,尤其是HZ3A(白茅0~20 cm)中真菌属数量最多,其真菌属分别是HZ1A(光板地0~20 cm)、HZ1B(光板地20~40 cm)、HZ2A(柽柳0~20 cm)、HZ2B(柽柳20~40 cm)、HZ3B(白茅20~40 cm)的2.23、1.74、1.24、2.18和1.38倍。此外,白茅群落真菌多样性高于柽柳群落和光板地。碱解氮对土壤真菌多样性和分布的影响最大,其与Knufia、旋孢腔菌属(Cochliobolus)、毛霉属(Mucor)、马拉色氏霉菌属(Malassezia)的相对丰度呈负相关,与其余真菌属的相对丰度呈正相关。     

西瓜枯萎病不同发病阶段根际微生物群落结构分析（英文）

通过高通量测序分析西瓜枯萎病不同发病阶段根际土壤微生物群落结构,以探明根际微生物优势菌群在西瓜枯萎病发生过程中差异。以种植前土壤(CK1),发病高峰期土壤(CK2),发病稳定期土壤(CK3)样品,利用Illumina-Hiseq高通量测序平台对根际土壤进行16S和ITS rDNA测序分析。结果显示:根际土壤细菌多样性表现为CK1CK3CK2,其中CK1与CK3之间无显著性差异,与CK2之间差异性显著,在属水平上,发病高峰期主要富集优势细菌群有Mizugakiibacter(21.929 9%)、罗河杆菌属(Rhodanobacter,5.093 3%)、乳杆菌属(Lactobacillus,3.192 1%)。根际土壤真菌多样性表现为CK1CK3CK2,三者呈显著差异性;在属水平上,发病高峰期主要富集优势真菌群有散尾鬼笔属(Lysurus,54.460 1%)、团丝核菌属(Papulaspora,12.425 2%)、端梗孢属(Acrophialophora,3.172 9%)。试验结果表明,西瓜枯萎病发病高峰期土壤中细菌、真菌的多样性及丰富度均有下降,随着发病逐渐稳定,根际土壤中细菌、真菌多样性和丰富度得到一定程度的恢复。     

抗虫辣椒BLTY品系对斜纹夜蛾肠道细菌多样性的影响

【目的】BLTY品系辣椒叶片对1～3龄斜纹夜蛾幼虫有较强的胃毒性,本研究旨在进一步探明这种胃毒性与肠道细菌群落结构及多样性的相关性。【方法】利用Illumination HiSeq技术对斜纹夜蛾3龄幼虫取食BLTY品系辣椒叶片、FXBX辣椒叶片(无毒性)及人工饲料后肠道细菌16S rRNA的特异性区域进行测序,应用Usearch和R语言软件分析其肠道细菌群落结构、物种丰度及多样性的差异。【结果】厚壁菌门(Firmicutes)和变形菌门(Proteobacteria)为不同处理下斜纹夜蛾3龄幼虫肠道细菌的共有优势菌门。相较于取食无毒性的FXBX辣椒叶片和人工饲料,取食BLTY品系辣椒叶片的肠道菌群Alpha多样性指数显著上升,菌群组成和结构差异显著。在门水平上,变形菌门、放线菌门(Actinobacteria)和拟杆菌门(Bacteroidetes)相对丰度升高;在属水平上,有益菌肠球菌属(Enterococcus)相对丰度降低,而致病菌沙门氏菌属(Salmonella)、布鲁氏菌属(Brucella)、寡养单胞菌属(Stenotrophomonas)相对丰度显著升高。KEGG代谢差异...     

不同种植年限对凤丹牡丹根际真菌群落组成和多样性的影响

连作障碍对牡丹的生长发育会产生严重的影响,根际微生物环境会对这种改变做出相应的反馈,因此,对连作状态下的不同种植年限凤丹牡丹根际微生物环境的研究有重要意义.采用Illumina高通量测序技术,以苏州地区的3、6、10年生凤丹牡丹根际土壤为研究对象,对根际真菌群落进行测序分析,研究真菌ITS rDNA可变区的丰富度和多样性指数.测序后不同种植年限根际土中共得到1020520条原始序列,序列过滤拼接后可得613250条序列(tags);3组土壤样品共含有891个分类操作单元(OTUs),涵盖了5门、115纲、15目、175科、230属、320种菌群;3年生凤丹牡丹根际优势菌群为球囊菌门(Glomeromycota)、木耳科(Auriculariales)、盘菌科(Pezizaceae)、球腔菌科(Mycosphaerellaceae);6年生凤丹牡丹的优势真菌群落主要有肉座菌目(Hypocreales)、鬼伞属(Coprinopsis)、巢菌科(Nidulariaceae)、黑蛋巢菌(Cyathus)、银耳目(Tremellales);10年生凤丹牡丹的优势真菌群落主要有丝膜菌属(Cortinarius)、蜡皮马鞍蜡壳菌(Helvellosebacina)、革菌属(Thelephora).α多样性分析和β多样性分析均表明,不同种植年限凤丹牡丹根际土菌群群落多样性所呈现的规律为6年生>3年生>10年生.此外还发现,在连作状态下不同种植年限的凤丹牡丹根际真菌群落多样性之间有显著差异,菌群群落多样性呈先升高后降低的趋势.     

基于高通量测序的魔芋根际土壤真菌多样性分析

【目的】探究不同地区魔芋根际土壤真菌群落多样性情况。【方法】通过Illumina Miseq高通量测序技术对昆明、南平、南阳地区魔芋根际土壤真菌群落的多样性进行高通量测序和比较分析。【结果】测序共获得3770个OTUs,平均长度231 bp,南阳地区样品的香农指数较高,辛普森指数较低,说明该样品的真菌群落多样性较高,南阳地区样品的Chao1指数和ACE指数均高于其他两地区样品,说明南阳地区样品真菌群落丰富度较高。昆明地区样品真菌群落在属水平上共有13个真菌优势菌属,主要包含被孢霉属(Mortierella)20.13%、赤霉属(Gibberella)6.07%、截盘多孢霉属(Truncatella)3.91%、镰刀霉属(Fusarium)3.245%等。南平地区样品真菌群落在属水平上共有22个真菌优势菌属,主要包含赤霉属(Gibberella)17.77%、亡革菌属(Thanatephorus)7.79%、隐囊菌属(Aphanoascus)4.22%、节担菌属(Wallemia)3.96%等。南阳地区样品真菌群落在属水平上共有25个真菌优势菌属,主要包含Paraboeremia属6.4...     

高通量测序分析根结线虫对马铃薯根际土壤真菌群落多样性的影响

【目的】分析根结线虫对马铃薯根际土壤真菌群落多样性的影响。【方法】通过高通量测序技术、土壤性质测定及生物信息学技术分析感染根结线虫马铃薯和健康马铃薯根际土壤真菌群落多样性差异。【结果】从6个土壤样品中共获得3界12门34纲77目171科332属526种的土壤真菌。对物种多样性指数分析后,发现感染根结线虫马铃薯病株与健康马铃薯植株的根际土壤真菌群落多样性和土壤性质均存在显著性差异。对6个样品进行物种组成分析后,在门水平中,感病植株根际土壤真菌Basidiomycota丰度较健康植株根际土壤真菌丰度高,Ascomycota丰度低于健康植株根际土壤;在科水平中,病株根际土壤丰度较高的菌群有Nectriaceae和Trimorphomycetaceae;在属水平中,健康植株根际土壤丰度较高的菌群为镰刀菌属Fusarium、被孢霉属Mortierella和未知分类毛壳菌科属unclassified_f_Chaetomiaceae。【结论】感染根结线虫的马铃薯与健康马铃薯根际土壤真菌群落丰度在门、科和属水平上均存在差异,为进一步研究马铃薯根结线虫的发生和防治提供了新的思路。     

不同连作年限温室草莓根际土壤性质及真菌群落特征分析

土壤真菌在土壤生态环境中起着至关重要的作用,长期单作或连作会导致土壤真菌群落结构发生变化。为研究长期连作对草莓植株健康和根际真菌群落组成的影响,采用Illumina MiSeq测序技术,比较分析未连作(CK)和不同连作年限(1、2、4、7、9、11年)温室草莓根际土壤性质及真菌群落的结构特征。结果表明,草莓连作后土壤理化性质发生显著变化,连作4年后养分含量开始明显下降。高通量测序表明,土壤真菌群落丰富度和多样性随连作年限增加而增加,土传病害菌镰刀菌属(Fusarium)、腐质霉属(Humicola)、久浩酵母属(Guehomyces)丰度显著增加,斗管囊霉属(Funneliformis)、节丛孢属(Arthrobotrys)丰度从连作第4年开始下降。Spearman相关性分析表明,土壤pH值、速效钾和速效氮是判定草莓连作系统中有益菌群与致病菌群结构的主要因素。RDA分析表明,pH值、速效氮是决定连作系统中Funneliformis、Arthrobotrys丰度的主要土壤因子;速效钾是影响Guehomyces、Humicola、Fusarium丰度的主要土壤因子。本研究结果可为草莓种植的...     

大花杓兰内生真菌多样性研究

对大花杓兰(Cypripedium macranthum Sw.)内生真菌类群组成及多样性进行了分析。结果表明,从大花杓兰植株中分离到内生真菌59株,利用ITS-r DNA序列分子鉴定法将大花杓兰内生真菌鉴定为18个分类单元,分布在7纲9目11科16属。北京大花杓兰内生真菌包括12个属,内生真菌的多样性指数H=1.39、D=0.96,优势菌群为毛壳菌属(Chaetomium)和茎点霉属(Phoma)真菌,分别占总菌株数的15.25%和8.47%;吉林大花杓兰样品内生真菌归于9个属,内生真菌的多样性指数H=1.31、D=0.93,以毛壳菌属(Chaetomium)为优势菌群,占总菌株数的23.73%。由此可见,北京大花杓兰中内生真菌多样性高于吉林大花杓兰。     

西红花球茎病变对内生真菌多样性及菌群结构的影响

为了揭示病害对西红花内生真菌菌群结构的影响规律,为西红花病害防治提供参考依据。本研究对3个产地西红花健康球茎与病变球茎中分离鉴定的内生真菌进行物种优势度、物种数和多样性指数分析,物种优势度以相对分离频率进行计算,多样性指数采用Shannon-Wiener指数(H')与Simpson指数(1-D)。结果表明,球茎病变显著影响西红花内生真菌菌群结构与多样性,病变后内生真菌物种丰度从26下降至19,最优势种由Talaromyces rugulosus变为Fusarium oxysporum,病变同时降低了西红花内生真菌多样性。内生真菌多样性的降低与镰刀菌等有害菌群的增加可能是西红花球茎病变的主要原因。     

基于GSS高通量测序技术的怀山药根、茎中内生真菌群落多样性分析

采用GSS高通量测序技术分别测定怀山药根和茎中内生真菌的内转录间隔区ITS序列,将真菌归类到种或亚种水平。用Qiime和Mothur等软件分析样品的序列数目和操作单元数量,进而分析物种的丰度和Alpha多样性。本试验从怀山药根和茎分别获得的有效序列数为64 774条和273 930条;根、茎OTU数分别为268、308。其中根部内生真菌含5门,14纲,36目,65科,92属,109种;茎部内生真菌包含4门,14纲,38目,66科,95属,112种。结果表明,怀山药根、茎中内生真菌非常丰富,且茎中内生真菌多样性程度略高于根。根的优势菌群为葡萄孢盘菌属(Botryotinia),茎的优势菌群为链格孢属(Alternaria)。     

葡萄根际土壤真菌群落多样性分析

为了解新疆兵团第十二师不同葡萄种植产区根际土壤真菌群落多样性,以十二师五一农场(WY)、三坪农场(SP)、头屯河农场(TTH)、221团(221)、222团(222)及农业科学研究所(NKS)共6个不同区域葡萄根际土壤样品为试验材料,对土壤理化性质和微生物种类进行检测,并对土壤真菌18S RNA V2区进行高通量测序,以分析真菌群落多样性及丰度,并对土壤理化性质与土壤真菌菌群多样性进行相关性分析。结果表明:NKS的土壤肥力最高,各养分含量均在极丰等级。18S RNA测序结果显示,不同区域的真菌组成存在差异,SP和WY、221和222、NKS和TTH两两之间真菌群落结构相似,其中子囊菌门(Ascomycota)真菌占总菌群比例分别约为80%、60%和30%左右,而NKS的担子菌门(Basidiomycota)真菌占比远远高于其他5个地区,占总菌群的47%。Alpha多样性分析显示,222团的土壤真菌群落多样性最高,221团次之,三坪农场多样性最低。Beta多样性分析显示221团和222团的葡萄根际土壤真菌菌群组成最相似。土壤环境因子有机质、碱解氮和有效磷与土壤真菌群落组成存在显著正相关关系,表明可以通过调节土壤养分水平,来改变葡萄土壤真菌群落组成和遗传多样性水平。上述结果对真菌水平上改良土壤和葡萄土壤质量评价具有指导意义,也为十二师葡萄产区今后的施肥策略提供参考依据。     

高通量测序分析鞣花酸对大鼠肠道菌群的影响

[目的]采用高通量测序技术分析鞣花酸对大鼠肠道菌群组成和多样性的影响。[方法]采集持续灌胃鞣花酸SD大鼠的粪便,运用高通量测序技术对粪便肠道菌群进行分析,通过生物信息学方法分析大鼠肠道菌群的多样性和结构组成。[结果]通过高通量测序发现灌胃鞣花酸使SD大鼠肠道菌群的多样性增加(P<0.05),灌胃期间菌群的组成也发生了明显的波动,在门水平菌群变化中,拟杆菌门丰度增高(P<0.05),变形菌门丰度则降低到较低水平(P<0.01);在属水平菌群变化中,Bacteroidales S24-7 group、Lachnospiraceae NK4A136 group和拟杆菌属所占比例显著升高(P<0.05、0.01)。[结论]鞣花酸对大鼠肠道菌群具有调节作用。     

甘青青兰根际土壤理化性质及微生物群落结构特征分析

为研究甘青青兰根际土壤理化性质与根际土壤细菌和真菌群落结构组成特征,以西藏自治区工布江达县（GB）、卡诺区（KR）和洛隆县（LL）的甘青青兰根际土壤微生物为研究对象,采用Illumina MiSeq高通量测序技术对根际土壤细菌和真菌群落结构组成进行分析,同时测定根际土壤的理化性质,并与根际土壤核心微生物菌群进行相关性分析。结果表明,不同地区甘青青兰根际土壤理化性质差异显著。甘青青兰根际土壤共获得3 900个细菌OTUs和1 990个真菌OTUs,不同地区间土壤微生物多样性存在明显差异。在门水平,GB、KR和LL样品的优势细菌门均为放线菌门（Actinobacteria）,GB样品的优势真菌门是担子菌门（Basidiomycota）,KR和LL样品的优势真菌门是子囊菌门（Ascomycota）;在属水平,不同地区甘青青兰根际土壤优势微生物菌群存在明显差异。主成分分析显示,不同地区甘青青兰根际土壤细菌和真菌群落结构组成差异较大。核心微生物菌群分析表明,甘青青兰根际土壤核心细菌菌群有257个属;核心真菌菌群有102个属。相关性分析表明,核心微生物菌群的改变与根际土壤理化因子间存在不同程度的相...     

应用高通量测序技术对东部白松和旱柳叶片表面真菌多样性的测定

以相同树龄和相同生境下的东部白松(Pinus strobus)和旱柳(Salix matsudana)叶片为材料,采用高通量测序技术测定了二者叶片表面的真菌种类,并进行了多样性比较分析。结果表明:东部白松叶片表面包含的真菌分为3门、16纲、36目、65科、72属,总计75种;旱柳叶片表面真菌分为3门、16纲、33目、60科、78属,总计75种。东部白松叶片表面对酵母菌类具有一定的选择性,旱柳叶片表面真菌的多样性、丰富度高于东部白松,但是东部白松叶片表面真菌的均匀度更高。