云南大河猪保种群的微卫星检测

作者采用世界粮农组织（FAO）和国际动物遗传学会（ISAG)联合推荐的27对微卫星DNA引物中的20对引物,检测了云南大河猪保种群的83个个体的基因型。通过计算等位基因频率、遗传杂合度（H）、多态信息含量(PIC)、有效等位基因数,从而分析大河猪保种群的遗传多样性。结果表明,大河猪保种群在20个微卫星座位上拥有的等位基因较为丰富,20个微卫星座位上共有137个等位基因,平均6.85个,群体有效等位基因数共104个,平均5.2个;大河猪保种群的遗传多样性较为丰富,杂合度为0.792,多态信息含量为0.765。     

大河乌猪肉质特性研究

此文系统研究了大河乌猪的肉质特性。经四川农业大学动物科技学院现场测定及实验室分析测定98个肉质指标，结果表明，大河乌猪肉色玲珑剔透如玛瑙，肌肉系水力强，pH较高，肌内脂肪含量高(5．24％)，肌肉组织学特性良好，保持了其亲本大河猪在氨基酸和脂肪酸组成与结构上的优良特性大河乌猪种群又属应激抵抗群体，具备抵抗应激环境的遗传基础。     

10个云南地方猪种微卫星遗传多样性分析

为阐明保山猪、迪庆藏猪、高贡黎山猪、丽江猪、明光小耳猪、滇南小耳猪、撒坝猪、大河猪、昭通猪、大河乌猪10个云南省优良地方猪种的群体遗传多样性和遗传结构,本试验参考ArkDB数据库中家猪14条染色体上的15对微卫星引物,对549个云南地方猪个体的耳组织样品进行了检测分析,计算各微卫星座位等位基因数（Na）、有效等位基因数（Ne）、Shannon's信息指数（I）、表观杂合度（Ho）、期望杂合度（He）、F-统计量（Fis、Fit、Fst）、基因流（Nm）、群体遗传距离等相关参数及多态信息含量（PIC）,采用NTsys 2.10软件构建聚类树,并采用STRUCTRUE 2.3.3软件评估群体遗传结构。结果显示：15个微卫星座位共检测到293个等位基因,各座位等位基因数在5~38个之间,平均等位基因数为19个,平均有效等位基因数8.3682个;10个云南地方猪群体的Shannon多样性、表观杂合度、期望杂合度和多态信息含量分别在1.4374~2.0317、0.6389~0.7756、0.7021~0.8281和0.6647~0.7993之间。各座位单个群体内近交系数（Fis）、总群体近交系数（Fit）、群体间遗传分化系数（Fst）的变化范围分别为-0.0678~0.4594、0.0618~0.5567和0.0713~0.1801;群体间Fst平均值为0.1101,处于中度遗传分化状态,有11.01%的遗传变异来自于群体间,大部分遗传变异来自于群体内;每个座位基因流程度较高,变化范围在1.6392~3.2551之间,平均值为2.0214。基于Nei氏遗传距离构建UPGMA系统发生树显示,高黎贡山猪与迪庆藏猪聚为一支,并与丽江猪、保山猪和明光小耳猪聚为一大支,其结果得到了STRUCTURE分析的验证。综上所述,10个云南地方猪种遗传多样性丰富,群体内有近交现象,群体间处于中度遗传分化,存在着一定的基因交流。     

昆明裂腹鱼两地理群体遗传多样性的随机扩增多态DNA(RAPD)分析

应用随机扩增DNA多态性(RAPD)技术对昆明裂腹鱼盘大河群体和昆明裂腹鱼泥猪河群体的遗传多样性进行分析.从38个10 bp引物中选取20个用于群体遗传多样性分析,在两群体中分别检测到121、125个位点,多态位点数分别为57、73个,平均多态位点比例分别为47.11%、58.40%;两群体内个体间平均遗传距离分别为0.174 5、0.1963,群体间遗传距离为0.250 3.研究表明:因地理隔离的两昆明裂腹鱼群体间存在一定的遗传分化;两群体内和群体间的遗传变异较大,具有丰富的遗传结构;泥猪河群体的遗传多样性要比盘大河群体的遗传多样性丰富,其群体内遗传变异较盘大河群体大.     

野猪及其杂交群体的遗传多样性和遗传分化的研究

采用PCR-RFLP和PCR-SSCP技术,通过对IGFBP3、LEPTIN、Zp3、MC4R及H-FABP这5个结构基因遗传变异的检测,分析野猪、杜洛克、长白及野猪与杜洛克、野猪与长白的杂交后代5个猪群体的遗传多样性和遗传分化,结果表明:(1)5个群体的平均位点杂合度和多态信息含量结果基本一致,野猪与杜洛克的杂交后代、野猪与长白的杂交后代最高,杜洛克、长白次之,野猪最低;(2)野猪、杜洛克及野猪与杜洛克的杂交后代这3个群体间总变异的17.9%来自种群间,而剩余的82.1%来自种群内;野猪、长白及野猪与长白的杂交后代这3个群体间总变异的27.1%来自种群间,72.9%来自种群内,因此,野猪与杜洛克或长白及野猪与它们的杂交后代的遗传分化均处于中等以上(Fst>0.15);(3)群体间Reynolds′遗传距离显示,杜洛克与野猪的遗传距离比长白与野猪大,可以认为杜洛克与野猪杂交产生的杂种优势较大.     

昆明裂腹鱼两地理群体遗传多样性的随机扩增多态性DNA（RAPD）分析

应用随机扩增DNA多态性（RAPD）技术对昆明裂腹鱼盘大河群体和昆明裂腹鱼泥猪河群体的遗传多样性进行分析。从38个10bp引物中选取20个用于群体遗传多样性分析,在两群体中分别检测到121、125个位点,多态位点数分别为57、73个,平均多态位点比例分别为47．11％、58．40％;两群体内个体间平均遗传距离分别为0．1745、0．1963,群体间遗传距离为0．2503。研究表明：因地理隔离的两昆明裂腹鱼群体间存在一定的遗传分化;两群体内和群体间的遗传变异较大,具有丰富的遗传结构;泥猪河群体的遗传多样性要比盘大河群体的遗传多样性丰富,其群体内遗传变异较盘大河群体大。     

10个云南地方猪种微卫星遗传多样性分析

为阐明保山猪、迪庆藏猪、高贡黎山猪、丽江猪、明光小耳猪、滇南小耳猪、撒坝猪、大河猪、昭通猪、大河乌猪10个云南省优良地方猪种的群体遗传多样性和遗传结构,本试验参考ArkDB数据库中家猪14条染色体上的15对微卫星引物,对549个云南地方猪个体的耳组织样品进行了检测分析,计算各微卫星座位等位基因数(Na)、有效等位基因数(Ne)、Shannon’s信息指数(I)、表观杂合度(Ho)、期望杂合度(He)、F-统计量(Fis、Fit、Fst)、基因流(Nm)、群体遗传距离等相关参数及多态信息含量(PIC),采用NTsys 2.10软件构建聚类树,并采用STRUCTRUE 2.3.3软件评估群体遗传结构。结果显示:15个微卫星座位共检测到293个等位基因,各座位等位基因数在5~38个之间,平均等位基因数为19个,平均有效等位基因数8.3682个;10个云南地方猪群体的Shannon多样性、表观杂合度、期望杂合度和多态信息含量分别在1.4374~2.0317、0.6389~0.7756、0.7021~0.8281和0.6647~0.7993之间。各座位单个群体内近交系数(Fis)、总群体近交系数(Fit)、群体间遗传分化系数(Fst)的变化范围分别为-0.0678~0.4594、0.0618~0.5567和0.0713~0.1801;群体间Fst平均值为0.1101,处于中度遗传分化状态,有11.01%的遗传变异来自于群体间,大部分遗传变异来自于群体内;每个座位基因流程度较高,变化范围在1.6392~3.2551之间,平均值为2.0214。基于Nei氏遗传距离构建UPGMA系统发生树显示,高黎贡山猪与迪庆藏猪聚为一支,并与丽江猪、保山猪和明光小耳猪聚为一大支,其结果得到了STRUCTURE分析的验证。综上所述,10个云南地方猪种遗传多样性丰富,群体内有近交现象,群体间处于中度遗传分化,存在着一定的基因交流。     

基于SNP芯片分析青峪猪保种群体的遗传结构

为了更好地了解青峪猪在世代更替过程中遗传结构的变化,更好的保护和利用青峪猪遗传资源,本研究利用50K SNP芯片,对青峪猪保种群内141头（26头公猪,115头母猪）健康成年个体进行SNP测定,通过多种分析软件对青峪猪保种群体和各个世代进行系谱校正,进而实施群体遗传多样性、遗传距离以及遗传结构变化等分析。结果显示,该封闭保种群由3个重叠世代构成,群体有效含量为12头,且整个群体可以分为6个含有公猪的家系和1个不含公猪的家系。其中,第3世代的有效群体含量最少,仅为3头,多态性标记比例随着世代的增加不断下降;141头青峪猪的平均遗传距离为（0.260 4±0.025 2）,26头种公猪的遗传距离为（0.263 3±0.023 7）。随着繁殖世代的增加,各世代群体的遗传距离有轻微的上升趋势,部分种猪之间的亲缘关系和遗传距离较近;在141头青峪猪群体中共检测到1 481个基因组上长纯合片段（runs of hemozygosity,ROH）,78.01%的长度在200 Mb以内,基于ROH值计算的近交系数表明整个群体的平均近交系数为0.055,且各世代的近交系数在不断上升,到第3世代时已经达到了0.075。综上所述,通过对青峪猪分子水平的群体遗传结构研究表明,该保种群体在闭锁的继代繁育过程中存在群体遗传多样性损失,需要加强选配或导入外血以确保青峪猪遗传资源的长期保存。     

基于微卫星标记的中国斑翅山鹑遗传多样性及遗传结构分析

斑翅山鹑(Perdix dauuricae)是具有很高经济价值的猎用禽.为了获得其群体遗传多样性及遗传变异信息,为我国斑翅山鹑进一步有效保护和合理利用提供科学依据,本研究共采用了8个微卫星标记位点对分布于我国北方的斑翅山鹑23个地理种群285个个体进行了群体遗传多样性及遗传结构分析.结果表明,我国斑翅山鹑为遗传多样性较丰富的群体,且每一群体均表现出较高的遗传多样性,其中柴达木盆地地区的种群拥有最高的遗传多样性.遗传分化分析显示组间及组内种群间均表现为遗传分化显著,遗传分化系数(FST)值表明大部分种群间表现出显著的遗传分化.系统树构建和贝叶斯聚类分析结果均显示斑翅山鹑23个地理种群被分化为明显的两个组群.另外,通过BOTTLENECK对各地理种群的分析显示斑翅山鹁种群曾经历过近期瓶颈效应.本研究结果表明,柴达木盆地地区种群、华北平原地区种群、静宁种群、张家川种群以及六盘山地区种群应予以相应关注,以保证有足够的种群大小来保持这些种群的遗传多样性.     

东北民猪线粒体DNA D-loop遗传多样性与母系起源研究

为了保护东北民猪的遗传资源,对东北地区民猪群体进行线粒体DNA D-loop遗传多样性进行了调查,本研究对30头东北民猪的线粒体D-loop区部分序列(697 bp)进行扩增和测序,共检测到7个变异位点,界定了8种单倍型,核苷酸多样度(Pi)及单倍型多样度(H)分别为:0.217和0.789。结合已收录的30个亚欧猪种的线粒体D-loop序列,采用最大似然法构建的分子进化树明显分为欧洲与亚洲2个主要类群,民猪的8个单倍型都聚在亚洲分支上,并与莱芜黑猪及沂蒙黑猪较为接近,表明民猪是多母系起源群体,主要来自山东地区的华北型黑猪种群。     

利用随机扩增多态DNA技术对江西地方黑猪群体遗传关系的初步研究

对奉新黑猪、星子黑猪、南城黑猪、资溪黑猪、玉山黑猪、铅山黑猪等 6个江西地方黑猪类群基因组混合DNA进行了RAPD分析。根据 1 6个多态引物的扩增结果计算了遗传距离指数并进行了UPMGA聚类分析。结果表明 :玉山黑猪和铅山黑猪亲缘关系最近 ,而南城黑猪与铅山黑猪的遗传距离最远。综合考虑现行的分类结果及前人研究结果 ,认为玉山黑猪和铅山黑猪 ,星子黑猪和奉新黑猪可分别划分为同一猪种 ,但对南城黑猪的品种归属性应作进一步分析     

MyoD基因在不同猪种中的分布及群体遗传结构分析

利用RFLP法检测了MyoD基因在10个中外猪种及部分杂交群体中的分布情况,分析了各群体内MyoD基因的遗传分布、遗传变异、群体杂合性等群体遗传信息,并进一步以各群体基因频率为基础,计算出群体间遗传距离和进化距离,根据进化距离对群体进行聚类,重建了系统发生树。结果表明:MyoD基因内含子1的DdeI酶切位点上不同基因型的分布在多数群体中都服从Hardy-Weinberg平衡,但在杜洛克和DLY群体中发生偏离。总体上讲,各试验群体的遗传多样性较丰富,群体遗传变异性较高,进化过程中受到自然选择压的作用,选择潜力较大。在系统发生树上,10个群体被分为4个分枝。分别是长白猪血缘、原始地方品种、杜洛克血缘和高原藏猪分枝。这一结果与各猪种的育种过程有较高的吻合性。说明部分功能基因的RFLP数据可用于近缘物种间的遗传分化研究。     

基于SSR标记的河南省狗牙根遗传多样性及群体遗传结构分析北大核心CSCD

应用SSR分子标记,对河南省15个居群共288份狗牙根材料进行遗传多样性及群体遗传结构分析,结果表明,10对引物共扩增出173条条带,其中163条为多态性条带,多态性条带百分率为94.29%,表明河南省狗牙根具有丰富的多态性。15个居群间的遗传分化系数为0.3857,即发生在居群间的遗传变异达到38.57%,大部分的遗传变异发生在居群内部,居群间基因流为0.7964,居群之间存在一定程度的基因交流。不同居群间遗传一致度的变化范围是0.746~0.964,平均为0.767。15个居群间的UPGMA聚类分析结果表明居群间没有完全按照地理来源进行聚类,遗传距离和地理距离矩阵之间的Mantel检验结果表明狗牙根居群间的遗传距离与地理距离之间无相关性。288份狗牙根材料之间的遗传距离为0.0173~0.5205,平均为0.3113,UPGMA聚类结果将所有材料分为3组。基于Structure软件的群体遗传结构分析结果表明,可将288份狗牙根材料分为2个亚群和一个混合型群体,与288份材料的UPGMA聚类结果基本一致,由此可判断两个亚群的遗传背景单一,混合型群体存在一定的种质基因渗透,遗传背景较为复杂。     

11个猪种SLC6A14基因3个SNPs的群体遗传变异研究

本研究旨在了解猪种的遗传变异、种群间的亲缘关系和遗传分化。以白色杜洛克×二花脸资源家系F0代的17头二花脸母猪和2头白色杜洛克公猪的DNA池为模板,通过直接测序在猪SLC6A14基因内识别4个SNPs,以3个突变位点(g.7944AT、c.1438GA、g.21063GT)为基础,通过PCR-RFLP技术,对11个中外猪种进行多态性检测。结果表明:在SLC6A14g.7944AT和g.21063GT2个突变位点上,所有检测猪种都出现变异,其中槐猪、二花脸猪在g.7944AT位点上变异显著(0.01P0.05);而里岔黑猪、槐猪、玉山黑猪、合作藏猪、八眉猪在g.21063GT内变异极显著(P0.01),以GT基因型为主,且二花脸猪中出现TT基因型;在SLC6A14c.1438GA突变位点上,3个欧洲猪种(长白、大白、杜洛克)没有出现变异,均为GG纯合型,而其他猪种在此位点上均存在变异;再根据11个猪种3个位点的多态性信息计算Nei氏遗传距离,由UPGMA法构建聚类图,说明中国地方猪种与外引猪种存在明显的遗传分化;由此得出中国地方猪种比外引猪种有高的遗传多样性和变异,且存在明显的遗传分化,品种间多数猪种符合品种地域分布和品种特性。     

猪TLR2基因Bi-PASA遗传标记的建立及多态性研究

根据人和小鼠TLR2基因序列设计了特异性PCR引物,优化PCR条件后扩增到中国梅山猪、欧洲约克夏猪、PIC-2系及PIC-3系商品猪的TLR2基因690 bp的基因片段,并对其进行序列分析。序列分析结果显示,猪TLR2基因多态性程度低,发现在猪TLR2基因编码区第1 255位点上存在1个单碱基突变位点。利用双向特定等位基因PCR扩增法(B i-PASA)建立了检测猪TLR2基因变异的遗传标记。利用猪TLR2基因的B i-PASA标记,分析了TLR2基因在大河乌猪、撒坝猪和黔邵花猪中的基因频率和多态性。研究建立的B i-PASA遗传标记和基因变异信息,将为进一步分析猪TLR2基因变异与疾病抵抗力及经济性状的相关分析提供基础资料。     

The assessment of genetic diversity within and among the eight subpopulations of Japanese Black cattle using 52 microsatellite markers

Japanese Black cattle are at risk for genetic homogeneity due to intensive use of a few sires. Therefore, assessment of the actual genetic diversity of this breed is important for future breeding plans. In the present study, we investigated the genetic diversity within and among eight subpopulations of Japanese Black cattle using 52 microsatellite markers. The parameters for genetic diversity of Japanese Black cattle were comparable to those of other cattle breeds, suggesting that the relatively high genetic diversity of the breed. However, upon comparison among the eight subpopulations, the Hyogo subpopulation showed markedly low genetic diversity. The results of the pairwise F_ST values, phylogenetic network and structure analysis indicated that the Hyogo population has remarkably high level of genetic differentiation from other populations, while Yamagata, Niigata, Hiroshima and Kagawa populations have low levels of genetic differentiation. Furthermore, multidimensional scaling plots indicated that individuals in some subpopulations were separated from individuals in the other subpopulations. We conclude that while the overall genetic diversity of Japanese Black cattle is still maintained at a relatively high level, that of a particular subpopulation is significantly reduced, and therefore the effective population size of the breed needs to be controlled by correct mating strategies.     

松辽黑猪NR5A2基因多态性及其与繁殖性状的关联分析

试验旨在探究松辽黑猪NR5A2基因多态性及其与繁殖性状的关联性。选取130头松辽黑猪作为研究对象,利用PCR直接测序法查找NR5A2基因6个外显子的SNP位点,通过HRM分型技术分析SNP位点的多态性,使用SPSS 19.0软件分析NR5A2基因SNP位点多态性与母猪总产仔数、产活仔数、仔猪初生重、3周龄重、断奶重及断奶仔猪数、乳头数的关联性。结果显示,松辽黑猪NR5A2基因第6外显子上存在1个SNP位点（C99T）,检测到3种基因型：CC、CT和TT。群体遗传参数分析及卡方适合性检验结果显示,该SNP位点在松辽黑猪群体中处于Hardy-Weinberg平衡状态（P>0.05）,但C/T突变位点杂合度相对较低,在松辽黑猪群体中的变异较小,属于中度多态（0.25<PIC<0.5）。关联性分析结果表明,在NR5A2基因C99T位点上,CC基因型个体的总产仔数、产活仔数及断奶仔猪数均最高,且显著高于TT基因型（P<0.05）,产活仔数及断奶仔猪数均显著高于CT基因型（P<0.05）;各基因型仔猪初生重、3周龄重、断奶重及乳头数均无显著差异（P>0.05）。综上所述,NR5A2基因第6外显子存在突变位点C99T,与松辽黑猪产仔数存在显著关联性,但该突变位点能否作为松辽黑猪产仔数的遗传标记,需要对更大的群体进行进一步研究。