江苏省玉米粗缩病病原病毒的RT-PCR检测

玉米粗缩病毒和水稻黑条矮缩病毒均可由灰飞虱传播并侵染玉米使其发生粗缩病.两种病毒相似之处较多,常规方法很难区分.本研究根据以往已发表的这两种病毒的核酸序列,分别合成了两病毒的特异引物,利用一步法反转录-聚合酶链式反应(RT-PCR)建立了玉米粗缩病病原病毒的快速检测和诊断的方法.对江苏省盐城地区田间自然感病玉米的RT-PCR检测结果和扩增片段序列分析表明:在该地区玉米粗缩病病样中只检测到水稻黑条矮缩病毒一种病原,所测核酸序列与日本所报道的水稻黑条矮缩病毒有92.4 %的同源性.     

水貂细胞色素b基因(Cytb)克隆、序列分析及与鼬属动物的进化关系

参照水貂(Mustela vison)近缘物种线粒体基因组序列设计引物,通过克隆、测序、再拼接的方法获得6个水貂品种和左家型水貂线粒体Cytb基因全序列.用DNAstar v6.13和DnaSP4.0分析显示,水貂Cytb基因全长为1140 bp,平均碱基含量为29.8%A、13.0%G、30.3%T及26.9%C,检测到12个多态位点,全为转换.用Clusta1X1.8进行多序列比较分析表明,水貂个体间Cytb基因相似性非常高.结合GenBank检索到的14种鼬属动物同源序列,用MEGA4.0基于邻接法分别构建鼬属动物核苷酸序列和氨基酸序列系统进化树,两种进化树得出相似的拓扑结构.结果表明:我国水貂与美洲水貂亲缘较近,与欧洲水貂(M.lutreola)亲缘较远,推算美洲水貂与欧洲水貂分歧时间在中新世.     

中国台湾番茄曲叶病毒侵染引起广东番茄黄化曲叶病

广东汕头番茄(Lycopersicon eseulentum)上发生的黄化曲叶病毒病,田间症状表现为病株明显矮化、病叶褪绿黄化、叶小且卷曲和叶质较脆硬。对该病毒代表分离物(BS)基因组DNA-A克隆和测定结果表明,其全长为2740nt(GenBank acces-sion No.DQ237918),具有菜豆金色花叶病毒属(Begomovirus)病毒基因组典型特征,为闭合环状单链DNA,有6个ORFs,分别位于病毒链上的AV1、AV2及位于互补链上的AC1、AC2、AC3和AC4;在基因AV2与AC1之间有269nt的非编码区。BLAST结果显示,BSDNA-A与Begomovirus中来自亚洲的病毒同源性较高,而与美洲、非洲等地的相对较低;其中与中国台湾番茄曲叶病毒(Tomato leaf curl Taiwan virus,ToLCTWV)DNA-A全序列同源性最高,为97.7%,而二者的AV1、AV2、AC1、AC2、AC3和AC4基因及IR的同源性分别为98.6%、98.0%、98.0%、97.5%、96.3%、98.6%和96.6%,推导编码的6个蛋白的氨基酸序列同源性分别为97.7%、99.1%、97.5%、95.6%、91.8%和99.0%%。全序列系统进化关系树显示,BS与ToLCTWV的亲缘关系最近,并形成一个独立分支,再与广东番茄曲叶病毒G2(Tomato leaf curl Guangdong virus G2,ToLCGDV-[G2]和广东番茄曲叶病毒G3(Tomato leaf curl Guangdong virus G3,ToLCGDV-[G3]形成一个大的分支,而与其它33种Begomovirus病毒的亲缘关系均相对较远。这些结果表明,BS应是ToLCTWV的一个分离物。     

新型鸭呼肠孤病毒NP03株S3基因序列分析

根据GenBank禽呼肠孤病毒(ARV)和番鸭呼肠孤病毒(MDRV)S3基因序列设计合成1对引物,特异性扩增新型鸭呼肠孤病毒NP03株的S3基因,并对其序列进行分析.结果克隆获得NP03株S3 cDNA包含完整的阅读框架,同源性分析NP03分离株S3基因核苷酸序列与ARV、火鸡呼肠孤病毒(TRV)和MDRV的同源性分别为60%～60.2%、61.9%和58.2%～62.7%,氨基酸的同源性分别为68.2%～69%、68.2%和63%～70.4%.表明NP03株的S3基因具有不同于ARV和MDRV的特征,分离毒NP03是一株新型鸭呼肠孤病毒.     

分离自陕西泾阳番茄的番茄黄化曲叶病毒(TYLCD)的分子特征

从陕西泾阳地区的番茄(Lycopersicon esculentum)上采集到73份表现矮化、黄化和曲叶症状的番茄黄化曲叶病(Tomato yellow leaf curl disease,TYLCD)样品,利用双生病毒简并引物PA和PB及番茄黄化曲叶病毒(Tomato yellow leaf curl virus,TYLCV)的通用引物TYT-F和TYT-R进行PCR扩增,共有70个样品检测呈阳性;利用双生病毒DNA-B及卫星DNA的通用引物,未扩增到相应目标条带;随机选取样品SX8,利用滚环扩增PCR(RCA-PCR)、克隆及测序等技术获得病毒DNA-A的全基因组序列,该DNA分子全长含2781bp(GenBank登录号:JN412854),与来自山东番茄的TYLCV分离物SD2(缩写为TYLCV-[SD2])(GenBank登录号:GU199587)的核苷酸序列相似性最高,为99.9%;系统进化分析发现,该病毒分离物与我国已报道的TYLCV各分离物亲缘关系较近。这些结果表明,陕西番茄黄化曲叶病是由TYLCV引起,该病毒可能来源于我国山东番茄上的TYLCV。     

湖南湖北两省H_6亚型禽流感病毒表面基因的序列分析

2008年至2009年间,在湖南和湖北两省的活禽市场中分离到了14株H6亚型禽流感病毒,为了解这14株病毒之间的分子特征和差异,我们运用PCR和测序鉴定对这14株病毒的NA基因进行了分型,并对其表面基因HA和NA进行序列测定及序列分析。14株H6亚型病毒中,H6N2亚型12株,H6N6亚型2株。序列测定和进化分析结果显示：DK/HN/284的HA基因与其它13株的HA差异性较大,差异性达到19.4%～20.2%,其余13株毒同源性在94.2%～99.9%;N2亚型NA基因的同源性在91.1%～99.9%,差异性比较大;两株N6亚型NA基因同源性为89.5%,差异明显。这些数据表明：不同毒株呈现一定的地域性差异。与我国周边其它地区的H6亚型禽流感毒株序列进行比较发现,只有DK/HN/284的HA基因与香港早期的毒株可能有着共同的来源,其余都与香港和韩国等的毒株有着较大的差异性,并且各个毒株的HA基因上潜在的糖基化位点和受体结合位点也有所不同,这些数据表明,这些毒株表现出明显的异源性。     

引起免疫失败的IBV分离株的生物学特性及结构基因分析

本研究应用鸡胚尿囊腔接种的方法,从广西患传染性支气管炎的免疫失败的病鸡中分离到一株传染性支气管炎病毒（IBV）（命名GX-YL5）,通过间接血凝试验、动物回归试验和气管环交叉中和试验对该毒株进行鉴定和主要生物学特性的研究,同时利用RT-PCR技术扩增克隆该病毒的S1基因和N基因并测定其核苷酸序列。结果表明：该病毒株有间接血凝性;致病性较强;血清型不同于常用疫苗株H120、Ma5、4／91。同源性分析表明,S1基因核苷酸和氨基酸序列与参考株的同源性分别为63.5％-81.2％和50.7％-78.8％;N基因核苷酸和氨基酸序列与参考株的同源性分别为85.7％-87.2％和89.5％-91.7％;S1基因和N基因系统进化分析表明分离株与其它参考毒株的亲缘关系较远。S1基因和N基因分型与血清学试验结果相吻合。本研究结果提示了广西分离株GX-YL5可能是一个新的变异株,这可能是目前免疫失败的重要因素,同时也为研制适合本地使用的IBV疫苗提供了科学依据和物质基础。     

新城疫病毒融合蛋白基因片段的构建与鉴定

本文重组和构建了新城疫病毒 ( NDV)融合蛋白基因 ,并对该基因进行了鉴定 :将新城疫病毒 F基因片段经 RT— PCR扩增 ,插入经 Eco R I/ Sal 酶切的克隆载体 p UC18及表达载体 p GEMEX,转化大肠杆菌 JM10 9株。用氨苄青霉素平板法初步筛选克隆 ,再用双酶切法、核酸探针、 PCR及核苷酸序列分析法鉴定 ,表明插入成功并且阅读框架正确     

检测四种鸡呼吸道疫病病毒可视化芯片技术的优化及初步应用

可视化芯片技术是在传统芯片技术的基础上发展起来的一项新的疾病诊断和基因分析技术,对于临床疾病检测和诊断具有重要意义。本研究针对禽流感病毒(Avian influenza virus,AIV)的核蛋白(nucleprotein,NP)基因设计一对特异性引物,以H9亚型禽流感病毒分离株c DNA为模板,经PCR扩增、连接、转化和核酸序列鉴定后,得到含有AIV-NP基因的重组质粒。同时复苏本实验室保存的3株分别含有新城疫病毒(Newcastle disease virus,NDV)的融合(fusion,F)蛋白基因、鸡传染性喉气管炎病毒(Infectious laryngotracheitis virus,ILTV)胸苷激酶(haemaggluttinin-neuraminidase,TK)基因和鸡传染性支气管炎病毒(Infectious bronchitis virus,IBV)核衣壳(nucleocapsid,N)蛋白基因的重组菌。以上述4种病原的靶基因核酸序列片段的正义链为模板,设计寡核苷酸探针,喷样到尼龙膜上制备成芯片,利用不对称PCR技术扩增生物素标记的靶基因,与芯片进行杂交后,检测结果直接用肉眼就可以判定。本研究对芯片制备流程和检测过程中主要条件进行优化。结果表明当寡核苷酸探针喷样浓度为25μmol/L、芯片杂交反应的时间为1 h、杂交温度为50℃、Streptavidin HRP Conjugate(1.0 mg/m L)稀释2 000倍、二氨基联苯胺(diaminobenzidine,DAB)显色时间为5 min时,芯片检测技术的结果最佳。用该方法与PCR/RT-PCR技术同时对临床采集的96份疑似病料进行检测,两种方法的检测结果一致。本研究构建的检测4种禽呼吸道疾病病毒可视化基因芯片技术具有高通量、快速、准确等优点,为鸡病的临床诊断提供了新的技术。     

从烟草上分离的中国番茄曲叶病毒及其卫星DNA全基因组结构特征

本研究从具有典型曲叶病症状的广西靖西烟草病植株上分离到病毒分离物JX-2,全基因组序列测定结果表明,JX-2DNA．A全长2738个核苷酸,共编码6个开放阅读框架（openreadingframes,ORFs）,其中病毒链编码AV1（CP）和AV2两个ORFs,互补链编码AC1、AC2、AC3和AC4共4个ORFs。BLAST结果表明,JX-2DNA—A与中国番茄曲叶病毒（Tomato leaf curl Chinavirus,ToLCCNV）各分离物的相似性在93．0％-99．7％之间,其中与ToLCCNV广西番茄分离物ToLCCNV．G32的相似性最高,达99．7％,而与其它双生病毒的同源性均在88．0％以下,表明Jx-2是ToLCCNV的一个分离物。基于Jx-2和已报道的双生病毒属代表种DNA-A全基因组核苷酸序列构建的系统进化树显示,JX-2与ToLCCNV-G32分离物的亲缘关系最近,并与ToLCCNV其它分离物形成一个分支,而与其它10种双生病毒的亲缘关系均相对较远。利用双生病毒卫星DNAβ的特异性引物β01／β02在Jx-2样品中扩增到DNAβ分子（JX-2β）,全长为1341个核苷酸,其互补链编码1个ORF（即βC1）,并包含一个富含A序列和一个卫星病毒保守序列。序列分析表明,JX-2β与ToLCCNV伴随的DNAβ的相似性在91．0％～96．1％之间,其中与ToLCCNV-G61DNAβ和ToLCCNV—G18DNAβ的相似性最高（96．1％）,与其它卫星DNAβ的相似性均低于61．8％。基于JX-2β全基因组核苷酸序列构建的系统进化关系树显示,JX-29与ToLCCNVG61分离物伴随的DNAβ亲缘关系最近,并形成一个独立的分支,再与ToLCCNV其余两个分离物伴随的DNAβ形成一个较大的分支。这是首次报道从烟草中分离到的中国番茄曲叶病毒及其伴随卫星DNA分子的全基因组结构特征。     

香蕉束顶病毒海南分离物DNA组分的克隆及序列分析

摘要：以中国海南岛地区表现束顶病毒(Banana bunchy top virus, BBTV)症状的香蕉组织总DNA为模板， 通过PCR方法克隆了BBTV海南分离物的6个DNA组分全序列，并进行了核苷酸序列分析。测序结果表明， DNA1~6序列全长分别为1104、1067、1059、1045、1014和1081 nt，均已登录到GenBank(登录号分别为AY450396、AY606084、AY494786、AY494788、AY606085和AY494787)。与世界不同地域分离物进行序列同源分析，发现DNA1序列较保守，与越南分离物的同源性达到了95.4%；而DNA2和DNA4变异较大，其中DNA2序列与广州分离物的同源性仅有83%。 根据DNA1的序列差异分析初步确定BBTV海南分离物属于亚洲亚组。     

辣椒脉斑驳病毒文昌分离物基因组测序及分析

辣椒脉斑驳病毒（Chilli veinal mottle virus,ChiVMV）近年来严重危害海南黄灯笼辣椒的产量,开展针对该病毒的研究以求达到对其有效防控迫在眉睫。本研究分7段克隆了ChiVMV文昌分离物（ChiVMV Wenchang isolate,ChiVMV-WC）的基因组。分段克隆的测序结果通过拼接,共获得ChiVMV-WC基因组9717个核苷酸（nt）序列（GenBank登录号：GQ981316）。在核苷酸序列的第164位～第9270位存在一个大的开放阅读框（ORF）,编码一个多聚蛋白（分子量为350.44kD）。近年来被证实的马铃薯Y病毒科的一个新的ORF（pretty interesting potyviridae ORF,PIPO）存在于ChiVMV-WC基因组核苷酸序列的第2892位～第3110位,编码一个由72个氨基酸聚合而成的多肽（分子量为8.26kD）。ChiVMV-WC与ChiVMV其它分离物的基因组核苷酸序列比较发现该病毒存在着较高的变异率。本研究通过与同属内病毒的同源性分析以及系统进化树分析,确定了ChiVMV-WC在生物进化史上的地位。     

高粱花叶病毒广西甘蔗分离物全基因组序列分析

近年来,高粱花叶病毒（sorghum mosaic virus,SrMV）已成为危害广西甘蔗的主要病原病毒,但尚未见侵染本地区甘蔗的SrMV全基因组序列的报道。本研究以田间一株感染SrMV的甘蔗为材料,提取叶片总RNA通过RT-PCR及RACE技术扩增获得9 626 nt（不包括polyA尾）的病毒全长基因组序列,命名为SrMV-GX。序列分析表明,SrMV-GX与浙江萧山分离物（SrMV-XoS）、浙江余杭分离物（SrMV-YH）和美国德克萨斯州分离物（SrMV-H）的核苷酸同源性分别为95.4%、94.7%和80.9%编码的多聚蛋白氨基酸同源性分别为97.8%、98.4%和90.4%。与马铃薯Y病毒科的其它成员一样,SrMV-GX基因组中存在一个小的ORF（pretty interesting potyviridae ORF,pipo）,且其序列非常保守。本研究对SrMV-GX进行序列分析,为进一步研究SrMV的遗传多样性,改进现有的检测方法及培育健康脱毒甘蔗种苗提供理论依据。     

柑橘速衰病毒CP基因的序列变异性分析

以提取的宽皮橘(Citrus reticulata Blanco)总RNA为模板，用RT-PCR扩增柑橘速衰病毒(Citrus tristeza virus, CTV)的外壳蛋白基因(CP )，扩增产物经克隆与测序证实，来自湖南道县和江西崇义的3份样品(HN、JX-1和JX-2)都感染了CTV。单链构象多态性(single-strand conformation polymorphism, SSCP)分析表明，来源于3份样品的CTV的CP基因在遗传上存在变异，其中来自HN和JX-1的CTV的CP基因序列仅含有1种序列类型，而来自JX-2的CP基因序列群体则含有2种主序列。序列分析表明，克隆HN-K与葡萄牙分离物28C和以色列茎陷分离物VT的同源性均为98%；克隆JX-1-1与印度茎馅分离物Pune和Bangalore的同源性分别达98%和99%；克隆JX-2-7、JX-2-17与日本苗黄分离物NUagA和美国加利福尼亚严重茎陷分离物SY568相比，同源性为97%%~98%；4个克隆与佛罗里达速衰分离物T36、弱毒分离物T30和西班牙弱毒分离物T385的同源性仅有91%%~93%。系统发育分析显示，4个中国克隆分属3个不同的族，与地理起源不同的茎陷或苗黄分离物的亲源关系更近，而与速衰和弱毒分离物的亲源关系更远，暗示CTV的地理起源与其核苷酸距离之间没有相关性。     

纽荷尔脐橙对建阳橘柚上柑橘衰退病毒分离株构成的影响

建阳橘柚兼具橘和柚的优良性状,为了解其携带的柑橘衰退病毒(CTV)分离株的分子特征及其传播到江西赣州对赣南脐橙产业的影响,将建阳橘柚(Citrus paradisi×C.reticulata)CTV分离株JY-5嫁接接种到赣南脐橙纽荷尔(C.sinensis)品种上,比较接种前后病毒外壳蛋白(cp)基因的HinfⅠRFLP和SSCP变化情况,实验结果表明,建阳橘柚上CTV分离株RFLP组群由接种前的单一组群变为混合组群,SSCP谱带数增加,在建阳橘柚上受抑制的CTV分离株在纽荷尔脐橙上能得到较好地增殖;同时接种前后分离株cp,p23和k17基因片段序列同源性及聚类分析表明,在建阳橘柚上的CTV分离株JY-5与其嫁接接种在纽荷尔脐橙上的JY-5R分离株并未在系统进化树上聚类在一起,表明两者不具有紧密的亲缘关系,结合RFLP和SSCP分析结果推测,JY-5R可能是在建阳橘柚上受抑制的分离株在纽荷尔脐橙上恢复了增殖。研究结果提示,建阳橘柚上的CTV分离株一旦传到赣南脐橙上,对赣南脐橙产业会带来一定的威胁。     

大麦黄矮病毒单双价外壳蛋白基因植物表达载体构建及小麦遗传转化

从我国小麦上分离纯化的大麦黄矮病毒PAV分离物，通过RT－PCR、克隆和序列测定后，确认该分离物的外壳蛋白基因由600个核苷酸组成，编码199个氨基酸。该片段克隆到表达质粒pEmu-mcs-N上，构建了植物表达载体pPPI10，同时，在克隆了PAV和GPV外壳蛋白的基础上，构建了编码GPV＋PAV双价CP基因的植物表达载体pPPI14。用花粉管通道法分别净这两种质粒导入小麦品种北京837，经Kan^R筛选、点杂交、PCR、Southern杂交等一系列分析鉴定，转化率分别为2.5%和0.36%,温室和田间抗病毒接种。部分转基因植株对病毒的侵染表现出发病症状较轻，与未转化对照株相比，其发病时间明显延迟。由此推测，转基因植株获得了一定的抗性。     

水稻草矮病毒基因组vRNA3 NS3基因的克隆、序列分析及原核表达

摘要: 根据RGSV(rice grassy stunt virus )-IR分离物的RNA3序列设计引物，采用RT-PCR技术扩增出RGSV-SX分离物的NS3基因，并进行序列测定及原核表达。结果表明，NS3基因由588个核苷酸组成，编码22.9 kD蛋白。构建了可在E. coli DH5α中表达的质粒pGTNS3，经IPTG诱导，SDS-PAGE分离纯化得到分子量为49.0 kD的GST-NS3融合蛋白，并制备抗血清。应用Western blot 分析寄主水稻(Oryza sativa)和介体昆虫体内NS3基因表达产物，仅在感病水稻植株中检测到NS3蛋白，而在提纯病毒、介体昆虫体内则未检测到。     

Bovine blood components: fractionation, composition, and nutritive value

The objective of this research work was to fractionate bovine blood, collected hygienically in a slaughterhouse, into blood plasma protein concentrate, red blood cell concentrate, globin isolate, and a carboxymethylcellulose-heme iron (CMC-heme) complex. All four fractions were studied for proximate composition and amino acid and mineral contents. The nutritive value of plasma protein concentrate and globin isolate was comparatively studied using rat bioassays. The amino acid content in plasma protein concentrate is well balanced and produced net protein utilization and net protein ratio equivalent to 95% those of casein. Globin isolate ( approximately 91% protein) is deficient in isoleucine and S-containing amino acids and was unable to support rat growth at 10% concentration in the diet. Red blood cell concentrate and the isolated CMC-heme complex were good sources of bioavailable iron. Iron availabilities for CMC-heme and whole blood cell concentrate, related to ferrous sulfate as 100%, were 64 and 70%, respectively.     

Suppression of the fungal pathogen Magnaporthe grisea by Stenotrophomonas maltophilia,a seed-borne rice (Oryza sativa L.) endophytic bacterium

The present work was carried out to study the potential of bacteria isolated from the seeds of rice plant for the biocontrol of five rice pathogenic fungi. Eleven endophytic bacteria isolated from rice seeds were evaluated for their antagonistic potential. Of five pathogens studied, only the growth of Magnaporthe grisea was inhibited by one bacterial isolate in an in vitro dual culture assay. Based on 16S rDNA sequence analysis, and biochemical and morphological characteristics, this strain was closely related to Stenotrophomonas maltophilia. We named this new isolate to be S. maltophilia SEN₁ (seed endophyte). This isolate was further tested for the production of volatile and diffusible antibiotics against M. grisea, for plant growth-promoting (PGP) traits and colonization of some rice cultivars. In addition, S. maltophilia SEN₁ was tested for its ability to promote plant growth and reduce the incidence of rice blast disease under greenhouse conditions. When applied to the soil, this isolate increased seedling growth and suppressed blast disease in plants of three studied cultivars. This study also showed this isolate could colonize the root interior of other rice cultivars. This study indicates that the S. maltophilia isolate studied has an excellent potential to be used as biocontrol agents of M. grisea or biofertilizer under in vitro and in vivo conditions.