猪繁殖与呼吸综合征病毒ORF7基因变异分析

采用RT—PCR方法对疑似PRRS阳性病料进行克隆和测序获得了0RF7基因片段。序列分析结果表明获得的0RF7基因序列不存在缺失现象。与美洲型代表毒株VR-2332的核苷酸序列的同源性为91．3％,氨基酸同源性为92．6％;与我国最早的PRRSV分离株CH—la相比,核苷酸同源性为93．5％,氨基酸同源性为92．6％;与我国高致病性PRRSV毒株SD—ZQ的核苷酸同源性最高为98．1％,氨基酸只有两个不同,同源性为98．3％;与本省的Hn-1／06毒株的核苷酸同源性为97．3％,氨基酸同源性为97．5％;与2004年分离的FJ-2株与ORF7基因的核苷酸差异稍大为85．4％,氨基酸同源性为88．6％;与欧洲型分离株LV株和N-34株0RF7基因的核苷酸差异很大,同源性仅为41．1％和40％,氨基酸同源性为47．1％和47．6％。表明所获得序列的流行毒株属于美洲型,但其毒力已发生了变异。     

猪繁殖与呼吸综合征病毒NX-1株ORF5,ORF7基因的克隆

为了从分子水平了解猪繁殖与呼吸综合征病毒(PRRSV)ORF5和ORF7基因的特征,并为PRRSV的遗传进化和分子变异研究提供资料。对宁夏地区流行的PRRSV进行采样分析,运用RT-PCR技术分别扩增了PRRSV NX-1/2008毒株囊膜蛋白基因ORF5与衣壳蛋白基因ORF7,并对其进行了克隆,随后利用DNAS-TAR生物软件进行了同源性比对和进化分析。结果显示,PRRSV NX-1/2008毒株的ORF5,ORF7基因均与JXa-1/2007等高致病性毒株高度同源,ORF7的氨基酸同源性则达到了100%。与空间距离较远的JXa-1/2007毒株相比,NX-1株的ORF5基因在中和抗体决定区196位上发生突变,而与相距较近的HUB-1/2006,CH-1 a/2001等毒株相比较,则无此突变;与CH-1 a/2001毒株相比,GP5蛋白的免疫原性核心位点B 39位的F→I,在诱导中和抗体起重要作用的33位糖基化位点N→S,同时,诱骗位点A(30~38氨基酸)的32,33和35位氨基酸都发生了突变。NX-1株的ORF7基因与国内CH-1 a/2001等低致病性毒株间的突变有69%位于抗原决定区,而其中有56%是高致病性毒株的主动突变。研究表明,分离的PRRSV高致病性毒株与低致病性毒株的抗原性在基因组上有较大范围的变异,且这种变异可能还主要位于免疫决定区。     

北疆地区猪繁殖与呼吸综合征病毒ORF7基因克隆与遗传演化分析

【目的】研究2014年新疆地区猪繁殖与呼吸综合征病毒（PRRSV）遗传变异情况,监测PRRSV在新疆流行情况,为新疆的PRRSV血清学检测提供帮助。【方法】采用RT－PCR方法对分离自新疆地区的PRRS疑似病料进行ORF7基因扩增和测序,分析PRRSV ORF7基因变异情况。【结果】检测到18株PRRSV毒株具有ORF7碱基突变,均属北美洲型,与国外的参考毒株和国内的参考毒株有着不同的亲缘关系。其中,XJzx4、XJzx12与国外的参考毒株01NP1.2、PA8、VR－2332、LMY亲缘关系较近。除XJzx1、XJzx14外,其余毒株与内地毒株BJsy06、GD、HB－1 sh2002、HuN、JXA1、LN、NX06、SX2009亲缘关系较近,推断由内地毒株演化而来。【结论】新疆本地流行猪繁殖与呼吸综合征毒株是来自国内外不同地区毒株,ORF7基因在新疆具有不同的遗传变异类型。没有检测到新疆猪繁殖与呼吸综合征病毒ORF7基因有缺失型突变。     

猪繁殖与呼吸综合征流行株ORF5基因遗传变异分析

[目的]分析猪繁殖与呼吸综合症（PRRS）发病原因、流行趋势,为预防和控制PRRSV提供理论依据。[方法]根据GenBank上的猪繁殖与呼吸综合征病毒（PRRSV）ATCCVR-2332的全基因序列,设计并合成引物,采用RT—PCR技术扩增了7株流行株（HIJ10,HL148,HLJ64,HLJ76,HL177,HLJ85,HLJ87）中的ORF5基因序列。应用DNAStar软件分析所测序列,并与ATCCVR-2332、CH-1a、BJ-4、LV及疫苗株MLV进行序列比较。同时用系统进化树分析了分离株之间的亲缘关系。[结果]核苷酸序列分析表明这7株流行株中ORF5基因与VR-2332、CH—1a、BJ-4等代表株的同源性分别为88．1％～98．8％,89．9％～95．2％,85．6％～98．7％;与LV的同源性为54．7％～56．9％。氨基酸序列分析表明这7株流行株与VR-2332、CH-1a、BJ4等代表株的同源性分别为88．1％～96．8％,88．1％～94．5％,86．1％～96．5％;与LV的同源性为54．7％～56．2％。通过系统发育进化树分析可知HLJ48、HL164、HLU6、HLJ77、HLJ85与CH-1株亲缘关系密切,同属一亚群,表明所获得的毒株与参考株CH．1亲缘关系较近,可能由CH-1演化而来。HLJ10、HU87与疫苗株MLV关系较近,而且HLJ10、HLJ87的同源性高达100％,可能由于使用疫苗而感染,说明黑龙江省存在疫苗毒的隐性感染。[结论]流行株在ORF,基因区域的变异较大,同一地域分离株间ORF,基因序列同源性较高且亲缘关系较近,不同地域则较远。     

猪繁殖与呼吸综合征病毒河南分离株的遗传变异分析

用间接免疫荧光试验和RT-PCR方法,从河南省不同地区送检的疑似猪繁殖与呼吸综合征的病料中分离到16株猪繁殖与呼吸综合征病毒(PRRSV),扩增分离株的ORF5基因并进行序列测定、比较分析和绘制进化树.结果表明,16株分离株之间的氨基酸序列同源性为88.1%～99.8%;与欧洲型LV株和美洲型VR-2332株的氨基酸序列同源性分别为54.0%～54.5%和88.1%～99.2%,证明分离的16株病毒均为美洲型.用DNAstar等软件对16株分离株推导的氨基酸序列作进一步比较分析,发现16株分离株ORF5基因编码的gp5蛋白的抗原区、潜在疏水区、跨膜区和N-糖基化位点分布均有差异,与其它美洲型毒株也存在一定程度的差异,说明在河南流行的PRRSV存在明显的遗传差异性.     

猪繁殖与呼吸综合征病毒YA株ORF5基因的克隆与序列分析

以猪繁殖与呼吸综合征病毒（PRRSV）YA株为材料，采用RT－PCR扩增其ORF5基因全长cDNA并进行序列测定和比较分析。结果YA株ORF5基因cDNA编码区长603bp，可编码200个氨基酸残基。与欧洲型代表株LV株、美洲型代表株VR－2332株在氨基酸水平上的同尖性分别为58％和90％，与国内首株分离株(CH－1a)的同源性高达95％，推测YA株属于美洲型。根据YA株ORF5基因编码的氨基酸序列，与具有代表性的12株美洲型毒株和2株欧洲型毒株绘制进化系统树，结果也显示YA株与美洲型分离毒株的遗传关系较近，而与欧洲毒株的遗传关系较远。进一步采用序列分析软件对推导的氨基酸进行比较分析，发现YA株ORF5编码的E蛋白存在5个潜在的N－糖基化位点，6个抗原位点，其糖基化位点的数目及抗原位点的分布与其它美洲毒株均存在一定程度的差异，但3个最主要的抗原表位相对保守。     

猪繁殖与呼吸障碍综合征病毒河南09分离株ORF5基因的克隆及结构分析

参照GenBank上登录的猪繁殖与呼吸障碍综合征病毒(PRRSV)美洲型AF494042株ORF5基因序列,设计1对特异性引物,应用RT-PCR扩增出PRRSV河南09分离株(HN-09)的ORF5基因,经与pGEM-T Easy载体连接后,筛选出阳性重组质粒进行序列测定,并利用DNASTAR软件对序列进行分析.结果表...     

猪繁殖与呼吸综合征病毒贵州流行株ORF5序列变异分析

通过RT-PCR扩增9株贵州省PRRSV流行毒株的ORF5基因,并将其连接到pMD18-T载体进行克隆测序得到目的基因序列.参考国内外毒株,分析其变异特点.结果表明,9株PRRSV贵州流行株都属于美洲型毒株,其ORF5序列之间同源性为99.5%~100.0%.以GZCJ株为贵州省代表毒株,与美洲型参考毒株之间的同源性为89.7%~98.7%,与近年流行的毒株遗传距离较近,与早期流行毒株遗传距离较远,其发生了大量点突变.     

1株猪繁殖与呼吸综合征病毒云南株的遗传演化分析

将2008年云南某猪场送检的疑似猪繁殖与呼吸综合征病例的病料处理后,接种Marc-145细胞,并对其进行病毒分离和鉴定,将分离株命名为Yunnan-08株.根据GenBank中PRRSV的基因序列进行设计.合成了针对ORF5和ORF7基因的引物,将RT-PCR扩增目的基因克隆入pGEM-Teasy载体中进行测序,再将测序结果提交给GenBank.应用DNAstar软件包分析,将该毒株的ORF5和ORF7基因序列及其推断氨基酸序列分别与PRRSV欧洲型代表株Lv、美洲型代表株VR2332和中国参考株CH-1a(AY032626)等毒株相应基因序列进行核苷酸比对,并与ATCC-VR2332(U87392)株、Lv(M96262)株等毒株进行氨基酸同源性比较,绘制系统的进化树,确定遗传演化关系.结果表明,该分离株的ORF7与VR2332的ORF7基因同源性为56.9%,与Lv株的ORF7基因同源性为41.7%;该分离株的ORF5与VR2332的ORF5基因同源性为87.1%,与Lv株的ORF5基因同源性为63.8%.表明新分离到的PRRSV Yunnan-08株仍属北美型,但存在很大变异,该分离株的ORF5与中国标准株CH-1a的ORF5基因同源性为93.4%,而ORF7与中国标准株CH-1a的ORF7基因同源性仅为56.6%.同一个毒株不同的开放阅读框架遗传演化的差异如此之大,这在以往未见报道,该病毒的变异为我国对该病的防控设置了障碍,毒株遗传监测显得十分重要.     

猪繁殖与呼吸综合症病毒分离株ORF5和Nsp2基因的序列分析

根据美洲型猪繁殖与呼吸综合症病毒(PRRSV)基因组序列设计2对引物,对疑似PRRSV感染猪的病料进行RT-PCR检测,核酸检测阳性病料进行PRRSV分离,获得了1株美洲型PRRSV,命名为GD08-2.对PRRSV GD08-2株、GD-XH株、GD08-1株的ORF5基因和部分Nsp2基因进行序列测定与分析.结果表明,GD08-2株的ORF5基因与PRRSV疫苗株pMLV、经典株VR-2332和GD-XH株的相似性较高,而与GD08-1株的相似性较低.GD08-2株的Nsp2基因推导的氨基酸序列出现12个氨基酸的不连续缺失,分别位于66~74位和192~194位,由此推测,GD08-2株可能为PRRSV的突变株.GD08-1株的ORF5基因与国内分离的高致病性PRRSV相似性较高,其Nsp2基因推导的氨基酸序列存在30个氨基酸的缺失,与国内高致病性PRRSV分离株JXA1的缺失位置完全一致,由此推测,GD08-1株属于高致病性PRRSV;GD-XH株的ORF5基因与疫苗株pMLV的相似性较高,其Nsp2基因存在个别核苷酸的点缺失.遗传进化分析表明,GD08-1株与国内分离的高致病性PRRSV的遗传进化关系较近,属同一分支;GD-XH株和GD08-2株与PRRSV经典株VR-2332、疫苗株pMLV的遗传关系较近,属另一分支.     

新疆南疆猪繁殖与呼吸综合征病毒ORF5基因克隆与序列分析

[目的]掌握新疆南疆PRRSV流行毒株特点,为新疆南疆PRRS的有效预防和控制提供理论依据.[方法]研究利用克隆和测序获得了8个新疆南疆PRRSV ORF5基因全序列,并进行序列分析.[结果]8个新疆南疆PRRSV ORF5基因长度均为603 bp,它们之间核苷酸同源性为87.4; ～ 100.0;;与欧洲型代表株LV、美洲型代表株ATCC VR-2332、中国代表株CH-1a和中国HP-PRRS代表株JXA1核苷酸同源性分别为60.9;～63.5;、88.4;～ 89.9;、88.9; ～ 94.7;和87.4;～98.7;;与中国猪养殖场常用的几种弱毒疫苗株核苷酸同源性为87.4;～94.7;;与美洲型毒株和欧洲型毒株氨基酸同源性为84.5;～98.0;和50.0;～59.5;.[结论]研究的8株新疆南疆PRRSV株均属于美洲型亚群Ⅱ毒株.利用新疆南疆PRRSV分子流行病学调查结论,可为新疆南疆PRRS防制疫苗的选择等做迸一步的调整或指导奠定基础.     

新疆南疆猪繁殖与呼吸综合征病毒毒株分型鉴定

了解新疆南疆PRRSV毒株类型,为新疆南疆PRRS防制疫苗的选择和防制措施的制定提供理论依据。本实验利用可同时扩增PRRSV欧洲型和美洲型毒株的ORF7基因特异性引物,进行RT-PCR、克隆、测序及序列分析。结果显示:本研究获得的14个ORF7基因片段不存在类似欧洲型代表株LV的9个核苷酸缺失,进化树显示均与国内外的美洲型代表株在同一分支内,其中XJNJ-5-2和XJNJ-5-3株与高致病性代表株JXA1在同一个小的分支内。结论为本实验未检测到欧洲型毒株,获得了14个美洲型毒株,其中有2株属于高致病性毒株。利用新疆南疆PRRSV分子流行病学调查结果,对新疆南疆PRRS的防制具有现实意义。     

猪繁殖与呼吸综合征病毒(PRRSV)江苏分离株NJGC ORF5基因的克隆及遗传变异分析

为了分析江苏省流行的猪繁殖与呼吸综合征病毒(PRRSV)的遗传变异特征,采用RT-PCR方法对江苏地区分离的PRRSV NJGC株的ORF5基因进行了克隆和测序,利用DNAstar软件与国内外代表性毒株进行了同源性分析与序列对比,并绘制了系统进化树.结果表明:NJGC株属于美洲型PRRSV,其ORF5基因与美洲型代表毒...     

猪繁殖与呼吸综合征病毒新疆株ORF3基因的克隆与测序

根据GenBank中已发表的猪繁殖与呼吸综合征病毒ORF3基因序列,设计合成了1对特异性引物,扩增出病毒ORF3结构基因。将该基因克隆到pMD18-T,构建了重组质粒pMD18-ORF3,并对筛选出的阳性质粒进行测序。应用序列分析软件对测序结果分析可知,克隆得到的ORF3基因组全长812 bp。通过DNAman对所测ORF3基因核苷酸序列与GenBank中登录的国内外PRRSV毒株核苷酸序列进行同源性比较。序列分析结果显示,XJPRRSV1/03与参考毒株VR2332、LV、CH-1a的核苷酸同源性分别为95.8%,89.8%,92.7%,氨基酸同源性分别为96.6%,88.5%,93.2%。XJPRRSV1/03与VR2332同源性最高。     

辽宁地区猪繁殖与呼吸综合征病毒分离株ORF5基因的遗传变异分析

为研究辽宁地区猪繁殖与呼吸综合征病毒(PRRSV)ORF5基因的生物学特性及遗传变异情况,通过RT-PCR方法对PRRSV阳性样品的ORF5基因进行扩增,应用DNA Star软件对检测的序列进行比对和遗传变异分析。结果显示,分离的8株PRRSV的ORF5基因全长为603 bp,均属北美型,不同分离株间的核苷酸、氨基酸同源性分别为91.5%~99.0%、88.1%~98.5%;遗传变异分析表明,分离株处于不同的进化分支,但均属于亚群3,为高致病性PRRSV。以上结果表明,辽宁地区主要流行毒株为高致病性PRRSV,在不同地区有不同的PRRSV毒株同时流行,但具有相同的进化来源。     

高致病性猪繁殖与呼吸综合征病毒ORF5基因的变异分析

从天津和内蒙古猪场中分离到2株高致病性猪繁殖与呼吸综合征病毒(TJ和NM1),将TJ株经Marc-145细胞连续传代92代,得到致弱疫苗株TJM株。采用RT-PCR方法扩增TJ、NM1和TJM完整的ORF5基因片段,进行序列测定,并与其他国内外毒株的ORF5基因序列进行了比较和变异分析。结果表明:TJ株和NM1株ORF5基因与国内分离的高致病性猪繁殖与呼吸综合征病毒(HP-PRRSV)具有较高的同源性,均为99.5%~99.8%,与欧洲型PRRSV同源性最低,分别为63.3%和63.5%。致弱疫苗株TJM与其原始毒株TJ相比有4个氨基酸发生突变(F23S,G80V,R151K,Q196R),这些突变可能与TJ株毒力的降低有关。     

河北省猪繁殖与呼吸综合征病毒主要结构蛋白基因变异分析

    为了给河北地区预防和控制猪繁殖与呼吸综合征(PRRS)提供理论数据,根据GenBank公布的多株PRRSV全基因序列,设计并合成3对特异性引物,应用RT-PCR方法分别扩增HB-3(cz )株、HB-4(hs)株的ORF5、ORF6、ORF7基因片段.分别将片段克隆入pGM-T载体后进行测序,并结合其他河北毒株与多株GenBank中PRRSV毒株ORF5～7基因序列进行比较.结果表明,河北省2007年以来发现的9个毒株序列同源性很强,与近年国内流行的毒株群相似性很高,达98.8%～99.5%,均属于美洲型;其主要结构蛋白E、M、N蛋白抗原表位区域极其类似;与前些年国内主要流行毒株群相似性较低,为91.9%～92.6%;遗传进化树分析表明国内美洲型分离株明显地分为2个亚群,河北省流行的毒株亲缘关系较近,在同一亚群内.     

猪繁殖与呼吸综合征病毒S-1株ORF5和ORF7基因的克隆及变异分析

PRRSV S-1株经Marc-145复苏后,通过RT-PCR扩增了ORF5和ORF7基因.利用酶切位点将2个基因分别连接到原核表达载体PET-32C中,筛选阳性克隆送测序,序列分析表明:PRRSV S-1株ORF5基因变异性较高,与VR-2332毒株和CH-1a毒株的同源性分别是:核苷酸同源性为91%和89%,氨基酸同源性是87%和85%;ORF7基因相对保守,核苷酸的同源性分别是97%和94%,氨基酸的同源性分别是95%和93%.     

猪繁殖与呼吸综合征病毒ORF7基因的表达和重组蛋白的纯化及免疫学活性分析

[目的]在基因工程菌中实现猪繁殖与呼吸综合征病毒（PRRSV）ORF7基因的高效表达,对表达的重组蛋白进行纯化,并探讨其免疫学活性及应用价值。[方法]将已构建好的重组表达载体pET-ORF7转化大肠杆菌BL21（DE3）,用IPTG在最适条件下诱导表达,其表达产物用SDS-PAGE和Western Blot进行检测。应用Ni-NTAHis.Bind Resin层析柱在变性条件下纯化表达产物,通过梯度透析进行复性。采用Western Blot及间接ELISA法检测复性后重组蛋白的免疫学活性。[结果]重组质粒pET-ORF7在大肠杆菌中以融合形式成功表达,融合表达产物主要以包涵体形式存在。SDS-PAGE检测所表达的重组蛋白分子量为33 kD左右,与预期大小相符。Band-scan软件对表达蛋白分析发现,表达产物约占菌体蛋白的50%。Western Blot及间接ELISA法显示复性后的重组蛋白与PRRSV阳性血清有特异性结合反应,表明其具有良好的免疫学活性。[结论]该试验将为进一步研制PRRSV单克隆抗体及诊断试剂盒奠定基础。     

2019年四川省部分地区猪繁殖与呼吸综合征病毒ORF5基因的遗传变异分析

为了解2019年四川省猪繁殖与呼吸综合征病毒(PRRSV)ORF5基因的遗传变异情况,采用RT-PCR方法对来自该省部分地区猪场的36份疑似PRRS猪的组织样品进行PRRSV ORF5基因测序,并对所获得的基因序列进行了生物信息学分析.结果显示,成功扩增出14条PRRSV ORF5基因片段.同源性分析显示,14条PRR...