基于两种电泳检测方法的华东野生菰ISSR遗传多样性分析

[目的]筛选更优的ISSR-PCR扩增产物电泳检测方法,分析我国华东地区野生菰种质资源遗传多样性,为建立和完善菰植物种质库及合理开发与利用菰资源提供理论依据.[方法]挑选7条ISSR引物对华东地区9个野生菰居群104份材料基因组DNA进行PCR扩增,其ISSR-PCR产物分别采用2%琼脂糖凝胶电泳和5%非变性聚丙烯酰胺凝胶电泳进行检测.[结果]2%琼脂糖凝胶电泳检测结果显示,华东地区野生菰的多态性位点百分率(PPB)为63.49%、观测等位基因数(Na)为1.6349、有效等位基因数(Ne)为1.3012、Nei's基因多样性指数(He)为0.1871、Shannon's信息指数(I)为0.2908、居群间遗传分化系数(Gst)为0.3922、遗传相似系数(Gs)变化范围在0.8293~0.9775;其聚类分析结果表明,当遗传相似性系数阈值为0.885时,9个野生菰居群被分为两大类,SH(上海)和PYH(鄱阳湖)居群归为一类,其他7个居群归为另一类.5%非变性聚丙烯酰胺凝胶电泳检测结果显示,华东地区野生菰的PPB为78.03%、Na为1.7803、Ne为1.2762、He为0.1804、I为0.2914、Gst为0.5086、Gs变化范围在0.7679~0.9837;其聚类分析结果表明,当遗传相似性系数阈值为0.850时,9个居群也被分为两大类,其中PYH居群单独为一类,其他8个居群归为另一类.[结论]我国华东地区野生菰种质资源遗传多样性丰富,居群间和居群内变异显著,基于ISSR分子标记的野生菰遗传多样性采用5%非变性聚丙烯酰胺凝胶电泳进行检测可获得更可靠的遗传图谱,而2%琼脂糖凝胶电泳检测更适合早期的ISSR分子标记引物筛选.     

木兰科濒危植物大果木莲遗传多样性的ISSR分析

采用ISSR分子标记技术对云南省3个大果木莲天然居群进行遗传多样性分析。结果表明,在物种水平上,大果木莲的多态位点百分率(PPB)为70.71%;有效等位基因数(Ne)为1.4121;Nei′s基因多样性指数(H)为0.2433;Shannon信息指数(I)为0.3651。在居群水平上,其PPB为44.1%;Ne为1.2704;H为0.1573;I为0.2343。通过Nei′s遗传多样性分析得到居群间的遗传分化系数(Gst)为0.3595,由遗传一致度进行了3个居群的UPGMA聚类。     

3 个中华鳖群体遗传多样性的微卫星标记分析

为了给武昌湖中华鳖的遗传资源保护和利用提供较为准确的基础数据,利用微卫星标记技术,对中华鳖武昌湖野生群体和2个养殖群体进行遗传多样性分析。结果显示:武昌湖鳖群体、日本鳖群体、黄沙鳖群体的平均等位基因数(Na)分别为11.5、9.1、7.9,平均有效等位基因数(Ne)分别为6.3、3.7、3.1,平均观测杂合度(Ho)分别为0.5667、0.5222、0.4462,平均期望杂合度(He)分别为0.6987、0.5953、0.5648,多态信息含量(PIC)分别为0.6672、0.5551、0.5303,武昌湖群体遗传多样性较高。基于Nei's遗传距离和遗传分化指数显示,目前武昌湖群体中华鳖种质资源保存较好。     

微卫星标记BM6506和BMS1788的多态性与新疆山羊绒性状的关系

[目的]研究微卫星标记BM6506和BMS1788在新疆山羊群体中的遗传多态性与经济性状的关联性,以期找到与生产性状相关的遗传标记,为标记辅助选择育种提供理论依据.[方法]采用微卫星标记技术研究微卫星标记BM6506和BMS1788在新疆山羊群体中的遗传多态性,利用POPGENE(Versionl.32)软件计算等位基因频率(E)、基因杂合度(He)、有效等位基因数(Ne)、基因纯和度(P);用PIC-CALC软件计算多态信息含量(PIC),运用最小二乘线性模型,对所检测到的多态标记与生产性状进行关联分析.[结果]2个微卫星标记在新疆山羊群体中的有效等位基因数(Ne)分别为4.162 5、5.732 5,基因杂合度(He)分别为0.759 8、0.825 6,多态信息含量分别(PIC)为0.720 8、0.801 6.关联分析结果表明-在绒细度性状上:标记BMS1788的CF和EG基因型个体显著高于AE基因型个体(P＜0.05);在绒长度性状上:标记BM6506的AB基因型个体显著高于BB、BD和AA基因型个体(P＜0.05),标记BMS1788的CF基因型个体显著高于AD和DE基因型个体(P＜0.05);在含绒率性状上:标记BM6506的AC基因型个体显著高于BB和AA基因型个体(P＜0.05).[结论]微卫星标记在BM6506和BMS1788在新疆山羊群体中均表现为高度多态(PIC＞0.5),表明新疆山羊群体的遗传变异程度大,遗传多样性丰富,可以用作新疆山羊遗传多样性的评估和经济性状选择的遗传标记.     

原位和异位保护对水稻种质资源遗传多样性的影响*

 利用24对SSR引物对云南省保山市分别在原位和异位保存条件下的12个水稻品种进行遗传多样性分析。24对引物在原位居群共检测到等位基因（A）110个,平均等位基因数(Na)为4.58个,平均有效等位基因数(Ne)为3.08个,其中多态性位点百分率(P)为91.76%,香农指数(I)为1.17;异位居群共检测到等位基因88个,Na为3.67个,Ne为2.52个,P为100%,I为1.03。结果显示,原位居群的各遗传多样性参数均高于异位保存居群,这表明与异位保护相比,原位保护是维持种群遗传多样性的一种更好的方式。     

新疆褐牛种群遗传多样性分析

[目的]检测新疆褐牛的遗传多样性及其不同居群(杂交类型)的亲缘关系.[方法]采用8对微卫星分子标记对新疆褐牛的4个群体进行遗传多样性与遗传结构分析.[结果]在192个个体扩增得到72个等位基因,每个位点平均等位基因数(A)为9.4个新疆褐牛群体的平均预期杂合度(HE)为0.716 2,平均观察杂合度(H0)为0.695 4,群体处于遗传平衡状态.群体平均多态信息含量和平均杂合度较高,4个群体8个位点的平均多态信息含量分别为0.673 6、0.622 0、0.626 5和0.541 3.群体基因流BM2133位点最大(7.0965),BM1824位点最小(2.112 8),各位点平均基因流为4.008 9,4个群体间存在一定的基因交流.4个群体间的遗传变异为5.87;,另外94.13;的遗传变异由个体间的差异产生.基因流不是主导新疆褐牛种群遗传结构的关键因素.聚类分析显示4个群体可按遗传距离分为两类.[结论]新疆褐牛4个群体的遗传多样性丰富,可作为育种材料培育牛的新品种与新疆褐牛新类型.     

中国美利奴羊(新疆型)及其杂交后代群体遗传多态性研究

[目的]研究4个微卫星标记在3个绵羊群体中的遗传多态性,以期找到与生长性状相关的遗传标记,为标记辅助选择育种提供理论依据.[方法]采用微卫星标记技术研究4个微卫星标记在3个绵羊群体(中国美利奴羊、中国美利奴羊与德国美利奴羊的杂交后代、中国美利奴羊与萨福克羊的杂交后代)中的遗传多态性,利用Popgene( Versionl.32)软件计算等位基因频率(P)、基因杂合度(H)、有效等位基因数(Ne);用PIC - CALC软件计算多态信息含量(PIC).[结果]4个微卫星标记在3个绵羊群体中共检测到26个等位基因,平均每个标记检测到6.5个等位基因,平均有效等位基因数(Ne)分别为4.384 8、5.4520、5.006 8,平均杂合度(H)分别为0.771 3、0.812 2、0.799 6,平均多态信息含量(PIC)分别为0.742 2、0.785 3、0.770 6.[结论]4个微卫星标记在3个绵羊群体中均表现为高度多态,可以用作绵羊遗传多样性的评估,可望作为生长性状选择的遗传标记.     

ISSR分析崇明白山羊的遗传多样性及亲缘关系

为查明崇明白山羊群体的遗传多样性水平和亲源关系,应用ISSR分子标记技术,使用12条多态性较好的ISSR引物对206只崇明白山羊进行PCR扩增。结果表明:总计扩增出181条谱带,平均每条引物扩增产生15.08条,其中含有多态性条带163条;经统计分析,崇明白山羊呈现出丰富的多样性,检测到的观测等位基因数(Na)为1.900 6±0.300 1,有效等位基因数(Ne)为1.477 8±0.365 6,Nei's基因多样度(h)为0.278 5±0.184 9,多态位点百分率(PPB)为90.06%,Shannon's信息指数(I)为0.418 6±0.251 0,群体总基因多样性(Ht)为0.279 7±0.034 0,群体内基因多样性(Hs)为0.226 7±0.025 8,遗传分化值(Gst)为0.189 4,崇明白山羊的遗传变异81.06%来源于种群内部。崇明白山羊的基因流(Nm)为2.1397,说明崇明白山羊群体间存在一定的基因流。UPGMA聚类分析显示:样本相似系数为0.519 3-0.989 0,206个个体可分为11个群体,个体间虽然呈现差异,但具有较好的同质性。     

基于ISSR分子标记的中华鳖种群遗传多样性分析

利用简单重复序列间扩增(inter simple sequence repeat, ISSR)分子标记技术对5种中华鳖(Pelodiscus sinensis)种群的遗传多样性以及亲缘关系进行分析。结果显示：采用筛选出的10条ISSR引物对来自5个种群的中华鳖个体样本的基因组DNA进行PCR扩增，共获得123条清晰的扩增位点，平均多态性条带(PPB)比例为73.417%。5个居群的等位基因数(N_a)、有效等位基因数(N_e)、Nei’s基因多样性指数(H)、Shannon多样性指数(I)分别为1.748 0、1.417 7、0.245 5、0.370 4,其中乌鳖群体的遗传多样性水平高于其他中华鳖，淮河鳖群体的变异程度最小。5个居群总遗传多样性指数(H_t)=0.240 0±0.037 1,居群内遗传多样性指数(H_s)=0.174 7±0.021 6,基因分化系数(G_st)=0.271 9,基因流(N_m)=1.339 0。总遗传变异结果显示：有27.19%的变...     

基于SSR分子标记的68份柚类种质资源亲缘关系分析

[目的]用17对SSR引物对68份柚类种质资源进行遗传背景研究,推演其亲缘关系,为更好地利用这68份材料提供参考.[方法]17对SSR引物进行PCR扩增;用Power Marker V3.25软件计算观测等位变异数(Na)、有效等位变异数(Ne)、观测杂合度(Ho)、期望杂合度(He)、香农多样性指数(I)和引物多态信息含量(PIC);用Ntsys2.0计算材料间的遗传距离并进行聚类;用Structure2.3.4推导群体遗传结构.[结果]17对引物扩增出62条多态性条带,平均为3.6470条.计算得出这62个多态性标记位点的平均等位变异数Na为3.4706,平均有效等位变异数Ne为2.1523,平均观测杂合度Ho为0.4542.平均期望杂合度He和香农多样性指数I分别为0.4810和0.8482,多态信息含量(PIC)平均值为0.4198.在遗传距离0.36处将材料分成5个类群,结构分析中将材料分成4个组群,聚类分析和结构分析结果基本一致.[结论]所选材料具有丰富的遗传多样性,聚类和结构分析的结果能直观地了解这68份材料的亲缘关系,并对其中可能的同物异名品种进行筛选.     

观赏石榴种质资源遗传多样性的ISSR分析

为了解观赏石榴种质资源遗传多样性及其亲缘关系,对35个观赏石榴品种利用ISSR标记技术进行遗传关系分析。筛选出多态性高的8条ISSR引物,共扩增出168个DNA位点,其中多态性DNA位点有158个,多态性位点比率(PPB)为94.05%。平均观察等位基因数(Na)为1.940 5,平均有效等位基因数(Ne)为1.678 5,平均Nei's基因多样性指数(He)为0.379 9,平均Shannon信息指数(I)为0.553 0。品种间遗传相似系数(GS)介于0.416 7~0.922 6,表明观赏石榴品种间存在比较丰富的遗传多样性。利用UPGMA法构建分子树状图,以遗传相似性系数(GS)0.668为阈值,将35个观赏石榴品种分为6个类群。     

用RAPD和ISSR法研究新疆红花主栽品种的遗传多样性

[目的]对29份新疆红花栽培品种的遗传多样性进行检测.[方法]RAPD和ISSR分子标记技术.[结果]20个RAPD引物和18个ISSR引物分别扩增出156和112条带,多态条带比率(PPB)分别为92.31;和93.77;.RAPD和ISSR检测的有效等位基因数分别为1.508 1和1.513 7,基因多样性为0.311 5和0.341 6,Shannon多样性指数为0.473 8和0.479 8.以Nei氏遗传距离矩阵按UPGMA方法聚类分析结果RAPD和ISSR标记的遗传距离分别为0.108 2～2.054 1和0.123 4～2.153 5.[结论]红花不同品种之间具有比较丰富的遗传变异.对比RAPD和ISSR在PCR反应中的稳定性和检测变异的能力表明,对于实验条件的稳定性而言ISSR优于RAPD,且总的来说ISSR能检测到比RAPD更多的遗传变异.Mantel检测表明:这两种标记的分析结果有极显著的相关性r=0.963.     

红锥天然群体和栽培群体的遗传多样性研究(英文)

[目的]调查红锥天然群体和栽培群体的遗传分化状况。[方法]以广东、广西、福建、云南、海南的5个红锥天然群体和广西的3个种源的红锥栽培群体为供试材料,用筛选出的9对ISSR引物,对8个群体共计151个个体进行ISSR分析。[结果]每对ISSR引物扩增出7～20条条带,共得到122条多态带。红锥天然群体在种群水平的多态带百分率P为59.84%,Nei基因多样性指数Hpop为0.1827,Shannon多样性指数(I)为0.2856,高于红锥栽培群体(P=54.87%,HPOP=0.1366,I=0.2198)。群体特异带及群体间共有带的差异与分布揭示了群体间的遗传差异及相似性,红锥天然群体遗传多样性主要存在于群体内,群体间的遗传分化系数Gst为0.99。在红锥的3个栽培群体中发现了类似的群体遗传结构(GST=0.1275)。UPGMA聚类分析结果表明,红锥天然群体间的遗传距离有随地理距离跨度增加而递增的趋势。[结论]红锥遗传多样性偏低可能与人为干预和环境破坏导致的种群缩小及生境片段化等因素有关;红锥种群遗传结构的形成则与其自身繁育机制密切相关。     

福寿螺3个地理群体遗传多样性的ISSR分析

[目的]探讨我国不同地区福寿螺的遗传多样性和遗传结构。[方法]应用ISSR分子标记技术对我国江苏苏州、福建漳州、广东珠海3个不同地理群体福寿螺的遗传多样性和遗传结构进行了分析。[结果]从77个ISSR引物中筛选出3个引物对福寿螺3个群体60个样品进行扩增,得到33个清晰的扩增位点,多态位点为31个。江苏、福建和广东3个福寿螺群体的Shannon′s指数分别为0.353 6、0.424 70、.279 6,由此分析,其遗传变异主要来自于群体内个体间。福寿螺UPGMA聚类图显示,广东群体和福建群体首先聚在一起,再与江苏群体聚类。3个群体的遗传多样性处于相同水平上,且遗传多样性高低依次为福建群体>江苏群体>广东群体。[结论]3个地区福寿螺群体产生一定的遗传分化,表明福寿螺具有广适性的遗传特性。     

丁(鱼岁)养殖群体遗传多样性的ISSR分析

[目的]分析丁[鱼][岁]养殖群体的遗传多样性水平,为其种质资源的评价、保护和合理利用提供依据。[方法]利用简单重复序列区间扩增多态性（ISSR）分子标记技术。[结果]选用77个随机引物对其20个个体的基因组DNA进行PCR扩增,有18个引物可以扩增出稳定且清晰的条带,共扩增出115条稳定的DNA位点,片段大小在100-2000bp,其中多态性位点14个,多态位点比例为12.17％。个体间遗传距离为0-0.1376,平均为0.0329±0.0056。[结论]丁[鱼][岁]群体的遗传多样性水平较低。     

河川沙塘鳢的ISSR分析河川沙塘鳢的ISSR分析

[目的]分析江苏常熟河川沙塘鳢个体大小不一的2个群体之间的遗传差异性。[方法]采用ISSR分子标记技术对2个群体进行遗传分析。[结果]从77个ISSR引物中筛选出3个引物,对2个群体共24个样品进行扩增,获得27个清晰的扩增位点,其中多态性位点19个,多态位点百分率为70．37％。结果表明,大沙塘鳢的遗传多样性水平略高于小沙塘鳢。大小沙塘鳢群体间的遗传距离为0．2194,群体间的Nei’s遗传分化系数为0．1904。利用MEGA3．0软件构建沙塘鳢24个个体的UPGMA系统树,显示出较明显的分支。[结论]江苏常熟河川沙塘鳢种群的遗传多样性水平较低,2个群体的遗传分化已经达到种群分化水平。     

陕西核桃实生居群遗传多样性ISSR分析

采用ISSR标记对陕西核桃实生居群39个个体的遗传多样性水平及居群的遗传结构进行了研究,从13个引物中筛选出8个用于正式扩增,检测到48个位点为多态位点,多态位点百分率(PPB)为87.27%;居群材料间遗传相似系数GS变幅为0.473～0.836,平均达0.679;Shannon-Weaver遗传多样性指数的分布范围为1.483～1.960,Simpson指数的分布范围为0.739～0.846。UPGMA聚类分析结果具有一定的相似性,但是也存在明显差异。ISSR标记能将39份核桃种质完全区分开,为科学合理地保护和利用现有的核桃资源提供了理论依据和技术支持。     

梭鱼养殖群体与自然群体的遗传结构研究

[目的]掌握渤海地区梭鱼种群的种质资源状况。[方法]应用随机扩增多态DNA(RAPD)技术,对梭鱼养殖群体与自然群体的遗传多样性进行了分析。[结果]从45个随机引物中选出20个扩增效果稳定的引物进行群体分析。其中,梭鱼自然群体共检出了204个扩增位点,多态位点136个,多态位点比例为66.7%;养殖群体中共检出了217个扩增位点,多态位点130个,多态位点比例为59.9%。[结论]目前梭鱼群体的遗传多样性较为丰富,人工养殖还未对其造成明显的影响。     

枳壳道地产区主流品种遗传多样性的ISSR分析

采用ISSR分子标记技术对江西、湖南、四川3个枳壳道地产区的主流品种进行遗传多样性分析,为筛选优良品种提供参考。15个引物共扩增114个位点,其中多态性位点108个,多态位点百分率为94.73%;观测等位基因数(Na)1.9467,有效等位基因数(Ne)1.5740;Ne i’s基因多样性(He)33.15%;Shannon’s信息指数(I)0.490 7;UPGMA聚类分析可将所有样品分为4类。枳壳具有较高的遗传多样性,其遗传变异主要存在于不同的品种间;聚类结果与传统的外观形态鉴别分类具有一致性;在进行优良品种选育时,应加强不同品种之间的基因交流,以提高种质的质量。     

车前种质资源遗传多样性ISSR分析

[目的]研究江西、湖南、湖北等7个省份的车前种质资源的遗传多样性。[方法]采用ISSR技术,对28份车前样品进行遗传多样性和亲缘关系分析。[结果]从40条引物中共筛选出16条可用于车前遗传多样性分析的ISSR引物,共扩增出131条带,其中多态性条带(PPB)有107条,占81.7%。ISSR数据分析显示,多态性位点百分率(P)为75.3%;平均等位基因观测数为0.071 3;有效等位基因数为0.299 0;Nei,s基因多样性指数(H)为0.360 1;Shannon多态性信息指数(I)为0.535 4。[结论]车前种质资源遗传多样性的地理差异较为明显;野生种与栽培种基因型差异较大。