广西野生鲤与建鲤的遗传多样性分析

利用10个微卫星标记,对2代群体选育的建鲤(Cyprinus carpio var.Jian)和封闭水体的广西野生鲤鱼进行遗传多样性分析,共检测到53个等位基因,等位基因位点数在4~7个之间,平均等位基因数5.3个,片段长度在118~284 bp之间,有效等位基因在1.167 5~1.520 3,平均为1.360 2,广西野生鲤群体的有效等位基因数1.562,大于建鲤的1.388;位点观测杂合度在0.397~0.762之间,平均为0.562 6,期望杂合度0.301~0.629之间,平均0.463 3,广西野生鲤群体的期望杂合度0.581,大于建鲤的0.473;微卫星位点多态性信息含量(PIC)在0.289 7~0.685 0之间,平均多态信息含量0.438 8,为中度多态性,广西野生鲤群体多态信息含量0.685,大于建鲤的0.424,两个群体平均基因分化系数为0.106 9,广西本地野生鲤与建鲤的遗传距离为0.1463,相似性系数为0.828 4,表明广西野生鲤与建鲤之间存在明显的遗传异质性。     

脊尾白虾3个野生群体遗传多样性的微卫星分析

利用12对微卫星标记分析了莱州湾(LZ)、海州湾(HZ)、象山(XS)脊尾白虾野生群体的遗传多样性.12个位点在3个群体中均表现出高度的多态性.12个微卫星位点共得到115个等位基因,各个位点的等位基因数介于6～14,平均每个位点上的等位基因数为9.583 3个;各个位点的平均期望杂合度(He)、平均观测杂合度(Ho)、平均多态信息含量(PIC)分别为0.8278、0.517 5、0.705 1,表明3个脊尾白虾野生群体均有良好的多态性.经F-统计分析,各个群体间的遗传分化指数均值为0.093 0(0.05＜Fst＜0.15),呈中等水平分化.基于Nei's遗传距离的UPGMA聚类分析显示莱州湾群体与象山群体距离最近,聚为一类,海州群体单独聚为一类.     

基于微卫星标记对6个花鲈群体的遗传多样性分析

为了解中国不同地理群体花鲈(Lateolabrax maculatus)的遗传结构,从花鲈基因组序列中筛选出11个具有多态性的微卫星位点,对中国沿海地区(天津、长岛、青岛、上海、厦门和北海)6个花鲈野生群体的遗传多样性进行分析.11个微卫星位点共检测到57个等位基因,7个微卫星位点具有高度多态性.6个群体的等位基因数(...     

菲律宾蛤仔人工选育群体与野生群体的遗传多样性分析

本研究利用10对微卫星标记对菲律宾蛤仔(Ruditapes philippinarum)人工选育群体与野生群体进行遗传多样性分析。结果表明,每个位点的等位基因数为3~12个,期望杂合度范围为0.307~0.757,观测杂合度范围0.208~0.583。等位基因丰富度AR的大小范围是3.0~10.7,PCR扩增产物片段大小在178~390 bp,共得到63个等位基因,平均等位基因数范围从4.4(白蛤)到5.1(龙王塘野生群体),野生群体等位基因丰富度最大(5.278),白蛤群体的等位基因丰富度最小(4.267)。哈迪–温伯格检验发现4个群体和10对微卫星的40个组合中,有21个组合显著偏离哈迪–温伯格平衡状态。Kruskal-Wallis检验表明各个群体间的平均等位基因丰富度无显著差异。4个群体遗传分化系数F_(st)在0.086~0.180,遗传分化最大的是白斑马蛤群体与龙王塘野生群体(F_(st)=0.180),遗传分化最小的是白蛤群体和海洋橙群体(F_(st)=0.086)。人工选育群体表现为中度分化水平(F_(st):0.086~0.113);龙王塘野生群体与人工选育群体表现为较大分化水平(F_(st):0.134~0.180)。结果表明,人工选育群体的遗传多样性仍然比较高,但连续的选育对群体的遗传多样性和遗传分化有一定程度的影响。     

鲢微卫星标记与生长性状的相关分析

为分析湘江鲢(Hypophthalmichthys molitrix)和长丰鲢(H.molitrix)群体的遗传多样性以及筛选与其生长性状相关的微卫星标记,应用96对微卫星引物,使用普通PCR扩增与毛细血管电泳技术,在湘江鲢和长丰鲢2个群体中共筛选到13个多态性较高的微卫星标记,基于这些微卫星标记并对湘江鲢和长丰鲢进行了遗传多样性分析和生长性状关联分析。结果显示：湘江鲢和长丰鲢的观测杂合度(Ho)和期望杂合度(He)均处于中度多态,PIC均值分别为0.422、0.440,表明两个鲢群体均具有中等多态的遗传多样性。其中,湘江鲢筛选出8个与生长性状显著相关的位点,长丰鲢筛选出2个与生长性状显著相关的位点。位于染色体LG5上的位点P086和位于染色体LG23上的位点P041均在两个鲢群体中找到显著相关的性状。     

6个野生与选育鲤群体的微卫星遗传分析

利用12个微卫星标记对鲤(Cyprinus carpio)的4个野生群体[清水江鲤、太湖鲤、黄河鲤(C.carpio haematopterus)和黑龙江鲤(C.carpio amurensis)]和2个选育群体[福瑞鲤(C.carpio var.FFRC)和松浦镜鲤(C.carpio var.specularis'Song-pu')]共208尾个体进行遗传分析。结果显示,12个位点共检测到341个等位基因,平均等位基因数为28.67,其中1个位点(HLJ1127)检测到正向选择压力;选育群体的遗传多样性参数普遍低于野生群体,其中松浦镜鲤群体的各项参数均值最低(Na=6.82,Ho=0.54,PIC=0.50),清水江鲤群体的各项参数均值最高(Na=21.25,Ho=0.80,PIC=0.91);分子方差分析显示,整体遗传变异主要来自群体内,但群体间呈极显著遗传分化(P0.01);基于群体Nei's遗传距离的UPGMA聚类树和PCo A分析表明,鲤4个野生群体间遗传距离较近,而与2个人工选育群体间遗传距离较远;基于个体遗传结构及PCo A分析显示部分野生个体遗传结构比较混杂,而选育个体的遗传结构则相对单一。研究表明,中国鲤野生资源具有较高的遗传多态性,而人工选育群体维持着较纯的遗传种质。     

清水江鲤基于微卫星标记和形态指标的遗传分析

利用12个微卫星标记对鲤(Cyprinus carpio)的4个野生群体 [清水江鲤、太湖鲤、黄河鲤(C.carpio haematopterus)和黑龙江鲤(C.carpio amurensis)] 和2个选育群体 [福瑞鲤(C.carpio var. FFRC)和松浦镜鲤(C. carpio var. specularis 'Song-pu')] 共208尾个体进行遗传分析。结果显示,12个位点共检测到341个等位基因,平均等位基因数为28.67,其中1个位点(HLJ1127)检测到正向选择压力;选育群体的遗传多样性参数普遍低于野生群体,其中松浦镜鲤群体的各项参数均值最低(N_a=6.82,H_o=0.54,PIC=0.50),清水江鲤群体的各项参数均值最高(N_a=21.25,H_o=0.80,PIC=0.91);分子方差分析显示,整体遗传变异主要来自群体内,但群体间呈极显著遗传分化(P<0.01);基于群体Nei's遗传距离的UPGMA聚类树和PCoA分析表明,鲤4个野生群体间遗传距离较近,而与2个人工选育群体间遗传距离较远;基于个体遗传结构及PCoA分析显示部分野生个体遗传结构比较混杂,而选育个体的遗传结构则相对单一。研究表明,中国鲤野生资源具有较高的遗传多态性,而人工选育群体维持着较纯的遗传种质。     

半滑舌鳎生长相关基因的微卫星及其在种群遗传结构分析中的应用

利用在生长激素(GH)、生长激素释放激素(GHRH)和垂体腺苷酸环化酶激活多肽(PACAP)基因中发现的7个微卫星位点,分析了半滑舌鳎两个野生群体(渤海群体和黄海群体)和1个养殖群体间以及各群体内雌雄个体间的遗传多态性差异。结果表明,7个位点中有4个位点表现出多态性,在3个群体中的等位基因数的分布范围为2～37,平均为9.5;有效等位基因数分布范围为2～28.9,平均为8.4。各位点的平均观测杂合度、平均期望杂合度和平均多态信息含量分布范围分别为0.5145～0.7738、0.5690～0.8671和0.4829～0.8314。群体间的成对FST值及个体分配分析的结果表明,半滑舌鳎野生群体和养殖群体之间存在显著性遗传差异,而在两个野生群体之间差异不显著。此外,等位基因分布和双倍体基因型分布的差异性检测结果表明,这4个多态性位点在3个群体的雌、雄性别间均不存在显著性差异。     

津鲢与长江鲢遗传多样性分析

随机选取津鲢和长江鲢各36尾,用16个微卫星标记进行遗传多样性分析。结果显示:16个微卫星位点在2个群体中共检测到等位基因105个,基因型241种,每个位点等位基因数3～15个,平均6.6个,基因型4～37种,平均15.1种。2个鲢群体平均观察杂合度(Ho)分别为0.5393和0.5392,平均期望杂合度(He)分别为0.5887和0.5762,结果表明该2个鲢群体遗传多样性水平较高。2个鲢群体平均多态信息含量(PIC)分别为0.5602和0.54,固定系数(FIS)表明这2个鲢群体表现为杂合子缺乏(FIS0)。2个鲢群体之间的遗传距离为0.0566,平均遗传分化系数(Fst)值为0.021,说明仅有2.1%的遗传变异来源于群体间。     

人工雌核发育鲢近交F2微卫星DNA变异分析

采用17对鲢微卫星引物,以野生鲢、养殖鲢、雄鲤作对照对人工雌核发育鲢近交F2及其亲本进行了微卫星分析。结果表明:人工雌核发育鲢近交F2、养殖鲢和野生鲢群体的平均等位基因数范围为2.1～4.0;平均观测杂合度范围为0.2762～0.9588;期望杂合度范围为0.2774～0.7360;遗传多样性指数范围为0.4500～1.2258,人工雌核鲢近交F2为0.4500,显著低于养殖鲢(1.0273)和野生鲢(1.2258),揭示人工雌核发育鲢近交F2遗传多样性水平较低,纯合度较高。从遗传距离来看,人工雌核发育鲢近交F2与对照群体之间的遗传距离都要大于野生鲢与养殖鲢群体之间遗传距离,表明人工雌核发育鲢近交F2发生了一定程度的遗传分化。     

鲢微卫星标记研制及其在鲢和鳙遗传多样性研究中的应用

鲢(Hypophthalmichthys molitrix)和鳙(Aristichys nobilis)是中国特有的四大家鱼中2个重要成员,主要分布于黑龙江、长江和珠江水系.传统人工养殖依靠天然鱼苗.但是,人口增长和人类经济活动加剧使其天然产卵和孵化场消失或遭到破坏.人工育苗技术虽然解决了鱼苗供应问题,但由于遗传资源管理和使用方法的不完善,使两种鱼的生长表现、抗病抗逆性和遗传多样性等都有明显的降低.另外,因洪水导致的养殖个体逃逸也使天然群体的遗传多样性受到干扰.近年来,比较大规模的人工鱼苗放流实践也加剧了对天然群体遗传多样性的扰动.对这些问题的深入研究迫切需要一套适用的分子标记.为评价鲢和鳙的遗传多样性、确定它们的遗传分化和地理分化、科学合理地管理和开发利用遗传资源,本研究构建了富集GT微卫星序列的基因组短片段文库.随机选择并测序的97个克隆中有87个含有微卫星序列.根据其中的21条序列,设计了22对微卫星标记引物并用来分析了在长江荆州段捕获的32尾野生鲢和7尾野生鳙的遗传多样性.所有标记引物在两种鱼中通用.在全部样品中共发现129个等位基因.每位点等位基因数在3～10个,平均5.9个.不同标记揭示的遗传多样性指数在0.33～2.00,平均1.22.由于使用的鱼个体数少,如鳙,只有7个个体,样品也只来源于长江荆州江段.本研究无法基于两种鱼的天然分布,对两种鱼的遗传分化、地理种群多样性比较、养殖群体和天然群体差异等问题进行深入分析.但是,这组标记的研制将有助于这2个中国特有经济鱼种的遗传多样性分析、遗传资源的管理及开发利用等相关研究.本研究中,微卫星DNA标记的研制使用了固定有微卫星核心序列的磁珠.这样的磁珠与两端接有已知序列的DNA片段杂交能富集出含有微卫星核心序列的片段.通过扩增和连接转化,可方便地获得大量含微卫星核心序列的片段.与已有的方法不同的是,本研究用AFLP方法的某些步骤使片段两端加上已知引物序列,方便易行.迄今,这两种鱼还没有微卫星标记连锁图谱.构建这样的图谱是本项目研究的长远目标.     

同水体银鲫与普通鲫遗传多样性比较研究

通过2003年、2004年连续两年采样,用20对具有稳定扩增的银鲫微卫星引物对样品进行扩增,结果如下：2003年样品三倍体银鲫与二倍体鲫的平均杂合度分别为0．5885、0．6066;2004年样品两者的平均杂合度为0．5946、0．6091。2003年样品三倍体银鲫与二倍体鲫的遗传相似性系数为0．6331,两者的遗传距离为0．3669;2004年样品两者的遗传相似性系数为0．6173,遗传距离为0．3827。两年测定的结果显示三倍体银鲫的杂合度略低于二倍体鲫,两者的遗传距离较近,在所扩增的大部分微卫星位点上基因型相同或相似,其差异为种内差异,三倍体银鲫是鲫的一个特殊种群,在进化上,三倍体银鲫可能是从鲫分化而来的,是其在特殊的环境下的一种适应。     

银鲫与普通鲫群体遗传结构的比较分析

利用15个微卫星多态性分子标记,对黑龙江省方正县双龙水库和双凤水库两个水体的雌核发育银鲫(Car-assius auratus gibelio)和二倍体普通鲫(Carassius auratus(L))的群体遗传多样性进行比较分析。结果显示:平均每个多态性位点获得银鲫10.39个有效等位基因,普通鲫11.82个有效等位基因;双龙水库三倍体银鲫和二倍体普通鲫的平均观测杂合度分别为0.6035和0.6300,双凤水库中的三倍体银鲫和二倍体普通鲫的平均观测杂合度为0.5311和0.5885;相似性与遗传距离分析结果显示:相似性最大的是双凤水体内的银鲫和普通鲫(0.8127),远大于两个水体间的银鲫群体间的相似性。结果表明,银鲫与普通鲫存在着明显的遗传物质交流,较高的遗传相似性不仅与传统的银鲫起源于普通鲫的观点一致,也暗示银鲫与普通鲫存在经常性地遗传物质交流。     

彭泽鲫的分子遗传分析及其与方正银鲫A系的比较

Genetic homogeneity between Pengze crucian carp and strain A of silver crucian carp was studied by using transferrin,isozyme and RAPD markers.The studied individuals of Pengze crucian carp showed transferring patterns were the same of silver crucian carp A strain while distinct from those of other crucian carp populations.As far as isozyme is concerned,the MDH,LDH and EST are all of the same with only slight differences in SOD between them.The RPAD patterns clearly indicated high homogeneity among 16 individuals (6 sampled from individuals of two years old and the others aged one) from crucian carp of Pengze and 5 individuals from strain A of silver crucain carp.Nearly indentical banding patterns were observed among all individuals.Average genetic distance within all the individuals is only 0.011,suggesting crucian carp of Pengze might possess indentical genetic background with strain A of silver crucian carp.     

鳜鱼、青鱼、草鱼、鲤、鲫、鲢消化酶活性的研究

鳜鱼、青鱼、草鱼、鲤、鲫、鲢肝脏蛋白酶活性低于肠蛋白酶。肠蛋白酶活性，鳜鱼最高，其余依次为青鱼、鲤、鲢、草鱼、鲫。鳜鱼、鲢的肠蛋白酶活性由前肠向后肠递减；而青鱼、鲤、草鱼的则由前肠向后肠递增；鲫则中肠活性最低。六种鱼不同组织的脂肪酶活性因鱼而异。青鱼、鳜鱼、鲤、鲢肝脏中脂肪酶活性低于肠脂肪酶活性（Ｐ＜０．０１）；而草鱼和鲫肝脏中脂肪酶活性与肠脂肪酶活性差异不明显（Ｐ＞０．０５）。六种鱼肝脏中脂肪酶活性由高到低依次为鳜鱼＞鲢＞鲫＞草鱼＞青鱼＞鲤；肠脂肪酶活性顺序为鳜鱼＞鲢＞青鱼＞鲤＞草鱼＞鲫。脂肪酶活性与鱼类食性无明显相关性。不同组织间淀粉酶活性存在差异。鳜鱼的肝脏和肠均有较高淀粉酶活性，青鱼和鲫肝脏中淀粉酶活性低于肠中的；草鱼、鲤和鲢肝脏中淀粉酶活性高于肠中的，但差异不显著。六种鱼中鳜鱼的肝脏淀粉酶活性明显高于其它五种无胃鱼，它们的淀粉酶活性顺序依次为鳜鱼＞鲢＞鲤＞草鱼＞青鱼＞鲫；肠淀粉酶活性顺序为鳜鱼＞鲫＞鲤＞青鱼＞鲢＞草鱼。     

酯酶和乳酸脱氢酶在人工雌核发育鲢近交F1不同组织中的表达

采用聚丙烯酰胺水平平板电泳法研究了人工雌核发育鲢近交F1Ⅰ系、Ⅱ系、野生鲢、养殖鲢和雄鲤的肝、肾、心、眼和肌肉5种组织的酯酶(EST)和乳酸脱氢酶(LDH)。比较发现:(1)雌核发育鲢近交F1Ⅰ系、Ⅱ系和野生鲢的同工酶谱基本一致,雄鲤明显区别于鲢;(2)从酯酶图谱可发现,雌核发育近交鲢F1Ⅱ系的群体内有多态现象,肝、肾、肌肉的多态位点比例分别为0·6000、0·3333、0·5000,遗传杂合度分别为0·7485、0·6622、0·1139;(3)肝脏的乳酸脱氢酶中出现C带,且C带表现出多态性;(4)没有发现能区别鲢各群体的遗传标记。     

珠江流域草鱼和鲢单位捕捞努力量渔获量时空分布特征及温度影响

文章采用随机等距抽样,调查了2016—2018年珠江流域9个采样点共计90艘船每天的渔获物产量及销售额.采用kruskal检验、广义加性模型和时间序列分析对草鱼(Ctenopharyngodon idellus)和鲢(Hypophthalmich-thys molitrix)的单位捕捞努力量渔获量(Catchperun...     

Microsatellite marker isolation and cultured strain identification in <Emphasis Type="Italic">Carassius auratus gibelio</Emphasis>

Microsatellites have become the preferred molecular markers for strain selection and genetic breeding in fish. In this study a total of 105 microsatellites were isolated and identified in gibel carp (Carassius auratus gibelio) by microsatellite sequence searches in GenBank and other databases and by screening and sequencing of positive clones from the genomic library enriched for AG and GATA repeats. Moreover, nineteen microsatellites were randomly selected to design locus-specific primer pairs, and these were successfully used to identify and discriminate different cultured strains of gibel carp including strains A, D, L, and F. Three different types of microsatellite pattern were distinguished by the number and length of fragments amplified from the 19 primer pairs, and some microsatellite primer pairs were found to produce different microsatellite patterns among strains and strain-specific fragments. In addition, some duplicated alleles were also detected in two microsatellite patterns. Therefore, the current study provides direct molecular markers to discriminate among different cultured strains for selective breeding and aquaculture practice of gibel carp.     

Genetic and environmental variances on growth and reproductive traits of silver crucian carp Carassius langsdorfii using communal and separate rearing systems

SUMMARY: Five clonal lines of silver crucian carp Carassius langsdorfii were produced from natural maternal fish to estimate the variance and heritability of total length, bodyweight and gonadosomatic index (GSI). The larvae on the 10th day after hatching were reared together in a common rearing system with five duplicate systems. Another system was prepared using a separate system with two replications in each family. Estimation of variance and heritability were done in the first, third, fifth and 10th month for total length and bodyweight. Microsatellite DNA markers were used to identify the clonal lines in each communal rearing tank. Average heritabilities in the first month were 0.105 for total length (ranging from 0.21 to 0.03) and 0.127 for bodyweight (ranging from 0.22 to 0.06) then decreased in the third, fifth and 10th month. In contrast, intermediate levels of heritability from separate systems were observed. Likewise, relative heritability of GSI in the 10th month presented a high level in both rearing systems. Those heritabilities indicated that growth, total length, bodyweight and reproductive performances of silver crucian carp were affected by genetic influence. The results suggest that clonal lines of silver crucian carp are suitable as experimental animals for evaluations of environmental change and various pollutants through quantitative traits such as growth, reproductive and other physiological traits.