南瓜矮生基因Bu的比较定位

 以中国南瓜矮生突变体为供体亲本,以印度蔓生南瓜为轮回亲本,构建了BC6F2分离群体。利用黄瓜基因组序列,将南瓜矮生基因Bu比较定位至黄瓜5号染色体,并开发了一个新的PCR标记IF3629,该标记与矮生基因Bu连锁遗传距离为1.0 cM。该标记不仅可以用于分子标记辅助选择育种,而且为Bu基因的克隆奠定了基础。     

与黄瓜矮生基因连锁的ISSR标记及其SCAR转换

以黄瓜矮生品系D8与蔓生品系JIN5杂交并自交得到的124株F₂代为试材,应用ISSR分子标记技术和BSA（混合群体分组分析法）法寻找与黄瓜矮生基因连锁的分子标记。从80条ISSR引物中筛选到一个黄瓜矮生性状特异的多态性引物UBC818,经F₂代单株验证,UBC818的扩增片段在蔓生黄瓜JIN5植株中稳定出现,而在矮生黄瓜D8植株中没有。连锁关系分析表明,标记与黄瓜矮生基因间的遗传距离为11.1 cM。根据对该片段的序列分析结果重新设计了1对引物,将ISSR标记成功转化成了SCAR标记, 并命名为UBC818-S。     

桃果实离核性状的RAPD分子标记及克隆

为获得桃果实离核性状基因的分子标记,以桃(Prunus persica L.)品种京玉和美味的69株正反交F1代为试材,采用RAPD分析技术和BSA法,获得了控制桃果实离核性状基因的RAPD分子连锁标记OPI07-1000,该标记与目的基因的连锁遗传距离为2.5cM。对该片段回收、克隆后进行测序,得到全序列,长度为1054bp,该序列可作为进一步合成检测桃果实离核性状探针的基础,用于早期检测果实性状和分子标记辅助育种。     

利用AFLP标记辅助甘蓝显性雄性不育高代回交系选择

 以甘蓝显性雄性不育系DGMS79-399-3与优良品系02-12回交自交系为材料, 利用远红外荧光标记AFLP技术及Li-cor基因测序仪对回交自交系不同基因型(MsMs、Msms和msms) 材料进行AFLP连锁标记快速筛选, 从512对引物组合中筛选出17个差异标记。利用这些差异标记在02-12回交8代群体中进行检测, 其中11个为与显性核不育基因相连锁的AFLP标记, 覆盖21 cM; 另外6个标记为与显性核不育基因不连锁的遗传滞留连锁群, 跨越9 cM。通过分析选择了其中3个单株为理想的雄性不育株, 可用于进一步回交。     

利用RAPD 标记和种间杂交组合构建葡萄的分子标记连锁图谱

 利用随机扩增多态性DNA (RAPD) 在一个葡萄的种间杂交组合〔毛葡萄8324296 (Vitis quinquangularis) ×欧洲葡萄粉红玫瑰(V. vinifera) 〕的F1 群体中发展分子标记,共产生了89 个稳定的RAPD 标记,连同4 个形态标记(花型、霜霉病抗性、果皮颜色、果汁颜色) 构建了一个葡萄RAPD分子连锁图。该图覆盖基因组总长度为1 033 cM,标记间平均距离为17.8 cM, 为毛葡萄连锁图谱的构建提供了一个连锁框架。     

甘蓝型油菜―萝卜附加系中萝卜染色体的(dp)RAPD标记

在已掌握甘蓝型油菜―萝卜附加系染色体构成,并构建萝卜分子连锁图谱的基础上,以甘蓝型油菜―萝卜附加系为材料,利用(dp)RAPD分子标记技术,筛选附加系中外源萝卜9条染色体(A～I)的分子标记,为进一步研究萝卜染色体与连锁群对应关系奠定基础.试验筛选了576个随机引物(组合),有413个能从附加系中扩增出萝卜染色体的(dp)RAPD标记,平均有效引物(组合)占71.7%,其中RAPD反应有效引物率67.7%,dpRAPD反应有效引物率73.2%.试验共得到899个萝卜染色体(dp)RAPD标记,包括354个RAPD标记和545个dpRAPD标记,覆盖萝卜整个基因组的全部9条染色体,不同染色体的标记数目变化范围在41～160,其中最多的是染色体C,最少的是染色体I.     

小麦矮秆基因对株粒重影响效应的研究

采用近等基因系法,通过随机区组设计的近等基因系两因素品系比较试验,研究了包括不同显性矮源及显性矮源衍生的半显性矮源在内的不同矮秆基因对小麦株粒重的影响效应。阐明了矮秆基因及轮回父本对小麦株粒重的主效应及互作效应,并对显性矮源及显性矮源突变衍生的半显性矮源开展了相应的遗传评价。     

一个与甘蓝显性雄性不育基因连锁的RFLP 标记

 运用RFLP 技术, 采用集群分析(BSA) 法进行了甘蓝显性雄性不育基因连锁的分子标记研究, 结果表明, 该显性不育基因与RFLP 标记pBN11 连锁, 经两个回交群体检测, 其遗传距离分别为5.189和1.787 cM, 首次将该不育基因被定位于第1 和第8 条染色体上。     

通过HRM技术筛查与梨矮生性状决定位点PcDw紧密连锁的SNP标记

在果树的基因组中存在大量的SNP（single nucleotide polymorphism）位点,筛查与目标性状紧密连锁的SNP标记,对目标基因的精细定位具有重要意义。以‘矮生梨’（Pyrus communis L.‘Aishengli’）与‘茌梨’（Pyrus bretschneideri Rehd.‘Chili’）的F1杂交分离群体共215个单株为试材,参考苹果基因组的序列设计26对适合HRM分析的引物,依据分离群体分组分析（bulked segregant analysis,BSA）原理,通过高通量熔解曲线（high resolution melting,HRM）分析,筛选到两个与决定梨矮生性状的PcDw基因连锁的标记CNqau012和CNqau039,二者与目标位点的连锁距离分别是13.3 cM和2.3 cM。对CNqau012和CNqau039的扩增子测序分析表明,在矮生型与普通型中都存在一处单核苷酸变化（分别是G/A和C/T）。这些标记的获得对PcDw基因的精细定位及克隆具有重要意义。     

桃分子连锁图的构建与分析

 以‘大久保’与‘兴津油桃’杂交的F2代109 株群体为试材, 采用AFLP、RAPD、SSR 分子标记进行遗传分析。筛选扩增稳定、多态性丰富的36 对AFL P 引物、3 对SSR 引物、2 对RAPD 引物进行群体分离分析, 获得分离标记136 个, 卡方检验27 个标记偏离孟德尔分离比例。应用Mapmaker 分析软件将符合孟德尔遗传分离比例的标记构建了包含11 个连锁群的连锁图谱, 每个连锁群包含3～21 个标记, 平均为8.73 个标记。该图谱覆盖基因组1061.8 cM , 11 个连锁群的平均长度为96.5 cM , 标记间平均图距为11.0 cM , 与果实毛/ 油桃( G/ g) 、白/ 黄肉( Y/ y) 连锁的RAPD 标记、非酸/ 酸(D/ d) 性状连锁的AFLP标记分别定位在第3 、7 、9 连锁群上。     

梨矮化基因pcDw的一个SCAR标记

以'矮化梨'(Pyrus communis L.)与 '茌梨'(Pyrus bretschneideri Rehd.)的杂交后代共111个单株为试材,采用分离群体分组分析法（Bulked Segregate Analysis, BSA）,通过对412个随机引物的筛选,获得了一个与控制梨树矮化性状基因pcDw连锁距离为8.3 cM、长度为940 bp的RAPD标记S_1172-940, 并将其转换成了SCAR (Sequence Characterized Amplified Region) 标记,即SCAR_-940。这一研究结果,为该矮化性状的标记辅助选择提供了有效工具。     

与辣椒抗蚜性基因连锁的RAPD标记

 运用RAPD技术，在F2代群体中采用混合分组分析法(bulked segregant analysis，BSA)进行分子标记研究，找到一个与辣椒抗蚜性基因连锁的RAPD标记oPal8~o，并在杂种后代F2群体和供试抗、感品种中得到了验证。     

中华猕猴桃矮型性状EST-SSR连锁标记的筛选

以中华猕猴桃（Actinidia chinensis Planch）矮型种质‘赣猕5号’为母本,普通型中华猕猴桃‘奉雄2号’为父本构建F1群体,采用优越而高效的基于表达序列标签（Expressed Sequence Tags,EST）的简单序列重复（Simple Sequence Repeats,SSR）标记技术,结合群体分离分析法（Bulked Segregant Analysis,BSA）在荧光DNA测序仪（ABI3130）上进行了‘赣猕5号’矮型性状连锁的EST-SSR分子标记研究。结果表明,通过本实验室开发并设计的85对EST-SSR荧光引物的扩增筛选,其中引物EST-Ad042在亲本及其矮型与普通型DNA 池之间扩增出一条285 bp 的多态性片段,经对其F1代分离群体部分矮型与普通型单株的随机验证,该片段稳定出现,在矮型植株中表现为有带,在普通型植株中表现为无带。遗传连锁分析表明,该标记与矮型基因之间的连锁距离为8.8 cM。EST-SSR荧光引物能够有效地筛选到中华猕猴桃的特异标记,可以作为鉴别矮型与普通型植株的标记引物。     

番茄抗晚疫病基因Ph-3的RAPD标记

 以番茄抗晚疫病材料CLN2037和感病材料T2-03杂交的F₂分离群体的147个单株为试材, 通过抗病性鉴定, 选择高抗单株和高感单株分别建抗、感病池。采用BSA法筛选了230条RAPD引物, 其中引物CCPB272-03 (序列为GGTCGATCTG) 在抗、感病池扩增出多态性片段CCPB272-03₇₄₀ , 通过F₂单株验证后证明CCPB272-03₇₄₀与抗晚疫病基因Ph-3紧密连锁, 遗传距离为518 cM。     

一个与甘蓝显性雄性不育基因连锁的RAPD标记

报道了一个与甘蓝显性雄性不育基因连锁的ＲＡＰＤ标记ＯＴ１１９００,该标记与雄性不育基因之间的遗传距离为８．０ｃＭ。     

与辣椒抗蚜虫基因相关的RAPD标记筛选及其SCAR转化

以辣椒抗蚜虫野生种质03-C79′与感蚜品种A0003杂交并自交得到F2为试材,应用RAPD分子标记技术和BSA混合群体分组分析法寻找与辣椒抗蚜虫基因相关的分子标记。从200条RAPD引物中筛选到1个辣椒抗蚜虫性状特异的多态性引物RA750。经F2单株验证,RA750的扩增片段在抗蚜虫植株中稳定出现,而在感蚜植株中没有。利用JoinmapV3.0软件计算标记与基因间的遗传距离为6.03 cM。根据对该片段的序列分析结果重新设计了1对引物,将RAPD标记转化成了SCAR标记,并命名为RA750-S。     

一个用于甘蓝显性雄性不育基因转育辅助选择的SCAR标记

一个与甘蓝显性雄性不育基因连锁的ＲＡＰＤ标记ＯＴＩＩ９００被转化为显性的ＳＣＡＲ（Ｓequence Characterized Amplified Region) 标记STII900,它可用于甘薯显性雄性不育基因转育辅助选择。     

西瓜核雄性不育育性基因的RAPD标记

利用RAPD技术对西瓜G17AB隐性核雄性不育系的不育株和可育株基因组DNA进行了比较分析,共利用了31套620个RAPD引物,其中548个引物在二者之间得到了扩增产物,筛选到了可育株与不育株的特异扩增条带A123k片段,并用该引物对单个不育株后代育性分离群体进行了RAPD分析,从而确定了A123k与育性基因的遗传距离为8.1cM。