禽流感H11N9亚型病毒东方白鹳分离株的基因特征

根据已知禽流感病毒(AIV)的8个基因序列设计合成12对特异引物,通过反转录-聚合酶链式反应(RT-PCR)技术,分别成功扩增出分离于东方白鹳(Ciconia boyciana)的1株H11N9亚型禽流感病毒的全基因序列,将其分别克隆到pMD18-T载体后进行序列测定。同时将8个基因片段与GenBank发表的相应序列进行比较,绘制各基因的进化树。结果表明:所克隆到的8个片段均包含相应病毒基因的完整开放阅读框架,长度分别为2280、2274、2151、1692、1497、1413、759、838bp核苷酸,分别编码759、757、716、563、498、470、252/97、230/121个氨基酸。该毒株HA有7个潜在糖基化位点;在HA裂解位点序列为PAIASR↓GLFG,无连续的多个碱性氨基酸插入,具有典型的低致病性禽流感病毒特征。根据该毒株与参考毒株的序列比较分析结果推测,该分离株可能是不同亚型禽流感病毒通过互相基因交换所形成的基因重组体。     

一株H9N2型禽流感病毒全基因的序列分析

采用异硫氰酸胍法提取禽流感病毒分离株的SPF鸡胚尿囊毒RNA,利用反转录-聚合酶链式反应(RT-PCR)技术扩增出禽流感病毒A/chicken/Zhuhai/154/03(H9N2)的8个基因片段(HA,NA,M,NP,NS,PA,PB1,PB2)。然后将其克隆到线状克隆载体pGEM-Teasy vector后进行序列测定和拼接,并将克隆到的8个基因片段与其他禽流感病毒毒株(A/Chicken/Guangdong/SS/94,A/Swine/Hong Kong/9/98-MA,A/Chicken/Shanghai/F/98,A/Duck/Hong Kong/Y439/97,A/Quail/Hong Kong/G1/97,A/Chicken/Shanghai/4/01)各个基因的相应序列进行比较分析。结果表明:克隆到的A/chicken/Zhuhai/154/03(AZH154)株的8个基因片段均含有相应病毒基因的完整开放阅读框架:AZH154的各基因与A/Chicken/Guangdong/SS/94株相应各基因同源性最高(NS基因除外,同源性只有67.5%),与A/Chicken/Shanghai/4/01各基因同源性高于A/Swine/HongKong/9/98-MA,A/Duck/Hong Kong/Y439/97和A/Chicken/Shanghai/F/98各基因同源性。所克隆的基因为禽流感病毒HA基因芯片的研究奠定了基础,同时为诊断和预防禽流感(AI)提供了科学依据。     

一株鸭源H4N8亚型禽流感病毒的全基因测序及遗传进化分析

【目的】禽流感病毒(avian influenza virus, AIV)根据其表面糖蛋白血凝素(hemagglutinin, HA)和神经氨酸(neuraminidase, NA)的不同,可分为16种HA和9种NA亚型。根据其致病力的差异可分为高致病性禽流感病毒(highly pathogenic avian influenza virus, HPAIV)和低致病性禽流感病毒(low pathogenic avian influenza virus, LPAIV)。虽然H4亚型禽流感病毒为低致病性AIV,感染家禽表现为无症状感染,但其对禽类甚至是哺乳动物是一个潜在的威胁,因此必须要加强对H4亚型禽流感病毒的调查监控。【方法】为了探讨H4亚型禽流感病毒的分子特征及遗传演化规律,对2010年在中国华东地区某活禽市场进行流行病学监测时分离到的一株H4N8亚型禽流感病毒A/duck/Nanjing/1102/2010（简称DK/NJ /1102）进行了全基因组序列测定及遗传进化分析。通过常规的血清学试验确定其HA亚型,提取病毒总RNA,并通过RT-PCR方法分别扩增出其各基因片段,连接 pGEM-Teasy载体上后进行序列测定。利用GenBank中的BLAST工具进行核苷酸序列的同源性分析,并与GeneBank 中的H4亚型流感病毒及其它相关序列进行遗传进化分析。【结果】DK/NJ/1102的HA基因与Mongolia 分离株A/duck/Mongolia/274/2007(H4N3)的核苷酸同源性最高,为98.9%。推导的氨基酸剪切位点序列为“P-E-K-A-S-R-G”,符合典型的低致病性禽流感病毒特征;NA基因与华东地区分离的鸭源毒株A/Duck/Eastern China/n91/2009(H3N8)核苷酸同源性最高,达99.4%;PB1、PA和NP基因均与H1亚型禽流感病毒亲缘关系最近;M基因与A/wild duck/Korea/CSM4-12/2009(H5N1)核苷酸同源性最高,高达99.9%;NS基因与韩国2009年分离的H7N7亚型流感病毒遗传距离最近。NS1蛋白的80-84处氨基酸没有发生氨基酸缺失。【结论】该H4N8亚型禽流感病毒基因组构成比较复杂,可能是一株多基因重组病毒。     

鸽源H5N1亚型禽流感病毒NA基因的克隆及序列分析

用TRIAZOL试剂盒提取鸽源禽流感病毒的RNA,应用自行设计的特异性引物对神经氨酸酶(NA)基因进行RT-PCR扩增,得到NA基因的全长DNA片段,克隆到PMD18-T载体上,并进行鉴定和序列测定。结果表明:鸽源H5N1亚型禽流感病毒NA基因全长1 350 bp,编码449个氨基酸。通过序列比较,该毒株与国内同一亚型其他毒株神经氨酸酶的核苷酸同源性为77.6%~98.8%,氨基酸同源性为77.6%~99.1%。     

一株野鸭源禽流感病毒NS基因的分子克隆和测序

根据Genbank上已发表的H4N6亚型的NS基因序列,设计一对特异性引物,成功扩增出一株野鸭源禽流感病毒扎龙分离株A/mallard/ZhaLong/88(H4N6)的NS基因,并将该片段连接到PMD18-T载体上,连接产物转化至DH5α感受态细胞,对目的片段进行测序,获得了NS基因全序列,大小为887bp。该片段的核酸序列与已知的几个毒株序列进行同源性比较,同源性为78.4%～97.6%,推导的氨基酸序列同源性为80.8%～98.6%。     

广西鸭源H3N8亚型禽流感病毒的分离鉴定及遗传进化分析

[目的]了解广西水禽中分离到的H3N8亚型禽流感病毒的分子遗传进化特征。[方法]将从活禽市场采集的水禽棉拭子样品经处理后接种SPF鸡胚,应用血凝试验和血凝抑制试验对收取尿囊液进行血清学鉴定,然后对分离到的禽流感病毒进行全基因序列测定和遗传进化分析。[结果]血清学及HA和NA基因测序结果显示,该分离毒株为H3N8亚型禽流感病毒,命名为A/duck/Guangxi/446D28/2021(H3N8)。全基因遗传进化分析显示,其HA蛋白无连续碱性氨基酸插入,符合典型低致病性禽流感病毒的特征;NA蛋白出现耐药性氨基酸位点突变;该毒株8个基因片段在GenBank中比对分析结果显示,其同源性最高的毒株基本主要来自越南和位于我国候鸟迁徙路线上的宁夏及江西等省(区)。[结论]该分离株可能是不同亚型禽流感病毒通过相互基因交换所形成的基因重组体。     

禽流感病毒H5亚型HA1基因的原核表达及纯化

根据已报道的禽流感病毒H5 亚型HA1基因设计1对引物,利用RT-PCR技术扩增目的基因片段,将扩增片段插入到pPROEX-HTb表达载体上,并对重组表达质粒进行 PCR酶切鉴定,通过序列测定验证读码框,并在大肠埃希氏菌BL21(DE3)中进行表达.结果表明:扩增出的1 000 bp的基因片段在大肠埃希氏菌中成功表达,...     

禽A类传染病毒力检测软件的开发

运用生物信息学软件对GenBank中收录的30株禽流感病毒（AIV）和30株新城疫病毒（NDV）全基因组序列间的差异,以及对应的HA基因片段和F基因片段上的差异进行了分析,发现2条片段上均存在保守序列,该保守序列可作为区分禽流感病毒和新城疫病毒的指纹序列;设计2对扩增简并引物,建立RT-PCR-Sequence技术,并获取目的基因片段序列。在此基础上,开发出禽A类传染病毒力检测软件,通过对该指纹序列的分析,不仅可以区分AIV和NDV,还能同步测定这些病毒的毒力情况。该技术对AIV和NDV标准株的测定结果与已知信息完全吻合,并能准确判定测序错误的基因序列。     

禽流感、新城疫、传染性支气管炎病毒多联RT-PCR诊断方法的建立

利用分子生物学方法,选择禽流感病毒的M基因、新城疫病毒的F基因以及传染性支气管炎病毒的N基因,分别在基因序列的保守区域设计1对特异性引物,利用所合成的3对引物对相应靶基因进行RT-PCR扩增,在优化单项RT-PCR条件的基础上,建立禽流感、新城疫、传染性支气管炎病毒多联RT-PCR的检测方法,同时对该检测方法进行敏感性及特异性试验。结果表明:这3对引物分别能特异性地扩增出禽流感病毒的M基因片段、新城疫病毒的F基因片段及传染性支气管炎病毒的N基因片段,大小分别为385 bp、520 bp和748 bp,初步建立了快速、敏感、特异鉴别检测禽流感、新城疫、传染性支气管炎病毒的分子诊断方法。     

陕北地区马铃薯卷叶病毒的RT-PCR检测与序列分析

以陕北8个县(区)种植2~3代疑似带毒的马铃薯叶片为材料,用Trizol法提取马铃薯叶片总RNA,以已公布的马铃薯卷叶病毒外壳蛋白(CP)基因序列设计特异引物,通过RT-PCR扩增目的DNA片段,对CP基因进行克隆和测序,采用DNAstar软件分析序列的一致性。结果表明,从陕北8个县(区)马铃薯叶片中均扩增到与预期大小一致、长度为336 bp的目的片段,说明马铃薯均感染了卷叶病毒。陕北8个县(区)马铃薯卷叶病毒CP基因之间的序列一致性达99.6%以上,与国内外其他地区10个样品CP基因的序列一致性为96.2%~99.8%,表明马铃薯卷叶病毒的CP基因序列比较保守。     

A型流感病毒中国分离株PB1-F2基因进化分析

 【目的】明确国内鸡源H9N2禽流感病毒（AIV）的PB1-F2基因分子进化特征,并进一步全面了解国内A型流感病毒（IAV）流行株的PB1-F2的流行情况。【方法】对分离自北方发病鸡群中的14株H9N2亚型 AIV进行了PB1-F2基因的克隆和序列测定,并从GenBank数据库下载了禽源、猪源和人源H5N1和H9N2亚型AIV、人源和猪源H1N1和H3N2 IAV的PB1基因共计337个,系统的对国内不同宿主来源的IAV 的PB1-F2基因进行了分子进化分析。【结果】上述IAV的PB1-F2基因形成了6个不同的进化分支。推导的PB1-F2蛋白表现出长度的多态性,因IAV的HA类型和宿主来源的不同,其表达功能性PB1-F2蛋白的比率也存在差异。【结论】本研究明确了国内IAV 的PB1-F2基因的系统进化特征,为该基因功能的研究提供了分子流行病学资料。     

幼叶黄化油菜突变体Cr3529中Toc33 cDNA的克隆和序列分析

 分别提取甘蓝型油菜幼叶黄化突变体Cr3529和野生型近等基因系3529幼叶期总RNA,反转录合成cDNA,根据拟南芥Toc33基因的编码区序列设计引物,RT-PCR扩增出叶绿体外膜转运机器构件蛋白基因Toc33。扩增产物与T载体连接,转化E.coli。获得cDNA克隆,分别命名为BnToc33-c和BnToc33,长度均为894 bp,与拟南芥Toc33cDNA有着较高的同源性。突变油菜Cr3529与野生型3529在Toc33的基因序列上有3处碱基存在差异,均为错义突变,其中一处位于TOC33蛋白的跨膜区域     

Molecular Cloning and Sequence Analysis of the Toc33 cDNA in Brassica napus Line Cr3529

Two primers, designed according to the Arabidoposis thaliana Toc33 sequence, were used to amplify the full coding region of the Toc33 cDNAs in leaves of a chlorophyll-reduced (Cr) mutant Cr3529 and its wild type 3529, Brassica napus,by RT-PCR technique. The RT-PCR results showed that the fragment homologous to Toc33 was expressed in Cr3529 as well as 3529 seedlings. PCR fragments were inserted into the pMD18-T vector and transferred into E. coli, then two cDNA clones, BnToc33-c and BnToc33, were obtained. Sequence analysis showed that the two sequences were 894 bp and the nucleotide and the deduced amino acid sequences were highly homologous to those of A. thaliana. There were three diverged nucleotides between the Cr3529 and the 3529 Toc33 cDNAs, i.e., GGT/AGT, TTG/TTT, AGG/AGT, all of which belonged to missense mutation. The amino acid replacement ((Leu/Phe) caused by TTG/TTT mutation located in the membrane anchor domain may result in chlorophyll-reduced character in Cr3529.     

废弃人造板热解特性及其产物性质的研究

为了解废弃人造板的热解特性及其产物特性,提高废弃人造板热解产物的定向应用价值,采用废弃刨花板和纤维板作为研究对象,热解终温分别为300,400,500,600 ℃,以100,150 9℃/h两个升温速度在电控炭化炉中进行低温热解处理,观测了不同终温和升温速度对废弃人造板的热解炭化过程及热解炭化产物得率的影响.从固体炭化...     

中华稻蝗羧酸酯酶家族基因生物信息学及组织表达特异性分析

【目的】对重要农业害虫中华稻蝗（Oxya chinensis）羧酸酯酶（carboxylesterases,Ces）家族基因进行生物信息学分析,并对部分基因的组织表达特性进行研究,为揭示中华稻蝗Ces基因功能及研发新的分子靶标提供依据。【方法】基于中华稻蝗转录组数据库,通过关键词搜索获得Ces基因序列,采用生物信息学方法进行比对拼接、氨基酸序列推导和开放阅读框分析,选择全长序列构建系统发育树,采用在线软件分析中华稻蝗Ces氨基酸序列结构、理化性质、信号肽和N糖基化位点等特征。采用实时定量PCR技术,通过geNorm 与Normfinder 软件分析4个候选内参基因β-肌动蛋白（β-actin）、延长因子（EF1α）、3-磷酸甘油醛脱氢酶（GAPDH）和核糖体蛋白49（RP49）表达稳定性,筛选中华稻蝗5龄若虫不同组织部位最适内参基因并检测10个羧酸酯酶基因在不同组织部位相对表达量。【结果】从中华稻蝗转录组数据库搜索获得Ces基因cDNA片段180个,经筛选获得28个Ces基因全长序列进行生物信息学分析。推导的氨基酸序列与其他昆虫物种的聚类分析结果显示,中华稻蝗28个Ces分布于4个功能簇中,其中A簇直翅目和部分双翅目昆虫α酯酶（20个）、D簇表皮特异酯酶（2个）、E簇β酯酶（4个）和F簇非鳞翅目保幼激素酯酶（2个）。氨基酸序列分析结果显示,中华稻蝗大部分Ces的等电点（pI）均为偏酸性或弱酸性,pI为4.38-6.84,只有3个Ces的pI值偏碱性。中华稻蝗所有的Ces基因都具有N糖基化位点、N端保守的半胱氨酸残基及氧离子洞,信号肽预测结果表明19个Ces具有完整的信号肽;21个Ces具有典型的催化三联体S-E-H,其余7个Ces催化三联体发生了不同的替换。GeNorm与Normfinder分析结果显示,4个候选内参基因稳定性EF1α=RP49＞β-actin＞GAPDH。选择EF1α作为内参基因,RT-qPCR结果显示10个羧酸酯酶基因在7个不同组织部位均有表达,其中OcCesA1、OcCesA6、OcCesA12、OcCesA14、OcCesA18和OcCesA19在中肠和胃盲囊高表达,此外OcCesA6、OcCesA18和OcCesA19还在马氏管高表达,OcCesA2在后肠高表达。OcCesD1在马氏管表达量最高,脂肪体和表皮次之;OcCesE1在胃盲囊表达量最高;OcCesF2在中肠表达量最高。【结论】基于中华稻蝗转录组数据库获得28个全长Ces基因,聚类分析结果显示,这些基因分布于4个功能簇中,其中分布于A簇的基因数目相对较多,且多在中肠、胃盲囊和马氏管等代谢解毒器官中高表达。研究结果为Ces基因功能的深入探索和中华稻蝗Ces基因分子靶标研发提供了依据。     

高等植物F3′HcDNA及其氨基酸序列的生物信息学分析

用生物信息学方法对GenBank中拟南芥、油菜、大豆、矮牵牛和高梁等的类黄酮3′-羟化酶基因的cD-NA序列及其编码氨基酸序列的结构、理化性质、信号肽、疏水性/亲水性、亚细胞定位、跨膜结构域、功能域和进化关系进行了初步预测和分析。结果表明:不同植物类黄酮3′-羟化酶基因cDNA序列的相似性为69.5%,其起始密码子均为ATG,终止密码子均为TAA、TAG或TGA,包括5,′3′非翻译区和一个开放阅读框;不同植物类黄酮3′-羟化酶基因cDNA序列编码的氨基酸序列的理化性质基本一致,相似性为72.5%,含有6段保守氨基酸序列,是"PPGR"、"AGTDT"、"RPPN"、"AYNY"、"IKALLL"、"TPLS";在进化关系上可划分为两大类;不同植物类黄酮3′-羟化酶具有一个跨膜结构域、定位于内质网上,并有一段与细胞色素P450功能区相匹配的功能域;类黄酮3′-羟化酶属具转运肽的亲水性稳定分泌蛋白,其二级结构为α-β型,α-螺旋和无规卷曲为最主要的结构元件,延伸链和β-转角散布于整个结构。可为类黄酮3′-羟化酶基因的克隆和遗传操作提供理论参考。