利用STR位点进行牛亲子鉴定的研究

为利用STR分型技术进行牛亲子鉴定,运用PCR技术用TGLA227、BM2113、TGLA53、ETH10、SPS115、TGLA126、TGLA122、INRA23、ETH3、ETH225、BM1824共11个STR(短串联重复序列)基因座对争议小牛、1号嫌疑母牛、2号嫌疑母牛的DNA进行扩增,扩增产物经遗传分析仪检测,检测结果用GeneMapper片段分析软件分析。鉴定结果可以排除1号母牛与争议小牛间具有亲子关系,不排除争议小牛与2号母牛间具有亲子关系。结果表明:STR基因分型技术能够准确、快速地进行牛亲子鉴定,该研究所用的STR位点具有较高的鉴别效率。     

鼠疫一体系双重荧光定量PCR检测方法的建立及评价

本研究根据鼠疫耶尔森氏菌caf1及YPO0392基因,设计特异性的引物和不同荧光标记的TaqMan荧光探针,构建一体系的检测体系,对其敏感性、特异性和稳定性进行评价,并对8份鼠疫阳性及24份阴性DNA样本进行应用评价。结果显示,一体系双重检测鼠疫DNA的敏感度为17.93×10-5 ng/μL;19份鼠疫菌DNA都有扩增,25份非鼠疫菌DNA都未扩增;对8份阳性现场DNA样本进行检测,一体系检测结果均为阳性;对24份阴性DNA样本进行检测,结果均为阴性。结果表明,本研究成功建立了可同时检测鼠疫耶尔森氏菌caf1和YPO0392基因的一体系双重荧光定量PCR方法,具有良好的敏感性与特异性,操作方便并节约成本,能够代替单基因检测方法。     

猪水肿病PCR快速检测试剂盒的研制

实验在大肠杆菌产生的志贺样毒素2型变异体（Shiga—like toxinⅡe,Stx2e）研究的基础上,设计了一对特异性引物,通过优化,建立了以PCR为基础,高效快速检测猪水肿病的PCR试剂盒。该试剂盒扩增的阳性条带为172bp的特异性DNA片段,最低检出菌体量为120CFU,在-20℃至少可保存12个月,重复性良好。应用猪水肿病PCR快速检测试剂盒对22份新鲜样本进行了检测,结果显示,其中的5个样本含Stx2e阳性大肠杆菌,PCR检测结果与剖检、细菌学和生化检验结果相一致。     

猪水肿病PCR快速检测测试剂盒的研制

实验在大肠杆菌产生的志贺样毒素2型变异体(Shiga-like toxin Ⅱ e,Stx2e)研究的基础上,设计了一对特异性引物,通过优化,建立了以PCR为基础,高效快速检测猪水肿病的PCR试剂盒.该试剂盒扩增的阳性条带为172 bp的特异性DNA片段,最低检出菌体量为120 CFU,在-20℃至少可保存12个月,重复性良好.应用猪水肿病PCR快速检测试剂盒对22份新鲜样本进行了检测,结果显示,其中的5个样本含Stx2e阳性大肠杆菌,PCR检测结果与剖检、细菌学和生化检验结果相一致.     

伯氏疏螺旋体TaqMan-MGB探针荧光定量PCR方法的建立及对新疆地区蜱的检测

为建立一种TaqMan-MGB探针实时荧光定量PCR方法,来快速、特异地检测伯氏疏螺旋体,根据GenBank发表的伯氏疏螺旋体16SrRNA序列,应用分子生物学软件进行比对,选取保守序列设计特异性引物及TaqMan-MGB探针,并优化荧光定量PCR反应体系及条件,分别对大肠杆菌、沙门氏菌及钩端螺旋体进行扩增;构建伯氏疏螺旋体标准株16SrRNA基因片段阳性质粒,10倍系列稀释后进行real-time PCR扩增,测定该方法的敏感性。结果可见:仅伯氏疏螺旋体出现阳性扩增,而大肠杆菌、沙门氏菌及钩端螺旋体扩增均为阴性;该方法对阳性质粒的检测限约为100 copies/μL。应用该方法对新疆地区的100份蜱DNA样本进行检测,发现7份为伯氏疏螺旋体阳性。结果表明,本研究建立的TaqMan-MGB探针荧光定量PCR方法具有较高的特异性及良好的敏感性,为今后伯氏疏螺旋体的快速诊断及流行病学调查提供了技术支撑。     

奶牛乙型肝炎PCR快速诊断试剂盒的研发及应用

根据乙型肝炎S基因序列,设计套式PCR引物,通过优化建立了以PCR为基础,高效快速检测奶牛乙型肝炎的PCR试剂盒。该试剂盒扩增的阳性条带为500bp、250bp的特异性DNA片段,建立的奶牛HBV病毒套式PCR能检测到初始模板69.8个拷贝的病毒,在-20℃至少可保存12个月,重复性良好,快速、准确、特异。应用奶牛乙型肝炎PCR快速诊断试剂盒对100份奶牛血清样本进行了检测,结果显示,其中的9个样本奶牛乙型肝炎病毒DNA阳性。     

传染性法氏囊病病毒(IBDV)快速检测与分型技术

根据已发表的传染性法氏囊病病毒 (IBDV)核苷酸序列 ,在病毒结构蛋白 VP2编码基因的高变区两端外侧的保守序列内设计合成了 2条寡核苷酸引物 ,对各种不同致病性的 12株参考毒株进行了 RT- PCR检测。结果 :12个参考毒株均能扩增出约 6 79bp的目的片段 ,而对照的 5种鸡源性病原体 NDV、IBV、CAIV、E.coli、PM均未扩增到相应片段 ;对疑似 IBD的 34份临床病料进行检测 ,并同时在其扩增的片段内设计另 1对引物进行 Nested- PCR检测 ,结果基础 RT- PCR检测到 11份阳性 ,Nested- PCR检测到 2 3份阳性 ,后者的检出率大大提高。结果表明 ,建立的 RT- PCR诊断技术具有特异、快捷、敏感的特点。取限制性内切酶 Sac 和 Ssp 以及设计的 2条 vv IBDV(超强毒株 )特异性引物 ,分别应用 v VP2片段 PCR扩增产物的限制性内切酶分析和型特异性引物的 PCR扩增 2种方法 ,对 7个 IBDV分离参考毒株和 2 4个临床样品进行致病性分型。结果 ,确定 2 1株属于 c IBDV(经典毒株 ) ,8株属于 vv IBDV,2株未能确定 ;2种分型方法的结果基本一致 ,均可用于 IBDV的快速分型 ,型特异性引物的 PCR扩增方法更为简便和快捷     

3种病原菌多重IMS-荧光RPA检测体系的建立及初步应用

建立一种同时检测沙门氏菌、大肠杆菌O157:H7和布氏杆菌的快速、灵敏、高通量的检测方法。利用特异性免疫磁珠,在37℃条件下从200 mL样液体系中循环捕获目标致病菌。磁珠液提取DNA后,对3种病原菌进行多重IMS-荧光RPA检测。结果表明:针对沙门氏菌、大肠杆菌O157:H7和布氏杆菌的检测限分别达到3.0、4.5和8.7 CFU/mL。使用新建多重IMS-荧光RPA方法对人工感染60份皮张、毛皮纺织品DNA样本进行扩增,结果显示与预期结果一致;对60份公共场所收集的皮张、毛皮、纺织品DNA样本进行扩增,结果显示有2个样本沙门氏菌阳性、1个样本大肠杆菌O157:H7阳性,3份阳性样品送测序,测序结果与GenBank检索沙门氏菌、大肠杆菌O157:H7 DNA序列一致。得出结论:建立的多重IMS-荧光RPA检测体系灵敏度、特异性、准确度符合要求,能够在2 h内完成对3种病原菌检测,可以作为快速应对此三类病原菌安全突发事件的检测手段。     

RAPD技术及其在链球菌分型中的应用

微生物的分型技术包括传统的分型方法和分子生物学分型方法两种。随机扩增多态性DNA（RAPD）是一种建立在PCR基础上的新的DNA多态性检测技术，已广泛地应用于微生物基因分型。其主要特点是利用随机寡核苷酸引物扩增基因组DNA片段，继而通过凝胶电泳分析其指纹图谱特征，揭示不同菌株间的细微差别。这种方法简单、快速，现已在链球菌的分型中得到应用。     

应用聚合酶链式反应(PCR)技术检测牛结核病

本试验应用聚合酶链式反应(PCR)技术原理,研究建立了牛结核病PCR检测方法。试验结果表明:该方法的敏感性测定模板浓度为30.4pg,特异性测定牛结核分枝杆菌在478bp出现特异扩增带。通过对298头份牛奶和229份牛全血样本进行检测,检出阳性牛奶样本33份,阳性全血样本43份;鲜牛奶样本同时还用罗氏培养后采取PCR方法进行检测,检出阳性样本34份;全血样本同时还用PPD进行皮内试验,检出阳性样本52份。试验表明:牛结核病PCR检测方法具有敏感性高、特异性强、快速等优点,为牛结核病的早期诊断提供了科学依据。     

牛分枝杆菌特异性PCR检测方法的建立及初步应用

根据已发表的牛分枝杆菌的pncA的基因序列，设计和合成了一对可扩增294bp目的片段的引物，建立了特异性检测牛分枝杆菌的PCR方法。对牛分枝杆菌国际参考株和国内分离株成功扩增出294bp的特异性基因片段；对人结核分枝杆菌、副结核分枝杆菌、鸟胞内分枝杆菌和草分枝杆菌DNA的PCR扩增结果均为阴性。本PCR方法检测的敏感度可达到50pg。对10份牛分枝杆菌培养阳性和10份阴性样品的DNA分别进行了PCR检测，结果10份阳性样品中有9份样品为PCR扩增阳性，阳性符合率为90％（9／10）；而10份阴性样品则PCR扩增全部为阴性，阴性符合率为100％（10／10）。本方法可做为牛分枝杆菌的快速检测和流行病学调查的工具。     

正交设计优化星星草ISSR-PCR反应体系研究

采用正交设计法优化适合于星星草的ISSR体系,对影响ISSR-PCR的多个因素,包括引物浓度、Taq酶的用量、Mg2 和dNTP浓度进行了比较、优化;同时又对DNA模板浓度,PCR扩增程序中的退火温度及循环次数进行了筛选.结果确定了星星草ISSR PCR反应体系的最佳方案为:PCR扩增程序,94℃预变性5min;进行40个循环的94℃变性45s,55℃复性45 s,72℃延伸2 min;72℃延伸10 min,4℃保存.20μl反应体系包括10%buffer 2μl、模板DNA60ng、dNTP 100μmol/L、TaqDNA聚合酶1.5U、引物0.8mmol/L、Mg2 2.0mmol/L.     

福建省南美白对虾幼体急性肝胰腺坏死病病原分离与PCR检测

急性肝胰腺坏死病(AHPND)是一种近年新发现的南美白对虾疫病,其病原为一种特异的副溶血性弧菌(Vibrio parahemolyticus,VP)。本试验根据文献建立的PCR方法,对福建省9家规模化南美白对虾养殖场进行了AHPND检测,分析不同样本处理方式对检测结果的影响。从90份样本的27份中分离鉴定出81株VP,表明该地养殖场幼虾具有较高的VP感染风险;经PCR检测,在23份样本中,检出阳性菌株72株,其中16份样本的所有受检VP均为特异性菌株,6份样本的部分受检VP为特异性菌株,1份样本的所有受检VP均非特异性菌株,表明患病幼虾存在不同基因型VP同时感染情况;以肝胰腺DNA进行PCR检测,在90份样本中检出8份阳性,而以肝胰腺增菌液进行PCR检测,在90份样本中检出25份阳性,表明直接以肝胰腺DNA进行PCR检测的灵敏性较低。本研究为AHPND检测提供了技术支持。     

微卫星技术在犬亲子鉴定中的应用一例

用PEZ1、FHC2054、FHC2010、PEZ5、PEZ20、PEZ12、PEZ3、PEZ6、PEZ8和FHC2079等10个STR基因座,对5头嫌疑公犬的血液样本DNA进行了多重PCR扩增,扩增产物经ABI3130遗传分析仪自动化检测.结果:在5头嫌疑公犬中找出了已知母本的一头仔犬的生物学父亲,其父权概率为99.9 999%.     

牛腹泻病毒检测(PCR法)及其影响因素分析

PCR技术是一种体外模拟自然DNA复制过程的核酸扩增技术,该技术通过重复高温变性、低温退火、中温延伸等简单的3个温度循环,能将靶DNA扩增数百万倍,获得极高的检测敏感性。通过PCR技术对新生牛是否带有牛病毒性腹泻病毒的血清样本进行检验,并对影响其检测效果的因素进行了分析。     

副猪嗜血杆菌环介导等温扩增快速检测方法的建立

采用环介导等温扩增技术(loop-mediated isothermal amplification,LAMP)建立了一种快速、灵敏、高度特异的副猪嗜血杆菌(Hps)检测方法。针对Hps16S rRNA基因保守区域设计6条引物,在Bst大片段聚合酶的作用下,对模板DNA进行梯状等温扩增,并且优化LAMP的反应体系,检验其灵敏性与特异性。结果表明:该方法对Hps的最小检测限为0.2pg/μL,灵敏性高于常规PCR方法103倍;完成反应仅需65min。该方法灵敏度高、特异性好,能够作为Hps的快速诊断方法,对于基层和实验室应用均具有良好前景。     

沼泽红假单胞菌16S rDNA PCR快速检测方法研究

目的:依据反映光合菌物种属性和高度保守性的16S rDNA序列,设计其特异性引物,优化并确定PCR反应条件,探索沼泽红假单胞菌快速鉴别的方法。方法:提取沼泽红假单胞菌菌体染色体DNA,分离和纯化;从Gen Bank分别获取假单胞菌属、大肠杆菌和诺卡氏菌属的16S rDNA基因序列,分析比较并确定其可变区的基因序列片段,设计种属特异引物;对影响PCR扩增的因素进行分析和预试,确定PCR扩增的最佳条件;随后进行PCR扩增试验,对其产物克隆测序,同时进行沼泽红假单胞菌形态特征和生化特性的检测。结论:以16S rDNA的种属特征序列设计引物,PCR扩增检测沼泽红假单胞菌样本的方法 ,特异强、灵敏度高、重复性好、操作性强、价格低廉;从分离提取样本DNA到完成PCR扩增,可在3h左右对沼泽红假单胞菌作出鉴定。     

单管套式PCR检测外源性禽白血病病毒

从贵州省4个养鸡场采集出现肿瘤病变或疑似肿瘤病料样本17份,以单管套式PCR方法检测禽白血病病毒长末端重复序列(LTR),15份病料均扩增出一条213 bp的DNA带,与预期扩增长度相符合,外源性禽白血病病毒的检出率达到88.2%.同时针对禽白血病病毒的囊膜糖蛋白基因(gp85)进行PCR扩增,在被检的17份病料中,7份检出J亚群特异性的DNA带(545 bp),占41.1%;9份检出A亚群特异性的DNA带(691 bp),占52.9%;其中2份病料同时检出J亚群与A亚群特异性的病原核酸.A、J亚群的PCR检出率低于LTR的套式PCR扩增.     

结缕草属植物ISSR-PCR反应体系研究

以SDS法提取的结缕草(Zoysia spp.)叶片DNA为模板,应用正交试验设计,从Mg²、dNTP、引物和DNA聚合酶并通过比较不同浓度的模板DNA对PCR扩增的影响,确立结缕草属植物ISSR-PCR反应的最佳体系。结果表明:各因素不同浓度对PCR反应结果有显著影响,正交设计可以用于ISSR反应体系建立,该方法建立的结缕草属植物ISSR-PCR优化反应体系为10X Buffer7、0 ng模板DNA、Mg²+2.0 mmol·L^-1、dNTP 150μmol·L^-1、Primer 0.3μmol·L^-1、Taq DNA聚合酶1.0 U,总体积20μL;经对11份结缕草属植物进行检验,证明该体系稳定可靠。该体系的建立可为今后利用ISSR标记技术进行结缕草属遗传多样性研究、种质资源鉴定和亲缘关系分析等提供依据。     

应用STR基因座及mtDNA D-Loop区遗传标记联合进行中国德昌水牛单亲亲权鉴定

为了研究短串联重复序列(STR)基因座在亲权鉴定中的亲子关系相对概率及mtDNA D-Loop区遗传标记在单亲亲权鉴定中的应用,试验采用PCR技术扩增3头水牛BM2934、BM1862、ETH225、BM1818、INRA035、BM2113、CSRM60、TGLA227共8个STR基因座DNA,STR扩增产物经聚丙烯酰胺凝胶电泳检测并计算单亲亲权指数(PI)和亲子关系相对概率(RCP),同时扩增3头水牛mtDNA D-Loop区基因片段并进行测序分析。结果表明:2头嫌疑后代中c1与母水牛m亲子关系概率为99.960 6%,两者mtDNA D-Loop区基因序列一致率为100%;微卫星基因座与mtDNA D-Loop区遗传标记检测结果一致,嫌疑后代c1为母水牛m的后代。说明STR基因座与mtDNA D-Loop区遗传标记均可用于单亲亲权鉴定,两种方法相结合提高了亲权鉴定的稳定性、准确性、灵敏度,鉴定范围更广,样品要求更低。