2019—2022年天津地区猪繁殖与呼吸综合征病毒ORF5基因遗传演化分析

为分析研究天津地区猪繁殖与呼吸综合征病毒（Porcine reproductive and respiratory syndrome virus,PRRSV）的分子遗传进化关系,对2019—2022年收集的20份天津地区PRRSV阳性样品进行ORF5克隆测序,以开展遗传变异研究和系统发育分析。遗传进化结果显示,20株毒株有11株属于谱系1.8,3株属于谱系1.5,5株属于谱系8,1株为谱系5,表明该地区PRRSV毒株流行呈现多样性。ORF5基因及推导氨基酸同源性和位点进行分析,其中11株谱系1.8毒株与NADC30毒株核苷酸同源性为91.2%～93.0%,氨基酸同源性为89.6%～93.5%;3株1.5谱系毒株与NADC34毒株核苷酸同源性为93.4%～96.5%,氨基酸同源性为92.5%～95.5%;4株分离株与HP-PRRSV毒株同源性最高,核苷酸同源性为90.0%～95.5%,氨基酸同源性为86.6%～91.0%;1株分离株与经典毒株CH-1a同源性最高,核苷酸和氨基酸同源性分别为90.0%和89.1%,1株谱系5毒株与VR2332毒株核苷酸和氨基酸同源性分别为97.8%和96....     

北疆地区猪繁殖与呼吸综合征病毒ORF7基因克隆与遗传演化分析

【目的】研究2014年新疆地区猪繁殖与呼吸综合征病毒（PRRSV）遗传变异情况,监测PRRSV在新疆流行情况,为新疆的PRRSV血清学检测提供帮助。【方法】采用RT－PCR方法对分离自新疆地区的PRRS疑似病料进行ORF7基因扩增和测序,分析PRRSV ORF7基因变异情况。【结果】检测到18株PRRSV毒株具有ORF7碱基突变,均属北美洲型,与国外的参考毒株和国内的参考毒株有着不同的亲缘关系。其中,XJzx4、XJzx12与国外的参考毒株01NP1.2、PA8、VR－2332、LMY亲缘关系较近。除XJzx1、XJzx14外,其余毒株与内地毒株BJsy06、GD、HB－1 sh2002、HuN、JXA1、LN、NX06、SX2009亲缘关系较近,推断由内地毒株演化而来。【结论】新疆本地流行猪繁殖与呼吸综合征毒株是来自国内外不同地区毒株,ORF7基因在新疆具有不同的遗传变异类型。没有检测到新疆猪繁殖与呼吸综合征病毒ORF7基因有缺失型突变。     

猪繁殖与呼吸综合征病毒NX-1株ORF5,ORF7基因的克隆

为了从分子水平了解猪繁殖与呼吸综合征病毒(PRRSV)ORF5和ORF7基因的特征,并为PRRSV的遗传进化和分子变异研究提供资料。对宁夏地区流行的PRRSV进行采样分析,运用RT-PCR技术分别扩增了PRRSV NX-1/2008毒株囊膜蛋白基因ORF5与衣壳蛋白基因ORF7,并对其进行了克隆,随后利用DNAS-TAR生物软件进行了同源性比对和进化分析。结果显示,PRRSV NX-1/2008毒株的ORF5,ORF7基因均与JXa-1/2007等高致病性毒株高度同源,ORF7的氨基酸同源性则达到了100%。与空间距离较远的JXa-1/2007毒株相比,NX-1株的ORF5基因在中和抗体决定区196位上发生突变,而与相距较近的HUB-1/2006,CH-1 a/2001等毒株相比较,则无此突变;与CH-1 a/2001毒株相比,GP5蛋白的免疫原性核心位点B 39位的F→I,在诱导中和抗体起重要作用的33位糖基化位点N→S,同时,诱骗位点A(30~38氨基酸)的32,33和35位氨基酸都发生了突变。NX-1株的ORF7基因与国内CH-1 a/2001等低致病性毒株间的突变有69%位于抗原决定区,而其中有56%是高致病性毒株的主动突变。研究表明,分离的PRRSV高致病性毒株与低致病性毒株的抗原性在基因组上有较大范围的变异,且这种变异可能还主要位于免疫决定区。     

猪繁殖与呼吸综合征病毒河南分离株的遗传变异分析

用间接免疫荧光试验和RT-PCR方法,从河南省不同地区送检的疑似猪繁殖与呼吸综合征的病料中分离到16株猪繁殖与呼吸综合征病毒(PRRSV),扩增分离株的ORF5基因并进行序列测定、比较分析和绘制进化树.结果表明,16株分离株之间的氨基酸序列同源性为88.1%～99.8%;与欧洲型LV株和美洲型VR-2332株的氨基酸序列同源性分别为54.0%～54.5%和88.1%～99.2%,证明分离的16株病毒均为美洲型.用DNAstar等软件对16株分离株推导的氨基酸序列作进一步比较分析,发现16株分离株ORF5基因编码的gp5蛋白的抗原区、潜在疏水区、跨膜区和N-糖基化位点分布均有差异,与其它美洲型毒株也存在一定程度的差异,说明在河南流行的PRRSV存在明显的遗传差异性.     

河北省猪繁殖与呼吸综合征病毒主要结构蛋白基因变异分析

    为了给河北地区预防和控制猪繁殖与呼吸综合征(PRRS)提供理论数据,根据GenBank公布的多株PRRSV全基因序列,设计并合成3对特异性引物,应用RT-PCR方法分别扩增HB-3(cz )株、HB-4(hs)株的ORF5、ORF6、ORF7基因片段.分别将片段克隆入pGM-T载体后进行测序,并结合其他河北毒株与多株GenBank中PRRSV毒株ORF5～7基因序列进行比较.结果表明,河北省2007年以来发现的9个毒株序列同源性很强,与近年国内流行的毒株群相似性很高,达98.8%～99.5%,均属于美洲型;其主要结构蛋白E、M、N蛋白抗原表位区域极其类似;与前些年国内主要流行毒株群相似性较低,为91.9%～92.6%;遗传进化树分析表明国内美洲型分离株明显地分为2个亚群,河北省流行的毒株亲缘关系较近,在同一亚群内.     

猪繁殖与呼吸综合征病毒ORF7基因变异分析

采用RT—PCR方法对疑似PRRS阳性病料进行克隆和测序获得了0RF7基因片段。序列分析结果表明获得的0RF7基因序列不存在缺失现象。与美洲型代表毒株VR-2332的核苷酸序列的同源性为91．3％,氨基酸同源性为92．6％;与我国最早的PRRSV分离株CH—la相比,核苷酸同源性为93．5％,氨基酸同源性为92．6％;与我国高致病性PRRSV毒株SD—ZQ的核苷酸同源性最高为98．1％,氨基酸只有两个不同,同源性为98．3％;与本省的Hn-1／06毒株的核苷酸同源性为97．3％,氨基酸同源性为97．5％;与2004年分离的FJ-2株与ORF7基因的核苷酸差异稍大为85．4％,氨基酸同源性为88．6％;与欧洲型分离株LV株和N-34株0RF7基因的核苷酸差异很大,同源性仅为41．1％和40％,氨基酸同源性为47．1％和47．6％。表明所获得序列的流行毒株属于美洲型,但其毒力已发生了变异。     

猪繁殖与呼吸综合征病毒山西分离株ORF7基因序列分析

采用RT-PCR方法对疑似猪繁殖与呼吸综合征(PRRS)阳性病料进行克隆和测序,获得2个ORF7基因片段,并对其基因序列和推导的氨基酸序列与国内外毒株进行了同源性比较分析。序列分析结果显示,2个ORF7基因之间核苷酸和氨基酸同源性分别为99.7%和98.4%,其与欧洲型代表毒株LV、美洲型代表毒株VR-2332、高致病性PRRSV变异株(JXA1、HUN4、HEB1、HUB1)及我国早期分离毒株CH-1a的核苷酸同源性分别为65.9%、93.0%～93.3%、97.6%～98.1%、94.6%～94.9%,氨基酸同源性分别为58.1%、93.5%～94.4%、95.2%～96.0%、91.9%～92.7%。遗传进化树分析结果表明,分离的2个ORF7基因与美洲型代表毒株VR-2332亲缘关系较近,属于美洲型,与CH-1a、HB-2(sh)、我国2006年以后分离的10株(JXA1、SD-09、HUB1、HEB1、HUN4、Henan-A14、GD、GDQY2、GZgy15-1、GD-2011)组成同一个亚群。     

猪繁殖与呼吸综合征病毒YA株ORF5基因的克隆与序列分析

以猪繁殖与呼吸综合征病毒（PRRSV）YA株为材料，采用RT－PCR扩增其ORF5基因全长cDNA并进行序列测定和比较分析。结果YA株ORF5基因cDNA编码区长603bp，可编码200个氨基酸残基。与欧洲型代表株LV株、美洲型代表株VR－2332株在氨基酸水平上的同尖性分别为58％和90％，与国内首株分离株(CH－1a)的同源性高达95％，推测YA株属于美洲型。根据YA株ORF5基因编码的氨基酸序列，与具有代表性的12株美洲型毒株和2株欧洲型毒株绘制进化系统树，结果也显示YA株与美洲型分离毒株的遗传关系较近，而与欧洲毒株的遗传关系较远。进一步采用序列分析软件对推导的氨基酸进行比较分析，发现YA株ORF5编码的E蛋白存在5个潜在的N－糖基化位点，6个抗原位点，其糖基化位点的数目及抗原位点的分布与其它美洲毒株均存在一定程度的差异，但3个最主要的抗原表位相对保守。     

2010-2019年中国猪繁殖与呼吸综合征病毒(PRRSV)ORF5基因的遗传进化与重组分析

<正>猪繁殖与呼吸综合征(PRRS),俗称“猪蓝耳病”,是由猪繁殖与呼吸综合征病毒(PRRSV)引起的一种急性、具有高度传染性疾病,其主要临床症状表现为持续高热、母猪繁殖障碍以及仔猪呼吸困难和高死亡率^[1-2]。PRRS最早发现于美国的北卡罗来纳州,随后世界各国陆续报道,中国于1996年首次报道该病。2006年出现了由高致病性PRRSV引起的“猪无名高热症”疫情的大面积暴发和流行,导致猪群高发病率及高死亡率,给养猪业造成了巨大的经济损失^[3]。     

辽宁地区猪繁殖与呼吸综合征病毒分离株ORF5基因的遗传变异分析

为研究辽宁地区猪繁殖与呼吸综合征病毒(PRRSV)ORF5基因的生物学特性及遗传变异情况,通过RT-PCR方法对PRRSV阳性样品的ORF5基因进行扩增,应用DNA Star软件对检测的序列进行比对和遗传变异分析。结果显示,分离的8株PRRSV的ORF5基因全长为603 bp,均属北美型,不同分离株间的核苷酸、氨基酸同源性分别为91.5%~99.0%、88.1%~98.5%;遗传变异分析表明,分离株处于不同的进化分支,但均属于亚群3,为高致病性PRRSV。以上结果表明,辽宁地区主要流行毒株为高致病性PRRSV,在不同地区有不同的PRRSV毒株同时流行,但具有相同的进化来源。     

猪繁殖—呼吸综合征病毒上海分离株的病毒特性研究

对猪繁殖－呼吸综合征病毒（PRRSV）上海分离株（SH1）的理化特性和结构蛋白进行研究。结果表明，SH1分离株能致Marc-145细胞典型病变，TCID50为10^5.0mL^-1。对氯仿和乙醚、酸（pH5．5以下）、碱（pH8以上）、热（水浴56℃10min以上、37℃24h以上、28℃48h以上）均敏感。病毒负染可见以具囊膜的球形为主，囊膜上有纤突，大小为60－85nm。超薄切片可见病毒存在于细胞浆中。SH1分离株的病毒培养液经差速离心和非线性蔗糖密度梯度纯化，SDS－PAGE显示病毒结构蛋白的相对分子质量24000，19500，16000。免疫转印可见3条结构蛋白均能被PRRSV美洲株高免血清识别。     

一株猪繁殖与呼吸综合征病毒高致病株的分离与鉴定

[目的]分离一株近期流行的猪繁殖与呼吸综合征病毒并解析其基因变异情况.[方法]适当处理猪繁殖与呼吸综合征病毒阳性临床样品,接种非洲绿猴胚胎肾细胞进行病毒分离,间接免疫荧光试验对所分离病毒进行鉴定;同时用RT-PCR技术扩增其全基因组,并进行序列测定与分析.[结果]分离培养物可引起非洲绿猴胚胎肾细胞出现稳定的细胞病变,间接免疫荧光试验显示有许多特异性荧光,分离培养物中存在猪繁殖与呼吸综合征病毒.病毒全基因组大小15 323个核苷酸,在非结构蛋白2基因有30个氨基酸缺失的典型标记;其与高致病性猪繁殖与呼吸综合征病毒毒株JXA1株、HUN4株和SD-CXA/2008株之间的核苷酸同源性较高,达到98.9％以上;该毒株与高致病性猪繁殖与呼吸综合征病毒SD-CXA/2008株在同一分支上.[结论]分离出一株典型的高致病性猪繁殖与呼吸综合征病毒毒株.     

猪繁殖与呼吸综合征病毒GS株非编码区分子克隆及其一二级结构的分析

参照GenBank中PRRSV VR-2332株全序列对非编码区(non-coding region,NCR)设计特异性引物,经过基因的扩增、连接、转化、筛选阳性克隆以及核苷酸测序.结果表明PRRSV GS株5′NCR长190 bp,与VR-2332和LV株核苷酸序列的同源性分别为93.2%和61.1%,紧接ORF1起始密码子上游有一个保守基序:5-′UUU-AACC-3′,其作用是连接5′前导序列与各亚基因组mRNAs;3′NCR长151 nt,其后有一个长14个碱基的poly(A)尾,通过序列比较分析,发现该区核苷酸序列较为保守,与VR-2332及LV 3'NCR的核苷酸同源性分别为95.4%和78.2%,在poly(A)尾巴的上游具有一个高度保守的8核酸序列:5-′CCGAAATT-3',在病毒的复制过程中,该保守基序可能起着重要作用.非编码区的二级结构分析发现其有复杂的二级结构.     

猪瘟病毒IPMA检测方法的建立

\t\t\t\t\t目的\t\t\t\t\t建立一种可直观判断猪繁殖与呼吸综合征病毒(porcine reproductive and respiratory syndrome virus, PRRSV)的检测方法。\t\t\t\t\t\t\t\t\t\t\t\t\t方法\t\t\t\t\t应用PRRSV多抗血清作为一抗,建立了PRRSV免疫过氧化物酶单层细胞检测体系,并对相关反应条件进行优化,对其特异性和敏感性进行检测。\t\t\t\t\t\t\t\t\t\t\t\t\t结果\t\t\t\t\t最佳病毒接种感染复数(multiplicity of infection,MOI)为0.1,最佳感染时间为24 h,一抗最佳稀释度为1∶1 000,所建立的PRRSV免疫过氧化物酶单层细胞检测方法与其他几种流行猪病无交叉反应。对300份来自不同地区的临床血清进行检测,IPMA与PCR检测阳性符合率达93%。\t\t\t\t\t\t\t\t\t\t\t\t\t结论\t\t\t\t\t该方法具有良好的特异性和敏感性,为PRRSV的临床检测提供新方法。\t\t\t\t     

猪繁殖与呼吸综合征病毒GS株结构蛋白基因的克隆及结构特征分析

根据GenBank中猪繁殖与呼吸综合征病毒(PRRSV)VR-2332毒株基因序列设计合成了6对引物,应用RT-PCR方法对PRRSVGS株部分片段进行基因的扩增、克隆和测序,将测序结果应用Blast和DNAStar软件进行拼接,并与国内外分离毒株进行核苷酸以及推导氨基酸序列同源性比较.结果发现PRRSVGS毒株结构蛋白基因全长3819bp,包括ORF2、ORF3、ORF4、ORF5、ORF6和ORF7共6个阅读框,分别编码GP2、GP3、GP4、GP5、M和N蛋白;与BJ-4、CH-1a、HB-2(sh)/2002和VR-2332美洲株等核苷酸的同源性在87.9%～97.1%,推导的氨基酸同源性在88.3%～97.1%;而与LV和Euro毒株的同源性差异显著,核苷酸同源性在56.0%～70.0%,氨基酸同源性在54.9%～77.6%.构建的系统发育树证明该毒株在基因型上属于美洲型.     

猪繁殖与呼吸综合征病毒17-ZJ-HZ毒株的分离鉴定与分子流行病学分析

杭州某猪场断奶仔猪群出现高热、呼吸困难等症状,疑似猪繁殖与呼吸综合征病毒(porcine reproductive and respiratory syndrome virus,PRRSV)感染,3头病猪肺脏病变样本送本实验室检测,通过RT-PCR方法检测其病原核酸。肺脏匀浆液无菌处理接种到MARC-145细胞,细胞病变观察、Western-blot、间接免疫荧光等方法验证PRRSV病毒分离情况;RT-PCR方法分五段扩增获得全长病毒基因组序列,采用MEGA等软件分析该毒株的核苷酸序列以及GP5、NSP2氨基酸序列;分离病毒接种3日龄PRRSV阴性仔猪,评价该病毒的毒力。结果表明:该场送检样品为PRRSV阳性;成功分离得到17-ZJ-HZ病毒;获得15 325 bp的 PRRSV全基因组序列。序列分析表明,该毒株与经典北美株的NSP2存在典型的29+1个氨基酸的缺失,且进化分析归于HP-PRRSV亚群。攻毒60 h后猪只出现典型的PRRSV临床症状和病理变化,以上结果表明该毒株为高致病性PRRSV(highly pathogenic PRRSV, HP-PRRSV)的北美株。     

RT-PCR技术检测猪繁殖与呼吸障碍综合征病毒(PRRSV)

根据猪PRRSV的ORF7基因序列,设计并合成了1对引物,以PRRSV RNA为模板,筛选最佳反应条件,建立了检测PRRSV的RT-PCR方法。应用该方法对病毒细胞培养物进行基因扩增,均获得了分子量为443bp的特异性目的片段,而对PCV2、PRV、CSFV及Marc-145细胞进行同条件检测,结果均为阴性;PRRSV扩增产物测序结果与文献报道的PRRSV其他毒株序列同源性达92%~98%。敏感性试验表明,该体系可检测到2.39TCID50的PRRSV;对2004~2005年送检的81份临床样品进行检测,阳性率为23.4%。上述研究结果表明,建立的RT-PCR特异性好、敏感性高,可用于猪繁殖与呼吸综合征的诊断和流行病学调查。     

猪繁殖与呼吸系统综合征病毒华南株GDgz 的分离鉴定及遗传进化分析

为了解华南地区猪繁殖与呼吸综合征病毒(PRRSV)流行株的变异特性,用Marc-145细胞从广东省疑似猪繁殖与呼吸综合征发病猪场采集的肺组织中分离得到1株PRRSV(命名为GDgz),该毒株能产生明显的细胞病变。全基因组进化分析和同源性比对分析结果显示,GDgz与中国高致病性毒株位于同一分支,与欧洲型毒株Lelystad-virus同源性最低、仅为60.3%,与美洲型经典毒株VR-2332的同源性为88.8%,与中国高致病性毒株JXA1和HuN4同源性为98.8% 和98.9%,与JXA1的疫苗株同源性为91.1%,与NADC30和NADC30-like毒株 CHsx1401和JL580同源性分别为84.5%、87.2%和83.6%。NSP2序列比对结果显示,GDgz在高变区存在30个不连续氨基酸缺失。GP5序列比对结果显示,GDgz在GP5抗原表位上有氨基酸突变,表明GDgz属于美洲型高致病性毒株传代致弱的疫苗株,且在抗原表位上有一定程度的突变。     

新疆猪繁殖与呼吸综合征病毒分离鉴定及Nsp2和ORF5基因遗传变异分析

为探索新疆猪繁殖与呼吸综合征病毒(PRRSV)的变异特征,利用RT-PCR、ORF5和部分NSP2基因序列进行分析,鉴定从新疆某猪场疑似猪高热病死亡猪肺脏分离出的一株病毒.分离的病毒株被鉴定为PRRSV美洲型,命名为XJ-Q株.该株病毒与香港分离株HK13亲缘关系最近,与国内变异株(HUB1和JXA1)同源性较为亲近.与美洲型标准毒株VR-2332相比,该分离株在481位和532～560位共有30个氨基酸缺失;与国内分离的PRRSV变异株相比,在487～489位有3个氨基酸的独特缺失.结果表明,新疆分离株为PRRSV美洲型,属于新缺失的PRRSV毒株.     

新疆猪繁殖与呼吸综合征病毒分离鉴定及Nsp2和ORF5基因遗传变异分析

为探索新疆猪繁殖与呼吸综合征病毒（PRRSV）的变异特征,利用RT-PCR、ORF5 和部分NSP2 基因序列进行分析,鉴定从新疆某猪场疑似猪高热病死亡猪肺脏分离出的一株病毒。分离的病毒株被鉴定为PRRSV 美洲型,命名为XJ-Q 株。该株病毒与香港分离株HK13 亲缘关系最近,与国内变异株（HUB1 和JXA1）同源性较为亲近。与美洲型标准毒株VR-2332 相比,该分离株在481 位和532~560 位共有30 个氨基酸缺失;与国内分离的PRRSV 变异株相比,在487~489 位有3 个氨基酸的独特缺失。结果表明,新疆分离株为PRRSV 美洲型,属于新缺失的PRRSV毒株。