利用微卫星标记分析云南6个地方鸡品种的遗传多样性

通过选用30个多态性较好的微卫星标记,检测了云南省武定鸡、茶花鸡、云龙矮脚鸡、盐津乌骨鸡、腾冲雪鸡和西双版纳斗鸡共6个地方鸡品种的遗传多样性。利用等位基因频率计算出各群体的平均遗传杂合度(H)、多态信息含量(PIC)和群体间的DA遗传距离。结果表明:30个微卫星位点中有24个微卫星位点在6个鸡群体中的多态信息含量为高度多态,还有6个微卫星位点为中度多态,这些位点均可作为有效的遗传标记用于各鸡品种的遗传多样性和系统发生关系的分析中;在6个品种中,武定鸡杂合度最低,为0.602 3,腾冲雪鸡杂合度最高,为0.668 9,杂合度的高低与PIC值的大小体现了较高的一致性。对DA遗传距离的计算结果表明,体型较小的茶花鸡与其他大中型鸡品种距离均较远。用UPGMA法进行聚类分析,结果6个鸡品种被聚为3类:云龙矮脚鸡、盐津乌骨鸡和武定鸡聚为一类;腾冲雪鸡和西双版纳斗鸡聚为一类;茶花鸡独自为一类,这与几个鸡品种的来源、分化、选育历史及地理分布是一致的。     

安徽两个地方鸡品种遗传多样性的微卫星DNA分析

利用29个微卫星DNA标记对两个安徽地方鸡品种进行遗传多样性分析,评估品种内的遗传变异和品种间的遗传分化.在29个微卫星位点共检测到210个等位基因,每个位点的等位基因数从2到21不等,所有位点平均的期望杂合度和PIC值分别为0.6214和0.59.淮南麻黄鸡和皖南三黄鸡29个微卫星位点平均有效等位基因数分别为5.55和6.38,平均基因杂合度为0.6194和0.6442,群体分化系数为4.8%,两个鸡品种间的Reynolds遗传距离和Nm分别为0.0513和4.7500.两个安徽地方鸡品种均表现出较高的群体杂合度和丰富的遗传多样性.     

地方鸡品种遗传多样性的微卫星标记研究

采用微卫星标记技术检测了山东省3种地方鸡种：汶上芦花鸡、济宁百日鸡和日照鸡的遗传多样性,在40种微卫星引物中筛选出多态性丰富且扩增条带清晰稳定的6个引物。统计分析了各群体的等位基因数（NA）、多态信息含量（PIC）、平均杂合度（H）、群体间的遗传距离（DS）和相似系数（I）。采用UPGMA法构建系统发生树。结果表明：3个地方鸡种在6个微卫星位点上共发现了15个等位基因,每个位点的等位基因数为2—3个;每个群体的平均等位基因数分别为2．5、2．2和2;大小在110～300bp之间,期望杂合度与观测杂合度比较接近。芦花鸡（W）多态信息含量最大,为0．3075;日照鸡（R）中最小,为0．2915。以Nei氏遗传距离进行UPGMA聚类分析,结果表明：百日鸡（J）与日照鸡（R）间的遗传相似系数最大,为0．9832;遗传距离最小,为0．0170。3个品种鸡可聚为2类,百日鸡（J）与日照鸡（R）聚为一类,芦花鸡（W）独立聚为一类。     

我国6个地方鸡品种线粒体CO I基因遗传多样性分析

以我国地方鸡品种为研究对象,测定6个地方鸡品种线粒体细胞色素C氧化酶亚基Ⅰ(COⅠ)基因部分序列,分析COⅠ基因序列的多态性。结果表明:6个地方鸡品种线粒体COⅠ基因序列有22个突变位点,占分析位点总数的3.52%;6个地方鸡品种单倍型多样度平均为0.7274,核苷酸多样度平均为0.352%,品种间核苷酸分歧度为0.283%~0.791%。6个地方鸡品种的COⅠ基因序列具有较高的遗传多样性。     

我国6个地方鸡品种线粒体COⅠ基因遗传多样性分析

以我国地方鸡品种为研究对象，测定6个地方鸡品种线粒体细胞色素C氧化酶亚基Ⅰ（COⅠ）基因部分序列，分析COⅠ基因序列的多态性。结果表明：6个地方鸡品种线粒体COⅠ基因序列有22个突变位点，占分析位点总数的3．52％；6个地方鸡品种单倍型多样度平均为0．7274，核苷酸多样度平均为0．352％，品种间核苷酸分歧度为0．283％～0．791％。6个地方鸡品种的COⅠ基因序列具有较高的遗传多样性。     

务川黑牛微卫星座位遗传多样性分析

以贵州地方牛优良品种务川黑牛为研究对象,选取分布于其7条染色体上的ETH10、ILSTS033、CSSM66、BM2113、ETH225、BM1818和CSRM60共7对微卫星引物进行遗传多样性分析。结果共检测到21个等位基因,每个微卫星座位等位基因数为2～5个,7个微卫星座位均未达到Hardy-Weinberg平衡。7个位点的平均等位基因数、平均有效等位基因数、平均期望杂合度、平均多态信息含量分别为3.000 0±1.154 7、2.377 3±0.585 4、0.558 4±0.101 6、0.475 9±0.125 1,说明务川黑牛具有良好的遗传多样性。为务川黑牛种质资源保存和改良提供了试验基础。     

利用16个微卫星标记分析6个鸭品种的遗传多样性

【目的】为系统评价润州凤头白鸭、连城白鸭、北京鸭、樱桃谷鸭、吉安红毛鸭和于田麻鸭6个鸭品种的遗传多样性。【方法】利用16个微卫星位点(STR分型技术)对6个鸭品种(各30只)的遗传多样性参数进行检测并进行聚类分析。【结果】16个微卫星位点共检测到141个等位基因,多态信息含量(PIC)介于0.25～0.60之间,其中,9个座位为高度多态位点(PIC0.50),7个座位为中度多态位点(0.25PIC0.50);6个鸭品种在微卫星座位的平均杂合度在0.385 4～0.518 7;聚类分析结果表明,润州凤头白鸭先与于田麻鸭聚为一类,再与连城白鸭聚为一类;北京鸭先与樱桃谷鸭聚为一类,再与吉安红毛鸭聚为一类。【结论】6个鸭品种遗传多样性丰富,反映了中国地方鸭品种间遗传多样性的差异。     

江西4个地方鹅品种遗传多样性的微卫星标记分析

通过选用31个多态性较好的微卫星标记,检测江西4个地方鹅品种的遗传多样性。利用等位基因频率计算出各群体的平均遗传杂合度(H)、多态信息含量(P IC)和群体间的遗传距离(DA)。结果表明:31个微卫星位点中有25个微卫星位点在4个鹅群体中的多态信息含量均为中度多态,可作为有效的遗传标记用于各鹅品种的遗传多样性和系统发生关系的分析;4个鹅品种的杂合度都较高,平均杂合度为0.584 6~0.643 4,其中最高的是广丰白翎鹅(0.643 4),最低的是莲花白鹅,而且杂合度的高低与P IC值的大小表现出较高的一致性。用DA的U PGM A法进行聚类分析,结果4个鹅品种被聚为3类,莲花白鹅与丰城灰鹅聚为第1类,广丰白翎鹅自聚为第2类,兴国灰鹅自聚为第3类。     

利用微卫星标记分析湖南4个地方鹅品种遗传多样性

通过选用31个多态性较好的微卫星标记,检测了湖南4个地方鹅品种的遗传多样性.利用等位基因频率计算出各群体的平均遗传杂合度(H)、多态信息含量(PIC)和群体间的DA遗传距离.结果表明,31个微卫星位点中有25个微卫星位点在4个鹅群体中的多态信息含量均为中度多态,可作为有效的遗传标记用于各鹅品种的遗传多样性和系统发生关系的分析.4个鹅品种中,平均杂合度范围是0.5010 ～ 0.6705,各鹅种的杂合度都较高,最高的是酃县白鹅(0.6705),最低的是武冈铜鹅,而且杂合度的高低与PIC值的大小体现了较高的一致性.对DA遗传距离的计算表明,用UPGMA法进行聚类分析,结果4个鹅品种被聚为3类:道州黑鹅与酃县白鹅聚为第1类;武冈铜鹅自聚为第2类;溆浦鹅自聚为第3类.     

运用荧光标记微卫星分析6个肉山羊品种遗传多样性

为了研究安徽白山羊、贵州白山羊、陕南白山羊、宜昌白山羊、马头山羊和波尔山羊6个肉山羊品种DNA分子水平上的遗传多样性,利用10个微卫星引物,分析6个肉山羊品种分子水平上的遗传变异和群体关系。10个微卫星位点均呈现高度多态,其多态信息含量(PIC)在0.531～0.812之间。F统计结果显示群体间存在极显著的遗传分化,遗传分化系数(Fst)为0.082。系统进化树NJ图把中国5个肉山羊和波尔山羊分为2支;中国肉山羊又被分成2个分支。系统进化树UPGMA图和主成分的二维坐标图进一步证实上述聚类结果的可靠性。此研究结果显示6个肉山羊品种遗传多样性丰富,具有很大的选育潜力,特别是中国地方品种,是将来开发利用的宝贵原始材料。     

五个绵羊品种遗传多样性的微卫星分析

利用8个微卫星标记对5个绵羊品种(藏羊、兰州大尾羊、蒙古羊、小尾寒羊、无角道赛特)进行了遗传多样性分析.结果表明:5个绵羊群体的8个微卫星位点共发现105个等位基因,平均每个位点有13个,其中,在OarFCB128位点检测到的等位基因数最多,在BM8125位点检测到的等位基因数最少.多态信息含量、有效等位基因数及群体杂合度数据表明,小尾寒羊遗传变异最大,其次是蒙古羊、兰州大尾羊、藏羊,无角道赛特变异最小.根据Nei氏遗传距离用NJ法和UPGMA法构建的聚类图表明,兰州大尾羊与蒙古羊聚为一类,遗传距离最近,与无角道赛特距离最远.     

9个山羊品种微卫星DNA遗传多样性分析

为了研究湘东黑山羊、川东白山羊、云岭山羊、板角山羊、黄淮山羊、圭山山羊、贵州白山羊、安徽白山羊和波尔山羊9个山羊品种的遗传多样性,利用微卫星标记技术检测了4个微卫星座位（OarAE101、OarHH55、BM1329、BM143）的多态性。结果表明,9个山羊品种的4个微卫星座位中共检测到53个等位基因,9个山羊品种的期望杂合度（He）和观察杂合度（Ho）均在0.850以上,属于高杂合群体;9个山羊品种4个微卫星座位的PIC均值在0.820以上,属于高度多态微卫星DNA座位,可提供大量的遗传信息,具有遗传多样性评价优势,其中 PIC值最高的是圭山山羊（PIC=0.857）;主成分分析与UPGMA 聚类分析结果显示贵州白山羊、云岭山羊与圭山山羊亲缘关系较近,川东白山羊与板角山羊亲缘关系较近,湘东黑山羊、黄淮山羊与安徽白山羊亲缘关系较近,引入的波尔山羊自成一类,它与其他山羊亲缘关系较远。综上,9个山羊品种均具有较高的遗传多样性,其中圭山山羊的遗传多样性最丰富,贵州白山羊遗传多样性最低;各品种之间的亲缘关系符合不同品种的地理位置与育成史。     

微卫星标记分析福建地方品种猪的遗传多样性

采用8个微卫星座位对福建省5个地方品种猪(槐猪、官庄花猪、莆田黑猪、闽北花猪、武夷黑猪)的遗传结构进行了分析,计算了遗传杂合度(H)、有效等位基因数、多态信息含量(PIC)、Nei氏标准遗传距离.结果表明:8个微卫星位点均为高度多态位点;5个品种间的遗传多样性比较高;8个微卫星位点H平均为0.7006-0.7760;PIC为0.6917-0.7609;莆田黑猪与闽北花猪的遗传距离最小(0.5531),官庄花猪与闽北花猪的遗传距离最大(0.8618).     

13个绵羊品种的遗传多样性分析

【目的】探讨中国13个绵羊品种内的遗传变异情况及各品种间的亲缘关系。【方法】选用联合国粮农组织(FAO)和国际动物遗传学会(ISAG)推荐的11对微卫星引物,结合荧光-多重PCR技术,检测了10个中国地方绵羊品种和3个引进品种的基因型;通过计算基因频率、多态信息含量和遗传杂合度,以Nei’s遗传距离为基础,采用非加权组对算术平均聚类法(UPGMA)和邻近结合法(NJ)构建聚类图。【结果】13个中外绵羊品种被聚为4类:威宁绵羊、昭通绵羊、汉中绵羊和迪庆绵羊为第Ⅰ类,豫西脂尾羊、太行裘皮羊、泗水裘皮羊、巴什拜羊和策勒黑羊为第Ⅱ类;腾冲绵羊为第Ⅲ类,3个引进品种无角道赛特羊、萨福克羊和特克塞尔羊为第Ⅳ类。【结论】11个微卫星座位可作为有效的遗传标记用于各绵羊品种的遗传多样性和系统发生关系分析。     

基于微卫星标记的12个地方鸡种遗传多样性保护等级分析

【目的】分析我国地方鸡品种资源的遗传多样性保护等级,为我国地方鸡种资源遗传多样性保护方案的制定提供理论依据。【方法】采用16个微卫星标记,计算我国12个地方鸡品种(白耳鸡、茶花鸡、大骨鸡、河南斗鸡、丝羽乌骨鸡、固始鸡、狼山鸡、鹿苑鸡、藏鸡、仙居鸡、萧山鸡、北京油鸡)间的DR遗传距离、基因流(Nm)、杂合度和各群体基因组分数的分布,并采用Weitzman和Caballero2种遗传多样性保护理论,分析各品种在遗传多样性最大化保护中的相对重要性。【结果】固始鸡与其他11个鸡种间的平均遗传距离最远(0.2095),基因流最小(1.1411);藏鸡与其他11个鸡种间的平均遗传距离最近(0.1013),基因流最大(2.7730)。12个地方鸡种中,除萧山鸡、鹿苑鸡和藏鸡外,其他群体的基因组分数均大于0.800。Weitzman保种理论分析表明,固始鸡、河南斗鸡、茶花鸡、丝羽乌骨鸡、北京油鸡对总群现实多样性的品种贡献率较高(10%),这与这几个鸡品种独特的特征特性和相对封闭的品种形成历史基本一致。Caballero保种理论分析表明,茶花鸡、河南斗鸡、北京油鸡、丝羽乌骨鸡、大骨鸡、藏鸡和萧山鸡对总群的遗传多样性有正的贡献率,与Weitzman保护理论确定的保护等级顺序相比,固始鸡、藏鸡和萧山鸡的保护等级发生了较大改变,这与Weitzman保护理论未考虑品种内的遗传多样性有关。【结论】在分析家禽品种资源的遗传多样性保护等级时,应充分考虑品种间和品种内的遗传多样性。     

福建地方鸡种和江西泰和乌鸡微卫星遗传多样性分析

利用筛选出的6个微卫星标记对福建德化黑鸡、白绒乌鸡、金湖乌鸡、河田鸡以及江西泰和乌鸡等优良地方鸡种进行遗传多样性分析.结果表明,所选的6个微卫星标记均呈高度多态(平均多态信息含量即PIC均大于0.5).5个地方鸡种的平均杂合度为0.716-0.729,均具有较高的杂合度,表现出丰富的遗传多样性.采用邻结法(NJ)对Ne i氏遗传距离(DA)进行聚类分析,结果表明,5个鸡种被聚为2类,泰和乌鸡与河田鸡先聚为一小类(DA=0.0957),然后再与金湖乌鸡聚为一类(DA=0.1553);德化黑鸡与白绒乌鸡则聚为另一类(DA=0.1980).聚类结果基本反映了各鸡群的地理分布和选育现状.     

6个中国重点保护地方鹅品种的遗传多样性

对我国6个受重点保护的地方鹅品种资源(四川白鹅、狮头鹅、豁眼鹅、雁鹅、伊犁鹅和皖西白鹅)的遗传多样性进行了微卫星标记的研究。结果表明:6个品种的平均杂合度都较高,最高的是四川白鹅(0.6415),最低的是雁鹅(0.5010),表明了各鹅种的杂合度和遗传多样性水平都较高,而且杂合度的高低与PIC值的大小体现了较高的一致性;通过计算DS遗传距离发现6个品种的遗传距离较远,分化时间较长;UPGMA聚类结果将6个重点保护鹅品种聚为五类,安徽省的雁鹅和皖西白鹅聚为一类,豁眼鹅、伊犁鹅、狮头鹅、四川白鹅分别独自聚类。UPGMA的聚类结果分析与几个鹅品种的选育历史及地理分布是一致的。本研究结果为加强对我国现有鹅品种资源的保护和有效、合理、持续利用具有重大意义。     

江西省3个地方鸡种遗传多样性分析

为探究江西省3个地方鸡种的遗传多样性,为江西省家禽群体遗传资源的合理利用和种质资源保护提供依据,利用飞行质谱分型技术对宁都黄鸡、白耳黄鸡、安义瓦灰鸡3个群体(463只个体) 1号染色体上的25个单核苷酸多态性(SNP)位点进行基因型分型,计算每个SNP位点的等位基因频率、表观杂合度、期望杂合度、多态信息含量及群体间Nei氏标准遗传距离。结果显示,所有位点在3个群体中的平均有效等位基因数、期望杂合度和多态信息含量分别为1.636、0.367和0.291,其中白耳黄鸡的平均有效等位基因数、期望杂合度和多态信息含量最高(1.684、0.387和0.303),安义瓦灰鸡最低(1.562、0.328和0.262)。遗传距离和系统聚类结果显示,3个群体的遗传相似性都比较高,安义瓦灰鸡和白耳黄鸡2个群体聚为一类,宁都黄鸡单独聚为一类。     

我国蛋用型地方鸡品种遗传多样性分析

对仙居鸡和白耳黄鸡2个蛋用型地方品种mtDNA D-loop区全序列进行PCR扩增和测序,分析其线粒体D-loop区多态性,并结合GenBank中洛岛红和白来航的D-loop区序列进行进化分析。结果表明:2个蛋用型地方品种mtDNA D-loop区全长1 231~1 232bp,共发现18处单核苷酸变异位点和8种单倍型,核苷酸多样性为0.006 51±0.001 09,单倍型多态性为0.781±0.011。系统发育分析发现,2个蛋用型地方品种主要分布在A、B和C 3个进化分支,B和C为优势分支,而2个标准品种则分布在A和E 2个进化分支,E为优势分支。结果提示2个蛋用型地方品种遗传多态性呈中等,与标准品种亲缘关系较远,母系来源也有所不同。这为2个品种的选育利用和有效保种提供遗传背景资料和理论依据。     

应用微卫星标记研究中国15个地方白羽鹅品种遗传多样性

利用22个微卫星DNA标记对中国15个地方白羽鹅种进行遗传分析。结果表明：22个微卫星标记中3个为高度多态座位，1个低度多态座位，其余均为中度多态座位。平均杂合度最高的是太湖鹅（0．7105），最低的是皖西白鹅（0．5838）。织金白鹅与溆浦鹅遗传距离最近，为0．0417，而太湖鹅与四川白鹅最远，为0．7259。通过UPGMA法15个地方白羽鹅聚为3大类：织金白鹅、溆浦鹅、闽北白鹅、右江鹅、莲花白鹅、武冈铜鹅、同始鹅、浙东白鹅、籽鹅聚为第一类，广丰白翎鹅、皖西白鹅聚为第二类；酃县白鹅、百籽鹅、太湖鹅、四川白鹅聚为第三类。本研究证明中国地方鹅群体的遗传多性样比较丰富，具有较高的选择潜力。