基于TC-RT-PCR方法的几种烟草主要病毒病的多重检测体系的构建

为避开病毒病检测中分子生物学方法检测时RNA提取这一复杂费时费力的过程,且能在同一个反应中同时检测多种病毒病,使大量病毒病样品和多种病毒病复合侵染的检测更简单、快捷。对我国常见的3种烟草病毒的外壳蛋白基因部分序列设计引物,通过优化反应条件,摸索扩增参数构建多重TC-RTPCR检测体系。结果表明:首次成功构建能同时检测TMV、CMV和PVY的多重TC-RT-PCR检测体系。该技术无需RNA的提取,包括叶片研磨、捕捉、反转录、PCR扩增和电泳检测等步骤,简单快捷、省时省力,具有高效性、系统性和经济简便性等特点。     

利用内标为基础的多重RT-PCR技术检测草莓斑驳病毒和草莓轻型黄边病毒

草莓斑驳病毒(SMoV)和草莓轻型黄边病毒(SMYEV)分布较广,危害较重。应用CTAB法提取草莓总RNA,以优质的草莓总RNA为模板,结合扩增内标的检测体系,建立了SMoV和SMYEV的多重RT-PCR检测体系,可以对草莓田间植株和试管苗进行快速稳定的病毒检测。     

广东省蒲瓜病毒种类鉴定及多重RT-PCR检测方法的建立

【目的】探明侵染广东省蒲瓜的病毒种类，建立一种可以同时检测多种蒲瓜病毒的RT-PCR检测方法，提高蒲瓜病毒种类鉴定效率，为蒲瓜病毒病的精准监测与防控提供依据。【方法】2018—2022年间，从广东省广州市、惠州市、清远市、汕头市和湛江市的蒲瓜主要种植区采集蒲瓜病毒病疑似样品78份，对采集的样品按照地区和症状进行分类，提取每份样品的总RNA，将一个地区具有相同症状样品的RNA等量混合后进行小RNA深度测序分析。根据小RNA深度测序分析结果，设计特异引物进行RT-PCR验证，从而明确侵染广东省蒲瓜的病毒种类。挑选6种检出率高、危害严重的蒲瓜病毒，根据GenBank数据库设计多重PCR检测引物，通过优化反应体系和反应条件，建立同时检测6种蒲瓜病毒的多重RT-PCR方法。【结果】从采集的78份蒲瓜疑似病毒病样品中，共检测到12种病毒，按照检出率从高到低分别为葫芦内源RNA病毒（Lagenaria siceraria alphaendornavirus,LSEV）(64.1%)、黄瓜绿斑驳花叶病毒（cucumber green mottle mosaic virus,CGMMV）(62.8%)、...     

同步检测为害非洲菊3种病毒的多重RT-PCR方法研究

以接种番茄斑萎病毒(TSWV)的烟草和侵染烟草脆裂病毒(TRV)及烟草花叶病毒(TMV)的非洲菊为试验材料,建立了同步检测非洲菊上述3种病毒的多重RT-PCR方法.结果表明,建立的多重RT-PCR方法可一次性扩增出 3 种病毒的DNA条带,可以从RNA含量1 mg的带毒叶片中检测到混合病毒;同时对单一病毒RT-PCR的灵敏度检测表明:最低可以从RNA含量分别为1 mg、10μg和100 ng的带毒材料中检测到TSWV、TRV和TMV.     

应用多重RT-PCR检测甘蔗黄叶病毒和高梁花叶病毒

建立了多重RT-PCR同时检测甘蔗黄叶病毒(Sugarcane yellow leaf virus,ScYLV)和高梁花叶病毒病毒(Sorghum mosaic virus,SrMV)的技术体系,该体系可有效地对甘蔗田间植株和试管苗进行检测.根据引物之问的互补性及引物的Tm值筛选多重PCR引物.确定适宜的PCR缓冲液的...     

利用内标为基础的RT-PCR技术检测草莓皱缩病毒(SCV)和草莓镶脉病毒(SVBV)

[目的]通过对反应条件和参数的摸索与优化,建立多重RT-PCR检测方法,实现2种病毒的同时高效快速检测。[方法]通过CTAB法与试剂盒提取RNA,以优质的总RNA为模板,进行梯度PCR,结合扩增内标的检测体系,建立多重RT-PCR检测方法。[结果]建立了优化的SCV和SVBV的多重RT-PCR检测体系,可以对草莓田间植株进行快速稳定的病毒检测。[结论]该研究为草莓病毒检测提供一种方便、高效的分子生物学方法,为草莓无病毒苗的实际生产提供技术支撑。     

三种草莓病毒的多重RT-PCR检测方法

目前,草莓主要有3种病毒侵染,本研究通过改进CTAB法对经过茎尖剥离的组培四季草莓叶片提取总核酸,采用多重RT-PCR技术同时检测草莓斑驳病毒、草莓轻型黄边病毒和草莓镶脉病毒。电泳结果显示提取的总核酸中可见总DNA条带和完整的RNA条带,并采用两步法RT-PCR获得了目的条带。本研究建立了多重RT-PCR同时检测草莓病毒的技术体系。     

3种大白菜病毒多重RT-PCR检测技术的建立

【目的】建立3种大白菜病毒病多重RT-PCR检测技术,为病毒病快速检测、白菜病毒病防治与抗病育种提供参考。【方法】针对我国大白菜芜菁花叶病毒(Turnip mosaic virus,TuMV)、烟草花叶病毒(Tobacco mosaic virus,TMV)和黄瓜花叶病毒(Cucumber mosaic virus,CMV)3种病毒的外壳蛋白(CP)基因保守区序列,设计特异性检测引物,从多重RT-PCR(mRT-PCR)扩增引物、Mg~(2+)浓度、Taq DNA聚合酶及dNTPs浓度、退火温度、延伸时间和循环次数等方面对RT-PCR检测技术进行优化。【结果】在dNTPs浓度为0.24 mmol/L,Mg2+浓度为2.8mmol/L,Taq DNA聚合酶浓度为0.12U/μL,退火温度为52℃,延伸时间为30s,循环30次,即可成功地在一个体系中对TuMV、TMV和CMV 3种病毒复合侵染的大白菜病样进行多重RT-PCR扩增,扩增得到228,305和460bp3条特异性条带,其大小与试验设计相符合。灵敏度接近单重RT-PCR(sRT-PCR),体现了多重RT-PCR的优越性。【结论】建立了能同时检测大白菜样品中TuMV、TMV和CMV的多重RT-PCR检测体系,该多重RT-PCR方法能对田间大白菜样品进行3种病毒的准确、快速、高效检测。     

江苏省葫芦科作物6种病毒的多重RT-PCR方法及应用

江苏省葫芦科作物上的病毒主要有小西葫芦黄花叶病毒(ZYMV)、西瓜花叶病毒(WMV)、黄瓜花叶病毒(CMV)、黄瓜绿斑驳花叶病毒(CGMMV)、烟草花叶病毒(TMV)和番木瓜环斑病毒(PRSV),通常发生复合侵染。基于Gen Bank中这6种病毒的核苷酸序列保守区设计特异性引物,在单重RT-PCR技术的基础上,通过对影响2种多重RT-PCR扩增的DNA聚合酶浓度、d NTPs及镁离子浓度、退火温度、延伸时间、循环次数等因素进行优化,对检测灵敏度进行测定,建立了2种PCR反应同时检测葫芦科作物上6种病毒的多重RT-PCR方法。结果显示:2种多重RT-PCR体系均能同时扩增出各自特异性片段,测序分析结果表明序列同源性在97%以上;优化的2种多重RTPC体系检测灵敏度为总RNA稀释102~103倍,应用于江苏省210份样品的检测结果与单重RT-PCR一致,体现了检测的可靠性;检测结果表明近年来江苏省葫芦科作物以种子传播的ZYMV和CGMMV侵染为主,病毒的复合侵染率达75.24%。     

双重RT-PCR法快速检测多种马铃薯病毒的研究

为建立快速、简便、灵敏度高、特异性强的RT-PCR检测马铃薯病毒技术,依据马铃薯X病毒、马铃薯S病毒、马铃薯A病毒以及马铃薯卷叶病毒的基因组RNA保守序列设计特异性引物对,从反转录和PCR等方面优化双重RT-PCR反应条件,同步扩增出上述四4种病毒,分别得到620(PVX)、435(PVS)、300(PVA)、222 bp(PLRV)大小的扩增片段。结果表明,反转录反应中引物浓度比例、dNTPs浓度和PCR反应中Mg2+浓度对双重RT-PCR检测多种马铃薯病毒的影响较大。优化的双重RT-PCR反应体系可以同步快速检测田间自然感染的马铃薯病毒,此方法还适合检测马铃薯脱毒种薯及试管苗,对马铃薯病毒病早期监测有一定的作用。     

水与食品中诺如病毒检测技术研究

采用Trizol法、硅胶柱法、磁珠法分别提取病毒核酸,通过实时荧光PCR检测比较效果,选择最优提取方法;采用MCE-PEG富集法(混合硝酸纤维素膜第1次富集和聚乙二醇沉淀第2次富集)对水中诺如病毒进行富集;对生蚝肠腺、鳃组织进行前处理后,用磁珠法提取病毒核酸,通过实时荧光PCR检测。结果表明,硅胶柱法提取核酸效果较好;MCE-PEG法富集水中诺如病毒有效;实时荧光PCR技术能检测出染毒贝类中的诺如病毒。     

应用复合RT-PCR同时检测烟草环斑病毒和番茄环斑病毒

将烟草环斑病毒(Tobacco ringspot virus)和番茄环斑病毒(Tom ato ringspot virus)的CP基因及RNA2基因序列引物,合成特异性RT-PCR检测引物,对烟草环斑病毒和番茄环斑病毒的感病植物组织进行了PCR扩增反应,结果显示,感染了烟草环斑病毒和番茄环斑病毒的植物组织的PCR产物均出现600 bp和470 bp特异性扩增条带,而其他病毒均未出现扩增条带,证明这两对引物具有烟草环斑病毒和番茄环斑病毒的鉴定特异性。将提取的烟草环斑病毒和番茄环斑病毒总RNA做梯度稀释,测定该检测体系的敏感度,结果显示,此体系最低可检出烟草环斑病毒和番茄环斑病毒提取的RNA模板浓度为234 pg/μl和264 pg/μl。表明,复合RT-PCR是一种可同时检测烟草环斑病毒和番茄环斑病毒的快速检测方法。     

辣椒黄瓜花叶病毒RNA提取及RT-PCR体系建立

以感染黄瓜花叶病毒病的辣椒叶片为材料,采用改进的Trizol试剂法提取病毒RNA.利用黄瓜花叶病毒外壳蛋白基因序列设计特异引物进行检测,摸索适宜的RT-PCR体系.结果表明.改进的Trizol试剂法能获得较高质量和产量的病毒RNA,并能稳定地进行规模化检测.     

马铃薯M病毒微滴数字PCR检测方法的建立

为了建立马铃薯M病毒(Potato virus M,PVM)的精准检测技术,根据PVM外壳蛋白基因核苷酸保守序列设计微滴数字PCR(dd PCR)的引物、探针,建立PVM的dd PCR检测技术。以田间采集并经RT-PCR验证的PVM及其他4种同样可侵染马铃薯的病毒(PVX、PVY、CMV、TMV)总RNA为模板,进行dd PCR特异性分析;对PVM的总RNA进行10倍梯度稀释并用作模板,进行dd PCR灵敏度测定。结果表明,建立的dd PCR方法可以特异性地检测马铃薯上的PVM,与实时荧光RT-PCR结果一致;最低可检测5.7 fg/μL的总RNA,比实时荧光RT-PCR灵敏度高100倍。说明建立的dd PCR检测方法可用于PVM的准确鉴定。     

犬瘟热病毒原液TaqMan荧光定量RT-PCR检测方法的建立

为建立一种不提取病毒RNA,直接采用Taq Man荧光定量RT-PCR检测样本上清液中犬瘟热病毒的方法。通过扩增CDV的NP基因部分片段构建重组质粒,建立Taq Man荧光定量PCR方法,对所建立的方法进行特异性、敏感性、重复性检测;比较了提取核酸后进行荧光定量RT-PCR与不提取核酸对原液进行荧光定量RT-PCR检测的结果,最后对疑似CDV病料进行检测。结果显示,建立的CDV质粒Taq Man荧光定量PCR检测灵敏度比普通PCR灵敏度高1 000倍。将核酸提取液和病毒原液稀释后用该研究建立的方法进行检测,最小检测稀释倍数分别为10~7和10~5,表明提取核酸后样本中的有效c DNA浓度比直接使用病毒原液检测高100倍。特异性和重复性检测结果表明,该方法特异性良好且重复性较高。对97份临床病料进行检测,建立的方法共检出60份阳性,阳性检出率高于普通RT-PCR和胶体金快速检测试纸板,提取核酸法与原液法的一致率为100%。标准曲线分析表明,当病毒含量高于10~2拷贝·μL~(-1)时,与普通RT-PCR以及胶体金快速检测试纸板相比,CDV原液Taq Man荧光定量RT-PCR检测技术阳性检出率更高、准确性更好,值得临床推广应用。     

新疆地区四种草莓病毒病原的检测

【目的】研究新疆草莓病毒病病源种类及田间发生情况,建立主要病毒病原多重RT-PCR检测体系,为无病毒草莓生产提供理论和技术支持。【方法】利用已报道的4种草莓主要病毒病原4对特异性引物,分别对新疆主要草莓种植区采集表现疑似病毒病症状的草莓样品共450份,采用单一反转录PCR(RT-PCR)及多重PCR对采集的样品进行检测,分析新疆草莓病毒病的发生情况。【结果】感染新疆草莓有3种主要病毒,南北疆15个不同栽培区均能检测出这3种病毒,每个采集地的病毒检出率均在26%以上。所有样品中病毒总检出率为64.22%;其中,草莓镶脉病毒(strawberry vein banding virus,SVBV)检出率最高,为51.78%;草莓斑驳病毒(strawberry mottle virus,SMoV)检出率为23.78%,草莓轻型黄边病毒(strawberry mild yellow edge virus,SMYEV)检出率为9.33%,草莓皱缩病毒(Strawberry crinkle virus,SCV)没有检出。病毒复合侵染率达18.45%,两种病毒病复合侵染检出率为16.67%,三种病毒病复合侵染检出率为1.78%;所有样品中对3种病毒的多重RT-PCR与单一RT-PCR检测结果一致。【结论】新疆草莓受SVBV、SMoV和SMYEV三种病毒危害,单一病毒病感染率以及两种以上病毒复合侵染侵染率都较高,在无病毒种苗的培育和生产中加强病毒检测。     

用多聚酶链反应(PCR)鉴定茄子花叶病

以茄子花叶病病叶为试材,经差速离心结合聚乙二醇(PEG—MW6000)沉淀法抽提病毒粒子,SDS-酚法提取病毒RNA,通过逆转录酶合成互补DNA(cDNA)。以此cDNA-RNA 杂交体为模板,用一对烟草花叶病毒特异性引物进行多聚酶链反应(Polymerase Chain Reaction;PCR),扩增产物经1%agarose-EB 电泳检测,产生了±200bp 的特异性核酸片断。从而表明沈阳地区茄子花叶病系由烟草花叶病毒引起,是我国茄子病毒病新的毒源。同时,通过实验证实,PCR 是一种敏感、快速、特异性强的植物病毒检测手段。     

利用多重RT-PCR检测水仙黄条病毒、水仙退化病毒和水仙花叶病毒

根据水仙黄条病毒、水仙退化病毒和水仙花叶病毒外壳蛋白(CP)基因的保守区序列设计3对特异性引物,通过优化包括Mg2+浓度、c DNA浓度、Taq DNA聚合酶浓度等在内的反应条件,建立了能同时检测这3种病毒的多重RT-PCR检测体系,并与单一RT-PCR做了比较.应用该体系能成功对3种病毒混合侵染的水仙样品进行多重RT-PCR扩增,获得751、623和483 bp 3条与预期大小相符的特异性条带,且RNA稀释至10-4倍时仍能被检测到.建立的多重RT-PCR检测体系具有良好的特异性和较高的灵敏度,比单一RT-PCR扩增更加方便、快速.     

以TMV为模式建立基于宏基因组学的植物病毒检测方法

用感染烟草花叶病毒(TMV)的烟株做阳性对照,提取dsRNA,采用随机引物扩增、高通量测序方法进行了序列分析。PCR产物宏基因组测序结果显示:TMV的检出频率为99.84%;属水平分类和丰度统计结果显示:Tobamovirus占99.913%,成功建立了以植物病毒dsRNA提取与高通量测序相结合的植物病毒探测方法。按照病毒类似颗粒提取的方法对感染TMV的烟株提取病毒类似颗粒,获得TMV病毒粒子,从中提取RNA,应用TMV特异引物,进行RT-PCR,结果显示:扩增产物序列与TMA序列同源性为99%。结果表明:用该病毒类似颗粒抽提方法能成功提取TMV病毒粒子及RNA,满足宏基因组分析要求。应用本研究构建的dsRNA及病毒类似颗粒的方法,提取20个表现植物病毒病症状的植物样本dsRNA与病毒类似颗粒的DNA,核酸检测质量较好,成功检测到10多种植物病毒。所构建的方法为宏基因组技术探测农业栽培区及非耕作区植物病毒种群与生态适应奠定了基础。     

利用RT-PCR快速检测马铃薯X病毒(PVX)

采用TRIZOL试剂盒和异硫氰酸胍法2种方法提取了带PVX马铃薯试管苗的总RNA.根据设计好的1对特异性引物,运用反转录PCR技术对提取的总RNA进行了体外扩增.结果表明,所用2种方法都能有效地提取马铃薯RNA,并适合于反转录合成病毒cDNA,得到了与预期大小相一致的720 bp片段,而对照未得到任何产物.但利用TRIZOL试剂盒进行RNA提取价格较贵,而异硫氰酸胍法所用试剂可自己配制,方法灵活,价格较TRIZOL试剂盒便宜.从而建立了经济简便的PVX RT-PCR检测体系,为PVX的防治、脱毒种薯和核心种苗的检测提供有效手段.