鸭瘟病毒TK基因及其编码蛋白的生物信息学分析

运用生物信息学方法,对鸭瘟病毒TK基因的基本元件和TK蛋白的理化性质、结构、功能进行分析。明确了TK基因启动子、转录起始位点、编码区P、olyA的位置;发现TK蛋白的二级结构以α螺旋为主,属于混合型蛋白,在结构和功能上与疱疹病毒胸苷激酶高度相似。生物信息学分析结果说明,鸭瘟病毒TK蛋白具有疱疹病毒胸苷激酶的活性,鸭瘟病毒TK基因可能为鸭瘟病毒的非必需毒力基因。     

鱼类胰岛素样生长因子Ⅰ的生物信息学分析

对NCBI已登记的5种鱼IGFⅠ-的氨基酸序列进行生物信息学方法分析,对其组分、理化性质、跨膜结构域、二级结构、功能结构域、亚细胞定位、同源建模及分子进化进行预测和推断。结果表明,IGⅠF-定位于胞外,是一种存在信号肽的分泌性蛋白,伸展片段和自由卷曲是成熟IGFⅠ-的主要结构元件,而α-螺旋则分布于分子表面。     

植物黄烷酮3-羟化酶的生物信息学分析

研究黄烷酮3-羟化酶家族的酶学特性,为黄酮类化合物生物合成的分子机理提供理论依据。对NCBI已注册的12个植物F3H的核酸和氨基酸序列进行生物信息学方法分析,对其组成成分、理化性质、亚细胞定位、跨膜结构、分子进化、蛋白质二级结构和结构域进行预测和推断。结果得出,F3H蛋白是定位于细胞基质,无信号肽的非分泌型蛋白,α-螺旋和不规则卷曲是蛋白质二级结构中量最多的结构元件,伸展片段散布于整个蛋白质中。     

光核桃AmSO基因初克隆及生物信息学分析

为了初步探索光核桃（Amygdalus mira）亚硫酸盐氧化酶（Sulfite oxidase,SO）的蛋白结构与功能,以1 a生光核桃叶片cDNA为模板,采用分子克隆技术获得光核桃AmSO基因全长为1 182 bp的开放阅读框（ORF）,共编码393个氨基酸,相对分子质量是43.45 ku。生物信息学分析结果显示,AmSO蛋白是一种能在细胞核内发挥生物学作用的稳定碱性亲水蛋白,二级结构由无规则卷曲、α-螺旋和延伸链构成。蛋白结构域的预测及氨基酸序列同源性比对发现,编码氨基酸序列的N端具有氧化钼结构域,常存在于氧化还原酶中,可以与钼辅因子结合;在C端具有钼钴（Mo-co）二聚体结构域,该结构域参与二聚体的结合,并且能够参与硫、氮和碳循环中的氧化还原反应,二者在进化过程中高度保守。系统进化树分析表明AmSO与碧桃PpSO亲缘性最近,进化相对保守。对光核桃AmSO蛋白进行生物信息学预测,有助于进一步系统研究光核桃 AmSO基因在生物学上的功能,为进一步了解其对非生物胁迫的响应机制奠定基础。     

灰葡萄孢菌BCRho3基因的生物信息学分析

利用生物信息学方法,对灰霉病菌中BCRho3 基因的理化性质、亲疏水性、信号肽、亚细胞定位、结构及功能等进行预测研究,同时构建BCRho3 同源基因的系统发育树,为下一步功能研究提供参考。结果表明,BCRho3基因编码产物为亲水性蛋白,不具有信号肽和跨膜结构,二级结构以琢-螺旋和无规则卷曲为主,主要在细胞质中发挥生物学作用。序列分析表明,BCRho3 基因编码产物可能作为生长因子来发挥作用,同时参与转录及转录调控过程,可能在产孢等生长发育过程中具有调节作用,因此可能在灰霉病的致病性中起关键作用。Rho3 基因编码产物同源性及进化树表明,灰霉病菌BCRho3 基因编码产物与核盘菌、杨盘二孢菌等菌种的Rho3 基因编码产物具有高度的同源性袁遗传距离较近。     

秦川牛A-FABP基因的生物信息学分析

【目的】克隆秦川牛脂肪型脂肪酸结合蛋白(A-FABP)基因,并对其进行生物信息学分析,为深入研究A-FABP基因与秦川牛肉质性状的关系奠定基础。【方法】以秦川牛脂肪组织为材料,采用RT-PCR方法对牛A-FABP基因进行克隆。使用DNAMAN、NCBI等一系列在线软件及工具,对所得到的序列及其编码蛋白质的结构和特性等进行生物信息学分析。【结果】秦川牛A-FABP基因含有15个酶切位点,编码的蛋白分子质量为14.7 ku,二级结构主要以α-螺旋、不规则盘绕和延伸链为结构元件,含132个氨基酸,其中强碱性氨基酸18个,强酸性氨基酸19个,疏水氨基酸45个,不带电荷的极性氨基酸32个;含有6个蛋白激酶C磷酸化位点,1个酪蛋白激酶Ⅱ磷酸化位点,3个肉豆蔻酰基化位点,1个FABP结合域;含有4个Ser、6个Thr和1个Tyres,这11个氨基酸均可能成为蛋白激酶磷酸化位点。【结论】秦川牛A-FABP基因编码的氨基酸序列与人、鸡、小鼠、大鼠、野猪的氨基酸序列同源性分别为84.09%,85.61%,71.97%,88.33%,81.82%,表明在进化关系上,A-FABP氨基酸序列有较好的保守性;此蛋白序列具有脂钙蛋白结合域,没有信号肽;无明显跨膜区,不含有二硫键。     

大鼠MKK3蛋白的生物信息学分析

[目的]对大鼠MKK3蛋白进行生物信息学分析,预测其结构和功能,可以为进一步研究大鼠MKK3蛋白的功能提供试验基础。[方法]利用生物信息学工具对大鼠MKK3蛋白的理化性质、跨膜区域、空间结构、磷酸化位点、相互作用等进行预测。[结果]大鼠MKK3蛋白由347个氨基酸残基组成,等电点为7.05,相对分子质量39.3 k D,在哺乳动物中高度保守。二级结构主要由α-螺旋、β-折叠和无规卷曲构成,结构上含一个S_TKc结构域。MKK3能与多种MAPK、Tab1、Tab2、Traf6等蛋白发生相互作用。[结论]大鼠MKK3蛋白是一种不含信号肽和跨膜区的亲水蛋白,具有激酶活性,可参与p38MAPK信号通路在炎症和肿瘤的发生发展过程中发挥重要作用。该研究为进一步研究大鼠MKK3蛋白的功能提供了试验依据。     

玉米FAD2基因的生物信息学分析

脂肪酸脱氢酶（Fatty acid desaturase, FAD2）是产生不饱和脂肪酸的关键酶,在植物对多种逆境胁迫的响应中发挥重要作用。研究通过生物信息学方法对C-4作物玉米的FAD2基因及其蛋白的结构和功能作以预测和分析。分析结果表明,ZmFAD2基因含有FA-desaturase结构域,表明ZmFAD2蛋白具有脂肪酸去饱和酶的功能。ZmFAD2是定位于内质网的亲水性蛋白,系统进化树表明其与同为C-4植物的高粱和谷子亲缘关系最近。启动子顺式作用元件以及表达特性分析均表明ZmFAD2参与多种逆境胁迫的响应。研究结果为FAD2基因功能的进一步研究奠定了基础,同时为通过分子育种提高作物在逆境胁迫下的抗性提供了理论依据。     

小麦FT基因编码蛋白结构及功能的生物信息学分析

利用生物信息方法分析和预测小麦FT基因编码蛋白的理化性质、结构域、信号肽、跨膜区、亚细胞定位和三级结构,对不同植物FT基因编码蛋白的功能位点、密码子使用偏性和系统发育进行分析。结构表明,小麦FT基因编码177个氨基酸,编码产物为一种亲水性的脂溶性蛋白质,二级结构主要是由β折叠为主,其次分别是α螺旋和β转角,不存在信号肽和跨膜区,主要定位于线粒体中,同源建模的相似度为89.57%,除满天星外,其余植物均具有PEBP蛋白,小麦FT基因对密码子的使用具有较强的偏好性,且不同植物FT基因密码子偏性间的相似关系与系统发育分析得出的亲缘关系具有一致性。说明FT基因在不同植物长期进化过程中具有较强的保守性。     

PRRSV JX0708株结构蛋白基因的克隆及其生物信息学分析

根据GenBank中登录的美洲型PRRSV JXA1株基因组序列设计合成了4对引物,应用RT-PCR技术对PRRSV JX0708株结构蛋白基因进行扩增、克隆和测序,将测序结果应用Blast和DNAStar软件进行分析,并与国内外分离株进行核苷酸序列以及推导的氨基酸序列同源性比较.结果表明:PRRSV JX0708株结构蛋白基因长约3 186bp,分为ORF2、ORF3、ORF4、ORF5、ORF6和ORF7共6个基因区;与国内分离的高致病性PRRSV美洲型毒株HuN、GD、JXA1、LN和普通毒株CH-1a以及经典毒株VR-2332和疫苗毒株pMLV的核苷酸及其推导的氨基酸同源性分别为88.0%～100.0%和83.5%～100.0%;而与欧洲型经典毒株LV和Euro-1的同源性差异显著,其核苷酸和推导的氨基酸同源性分别为64.0%～69.7%和53.3%～79.9%.遗传进化分析表明,PRRSV JX0708株在基因型上属于美洲型,同时美洲型PRRSV的变异存在某种地域和时间跨度上的相关性,但每个结构蛋白基因的变异并不严格遵从这种规律,而有所差异.     

高致病性PRRSV TJ株和致弱毒TJM株Nsp2测序及结构分析

参照GenBank中PRRSV VR-2332株全序列设计特异性引物,扩增高致病性猪繁殖与呼吸综合征病毒(Porcine reproductive and respiratory syndrome virus,PRRSV)TJ株和其致弱毒株TJM株非结构蛋白2(Nonstructure protein 2,Nsp2)编...     

FSH受体基因单核苷酸多态性与卵巢功能

\t\t\t\t\t目的\t\t\t\t\t揭示槟榔江水牛FSHR基因的结构与功能。\t\t\t\t\t\t\t\t\t\t\t\t\t\t\t\t\t\t方法\t\t\t\t\t采用RT-PCR法克隆了槟榔江水牛FSHR基因的编码区全序列,并利用生物信息学方法对其基因编码产物的理化特性、结构及功能进行了初步分析。\t\t\t\t\t\t\t\t\t\t\t\t\t\t\t\t\t\t结果\t\t\t\t\t槟榔江水牛FSHR基因编码区全长为2 088 bp,编码695个氨基酸。氨基酸序列比对显示：槟榔江水牛FSHR与其他哺乳动物的同源性在89.4%以上。槟榔江水牛FSHR蛋白N-端含信号肽和7个跨膜结构,属细胞膜疏水蛋白。该蛋白含有7tmA_FSH-R、LRRNT、LRR重复单元和GnHR_trans等4个保守结构域。槟榔江水牛FSHR二级结构主要由α螺旋和无规则卷曲所构成,分别占41.73%和38.71%。FSHR最有可能在细胞的转运和结合过程中发挥功能作用(概率\t\t\t\t\t\t\t\t\t\t\t\t\t相似文献   

猪繁殖与呼吸综合征病毒FJ04A株的分离及其结构蛋白基因特性分析

从临床表现为繁殖障碍的猪群中分离到一株猪繁殖与呼吸综合征病毒(PRRSV)FJ04A株,用RT-PCR方法进行鉴定,扩增出该分离毒的结构蛋白基因并进行了序列测定.预测其推导的结构蛋白相对分子质量、等电点、抗原位点和糖基化位点等.序列比较结果表明:该分离毒ORFs2-7与美洲型代表株VR2332核苷酸同源性为98.1%-99.5%,氨基酸同源性为96.5%-99.2%;而与欧洲代表株LV的核苷酸同源性为57.3%-63.4%,氨基酸同源性为54.7%-77.6%.表明该分离毒为PRRSV美洲型毒株.     

Genome-wide Analysis of Ovate Family Proteins in Arabidopsis

Arabidopsis thaliana ovate family proteins (AtOFPs) is a newly found plant-specific protein family interacting with TALE (3-aa loop extension homeodomain proteins) homeodomain proteins in Arabidopsis. ...     

猪繁殖与呼吸障碍综合征病毒河南09分离株ORF5基因的克隆及结构分析

参照GenBank上登录的猪繁殖与呼吸障碍综合征病毒(PRRSV)美洲型AF494042株ORF5基因序列,设计1对特异性引物,应用RT-PCR扩增出PRRSV河南09分离株(HN-09)的ORF5基因,经与pGEM-T Easy载体连接后,筛选出阳性重组质粒进行序列测定,并利用DNASTAR软件对序列进行分析.结果表...     

蛋白质结构研究技术的发展

简要介绍了当前蛋白质结构研究技术的发展、主要方向、以及蛋白质研究技术的应用前景     

甘蔗钙依赖蛋白激酶基因克隆与序列分析

[目的]克隆甘蔗钙依赖蛋白激酶基因(ScCDPK1),为其功能解析和育种利用打下基础.[方法]根据甘蔗cDNA文库中的CDPK基因序列信息设计引物,利用RT-PCR克隆ScCDPK1基因,并采用在线生物信息学分析软件对其推导蛋白的理化性质、跨膜结构、信号肽及保守结构域等进行预测分析.[结果]克隆获得的ScCDPK1基因完整编码区大小1650 bp,编码549个氨基酸,相对分子量61.971 kD,等电点(pI)6.78,不稳定指数35.63.同源性和遗传进化树分析结果显示,ScCDPK1基因与小麦TaCPK7基因亲缘关系最近,同源性达88%;ScCDPK1蛋白与其他已知CDPK蛋白一致,具有CDPKs家族特有的4个保守区域(可变区、蛋白激酶区、自抑制区和钙离子结合区),其二级结构主要由α螺旋(42.80%)和无规则卷曲(32.97%)构成;蛋白功能分类预测结果显示,ScCDPK1蛋白是一种阳离子通道蛋白,可能参与植物胁迫应答、信号转导和翻译调控等生物反应.[结论]ScCDPK1基因编码的蛋白与其他已知CDPK蛋白一致,具有CDPKs家族特有的4个保守区域,是一种阳离子通道蛋白.     

猪Musclin基因片段克隆与序列分析

【研究目的】克隆并分析猪musclin基因;【方法】肌肉组织提取总RNA,利用设计的引物进行RT-PCR,PCR产物与pMD19-T连接后转化E.coliDH5α,检测阳性克隆并测序;【结果】克隆的猪musclin基因片段与人、大鼠、小鼠同源性分别为86%、78%、75%,预测的氨基酸序列含有“KKKR”结构和与小鼠ANP、BNP、CNP蛋白的同源性区域;【结论】克隆了猪musclin基因片段并注册GenBank(Ac-cession.EF369511)。     

抗寒蛋白硬脂酰-ACP脱饱和酶的结构与功能预测

采用生物信息学方法对已在GenBank上注册的木薯、木油桐、蓖麻、麻风树、油桐和天山雪莲的△9硬脂酰-ACP脱饱和酶(Stearoyl-ACP desaturase,SAD)核酸序列以及推导的氨基酸序列、组成成分、导肽、跨膜拓扑结构、疏水性、亲水性、蛋白质二级结构与功能域及三维结构进行分析预测和推断.结果表明:木薯、木油桐、蓖麻、麻风树、油桐和天山雪莲的SAD核酸序列以及推导的氨基酸序列、组成成分均比较一致;木薯SAD存在叶绿体转运肽,天山雪莲SAD存在线粒体目标肽,均无跨膜结构;α-螺旋和无规卷曲是该蛋白质二级结构的主要结构元件,β-转角和延伸链散布于整个蛋白质中,只有一个功能结构域位于第66-394氨基酸位点.     

牡丹ACS基因克隆及序列分析

ACC合成酶(ACS)是乙烯生物合成的关键酶。为了明确牡丹ACC合成酶基因的结构,基于报道的牡丹ACScDNA(DQ337250)序列,设计一对特异性PCR扩增引物,以洛阳红牡丹(Paeonia suffuticosa Andr.)新鲜叶片总DNA为模板,用高保真DNA聚合酶KOD-Plus成功地扩增出长度约为2 200bp的PCR产物;用pMD18-T载体对PCR产物进行了克隆,测序结果表明,牡丹ACS基因序列全长2 251bp,含4个外显子和3个内含子,剪接位点均为保守的5′供位GU与3′受位AG模式,4个外显子分别居于1-174、267-398、483-643、1 240-2 251bp;序列已提交至GenBank数据库,其登录号为FJ769773;牡丹ACS蛋白由492个氨基酸组成,与苹果、枇杷、西洋梨、天竺葵等ACS的相似性达74%～76%;生物信息学分析预测牡丹ACS蛋白的分子量为54.9kD,等电点为6.8,是一个定位于细胞质的不稳定的非分泌亲水蛋白。