一种利用碱裂解法快速筛选重组子的方法

根据碱裂解法提取质粒DNA的原理,利用碱裂解法快速筛选到重组子,该方法快迅、准确,可应用于基因克隆中的重组菌落快迅检测。     

一种快速简便高通量筛选重组克隆的方法

介绍了一种极其简单、快速、廉价、可靠的从cDNA文库或者转化平板上高通量筛选重组质粒的方法.将细菌培养液或者转化平板上的单菌落直接用1％SDS一步裂解,琼脂糖凝胶快速电泳,根据DNA迁移速率判断是否重组质粒.裂解上清液可以稀释后直接用作PCR模板,扩增出目的基因.利用这种方法可以在短短的几个小时内完成几百个重组质粒的筛选.     

单菌落PCR在发夹RNA重组克隆鉴定中的应用

以单菌落为模板进行PCR扩增,直接筛选插有发夹RNA(Small hairpin RNA,shRNA)干扰片段的重组阳性克隆。以圆滑单菌落为PCR模板,采用载体通用引物直接扩增目的片段,质粒测序验证PCR结果的正确性。结果表明,在筛选的6个菌落中均扩增出324 bp的目的条带,进一步进行测序分析鉴定,证实了菌落PCR阳性克隆含有发夹RNA干扰片段。单菌落PCR是一种简便、快速、可靠、有效筛选重组阳性克隆的方法。     

苹果山梨醇转运子cDNA的克隆及其序列分析

[目的]为进一步研究糖运输蛋白的功能、作用机理奠定基础。[方法]以嘎啦苹果叶片总RNA为模板,根据报道的山梨醇转运子的保守区设计引物,对山梨醇转运子cDNA片段的PCR扩增,PCR产物的克隆和测序和序列分析。[结果]经RT-PCR获得一条长度为581bp的片段,回收并进行测序,该片断编码181个氨基酸。应用B lastn和B lastx软件,通过与GenBank蛋白数据库比对分析发现其蛋白序列与MdSOT4、MdSOT6、MDSOT1 3种苹果(Malusx domestica)同源性分别为95%、92%、92%;酸樱桃(Prunus cerasus)78%;大豆(Glycinemax)77%;应用SMART软件分析,含有4个AgrB结构域,为一种跨膜蛋白结构。[结论]克隆得到的片段确定为苹果山梨醇转运子基因。     

微量双板荧光法——一种新的病毒克隆的简易方法

本文以网状内皮增生病毒(REV)为模式,建立了一种用间接荧光抗体技术(IFA)检测微量细胞培养中感染细胞内病毒抗原的方法。尤其适用于在细胞培养中生长,但不能产生细胞病变的病毒克隆。此法极大地简化了这类病毒克隆的程序,缩短了时间。在此基础上,用IFA方法在微量培养板上可对这类病毒进行样品检测、毒价测定、中和试验和分泌特异性单克隆抗体的杂交瘤细胞株筛选。这是一种快速而实用的方法,优于常规方法。     

平菇子实体分化发育相关基因片段的克隆

采用RAP－PCR差异显示技术对平菇菌丝体及原基、菇蕾和成熟子实体进行研究，获得了在原基阶段差异表达的3条cDNA片段POD1、POD2与POD3，经过回收、重扩增、克隆与鉴定后进行测序分析，初步的结果表明3条差异片段的长度分别为745bp，482bp和477bp。同时，国际联网检查查明片段POD3为HSP70基因片段。     

家禽MSTN基因转录子的克隆及真核表达

为了确定家禽中MSTN基因转录子的种类、序列及表达差异,对1日龄海兰鸡、白羽鸡和寿光鸡腿肌MSTN基因进行RT-PCR扩增、TA克隆、测序及SDS-PAGE分析。结果表明,海兰鸡、白羽鸡和寿光鸡鸡腿肌中均存在3种不同大小的MSTN cDNA;cMSTN-1由1 128 bp组成,海兰鸡与白羽鸡的cMSTN的序列相同,寿光鸡在第1 115碱基处由G变为A;cMSTN-2由985 bp组成,缺失了cMSTN-1的374～517 bp处序列;海兰鸡和白羽鸡的cMSTN-2与寿光鸡的cMSTN-2相比,均有5处碱基不同,而海兰鸡和白羽鸡只存在2处碱基不同;cMSTN-2在388～390 bp处出现UAA终止密码子;cMSTN-3由754 bp组成,缺失了374～748处的374个核苷酸,在上述三种家禽中cMSTN-3序列相同。转染成纤维细胞48 h后,pEGFP-N1-cMSTN-2表达蛋白质分子质量约为15 ku,而pEGFP-N1-cMSTN-3不表达。这是首次发现三个品种的鸡体内同时存在三种不同大小的MSTN基因转录子,该结果可为进一步确定MSTN基因的作用机理提供试验依据。     

重组牛LAP-CATHL2融合抗菌肽的克隆及原核表达

从牛舌鳞状上皮细胞和股骨骨髓细胞中分别克隆出牛β-防御素LAP和牛CATHL2抗菌肽,然后利用重叠延伸PCR克隆得到重组牛LAP-CATHL2抗菌肽,将其克隆进pGEX-4T-1载体,构建了重组牛LAP-CATHL2抗菌肽的原核表达载体,并转进感受态大肠杆菌BL21进行诱导表达,并加以纯化,得到了重组牛LAP-CATHL2抗菌肽产量是2.83 mg·mL~(-1)培养液。     

用于PCR的大豆DNA快速提取改良方法

大豆DNA的提取是进行大豆分子生物学研究的基础。为了探索方便快捷的适合大豆分子生物学研究的DNA提取方法,在Aljanabi和Martinez 1997年提出的通用DNA快速盐提法的基础上,调整缓冲液中NaCl、Tris-HCl、EDTA浓度,提出一种适合大豆叶片DNA提取的改良盐提方法。该方法具有快速、简易和环境友好的特点。试验表明,该改良方法所提DNA凝胶条带清晰,无拖尾,浓度在1.5397~2.1039μg/L之间,OD260/OD280检测值在1.6913~1.8025之间,所提DNA适用于PCR,PCR结果理想。     

抗稻瘟病菌链霉菌JK-1聚酮合酶合成基因的克隆

利用前人已报道的经典的KA系列、LC系列及MT系列简并引物扩增Streptomyces JK-1基因组DNA,共获得10条目标片段,所有序列的GC含量均在70%左右,具有链霉菌的高GC含量特性。其中片段1与S.coelicolor A3(2)的AL939117.1基因序列在50%可比对序列上有90%的相似性,片段2与S.ambofaciens ATCC 23877的Am238663.1基因序列在95%可比对序列上有81%的相似性,片段10与S.avermitilis MA-4680的BA000030.3基因序列在93%可比对序列上有85%的相似性。其余7条序列与GeneBank数据库中的序列无相似性。分析结果表明,已获得了新的PKS基因的部分片段,这些片段可以作为下一步获得PKS基因全长的有效探针。     

羊流产衣原体的PCR检测方法研究

根据羊流产衣原体16SrRNA基因保守序列,设计合成一对引物,通过优化PCR反应条件,成功地扩增出预期的523bp片段,而沙眼衣原体、大肠杆菌、金黄色葡萄球菌及健康鸡胚的卵黄囊膜均未扩增出相应的片段。敏感性试验表明,该体系可检测到2pg的衣原体DNA。     

运用聚类分析方法挑选PP回归因子

笔者叙述了运用聚类分析方法挑选PP回归因子的指导思想,介绍了聚类分析的具体方法,且提供了一个应用实例。研究结果表明:运用聚类分析方法挑选PP回归因子,可从已有的全部信息中充分提供各方面有用的信息,提高模型的准确程度,大大减少机时数,缩短建模时间。     

一种适宜PCR检测的番茄DNA微量提取方法

通过比较DNA微量提取方法和3种常规提取方法得到的DNA质量和PCR扩增结果,找到一种适用于番茄PCR技术的快速、简单、成本低的DNA提取方法。该方法的材料不用液氮,避免使用酚类、氯仿等有毒试剂,可以单人大批量提取,并在番茄分子标记辅助育种中能稳定而准确的规模化PCR检测。     

一种适于PCR检测病毒诱导基因沉默番茄植株的微量DNA提取方法

【研究目的】为了寻找一种适用于病毒诱导的基因沉默番茄叶片PCR检测的快速、简单、成本低的DNA提取方法。【方法】笔者根据PCR反应的要求,用改良的CTAB法,实现了微量番茄叶片基因组DNA的快速提取。【结果】提取基因组DNA所用的组织量虽少,所得的DNA经过电泳检测虽有降解,但足以用于PCR检测,以其作模板扩增中国番茄黄化曲叶病毒诱导的硫黄素酶(Su)基因沉默植株中病毒组分中的DNAmβ和1.7A,片段大小分别为500bp、1300bp。测序结果证明是相应基因的部分片段。【结论】该方法的材料不需要使用液氮,可以单人大批量提取,并在基因沉默的番茄植株中能稳定而准确的规模化PCR检测。     

一种适用于PCR的土壤微生物DNA的提取方法

[目的]对土壤微生物的DNA进行提取,以建立一种适用于PCR技术分析的土壤微生物DNA的快速提取方法。[方法]采用了2种不同的直接裂解法提取土壤微生物DNA,并用细菌通用引物27F和1492R进行PCR扩增16SrDNA片段。[结果]2种方法提取的土壤微生物总DNA电泳结果显示没有差别,但是只有CTAB、溶菌酶、冻融裂解法提取的总DNA不需要纯化,在增加Mg^2＋用量的条件下,只需用第一轮非特异PCR产物作为模板即可扩增出16SrDNA片段。[结论]CTAB、溶菌酶、冻融裂解法提取土壤DNA,方法操作简单、快捷。同时适用于PCR分析。为土壤微生物群落结构的多样性分析奠定了基础。     

红褐色乌苏里貉与野生型乌苏里貉Agouti基因的克隆及表达水平分析

本试验选取野生型乌苏里貉和红褐色乌苏里貉为研究对象,克隆得到长为395bp的Agouti基因的CDS序列,分析两种貉Agouti基因的多态性及与其它物种的同源性并利用荧光定量PCR技术对Agouti基因在2种毛色貉中的mRNA表达水平进行了分析.结果表明:红褐色乌苏里貉Agouti基因编码序列的在130 bp碱基由G突变为T,导致其编码的氨基酸由色氨酸变为甘氨酸.红褐色乌苏里貉Agouti基因编码序列与犬、家猫、黑猩猩、野猪、马、绵羊的同源性分别为99.49％,87.50％,86.47％,85.71％,85.82％,85.82％.利用SPSS软件进行独立样本t检验,结果表明Agouti基因在2种貉皮肤组织中均可稳定表达,利用F=(1+E)-△△Ct计算可知Agouti基因在红褐色乌苏里貉中的表达量是野生型乌苏里貉的1.09倍,但差异不显著(P＞0.05).     

Cloning and Sequence Analysis of a Novel Cold-Adapted Lipase Gene from Strain lip35 （Pseudomonas sp.）

A combination method of the usual-PCR and reverse-PCR for the cloning of a novel lipase gene directly from the total genomic DNA of strain lip35 （Pseudomonas sp.） is described, whereby a lipase gene （lip） was cloned directly from genomic DNA. The sequence data have been deposited in the GenBank and EMBL data bank with the accession number EU414288. The nucleotide sequence showed a major open reading frame encoding a 59-kDa protein of 566 amino acid residues, which contained a lipase consensus sequence GXSXG. The lipase lip had 74 and 70% homologies with the lipases of an uncultured bacterium and P. fluorescens PfO-1, respectively, but it did not show any overall homology with lipases from other origins. The functional lipase was obtained when the lip gene was expressed in Pichia pastoris GS115.     

沙田柚黄龙病病原β-操纵子DNA片段的克隆与序列分析

采集表现斑驳症状的沙田柚叶片,根据柑桔黄龙病特异保守区域β-操纵子序列设计引物,通过对其病叶脉总DNA进行PCR扩增、扩增产物纯化、与pMD18-T Vector连接、转化大肠杆菌(Escherichia coli)DH 5a菌株、筛选阳性克隆重组子、重组子测序,并将测序结果与柑桔黄龙病病原β-操纵子部分DNA相应序列进行比较.结果表明,引起沙田柚斑驳症状的病原与亚洲柑桔黄龙病原(Liberobacter asiaticum)相应序列的同源率为99%,而与非洲柑桔黄龙病病原的同源率仅为79.9%.因此,从分子水平上证明沙田柚斑驳症状是由黄龙病病原侵染所致,该病原属于亚洲种中的一个成员.