马动脉炎病毒进化分析及DNA条形码的确定

从GenBank数据库下载马动脉炎病毒所有基因组全序列和同属的其他病毒基因组序列,对其进行多重比对,绘制系统进化树,并根据序列比对筛选保守序列作为马动脉炎病毒的DNA条形码。结界发现马动脉炎病毒分为两个分枝,即欧洲型和美洲型,两者同源性在85%以上,而与同属其他病毒同源性低于40%,亲缘关系较远;对马动脉炎病毒基因组序列进行分析,筛选出9条基因序列作为马动脉炎病毒的DNA条形码,可用于马动脉炎病毒的鉴别诊断。     

DNA条形码技术及其在畜牧兽医上的应用

DNA条形码技术是利用生物体基因组DNA中一段短的DNA序列作为物种快速鉴定的遗传标记,建立DNA序列和生物物种之间一一对应的关系检测方法。本文对DNA条形码技术的背景、技术原理进行了介绍,着重综述了其在畜牧兽医上的应用,并对未来的发展进行了展望。     

鉴定气单胞菌DNA条形码的筛选与评价

为筛选合适的DNA条形码对气单胞菌属(Aeromonas)进行鉴定,以33株气单胞菌为材料,选取cpn60、recA和ppsA 3个候选DNA条形码进行PCR扩增及序列分析。以种间和种内遗传距离、序列扩增测序成功率、DNA条形码间隙(DNA barcoding gap)和系统发育树作为评价条形码片段的指标,筛选出该属的DNA条形码。分析表明,cpn60基因的扩增及测序的成功率最高,种内遗传平均距离(0.017)和种间遗传平均距离(0.133)差异显著,且存在较明显的DNA barcoding gap,表明cpn60可作为气单胞菌鉴定的DNA条形码。     

马鼻肺炎病毒的理化及生物学特性的研究

国外于1933年首先发现马鼻肺炎病毒性流产,我国于1980年2月首次分得马鼻肺炎病毒。作为国内第一批分离到的毒株,有必要弄清其理化及生物学特性,并与国外毒株进行比较。本文就所分得的五株毒株进行了某些理化及生物学特性的初步研究,以便为马鼻肺炎病毒的变异和诊断研究提供基础。     

DNA条形码在柞树主要鳞翅目害虫种类鉴定中的应用

鳞翅目昆虫是柞树的重要害虫类群。为了提高柞园鳞翅目害虫早期测报效率和准确度,建立了以线粒体细胞色素C氧化酶亚基Ⅰ基因(COⅠ)为标准基因的DNA条形码物种快速鉴定技术。应用该技术对从柞园采集的11种鳞翅目害虫的卵和蛹基因组DNA样品进行PCR及产物测序,得到了供试鳞翅目昆虫卵和蛹594~708 bp长的DNA条形码标准基因。同一种昆虫卵和蛹的DNA条形码序列存在0~2个碱基差异,序列一致度在99.7%~100%之间。供试鳞翅目昆虫DNA条形码序列碱基A、T、G和C的平均含量分别为30.7%、38.5%、14.9%和15.9%。获得的DNA条形码序列与Gen Bank数据库中同源序列相似度性最高物种的DNA条形码序列一致度在91.4%~100%之间,差异度在0~8.6%之间,其中有10种鳞翅目昆虫的卵和蛹的样品(编号1~20)与Gen Bank数据库中同源序列的一致度在99%~100%之间,差异度为0~1.0%,只有1种鳞翅目昆虫的卵和蛹样品(编号21、22)与Gen Bank数据库中同源序列的差异度较大,为8.6%。结果表明:应用建立的DNA条形码技术,可以根据天幕毛虫等鳞翅目害虫的卵和蛹基因组DNA快速、准确地对害虫进行种类鉴定。     

J亚群禽白血病病毒GDHX01株分离与基因序列分析

为了解胡须鸡中是否存在禽白血病病毒(ALV)感染,从广东某胡须鸡养殖场中无菌采集胡须鸡血样,采用DF-1细胞培养、ELISA抗原检测、PCR扩增等方法,成功分离鉴定出一株J亚群禽白血病病毒(ALV-J),命名为GDHX01株。测序结果显示GDHX01株病毒基因组DNA序列全长为7616 bp,gp85基因全长919 bp。通过与其他禽白血病病毒参考毒株的基因组DNA序列进行比对分析,发现GDHX01与国内外J亚群禽白血病参考毒株同源性85.3%～95.7%之间。进一步比对发现,GDHX01毒株的gp85基因序列与国内外ALV-J参考株CAUGX01的同源性最高为95.8%。结果表明,在胡须鸡群中存在J亚群禽白血病病毒的感染。     

马立克氏病病毒meq基因缺失株细菌人工染色体序列自我敲除的分子鉴定

本试验旨在对缺失meq基因的马立克氏病病毒(MDV)感染性克隆基因组中细菌人工染色体(BAC)序列的自我敲除进行分子鉴定。将含有表达cre重组酶真核表达盒的SC9-1重组质粒通过转染鸡胚成纤维细胞(CEF)拯救SC9-1重组病毒。将SC9-1重组病毒在CEF细胞上进行连续传代培养,利用病毒表达的cre重组酶在传代过程中逐步敲除病毒的BAC序列。分别提取1~10代不同代次SC9-1重组病毒的DNA作为模板,利用BAC序列特异性引物对病毒基因组中的BAC进行PCR检测。利用针对BAC序列gpt基因的特异性检测引物,以MDV保守基因pp38作为内参,对不同代次病毒基因组中BAC序列进行荧光定量PCR的检测。利用PCR扩增SC9-1病毒敲除BAC序列后基因组中残留loxp位点两端序列,通过测序分析进一步验证BAC序列的敲除。利用BAC序列特异性引物对不同代次病毒基因组中BAC序列的检测结果显示,1~5代病毒DNA均能扩增出600 bp的特异性目的条带,证实病毒的基因组中含有BAC序列。6~10代病毒DNA均不能扩增出特异性目的条带,证实病毒基因组中没有BAC序列。荧光定量PCR结果显示,病毒基因组中的BAC序列随着病毒的传代逐渐减少,直至第6代已经完全检测不到BAC序列。在病毒BAC序列敲除的过程中,对每代病毒BAC序列敲除后残留loxp位点序列进行PCR测序鉴定,结果显示BAC序列敲除后基因组中仅留下一个loxp位点,序列同源性均在99.7%以上。结果表明,利用cre/loxp系统将病毒在CEF细胞上连续6代传代培养可将MDV meq基因缺失株SC9-1的BAC序列完全敲除掉,且同源重组酶敲除BAC序列具有高度一致性。     

1株体内低水平复制的牛白血病病毒株的全基因组序列

选取持续血清媒介物、低病毒载量牛白血病病毒（BLV）感染的阿根廷荷斯坦奶牛的外周血单核细胞,接种BLV株后,经体内感染获得羔羊淋巴细胞并提取基因组DNA。以包含完整BLV病毒的DNA序列设计一组重叠引物进行PCR扩增。扩增的BLV ARG 41 DNA产物经克隆、测序,所获序列与其他的BLV序列（包括一株从阿根廷相同种群中获得的体内高复制病毒株BLV ARG 38）进行比对。本研究还对BLV ARG 41推导蛋白的特性及与逆转录病毒PTLV／BLV属其他种群间的关系进行了探讨。     

马鼻肺炎诊断方法研究进展

马鼻肺炎的病原是马疱疹病毒l型和马疱疹病毒4型,属于疱疹病毒目,疱疹病毒科,a疱疹病毒亚科,通常会引起呼吸道疾病和病毒性流产,严重时引发神经性疾病。该病毒在世界范围内流行,对养马业和赛马业的危害很大。本文总结国内外近些年关于马疱疹病毒的病原学和血清学诊断方法的研究成果,了解国际上关于马鼻肺炎检测诊断方法的研究进展,为出入境赛马的马鼻肺炎的检验检疫提供可靠的检测方法。