实时荧光定量PCR检测柞蚕微孢子虫的方法

提高柞蚕微孢子虫检测技术的准确性和灵敏度,对控制柞蚕微孢子虫的胚种传染至关重要。以柞蚕微孢子虫小亚单位核糖体RNA(SSU rRNA)基因为靶基因,建立柞蚕微孢子虫的实时荧光定量PCR检测方法。结果显示:该方法能够特异性检测柞蚕微孢子虫基因组DNA,而对柞蚕基因组DNA无扩增产物。依据标准曲线确定荧光定量PCR的Ct值≤35作为检测的敏感度区间,对柞蚕微孢子虫基因组DNA的最低检出限为0.004 6 ng。应用该方法对100粒柞蚕蛹样本进行检测,共检出54个样本呈柞蚕微孢子虫感染阳性,而采用普通显微镜镜检与采用常规PCR方法检测呈阳性的样本数量分别为2个和34个。应用该方法对生产中的柞蚕种茧和雌蛾进行抽样检测,柞蚕微孢子虫感染阳性检出率显著高于用普通显微镜镜检的阳性检出率(P0.05)。建立的柞蚕微孢子虫实时荧光定量PCR检测方法提高了检测的灵敏度。     

三种马源病原体三重实时荧光定量PCR检测方法的建立

通过时GenBank中马鼻疽伯克霍尔德氏菌(Burkholderia mallei)、亨德拉病毒(Hendra virus,Hev)和西尼罗热病毒(West nile virus,WNV)的主要基因进行分析比较,分别设计合成了引物和TaqMan荧光探针,对反应条件和试剂浓度进行优化,建立了能同时检测这3种病原的三重实时荧光定量PCR方法。本研究建立的三重荧光定量PCR具有良好的特异性、敏感性和重复性,适合于大批量样品的检测,可广泛用于出入境马匹这3种病原体的检疫。     

隐孢子虫和贾第鞭毛虫双重实时荧光PCR检测方法的建立

本研究根据隐孢子虫和贾第鞭毛虫相对保守序列,设计2对引物及其相应的Taqman探针,通过对引物和探针浓度、Taq酶以及反应条件等优化筛选后,建立了能同时检测隐孢子虫和贾第鞭毛虫的双重实时荧光PCR方法。所建立的隐孢子虫和贾第鞭毛虫双重荧光PCR检测方法的灵敏度为10-9,相当于46.1copies/!L,重复性好,特异性佳。本研究建立的双重荧光PCR技术,可以快速、准确地于一管一次反应检测隐孢子虫和贾第鞭毛虫。     

猪瘟病毒实时荧光定量PCR检测方法探讨

本文主要探讨了猪瘟病毒实时荧光定量PCR检测方法,该方法中所采用的依据为CSFVE2基因保守区域序列,所选择的反转录模板为CSFV总RNA.结果表明,在101～106拷贝/μL范围内,本文所提出的CSFV实时荧光定量PCR检测方法具有良好的线性关系,相关系数为0.999,在对猪瘟病毒进行检测的过程中,适用性十分良好.     

隐孢子虫PCR检测中模板DNA提取方法比较

用4种不同方法抽提隐孢子虫卵囊DNA作模板，以1对人工合成的寡聚核苷酸为物进行聚合酶链反应，均能扩增出540bp特异性DNA片段，比较这4种方法的操作过程和卵囊最氏检测量对它们进行综合评价，其中20g/L二硫苏糖醇冻融法最佳，具有敏感，简便，快速等优点。     

实时荧光定量PCR模板核酸提取方法的比较

对病料核酸提取前处理方法进行优化,选择酚/氯仿法、试剂盒提取法和DNA/RNA同提取法,比较提取效果,为实验室核酸提取提供参考。配制模拟样品,通过实时荧光定量PCR比较3种方法提取效果。结果表明,提取纯度为试剂盒提取法酚/氯仿法DNA/RNA同提取法。提取效率为酚/氯仿法DNA/RNA同提取法试剂盒提取法。表明各提取方法效果差异显著(P0.01),为实验室核酸提取提供了参考。     

鹿布鲁氏菌实时荧光定量PCR检测方法的建立

本研究依据布鲁氏菌的特异性基因Omp25c的部分片段作为靶基因,设计探针引物,且优化了反应体系,筛选出引物、探针的最优浓度配比。将扩增产物连接到PGEM-T载体上,制备标准品及标准曲线,建立鹿布鲁氏菌荧光定量PCR检测方法,并对其特异性、稳定性、敏感性进行评价。由标准曲线可知该方法的最低检测浓度可达到36拷贝/μL,比常规PCR灵敏度高出很多。     

家蚕微孢子虫荧光定量PCR检测方法及诊断试剂盒

基于为蚕种生产与流通贸易提供快速、灵敏、准确检测家蚕微孢子虫的方法,以家蚕微孢子虫小亚单位核糖体RNA基因66 bp片段作为靶标,设计特异性引物和TaqMan探针,用构建的重组质粒制备标准品进行荧光定量PCR扩增,通过优化PCR反应体系,测定线性范围,评价方法的特异性、灵敏度和重复性,成功构建了家蚕微孢子虫的荧光定量PCR检测方法,并研制出诊断试剂盒。该方法的检测线性范围为1×108～1×102拷贝/mL的7个线性梯度,检测家蚕微孢子虫的敏感度达1×102拷贝/mL,特异性高,3次重复性检测应用试验的批内变异系数为3.6%～7.2%,批间变异系数为5.2%～7.8%。结果表明,建立的家蚕微孢子虫荧光定量PCR检测方法具有准确、灵敏、快速、特异性强的特点。     

实时荧光定量PCR检测布鲁菌方法的建立

旨在建立实时荧光定量PCR检测布鲁菌的方法。经选取高度保守的具布鲁菌属特异性的BSP31基因设计了一对引物及探针,并采用矩阵法优化反应体系,筛选出引物、探针、dNTP和Mg2+最优浓度配比,同时进行了特异性和灵敏性试验,建立了实时荧光定量PCR检测布鲁菌的方法。该方法可用于对布鲁菌病普查监测及进出境动物及其产品的检验检疫。     

霍乱弧菌实时荧光定量PCR快速检测方法的建立

为建立霍乱弧菌(VC)的快速检测方法,以VC的hlyA基因为靶基因设计合成引物及Taq Man探针建立实时荧光定量PCR快速检测法,同时对该方法进行了特异性、灵敏性、稳定性和重复性试验,并对145份临床样品进行了检测。结果表明:特异性试验中15株试验菌株荧光定量PCR检测只有VC菌株为阳性,表明该检测方法特异性强;灵敏性试验表明该方法的灵敏度为25 cfu/m L;稳定性和重复性试验表明同一样品重复检测4次,Ct值的变异系数均小于2%;对145份临床样品进行检测,共计检出2份VC阳性样品,与行标法(SN/T 2425—2010)检测结果一致。说明该检测方法灵敏度高、特异性强、重复性好,具有良好的实用性。     

羊痘病毒实时荧光定量PCR检测方法的建立

山羊痘和绵羊痘是由羊痘病毒引起的一种急性、热性、接触性传染病。为了更快、更准确的诊断该病,本研究根据Gen Bank已经发表的GTPV和SPPV参考毒株(登录号分别为AY077836和AY077832)A29L基因序列,设计合成了1对特异性引物和2条Taq Man探针,同时制备重组质粒标准品。经过反应条件的优化,建立了羊痘病毒实时荧光定量PCR检测方法,对所建立的实时荧光定量PCR方法反应体系的特异性、灵敏性和重复性进行了评价,并用此方法对19份临床样品进行了检测。结果显示:该诊断方法与4种非羊痘病毒不发生交叉反应,并且山羊痘病毒和绵羊痘病毒之间也不发生交叉反应。该方法的重复性试验变异系数均低于2%,并且双重实时荧光定量PCR最低浓度检测限分别为470和440 fg。对标准阳性模板进行定量检测,生成的标准曲线相关系数分别为0.995和0.997。在检测的临床样品中,GTPV和SPPV阳性分别有14和4份,混合感染有1份。结果表明所建立的方法具有良好的特异性,灵敏性、稳定性,可以对GTPV和SPPV进行准确的定量检测。     

安氏隐孢子虫PCR检测方法的建立

经BLAST检索,以HSP70基因设计一对引物(5'-CAATCGAATTGGATTCTTTGTC-3'和5'-CACCTTCAAAT-ACTTGAATAAGT-3')对奶牛安氏隐孢子虫进行了PCR试验.结果显示所建立的PCR检测方法只能特异扩增隐孢子虫GD株DNA,而对照样本如微小隐孢子虫、弓形虫、圆孢子虫、纤毛虫、肝片吸虫、血矛线虫、莫尼茨绦虫、牛粪便以及大肠杆菌均为阴性;通过对6个浓度梯度的虫体DNA进行PCR反应,结果表明当样本中含有445个隐孢子虫卵囊的DNA时,即可扩增产生清晰可辩的条带.测得该序列长度为494bp,序列分析为牛型C.andersoni.表明该引物能特异扩增C.andersoni,敏感性较高,适合于奶牛安氏隐孢子虫的检测.     

一种塞内卡病毒实时荧光定量PCR检测方法的建立

为建立一种塞内卡病毒实时荧光定量PCR方法,研究针对塞内卡病毒3C基因保守区域设计了一对引物和探针,将3C基因克隆到pCR-4 TOPO载体中,以重组质粒为标准品,通过优化PCR反应条件,建立了一种检测SVA的实时荧光定量PCR方法。结果表明,该检测方法的敏感性达到2.5×10 copies/μL,灵敏度高于普通PCR;与其他相关病毒及细菌均不发生交叉反应,批内和批间试验重复性的变异系数(CV)均小于4%,具有良好的稳定性。研究建立的一种塞内卡病毒实时荧光定量PCR方法可以检测SVA的定性和定量,对SVA快速诊断检测具有重要意义。     

新孢子虫荧光PCR检测方法的研究

根据已知的犬新孢子虫种属特异性基因片段Nc-5基因序列,设计荧光定量PCR引物和荧光探针,经反应条件的优化,建立了检测新孢子虫的荧光定量PCR方法。该方法的检测灵敏度为10拷贝/反应。通过对系列稀释的重组质粒进行重复性检测,Ct值的变异系数为0.50%~1.18%。应用该方法对50份牛全血和8份流产胎儿样本进行检测,有5份全血和1份流产胎儿样本为阳性,阳性检出率均为10.3%,比普通PCR方法阳性检出率（7%）高。且具有较好的特异性和可重复性,可用来对新孢子虫病快速准确检测。     

实时荧光定量PCR检测猪细小病毒

根据已报道的猪细小病毒基因组序列,设计并合成了引物和探针,从猪细小病毒(PPV)感染的细胞中提取DNA,经PCR扩增,产物纯化后与pGEM-T-easy连接,转化大肠杆菌JM109,筛选后得到重组标准品质粒,对重组标准品质粒进行PCR和测序鉴定,表明目的片段已经成功克隆.将104～108拷贝反应的重组标准品质粒进行荧光定量PCR,系统自动分析软件显示Ct值与标准品浓度的对数之间存在良好的线性关系.动力学曲线分析表明,在该反应体系和反应条件下,标准曲线的灵敏度为102拷贝.本方法的建立为猪细小病毒感染的早期诊断奠定了基础.     

非洲猪瘟病毒实时荧光定量PCR检测方法的建立

非洲猪瘟病毒p54蛋白在病毒感染与增殖过程中起重要作用.根据p54基因的核苷酸序列,设计并合成引物和用6-carboxy-fluorescein (6-FAM) 和tetramethyl-6-carboxyrhodamine (TAMRA) 荧光素标记Taq Man双水解探针,以构建的含p54基因的pET-p54重组质粒作为阳性模板,建立了ASFV检测的荧光定量PCR方法(已申请专利,专利号200910067620.6).结果表明,所建立的方法与含p54基因的模板质粒数呈现很好的相关性(R2=0.991),可检测出低于15个拷贝/μL的样品,灵敏度和特异性高,可作为出入境检验检疫部门对非洲猪瘟病毒的快速检测方法.     

犬圆环病毒实时荧光定量PCR检测方法的建立

犬圆环病毒(DogCV)是圆环病毒科新发现的圆环病毒,旨在建立犬圆环病毒实时荧光定量PCR检测方法。试验用PCR方法克隆犬圆环病毒ORF2基因保守区域,构建标准阳性质粒pClon007-ORF2。以标准阳性质粒pClon007-ORF2为模板对荧光定量PCR反应体系进行优化。结果表明,所建立的方法 Ct值与标准品在4.67×10~9 copies/μL~4.67×10~3 copies/μL范围内呈良好的线性关系,相关系数为0.998,斜率为-3.445。该方法检测灵敏度为4.67×10~1copies/μL。该方法对狂犬病病毒、犬细小病毒、犬瘟热病毒、犬副流感病毒、犬腺病毒2型等犬常见病原的检测均无交叉反应;所有稀释度标准品模板均在83.35℃出现窄的特异性熔解峰。临床样品检测表明,所建立的实时荧光定量PCR对犬圆环病毒的阳性检测率为12.50%(4/32)。     

实时荧光定量PCR检测鸡生长激素基因方法的建立

本研究旨在建立定量分析鸡生长激素(Growth hormone,GH)基因mRNA表达水平的实时荧光定量PCR方法,为鸡GH基因mRNA表达水平的定量分析及探讨其与马立克氏病遗传抗性间关系奠定基础。根据GenBank数据库中鸡的GH基因序列,使用Oligo7软件在该基因保守区域设计合成一对引物并扩增GH基因片段,经回收纯化后连接到pGM-T载体,成功构建了含有GH基因片段的pGM-T-GH标准质粒。在此基础上,通过SYBR GreenⅠ染料法建立了pGM-T-GH重组质粒的实时荧光定量PCR标准曲线及其回归方程,成功建立了实时荧光定量PCR检测鸡GH基因的方法。     

牛支原体TaqMan实时荧光定量PCR检测方法的建立

本研究旨在建立一种快速检测牛支原体(Mycoplasma bovis)的实时荧光定量PCR检测方法。根据GenBank中收录的牛支原体OPPD/F基因序列(登录号:AF130119),利用Primer 5.0软件设计特异性引物与TaqMan探针,以重组质粒作为绝对定量模板,构建检测牛支原体的TaqMan实时荧光定量PCR检测方法。结果显示该检测方法线性关系良好,标准曲线的相关系数R2=0.994,扩增效率E=1.280。荧光定量PCR法检测的敏感性是常规PCR的10倍;特异性良好,检测9种相关细菌和病毒均为阴性;重复性好,组内及组间样本检测Ct值均小于2%。牛支原体TaqMan实时荧光定量PCR检测方法较之于常规PCR方法有快速、特异性强、敏感性高、稳定性好的优点。