2011年猪流行性腹泻病毒的遗传变异分析

为分析猪流行性腹泻病毒(PEDV)的遗传变异情况,本研究设计合成2对扩增S1基因的引物,利用套式RT-PCR方法,对2011年分离的17个PEDV S1基因进行扩增、克隆和序列测定;并将其进行比对和遗传演化分析。结果表明:17个PEDV S1基因序列与参考病毒株S1基因核苷酸序列同源性为90.54%～99.96%,与经典病毒株CV777相比,其中有6个S1基因在453 bp～454 bp处存在3个核苷酸的缺失;一个在453 bp～454 bp处缺失6个核苷酸;其它10个S1基因在173 bp～186 bp之间存在12个核苷酸的插入,413 bp～417 bp之间有3个核苷酸的插入,467 bp～468 bp处缺失6个核苷酸,插入和缺失位点与韩国病毒株KNU-0901、KNU-0905、KNU-0801相似。S1基因系统进化树分析表明,PEDV S1基因分为3群,其中7个S1基因属于PEDVⅠ群,另外10个属于PEDVⅢ群。     

2020-2021年新疆地区猪流行性腹泻病毒S基因遗传变异分析

为了解新疆地区猪流行性腹泻病毒(PEDV)的遗传变异情况,于2020-2021年从新疆地区规模化猪场采集到326份临床仔猪腹泻病料和肠组织,利用RT-PCR方法对PEDV进行检测,选取部分PEDV阳性样品进行S基因全序列的克隆和测序,并对其序列、遗传进化和抗原表位进行分析。结果显示,326份样品中共有152份样品为PEDV阳性,阳性率为46.6%。选取的11份阳性样品中的PEDV S基因核苷酸(氨基酸)同源性为99.0%～100%(98.2%～99.9%),与GenBank中登录的PEDV参考毒株核苷酸(氨基酸)同源性为92.6%～98.0%(91.2%～97.7%),与经典株CV777核苷酸(氨基酸)同源性为93.1%～93.4%(92.3%～92.7%)。遗传进化分析显示,11份阳性样品均位于GIIa亚群,与中国疫苗株CV777处于不同的分群,说明新疆部分地区PEDV流行株与疫苗毒株CV777亲缘关系较远。序列比对结果显示,11份阳性样品中的PEDV S蛋白均存在氨基酸的插入和缺失,中和表位的COE区域变异较大,这可能会降低常规疫苗的免疫保护作用。结果表明,从分子水平明确了2020...     

猪流行性腹泻病毒S蛋白原核表达及其单克隆抗体制备

本研究以猪流行性腹泻病毒(PEDV)全基因组为模板,利用RT-PCR方法扩增PEDV S基因的亲水区,将其克隆至pMAl-c2E原核表达载体,获得重组质粒pMAl-c2E-PEDV-S。经EcoRⅠ/SalⅠ双酶切测序鉴定后,转化BL21菌,经IPTG诱导,成功表达了约74 kDa的重组蛋白MBP-PEDV-S,亲和层析法纯化重组蛋白。将重组蛋白免疫3只健康的6～8周龄雌性BALB/c小鼠,将小鼠脾脏B淋巴细胞与SP2/0瘤细胞融合,采用间接ELISA方法筛选阳性杂交瘤细胞株,获得了4株能稳定分泌抗PEDV S蛋白抗体的杂交瘤细胞株1B11、1B10、1C8、3L3,其腹水效价都高于1∶100 000。获得的4株单克隆抗体与PEDV经IFA和Western blot检测,结果显示均具有良好的反应性。而且3株单克隆抗体重链为IgG2a,1株重链为IgG2b;3株轻链为Kappa,1株轻链为Lambda。本研究表达了PEDV S蛋白并制备了单克隆抗体,为研究S蛋白的结构和功能提供了条件,为揭示PEDV致病机制奠定了基础。     

2020—2021年中国部分地区猪流行性腹泻病毒S1基因遗传变异分析

【目的】了解2020―2021年猪流行性腹泻病毒(Porcine epidemic diarrhea virus, PEDV)的流行情况和遗传变异情况。【方法】本研究对中国部分地区73个猪场的525份样本进行RT-PCR检测,对检测为阳性的样本进行PEDV S1基因扩增与测序,并进行流行病学统计分析,使用DNAStar软件进行核苷酸相似性分析和氨基酸位点变异分析,利用Mega 6.06软件对PEDV S1基因进行遗传进化分析,对疑似重组的序列使用RDP4软件进行S1基因重组分析。【结果】在2020—2021年的525份临床样本中PEDV检出阳性率为26.29%(138/525)。流行病学统计分析显示,冬季属于PEDV高发季节,1日龄仔猪感染率最高,为42.75%(59/183),并在中国6个地区大范围流行。S1基因遗传进化分析显示,138株PEDV S1基因序列主要位于两个分支,131株毒株属于G2群,其中126株属于G2a亚群,与HBXY2、SNJ-P在同一亚群,5株属于G2b亚群,与AJ1102、LW/L、S14在同一亚群;其余7株毒株位于G1群和G2群之间,形成一个独立分支。经重...     

2014—2015年我国部分省份猪流行性腹泻病毒S基因的遗传变异分析

2010年以来,猪流行性腹泻肆虐我国的养猪业,给养猪业造成了严重的经济损失。为分析PEDV在我国最新的遗传变异情况,本试验对2014—2015年在7个省份分离的9株PEDV毒株的S基因进行克隆和测序,并将其分别与疫苗株、中国2010年前经典毒株、中国2010—2013年出现的毒株及韩国、美国近年来毒株进行S基因序列比对、分析。结果发现:9株PEDV S基因核苷酸同源性为98.4%~99.5%;与疫苗株和中国2010年前经典毒株相比核苷酸同源性为93.4%~96.2%;与中国、韩国、美国近年来暴发的毒株相比核苷酸同源性为97.4%~99.2%。遗传进化树显示:我国常用的疫苗毒株CV777处于G1组,这9株毒株S基因均位于G2组,说明我国当前流行毒株与疫苗株和早期经典毒株的亲缘性相去较远。序列比对表明现阶段PEDV S基因已发生较大变异,存在高度相似的缺失,插入和变异,且在中和表位区域存在多处变异,可能降低常规疫苗的免疫保护作用。     

我国华东地区猪流行性腹泻病毒ORF3基因的遗传变异分析

为了确定猪流行性腹泻病毒的流行特点及变异规律,本研究对我国华东地区分离到的14株PEDV的ORF3基因进行了克隆和序列测定,并与国内外代表毒株的ORF3基因进行了比较分析。结果表明:我国华东地区检测的PEDV流行毒株的ORF3基因之间的同源性为92.4%~100%,与经典毒株CV777同源性为92.0%~96.4%,与PEDV变异株的同源性为95.1%~100%。根据ORF3基因的遗传进化分析,分离的14个PEDV毒株与CV777的遗传进化距离较远,与PEDV变异株的遗传进化距离较近,表明我国PEDV流行毒株以变异株为主,较以往的疫苗株CV777发生了较大的变异,因此需要开发新的疫苗,制定更具针对性的防控措施。     

2018-2020年中国部分省市猪流行性腹泻病毒S1基因的监测及遗传变异分析

【目的】 调查中国规模化猪场猪流行性腹泻病毒(Porcine epidemic diarrhea virus,PEDV)的流行情况。【方法】 利用RT-PCR检测方法对2018-2020年采集于全国11个省市318个规模化猪场的2 391份样品进行PEDV核酸检测,对30份阳性样品进行S1全基因扩增与测序,并利用MegAlign、Mega 7.0等软件进行分析。【结果】 2018-2020年,猪场PEDV核酸阳性率分别为48.57%、10.96%和4.72%,样品PEDV核酸阳性率分别为28.97%、8.27%和7.50%,猪场和样品PEDV核酸阳性率呈现逐年下降的趋势。S1基因相似性分析显示,获得的30株毒株全部为GⅡ基因型,其中17株毒株为GⅡa基因亚型、5株毒株为GⅡb亚型、8株毒株为GⅡc亚型,GⅡa基因亚型毒株为2018-2020年流行的主要毒株类型;30株毒株S1基因序列之间核苷酸相似性为93.0%~99.5%, 氨基酸相似性为91.7%~100%,其中22株毒株与2017-2018年流行的GⅡ基因型毒株相比S1氨基酸序列表现出特征性插入和缺失。【结论】 本研究结果为监测和分析中国PEDV的变异和演化提供了临床数据,为猪流行性腹泻防控和疫苗研制提供了参考。     

猪流行性腹泻病毒TaqMan检测方法的建立及基于S基因的遗传变异分析

旨在建立一种能快速、高效且灵敏的检测出猪流行性腹泻病毒（PEDV）的通用型TaqMan qPCR检测方法,并进一步了解河北省PEDV的遗传变异情况。本研究参考PEDV变异株AJ1102的M基因的保守区域设计特异性引物及探针,对引物浓度、退火温度等条件进行优化,建立了一种应用于猪场筛查PEDV的qPCR方法,并对筛查出的阳性样品S基因扩增测序后进行遗传进化分析。结果显示：该方法的特异性强,与猪圆环病毒2型（PCV2）、猪瘟病毒（CSFV）及传染型胃肠炎病毒（TGEV）等猪病常见病原均无交叉反应;建立的检测方法对pMD19T-PEDV标准品的最低检测下限为1.09×10¹拷贝·μL^-1,比普通PCR灵敏约100倍,敏感性高;组内和组间的变异系数均小于1%,重复性良好。基于S全基因成功克隆出的9条序列分布于GⅡ的两个亚群,克隆的9条序列的核苷酸相似性为96.6%～99.1%;氨基酸的相似性为94.6%～98.7%。结果表明：本研究得到的PEDV流行株与近年来国内分离株的关系较为密切,而与中国目前使用的疫苗株以及欧洲株亲缘关系较远,这表明河北部分地区PEDV当前流行毒株比较复杂且有变异的趋势,提示持续检测PEDV流行毒株变异动态的必要性。本研究不仅为PEDV的临床诊断提供了技术支持,更为进一步掌握PEDV遗传进化规律提供了参考依据。     

2016年～2022年福建地区猪流行性腹泻病毒S基因的遗传变异分析

为了解2016年～2022年福建地区猪流行性腹泻病毒(PEDV)流行现状及遗传变异情况,本研究对从福建地区采集的231份疑似猪流行性腹泻(PED)发病仔猪病料样品经RT-PCR进行PEDV的检测,选取不同地区22份PEDV阳性样品经PCR扩增S基因并测序,采用MegAlign分析PEDV S基因及其编码氨基酸序列的相似性,采用MEGA7.0软件构建其系统发育树,采用MegAlign分析S基因编码氨基酸序列的分子特征,分别利用RDP4、SimPlot、MEGA7.0软件进行S基因的重组分析,并利用BEAST软件进行该基因分歧时间估算。结果显示,福建地区PEDV总阳性率为51.51%(119/231),福建5个不同地区PEDV阳性率为40.00%～63.16%。从22份PEDV阳性样品中获得19条PEDV S基因序列,全长4149 bp～4161 bp,共编码1382 aa～1386 aa,19株PEDV S基因序列及其编码氨基酸序列之间相似性分别为94.4%～100%和93.8%～100%。19株PEDV S基因系统发育分析结果显示,其中18株PEDV属于GIIb亚型,1株属于GIb亚型...     

猪流行性腹泻病毒S蛋白中和表位区单克隆抗体的制备与鉴定

以纯化的猪流行性腹泻病毒(Porcine epidemic diarrhea virus,PEDV)S蛋白中和表位(SID)重组蛋白为抗原免疫BALB/c小鼠,利用淋巴细胞杂交瘤技术获得了6株稳定分泌抗SID区特异性的单克隆抗体细胞株,分别命名为2C4、3G3、5F8、3G5、6E6和3C3。6株杂交瘤细胞诱生小鼠产生的腹水抗体效价分别为1∶51200、1∶6400、1∶12800、1∶6400、1∶51200和1∶25600。免疫球蛋白类型均为IgG1型,轻链均为Κ链。Western blot试验结果显示,6株单克隆抗体均能特异性地识别天然PEDV中的S蛋白。     

5株猪流行性腹泻病毒流行株的遗传变异分析

为了解当前猪流行性腹泻流行情况,对4个地区疑似PEDV S1、ORF3基因进行RT-PCR扩增,并对5株PEDV流行株进行核苷酸同源性及遗传进化分析。S1基因核苷酸同源性比较与进化分析显示,5株PEDV流行株与意大利Italy/69979-25株、美国OH851株、我国主要变异株W-pintung-52株、AH2012、JXGZ2013等位于同一进化分支,其核苷酸同源性达98%以上。ORF3基因核苷酸同源性比较与进化分析发现,5株PEDV流行株均属于野毒株,与Tottori/JPN/2014变异株亲缘关系较近,其核苷酸同源性高达98.8%～100%。提示当前猪流行性腹泻病毒仍以变异株为主。     

2012-2014年我国南方地区猪流行性腹泻病毒遗传进化分析

为分析猪流行性腹泻病毒(PEDV)的遗传变异情况,本试验对2012-2014年我国南方地区7个省市17份PEDV阳性样品的S基因主要的中和表位区(COE)序列进行了RT-PCR扩增、克隆和测序,并与国内外的代表性毒株进行序列比对和遗传进化分析,结果表明,本研究中的17株:PEDV毒株COE中有16株属于第1大群,而GD/FSss/2014属于第Ⅱ大群,所有COE的核苷酸和氨基酸同源性分别为92.9%~99.8%和88.6%~100%,它们与经典毒株CV777的核苷酸和氨基酸同源性分别为93.3%~99.5%和90%~98.6%,与疫苗株CV777 Vaccine的核苷酸和氨基酸同源性分别为95%~97.1%和92.9%~97.9%。COE的氨基酸序列发生了不同程度的点突变,为PEDV遗传进化分析和疫病防制提供了新的参考。     

新疆石河子部分地区猪流行性腹泻病毒遗传变异分析

为分析猪流行性腹泻病毒(PEDV)遗传变异情况,从石河子的3个地区已确诊PED猪场采集病料,分别获得了3株PEDV S基因序列和ORF3基因序列,将其进行序列比对及遗传进化分析。根据3株S基因序列分析表明,XJ-SHZ148、XJ-SHZ146株与韩国QIAP1401株(KX793713)序列相似性最高,达到97.4%和98.7%;XJ-SW株与广东GD-03 2012株(KP870115)序列相似性最高,达到98.5%。3个分离株与PEDV疫苗株AF353511(CV777)性序列相似性分别为94.5%、94.2%和94.1%。系统进化分析表明,XJ-SHZ148、XJ-SHZ146与韩国的KPV1406(KM108353))、QIAP1401(KX793713))同为一群。XJ-SW株与广东GD/03/2012((KP870115))、GD/2011株(KP870115)同为一群;3株PEDV ORF3基因序列与疫苗株(CV777)序列比对多个位点存在突变,序列相似性较低。     

猪流行性腹泻病毒M蛋白单克隆抗体的制备及鉴定

为制备猪流行性腹泻病毒(PEDV)抗M蛋白单克隆抗体(MAb),本研究以截短表达的His-M重组蛋白免疫BALB/c小鼠;以截短表达的GST-M重组蛋白作为包被抗原,采用常规的淋巴细胞杂交瘤技术制备杂交瘤细胞,通过间接ELISA进行筛选,得到一株稳定分泌抗M蛋白MAb.MAb亚类鉴定为IgG2b型,轻链为к链,杂交瘤细胞培养上清和诱导的小鼠腹水抗体效价分别为1:3000和1:2×105.Western blot试验表明该MAb能够识别重组及天然的PEDV M蛋白.间接免疫荧光试验表明该MAb能够与PEDV感染的Vero E6细胞产生特异性免疫荧光.     

2011—2012年四川省猪流行性腹泻病毒的遗传变异分析

为分析猪流行性腹泻病毒(PEDV)的遗传变异情况,本试验从四川省11个市19个不同地区发生仔猪腹泻疾病的猪场采集的病料中分别扩增到8个PEDV(SC-8)ORF3和部分S基因序列,将其进行比对和遗传演化分析。结果显示,SC-8的ORF3基因包含674~676个碱基,编码224个氨基酸,与GenBank中登录的国内外地方流行株的核苷酸序列同源性为95.7%~99.9%,氨基酸序列同源性为98.2%~100%,与标准毒株CV777相比,核苷酸序列和氨基酸序列除存在点突变现象外,部分序列还存在核苷酸的插入和缺失性突变;部分S基因扩增长度为981bp,编码327个氨基酸,与国内外参考毒株的核苷酸序列同源性为93.2%~99.5%,氨基酸序列同源性为93.5%~100%,与标准毒株CV777相比,四川-绵阳(SCMY)分离株在92~93nt之间存在1个核苷酸插入,在2~29aa之间也有18个氨基酸发生了突变;系统进化树分析表明,8株PEDV ORF3基因均与野毒株亲缘关系较近,而与弱毒疫苗株亲缘关系较远;SC-8的部分S基因均与国内地方流行毒株亲缘关系较近,而与国外分离株的亲缘关系较远。     

河南省2014-2015年猪流行性腹泻病毒流行株遗传进化分析

为监测和探究河南省猪流行性腹泻病毒(porcine epidemic diarrhea virus,PEDV)流行株变异情况,本试验对15株2014-2015年间河南省PEDV流行株S基因进行克隆及全序列测定,与河南省2011-2013年流行株以及国内、外代表毒株进行同源性及遗传变异分析,并对这些毒株S基因的N-糖基化位点及跨膜螺旋区域进行预测。结果表明:本试验得到的15株毒株之间S基因核苷酸同源性为97.0%~99.8%,氨基酸同源性为97.0%~99.5%;与2011-2013年河南流行株核苷酸同源性为97.1%~99.0%,氨基酸同源性为97.2%~98.8%,与其他地区流行毒株核苷酸同源性为92.2%~99.0%,氨基酸同源性为91.9%~99.0%;与经典毒株相比,S1区域N端存在15bp的插入和6bp的缺失,核苷酸同源性为91.7%~93.6%,氨基酸同源性为92.0%~93.6%。系统发育建树结果显示目前的流行毒株与经典毒株处于不同的2个群,流行毒株分处不同亚群。对N-糖基化位点及跨膜螺旋区域的预测得知2014-2015年河南省PEDV与经典株相比出现变异,与2010年暴发时相比存在部分突变,毒株之间存在部分差异,研制出有效的针对流行毒的疫苗依然是目前防控该病的重中之重。     

Genetic variation analyses of porcine epidemic diarrhea virus isolated in mid-eastern China from 2011 to 2013

Porcine diarrhea outbreaks caused by porcine epidemic diarrhea virus (PEDV) has occurred in China with significant losses of piglets since 2010. In this study, the complete S and ORF3 genes of 15 field PEDV isolates in mid-eastern China from 2011 to 2013 were detected and compared with other reference strains. Based on S gene, all of the PEDV strains could be assigned to 3 genogroups. Only 1 isolate, {"type":"entrez-nucleotide","attrs":{"text":"JS120103","term_id":"364436861","term_text":"JS120103"}}JS120103, belonged to genogroup 1 and showed a close relationship with previous Chinese strains DX and JS-2004-2, European strain CV777, and Korean strain DR13. The other 14 isolates belonged to genogroup 3 and showed a close relationship with other Chinese strains isolated after 2010. The S genes of those isolates were 9 nucleotides longer in length than {"type":"entrez-nucleotide","attrs":{"text":"JS120103","term_id":"364436861","term_text":"JS120103"}}JS120103 and the other reference strains in genogroup 1, with 15 bp insertion and 6 bp deletion. Homology analyses revealed that all of the Chinese field isolates, except {"type":"entrez-nucleotide","attrs":{"text":"JS120103","term_id":"364436861","term_text":"JS120103"}}JS120103, are 97.6% to 100% (95.8% to 100%) identical in nucleotide (deduced amino acid) sequence to each other. Meanwhile, based on the ORF3 gene, all of the PEDV isolates could be separated into 3 genogroups. Eleven of the 15 field isolates in this study belonged to genogroup 3 and were 95.8% to 100% identical in nucleotide sequence or 95.6% to 100% in deduced amino acid sequence to each other. Our results indicate that the variant PEDV strain spread wildly in mid-eastern China. This will be useful to take into consideration in the control and prevention of this disease.     

猪流行性腹泻病毒CH/S株N蛋白基因的遗传变异及其原核表达

应用RT-PCR和nested-PCR方法扩增得到含猪流行性腹泻病毒CH/S株N蛋白基因的目的片段,并将其进行了克隆、序列测定及分析。CH/S株N蛋白基因含有一个长1326bp的ORF,编码由441个氨基酸残基组成的多肽,未发现碱基的插入和缺失。CH/S与CV777、Chinju99、JS-2004-2和LJB/03N蛋白基因ORF的序列同源性分别为97.1%、96.8%、96.7%和96.5%;推导的氨基酸序列的同源性分别为97.7%、97.1%、97.1%和96.8%。以阳性质粒为模板,用分别含有BamHⅠ和XhoⅠ酶切位点的上、下游引物扩增得到ORF,其PCR产物经BamHⅠ和XhoⅠ双酶切后定向克隆到pET-30a载体,构建的重组质粒命名为pET-30a-PN;将pET-30a-PN转化到大肠杆菌BL21(DE3)中,在IPTG诱导下进行表达;SDS-PAGE结果表明表达出与预期大小相符的约54.4Ku的重组蛋白,重组蛋白以包涵体形式存在;薄层扫描结果表明表达产物占菌体总蛋白的30.5%;Western blot分析表明表达的重组蛋白能与抗PEDV高免血清反应,说明该重组蛋白具有免疫学活性。     

抗猪流行性腹泻病毒纳米单链抗体CNC-CBD-scFv的制备及鉴定

为防治猪流行性腹泻病毒(porcine epidemic diarrhea virus,PEDV),本文制备纳米化抗PEDV单链抗体(single-chain fragment,scFv)并验证其生物学特性。通过PCR方法扩增含有纤维素结合结构域(cellulose binding domain,CBD)的单链抗体基因CBD-scFv,构建抗PEDV的原核重组表达载体pET19b-CBD-scFv,鉴定正确后进行蛋白表达与鉴定。经硫酸水解法制备纳米纤维素(cellulose nanocrystal,CNC)后,将纯化复性后的CBD-scFv蛋白与CNC孵育结合得到纳米抗体CNC-CBD-scFv,通过SDS-PAGE和透射电镜鉴定复合物的结合效果。SDS-PAGE与Western blot结果表明抗体蛋白CBD-scFv正确表达;制备的纳米纤维素粒度均达到纳米材料级别;CNC与CBD-scFv结合后SDS-PAGE与透射电镜结果说明CNC与CBD-scFv在室温条件下可高效结合。本试验在高效表达合成复合纳米抗体材料的同时为PEDV的防治及应用奠定了一定的试验基础。