嗜水气单胞菌Ⅲ型分泌系统ascV全长基因的克隆及其在不同菌株中的分布

根据已发表的嗜水气单胞菌Ⅲ型分泌系统（TTSS）的ascV基因保守区核苷酸序列设计合成1对引物,以国内疫苗菌株J-1的基因组为模板,通过PCR扩增得到331bp保守基因片段,将目的片段进行测序。在此基础上,分4段克隆J-1株的Ⅱscv基因并进一步拼接,全长为2166bp,同时PCR检测ascV基因在66株嗜水气单胞菌中的分布情况。测序分析发现,扩增出的J-1株ascV全长基因与嗜水气单胞菌AH-1、SSU、AH-3的同源性分别为97％、86％、86％,与杀鲑气单胞菌杀鲑亚种A449的同源性为86％,与温和气单胞菌的同源性为87％。PCR检测表明,64株能扩增出n5fV基因的目的片段,包括2株无毒菌株,而在2株有毒菌株中却未能检测到,说明TTSS在嗜水气单胞菌致病机制上的作用值得进一步探讨。     

嗜水气单胞菌Ⅲ型分泌系统AopN蛋白原核表达及鉴定

根据GenBank上登陆的嗜水气单胞菌AH-1株Ⅲ型分泌系统aopN基因序列,设计1对特异性引物,以J-1株的基因组为模板,PCR扩增得到aopN基因,连入pET-32a(+),转化至大肠杆菌表达,同时PCR检测aopN基因在66株嗜水气单胞菌中的分布情况。aopN基因测序分析发现,片段长度为874 bp,与嗜水气单胞菌AH-1、SSU、AH-3的同源性分别为97%、81%、82%,与杀鲑气单胞菌杀鲑亚种A449的同源性为81%,与温和气单胞菌的同源性为82%。PCR检测结果表明,57株能检测到aopN基因的目的片段。SDS-PAGE分析表明重组蛋白分子量为54.5ku,用兔抗J-1株的全菌抗血清进行Western blot分析表明,该蛋白具有较好的免疫反应性。由于多数菌株都含有aopN基因,提示AopN可能是嗜水气单胞菌的共同保护性抗原。     

家蚕核型多角体病毒CQ1分离株与T3株的单核苷酸多态性分析（英文）

依据基因组中的单核苷酸多态性(SNPs)位点对不同来源家蚕核型多角体病毒(Bm NPV)进行地理株系溯源,有利于Bm NPV的分子流行病学研究以及对病害流行的预防性控制。采用霰弹法对Bm NPV重庆分离株CQ1进行全基因组测序,获得了1 052条reads序列,测序深度为3.5倍,覆盖基因组95%以上的区域。采用生物信息学方法,将这些序列与Bm NPV日本分离株T3的基因组序列进行比对分析,在2个株系间共鉴定获得400个候选SNPs。与T3株基因组唯一位点匹配的386个SNPs中,有77%的SNPs属于转换,23%的SNPs属于颠换;15个SNPs位于基因间区,其余都分布在基因编码区;115个非同义SNPs(c SNPs)分布于67个基因的编码序列中,其中11个基因有至少3个非同义SNPs,例如CQ1分离株的非必需基因orf74有5个非同义SNPs。结构预测显示,CQ1分离株的几丁质酶基因中3个非同义SNPs引起变化的氨基酸位点均位于几丁质酶的三维结构表面。研究结果表明,Bm NPV CQ1和Bm NPV T3株系之间存在丰富的单核苷酸多态性。     

简化基因组测序在安格斯牛繁殖性状候选基因筛选中的应用研究

为了确定与安格斯牛繁殖性状相关的遗传标记和功能基因,试验采用简化基因组测序(dd-RAD)技术对安格斯牛繁殖相关基因进行研究,与初配月龄(AFS)、初产日龄(AFC)和产犊间隔(CI)等性状进行全基因组关联分析。结果表明：共检测到314 718个SNPs位点,与AFS和AFC性状显著关联的SNPs位点各27个,两性状相同候选基因为16个;与CI性状显著关联的SNPs位点和候选基因各3个。GO功能注释分析发现位于6,24,15,10号染色体的SLIT2、LAMA3、TEAD1和MCC基因为AFS和AFC性状的共同关键候选基因,5号染色体的KCNC2基因为CI性状的关键候选基因。说明筛选到的SLIT2、LAMA3、TEAD1、MCC和KCNC2基因可能是安格斯牛繁殖性状选育的分子标记。     

基于全基因组重测序分析阿拉善双峰驼生物学特性

此试验旨在通过研究阿拉善双峰驼基因组遗传变异信息,找到与其生物学特性相关的候选基因,以期对阿拉善双峰驼分子特征做出评价,并为双峰驼重要经济性状的功能基因定位提供基础数据。提取12头双峰驼基因组总DNA,制备基因组文库,经Illumina HiSeq~(TM)平台测序,利用生物信息学手段对重测序数据进行分析,对识别的SNPs和InDels进行注释。结果:共计得到367.98 Gb序列数据,平均测序深度15×,测序得到2 453 332 756个reads,比对到参考基因组的reads为2 003 009 380,匹配率为81.65%;共确定了6 759 037 SNPs和976 715 InDels,共计注释15 037个基因。其中与耐热性相关的候选基因是HSF1、HSPA9、HSPA4;与胰岛素相关的候选基因是EEF1A1、EEF1A12、GSK3A、GSK3B、PDX1、PAX6、PPARs和IRSs;与高血压相关的候选基因是KLK和PPARs;与耐渴性相关的候选基因是NFAT5、BGT1和AQPs。此研究基本阐明了双峰驼的遗传变异信息,从基因组层面解释了双峰驼的生物学特性,为后续分析与经济性状相关的遗传学机制、功能基因的研究和保护双峰驼品种资源提供了基因组数据,并为与经济性状相关的功能基因定位提供新的思路和线索。     

全基因组重测序探究晋南牛优势性状的分子基础

【目的】探究晋南牛优势性状所基于的遗传基础，为后续晋南牛种质资源利用以及分子育种提供参考。【方法】采集12头健康的纯种晋南牛耳缘组织，提取基因组DNA进行全基因组重测序，将测序数据以及NCBI数据库12头红安格斯牛基因组数据比对到牛参考基因组(ARS-UCD1.2),检测群体SNPs位点，采用ANNOVAR软件对变异位点进行注释；对晋南牛与红安格斯牛变异基因进行韦恩分析，筛选晋南牛特异性变异基因并进行GO功能和KEGG通路富集分析，采用Cytoscape软件将显著富集的变异基因进行功能互作分析。【结果】晋南牛基因组DNA测序共获取clean reads 2 621 153 222条，Q30平均值达93.5%,碱基分布均匀且无明显偏向性，平均测序深度11.19×,覆盖率(≥4×)平均值为92.64%;检测到SNPs位点117 773 201个，注释外显子区域获得nonsynonymous、stopgain/stoploss SNPs共405 506个，覆盖于16 690个基因，筛选出晋南牛特异性变异基因5 289个。GO功能和KEGG通路分析表明，基因广泛富集于线粒体、核糖体、细胞器膜相...     

鱼源温和气单胞菌对磺胺类耐药基因型和耐药表型分析

为探究鱼源温和气单胞菌对磺胺类抗生素的耐药性,试验采用PCR法检测10株温和气单胞菌中磺胺类抗生素的3种耐药基因(Sul1、Sul2、Sul3),并利用K-B纸片扩散法分析磺胺类抗生素的耐药表型。结果表明:10株温和气单胞菌中耐药基因Sul1、Sul2和Sul3的检出率分别为20%、40%和0;10株菌对磺胺二甲异唑、复方新诺明和甲氧苄啶的耐药性分别为70%、30%和70%。     

全基因组选择信号揭示绒山羊绒毛性状相关的候选基因

旨在对辽宁绒山羊和内蒙古绒山羊的基因组选择信号进行筛选。本研究利用Illumina 50K的山羊芯片，对内蒙古绒山羊、辽宁绒山羊和黄淮山羊进行基因型检测，质控后获得50 010个共同SNPs位点。通过群体分化系数Fst和XP-EHH，以黄淮山羊为参考群体分别对内蒙古绒山羊和辽宁绒山羊进行选择信号检测，Fst和XP-EHH值的top 5%作为阈值。结果，利用Fst在绒山羊基因组中筛选到501个候选基因，利用XP-EHH在绒山羊基因组中筛选到145个候选基因。其中有12个SNPs在绒山羊基因组中受到较强选择。通过基因注释筛选到21个候选基因，包括EXOC4、ASIC2、PCDH9、RHBDD1、IRS1和PDE10A等。这些基因主要富集在PI3K-Akt信号通路、蛋白质消化吸收和松弛素信号通路等。研究结果发现，绒山羊在驯化过程中其基因组很多与毛囊相关的基因受到了强烈的选择。这些发现也有助于更好地了解绒山羊的选择进展，为中国绒山羊品种的种质资源保护和利用提供重要参考。     

中国牛种布鲁菌弱毒疫苗株A19 SNP位点的研究

为鉴别我国牛种布鲁菌弱毒疫苗株A19与野生菌株,运用生物信息学方法结合基因测序,对疫苗株A19基因组SNP位点分析筛选,选取其中部分SNP位点,通过与布鲁菌常见种、生物型标准参考菌株和弱毒疫苗株基因组SNP位置核苷酸测序比较,验证SNP位点的A19特异性。结果表明,共筛选获得A19基因组29个SNP位点,验证ClpX G825-C825、LysR A605-C605、Omp2b G503-A503这3个SNP位点为A19（或S19）特异,揭示了A19基因组SNP位点分布情况,为疫苗株 A19与野生菌株鉴别提供了分子依据。     

中国牛种布鲁氏菌疫苗株A19 SNP位点的研究

为鉴别我国牛种布鲁氏菌疫苗株A19与野生菌株,运用生物信息学方法结合基因测序,对疫苗株A19基因组单核苷酸多态性(SNP)位点分析筛选,选取其中部分SNP位点,通过与布鲁氏菌常见种、生物型标准参考菌株和疫苗株基因组SNP位置核苷酸测序比较,验证SNP位点的A19特异性。结果表明,共筛选获得A19基因组29个SNP位点,验证ClpX G825-C825、LysR A605-C605、Omp2b G503-A503这3个SNP位点为A19(或S19)特异,揭示了A19基因组SNP位点分布情况,为疫苗株A19与野生菌株鉴别提供了分子依据。