鸭疫里默氏菌病和大肠杆菌病鉴别诊断双重PCR方法的建立和应用

本研究从鸭疫里默氏菌提取基因组DNA,采用细菌16S rRNA基因的通用引物,用PCR方法成功扩增出鸭疫里默氏菌的部分16S rRNA基因,克隆及测序结果表明其全长1512bp,G＋C含量为51％,该序列已登人GenBank,登录号为DQ078779。同时利用生物软件对GenBank收录的鸭疫里默氏菌和大肠杆菌的16S rRNA基因序列进行分析后,设计了鸭疫里默氏菌和大肠杆菌的种特异性引物,分别能从各自的16S rRNA基因中扩增出长度为342和718bp的DNA片段。并据此建立了一种能快速准确鉴别诊断鸭疫里默氏菌和大肠杆菌病的双重PCR方法,该方法能从肝脏组织悬液煮沸后的上清、细菌培养物或提取的细菌基因组DNA中快速扩增出相应的片段,进行鉴别诊断。     

鸭疫里默氏菌病和大肠杆菌病多重PCR诊断方法的建立

参考GenBank中鸭疫里默氏菌和大肠杆菌的外膜蛋白A(OmpA)基因序列,应用PrimerPremier5.0软件在二者高度保守区设计了2对引物,建立了适合鸭疫里默氏菌和大肠杆菌的快速检测的多重PCR检测方法。以该方法对已分离并保存的鸭疫里默氏菌和大肠杆菌进行PCR扩增,分别扩增出与试验设计相符的670、408bp的特异性DNA片段。将扩增所得的DNA片段进行克隆测序,测序结果表明分别为鸭疫里默氏菌和大肠杆菌OmpA基因序列。该方法对鸭疫里默氏菌和大肠杆菌的检测下限分别为4×104CFU/mL和3×104CFU/mL。表明所建立的PCR方法具有特异、快速和敏感的特点,可用于诊断鸭疫里默氏菌、大肠杆菌以及两者的混合感染。     

鸭疫里默氏杆菌巢式PCR检测方法的建立

为建立一种更加准确、敏感的鸭疫里默氏杆菌检测方法,根据鸭疫里默氏杆菌16S rRNA基因序列设计2对巢式PCR引物,在完成最佳反应条件筛选、特异性、敏感性、重复性试验的基础上,建立巢式PCR检测方法.结果表明,建立的巢式PCR对1、2、10、X型鸭疫里默氏杆菌的16S rRNA都能扩增出特异性片段,而对大肠杆菌、多杀性巴氏杆菌、沙门菌、鸭源金黄色葡萄球菌的基因组不能扩增出特异性片段,DNA最小检测量为0.392 fg/μL,是常规PCR的1 000倍.该巢式PCR方法具有快速、敏感、特异、通用的优点,可用于鸭疫里默氏杆菌感染的检测、分子流行病学调查和分离菌株的快速鉴定.     

鸭疫里默氏菌的血清型及药物敏感性分析

为了解近期鸭疫里默氏菌的血清流行病学,明确鸭疫里默氏菌的敏感药物,本研究根据鸭疫里默氏菌的gyrB基因序列设计检测引物,建立PCR检测方法,并对收集的2006~2012年间福建省及邻近省份的疑似鸭疫里默氏菌病死亡鸭、鹅,进行细菌分离,PCR鉴定,凝集试验确定血清型,纸片法分析药物敏感性。该PCR法具有较好的特异性,检测敏感性可达102~103 CFU/mL。分离鉴定鸭疫里默氏菌423株,分属于1、2、3、6、10、11、13、14、17型和未知型,2型、11型、1型和17型合计占所有菌株数量的86.4%。50%以上分离菌株敏感的药物有氟苯尼考、头孢拉定、头孢氨苄、阿莫西林、头孢唑啉和壮观霉素。     

番鸭源鸭疫里默氏菌大环内脂类药物的耐药基因检测与分析

为了解莆田市番鸭源鸭疫里默氏菌对大环内酯类药物的耐药性和相关耐药基因携带情况,对本实验室分离鉴定的49株番鸭源鸭疫里默氏菌菌株采用K-B纸片扩散法进行药敏试验,提取菌株基因组DNA,采用PCR方法对大环内酯类药物的ermA、ermB、ermC、ermF、ereD等5种耐药基因进行检测,阳性产物送公司测序并对序列进行分析...     

同时检测鸭疫里默氏菌和大肠杆菌的环介导间接PCR方法的建立

为建立同时检测鸭疫里默氏菌和大肠杆菌的环介导间接PCR方法,本研究根据鸭疫里默氏菌外膜蛋白A基因和大肠杆菌的gapA基因的保守序列设计两对特异性探针,分别标记于猪线粒体基因片段的两端形成两种不同的捕获探针,将捕获探针与待检测菌的基因组杂交、补平缺口、环化后,采用1对引物反向扩增捕获探针,建立检测鸭疫里默氏菌和大肠杆菌的环介导间接PCR方法,扩增片段分别为540 bp和328 bp,本研究建立的方法对金黄色葡萄球菌、禽多杀性巴氏杆菌、沙门氏菌的检测结果为阴性;能够检测出10 pg的鸭疫里默氏菌和大肠杆菌的基因组DNA,与常规PCR的符合率为100%。本研究建立的环介导间接PCR方法是一种特异性好、灵敏度高的快速病原学诊断方法,为同时检测鸭疫里默氏菌和大肠杆菌提供了一种可行的方法。     

应用PCR技术检测鸭疫里默氏杆菌的研究

根据已发表的鸭疫里默氏杆菌15型CVL110／89株编码42－kDa主要外膜蛋白的基因序列设计并合成一对引物，建立PCR方法，对7个血清型的鸭疫里默氏杆菌纯培养菌及野外病死鸭病科组织进行检测。结果表明，7个血清型的鸭疫里默氏杆菌纯培养菌DNA都可扩增出809bp的DNA片段，而对照的2株大肠杆菌和1株沙门氏菌纯培养物DNA扩增结果为阴性；在对24只不同鸭场病死鸭肝、脑的检测中，脑的检出率为19／24（高于细菌分离的13／24），肝脏的检出率为11／24（高于细菌分离的8／24）。由此可见，建立的PCR技术可用于鸭疫里默氏杆菌的鉴定和快速诊断（取脑组织）。但此方法是否对其他血清型的鸭疫里默氏杆菌也适用，有待于收集这些血清型的菌株进行验证。     

鸭疫里默氏杆菌套式PCR检测方法的建立和应用

根据GenBank中登录的鸭疫里默氏杆菌ompA基因序列,设计合成了2对引物,外引物的扩增基因片段大小为470bp,内引物的扩增基因片段大小为249bp,建立了适合RA快速检测的套式PCR方法。采用该方法对鸭疫里默氏杆菌进行了检测,能扩增到249bp的条带,而鸭源大肠杆菌、鸭源沙门菌、鸭源巴氏杆菌、鸭源金黄色葡萄球菌的扩增结果均为阴性。该方法第1次扩增的敏感性是10pg,第2次扩增的敏感性是100fg,第2次比第1次扩增的敏感性高100倍。该检测方法表明,所建立的套式PCR方法比常规PCR方法敏感性高,具有重复性好、特异性强和敏感性高等优点,可用于鸭疫里默氏杆菌的临床诊断、病料检测和分子流行病学调查等。     

基于荧光显色的环介导等温扩增技术(LAMP)检测禽呼肠孤病毒

建立了一种基于荧光显色的禽呼肠孤病毒(ARV)环介导等温扩增(LAMP)检测方法.该检测方法使用针对ARV的p10基因8个区域的6条LAMP引物,能够在等温(63℃)条件下1h内完成反应,具有良好的敏感性和特异性,最低能够检出102个拷贝的病毒,敏感性比普通PCR高100倍,而对其他病毒检测结果为阴性.在荧光显色中分别应用SYBR Green Ⅰ和钙黄绿素作为显色剂,其结果与琼脂糖凝胶电泳一致.在对80份临床样本的检测中,使用LAMP和PCR检测出阳性样本的数量分别为68份和55份.因此,基于荧光显色的LAMP方法可以应用于ARV的快速检测,具有在科研机构、基层实验室特别是检测现场推广和应用的潜力.     

鸭疫里默氏杆菌PCR快速检测方法的建立

在鸭疫里默氏杆菌外膜蛋白保守区设计了一对特异性引物,建立PCR方法,对5株已知血清型的鸭疫里默氏杆菌纯培养菌和6株临床分离未定型的里默氏杆菌菌株以及病死鸭病料组织进行检测,结果表明不同样品都可扩增出592bp的特异目的条带,而对鸭源大肠杆菌、鸭源多杀性巴氏杆菌、鸭源沙门氏菌的扩增结果均为阴性,说明该PCR法具有较好的特异性,可用于快速鉴定鸭疫里默氏杆菌,也适用于病料的直接检测.