实验用巴马小型猪的遗传多样性研究

为了研究屏障环境下小规模保存实验用巴马小型猪的遗传学背景,试验运用19个微卫星基因座,对长期在屏障环境下封闭饲养的同世代、同父本但不同母本的3窝巴马小型猪(BM/HVRI猪)进行分子群体遗传学检测,计算平均等位基因数(Na)、平均观察杂合度(Ho)和平均期望杂合度(He),检验Hardy-Weinberg平衡并进行遗传分化分析。结果表明:该群体的Na、Ho和He分别为3.05±0.71,0.703 7±0.019 2和0.574 6±0.023 1,3窝仔猪的He分别为0.558 3±0.029 3,0.552 0±0.037 3和0.549 2±0.030 8,且差异不显著(P>0.05);经完全枚举法检验,A窝和C窝分别有3个和5个基因座偏离Hardy-Weinberg平衡;经U检验,A窝和C窝分别有4个和6个基因座存在杂合子过剩,仅C窝1个基因座表现出杂合子缺失现象。说明该猪群遗传多样性较低,处于低度杂合状态,窝系之间不存在遗传分化。     

荣昌猪和两种小型猪遗传背景的微卫星分析

荣昌猪是我国优良地方品种,巴马香猪和贵州小型香猪为我国独特小型猪品系。本研究采用美国猪基因组协作计划推荐的19个微卫星标记对荣昌猪、荣昌猪B系、巴马香猪、贵州小型香猪及外来猪种大白猪进行了遗传学检测和分析。结果表明:19个微卫星位点在群体中均表现为多态,每位点等位基因数10~23个。5个猪种中荣昌猪B系的遗传多样性最高,荣昌猪次之;2种小型猪的遗传多样性较低,其中巴马香猪的等位基因数(121个)略大于贵州小型香猪(114个),但其遗传多样性指数(平均期望杂合度0.6535±0.0347)小于贵州小型香猪(0.6919±0.0227),反映了巴马香猪较低的基因杂合度和较小的遗传变异;大白猪的遗传多样性最低。从品系的共有等位基因来看,荣昌猪B系基因背景组成中其亲本品系荣昌猪所占比例(30.22%)要大于大白猪(24.37%);大白猪和其他4个猪群体的共享等位基因数均较低(21.24%~25.12%);巴马香猪和贵州小型香猪之间共有等位基因数最高(45.06%)。采用基于遗传距离的NJ法和基于基因频率的最大似然法进行系统聚类,除了大白猪明显为独立分支及荣昌猪B系表现出较远的聚类关系外,其他3个猪种间的聚类有所不同。     

广西巴马小型猪21个微卫星座位的DNA多态性分析

利用21个微卫星座位统计了广西巴马小型猪品系内的等位基因组成，计算了各位点的基因纯合率和多态性信息含量（PIC）及平均杂合度。结果，21个位点的平均基因纯合率为55．5％，平均PIC为0．3501，平均杂合度为0．3881。结果提示，广西巴马小型猪具有一定的遗传稳定性，已成为一个稳定的遗传群体，符合封闭群动物的遗传特征。     

广西巴马小型猪近交群体的遗传结构分析

本研究以33头广西巴马小型猪为研究对象,利用19个微卫星标记,通过估算其等位基因数(N)、多态信息含量(PIC )和近交系数(F)等参数,对广西巴马小型猪近交群F10~F15世代进行了遗传学检测。试验结果显示,19个微卫星座位上共检测到31个等位基因,其中F10~F15分别具有27、29、28、27、26和25个等位基因,平均每个位点分别仅有1.42、1.53、1.47、1.42、1.37和1.32个等位基因;6个世代群体平均多态信息含量为0.1044。广西巴马小型猪F10~F15世代的平均近交系数分别为0.8070、0.8263、0.8491、0.8710、0.8904、0.9118。结果表明,广西巴马小型猪近交群体的基因多态性低、近交程度高,是一个遗传性稳定的群体。     

应用21个微卫星标记监测马身猪遗传多样性变化趋势

本研究旨在通过对不同年份马身猪群体遗传多样性变化趋势分析,评价马身猪保种效果,制定有效的保种措施。选用FAO-ISAG联合推荐的21个微卫星标记分析不同年份马身猪群体的遗传多样性。结果表明,在马身猪群体中,共检测到105个等位基因,平均等位基因数为5个,平均有效等位基因数为2.244 0,平均观察杂合度和PIC分别为0.317 6和0.391 9。从1999年到2007年,平均等位基因数从4.285 7下降到3.428 6,平均有效等位基因数从2.509 5下降到1.977 0,平均观察杂合度从0.311 6下降到0.298 1,平均多态信息含量从0.441下降到0.341。马身猪群体基因纯度较高,遗传多样性有逐年降低趋势,在今后的保种和利用工作中,应对马身猪群体的遗传多样性进行实时监测,在世代更替中注意低频率等位基因的保护。     

基于低深度全基因组测序分析内江猪群体结构和遗传多样性

旨在更好的了解内江猪群体结构和遗传多样性，更好的保护和利用内江猪遗传资源。本研究基于低深度全基因组测序，检测了133头(12头公猪，121头母猪)内江猪的SNP,按照SNP检出率大于90%和95%获得两组SNP数据，分别编号为NJ90和NJ95。针对两组数据，通过群体分层、遗传距离、亲缘关系、家系划分等方法分析了内江猪群体结构，通过等位基因频率、有效等位基因数、多态性标记比、杂合度等指标估计了群体遗传多样性，最后利用不同方法评估了群体近交系数。结果显示：1)NJ90共包含135 760个SNPs位点，其等位基因频率为0.87,有效等位基因数为1.27,多态性标记比为0.76,观测杂合度为0.15,期望杂合度为0.21;NJ95包含32 266个SNPs位点，其等位基因频率为0.79,有效等位基因数为1.44,多态性标记比为0.74,观测杂合度为0.30,期望杂合度为0.31。2)NJ90结果显示群体平均遗传距离为0.20,平均亲缘系数为0.9%;NJ95结果显示群体平均遗传距离为0.25,平均亲缘系数为0.7%。3)根据NJ90公猪和群体聚类以及亲缘关系，可将群体分为6个家系。4)根据...     

实验用蕨麻小型猪血液生理生化指标测定及分析

对实验用蕨麻小型猪的血液生理生化指标进行测定及分析。采取54头蕨麻小型猪的血液,检测19项生理指标和12项生化指标,并对结果进行统计分析。结果:蕨麻小型猪性别之间比较,血液生理生化指标只有中性粒细胞(NEUT)和总胆固醇(TC)存在显著差异,其他指标差异不显著。而与封闭群五指山小型猪相比,血液生理指标有7项差异显著,血液生化指标有8项差异显著。蕨麻小型猪和封闭群五指山小型猪分别有7项和8项血液生理指标、10项和6项血液生化指标处于人正常参考值内。结果表明蕨麻小型猪和封闭群五指山小型猪和人的血液生理生化特性存在一定的相似性,可用于比较医学等生物医学应用,也可逐步替代犬、非人灵长类用于药物非临床安全评价和生物医学研究。     

广西巴马小型猪白细胞抗原经典Ⅱ类基因克隆及生物信息学分析

为探讨广西巴马小型猪SLA经典Ⅱ类基因分子结构特征及其在猪-人异种器官移植研究中的应用前景,本研究采集4头广西巴马小型猪的耳组织,经抽提RNA和反转录得到cDNA,通过PCR扩增,对SLA经典Ⅱ类基因(SLA-DRA、SLA-DRB1、SLA-DQA、SLA-DQB1)纯化和克隆,进行双向测序。结果,在4个SLA经典Ⅱ类座位中得到基因序列共8条,利用NCBI服务器中BLAST分析发现,8条基因序列中5条为已知的等位基因,另3条为新的等位基因。通过核苷酸和氨基酸水平的同源性比对,构建亲缘进化树,分析发现,广西巴马小型猪具有与人同源性较高的MHC遗传结构,显示该猪种在人-猪异种移植领域中有着潜在的利用价值。     

10个云南地方猪种微卫星遗传多样性分析

为阐明保山猪、迪庆藏猪、高贡黎山猪、丽江猪、明光小耳猪、滇南小耳猪、撒坝猪、大河猪、昭通猪、大河乌猪10个云南省优良地方猪种的群体遗传多样性和遗传结构,本试验参考ArkDB数据库中家猪14条染色体上的15对微卫星引物,对549个云南地方猪个体的耳组织样品进行了检测分析,计算各微卫星座位等位基因数（Na）、有效等位基因数（Ne）、Shannon's信息指数（I）、表观杂合度（Ho）、期望杂合度（He）、F-统计量（Fis、Fit、Fst）、基因流（Nm）、群体遗传距离等相关参数及多态信息含量（PIC）,采用NTsys 2.10软件构建聚类树,并采用STRUCTRUE 2.3.3软件评估群体遗传结构。结果显示：15个微卫星座位共检测到293个等位基因,各座位等位基因数在5~38个之间,平均等位基因数为19个,平均有效等位基因数8.3682个;10个云南地方猪群体的Shannon多样性、表观杂合度、期望杂合度和多态信息含量分别在1.4374~2.0317、0.6389~0.7756、0.7021~0.8281和0.6647~0.7993之间。各座位单个群体内近交系数（Fis）、总群体近交系数（Fit）、群体间遗传分化系数（Fst）的变化范围分别为-0.0678~0.4594、0.0618~0.5567和0.0713~0.1801;群体间Fst平均值为0.1101,处于中度遗传分化状态,有11.01%的遗传变异来自于群体间,大部分遗传变异来自于群体内;每个座位基因流程度较高,变化范围在1.6392~3.2551之间,平均值为2.0214。基于Nei氏遗传距离构建UPGMA系统发生树显示,高黎贡山猪与迪庆藏猪聚为一支,并与丽江猪、保山猪和明光小耳猪聚为一大支,其结果得到了STRUCTURE分析的验证。综上所述,10个云南地方猪种遗传多样性丰富,群体内有近交现象,群体间处于中度遗传分化,存在着一定的基因交流。     

滇南小耳猪与巴马小型猪SLA-DQA基因多态分析

对滇南小耳猪和巴马小型猪的SLA-DQA基因的部分内含子1、完整的外显子2和部分内含子2共341bp片段进行了PCR-RFLP酶切分型,结果表明：2品种经EcoR Ⅰ酶切后BB基因型频率（0.468 8）高于AB型（0.375 0）,AA型最低（0.156 3）,B为优势基因（0.656 3）,A为劣势基因（0.343 7）.经AluⅠ酶切后,滇南小耳猪MM基因型频率（0.500 0）高于MN型（0.321 4）和NN型（0.178 6）;而巴马猪则以MN基因型频率（0.485 3）高于MM型（0.338 2）和NN型（0.176 5）;2个品种中M等位基因（0.604 2）频率高于N等位基因（0.395 8）.经分析表明,2猪种在两酶切位点上各分型已达Hardy-Weinberg平衡.巴马小型猪和滇南小耳猪中分别存在9种和7种PCR-RFLP组合基因型,其中BBMN为优势组合基因型,AAMN为劣势组合基因型;AAMM组合基因型在2品种间差异显著（P＜0.05）.遗传多态参数分析表明：SLA-DQA基因外显子2的两酶切位点在2猪种间均表现为中度多态,AluⅠ的基因多样性略高于EcoRⅠ,巴马小型猪杂合性略高于滇南小耳猪,2品种间遗传距离为0.000 4.