广西巴马小型猪21个微卫星座位的DNA多态性分析

利用21个微卫星座位统计了广西巴马小型猪品系内的等位基因组成，计算了各位点的基因纯合率和多态性信息含量（PIC）及平均杂合度。结果，21个位点的平均基因纯合率为55．5％，平均PIC为0．3501，平均杂合度为0．3881。结果提示，广西巴马小型猪具有一定的遗传稳定性，已成为一个稳定的遗传群体，符合封闭群动物的遗传特征。     

实验用巴马小型猪的遗传多样性研究

为了研究屏障环境下小规模保存实验用巴马小型猪的遗传学背景,试验运用19个微卫星基因座,对长期在屏障环境下封闭饲养的同世代、同父本但不同母本的3窝巴马小型猪(BM/HVRI猪)进行分子群体遗传学检测,计算平均等位基因数(Na)、平均观察杂合度(Ho)和平均期望杂合度(He),检验Hardy-Weinberg平衡并进行遗传分化分析。结果表明:该群体的Na、Ho和He分别为3.05±0.71,0.703 7±0.019 2和0.574 6±0.023 1,3窝仔猪的He分别为0.558 3±0.029 3,0.552 0±0.037 3和0.549 2±0.030 8,且差异不显著(P>0.05);经完全枚举法检验,A窝和C窝分别有3个和5个基因座偏离Hardy-Weinberg平衡;经U检验,A窝和C窝分别有4个和6个基因座存在杂合子过剩,仅C窝1个基因座表现出杂合子缺失现象。说明该猪群遗传多样性较低,处于低度杂合状态,窝系之间不存在遗传分化。     

广西巴马小型猪近交群体的遗传结构分析

本研究以33头广西巴马小型猪为研究对象,利用19个微卫星标记,通过估算其等位基因数(N)、多态信息含量(PIC )和近交系数(F)等参数,对广西巴马小型猪近交群F10~F15世代进行了遗传学检测。试验结果显示,19个微卫星座位上共检测到31个等位基因,其中F10~F15分别具有27、29、28、27、26和25个等位基因,平均每个位点分别仅有1.42、1.53、1.47、1.42、1.37和1.32个等位基因;6个世代群体平均多态信息含量为0.1044。广西巴马小型猪F10~F15世代的平均近交系数分别为0.8070、0.8263、0.8491、0.8710、0.8904、0.9118。结果表明,广西巴马小型猪近交群体的基因多态性低、近交程度高,是一个遗传性稳定的群体。     

中国巴马小型猪封闭群内源性反转录病毒存在状况分析

检测分析猪内源性反转录病毒(porcine endogenous retrovirus;PERV);PERV)在中国巴马小型猪封闭群中的携带情况.根据本实验室已建立的PCR、RT-PCR检测方法,对来自于巴马小型猪外周血淋巴细胞的DNA和RNA样品进行PERV核心蛋白基因(gag)、多聚酶基因(p0l)及囊膜基因(env)的存在与表达进行检测;同时根据目前通用的env基因分型方法检测PERVenv-A、env-B、env-C的存在与表达情况.所有被检样品不仅存在PERV gag、pol、env特异性DNA,而且都能够转录为RNA;所有样品同时存在PERV A、B亚型的前病毒,且有70%个体还同时存在PERV-C亚型前病毒,但仅有90%样品检测到PERV-A亚型的表达,50%检测到PERV-B亚型的表达,而所有的样品均未检测到PERV-C型的表达.巴马小型猪封闭群外周血淋巴细胞基因组中存在PERV-A、B、C 3种亚型,但仅有A、B两种亚型能够表达.PERV-A、B、C 3种亚型的同时存在,预示着巴马小型猪封闭群中存在不同亚型病毒重组的可能性.     

利用微卫星标记对中国4种小型猪的遗传多样性研究

本研究通过10个微卫星位点对我国特有的4个小型猪种（五指山猪、滇南小耳猪、贵州小型香猪、巴马香猪）进行了遗传学检测，结果表明：除S0003位点表现为单态外，其它9个位点均为高度或中度多态位点；4个小型猪种群体内的遗传多样性比较高，平均基因杂合度分别为0.7165，0.6611，0.6602，0.5990；多态信息含量在0.5774－0.6871之间；五指山猪与贵州小型香猪的遗传距离较近，与滇南小耳猪次之，它们与巴马香猪都较远。     

多系配套杂交群体遗传结构分析

利用8个微卫星标记对杜长大三元杂交群体5个种群，斯格配套系8个种群的遗传结构进行了分析。通过计算等位基因频率、基因杂合度、平均杂合度、多态信息含量、纯种间的遗传距离、F-统计量和迁移率进行分析。结果表明各群体的平均基因杂合度存在一定差异。纯种、祖代、父母代、商品代群体的平均座位杂合度和多态信息含量随着群体在杂交繁育体系中位置的由高到低而逐渐升高。Nei氏标准遗传距离显示，父本和母本间的遗传距离大，遗传距离大的父本和母本用于杂交，产生的杂种优势最大，这与实际的杂交组合一致。Fst衡量等位基因频率群体间方差，杜长大群体大约总变异的1．02％～15．60％来自种群间，而剩余的84．40％～98．98％来自种群内，斯格群体大约总变异的3．02％～15．22％来自种群间，而剩余的84．78％～96．98％来自种群内，斯格和杜长大纯种的遗传分化处于较小到中等之间。     

贵州地方水牛群体遗传多样性的微卫星分析

利用11个微卫星标记分析了贵州6个地方水牛群体的遗传多样性。结果表明:6个水牛群体的平均杂合度和平均多态信息含量均高,其范围分别为0.7450~0.7922和0.7021~0.7605。以黔南水牛和毕节水牛之间的遗传距离最远为0.3084。由UPGMA聚类法得到系统聚类图,读图能清晰、客观地反映6个水牛群体的地理分布、遗传分化特点和亲缘关系远近程度,这些研究为贵州地方水牛的遗传资源评估、保护与开发利用提供了分子水平的遗传学依据。     

贵州白香猪的遗传检测

选取27个微卫星位点,应用PCR技术对贵州白香猪的2个品系进行遗传质量监测.结果在所选的27个微卫星位点中,共有24个位点获得稳定的扩增结果,其中SW911位点与S0026两个位点在群体内表现为单态纯合.2个品系有效等位基因、平均多态信息含量、平均杂合度、基因纯合率和平均近交系数分别为1.8310、1.7951、0.3436、0.3249、0.4329、0.4188、52.63%、58.55%、0.5377、0.5605.结果表明微卫星标记可用于检测贵州白香猪的遗传质量,也可用于分析封闭群的遗传多态性.是一种有潜力的试验动物遗传学检测标记.     

贵州白香猪的遗传检测

选取27个微卫星位点,应用PCR技术对贵州白香猪的2个品系进行遗传质量监测。结果在所选的27个微卫星位点中,共有24个位点获得稳定的扩增结果,其中SW911位点与S0026两个位点在群体内表现为单态纯合。2个品系有效等位基因、平均多态信息含量、平均杂合度、基因纯合率和平均近交系数分别为1.8310、1.7951、0.3436、0.3249、0.4329、0.4188、52.63%、58.55%、0.5377、0.5605。结果表明微卫星标记可用于检测贵州白香猪的遗传质量,也可用于分析封闭群的遗传多态性。是一种有潜力的试验动物遗传学检测标记。     

荣昌猪和两种小型猪遗传背景的微卫星分析

荣昌猪是我国优良地方品种,巴马香猪和贵州小型香猪为我国独特小型猪品系。本研究采用美国猪基因组协作计划推荐的19个微卫星标记对荣昌猪、荣昌猪B系、巴马香猪、贵州小型香猪及外来猪种大白猪进行了遗传学检测和分析。结果表明:19个微卫星位点在群体中均表现为多态,每位点等位基因数10~23个。5个猪种中荣昌猪B系的遗传多样性最高,荣昌猪次之;2种小型猪的遗传多样性较低,其中巴马香猪的等位基因数(121个)略大于贵州小型香猪(114个),但其遗传多样性指数(平均期望杂合度0.6535±0.0347)小于贵州小型香猪(0.6919±0.0227),反映了巴马香猪较低的基因杂合度和较小的遗传变异;大白猪的遗传多样性最低。从品系的共有等位基因来看,荣昌猪B系基因背景组成中其亲本品系荣昌猪所占比例(30.22%)要大于大白猪(24.37%);大白猪和其他4个猪群体的共享等位基因数均较低(21.24%~25.12%);巴马香猪和贵州小型香猪之间共有等位基因数最高(45.06%)。采用基于遗传距离的NJ法和基于基因频率的最大似然法进行系统聚类,除了大白猪明显为独立分支及荣昌猪B系表现出较远的聚类关系外,其他3个猪种间的聚类有所不同。     

巴马香猪TLR2基因cDNA的克隆及生物信息学分析

利用NCBI公布的TLR2基因序列设计引物,RT-PCR克隆巴马香猪(Sus barbatus)TLR2基因。核酸序列分析表明,巴马香猪TLR2基因开放阅读框长2358bp,编码785个氨基酸,该蛋白等电点为7.52,相对分子质量为89480;与普通猪比对发现,巴马香猪TLR2基因有15个碱基发生突变;与小鼠、狗、鸡、牛、羊和人的同源性分别为73.4%,82.4%,59.5%,85.3%,84.6%,82.4%。TLR2膜外区蛋白为背侧多个α螺旋和内侧多个β折叠平行交替排列构成一个弯曲状螺旋结构;N末端存在信号肽,且可能在21～22位氨基酸处存在裂解位点;胞外区有4个明显的LRR,分别位于第76～99、360～385、413～432和457～476位氨基酸区;膜外区含6个N连接的糖基化位点。     

贵州小型猪精子显微结构研究

应用光学显微镜、透射电镜和扫描电镜对贵州小型猪精子的形态和结构进行了研究.结果表明,贵州小型猪精子由头、尾二部分组成.精子全长57.00±1.69 μm;头部呈椭圆形体,长为9.49±0.40 μm;尾部由颈、中、主和末段组成;尾部中央为9×2 2排列模式的轴丝,轴丝外围依次是外周致密纤维、线粒体螺旋鞘、纤维鞘、细胞膜;线粒体螺旋鞘仅存在于中段,外周致密纤维从主段到末段逐渐变细,并在主段近末端处分批终止,末段外围仅保留纤维鞘、细胞膜.贵州小型猪精子组织结构与人类接近,是研究人类男性生殖系统疾病较理想的动物模型.     

广西巴马小型猪血清淀粉样P物质基因cDNA的克隆及序列分析

为了研究SAP基因的结构特点,进一步构建广西巴马小型猪SAP基因相关疾病模型,试验根据GenBank上发表的猪SAP基因序列的保守性设计引物,以广西巴马小型猪血液为材料,进行RT-PCR扩增、连接、转化、测序和分析.结果表明:获得的SAP基因cDNA片段长度为928 bp;广西巴马小型猪SAP基因与普通猪和人类分别有9...     

广西巴马小型猪1号染色体 DNA文库的构建和鉴定

研究利用玻璃针显微分离了巴马小型猪外周血淋巴细胞有丝分裂中期的1号染色体,然后将显微分离的染色体进行简并寡核苷酸引物PCR（DOP—PCR）扩增,通过PCR技术和荧光原位杂交（Florescence in situ hybridization,FISH）技术对扩增产物来源进行鉴定后,将DOP—PCR产物与pMD18-T载体连接、转化以构建1号染色体微克隆文库。结果表明：DOP—PCR扩增产物与猪的1号染色体DNA同源,并且得到了插入片段为100～600bp的巴马小型猪的1号染色体微克隆DNA文库。     

广西巴马小型猪IFN-Y基因的克隆和序列分析

将猪外周淋巴细胞进行体外培养,在刀豆球蛋白A(conA)刺激培养15h后,提取培养淋巴细胞总RNA,应用RT-PCR技术扩增广西巴马小型猪Y-干扰素(IFN-Y)基因,并克隆到PMD18-T载体上,进行测序。测序结果表明,扩增的cDNA全长558个碱基,包含501个碱基开放阅读框架,编码166个氨基酸,分子量为19．42ku。此cDNA与人、牛、山羊、马、狗和鼠的IFN-Y基因核苷酸比较,同源性分别为74．9％,86．5％,86．9％,81％,58．7％和63．3％,与其它猪种的IFN-Y基因核苷酸比较同源性为100％。     

Bayesian analysis of quantitative trait loci for boar taint in a Landrace outbred population

The genetic basis of the main components of boar taint was investigated in intact male pigs in a commercial population. We analyzed fat androsten-one and skatole concentrations from 217 males of an outbred Landrace population. Records were normalized using a logarithm transformation and tested for normality using a Wilk-Shapiro test. Bayesian analysis was then used to map QTL in 10 candidate regions previously selected on chromosomes 1, 2, 3, 4, 6, 7, 8, 9, 10, and 13. The criterion for QTL detection was the Bayes factor (BF) between polygenic models with and without QTL effects. Both traits had considerable genetic determination, with posterior means of total heritabilities ranging from 0.59 to 0.73 for androstenone and from 0.74 to 0.89 for skatole. Positive evidence for a fat skatole QTL was detected on SSC6 (BF = 5.16); however, no QTL for androstenone were found in any of the 10 chromosomal regions analyzed. With the detection of a QTL for the fat skatole concentration segregating in this population, marker-assisted selection or even gene-assisted selection could be used once the causal mutation of the QTL was identified.     

Hematologic values of the yucatan miniature pig

Mean values and ranges for 16 hematological parameters for healthy, young, sexually-mature Yucatan miniature swine are presented. No significant differences were observed between sexes with regard to hemograms. Comparison of observed values with those published in the literature for standard domestic and other breeds of miniature swine reveals no major differences.     

广西巴马小型猪IL-4和IL-10基因的克隆和序列分析

为研究猪白细胞介素4（IL-4）和白细胞介素10（IL-10）在机体免疫应答中的作用,从ConA刺激的巴马小型猪的外周血淋巴细胞提取总RNA,用RT-PCR方法扩增出IL-4和IL-10基因,将其分别克隆到PMD18-T 载体上,进行序列分析.结果表明,克隆的IL-4和IL-10基因的核苷酸和氨基酸序列与GenBank上登录的其它猪种的IL-4和IL-10基因的核苷酸和氨基酸序列同源性分别为98.8%～100%、97.0%～99.3%和99.2%、97.7%.