正交设计优化芒果SRAP-PCR反应体系及引物筛选

以芒果基因组DNA为模板,采用正交试验对模板DNA含量、引物浓度、2×Taq PCR Master Mix含量进行3因素5水平正交试验优化。结果表明,相关序列扩增多态性PCR(sequence related amplified polymorphism,SRAPPCR)最佳反应体系为:30 ng模板DNA、0.3μmol/L引物、10μL 2×Taq PCR Master Mix,总体积为25μL。运用该体系对10份芒果种质材料进行验证,证明该体系稳定可靠,并从100对引物组合中筛选出扩增条带清晰、多态性丰富的36对引物组合。     

决明DNA提取、SRAP-PCR优化及引物筛选

以决明幼叶为试验材料,对6种DNA提取方法进行比较,并通过单因子梯度比较试验,对SRAPPCR扩增体系中DNA和引物浓度进行优化,在此基础上再对引物进行筛选,随后对不同方法提取的DNA运用优化的SRAP-PCR体系再次进行扩增验证。结果表明改良CTAB法是决明DNA提取的最佳方法;20μL的SRAP-PCR体系中模板最佳质量浓度为2.5mg/L,引物浓度为0.4μmol/L;运用优化体系从180对引物组合中筛选出扩增条带清晰、多态性丰富的SRAP引物72对。     

基于毛细管电泳技术的牡丹SRAP-PCR反应体系优化及引物筛选

以牡丹叶片DNA为模板,对SRAP-PCR反应程序进行研究,确定适合的反应程序,即94℃预变性5 min;94℃变性1 min,33℃退火1 min,72℃延伸1 min,共5个循环;随后94℃变性1 min,52℃退火1 min,72℃延伸1 min,共35个循环;最后72℃延伸10 min。基于毛细管电泳技术,采用正交设计L18(37)对牡丹SRAP-PCR反应体系的5因素(Taq酶,Mg2+,模板DNA,dNTP,引物)3个水平进行了优化,构建了牡丹SRAP最佳反应体系:模板DNA 50 ng,dNTP 0.25 mmol/L,Mg2+浓度2.5 mmol/L,引物浓度0.4μmol/L,TaqDNA聚合酶0.5 U,总体积为25μL。各因素对扩增结果影响程度均不同:dNTPs>引物>DNA模板>Mg2+>Taq酶。运用该体系从756个SRAP引物组合中筛选出多态性好、条带清晰的26个引物组合,并证明了该体系稳定可靠。该体系的建立以及引物组合的确定为今后利用SRAP分子技术进行牡丹的相关研究奠定了科学基础。     

正交设计优化秋海棠属植物SRAP-PCR反应体系及引物筛选

相关序列扩增多态性(Sequence-related amplified polymophism,SRAP)是2001年由Li和Quiros开发的一种基于PCR的新型分子标记技术[1].与RAPD、AFLP、SSR等标记方法相比,SRAP具有简单、高效、高共显性、重复性好、易测序等优点,已经用于许多植物的种子纯度检测、杂种鉴定、遗传多样性分析、指纹图谱及遗传连锁图的构建等[2-8].     

白芨属SRAP引物筛选及反应体系优化

为给白芨种质遗传多样性评价、分子标记辅助育种和遗传改良研究提供基础,建立适于白芨SRAP-PCR扩增的反应体系,利用L16(45)正交试验设计对白芨SRAP-PCR反应体系中的各影响因子进行探索.结果表明:Mg2+浓度为影响白芨SRAP-PCR反应的关键因素;在优化的20μLSRAP-PCR反应体系中各组分的最适含量为10×Buffer 2.0 μL,Mg2+2.5 mmol/L,dNTPs 0.5 mmol/L,引物0.2μmol/L,Taq酶1.0U,模板DNA 2.0 ng/μL.利用SRAP反应体系,从72对SRAP引物组合中筛选出条带清晰、扩增稳定、多态性好的引物15对.     

大白菜SRAP-PCR反应体系的优化

对大白菜DNA的SRAP-PCR扩增体系进行优化,为大白菜抗软腐病基因图谱的构建和分子标记奠定基础。以大白菜基因组DNA为模板,对PCR反应体系的各影响因子进行梯度试验,筛选可扩增多态性高、重复性好、带型清晰的最佳体系。该体系(25μL)为:Mg2+3.0 mmol·L-1、dNTPs 0.3 mmol·L-1、Taq酶1.5 U、引物0.2μmol·L-1、模板DNA 60 ng。该体系能很好地满足大白菜基因组SRAP扩增的要求,SRAP标记应用于大白菜遗传研究是可行的。     

油茶SRAP-PCR反应体系的建立与引物筛选

[目的]建立油茶SRAP-PCR的反应体系,并筛选合适的引物。[方法]采用CTAB法提取油茶基因组DNA,DNA扩增时采用PCR技术,扩增结果采用电泳法和成像系统进行分离和记录。[结果]在30μl反应体系中,适宜浓度分别是Mg2＋1.5 mmol/L、模板DNA90ng、引物0.21μmol/L、dNTPs 110μmol/L、TaqDNA聚合酶1.5 U;反应程序中第2次最适退火温度为49℃。随后,在36对引物组合中筛选出11对重复性好、多态性高的引物。[结论]优化的SRAP-PCR反应体系及筛选的引物为SRAP分子标记在油茶遗传育种中的应用奠定了基础。     

正交设计优化辣椒SRAP-PCR反应体系及引物筛选

以辣椒基因组DNA为模板,采用L16(45)正交试验设计,对SRAP反应体系中的5种关键因素(Taq DNA聚合酶、Mg2+、dNTPs、引物、模板DNA)进行优化,结果表明,辣椒SRAP-PCR最佳反应体系为:Taq DNA 聚合酶0.75 U、Mg2+ 0.6 mmol/L、dNTPs 0.2 mmol/L、引物0.8 μmol/L、模板DNA 50 ng,总体积为10 μL.运用该体系对辣椒3份种质材料进行验证,证明该体系稳定可靠,并从198个SRAP引物组合中筛选出扩增条带清晰、多态性丰富的35个引物组合.该体系的建立与多态性引物组合的筛选为SRAP标记技术在辣椒分子遗传学中的应用提供科学依据.     

观赏海棠SRAP-PCR反应体系优化及引物筛选

以观赏海棠叶片DNA为模板,采用正交试验设计,以Mg^2＋、dNTP、引物、模板DNA和Taq DNA聚合酶5种因素4个水平,对观赏海棠的SRAP反应体系进行了研究,建立了观赏海棠的SRAP最佳反应体系,结果表明,观赏海棠SRAP-PCR最佳反应体系为：Mg^2＋ 2.50mmol·L^-1、dNTP0.2mmol·L^-1、引物0.4μmol·L^-1、Taq DNA聚合酶2U、10ng模板DNA,总体积为25μL。各因素对扩增反应结果均有不同影响,其中以dNTP浓度的影响最大,模板浓度的影响最小。运用该体系对观赏海棠4个种进行验证,证明该体系稳定可靠,并从70个SRAP引物组合中筛选出扩增条带清晰、多态性丰富的26个引物组合。这一体系的建立及多态性引物组合的筛选为今后利用SRAP标记技术进行观赏海棠的分子遗传学研究提供了科学的依据。     

禺毛茛SRAP反应体系优化及引物筛选

以禺毛茛叶片DNA为模板,采用正交试验设计,以10×Buffer、Mg2+、dNTP和引物4种因素3个水平,对禺毛茛SRAP反应体系进行研究,并比较了不同浓度模板DNA、Taq酶用量对扩增效果的影响,建立了禺毛茛的SRAP最佳反应体系.结果表明,禺毛茛SRAP-PCR最佳反应体系为:20 μl反应体系中,10×Buffer 2.5 μl,25 mmol/L Mg2+ 2.5 μl,2 mmol/L dNTPs 1.5 μl,5 μmol/L引物1.0 μl,模板量为100～200 ng,Taq酶0.5 U.运用该体系对10份禺毛茛进行验证,证明该体系稳定可靠,并从100个SRAP引物组合中筛选出扩增条带清晰、多态性丰富的36个引物组合.这一优化的体系及多态性引物组合为利用SRAP标记技术进行毛茛属植物分子遗传学研究提供了科学依据.     

辣椒SRAP-PCR反应体系优化及杂交群体多态性引物筛选

[目的]对辣椒SRAP反应体系进行研究和优化,并利用优化体系对164对多态性引物进行筛选。[方法]采用单因素随机试验设计和L25(65)正交试验设计对辣椒SRAP反应体系中6种关键因素(退火温度、Taq DNA聚合酶、Mg2+、dNTPs、引物、模板DNA)进行体系优化,并以"泡椒"×"青皮大椒"的亲本和F1代为材料,利用聚丙烯胺酰胺凝胶进行筛选。[结果]辣椒SRAP-PCR的最佳反应体系为:退火温度35.5℃,Taq DNA聚合酶1.0 U,模板DNA 2.25 ng/μl,dNTPs 0.2 mmol/L,引物0.4μmoL/L,Mg2+2 mmol/L,总体积为20μl。利用该体系,从164对SRAP引物组合中筛选出扩增条带清晰、多态性丰富、条带稳定的31对引物组合。[结论]该体系的建立与多态性引物组合的筛选为SRAP标记技术在辣椒育种中的应用奠定了基础。     

沙棘SRAP-PCR反应体系的优化及引物筛选

为建立适合沙棘(Hippophae rhamnoides L.)的SRAP-PCR反应体系,对影响SRAP-PCR的Mg2+浓度、Taq DNA聚合酶浓度、引物浓度、dNTPs浓度、模板DNA浓度进行了优化.优化后的反应体系为Mg2+3.0 mmol/L、Taq DNA聚合酶2U/25μL、引物0.8 μmol/L、dNTPs 0.25 mmol/L、模板DNA 30ng/25μL,反应总体系25 μL.利用此体系从30对引物组合中筛选出17对适合沙棘SRAP-PCR的引物,有助于沙棘的分子标记辅助育种研究.     

芒果SRA P-PCR反应体系的优化与退火温度的筛选

以芒果为材料,通过单因子模板DNA含量、引物含量、2× Taq PCR Master Mix含量3种因素水平进行试验,建立了SRAP反应的优化体系。结果表明：最佳反应体系为20μL ,包括24 ng 模板DNA ,8 pmL引物,2× Taq PCR Master Mix 10.0μL。该体系对芒果扩增效果好,电泳结果显示扩增条带清晰,多态性高,而且操作简单。从81对引物组合中筛选出扩增条带清晰、多态性丰富的29对引物组合。在此基础上对退火温度进行探索,发现扩增结果对退火温度变化不敏感。     

洋葱SRAP- PCR体系的优化研究

优化了洋葱SRAP- PCR反应体系的模板浓度和Mg2+浓度.采用8对不同的引物组合和2份不同的洋葱材料进行验证实验,结果表明,在20μl的反应体系中,模板的量在180～210 ng均可获得清晰的扩增,低于180 ng,扩增带模糊,高于210 ng扩增背景严重;合适的Mg2+浓度在1.5～2.0 mmol/L之间;使用...     

华山松SRAP-PCR反应体系的优化

为建立华山松SRAP-PCR反应体系,研究先采用L16(45)正交设计对影响华山松SRAP反应的5个因子(DNA模板浓度、Mg2+浓度、dNTPs浓度、引物浓度、Taq酶)在4个水平上进行优化试验。结果表明:各因素对SRAP反应的影响依次为:Mg2+>dNTPs>Taq酶>DNA模板>引物;对SRAP反应结果影响较大的3个因子(Mg2+浓度、dNTPs浓度、Taq酶浓度)进行单因素试验;确立华山松SRAP反应最佳体系为:20μL的PCR体系中含有Mg2+2.2mmol/L、dNTPs0.25mmol/L、DNA模板60ng、Taq酶0.8mol/s、引物0.8μmol/L。将该体系用于华山松的SRAP扩增能获得稳定、清晰的多态性条带。     

带叶兜兰SRAP反应体系的建立与优化(英文)

[目的]确定带叶兜兰的SRAP反应体系。[方法]以带叶兜兰嫩叶提取的DNA为材料,对带叶兜兰SRAP反应体系中的主要成分dNTPs、Mg2+、Taq酶、模板DNA及引物进行了单因子优化。[结果]最终确定了适合带叶兜兰基因扩增的SRAP反应体系:在25μl反应体系中加入10×PCR Buffer 2.5μl、dNTPs0.15 mmol/L、Mg2+2.0 mmol/L、引物0.4 mmol/L、Taq酶0.3 U。[结论]该体系扩增条带清晰,重复性好,可应用于带叶兜兰的多方面的分析。     

麻栗坡兜兰ISSR引物筛选及反应体系的优化

[目的]对麻栗坡兜兰ISSR引物进行筛选,并建立一个稳定性高、重现性好、适合麻栗坡兜兰ISSR反应体系。[方法]以麻栗坡兜兰DNA为模板,分别对Mg2+、dNTP、引物、Taq DNA聚合酶、DNA等PCR反应成分进行优化,并用优化的体系对25条兰科中报道的ISSR引物进行筛选。[结果]确立了麻栗坡兜兰最适ISSR-PCR反应体系:在25μl反应体系中,Mg2+2 mmol/L、引物0.4 mmol/L、dNTP 0.20 mmol/L、DNA 1.5μl、Taq酶1.4 U。利用该体系,共筛选得到10条ISSR引物用于麻栗坡兜兰分析,并对21份麻栗坡兜兰材料进行扩增,获得了较好的扩增效果。[结论]该体系稳定可靠,为今后ISSR标记在兜兰属植物的种质鉴定、遗传多样性等方面的广泛应用奠定了重要基础。