唐家河国家级自然保护区中华蜜蜂(Apis cerana cerana)的线粒体遗传多样性分析

【目的】了解唐家河国家级自然保护区中华蜜蜂的遗传多样性,为进一步保护和利用唐家河中华蜜蜂资源提供科学依据。【方法】以基因片段mt DNA t RNAleu~COⅡ的非编码区作为分子标记,对唐家河各个地区共37个中蜂样本进行序列测定及相关分析。【结果】唐家河中蜂的核苷酸多样度(Pi)为0.030 34,单倍型多样性(Hd)为0.839±0.041;共发现14个单倍型,主体单倍型TJH2和TJH4分别占总样本数的29.73%和27.03%。此外本研究首次报道了3个新发现的单倍型。【结论】唐家河中蜂具有丰富的遗传多样性,其单倍型的分布与地理、气候等因素有较大关系。     

中国主要东方蜜蜂种群的遗传多样性分析

对中国具代表性的东方蜜蜂遗传资源中7个种群的线粒体DNA tRNA~(leu)~COⅡ基因进行扩增和测序,并进行遗传多样性比较及亲缘关系分析。结果表明,共发现43个单倍型,其中10个单倍型在GenBank数据库对比确认属于新发现单倍型;7个群体中,阿坝中蜂、滇南中蜂和海南中蜂遗传多样性水平较高,长白山中蜂遗传多样性水平较低,其他群体遗传多样性居中;不同种群间遗传距离变化较大,其中海南中蜂与滇南中蜂、阿坝中蜂间的遗传距离最大,长白山中蜂与云贵中蜂、北方中蜂、华南中蜂间的遗传距离最小;聚类分析显示7个种群可聚为4个类群。     

海南中华蜜蜂线粒体DNA的遗传多样性

采用线粒体DNA tRNAleu-COII片段的序列分析方法,对海南16个样点的715群中华蜜蜂(Apis cerana cerana)进行遗传多样性研究,明确了海南中华蜜蜂线粒体DNA tRNAleu-COII片段序列的遗传多样性及单倍型的分布特点.结果共发现48种单倍型,其中新发现43种单倍型.共检测到38个变异位点,包括12个单一多态位点、23个简约信息位点、1个插入位点和3个缺失位点.海南中华蜜蜂单倍型多样度为0.742±0.017,平均核苷酸差异数为1.248,核苷酸多样度为0.00354±0.00013,这表明海南中华蜜蜂线粒体DNA tRNAleu-COII片段具有丰富遗传多样性.海南中华蜜蜂普遍在117位点发生G→A的转换,发生比例为74.27%.     

福建东方蜜蜂线粒体DNA的遗传变异和遗传多样性

为了研究福建东方蜜蜂的遗传变异和遗传多样性,在全省采集9个样点,共424群东方蜜蜂样本,进行线粒体DNA tRNAleu-COⅡ序列分析.结果表明,tRNAleu-COⅡ片段序列包括93 bp的非编码区和259 bp的COⅡ编码区.在整个352 bp序列中,共检测到23个多态位点和27种单倍型,平均单倍型多样度为0.484 3,平均核苷酸差异数为0.687,平均核苷酸多样度为0.001 93.福建东方蜜蜂各样点间不存在遗传分化,总体遗传分化系数为0.003,各样点的基因流参数为49.75~249.75.     

基于线粒体DNA tRNAleu-COⅡ序列的浙江省东方蜜蜂遗传多样性研究

为进一步了解浙江省东方蜜蜂的遗传多样性状况,基于浙江省10个地级市的448群东方蜜蜂样本,利用线粒体DNA tRNA^leu-COⅡ序列进行遗传变异与群体遗传结构分析。结果显示,共获得46个单倍型,单倍型多样度为0.665 7,核苷酸多样度为0.002 61,表明浙江省东方蜜蜂具有较高的单倍型多样度、较低的核苷酸多样度。中性检验和单倍型网络图分析显示,浙江省东方蜜蜂可能经历了群体扩张事件。群体遗传结构分析显示,杭州、宁波与周边其他地区存在一定程度的遗传分化,可能与东方蜜蜂在当地的长期生存适应,以及一定的地理隔离有关。研究还新发现一个与国内其他地区东方蜜蜂差异较大的特殊单倍型。     

基于COII序列的云南东方蜜蜂遗传分化研究

【目的】研究云南东方蜜蜂群体的遗传多样性及其遗传分化,为其种质资源保护和有效利用提供参考依据。【方法】对云南不同地理东方蜜蜂群体线粒体的COII部分序列(1~259 bp)进行测序,并分析其遗传分化情况。【结果】在6个云南东方蜜蜂群体的线粒体COII部分序列中发现有5个变异位点,并确定存在7种单倍型,其单倍型多样度为0~0.644,核苷酸多样度为0~0.00420,群体间的遗传分化系数(Fst)为0.00966~0.69753。从基于mt DNA COII单倍型的东方蜜蜂NJ系统发生树可以看出,云南东方蜜蜂群体mt DNA COII序列的7种单倍型与我国境内其他地区及邻国日本的单倍型聚为一类,而与其他国家或地区的单倍型分开。【结论】云南东方蜜蜂群体遗传多样性丰富,不同地理群体间遗传分化明显,尤其是武定东方蜜蜂群体的整齐度较差、遗传结构较复杂。     

长白山中华蜜蜂（Apis cerana cerana）遗传多样性分析

长白山中华蜜蜂是我国东北地区的重要蜜蜂资源,具有独特的分布区域、生物学特性和形态特性.本研究通过A107、AP043、AP085、AP313、AT101等5对微卫星引物与mtDNA tRNAku-COII 357 bp片段,对110只长白山中华蜜蜂进行遗传多样性研究.长白山中华蜜蜂在5个微卫星位点的平均期望杂合度、平均观察杂合度、平均香农指数分别为0.2110±0.2333、0.0645±0.0718、0.4031±0.4202,PIC值除A107为0.5541外,其它4个位点分别在0-0.1644之间;mtDNA标记检测到的单倍型多样度为0.249±0.054,核苷酸多样度为0.00074±0.00017,平均核苷酸差异为0.263,表现出很低的遗传多样性.长白山中华蜜蜂的遗传结构较为单一,5个微卫星位点的遗传结构均以一种等位基因为主,线粒体单倍型H1（Japan1）占83.64％,且在长白山中华蜜蜂研究中首次发现H3（登录号：KF673779）、H5（登录号：KF673782）、H7（登录号：KF673780）、H8（登录号：KF673781）等4种单倍型.长白山中华蜜蜂种群数量少,遗传多样性低,遗传结构单一,面临着灭绝的风险.长白山中华蜜蜂的资源保护刻不容缓,需要尽快建立保护区.     

中华蜜蜂csd多态性分析

 【目的】分析不同地理群体中华蜜蜂（Apis cerana cerana）csd的多态性。【方法】以吉林长白山、海南海口、广西南宁、湖北神农架和江西靖安5个省市的中蜂工蜂为试验材料,提取每个工蜂样品的基因组DNA,对csd 3区进行PCR扩增、克隆和测序,分析csd的多态性。【结果】对中国5个省市的中蜂csd 3区基因组序列进行了克隆测序,获得32条csd基因单倍型,其中吉林长白山和江西靖安群体csd的多态性显著高于其它群体,而吉林长白山群体和江西靖安群体之间,广西南宁群体、海南海口群体和湖北神农架群体之间csd的多态性没有显著差异。利用csd进行群体分析表明江西靖安中蜂与吉林长白山中蜂的核苷酸分歧度和遗传距离均最大,湖北神农架中蜂与广西南宁中蜂之间核苷酸分歧度和遗传距离最小。系统进化树表明来自5个地理群体的单倍型在进化树上混杂在一起,并没有按照地理来源分为5支。【结论】中华蜜蜂csd在各个地理群体中均具有很高的多态性,并且多态性水平在群体间有差异。     

绵羊线粒体DNA D-loop区遗传多样性分析

利用PCR-SSCP技术对8个绵羊群体的806个个体的线粒体DNA控制区(D-loop)5′端部分序列进行遗传多样性分析,以探讨山西省的3个绵羊品种(系):山西肉用绵羊母本品系、山西细毛羊和晋中绵羊与其它国内外品种的遗传多样性差异。共检测出6种单倍型,依次记为A、B、C、D、E和F。杜泊和大尾寒羊的主单倍型分别为B和E,其他群体均为F。单倍型多样度以考力代最低,为0.109;其它7个群体的单倍型多样度都较高,最高的为杜泊,达0.741;山西肉用绵羊、山西细毛羊和晋中绵羊的单倍型多样度分别为0.579、0.724和0.624。主成分分析显示山西肉用绵羊和小尾寒羊聚在一起,表明其间亲缘关系较近,与其它6个国内外品种遗传关系较远。     

铁倍蚜属枣铁亚种mtDNA COI基因序列遗传分化

测定铁倍蚜属枣铁亚种7个种群共58个个体的mt DNA COI基因部分序列,分析其种群遗传结构和变异。结果表明,在测得的1 257 bp COI基因序列中有100个变异位点,58条序列共产生23个单倍型,其平均单倍型多样度为0.943±0.015,核苷酸多样度为0.020±0.002,其中,4个单倍型为不同种群的共享单倍型(2个单倍型为主体单倍型),11个单倍型为独享单倍型,8个单倍型为同一种群不同个体共享。AMOVA分析显示,枣铁亚种种群间的遗传变异较高,且分化显著。TCS网络图和聚类关系综合分析显示,不同单倍型按地理分布形成较明显的簇群,其中,云南水富所有个体单独构成一个分支,与其余种群关系较远,该种群可能属于不同的种。     

陕甘宁青晋东方蜜蜂线粒体DNA COⅠ序列遗传多样性分析

以线粒体DNA COⅠ区间基因片段为指标,利用生物信息学软件分析了陕甘宁青晋地区5个省15个采样点共443群东方蜜蜂的遗传分化状况.所得序列全长625 bp,共定义了21个线粒体单倍型,总单倍型多样度为0.536±0.029,总核苷酸多样度为:0.001 16±0.000 08.单倍型网络关系图、系统发育树以及分子方差分析数据显示,这些种群总体遗传分化不显著,所采集样本的变异主要存在于组内群体间和群体内,组间变异不显著.     

福建中华蜜蜂微卫星标记的遗传多样性分析

为研究福建中华蜜蜂的遗传多样性及其种群的遗传分化,采用5个微卫星DNA分子标记测定了福建11个样点的607只中华蜜蜂,结果表明,永定中华蜜蜂遗传多样性最低,其次为武夷中华蜜蜂,平均杂合度分别为0.3771和0.4535.其他各样点中华蜜蜂遗传多样性水平均为中度多态,平均杂合度在0.5040 -0.5540之间.福建中华...     

太湖地区与皖南地区中华蜜蜂微卫星DNA遗传多样性分析

利用筛选后的12对荧光标记微卫星引物,研究太湖地区与皖南山区中华蜜蜂(以下简称中蜂)间的遗传多样性并分析其遗传分化。研究检测判定了60个中蜂个体的基因型,计算2个群体的优势等位基因频率(Pi)、期望杂合度(He)、多态信息含量(PIC)、群体内近交系数(Fis),并分析中蜂群体内与群体间的遗传变异,采取配对试验均数差异t检验比较太湖中蜂与皖南中蜂群体的遗传差异。结果表明,太湖地区与皖南山区2个中蜂群体间的Pi、He、PIC、Fis差异均不显著(Pi=0.3560.05,PHe=0.3910.05,PPIC=0.2600.05,PFis=0.4280.05)。可见,太湖地区与皖南地区两地中蜂群体存在一定的遗传多样性,但遗传分化程度不大。本研究结果对江苏与安徽两地中华蜜蜂品种的选育和保护也具有一定的指导意义。     

海南与越南缅甸蟒线粒体控制区遗传多样性及差异性分析

为了更有效地保护、管理和繁育缅甸蟒(Python bivittatus)濒危物种,有必要利用分子技术对地方物种多样性和遗传分化进行研究。试验采用TA克隆双向测序方法对来自海南的37条缅甸蟒和来自越南的28条缅甸蟒部分控制区II序列进行了测定。结果表明,两个地理群体共分为25个单倍型,单倍型多样度(Hd)为0.877±0.025,核苷酸多样性(π)为0.004 76±0.000 41,平均核苷酸差异数(k)为2.676,显示缅甸蟒整体遗传多样性不高;通过比较两群体遗传多样性,发现海南缅甸蟒的单倍型多样度要高于越南缅甸蟒,但核苷酸多样性和平均核苷酸差异数低于越南缅甸蟒;基于控制区构建ML树和Network网络分析显示,两群体均各自形成了明显的两大分支;通过计算得到两群体的固定指数(Fst)为0.201(P0.001),显示海南缅甸蟒与越南缅甸蟒存在极显著差异。     

陕北地区秦川牛及其多个杂交后代群体的遗传多样性

为了解陕北地区黄牛的遗传多样性及遗传背景,采用直接测序技术对55头饲养在陕北榆林地区的秦川牛及其多个杂交后代群体的线粒体DNA D-loop区826bp序列进行测定。结果表明,榆林地区黄牛D-loop区序列A+T平均含量为61.5%,G+C含量38.5%;共检测到33种单倍型和84个变异位点,核苷酸多样度(π)为0.021 43,单倍型多样度(h)为0.970,表明陕北榆林地区的黄牛具有丰富的遗传多样性。NJ法聚类结果显示,该地区的黄牛品种或群体有2个母系起源。     

线粒体DNA分析青藏高原东方蜜蜂(Apis cerana)种群遗传结构

[目的]调查青藏高原地区东方蜜蜂种群遗传结构。[方法]利用线粒体DNA分子标记对青藏高原地区东方蜜蜂样本进行群体检测;对单倍型数量、频率分布、单倍型多样度、核苷酸多样度等指标进行统计分析;对地理种群内/间的遗传变异进行分子方差分析;对地理种群间的遗传距离矩阵与地理距离矩阵进行蒙特尔(Mantel)检验;利用邻接法、最大简约法和贝叶斯法分析单倍型间系统发育关系。[结果]青藏高原地区东方蜜蜂种群蕴藏着较丰富的遗传多样性,全部样本的单倍型多样度和核苷酸多样度分别为0.939和0.003 92;分子方差分析结果显示:尽管种群内变异对总变异的贡献率始终最大(45.5%,P≤0.01),但不同地理种群间的变异也达到显著水平(38%,P≤0.05)。[结论]人为基因交流是影响青藏高原地区东方蜜蜂种群遗传结构的因素之一;山脉、高原阻隔是塑造青藏高原地区东方蜜蜂种群遗传结构的主要作用因素。     

云南地方猪种mtDNA D-loop区遗传多样性研究

【目的】为揭示云南7个地方猪种遗传多样性及其分布规律。【方法】以云南7个地方猪品种(群体)为对象,研究了线粒体DNA D环高变区(mtDNA D-loop HVI)的序列多态性。【结果】研究表明,在全长435bp的核苷酸序列中共检测到23个多态位点,由此界定了30个单倍型。云南地方猪种整体的单倍型多样度(Hd)和核苷酸多样度(Pi)分别为0.820和0.004 51。在7个品种(群体)中,保山猪单倍型多样度最高(0.828),高黎贡山猪最低(0.644);滇南小耳猪的核苷酸多样度最高(0.005 21),高黎贡山猪同样最低(0.003 27)。由遗传变异贡献率和遗传独特性贡献所决定的总体遗传贡献率中,迪庆藏猪总体遗传贡献率最高(10.342 9),高黎贡山猪和大河猪最低(均为1.059 4)。【结论】就总体单倍型丰富度效应而言,迪庆藏猪、滇南小耳猪、保山猪和撒坝猪对维持云南地方猪种遗传多样性呈正效应,而明光猪、高黎贡山猪和大河猪呈负效应。     

基于CO Ⅰ和Cytb基因的浙江不同抗性水平二化螟种群的遗传结构分析

本研究利用线粒体细胞色素氧化酶亚基Ⅰ(COⅠ)和细胞色素b(Cytb)基因的遗传学方法分析了浙江省8个不同抗性水平二化螟地理种群的遗传多样性及种群遗传结构。种群遗传多样性分析表明：PCR扩增测序分别获得长度为627 bp的COⅠ基因片段和长度为455 bp的Cytb基因片段。355条同源COⅠ序列监测出了68个多态性位点,其中单突变位点22个,简约突变位点46个,共定义了85个单倍型,每个群体的平均单倍型为18.25个,其中瑞安(RA)种群中单倍型最多,为27个单倍型。326条Cytb同源序列监测出了45个多态性位点,其中单突变位点19个,简约突变位点26个,共定义了64个单倍型,每个群体的平均单倍型为14.375个,其中乐清(YQ)种群中单倍型最多,为25个单倍型。此外,各群体中最高的单倍型多样度h分别为0.896 3和0.934 4,反映出二化螟群体较低的遗传多样性水平。种群遗传结构分析表明：二化螟不同地理种群间遗传变异大多数来自于群体内个体间,占80.30%(COⅠ基因)和78.16%(Cytb基因)。较少部分的遗传差异来自于组间,仅占19.43%(COⅠ基因)和21.22%(C...     

基于线粒体DNA COⅠ~COⅡ分析云南省东方蜜蜂遗传多样性

为探讨云南省东方蜜蜂的遗传多样性,本研究以线粒体DNA COⅠ~COⅡ区间基因片段为指标,利用生物信息学软件分析了云南省6个采样点共179群东方蜜蜂的遗传多样性。结果显示:(1)所得线粒体DNA片段的碱基长度为760 bp,碱基组成为:A为40.4%,T为42.4%,C为10.7%,G为6.5%,表现出A+T偏倚性;(2)共发现28个变异位点,其中,简约信息位点18个,单一多态位点10个;(3)定义了29种单倍型,单倍型多样度和核苷酸多样度分别为0.884和0.002 69;(4)聚类分析结果显示云南省东方蜜蜂无明显遗传分化现象,与国内重庆、甘肃、北京等地亲缘关系较近,与台湾地区亲缘关系较远;与国外的韩国、日本亲缘关系较近,而与马来西亚等地的亲缘关系较远。     

普安银鲫mtDNA D-loop序列多态性分析

为从分子水平探讨普安银鲫遗传多样性,运用PCR扩增和DNA直接测序技术,对25尾鱼的线粒体DNA的D-loop区段序列进行分析。结果表明:80%的普安银鲫mtDNA D-loop区全序列长度为923 bp,少数个体由于碱基缺失及插入为920 bp和924 bp;其序列中A+T平均含量(53.36%)高于G+C含量(46.64%);共发现36个变异位点,定义了10种单倍型,单倍型间的平均遗传距离为0.017,单倍型多样度(Hd)为0.850,核苷酸多样性(Pi)为0.01376,平均核苷酸差异数(K)为12.660,普安银鲫存在丰富的遗传多样性。