葡萄SSR-PCR体系优化及其诱变单株遗传多样性分析

利用正交试验设计L16(45)筛选适合葡萄SSR标记的PCR反应体系,对52份葡萄种质进行SSR标记,采用UPGMA聚类法分析葡萄诱变群体和亲本的遗传关系.优化的葡萄SSR-PCR反应体系为:Mg2+1.5 mmol·L~(-1),d NTP 0.2 mmol·L~(-1),Taq酶1.0U,引物0.4μmol·L~(-1),模板DNA 50 ng,总体积20μL.48对引物共扩增出270条带,其中多态性条带249条,多态性百分率为92.2%,有31对引物的多态性百分率达到了100%.每对引物可扩增3~10个等位基因,平均为5.6个.52个葡萄样品的遗传相似系数为0.681~0.889,各诱变单株与‘醉金香’母本的遗传相似系数为0.730~0.859.利用SSR分子标记能将供试验的52份葡萄样品相互区分.在遗传相似系数0.756处将所有葡萄样品分为5个类群,大部分诱变单株与原始母本聚在一起.构建的SSR分子标记体系适用于葡萄种质资源的遗传多样性分析,SSR标记也适合葡萄诱变群体的分子鉴定.     

葡萄品种资源的SSR鉴定及遗传多样性分析

用筛选出的12对SSR引物分析了39个葡萄品种的遗传多样性。结果表明:12对引物在上述品种中共扩增出155条谱带,其中多态性带149条,占扩增总带数的96.13%,特异性条带8条,占5%,所扩增的片段大小在50~1 000 bp之间,不同引物扩增的带数在5~24之间,平均12.9条。扩增条带最多的是引物VrZAG67,扩增出24条带;最少的是VrZAG47,仅扩增了5条带。品种间遗传相似系数变异在0.374~0.974之间,在相似系数为0.660的阈值下,可将39份材料分为3大类群。第1类包括"格拉卡"和"美人指"2个品种;第2类包括"玫瑰香"、"红旗特早"、"达米娜"、"红玫瑰"等30个品种;第3类包括"京云"、"奥古斯特"、"无核早红"、"巨峰"等7个品种。     

葡萄无核基因分子标记的通用性鉴定

【目的】无核是鲜食葡萄的重要农艺性状,无核基因分子标记的准确性将影响无核葡萄早期选择的效果。本研究对前人开发的5个葡萄无核基因分子标记在183份葡萄材料中进行通用性鉴定,旨在明确各个分子标记的适用范围,为利用分子标记辅助无核葡萄育种提供参考依据。【方法】以96个葡萄品种（其中无核63个,有核33个）及‘红地球’ב黎明无核’87个F₁单株（其中无核61株,有核26株）的叶片DNA为模板,利用已报道的5个葡萄无核基因分子标记（SCF27-2000、GSLP1-569、VMC7f2、p3_VvAGL11和5U_VviAGL11）的引物进行PCR扩增,采用1.5%琼脂糖凝胶电泳、毛细管电泳和8%聚丙烯酰胺凝胶电泳技术检测PCR产物,分析各个样品的无核特异条带,鉴定5个分子标记的准确率。【结果】SCAR标记GSLP1-569对96个葡萄品种的检测准确率为40.6%,无核检测率为63.6%。SCAR标记SCF27-2000对96个葡萄品种及87个F₁杂交单株的检测准确率分别为71.9%和76.54%,无核检测率分别为70.5%和78.5%。SSR标记VMC7f2在96个葡萄品种中鉴定出8个等位基因,经卡方检验,189-bp等位基因与葡萄无核性状显著关联,其检测准确率为85.4%,无核检测率为85.5%。SSR标记p3_VvAGL11在96个葡萄品种中鉴定出7个等位基因,经卡方检验,187-bp等位基因与葡萄无核性状显著关联,其检测准确率为89.6%,无核检测率为90.7%,在F₁杂交单株中其鉴定准确率为87.65%,无核检测率为91.1%,假阳性率为6.17%,假阴性率为6.17%。SSR标记5U_VviAGL11在96个葡萄品种中鉴定出17个等位基因,经卡方检验,306-bp等位基因与葡萄无核性状显著关联,其鉴定准确率为88.5%,无核检测率为90.6%,在F₁杂交单株中检测准确率为88.89%,无核检测率为92.7%,假阳性率为4.94%,假阴性率为6.17%。【结论】SSR标记p3_VvAGL11和5U_VviAGL11在葡萄种质及遗传群体中无核分型的准确性及无核检测的效率较高,适用范围较广,在无核基因分子标记辅助选择中可以考虑优先使用。     

葡萄种质资源的RAPD分析

对15个葡萄品种进行RAPD分析。从60条随机引物中筛选出10个多态性引物用于DNA扩增,共扩出71条DNA带,其中多态性DNA带47条,占总数的66.2%。通过聚类分析,分成4大类,美洲葡萄类群康可、奇妙无核自成一类,与欧亚种、欧美杂种分开;其中森田尼无核、无核白遗传关系近,最先聚在一起。该结果显示,欧亚类群遗传差异较大,具有丰富的遗传多样性,证明RAPD技术能在DNA分子水平上揭示葡萄遗传背景及亲缘关系。     

利用SSR和ISSR分子标记分析崇明白扁豆种质资源的遗传多样性

利用大豆SSR和ISSR分子标记对利马豆、白扁豆、大白芸豆共64份材料进行遗传多样性分析。在48对大豆SSR引物中,筛选出带型清晰、多态性较好的引物11对,扩增出84条多态性条带,每对SSR引物扩增出的多态性条带从3条到12条不等,平均7. 6条;从100条ISSR引物中,筛选出扩增稳定、多态性好的引物19条,扩增出151条多态性条带,每条ISSR引物扩增出的多态性条带从5条到13条不等,平均7. 9条。综合两种分子标记的数据,用NTSYSpc V2. 11软件进行聚类分析,可将64份供试材料分为4个类群:材料64独自为第I类群;材料60、62和63为类群II;材料27和61为类群III;其余材料均为崇明白扁豆,为类群IV。结果显示:所收集的崇明白扁豆材料之间的遗传距离很小,与材料61差异不大,说明崇明白扁豆遗传背景比较狭窄,但与外地的白扁豆和大白芸豆能有效区分。     

蛇龙珠葡萄品种亲缘关系的RAPD分析

利用随机扩增多态性DNA(RAPD)技术对4个酿酒葡萄品种和11个鲜食葡萄品种的亲缘关系进行了研究。从30个随机引物中筛选出16个扩多态性引物,用于15个样品的正式扩增。共扩增出134条DNA带,其中多态性扩增带99条,占73.9%。根据DNA扩增结果计算出品种的遗传距离,并构建聚类树状图。分析结果表明,红地球、瑞必尔与其它13个品种的遗传距离最远,巨峰系列的葡萄品种间遗传距离值较小,蛇龙珠品种与其它3个酿酒葡萄品种在遗传基因上存在差异,与品丽珠的亲缘关系最近。     

无核葡萄胚挽救杂交F_1倍性鉴定

为鉴定无核葡萄胚挽救杂交F_1早期幼苗倍性,试验以早黑宝×河津-1、丽红宝×山河1号、红宝石无核×北冰红、户太8号×山河3号的4个杂交组合胚挽救F_1的早期幼苗为试材,通过无核分子标记进行早期鉴定,采用根尖染色体计数法和组织形态学观察法进行葡萄胚挽救杂交F_1的倍性鉴定。结果表明,使用无核分子标记SCC8-1018结合根尖染色体观察对3个杂交组合(早黑宝×河津-1、丽红宝×山河1号和红宝石无核×北冰红)的16个杂交F_1进行鉴定,初步确定4个无核株系,1个三倍体株系。     

利用Target SSR-seq技术鉴定温州蜜柑芽变材料

【目的】柑橘芽极易发生变异,用形态学的方法鉴定这些芽变材料,易受环境、栽培条件等因素影响,而利用深度测序技术开展柑橘芽变材料鉴定,能够获得变异位点的基因型;同时,建立的技术体系也有利于柑橘资源的精准鉴定、种质资源的遗传多样性研究和植物性品种权保护。【方法】本研究通过靶位点SSR测序技术对柑橘芽变材料开展鉴定。首先利用柑橘全基因组序列扫描发掘SSR,采用多态性较高的SSR位点用于柑橘芽变材料的区分,进一步利用多路复用PCR扩增构建SSR靶位点文库,并通过MiSeq深度测序方法对2份温州蜜柑芽变材料的SSR靶位点进行测序验证。再利用开发的SSR标记对22份优质柑橘种质资源进行遗传多样性分析。【结果】利用GMATA软件在克里曼丁红橘（Citrus clementina Hort. ex. Tanaka）参考基因组和温州蜜柑（Citrus unshiu Macf.）基因组中分别获得69 101个和80 193个SSR,其中以AT/TA为主的2基序SSR最多,3基序中以AAT最多,通过序列比对发掘出变异热点区域的高多态性SSR用于温州蜜柑芽变材料的检测,4对SSR引物能对22份柑橘材料进行准确区分。77对SSR靶位点的深度测序一次性对多个SSR位点进行基因分型,能准确鉴定出2份温州蜜柑芽变材料的SSR基因型,以及SSR在基因组上的准确位置。结合SSR以及SNP基因型,能够对2份温州蜜柑芽变材料进行有效区分。【结论】本研究开发了用于柑橘芽变材料区分的高效SSR位点发掘方法,结合靶位点多路扩增和Target SSR-seq的深度测序实现了柑橘芽变材料的高效区分。     

利用SSR、SRAP分子标记鉴定桃早熟芽变

以桃品种小白桃及其早熟芽变品种津柳早红为材料,利用SSR、SRAP分子标记技术,分别使用17对SSR引物、12条SRAP引物,对小白桃、津柳早红基因组DNA进行特异扩增,探讨桃成熟期芽变机制。结果表明,UDP96-008、CPPCT 022、BPPCT 028、UDP98-411、UDP96-99等5个SSR标记具有多态性,并将它们分别定位在1、2、3、6号染色体;SRAP标记中me1/em5、me2/em1、me2/em5、me3/em2、me3/em6、me5/em5、me5/em6、me6/em2具有多态性。SSR、SRAP标记可以用于桃成熟期芽变的鉴定。     

95份甘蔗栽培材料的SSR引物筛选及遗传多样性分析

【目的】筛选适用于甘蔗主产区种质资源的SSR核心引物,探究中国主要甘蔗材料的遗传多样性和群体结构,为甘蔗亲本材料的保存、利用、甘蔗分子标记辅助选择提供参考。【方法】利用从68对SSR引物中筛选获得的21对核心引物,对采集到的19个群体共95份甘蔗育种亲本材料进行遗传多样性分析。利用Powermarker V3. 25数据处理软件计算引物的多态性信息量(PIC)。根据SSR分子标记数据,计算19个群体的Nei72遗传距离矩阵。利用Powermarker V3. 25软件,对供试材料基于SSR标记的遗传距离矩阵进行相关性分析。根据遗传距离矩阵,利用Mega6. 06软件分别对19个群体进行基于分子标记的类平均法(unweighted pair group method with arithmetic mean,UPGMA)聚类分析。根据SSR分子标记数据,利用STRUCTURE 2. 4对19个群体的95份供试材料进行群体结构分析。【结果】从已公布的68对SSR引物中,筛选获得21对多态性高、稳定性好、综合表现良好的甘蔗SSR分析引物,21对引物中PIC值最大的是0. 9279,最小值为0. 7855,平均值为0. 8664。21对SSR引物共检测出440个甘蔗DNA条带,其中多态性条带数为422个,扩增的DNA条带范围集中在100～500 bp之间。19个群体的Nei72遗传距离最小的为0. 2024,最大的为0. 7262,平均遗传距离为0. 5779,根据UPGMA聚类图可将19个群体划分为4个亚群。群体结构分析表明,当K值等于6时,ΔK取得最大值,说明19个群体的95份材料可以划分为6个亚群,亚群Ⅰ含有4个群体分别为TZ01、GZ01、TZ02、TZ10,亚群Ⅱ含有2个群体为TZ07、TZ08,亚群Ⅲ为TZ11、GZ06、GZ08,亚群Ⅳ分别为GZ07、GZ03、GZ04、GZ05,亚群Ⅴ分别为TZ04、TZ06、TZ05、TZ03、TZ09,亚群Ⅵ只含有一个群体为GZ02。【结论】21对SSR引物能够很好的区分本研究的各个材料,同时供试材料基因组水平的遗传多样性较丰富,可为上述亲本资源的利用奠定良好的基础,并为今后研究中的亲本选择和组合等方面提供重要参考。     

宾川优质早熟葡萄卖出好价钱

<正>"今年我家采用了单幅连棚栽植技术,葡萄提前20天上市,1.2亩夏黑早熟葡萄卖了4万多元钱。"宾川县金牛镇罗官村葡萄种植户陈富强高兴地说,早熟葡萄比去年同期1亩增收近7000多元。近年来,宾川县果农看准了早熟葡萄的市场空档,依托得天独厚的热区优势,引进夏黑、黑蜜、维多利亚、幽无核等早熟葡萄品种,全县早熟葡萄种植面积达到8607亩。县农业部门积极推广提质栽培     

高粱SSR分子连锁图谱的构建

选用高粱品种B2V4×1383-2杂交组合获得的F2分离群体(共150个个体)为材料,以SSR标记构建高粱的连锁图谱。通过对129对Xtxp型SSR引物组合进行筛选,共得到75对多态性引物,利用筛选出的75对引物进行选择性扩增,得到了75个SSR多态性位点。经Map maker/EXP(version 3.0)软件处理,构建了包含12个连锁群,46个遗传标记的连锁图谱,该图谱覆盖443.9 cM,平均图距为9.6 cM。     

基于SSR分子标记的象草变异分析

【目的】从分子水平上确认能够在四川泸州叙永县东牛牧场自然越冬并且含糖量有明显差异的7个单株象草材料是否存在遗传变异。【方法】对8份供试材料进行含糖量测定并利用SSR分子标记进行引物筛选及PCR扩增。【结果】22对引物共扩增出166条清晰有效的条带，其中有114条多态性条带，多态性条带比率为68.67%。聚类结果表明，8份供试材料间的遗传相似系数在0.560～0.795之间，SA-4和桂牧1号的遗传相似系数最小，亲缘关系较远。【结论】根据不同引物扩增出现的特异性条带，推测含糖量最高的SA-4是桂牧1号的芽变材料。该结果为象草芽变新材料选育提供了分子生物学依据。     

轮枝镰孢SSR标记开发及在玉米分离群体遗传多样性分析中的应用

【目的】开发轮枝镰孢（Fusarium verticillioides）的SSR标记,为轮枝镰孢遗传多样性研究提供技术支持。【方法】利用Fastpcr在轮枝镰孢基因组中查找符合条件的SSR位点,采用Primer5.0软件设计引物,利用NTSYS及Popgene分析来自玉米的轮枝镰孢单孢分离物群体的PCR扩增结果。【结果】共设计有效扩增SSR引物158对,经筛选,109对（69.0%）可扩增出2条及以上的条带,其中55对引物（34.8%）多态性较好,可扩增出3条及以上的条带。从11条已组装的轮枝镰孢染色体上各选出2对多态性引物,计22对引物,对66株轮枝镰孢玉米分离物进行扩增,共获得125个等位变异,变异范围为2-11个,平均为5.68个。轮枝镰孢玉米分离物之间Nei’s基因多样性指数为0.1139-0.8687,平均为0.6199,表现出较高的遗传多样性。【结论】基于轮枝镰孢基因组序列开发的SSR标记具有很好的多态性,可用于轮枝镰孢的遗传多样性分析。用22对SSR引物扩增,以遗传相似系数0.3进行划分,可将66株轮枝镰孢玉米分离物分为3群;中国轮枝镰孢玉米分离物的遗传多样性与地理分布无相关性。     

晚熟甜橙芽变的ISSR鉴定

应用ISSR技术对晚熟甜橙伏令夏橙的大果无核枝、"安顺一号"等5个材料进行了鉴定。从100个引物中筛选出18个引物,共扩增出113条带,其中多态性条带数为15条,多态位点百分率为13.3%。结果表明:812、834、841引物对参试材料有明显扩增带差异,伏令夏橙大果无核枝与对照枝及伏令夏橙、"安顺一号"与伏令夏橙及锦橙在DNA分子水平上存在明显的遗传差异,晚熟甜橙大果无核枝为伏令夏橙一稳定芽变。ISSR技术能有效地鉴定晚熟甜橙芽变。     

二种植物激素对"早紫"葡萄坐果率和无核率的影响

以大棚栽培的4年生"早紫"葡萄为试材,在花前期和盛花期单用和混合GA3、6-BA药液浸蘸"早紫"葡萄花序,探讨二种植物激素对其坐果和无核率的影响.试验结果表明:"早紫"葡萄对植物激素较敏感.筛选出花前期(25mg/L GA3 25mg/L 6-BA)混合药剂的处理,坐果率平均34.56%、无核率95.1%和果粒重4.02g、果穗重195.12g,分别比对照(CK)提高3.45%、89.97%和增重0.6g、16.99g,基本达到无核化要求,提高果实商品价值,可在生产中推广应用.     

利用SSR标记对12个啤酒大麦品种的聚类分析和主坐标分析

为啤酒大麦育种实践提供可靠的信息,采用SSR标记技术对12个已知来源的啤酒大麦品种的遗传背景进行了遗传多样性分析。从筛选出的25对有多态性的SSR引物中共扩增出160个等位位点,其中136个位点有多态性,占85.0%,每对引物可扩增出1-13个位点,平均5.44个等位位点。聚类分析表明,在SM相似系数0.63水平上12个啤酒大麦品种可聚成3类2组。主坐标分析将其分为2类4组。2种分类方法所获得结果基本一致,但主坐标分析更能较为真实的反映12个啤酒大麦品种间的亲缘关系。     

应用SSR和ISSR标记分析非AA型野生稻资源的遗传多样性

利用SSR、ISSR标记分析了24份非AA型野生稻及4份AA型对照的遗传多样性。结果表明,11对SSR引物共检测到104个多态性片段,平均每个引物扩增多态性片段9.5个。非AA型野生稻的特异性片段74个,占总片段数的71.2%;8个ISSR引物共检测到166个多态性片段,平均每个引物扩增多态性片段20.8个。非AA型野生稻的特异性片段113个,占总片段数的68.7%。两种标记构建的亲缘关系树基本相似。非AA型野生稻遗传多样性丰富,且具有很多独特的性状,可以为水稻育种提供丰富的种质资源。     

“夏黑”葡萄破休眠技术试验研究

为给"夏黑"葡萄的早熟优质栽培提供技术支撑,用20%石灰氮澄清液对"夏黑"葡萄进行了破休眠试验,结果表明,20%石灰氮澄清液能提前"夏黑"葡萄的生育期,使其萌芽早且整齐,花期缩短,成熟期提早;对生长进度的作用表现为叶片数多、蔓长长、单蔓叶面积大;在产量品质方面,表现为每667m2留梢数及每667m2果穗数明显增加,增产6.6%,可溶性固形物含量增加。     

新引进柱花草资源的SSR 遗传多样性分析

为鉴定新引进柱花草种质的遗传背景和亲缘关系,提高柱花草种质的利用效率,利用23个SSR标记对新引进的31份柱花草种质和4个柱花草栽培品种进行了遗传多样性分析。结果表明:23个SSR标记在35份柱花草种质间均具有多态性,共检测到等位基因134个,每个标记可检测到3~11个等位基因,平均为5.83个;每个SSR标记的多态性信息含量在0.515~0.845之间,平均为0.703。聚类分析和主成分分析结果表明,35份供试柱花草种质可分为5类,其中Ⅲ类和V类与4个柱花草栽培品种的遗传关系较远。